Isi
1 Struktur dan genom
3 Viral protein
o 3.2 Agnoprotein
4 Taksonomi
5 Polomavirus manusia
o 5.1 Daftar polyomavirus manusia
5.2.1 SV40
o 5.3 Diagnosa
6 Sejarah
7 Referensi
8 Pranala luar
Sebuah rendering dari kapsid virus icosahedral yang terdiri dari 72 pentamers VPom
polomavirus murine , diwarnai sedemikian rupa sehingga area permukaan mendekati pusat
interior tampak berwarna biru dan daerah-daerah yang jauh lebih jauh tampak berwarna
merah. Diberi dari PDB : 1SIE .
Polyomavirus adalah virus DNA beruntai ganda yang tidak diliputi dengan genom melingkar
sekitar 5000 pasang basa . Genom tersebut dikemas dalam kapsid virus berdiameter sekitar
40-50 nanometer , yang berbentuk icosahedral (T = 7 simetri). Kapsid terdiri dari 72
kapomen pentamerik protein yang disebut VP1 , yang mampu melakukan self-assembly
menjadi icosahedron tertutup; [11] setiap pentamer VP1 dikaitkan dengan satu molekul dari
satu dari dua protein kapsid lainnya, VP2 atau VP3. [12]
Struktur genom virus WU , polyomavirus manusia. Daerah awal ditunjukkan di sebelah kiri
dan berisi protein TAg (antigen tumor); Wilayah akhir berada di sebelah kanan dan
mengandung protein kapsid. [13]
Genom kode polomavirus khas untuk antara 5 dan 9 protein , terbagi menjadi dua daerah
transkripsi yang disebut daerah awal dan akhir karena waktu selama infeksi dimana mereka
ditranskripsikan. Setiap daerah ditranskripsikan oleh RNA polimerase II sel induk sebagai
satu RNA pra-pembawa tunggal yang mengandung banyak gen. Wilayah awal biasanya kode
untuk dua protein, antigen tumor kecil dan besar, diproduksi oleh splicing alternatif . Wilayah
akhir berisi tiga protein struktural kapsul VP1, VP2, dan VP3, diproduksi oleh situs mulai
translasi alternatif . Gen tambahan dan variasi lainnya pada tema ini ada pada beberapa virus:
misalnya, pigmen poliomavirus memiliki protein ketiga yang disebut antigen tumor tengah di
wilayah awal, yang sangat efisien dalam menginduksi transformasi seluler ; SV40 memiliki
protein kapsid tambahan VP4; Beberapa contoh memiliki protein pengatur tambahan yang
disebut agnoprotein yang diekspresikan dari daerah akhir. Genom juga mengandung daerah
kontrol atau peraturan non-coding yang mengandung promotor daerah awal dan akhir, situs
mulai transkripsi, dan asal mula replikasi . [10] [12] [14]
Pengaturan Segmentasi
Marga Struktur Simetri Kapsid
genomik genomik
Tidak
Polyomavirus Icosahedral T = 7 Bundar Monopartit
diselimuti
Siklus hidup poliomavirus dimulai dengan masuk ke sel inang . Reseptor seluler untuk
polyomavirus adalah residu asam sialat glycans , umumnya gangliosida . Keterikatan
polyomavirus ke sel inang dimediasi oleh pengikatan VP1 ke sialylated glycans pada
permukaan sel. [10] [14] [15] Pada beberapa virus tertentu, interaksi sel-permukaan tambahan
terjadi; Sebagai contoh, virus JC diyakini memerlukan interaksi dengan reseptor 5HT2A dan
virus merk Merkel dengan heparan sulfate . [14] Namun, pada umumnya interaksi sel-sel
dimediasi oleh molekul yang biasa terjadi pada permukaan sel, dan oleh karena itu
kemungkinan bukan merupakan penyumbang utama trofi tipe sel yang diamati oleh virus
individu. [14] Setelah mengikat molekul pada permukaan sel, virion tersebut endositik dan
memasuki retikulum endoplasma - sebuah perilaku yang unik di antara virus-virus yang tidak
terbungkus yang dikenal [16] - di mana struktur kapsid virus kemungkinan akan terganggu oleh
tindakan sel inang. Disulfida enzim isomerase . [10] [17]
Rincian transit ke nukleus tidak jelas dan mungkin berbeda antara polyomavirus individu.
