TUGAS KIMIA MEDISINAL

Nama : Rina Nur Azizah

NPM :260110100104


Jurnal:
2D QSAR Analysis on B-Ring Trifluromethylated Chromenone Analogues as
Anticancer Agents.
(Sumber: International Journal Of Advances in Pharmacy, Biology And Chemistry,
2012)
Author:
RB. Patil and SD. Sawant

Equation:




Interpretasi Model
Di antara ke-empat model yang dihasilkan, model 1 adalah yang paling
signifikan karena memiliki nilai koefisien korelasi tervalidasi silang (cross
validated correlation Coefficient) tertinggi ( CV_r2 : 0,9985 ) . Regresi Model
(Model 1) memiliki standard error (s : 0,1851) yang menjelaskan kemampuan
prediksi dengan standar kesalahan 0,1851 unit. Kuadrat oefisien korelasi (r
2
:
0,8271) menujukkan nilai yang cukup dekat dengan koefisien korelasi tervalidasi
silang. Hal ini menjelaskan kemampuan prediktif yang lebih baik.
Jumlah residual nilai kuadrat ( RSS : 0,5139 ) adalah varians dalam residu
yang tidak diperhitungkan dalam metode regresi . Jumlah prediktif nilai kuadrat
(PRESS : 0,004397) untuk Model 1 jauh lebih kecil dari model lain dan juga jauh
lebih kecil dari jumlah total nilai kuadrat ( 2,9732 ). Koefisien kuadrat prediktif
(pred_r2) untuk model 1 adalah 0,827 yang menjelaskan kemampuan prediksi
model . Adapun deskriptor yang terdapat dalam Model 1 antara lain:
Indeks Kier Chi4 (path / cluster) merupakan Indeks konektivitas
molekular yang dikembangkan oleh Hall dan Kier yang
mencerminkan identitas atom, lingkungan ikatan dan jumlah
ikatan hidrogen dan order 4 serta jalan / cluster tipe .
Indeks Kier Chi4 (path) yaitu Indeks konektivitas molekul
urutan/order 4 dan jenis path/cluster.
Indeks KAlpha3 merupakan Indeks bentuk molekul yang
didasarkan pada asumsi bahwa bentuk molekul adalah fungsi dari
jumlah atom dan hubungan ikatan. Indeks KAlpha3 menunjukkan
kontribusi masing-masing atom terhadap keseluruhan bentuk
molekul berdasarkan perbandingan dengan karbon sp
3
atom.
Mp merupakan deskriptor konstitusional yang menggambaran
atom dengan polarisabilitas tertentu ( skala pada atom karbon).
IDDE merupakan salah satu indeks informasi yang menandakan isi
informasi pada kesetaraan tingkat jarak.
MWCO7 merupakan perhitungan pergerakan dan garis edar
molekul serta menandakan jumlah pergerakan molekul
urutan/order 7.
JGI5 merupakan indeks muatantopologi dan menandakan indeks
muatan topologi urutan/order 5.
TI1 merupakan deskriptor topologi yang menandakan indeks
Mohar pertama (first Mohar Index)
TPSA (Tot) yaitu ukuran total luas permukaan area yang bersifat
polar. Deskriptor ini berkontribusi 4,65 % ; 19,73 % ; 12,08 % ;
8,59% ; 15,62 % ; 16,57 % ; 10,45 % ; 5,46% dan 6,85% .
Berdasarkan hasil analisis QSAR Model 1, nilai koefisien yang bernilai negatif dari
Indeks Kier Chi4 (path / cluster) pada aktivitas biologis menunjukkan bahwa nilai
yang lebih rendah menunjukkan aktivitas penghambatan/inhibisi yang lebih baik
sedangkan nilai yang lebih tinggi menyebabkan penurunan aktivitas. Koefisien
yang bernilai positif dari index Kier Chi4 (path) kaitannya dengan aktivitas
biologis, menunjukkan bahwa nilai-nilai yang lebih tinggi menyebabkan aktivitas
yang baik sedangkan nilai yang lebih rendah menyebabkan penurunan aktivitas.
Lalu, koefisien yang bernilai negatif dari indeks KAlpha3 dan MWCO7
menunjukkan hubungan terbalik dengan aktivitas biologis sementara nilai
koefisien positif deskriptor lainnya yaitu Mp, IDDE, JGI5, TI1, dan TPSA (Tot)
berbanding lurus dengan aktivitas biologis. Konektivitas molekul, bentuk molekul
sebagai fungsi dari jumlah atom, parameter jarak, perhitungan pergerakan dan
garis edar molekul, serta parameter topologi muatan, juga turut menentukan
seberapa besar aktivitas antikanker dari suatu senyawa.

