20/11/2013

Sering dibahas Usia

X Asosiasi
2 peubah Y
Y
Z Jenis  Tingkat 
X Kelamin Prestasi

Tabel Kontingensi 3 arah

Analisis Rumit??

1
 20/11/2013

Tabel Parsial

Analisis dengan tabel yang lebih sederhana:
1. Tabel Parsial ( Partial Table) : tabel yang lebih 
sederhana yang diperoleh dengan hanya 
melihat pada salah satu kategori peubah lain
2. Tabel Marginal (Marginal Table) : 
Tabel Marginal (Marginal Table) : adalah tabel 
adalah tabel
yang lebih sederhana yang diperoleh tanpa 
melihat kategori peubah lain (kategori peubah 
lain digabungkan).

Tabel Parsial (lanjutan) Tabel Marginal
• Pengujian hipotesis tentang ada/tidaknya 
h b
hubungan antar variabel kategorik dapat 
t i b lk t ik d t
dilakukan pada tabel parsial seperti dengan uji 
chi‐square. 
• Ukuran asosiasi pada tabel parsial disebut 
g conditional association. Ukuran 
dengan
asosiasi disini bisa seperti odds ratio, relative 
risk atau koefisien gamma

2
 20/11/2013

Tabel Marginal (lanjutan)
• Pengujian hipotesis tentang ada/tidaknya  • Uji Breslow‐Day digunakan untuk menguji 
h b
hubungan antar variabel kategorik dapat 
t i b lk t ik d t ada/tidaknya terdapat hubungan yang homogen
ada/tidaknya terdapat hubungan yang homogen 
antar 3 variabel pada tabel 3 arah dengan 
dilakukan pada tabel marginal seperti dengan  hopotesis awal adanya asosiasi homogen. 
uji chi‐square. Ukuran asosiasi pada tabel 
• UjiCochran–Mantel–Haenszel (CMH) untuk 
parsial disebut dengan marginal  menguji ada/tidaknya  conditional  associatian 
association. Ukuran asosiasi disini bisa seperti  p
pada tabel 3 arah dengan hipotesis awal semua 
g p
odds ratio, relative risk atau koefisien gamma. conditional odds ratios bernilai 1. 
Untuk  penjelasan lebih lengkap mengenai kedua 
uji tersebut dapat dilhat

Ilustrasi Example ‐ Migraine

Response

• The data set Migraine contains hypothetical  Treatment  Better   Same    Total

data for a clinical trial of migraine treatment.  Active    28  27  55

Subjects of both genders receive either a new  Placebo       12  39  51

drug therapy or a placebo. Assess the effect of  Total           40   66    106

g j g g
new drug adjusting for gender.
Pearson Chi‐squares test p = 0.0037

But after stratify by sex, it will be different for male vs female.
• SAS manual

EPI 809/Spring 2008 11 EPI 809/Spring 2008 12

3
 20/11/2013

Example – Migraine 
Male Response

Treatment  Better   Same   Total

A i
Active    12
12  16
16  28
p = 0.2205
Placebo       7  19  26 Breslow Day‐Test
Total           19   35    54

Female Response

Treatment  Better   Same   Total

Active    16  11  27

p = 0.0039
Placebo       5  20  25

Total           21   31    52

EPI 809/Spring 2008 13

Non‐central Hypergeometric 
Breslow‐Day Test distribution
• Fact: For the kth 2 by 2 table, the conditional 
• The
The Mantel
Mantel‐Haenszel(logit)
Haenszel(logit) estimate of common 
estimate of common di t ib ti
distribution of  n
f k11  given column totals, m
i l t t l k1
odds ratio are developed under the hypothesis that 
and mk0, and row totals, nk1 and nk0 , fixed  is 
the conditional odds ratios are equal. It is necessary 
to test this odds ratio homogeneity hypothesis: so‐called Non‐central Hypergeometric 
distribution, which has the following 
H 0 : θ1 = L = θ r
before obtaining the Mantel‐Haenszel(logit) estimate, 
before obtaining the Mantel‐Haenszel(logit) estimate
probability mass function:
θk
where          is the conditional odds ratio 
corresponding to the k‐th level of z (k=1,…,r) 
= i) =
( )( )θ
nk 1 nk 0
i mk1 −i
i
k

∑ ( )( )θ
P ( n k 11 nk 1 nk 0 u
u mk1 −u k
u

4
 20/11/2013

Non‐central Hypergeometric 
Breslow‐Day Test
distribution
• Hypergeometric
Hypergeometric distribution is a special case of Non
distribution is a special case of Non‐ • The
The idea of Breslow
idea of Breslow‐Day
Day test is under the null 
test is under the null
central Hypergeometric distribution since when the  θk
hypothesis(      are equal), nk11 is approximately  
θk
odds ratio,     , equals 1, the mass function of Non  Non‐central Hypergeometric distributed with        
central Hypergeometric distribution becomes that of  θ k = θˆMH
Hypergeometric distribution:
E (n11k ;θˆMH )
and hence nk11 should be close to                    , the 

