Dengan semboyan “Berpegang teguhlah kamu sekalian pada tali Allah dan janganlah berpecah belah”,
MIAI berkembang menjadi organisasi yang cukup penting pada masa pendudukan Jepang. Adapun tugas
MIAI di masa Jepang antara lain sebagai berikut :
Untuk melaksanakan tugas tersebut, MIAI membuat perencanaan program yang menitik beratkan pada
tercapainya tujuan yang bersifat sosio-religius. Adapun perincian program MIAI sebagai berikut :
Membangun masyarakat muslim yang mampu memelihara perdamaian dan menciptakan kesejahteraan
rakyat.
Meningkatkan pengurusan semua masalah penting kaum muslim seperti : perkawinan, waris, masjid,
zakat, pendidikan dan pengajaran, penyiaran dan wakaf, serta kesejahteraan fakir miskin.
Dalam upaya pelaksanaan program tersebut MIAI memusatkan perhatiannya pada tiga proyek utama,
yaitu membangun Masjid Agung di Jakarta, melanjutkan upaya pendirian Universitas Islam, dan
membentuk baitulmal.
Pada bulan Mei 1943, MIAI membentuk Majelis Pemuda dan Keputrian. Majelis Pemuda dipimpin oleh Ir.
Safwan, dengan sektretaris H.M. Effendi, dan penasihat Dr. Abu Hanifah. Sedangkan Keputrian dipimpin
oleh Siti Nurjanah sebagai ketua dan Ny. Radian Anwar sebagai sekretaris.