Multiplex PCR

Kelompok III
• Asmiah (PO.17.3.203.006)
• Bahauddin (PO.17.3.203.007)
• Doorje Siahaya (PO.17.3.203.008)
• Rofika (PO.17.3.203.022)
Place Your Picture Here

DEFINISI PCR

PCR atau Polymerase Chain

Reaction adalah suatu teknik yang digunakan
untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada
target tertentu dengan cara mensintesis
molekul DNA baru yang komplemen dengan
DNA target tersebut melalui bantuan enzim dan
oligonukleotida sebagai primer dalam suatu alat
yang disebut thermocycler.

Metode ini sangat efisien dan spesifik

digunakan dalam pendeteksian suatu
organisme maupun gen. 
 Multiplex PCR
Multiplex PCR adalah adaptasi dari teknik PCR yang memungkinkan amplifikasi secara simultan dari berbagai sekuen gen.
Multiplex PCR berisi berbagai macam set primer dengan campuran reagen PCR tunggal untuk memproduksi amplikon dari
berbagai ukuran yang spesifik terhadap sekuens DNA yang berbeda.
Dengan pentargetan gen sekaligus, informasi tambahan dapat diperoleh dari running-test tunggal yang tidak akan
membutuhkan beberapa kali reagen dan lebih banyak waktu.

PORTFOLIO
PRESENTATION
DESIGNED
Place Your Picture Here

Prinsip Dasar Multiplex PCR

Multiplex PCR berisi

berbagai macam set primer
dengan campuran reagen
PCR tunggal untuk
memproduksi amplikon dari
berbagai ukuran yang
spesifik terhadap sekuens
DNA yang berbeda.
 2 TIPE
MULTIPLEX PCR
Single Template PCR Reaction

1 Teknik ini menggunakan template tunggal

yang dapat menjadi DNA genom.

MultipleTemplate PCR Reaction

2 Teknik ini menggunakan template

yang beragam dengan beberapa
primer pada satu tabung reaksi.
Optimalisasi Berbagai Komponen Reaksi
pada Multiplex CPR

Kuantitas Konsentrasi Konsentrasi Jumlah DNA Adjuvan

Primer MgCl2 dan Buffer Template yang
yang dNTP (Larutan digunakan
digunakan Penyangga)
Kuantitas Primer yang digunakan

• Pada awalnya, konsentrasi primer

1 equimolar sebanyak masing- masing

0,1-0,5 μM digunakan dalam PCR
multipleks.

• Ketika ada amplifikasi yang tidak merata setelah

2
reaksi dioptimalkan untuk kondisi siklus,
diperlukan perubahan proporsi berbagai primer
dalam reaksi, dengan peningkatan jumlah primer
untuk sampel yang "lemah". dan penurunan
jumlah primer untuk sampel yang "kuat".

3
• Konsentrasi akhir primer (0,04-0,5 μM)
akan sangat bervariasi di setiap
sampel.
Konsentrasi MgCl2 dan dNTP

Konsentrasi MgCl2
• MgCl2 dijaga konstan pada konsentrasi 2 mM

Konsentrasi dNTP
• Sedangkan konsentrasi dNTP meningkat bertahap 0,5-1,6 mM.

Optimalisasi Mg2
• Optimalisasi Mg2 sangat penting karena DNA polimerase
adalah enzim yang bergantung pada konsentrasi
magnesium
 Konsentrasi Buffer
• Meningkatkan konsentrasi buffer (larutan penyangga) dua kali lipat
akan meningkatkan efisiensi reaksi multiplex

Jumlah DNA template

• Jumlah DNA template dioptimalkan pada angka rendah dan
berbagai konsentrasi DNA polimerasi diuji untuk memperoleh
amplifikasi spesifik dan efisien.

Adjuvan yang digunakan

• Reaksi PCR multipleks yang sulit dapat ditingkatkan secara signifikan
dengan menggunakan berbagai bahan aditif PCR, seperti DMSO,
gliserol dan BSA yang membuat proses denaturasi lebih mudah
 Tahap Metode PCR Pada tahap penempelan
primer, ikatan hidrogen akan
terbentuk antara primer dengan
urutan komplemen pada
template. Proses ini biasanya
dilakukan pada suhu 50 o - 60oC.

Prinsip dasar metode PCR Tahap 1 Tahap 3

terdiri atas 3 tahap,
yaitu denaturasi (pemutusan
untai ganda DNA menjadi untai
tunggal), annealing (penempel
an primer pada daerah target), Tahap 2
dan elongasi (proses
Pada tahap denaturasi, Pada tahap elongasi, primer yang
pemanjangan rantai DNA DNA untai ganda akan telah menempel tadi akan
target).  membuka menjadi dua mengalami perpanjangan pada sisi
untai tunggal dengan 3’nya dengan penambahan dNTP
bantuan suhu yang komplemen dengan template
denaturasi yang cukup oleh DNA polimerase. Durasi tahap
tinggi, yaitu 90o - 95oC ini biasanya 1 menit dengan suhu
selama 1-2 menit.  72oC.
Keuntungan Multiplex CPR
Proses penargetan gen tidak membutuhkan beberapa kali
pemakaian reagen dan waktu yang diperlukan lebih
singkat.

Dalam satu kali proses reaksi dapat mendeteksi banyak

gen.

Dapat menjadi alat diagnosis yang berguna untuk

identifikasi cepat strain mikroorganisme.
Kerugian Multiplex CPR

Proses optimalisasi yang sulit karena banyaknya

komponen yang diperlukan.

Keberadaan primer yang beragam dapat berujung pada

hibridisasi silang.

Tingkat efisiensi amplikasi yang rendah membatasi

pengembangan dan pengaplikasiannya.
Pengaplikasian Multiplex CPR di Bidang Medis
Analisis
Identifikasi
mutasi dan
patogen
delesi gen

Alat skrining
dan diagnosis Deteksi RNA
cepat

Studi forensik
TERIMA KASIH