Telah sering dilaporkan bahwa partikel virion utuh, meskipun terdistorsi dilepaskan dari
retikulum endoplasma ke dalam sitoplasma sel, dimana genom dilepaskan dari kapsid,
kemungkinan karena konsentrasi kalsium rendah di sitoplasma. [16] Baik ekspresi gen virus
dan replikasi genom virus terjadi di nukleus menggunakan sel inang. Gen awal - yang terdiri
dari minimal antigen tumor kecil (ST) dan antigen tumor besar (LT) - diekspresikan pertama,
dari untai RNA pembawa pesan alternatif . Protein ini berfungsi untuk memanipulasi siklus
sel inang - meregulasi transisi dari fase G1 ke fase S , ketika genom sel inang direplikasi -
karena mesin replikasi DNA sel induk diperlukan untuk replikasi genom virus. [10] [14]
Mekanisme yang tepat dari disregulasi ini bergantung pada virus; Sebagai contoh, SV40 LT
dapat secara langsung mengikat p53 sel inang, namun murine polomavirus LT tidak. [18] LT
menginduksi replikasi DNA dari daerah kontrol non-pengkodean genom virus (NCCR),
setelah itu ekspresi mRNA awal berkurang dan ekspresi mRNA akhir, yang mengkodekan
protein kapsid virus, dimulai. [17] Beberapa mekanisme telah dijelaskan untuk mengatur
transisi dari ekspresi gen awal sampai akhir, termasuk keterlibatan protein LT dalam menekan
promoter awal, [17] ekspresi mRNA akhir yang tidak diakhiri dengan ekstensi yang
melengkapi mRNA awal, [14] dan ekspresi regulasi microRNA . [14]
Ekspresi gen akhir menghasilkan akumulasi protein kapsid virus dalam sitoplasma sel inang.
Komponen kapsid masuk ke dalam nukleus untuk mengenkapsulasi DNA genom virus baru.
Virion baru bisa dipasang di pabrik virus . [10] Mekanisme pelepasan virus dari sel inang
bervariasi antar polomavirus; Beberapa protein ekspres yang memfasilitasi keluarnya sel,
seperti agnoprotein atau VP4 . [17] Dalam beberapa kasus, tingkat tinggi virus encapsidated
menghasilkan lisis sel, melepaskan virion. [14]
Antigen tumor besar memainkan peran kunci dalam mengatur siklus hidup virus dengan
mengikat asal virus replikasi DNA dimana ia mempromosikan sintesis DNA. Juga karena
poliomavirus bergantung pada mesin sel induk untuk mereplikasi sel inang perlu berada
dalam fase s untuk memulai ini. Karena ini, T-antigen besar juga memodulasi jalur sinyal
seluler untuk merangsang perkembangan siklus sel dengan mengikat sejumlah protein kontrol
seluler. [19] Hal ini dicapai dengan dua serangan cabang untuk menghambat gen penekan
tumor p53 dan anggota keluarga retinoblastoma (pRB), [20] dan menstimulasi jalur
pertumbuhan sel dengan mengikat DNA seluler, ATPase-helicase, asosiasi DNA polimerase
, dan Pengikatan faktor prinitiasi transkripsi transkripsi. [21] Rangsangan abnormal dari siklus
sel ini adalah kekuatan yang kuat untuk transformasi onkogenik.
