Teknologi Proses Analisis

Metabolit Primer dan Sekunder Mikroba

Febrina Fatima Safitry | 22010316140030
Metabolit
• Metabolit merupakan hasil metabolisme jasad hidup, baik yang berupa proses katabolisme (peruraian), maupun
proses anabolisme (biosintesis). Berdasarkan fungsinya, metabolit dapat digolongkan menjadi dua yaitu sbb:

Metabolit Primer Metabolit Sekunder

Diproduksi untuk keperluan metabolisme krusial yang
menjaga keberlangsungan kehidupan mikroorganisme
Terbentuk pada fase pertumbuhan tropofase
(logaritmik eksponensial)
Contoh : Asam sitrat, Asam glutamat, Etanol, Lipid,
Karbohidrat
Diproduksi sebagai bentuk pertahanan diri
mikroorganisme
Terbentuk pada fase pertumbuhan idiofase
(stasioner maksimum)
Contoh: Penisilin, Pepstatin, Rapamycin, Cobalamin.

• Pembentukan metabolit ditentukan oleh: kadar biomasa sel, kecepatan produksi spesifik, hasil produk dari
substrat, lama aktivitas sintesis, dan kecepatan dekomposisi produk. Keadaan optimum untuk pertumbuhan
dapat berbeda dengan keadaan optimum untuk pembentukan produksi fermentasi. Faktor lain yang
mempengaruhi produksi metabolit adalah karbon sumber energi, cornynebacterium, sumber nitrogen, defisiensi
nutrien, prekursor produk, dan stimulan.
 Metabolit Primer
Golongan Etanol
Keragaman Kegunaan Mikroorganisme Biosintesis
penghasil
- Bahan dasar Saccharomyces Alkohol terbentuk dalam glikolisis:
whey, gula, cerevisiae, S.
laktosa ellipsoideus, Candida
pseudotropicalis
Bahan dasar sulfit C. utilis
waste liquor, gula
pentosa. Pada sistem batch fermentasi awal aerob terjadi dalam waktu singkat,
sehingga dihasilkan banyak biomassa, kemudian sistem diubah menjadi
anaerob agar dihasilkan banyak alkohol.
Asam Sitrat
- Pengawet A. wentii, A. clavatus, Asam sitrat terbentuk dalam siklus Krebs. Gula merupakan sumber
makanan, perasa. Penicillinum luteum, P. karbon utama dalam fermentasi asam sitrat. Gula mula-mula
citrinum, Mucor dimetabolisme lewat glikolisis (EMP), dan masuk siklus Krebs. 80% gula
piriformis, Paecilomyces dapat dipecah lewat EMP, dan EMP selalu tersedia pada siklus asam
devaricatum, Citromyces sitrat. Selama idiofase semua enzim Krebs digunakan, kecuali alfa-
pfefferianus, Candida ketoglutarat dehidrogenase. Sitrat sintetase (enzim kondensasi)
quillermondii, meningkat selama 10 kali selama produksi asam sitrat, sementara enzim
Saccharomyces lipolitica. pemecah sitrat seperti akonitase dan isositrat dehidrogenase berkurang.
 Metabolit Primer
Vitamin
Keragaman Kegunaan Mikroorganisme Biosintesis
penghasil
Riboflavin, Mikronutrien Clostridium Biosintesis Riboflavin:
Cincin imidazol dari GTP (struktur 1 dari Gambar 1) dibuka secara
asam folat, organik esensial acetobutylicum, hidrolitik di bawah pelepasan formate yang disertai dengan
asam Mycobactericum pelepasan pirofosfat, yang dikatalisis oleh GTP cyclohydro-lase II.
Produk enzim 2,5-diamino-6-ribosylamino-4 (3H) -pyrimidinone 50
pantotenat, smegmatis, fosfat (2 pada Gambar 1) dikonversi menjadi 5-amino-6-
ribitylamino 2,4 (1H, 3H) -primidinedione 50-fosfat ( 5 pada
piridoksal, Mycocandida Gambar 1) dengan dua langkah reaksi, yang melibatkan
pembelahan hidrolitik pada posisi 2 aminogroup dari cincin
cobalamin. riboflavina, Candida heterosiklik dan reduksi rantai samping ribosil yang menghasilkan
rantai samping ribityl vitamin. Urutan reaksi ini bervariasi dalam
