R-Value

R-value adalah ukuran kualitas dari model atom yang diperoleh dari data
kristalografi. Ketika memecahkan struktur protein, peneliti terlebih dahulu membangun
model atom dan kemudian menghitung pola difraksi simulasi berdasarkan model tersebut.
R value mengukur seberapa baik pola simulasi difraksi sesuai dengan pola difraksi
eksperimental yang didapatkan dari hasil pegamatan. Satu set atom dalam keadaan acak
akan memberikan nilai R sekitar 0,63, sedangkan atom dalam keadaan fit sempurna akan
memiliki nilai 0. Nilai yang umum sekitar 0,20 (G. J. Kleywegt and T. A. Jones, 1997).
Proses pencocokan (fit) mungkin tidak sempurna karena berbagai alasan. Salah
satu alasan utama adalah bahwa protein dan asam nukleat kristal mengandung kanal air
(channels of water). Air tidak memiliki struktur yang jelas dan tidak termasuk dalam model
atom . Alasan lain termasuk gangguan dan getaran yang tidak diperhitungkan dalam model
(G. J. Kleywegt and T. A. Jones, 1997).
Ada satu masalah potensial dengan menggunakan R-value untuk menilai kualitas
suatu struktur. Proses perbaikan ini sering digunakan untuk meningkatkan model atom
struktur diberikan untuk membuatnya lebih cocok untuk data eksperimental dan
meningkatkan R-value . Sayangnya , ini terkadang menimbulkan bias dalam proses , karena
model atom digunakan bersama dengan pola difraksi untuk menghitung kerapatan
elektron. Penggunaan nilai R-free adalah cara yang kurang bias untuk melihat ini . Sebelum
perbaikan dimulai , sekitar 10 % dari pengamatan eksperimen dikeluarkan dari kumpulan
data. Kemudia , perbaikan dilakukan dengan menggunakan 90 % sisanya . Nilai Rfree
kemudian dihitung dengan melihat seberapa baik model memprediksi 10 % yang tidak
digunakan dalam perbaikan. Untuk model yang ideal, R-free akan mirip dengan R-value.
Biasanya, nilainya sedikit lebih tinggi , dengan nilai sekitar 0,26 (G. J. Kleywegt and T. A.
Jones, 1997).

G. J. Kleywegt and T. A. Jones. 1997. Methods Model Building and Refinement Practice" Methods in
Enzymology 277, 208-230 (1997).