Protein antigen tumor kecil juga mampu mengaktifkan beberapa jalur seluler yang
merangsang proliferasi sel. Antigen T Polomavirus kecil biasanya menargetkan protein
fosfatase 2A ( PP2A ), [22] sebuah pengatur multisubunit kunci dari beberapa jalur termasuk
Akt , jalur protein kinase mitogen-activated, dan jalur protein kinase yang dinaikkan stres
(SAPK). [23] [24] Merkel polyomavirus sel kecil antigen T mengkodekan domain unik, yang
disebut LT-stabilization domain (LSD), yang mengikat dan menghambat ligase FBXW7 E3
yang mengatur oncoprotein seluler dan virus. [25] Tidak seperti SV40, antigen T MCV kecil
secara langsung mengubah sel hewan pengerat secara in vitro. [26]
Antigen tumor tengah digunakan pada organisme model yang dikembangkan untuk
mempelajari kanker, seperti sistem MMTV-PyMT dimana T tengah digabungkan ke promotor
MMTV . Di sana ia berfungsi sebagai onkogen , sedangkan jaringan dimana tumor
berkembang ditentukan oleh promotor MMTV.
Agnoprotein
Agnoprotein adalah protein fosfat multifungsi kecil yang ditemukan di bagian akhir
pengkodean genom beberapa polomavirus, terutama virus BK, virus JC , dan SV40 . Hal ini
penting untuk proliferasi pada virus yang mengekspresikannya dan dianggap terlibat dalam
mengatur siklus hidup virus, terutama replikasi dan keluar virus dari sel inang, namun
mekanisme pastinya tidak jelas. [27] [28]
Taksonomi
Polomavirus adalah anggota kelompok I (virus dsDNA). Klasifikasi Polyomaviruses telah
menjadi subyek beberapa usulan revisi saat anggota baru kelompok tersebut ditemukan.
Dahulu, polyomavirus dan papillomavirus , yang memiliki banyak fitur struktural namun
memiliki organisasi genomik yang sangat berbeda, dikelompokkan bersama dalam famili
Papovaviridae yang sekarang sudah usang. [1] (Nama Papovaviridae berasal dari tiga
singkatan: Pa untuk Papillomavirus , Po untuk Polyomavirus , dan Va untuk "vacuolating.")
[29]
Polomavirus terbagi menjadi tiga kelompok besar (yaitu kelompok yang terkait dengan
genetika): Klade SV40, klem unggas, dan kloning polinomirus murine. [30] Reklasifikasi
selanjutnya oleh Komite Internasional untuk Taksonomi Virus (ICTV) merekomendasikan
untuk membagi keluarga Polyomaviridae menjadi tiga genera: [31]
Genus Orthopolyomavirus (jenis spesies SV40 )
Sistem klasifikasi ICTV saat ini mengenali empat genera dan 76 spesies, yang tiga tidak
dapat diberi genus. Sistem ini mempertahankan perbedaan antara virus unggas dan mamalia,
mengelompokkan subset burung ke genus Gammapolyomavirus. [1] [2]
Virus tambahan terus dideskripsikan. Ini termasuk poliomavirus berang-berang laut 1 [32] dan
Alpaca polyomavirus [33]
Human polyomaviruses
Kebanyakan polyomavirus tidak menginfeksi manusia. Dari poliomavirus yang di katalog
pada tahun 2016, total 13 spesies dikenal memiliki host manusia. [2] Banyak polomavirus
manusia yang sangat umum dan asimtomatik. [4] [5] Namun, beberapa poliomavirus dikaitkan
dengan penyakit manusia, terutama pada orang dengan immunocompromised. MCV sangat
berbeda dari polomavirus manusia lainnya dan paling erat kaitannya dengan murine
polyomavirus. Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSV) berhubungan erat
dengan MCV. Dua virus-HPyV6 dan HPyV7-paling erat kaitannya dengan virus KI dan WU,
sementara HPyV9 paling dekat hubungannya dengan polyomavirus limfotropik yang berasal
dari monyet Afrika (LPV). Virus keempat belas telah terdeposit. [34] Virus polimena IARC
Lyon terkait dengan virus polyoma rakun.