= i) =
( )( ) = ( )( )
nk 1 nk 0
i mk 1 −i
nk 1
i
nk 0
mk 1 −i
mean of this Non‐central Hypergeometric
mean of this Non‐central Hypergeometric 
distribution.  
∑ ( )( ) ( )
P (nk11 nk 1 nk 0 nk
u mk 1 −u mk 1
u

uji ini digunakan untuk menguji ada tidaknya 3‐way 
interaction/association (interaksi/asosiasi 3 arah) Hipotesis
H0: Terdapat asosiasi homogen (tidak ada 3‐way  H0: ORM=ORF   
interaction/association)
Sebaran antara grup perlakuan dan respon yang
Sebaran antara grup perlakuan dan respon yang 
H1: Tidak terdapat asosiasi homogen (ada 3‐way 
d k d h ( d dihasilkan sama (tidak berbeda ) pada  jenis kelamin yang 
interaction/association) berbeda

H0 ditolak jika nilai p‐value kurang dari taraf signifikansi  VS 
yang digunakan (p‐value<alpha). Tolak H0 berarti ada 3‐
way interaction. Jika H0 tidak ditolak berarti terjadi 
homogeneous association dan conditional association
homogeneous association dan conditional association  H1: OR
: ORM≠ OR
≠ ORF
antar setiap 2 variabel adalah sama pada setiap level  Ada asosiasi keseluruhan antara grup perlakuan dan
variabel ketiga (terdapat homogeneous associations  respon yang dihasilkan di kelompok jenis kelamin yang 
dalam data). Akan tetapi uji ini hanya bisa digunakan  berbeda
pada tabel 2x2xK.

5
 20/11/2013

Statistik Uji SAS‐ codes

data Migraine;

χ 2
=∑
r
[ nk11 − E (nk11 ;θˆMH ) ]2 input Gender $ Treatment $ Response $ Count @@;
datalines;
Var ( nk11 ;θˆMH )
BD
k =1 female Active  Better 16   female Active  Same 11
female Placebo Better  5   female Placebo Same 20
male   Active  Better 12   male   Active  Same 16
Under H0, Breslow‐Day test statistics has a chi‐squared distribution with  male   Placebo Better  7   male   Placebo Same 19
degrees of freedom r‐1. ;

proc freq data=Migraine;

weight Count;
weight Count;
Tolak H0, jika  χ BD > χα (r −1)
2 2
tables Gender*Treatment*Response / cmh noprint;
title1 'Clinical Trial for Treatment of Migraine Headaches';
run;
************* In SAS, Need to put Exposure BEFORE Disease to generate 
right results for CMH results;
EPI 809/Spring 2008 22

SAS Output
The FREQ Procedure

Summary Statistics for Treatment by Response

Controlling for Gender

Cochran-Mantel-Haenszel Statistics (Based on Table Scores)

Statistic Alternative Hypothesis DF Value Prob The large p‐value for the Breslow‐Day test 

ƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒ
1
2
Nonzero Correlation
Row Mean Scores Differ
1
1
8.3052
8.3052
0.0040
0.0040 (0.2218) indicates no significant gender 
(0 2218) i di t i ifi t d
3 General Association 1 8.3052 0.0040

Estimates of the Common Relative Risk (Row1/Row2)

difference in the odds ratios.
Type of Study Method Value 95% Confidence Limits
ƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒ
Case-Control Mantel-Haenszel 3.3132 1.4456 7.5934
(Odds Ratio)

Cohort
Logit

Mantel-Haenszel
3.2941 1.4182

2.1636 1.2336
7.6515

3.7948
tidak tolak hipotesis nol dan simpulkan 
(Col1 Risk)

Cohort
Logit

Mantel-Haenszel
2.1059

0.6420
1.1951

0.4705
3.7108

0.8761
p g
terdapat asosiasi homogen atau tidak 
(Col2 Risk) Logit 0.6613 0.4852 0.9013
terdapat interaksi 3 variabel pada tabel 3 
Breslow-Day Test for
Homogeneity of the Odds Ratios
ƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒ arah diatas.
Chi-Square 1.4929
DF 1
Pr > ChiSq 0.2218

Total Sample Size = 106

EPI 809/Spring 2008 23

6
 20/11/2013

Setelah di lakukan uji Breslow‐Day test dan ternyata 
terima hipotesis awal yang menunjukan adanya 
asosiasi homogen, maka bisa dilakukan 
However, for the Breslow‐Day test to be  uji Cochran–Mantel–Haenszel (CMH) testuntuk 
menguji ada/tidaknya conditional association dalam
menguji ada/tidaknya conditional association dalam 
valid, the sample size should be relatively  three‐way tables (apakah terjadi two‐way 
interaction).
large in each stratum, and at least 80% of 

the expected cell counts should be greater  Hipotesis nol dari CMH test adalah 
semua conditional odds ratios
conditional odds ratios bernilai 1. Jika H0 
bernilai 1. Jika H0
than 5. ditolak, berarti minimal ada satu conditional odds 
ratio ≠ 1 dan terjadi par al/condi onal associa on 
dalam data.