flareri berbagai organisme. Pada eubacteria, deaminasi mendahului
pengurangan sidechain. Pada ragi dan jamur, reduksi mendahului
deaminasi. 50-Fosfat dari struktur 5 tidak dapat berfungsi sebagai
substrat untuk 6,7-dimethyl-8 ribityllumazine synthase. Oleh
karena itu, senyawa harus didefosforilasi untuk konversi lebih
lanjut. Tidak ada yang diketahui tentang langkah reaksi itu
Pyrimidinedione 5-amino-6-ribitylamino-2,4 (1H, 3H) yang
didososforilasi (6 pada Gambar 1) terkondensasi dengan 3,4
dihydroxybutanone 4-phosphate (7 dalam Gambar 1) oleh 6,7-
dimethyl-8 ribityllumazine synthase . Substrat tipe carbo-hidrat (7
pada Gambar 1) dari enzim tersebut telah ditemukan hanya relatif
baru-baru ini. Ini terbentuk dari ribulosa 5-fosfat (10 dalam Gambar
1) oleh reaksi yang tidak biasa yang melibatkan hilangnya atom
karbon 4 melalui penataan ulang tramolekul.
Langkah terakhir dari jalur biosintesis adalah pembuangan 6,7
dimethyl-8-ribityllumazine (8 pada Gambar 1) dikatalisis oleh
riboflavin synthase. Produk kedua dari dismutation adalah 5-
amino-6 ribitylamino-2,4 (1H, 3H) -pyrimidinedione (6 pada
Gambar 1). Senyawa ini adalah substrat lumazinesynthase dan
didaur ulang dalam jalur biosintesis. Secara stoikiometrik,
pembentukan riboflavin memerlukan satu ekuivalen GTP dan dua
ekuivalen ribulosa5 fosfat. Dari 17 atom karbon dari molekul
riboflavin, semuanya kecuali empat arethus yang berasal dari
kumpulan pentosa fosfat.
 Metabolit Primer
Polisakarida
Keragaman Kegunaan Mikroorganisme Biosintesis
penghasil
- Pembuatan Acetobacter Nata de coco merupakan kapsula bakteri yang bergandengan yang merupakan zoogloea
nata de coco xylinum yang terdiri atas bahan selulosa. Selulosa merupakan homopolimer dari beta-D-glukosa
yang terikat dengan ikatan beta1,4-glikosida.
Asam Amino
Theoronin, Penyusun Coryne • Threonine disintesis dari asam aspartat melalui α-
Isoleusin, protein bacterium, aspartyl semialdehyde dan homoserine.
Histidin, Brevibacterium Homoserine mengalami fosforilasi O; ester fosfat ini
Glutamin, spp. mengalami hidrolisis bersamaan dengan relokasi
Methionin gugus OH. Enzim yang terlibat dalam biosintesis
khas treonin termasuk aspartokinase, β-aspartat
semialdehyde dehydrogenase, homoserine
dehydrogenase, homoserine kinase, threonine
synthase.
• Isoleusin di biosintesis dari asam piruvat dan alfa-
ketoglutarat. Enzim yang terlibat dalam biosintesis
ini termasuk [asetonaktat sintase]] (juga dikenal
sebagai asam asetohidroksi sintase), asam
asetohidroksi isomeroreduktase, dihydroxyacid
dehydratase, dan Valine aminotransferase.
Metabolit Primer
Keragaman dan biosintesis asam amino:
 Metabolit Primer
Nukleotida, Nukleosida, dan semacamnya.
Keragaman Kegunaan Mikroorganisme Biosintesis
penghasil
5-GMP, Industri Bacillus subtilis Pemecahan enzimatik atau kimiawi asam nukleat, dengan:
5-IMP, pangan dan 1. Hidrolisis RNA khamir dengan enzim mikroba.
5-XMP obat- 2. Pemecahan RNA selule dengan enzim endogen, sehingga 5’-mononukleotida dapat
obatan. diekspresikan.
3. Hidrolisis kimiawi RNA khamir menjadi nukleosida dengan fosforilasi berurutan
Fermentasi langsung dengan mutan yang memblokir bosintesis nukleotida, dimana
regulasi produk akhir dihilangkan:
1. Pembuatan nukleotida dengan fermentasi dan fosforilasi kimia
2. Pembuatan 5’-nukleosida langsung dengan fermentasi
3. Konversi mikrobiologis bas nukleosida menjadi 5’-nukleotida.