Berikut 13 polomavirus dengan host manusia telah diidentifikasi dan genomnya diurutkan
pada tahun 2016: [2]
Usula Tahun
Singkata NCBI Klinis berkorelasi Referen
Jenis n Nama virus penemua
n RefSeq (jika ada) si
genus n
Polomavir
Merkel sel NC_01027 Kanker sel Merkel [35] [36] [37]
us manusia Alfa MCPyV 2008 [12]
polyomavirus 7
5
[38] [39]
Polomavir Alfa Trichodysplas TSPyV NC_01436 2010 Trichodysplasia
us manusia ia spinulosa 1 spinulosa [12]
8 polyomavirus
Polomavir
Polomavirus NC_01515 Tidak ada yang [40]
us manusia Alfa HPyV9 2011
manusia 9 0 diketahui
9
Polomavir
Polomavirus NC_02089 [41]
us manusia Alfa HPyV12 2013 Tidak diketahui
manusia 12 0
12
Polomavir
Poliomavirus NC_02411 Tidak ada yang [42]
us manusia Alfa NJPyV 2014
New Jersey 8 diketahui
13
Nefropati terkait
Polomavir
BK NC_00153 Polyomavirus ; [43]
us manusia Beta BKPyV 1971
polyomavirus 8 Sistitis hemoragik
1 [12]
Polomavir Leukoencephalopat
JC NC_00169 [44]
us manusia Beta JCPyV 1971 hy multifokal
polyomavirus 9 [12]
2 progresif
Polomavir
KI NC_00923 Tidak ada yang [45]
us manusia Beta KIPyV 2007
polyomavirus 8 diketahui
3
Polomavir
WU NC_00953 Tidak ada yang [46]
us manusia Beta WUPyV 2007
polyomavirus 9 diketahui
4
HPyV6 terkait
Polomavir
Polomavirus NC_01440 pruritus dan [48]
us manusia Delta HPyV6 2010
manusia 6 6 diskeratotik
6
dermatitis [47]
Polomavir HPEV7 terkait
Polomavirus NC_01440 [48]
us manusia Delta HPyV7 2010 epitel hiperplasia
manusia 7 7 [47] [49] [50]
7
Polomavir
MW NC_01810 Tidak ada yang [51] [52] [53]
us manusia Delta MWPyV 2012
polyomavirus 2 diketahui
10
Polomavir
STL NC_02010 Tidak ada yang [54]
us manusia Delta STLPyV 2013
polyomavirus 6 diketahui
11
Genus Deltapolyomavirus yang diusulkan hanya berisi empat virus manusia yang
ditunjukkan, dengan polomavirus manusia 6 sebagai spesies jenis. Kelompok Alpha dan Beta
mengandung virus yang menginfeksi berbagai mamalia. Kelompok Gamma mengandung
virus unggas. Asosiasi penyakit signifikan secara klinis hanya ditunjukkan di mana kausalitas
diharapkan terjadi.
Antibodi terhadap polioavirus limfotropik monyet telah terdeteksi pada manusia yang
menunjukkan bahwa virus ini - atau virus yang terkait erat - dapat menginfeksi manusia. [56]
Relevansi klinis
Semua polomavirus adalah infeksi anak-anak dan dewasa yang sangat umum. [57] Sebagian
besar infeksi ini tampaknya menyebabkan sedikit atau tidak ada gejala. Virus ini mungkin
bertahan seumur hidup di antara hampir semua orang dewasa. Penyakit yang disebabkan oleh
infeksi polioavirus manusia paling sering terjadi pada orang yang immunocompromised ;
Asosiasi penyakit termasuk virus BK dengan nefropati pada transplantasi ginjal dan pasien
transplantasi organ ginjal non-ginjal, [6] [7] virus JC dengan leukoencephalopathy multifokal
progresif , [8] dan virus merk Merkel (MCV) dengan kanker sel Merkel . [9]
SV40
SV40 bereplikasi di ginjal monyet tanpa menyebabkan penyakit, namun dapat menyebabkan
kanker pada hewan pengerat dalam kondisi laboratorium. Pada tahun 1950an dan awal
1960an, lebih dari 100 juta orang mungkin telah terpapar SV40 karena kontaminasi vaksin
polio SV40 yang sebelumnya tidak terdeteksi, yang memicu kekhawatiran tentang
kemungkinan bahwa virus tersebut dapat menyebabkan penyakit pada manusia. [58] [59]
Meskipun telah dilaporkan hadir pada beberapa kanker manusia, termasuk tumor otak, tumor
tulang , mesothelioma , dan limfoma non-Hodgkin , [60] deteksi akurat sering dikacaukan oleh
tingginya tingkat reaktivitas silang untuk SV40 Dengan polomavirus manusia yang meluas.
