A. Dengan menggunakan MarvinSketch gambar Struktur F6P, F16BP, ATP, Asam nitrat,
F26BP
Jawab :
Gambar Struktur F6P
Fructose-6Phosphate
Adenosine triphosphate
Gambar Struktur Asam sitrat
Citric acid
F2,6BP
dihydroxy2(hydroxymethyl)5[(phosphonooxy)methyl]
B) Lengkapi Tabel Berikut :
N
o
1
Senyawa
Format SMILES
F1,6BP
F2,6BP
ATP
Asam Sitrat
[H]O[C@@]1([H])[C@]([H])(OOP([H])[H])O[C@@](O[H])(C([H])
([H])OP([H])[H])[C@]1([H])O[H]
[H]OC([H])([H])[C@@]1(OP(=O)(O[H])O[H])O[C@]([H])(C([H])
([H])OP(=O)(O[H])O[H])[C@@]([H])(O[H])[C@]1([H])O[H]
[H]O[C@]1([H])[C@@]([H])(O[H])[C@@]([H])
(O[C@@]1([H])N1C([H])=NC2=C1N=C([H])N=C2N([H])[H])C([H])
([H])O[P@](=O)(O[H])O[P@](=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O[H]
[H]OC(=O)C([H])([H])C(O[H])(C(=O)O[H])C([H])([H])C(=O)O[H]
3) Lakukan analisis konformasi untuk menampilkan struktur dengan energi terendah masingmasing molekuk diatas. Setelah itu lengkapi tabel dibawah ini :
N
o
Senyawa
Energi
konformasi
(kkal/mol)
F1,6BP
Energi
Konformasi :
56.38 kkal/mol
F2,6BP
Energi
Konformasi :
109.88
kkal/mol
ATP
Energi
Konformasi :
176.95 kkal/mol
Asam
Sitrat
Energi
Konformasi :
11,46 kkal/mol
4) Analisis konformasi untuk menampilkan dinamika struktur dari ke empat molekul pada sub
soal C di atas. Identifikasi komponen struktur yang lebih dinamis dibanding komponen lainnya.
Buat tabel pengamatan untuk setiap molekul yang dianalisis.
5) Tampilkan struktur 3D dari PFK dengan membuka file 1PFK dengan program MarvinSpace.
Perhatikan komponen apa saja yang ditampilkan dalam file pdb tersebut. Simpan gambar yang
diperoleh dalam bentuk file image.
6) Fokuskan analisis pada salah satu subunit. Tentukan residu yang terlibat dalam mengikat
substrat F6P dan ATP. Untuk mempermudah pencarian residu dalam pusat katalitik gunakan
Catalytic Site Atlas (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/) untuk mengidentifi- kasi
residu tersebut. Perbesar gambar bilamana diperlukan dan fokuskan analisis dengan mengatur
depth cue atau clipping planes. Simpan hasil analisis ini dalam file image.
Praktikum #2
Selain PFK, regulasi proses glikolisis juga dilakukan pada enzim heksokinase (EC 2.7.1.1), yaitu
enzim yang mengkatalisis reaksi transfer fosfat dari ATP ke glukosa. Tugas praktikum di bawah
ini akan difokuskan pada dinamika struktur heksokinase dan sebagai ilustrasi akan digunakan
heksokinase dari ragi Saccharomyces cerevisiae.
Tugas:
(A) Tampilkan struktur heksokinase dalam keadaan tidak mengikat substrat (1IG8.pdb) dan
dalam keadaan mengikat substrat (3B8A.pdb). Perhatikan perbedaan struktur keduanya.
Untuk memudahkan, tampilkan kedua struktur dalam bentuk surface dengan pewarnaan
elektrostatik (Dalam MarvinSpace pilih menu Display > Color type > Surface >
Electrostatic Potential). Simpan hasilnya dalam format image untuk ditampilkan dalam
laporan.
(B) Tampilkan struktur PK dengan MarvinSpace. Perhatikan jumlah subunit dari enzim ini.
Tampilkan warna yang berbeda untuk tiap subunit (Dalam MarvinSpace hal ini dapat
dilakukan dengan mengatur menu pewarnaan pada Display > Color Type >
Macromolecule > Chain). Buat gambar dengan tampilan terbaik dengan memperhatikan
detail dari komponen lain seperti substrat dan kofaktor lainnya.
(C) Lakukan analisis untuk menentukan residu yang terlibat dalam pengikatan substrat.
Tampilkan dalam bentuk gambar.