PCR

Polimerase Chain Reaction

Aprilia Indra Kartika, S. Pd., M.Biotech
Kartika.biotechugm@gmail.com
 Polymerase Chain Reaction
• PCR merupakan teknik yang sering digunakan dalam bidang
biologi molekuler.
• Amplifikasi dari satu atau beberapa kopian dari DNA
diperbesar menjadi jutaan lebih kopi bagian DNA.

DNA polimerase digunakan untuk

mengamplifikasi potongan dari DNA
secara in vitro dengan prinsip kerja
replikasi enzimatik

Menggunakan 2 primer oligonucleotida yang

berkomplementer membentuk strand yang
berlawanan pada duplek DNA
Sejarah PCR
Komponen PCR
• Persiapan template
• Primer
• Konsentrasi MgCl2 - Buffer PCR
• konsentrasi d NTP
• Taq polimerase
• Setting up PCR reaction
• Post-PCR analysis
 Thermus aquaticus (Taq)
• DNA polimerase yang tahan terhadap panas
 Komponen Reaksi
1. Persiapan template

 Jumlah template dalam reaksi sangat

mempengaruhi keberhasilan PCR
 Hindari melarutkan template dengan TE buffer –
EDTA karena akan menghilangkan kandungan Mg2+
 Gunakan 5-10 mM Tris (pH 7-8) atau air untuk
melarutkan template
 Komponen Reaksi
2. Primer
• Urutan nukleotida dengan panjang tertentu yang
berfungsi sebagai inisiator reaksi PCR
Pada umumnya :
• Panjang primer : 18-24 nukleotida
• GC content : 40-60 %
• Tidak mengandung struktur sekunder
• Tidak berkomplementer dengan ujung 3’ akhir
untuk menghindari adanya primer-dimer
Cara membuat primer
Cara membuat primer
Cara membuat primer
Cara membuat primer
Menentukan suhu PCR
Mengubah fasta Protein menjadi nukleotida
NCBI : Primer Pair
Clustal W – primers check
Multalin- primers check