Tim pengajar

Biologi dan ekologi tanah

Minat ilmu tanah
Prodi agroteknologi
Fakultas pertanian usu
 pendahuluan
 Selain air, karbon dan energi, nitrogen (N) merupakan
unsur esensial bagi seluruh makhluk hidup. Nitrogen
disebut sebagai unsur kunci untuk produksi, dan
sangat sering menjadi unsur pembatas bagi
pertumbuhan dan produksi tanaman di ekosistem
tanah.
 . Nitrogen dibutuhkan tanaman dalam jumlah yang
banyak. Unsur hara ini merupakan penyusun protein
dan asam nukleat ((purine, pyrimidine), komponen
dinding sel bakteri, dan berperan dalam sintesis dan
transfer energi.
Tanaman mengandung sekitar 1-5 % N dari bobot
kering. Dalam kondisi air mencukupi, nitrogen dapat
menjadi faktor pembatas utama pertumbuhan tanaman.
Kebutuhan tanaman banyak diberikan melalui
pemupukan. Pemberian pupuk N bertujuan untuk
meningkatkan hasil dan meningkatkan keuntungan
secara ekonomi, akan tetapi kelebihan nitrogen dapat
menyebabkan kerugian secara ekonomi baik akibat
penurunan kualitas tanaman maupun kerusakan
lingkungan, sehingga pemupukan yang akurat
diperlukan untuk efisiensi dan agar supaya ramah
lingkungan.
Tanah mengandung N total sekitar 0.02 %
(sub soil) hingga 2.5 % N (pada tanah
organik). N diserap tanaman dalam
bentuk NO3- dan NH4+. Sumber N
terbesar adalah gas N2 yang dijumpai
sekitar 78 % dari komposisi gas dalam
atmosfir. Bentuk ini tidak dapat
dipergunakan oleh kebanyakan organisme
termasuk tanaman, dan hanya dapat
digunakan oleh mikroba prokariot yang
hidup bebas di dalam tanah ataupun yang
bersimbiosa dengan tanaman.
Nitrogen di dalam tanah dijumpai dalam
bentuk N organik (≥95%) dan N anorganik
(≤ 5 %). Nitrogen organik dijumpai dalam
bentuk as.amino
(protein,choline,creatine,allantoin), as.
amino bebas, gula amino, NH2 dan lignin,
polimer dan kuinon, hasil kondesasi gula
dan amino. Dua hingga tiga persen N
organik / tahun akan tersedia bagi tanaman
setelah melalui proses transformasi N oleh
mikroba tanah. Oleh karena itu perubahan
N organik menjadi N anorganik sangat
penting karena hanya N organik yang
mempunyai berat molekul rendah (rantai
pendek) yang bisa diserap tanaman.
 Siklus N
 Nitrogen dapat berbentuk 9 ikatan yang berbeda
(Tabel 1) tergantung pada keadaan oksidasi. Gas
dinitrogen (N2) merupakan bentuk yang paling
melimpah jumlahnya di biosfer namun merupakn
bentuk yang tidak dapat dipergunakan oleh
kebanyakan organisme termasuk tanaman. Fiksasi N2
secara biologi, pengubahan bentuk N2 menjadi N
organik, merupakan proses utama yang
mengembalikan N ke dalam tanah.
Tabel 9.1 Bentuk utama dari nitrogen di dalam tanah dan tingkatan oksidasi

