PRAKTIKUM 1

Tugas:
(A) Dengan menggunakan MarvinSketch gambar struktur F6P, F1,6BP, ATP, Asam sitrat,
F2,6BP.
Jawab:
1. Struktur F6P

2. Struktur F1,6BP

3. Struktur ATP

4. Struktur Asam Sitrat

5. Struktur F2,6BP

(B) Lengkapi tabel berikut:

Senyawa

Format SMILES
[H]O[C@@]1([H])[C@]([H])(OOP([H])[H])O[C@@](O[H])(C([H])
([H])OP([H])[H])[C@]1([H])O[H]
[H]OC([H])([H])[C@@]1(OP(=O)(O[H])O[H])O[C@]([H])(C([H])
([H])OP(=O)(O[H])O[H])[C@@]([H])(O[H])[C@]1([H])O[H]
[H]O[C@]1([H])[C@@]([H])(O[H])[C@@]([H])
(O[C@@]1([H])N1C([])=NC2=C1N=C([H])N=C2N([H])[H])C([H])
([H])O[P@](=O)(O[H])O[P@](=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O[H]
[H]OC(=O)C([H])([H])C(O[H])(C(=O)O[H])C([H])([H])C(=O)O[H]

(C) Lakukan analisis konformasi untuk menampilkan struktur dengan energi terendah
masing-masing molekul di atas. Setelah itu lengkapi tabel di bawah ini:

Senyawa

Struktur 3D energi terendah

Energi konformasi (kkal/mol)

F1,6BP

56,38

F2,6BP

109,88

ATP

176,95

Asam sitrat

11,46

(E) Tampilkan struktur 3D dari PFK dengan membuka file 1PFK dengan program
MarvinSpace. Perhatikan komponen apa saja yang ditampilkan dalam file pdb tersebut.
Simpan gambar yang diperoleh dalam bentuk file image.

(F) Fokuskan analisis pada salah satu subunit. Tentukan residu yang terlibat dalam mengikat
substrat F6P dan ATP. Untuk mempermudah pencarian residu dalam pusat katalitik gunakan
Catalytic Site Atlas (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/) untuk mengidentifikasi residu tersebut. Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan
mengatur depth cue atau clipping planes. Simpan hasil analisis ini dalam file image.

PRAKTIKUM II
Selain PFK, regulasi proses glikolisis juga dilakukan pada enzim heksokinase (EC 2.7.1.1),
yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi transfer fosfat dari ATP ke glukosa. Tugas praktikum

di bawah ini akan difokuskan pada dinamika struktur heksokinase dan sebagai ilustrasi
akan digunakan heksokinase dari ragi Saccharomyces cerevisiae.
Tugas:
(A) Tampilkan struktur heksokinase dalam keadaan tidak mengikat substrat (1IG8.pdb) dan
dalam keadaan mengikat substrat (3B8A.pdb). Perhatikan perbedaan struktur keduanya.
Untuk memudahkan, tampilkan kedua struktur dalam bentuk surface dengan pewarnaan
elektrostatik (Dalam MarvinSpace pilih menu Display > Color type > Surface > Electrostatic
Potential). Simpan hasilnya dalam format image untuk ditampilkan dalam laporan.

Dalam bentuk surface:

(B) Fokuskan analisis pada struktur heksokinase yang mengikat substrat, tentukan residu
yang terlibat dalam proses pengikatan subsrat (Gunakan situs CSA bilamana diperlukan).
Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan mengatur depth cue
atau clipping planes. Simpan hasil analisis ini dalam file image.

PRAKTIKUM III
Enzim ketiga yang juga diregulasi dalam proses glikolisis adalah piruvat kinase (PK) (EC
2.1.7.40). Download file pdb dari PK yang berasal dari ragi Saccharomyces cerevisiae dari
www.rscb.org. File pdb yang didownload haruslah yang lengkap dengan substrat dan
kofaktornya.
Tugas:
(A) Apa substrat dari enzim ini. Gambarkan dengan MarvinSketch.

(Beta-Fructose-1,6-Diphosphate)
(B) Tampilkan struktur PK dengan MarvinSpace. Perhatikan jumlah subunit dari enzim ini.
Tampilkan warna yang berbeda untuk tiap subunit (Dalam MarvinSpace hal ini dapat
dilakukan dengan mengatur menu pewarnaan pada Display > Color Type > Macromolecule >

Chain). Buat gambar dengan tampilan terbaik dengan memperhatikan detail dari komponen
lain seperti substrat dan kofaktor lainnya.

(C)
Lakukan
analisis
untuk

menentukan residu yang terlibat dalam pengikatan substrat.

gambar.

Tampilkan dalam bentuk