Metabolit Sekunder
Jalur Metabolit Penjelasan Produk
Reduksi oksidasi biologi Oksidasi dan reduksi yang umum ditemui ialah oksidasi
alkohol atau reduksi gugus karbonil, penambahan atau
pengurangan ikatan rangkap, penambahan atom oksigen
dan pemutusan cincin aromatik secara oksidatif.
Methylasi biologi Reaksi biosintesis untuk senyawa polyketida. Chlortetracycline,
Pemindahan unit satu karbon melalui asam lincomycin, citrinin.
tetrahidrofolat dan donor utama. Unit satu karbon
adalah methione, homocystein, glycine, dan serine.
Halogenasi biologi Jalur metabolisme yang penting bagi antibiotik dengan Chlortetracycline,
atom halogen (kebanyakan chlorine) dalam molekulnya. chloramphenicol,
Dalam media yang mengandung bromida, maka akan griseofulvin,
terbentuk antibiotik bromine. bromotetracycline,
bromogriseofulvin.
Kaitan Antara Metabolisme Primer dan Sekunder
• Metabolisme primer ialah jumlah
beberapa reaksi enzimatis yang
berkaitan satu sama lain (baik
pemecahan dan pembentukan)
yang memberikan energi (ATP),
senyawa antara, molekul makro
(misalnya protein dan DNA) untuk
organisme yang melakukannya.
• Metabolisme sekunder ialah proses
sintesa dimana hasil akhirnya ialah
metabolit sekunder yang tidak
begitu penting untuk
mikroorganisme tersebut.
Metabolit sekunder berasal dari
senyawa antara metabolisme
primer, sehingga banyak • Contohnya ialah pada pembentukan antibiotik yang
penghubung antara jalur dihasilkan mikroorganisme menggunakan glukosa sebagai
metabolisme primer dan sekunder. sumber utama atom-carbon dan energi. Beberapa
Kaitan dapat dilihat pada gambar antibiotik seperti Streptomisin dan Aminoglikosida berasal
berikut: dari glukosa.
Biosintesis Streptomycin
• Glukosa merupakan bahan baku dari beberapa
subunit antibiotik aminoglikosida. Prekursor yang
lain diperlukan untuk membentuk satu unit
aminoglikosida ialah N-methyl-L-glusamin dan
streptidine.
• Untuk produksi streptomisin (suatu antibiotik
golongan aminoglikosida) diperlukan dua reaksi
paralel dimana 2 gugus guanidin ditambahkan
oleh aktifitas enzim amidinotransferase.
• Streptose terbentuk melalui 4-ketodeoxyglucose-
dTDP (d-thymidine diphospatase). Pada urutan ini
dihydrostreptose-dTDP dikaitkan dengan
Streptidine-6-P menjadi Streptomisin-6P. • Pada fermentasi Streptomisin, enzim
amidinotransferase distimulasi oleh senyawa yang
• N-methyl-L-glucosamine terbentuk melalui disebut “faktor A”. Faktor A berperan dalam
glucose-6P, fructose-6P, dan glucosamine-6P produksi enzim amidinotransferase. Bakteri
dengan methionine sebagai donor gugus methyl Streptomyces griseus maupun S. Bikiniensis tidak
(gambar 3) memiliki kemampuan membentuk faktor A sehingga
sintesis streptomisin pada kedua bakteri tsb sangat
rendah.
Biosintesis Streptomycin
• Penambahan faktor A sebanyak 1 kg pada permulaan inkubasi menyebabkan produksi Streptomisin
terinduksi sebanyak 1 gram. Selain itu juga didapatkan data bahwa aktifitas enzim glukosa-6P
dehydrogenase tinggi pada mutant tanpa faktor A, dan enzim ini tidak didapatkan pada strains penghasil
Streptomisin yang tinggi. Penambahan faktor A menyebabkan aktivitas enzim glukosa-6-P dehidrogenase
menurun drastis. Sehingga dapat disimpulkan bahwa faktor A memblokir perubahan glukosa-6P menjadi 6-P
glukonat atau daur pentosa fosfat dihentikan, sehingga glukosa-6P mengalir ke jalur pembentukan
Streptomisin.