Bentuk Ikatan kimia Tingkatan oksidasi

Nitrat NO3- +5

Nitrogen dioksida (g) NO2 +4

Nitrit NO2- +3

Nitric oksida (g) NO +2

Nitrous oksida (g) N2O +1

Dinitrogen (g) N2 0

Ammonia (g) NH3 -3

Ammonium NH4+ -3

N- organik R-NH3 -3

Gas-gas (g) terdapat baik dalam bentuk bebas di atmosfer

tanah dan terlarut di dalam air tanah
Gas dinitrogen (N2) merupakan bentuk yang paling
melimpah jumlahnya di biosfer namun merupakan
bentuk yang tidak dapat dipergunakan oleh kebanyakan
organisme termasuk tanaman. Fiksasi N2 secara biologi,
pengubahan bentuk N2 menjadi N organik, merupakan
proses utama yang mengembalikan N ke dalam tanah.
Kenyataan di lapangan menunjukkan bahwa laju fiksasi
gas N2 baik secara biologi maupun yang dijalankan pada
industri pupuk tidak dapat mengimbangi laju
denitrifikasi (yaitu perubahan nitrat menjadi nitrous
oksida (N2O) dan kemudian menjadi gas dinitrogen (N2)),
sehingga mengakibatkan N merupakan polutan utama
dewasa ini (Galloway et al, 2003). Setelah N2 dapat
difiksasi menjadi bentuk N organik, maka N organik
kemudian akan mengalami beberapa proses transformasi
secara biologi menjadi bentuk N yang lain.
Bentuk N organik di dalam tanah sangat beragam seperti
protein, asam amino, polimer dari dinding sel mikrobia, dan
amino-gula, asam nukleat dan berbagai vitamin, antibiotik,
dan intermediate metabolisme.
Siklus N menggambarkan keseluruhan transformasi-
transformasi yang dialami oleh senyawa-sentawa nitrogen
tersebut di dalam biospher. Transformasi secara biologi
memegang peranan penting di bidang pertanian, karena dia
berperan di satu pihak terhadap penambahan dan
kehilangan N tanah, dan di lain pihak terhadap kadar N
tanah dalam bentuk yang bisa di-assimilasi tanaman.
Transformasi N organik dan N anorganik di dalam tanah dapat dikelompokkan ke dalam 5 proses yaitu mineralisasi
(ammonifikasi), assimilasi (immobilisasi), nitrifikasi, reduksi nitrat dan fiksasi N2. Semua proses ini merupakan suatu
siklus, seperti yang terlihat pada Gambar 1.

Fiksasi
N2 N2, N2O
NOx ►
▲ N organik Denitrifikasi
pembakaran dalam tanaman◄
N-hewan
N
dia
▲ m
bil
t an
Makan memakan am

Nd
an

iam
bil
ta
na
Mineralisasi N

ma
▼

n
N- mikrobia
N-organik N2O
dalam tanah
si ▲
ero Immobilisasi N
Min
Sedimen N era
li sas
iN

Pemupukan N ▼
Deposisi N NH4+ NO3-
nitrifikasi
Pencucian
Pupuk N
Presipitasi N N- dalam air tanah

Gambar 9.1. Skema dari siklus nitrogen

 Proses-proses yang termasuk kedalam siklus N terbagi ke dalam
dua kelompok besar yaitu:

Gambar Skema siklus mikrobia N (Jou,et al., 2009)

 Proses-proses yang menyebabkan
pengkayaan N tanah,
 Proses mikrobia: yang meliputi fiksasi N2 oleh
mikroorganisme hidup yang hidup bebas atau yang
bersimbiosa dengan tanaman.
 Proses non mikrobia yang meliputi : penambahan N
melalui air irigasi, adsorpsi ammoniak udara, dan
pemberian pupuk buatan.
Proses yang menyebabkan kehilangan N
dari tanah
 Proses mikrobia yaitu denitrifikasi.
 Proses non mikrobia yang meliputi : volatilisasi
ammoniak; berbagai reaksi kimia; hilang karena tercuci,
erosi, pembakaran; terangkut melalui tanaman atau
panen.
Tanaman pada umumnya mengabsorsi unsur N
terutama sekali dalam bentuk mineral (dalam
bentuk nitrit dan ammoniak), kecuali tanaman-
tanaman yang berasosiasi dengan mikroba
penambat N. Hanya sebagian kecil N dalam
bentuk organik yang di serap oleh tanaman
dan besifat hanya sebagai pelengkap yaitu
dalam bentuk asam amino dan vitamin.
 Mineralisasi (amonifikasi)

 Mineralisasi nitrogen memiliki beberapa defenisi.

Kadang kala istilah ini digunakan untuk menerangkan
proses produksi N anorganik, baik amonium dan
nitrat, dan kadang kadang diartikan hanya sebagai
proses produksi amonium. Sehingga proses produksi
ammonium disebut dengan amonifikasi. Peningkatan
(maupun penurunan) N dalam bentuk anorganik
disebut juga mineralisasi N net karena mencerminkan
jumlah dari produksi ammonium dan penggunaan
ammonium.
. Proses mineralisasi/amonifikasi dijalankan
oleh berbagai fauna tanah (cacing tanah, rayap,
keong) serta berbagai jenis bakteri,
aktinomisetes ataupun jamur yang merombak
dan memineralisasikan hara yang terdapat
didalam bahan organik, dengan tujuan untuk
mendapatkan energi dan karbon (C) untuk
mendukung pertumbuhan dan aktifitas mereka.
Proses ini tidak membutuhkan kondisi ekologi
yang khusus, sehingga pada keadaan kondisi
lingkungan yang bagaimanapun juga akan
dijumpai mikroorganisme yang dapat
melakukan proses amonifikasi, kecuali pada
kondisi lingkungan yang tidak cocok untuk
kehidupan.
 Organisme mengkonsumsi organisme lain
dan mengekresikan limbah anorganik.