[59]
Sebagian besar ahli virologi menganggap SV40 sebagai penyebab kanker manusia. [58] [61]
[62]
Diagnosis
Diagnosis poliomavirus hampir selalu terjadi setelah infeksi primer karena bersifat
asimtomatik atau sub klinis. Tes antibodi biasanya digunakan untuk mendeteksi adanya
antibodi terhadap virus individual. [63] Uji kompetisi sering diperlukan untuk membedakan
polomavirus yang sangat mirip. [64]
Ada tiga teknik diagnostik utama yang digunakan untuk diagnosis reaktivasi polyomavirus
pada nefropati polomavirus (PVN): sitologi urin, kuantifikasi viral load dalam urin dan darah,
dan biopsi ginjal . [63] Reaktivasi polyomavirus di ginjal dan saluran kencing menyebabkan
penumpahan sel, virion, dan / atau protein virus yang terinfeksi dalam urin. Hal ini
memungkinkan sitologi urine untuk memeriksa sel-sel ini, yang jika ada inklusi nukleus
poliomavirus, adalah diagnostik infeksi. [66] Juga karena urin dari individu yang terinfeksi
akan mengandung virion dan / atau DNA virus, quanitasi viral load dapat dilakukan melalui
PCR. [67] Hal ini juga berlaku untuk darah.
Biopsi ginjal juga dapat digunakan jika dua metode yang baru saja dijelaskan tidak
meyakinkan atau jika viral load spesifik untuk jaringan ginjal diinginkan. Demikian pula
dengan sitologi urin, sel ginjal diperiksa dengan mikroskop cahaya untuk inklusi nukleus
poliomavirus, serta lisis sel dan parsial virus dalam cairan sel ekstra. Viral load seperti
sebelumnya juga diukur dengan PCR. [ Rujukan? ]
Pewarnaan jaringan menggunakan antibodi monoklonal melawan antigen MCV T
menunjukkan kegunaan dalam membedakan karsinoma sel Merkel dari tumor sel kecil
lainnya. [68] Tes darah untuk mendeteksi antibodi MCV telah dikembangkan dan menunjukkan
bahwa infeksi virus menyebar luas walaupun pasien karsinoma sel Merkel memiliki respons
antibodi yang jauh lebih tinggi daripada orang yang terinfeksi asimtomatik. [69] [70] [71] [72]
Sejarah
Murine polyomavirus adalah poliomavirus pertama yang ditemukan, yang telah dilaporkan
oleh Ludwik Gross pada tahun 1953 sebagai ekstrak leukemia tikus yang mampu
menginduksi tumor kelenjar parotid . [73] Agen penyebabnya diidentifikasi sebagai virus oleh
Sarah Stewart dan Bernice Eddy , setelah itu pernah disebut "SE polyoma". [74] [75] [76] Istilah
"polioma" mengacu pada kemampuan virus untuk menghasilkan beberapa tumor (poli) pada
kondisi tertentu. Nama tersebut telah dikritik sebagai "sandwich linguistik tanpa daging"
("tanpa daging" karena kedua morfem di "polyoma" adalah afiks) yang memberi sedikit
wawasan tentang biologi virus; Faktanya, penelitian selanjutnya menemukan bahwa
kebanyakan polomavirus jarang menyebabkan penyakit klinis yang signifikan pada
organisme inangnya dalam kondisi alami. [77]
Puluhan poliomavirus telah diidentifikasi dan diurutkan pada 2016, menginfeksi terutama
burung dan mamalia. Dua polyomavirus diketahui menginfeksi ikan, bass laut hitam [78] dan
seabream gilthead . [79] Sebanyak tiga belas poliomavirus dikenal menginfeksi manusia. [2]
Referensi
1.