Tabel Deskriptor yang Diperhitungkan untuk Analisis QSAR
Physicochemical
Descriptors
Constitutional
Descriptors
Topological
descriptors
Other categories
of
descriptors
Molecular Mass
Molecular Surface area
Molecular Volume
Sv: sum of atomic van der
Waals volumes (scaled on
Carbon atom)
ZM: Zagreb index
Qindex: Quadratic
index
Walk and path
counts
Connectivity indices
Log P
Molecular Refractivity
Kier Chi (atom/
bond/path/pathcluster/
cluster) index of order
0-6
Kier Chi V (atom/
bond/path/pathcluster/
cluster) index of order
0-6
Kappa 1-3 index
KAlpha 1-3 index
Shape flexibility index
Rotatable bonds
Randic Topologic index
Wiener Topologic index
Sum of E-state indices
VAMP (total enery,
electronic enery,
Nuclear
energy, surface area,
mean
polarizability)
Ui: Unsaturation index
Hy: hydrophilic factor
MLOGP: Moriguchi
octanol-water partition
coeff.
(logP)
ALOGP: Ghose-Crippen
octanol-water partition
coeff.

Se: sum of atomic
Sanderson
electronegativities (scaled
on Carbon atom)
Sp: sum of atomic
polarizabilities (scaled on
Carbon atom)
Ss: sum of Kier-Hall
electrotopological states
Mv: mean atomic van der
Waals volume (scaled on
Carbon atom)
Me:mean atomic
Sanderson
electronegativity (scaled on
Carbon atom)
ARR: aromatic ratio
nCIC: number of rings
nDB: number of double
bonds
nH: number of Hydrogen
atoms
nC: number of Carbon
atoms
nR06: number of 6
membered rings
ATS: Broto-Moreau
autocorrelation of a
topological structure
weighted by atomic masses
MATS: Moran
autocorrelation weighted
by atomic masses
VDA: average vertex
distance degree
MSD: mean square
distance index
(Balaban)
SMTI: Schultz
Molecular
Topological Index
(MTI)
RhyDp: reciprocal
hyper-distance-path
index
Wap: all-path
Wiener index
ICR: radial centric
information index
ZM: Zagreb index
Qindex: Quadratic
index
SNar: Narumi simple
topological index
(log)
HNar: Narumi
harmonic
topological index
GNar: Narumi
geometric
topological index
Xt: Total structure
connectivity index
Dz: Pogliani index
Ram: ramification
index
Pol: polarity number
Information indices
2D autocorrelations
Edge adjacency
indices
BCUT descriptors
Topological charge
indices
Eigenvalue-based
indices
Randic molecular
profiles
Geometrical
descriptors
Radial Distribution
Function descriptors
3D-MoRSE
descriptors
WHIM descriptors
GETAWAY
descriptors
Functional group
counts
Atom-centred
fragments
Charge descriptors


KESIMPULAN
Studi hubungan kuantitatif struktur dua dimensi (2D QSAR Analysis) dengan
metode regresi linier berganda dilakukan pada cincin B trifluorometilasi dari
derivatif flavonoid sebagai agen antikanker. Model QSAR dihasilkan secara
statistik. Di antara ke-4 model, model yang paling signifikan adalah Model 1,
dengan nilai kuadrat koefisien korelasi (r
2
), koefisien korelasi tervalidasi silang
(CV_r
2
), dan koefisien korelasi kuadrat prediktif (pred_r
2
) berturut-turut 0,8271 ,
0,9985 dan 0,827. Analisis QSAR juga menunjukkan bahwa deskriptor indeks Kier
Chi4 (path / cluster) , indeks Kier Chi4 (path), indeks KAlpha3, Mp, IDDE,
MWCO7, JGI5, TI1 dan TPSA (tot) berkontribusi terhadap aktivitas antikanker.
Nilai koefisien yang negatif dari indeks Kier Chi4 (path / cluster), indeks KAlpha3
dan MWCO7 menunjukkan bahwa nilai yang lebih rendah dari ke-tiga deskriptor
tersebut menunjukkan aktivitas antikanker yang lebih baik, sedangkan nilai yang
lebih tinggi dari ke-tiga deskriptor menyebabkan penurunan aktivitas antikanker.
Nilai koefisien yang positif dari indeks Kier Chi4 (path), Mp, IDDE, JGI5, TI1 dan
TPSA (tot) menunjukkan bahwa nilai yang lebih tinggi dari deskriptor-deskriptor
tersebut memiliki aktivitas antikanker yang lebih baik sedangkan nilai yang lebih
rendah deskriptor-deskriptor tersebut menyebabkan penurunan aktivitas
antikanker .