Hara organik Hara anorganik dapat

tersimpan dalam digunakan tanaman,
organisme tanah dan dan mobil di dalam
bahan organik tanah.

Organisme menyerap
dan menyimpan unsur
hara selama
pertumbuhan mereka.
Assimilasi (Immobilisasi) Nitrogen

 Assimilasi (Immobilisasi) Nitrogen merupakan pemanfaatan N

anorganik (NH4+, NO3- atau NO2-) oleh mikroba atau tanaman
sehingga tidak tersedia di dalam tanah. Istilah immobilisasi juga
digunakan untuk proses pengikatan NH4+ pada kisi mineral
tertentu di dalam tanah seperti mineral illite dan vermiculite
(disebut juga dengan istilah fiksasi amonium), terikat pada
kompleks pertukaran kation. Amonium juga bisa bereaksi
secara kimia dengan senyawa organik tanah seperti quinones,
dan amonium dapat tervolatilisasi pada pH tinggi.

 NH4+  organik N (R-NH2)

 NO3- atau NO2-  NH4+  organik N (R-NH2)
Proses immobilisasi terjadi pada kondisi dimana
nitrogen merupakan faktor pembatas bagi
pertumbuhan tanaman dan mikroba tanah yang angat
sditentukan oleh ratio C/N tanah. Jadi kualitas bahan
organik, yaitu ketersediaan dari C dalam bahan
sebanding dengan ketersediaan N. sangat
menentukan proses mineralisasi atau proses
immobilisasi.
C/N biomasasa mikroba tanah adalah 20, kalau C/N
lebih kecil dari 20 akan terjadi proses mineralisasi,
sebaliknya jika C/N lebih besar dari 20 akan terjadi
immobilisasi.
 Berikut ini perhitungan nisbah C/N yang kritis
yang menentukan apakah N termineralisasi atau
terimmobilisasi. Beberapa pengetahuan mendasar
yang harus diperhatikan yaitu :
•Biomas jamur biasanya 2/3 dari total biomas
mikrobia, dan bakteri sekitar 1/3 nya.
•Biasanya jamur mengubah sekitar 44% dari C
yang langsung dapat didekomposisikan menjadi
biomass selnya, sehingga koefisien hasilnya (Y)
adalah 0,44
- Bakteri hanya mampu mempergunakan 32% dari
C yang didekomposisinya menjadi biomass
selnya, sehingg koefisien hasilnya (Y) adalah 0,32
- Sel jamur biasanya memiliki nisbah C/N sekitar
10
 Nitrifikasi

 Nitrifikasi merupakan fenomena biologi dimana

amonium ditransformasi ke bentuk nitrit. Proses ini
terjadi pada semua tanah yang beraerasi normal,
proses ini merupakan pelengkap dari proses
mineralisasi dan juga menyangkut transformasi
pupuk-pupuk ammoniak.
Beberapa cara proses nitrifikasi
 Nitrifikasi autotroph, pengubahan amonium
(sebenarnya amonia pada level enzim) menjadi nitrit oleh
kemolitotrof yaitu bakteri pengoksidasi amonia dari genera
“Nitroso”
 Nitrifikasi heterotrop. Nitrifikasi heterotrof ini adalah
suato proses oksidasi N organik dan NH3 yang dilakukan
oleh bakteri, aktinomisetes dan jamur kemoheterotropik
seperti Arthrobacter, Streptomyces dan Aspergillus flavus
dimana mereka tidak begitu menuntut keadaan ekologi
yang begitu khusus, namun hasilnya lebih rendah.
Nitrifikasi heterotrof menghasilkan NO2- dan NO3- di
dalam tanah yang sangat masam, pada kondisi mana
nitrifikasi autotrof tidak bisa terjadi.
Faktor yang Mempengaruhi Nitrifikasi.