Digunakan ketika efek dari peubah 
The Cochran–Mantel–Haenszel Test penjelas terhadap peubah respon 
dipengaruhi oleh kovariat yang 
dapat dikendalikan. 

untuk menguji ada/tidaknya 
untuk menguji ada/tidaknya
conditional association dalam 
2 × 2 × K Contingency Tables three‐way tables (apakah terjadi 
two‐way interaction)

7
 20/11/2013

Cochran‐ Mantel‐Haenszel Test
Cochran‐ Mantel‐Haenszel Test
• The idea of  CMH test is similar to that of 
• Cochran‐
Cochran Mantel
Mantel‐Haenszel
Haenszel test is to test whether the 
test is to test whether the B l
Breslow‐Day test: under the null hypothesis, 
D t t d th ll h th i
common conditional (adjusted) odds ratio of y and x 
equals to one, i.e.                     • nk11 is close to its mean              for each k. As a 
r
E ( nk 11 ;1)

H0 :θ = 1 ∑ k11
result, the total           is also close to its mean,   
n
k =1
r
θ
• Of course, one can use the confidence interval of     to  ∑ E (nk11;1)
test this null hypothesis The problem with using
test this null hypothesis. The problem with using  k =1

confidence interval for hypothesis testing is the failure 
of obtaining p‐value. 

Testing of Independence Based on Stratified 
Cochran‐ Mantel‐Haenszel Test Tables
• Cochran‐ Mantel‐Haenszel test statistics takes the  • H0:OR1=OR2= . . . =ORI = 1
form: r r • HA1:: at least one OR
at least one ORj differs from 1
differs from 1
[ ∑ nk11 − ∑ E (nk11;1) ]2 • Do a χ2 test for each stratum
χ CMH
2
= k =1
r
k =1 – Multiple testing issue
∑ Var (nk11;1) – Low power
k =1 • Add the χ2 test statistic from each stratum to give a 
• Under the null hypothesis, Cochran‐ Mantel‐Haenszel  χ2 test with I degrees of freedom
g
test statistics has a chi‐squared distribution with  – Low power
degrees of freedom 1.

32

8
 20/11/2013

SAS Output
Hipotesis The FREQ Procedure

Summary Statistics for Treatment by Response

Controlling for Gender

Cochran-Mantel-Haenszel Statistics (Based on Table Scores)

H0: ORM=ORF  =1 Statistic Alternative Hypothesis DF Value Prob

ƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒ
1 Nonzero Correlation 1 8.3052 0.0040
Tidak ada interaksi 2
3
Row Mean Scores Differ
General Association
1
1
8.3052
8.3052
0.0040
0.0040

Estimates of the Common Relative Risk (Row1/Row2)

Type of Study Method Value 95% Confidence Limits

ƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒ
VS  Case-Control
(Odds Ratio)
Mantel-Haenszel
Logit
3.3132
3.2941
1.4456
1.4182
7.5934
7.6515

Cohort Mantel-Haenszel 2.1636 1.2336 3.7948

(Col1 Risk) Logit 2.1059 1.1951 3.7108

Cohort Mantel-Haenszel 0.6420 0.4705 0.8761

H1: Ada minimal 1 OR≠1, dan terjadi  (Col2 Risk) Logit 0.6613 0.4852 0.9013

Breslow-Day Test for

partial/conditional association Homogeneity of the Odds Ratios
ƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒƒ
Chi-Square 1.4929
DF 1
Pr > ChiSq 0.2218

Total Sample Size = 106

EPI 809/Spring 2008 34

Ilustrasi
Kesimpulan 
• Tolak H0, Ada minimal 1 OR≠1, dan terjadi 
partial/conditional association
ti l/ diti l i ti

9
 20/11/2013

CMH‐Test
Breslow Day Test

data acc;
input location $ injury $ fatal $ Count;
cards;
Victim's_home suicide yes 45
Victim's_home suicide no 20
Victim's_home
_ accident yyes 15
Victim's_home accident no 29
Friend's_home suicide yes 13
Friend's_home suicide no 12
Friend's_home accident yes 14
Friend's_home accident no 27
other suicide yes 18
other suicide no 11
other accident yes 11
other
h accident
id no 29
;
proc freq data=acc;
weight Count;
tables location*injury*fatal / cmh noprint;
run;

10