 Banyak faktor yang mempengaruhi nitrifikasi. Faktor

utama adalah hetersediaan amonium. Jika
dekomposisi dan N mineralisasi rendah atau jika NH4+
diambil oleh tanaman maupun N diimobilisasi
organisme heterotroph tinggi maka laju nitrifikasi
akan rendah. Pada pertanian yang mempergunakan
cara konvensional (pemupukan) akan mengakibatkan
ketersediaan NO3-N di dalam tanah lebih tinggi
dibandingkan pada pertanian organik maupun
pertanian terpadu (Koehn et al, 2002).
Faktor utama lainnya yang paling
mempengaruhi adalah keberadaan
dari organisme penitrifikasi.
Sementara keberadaan organisme
penitrifikasi dipengaruhi oleh
kondisi aerasi tanah (oksigen),
ketersediaan substrat, temperatur,
pH tanah..
Penghambat Proses Nitrifiksasi

 Selain faktor lingkungan, beberapa produk komersial

seperti nitrapyrin dan dicyandimide dapat digunakan
untuk menghambat proses nitrifikasi di dalam tanah
dengan tingkat keberhasilan yang bervariasi.
Beberapa penghambat nitrifikasi komersial lainnya
adalah pyridine, pyrimidine, amino triazoles, senyawa
sulfat seperti ammonium thiosulfate. Salah satu
inovasi terbaru adalah kalsium karbid dilapisi dengan
parafin (CaC2)(Freney et al, 2000).
 Nasib Nitrat di dalam Tanah

 Nitrat merupakan anion sehingga nitrat sangat mudah

tercuci. Konsekuensi dari tercucinya nitrat dari tanah
adalah hilangnya N yang dapat diambil oleh tanaman.
Ketika nitrat tercuci, harus ada kation dengan jumlah
yang sama ikut serta untuk menjaga keseimbangan.
Sehingga, pencucian nitrat juga akan mengakibatkan
pengurangan kation seperti K+, dan Ca2+. Nitrat yang
tercuci akan bermuara dalam air dalam tanah atau
sungai, yang berpotensial menurunkan kualitas
lingkungan.
Nitrat dapat diasimilasi oleh mikroorganisme
dan tanaman. Proses asimilasi
penguranganan nitrate (assimilation nitrate
reduction , AND) memerlukan energi untuk
mengubah nitrat menjadi amonium kemudian
menggabungkan amonium ke dalam asam
amino. Kemampuan tanaman mengambil
amonium maupun nitrat berbeda-beda. Jika
amonium dan nitrat tersedia keduanya dalam
larutan tanah, maka tanaman akan memilih
mengambil amonium dibandingkan nitrat.
 Reduksi Nitrat (Denitrifikasi)

 Denitrifikasi merupakan reduksi biokimia nitrat jadi

senyawa gas N2, N2O dan kadang-kadang NO. Secara
garis besar mekanisme kehilangan N dari tanah bisa
melalui 3 cara yaitu kehilangan ammonia melalui
proses non biologi, dekomposisi kimia nitrit, dan
denitrifikasi mikrobia.
 Sebanyak ¼ atau lebih dari ammonium yang diberikan
dalam bentuk pupuk atau yang terbentuk secara
microbial hilang dalam bentuk gas.
. Mekanisme utama kehilangan N adalah
melalui proses denitrifikasi biologi. Hasil
penelitian di laboratorium menunjukkan
kehilangan N melalui proses ini terutama
sekali dalam bentuk N2. Kenyataannya
laju evolusi gas bervariasi dari tempat ke
tempat tergantung pada suhu, aerasi,
bahan organik, dan factor lain. Ditaksir
sekitar 0.003 hingga 0.30 kg N2O dan
sekitar 0.001 hingga 0.02 kg NO
hilang/hari/ha.
 Denitrifikasi merupakan proses-proses mikrobia
dimana nitrat direduksi menjadi bentuk gas (oksida nitrat
dan N molekul) seperti gambaran reaksi sebagai berikut:
2 NO3-  2 NO2-  2 NO  N2O  N2
Proses ini terjadi pada keadaan anaerob, dimana
mikroorganisme pelaku proses tersebut menggunakan nitrat
sebagai penerima electron sebagai pengganti O2 dalam proses
respirasi. Proses ini dihambat oleh oksigen (O2).
Proses ini terjadi beberapa tahap, dan setiap tahap
dikatalisis oleh enzim yang berbeda, berturut-turut enzim Nitrat
reduktase, enzim Nitrit reduktase, Oksida nitrit reduktasi,
Oksida nitrus reduktase
Dikenal dua bentuk proses reduksi nitrat yaitu :
Reduksi dissimilatris, merupakan proses yang
menyebabkan terbentuknya nitrit.
Reduksi assimilatris, prsoses yang menyebabkan
terbentuknya ammoniak, yaitu senyawa penyusun
protein dan bentuk N lainnya dari jasad hidup.
Mikriorganisme yang berperan di dalam proses
denitrifikasi ini adalah kelompok bakteri yang
terdiri dari berbagai jenis seperti : Bacillus,
Pseudomonas, Acrobakter, Acromobacter,
Alcaligenes, Paracoccus, Hyphomicrobium dan
Thiobacillus denitrificans.
Faktor yang Mempengaruhi Denitrifikasi
 Aerasi. Proses denitrifikasi terjadi hanya bila
ketersediaan O2 tidak mencukupi, meskipun O2
diperlukan untuk pembentukan nitrit dan nitrat yang
diperlukaan untuk terjadinya proses denitrifikasi..
 Sifat dan jumlah bahan organik: Laju denitrifikasi
rendah pada tanah yang miskin bahan organik
daripada tanah-tanah yang kaya bahan organik.
Keefektifan senyawa-senyawa organik dalam
mendorong denitrifikasi pada tanah-tanah tergenang
sebanding dengan ketersediaannya.
 Kehilangan N meningkat pada tanah yang ditambah
bahan-bahan karbonat.
Kelembaban. Kehilaangan N tidak terjadi pada
tingkat kelembaban < 60 % kapasitas lapang
tanpa memperhatikan ketersediaan
karbohidrat, konsentrasi nitrat aatau pH.
Diatas nilai ini laju denitrifikasi berbanding
langsung dengan kelembaban. Pengaruh air
ditunjukkan oleh peranan pentingnya dalam
diffusi O2 ketempat-tempat aktifitas mikrobia.
pH. Kebanyakan bakteri denitrifikasi peka
terhadap konsentrasi ion H yang tinggi. Pada
tanah-tanah tertentu denitrifikasi masih
terjadi pada pH < 4.7. pH yang optimum
untuk proses denitrifikasi ini tidak jelas.
Suhu. Suhu optimum untuk terjadinya proses
denitrifikasi terletak pada ≥ 25oC.
 Fiksasi N2 Udara
 Pada ekosistem tanah-tanaman cendrung miskin
nitrogen akibat proses pencucian dan denitrifikasi.
Pencucian melalui air hujan, membawa bentuk N larut
terutama dalam bentuk nitrit, merupakan penyebab
utama hilangnya nitrogen. Disamping itu proses
denitrifikasi penyebab kehilangan N yang cukup besar,
bisa mencapai puluhan kilogram N per hektar per
tahun. Kehilangan N dari tanah pertanian diatasi
terutama sekali dengan pemberian pupuk N dan proses
fiksasi biologi N molekul.
Fiksasi N2 secara biologi, dimana terjadi
pengubahan bentuk N2 menjadi N organik,
merupakan proses utama yang
mengembalikan N ke dalam tanah.
Kenyataan di lapangan menunjukkan
bahwa laju fiksasi gas N2 baik secara biologi
maupun yang dijalankan pada industri
pupuk tidak dapat mengimbangi laju
denitrifikasi (yaitu perubahan nitrat
menjadi nitrous oksida (N2O) dan
kemudian menjadi gas dinitrogen (N2)),
sehingga mengakibatkan N merupakan
polutan utama dewasa ini (Galloway et al,
2003).
 Pembatas siklus N dan pengaruh praktek
pertanian terhadap siklus N
Siklus N dibatasi oleh berbagai kondisi berikut:
 Aktifitas enzim nitrogenase yang berperan dalam
fiksasi N bisa terganggu oleh oksigen.
 Bakteri yang berperan dalam proses fiksasi N peka
terhadap kemasaman
 Semua bakteri memerlukan ketersediaan air yang
cukup, tapi tidak terlalu banyak
 Praktek pertanian
Praktek pertanian dapat mempengaruhi siklus N
melalui:
 Pengaruh positif melalui penggunaan pupuk kandang, mulsa
akan meningkatkan laju siklus N.
 Pengaruh negatif anatara lain seperti pengolahan tanah yang
menyebabkan peningkatan kandungan O2 atmosfir tanah,
akan menyebabkan penurunan fiksasi N.
Pemakaian pupuk kimia bisa meningkatkan
kemasaman tanah sehingga menurunkan fiksasi N.
Erosi yang sering terjadi pada tanah-tanah pertanan
menyebabkan tercucinya bakteri-bakteri yang
berperan dalam siklus N