Kedua zat gula amino tersebut di atas saling berikatan sebagai ikatan beta-1, 4-
glukosida. Ikatan-ikatan tersebut akan menghasilkan suatu rantaian zat gula amino
yang dinamakan glikan. Keempat asam amino dari murein akan membentuk rantai
yang dinamakan tetra peptida. Tetrapeptida dari satu peptidoglikan akan mengadakan
ikatan peptida dengan tetrapeptidaglikan tetangganya. Ikatan tersebut memungkinkan
rantaian-rantaian peptidoglikan membentuk lapisan-lapisan.
Ikatan peptida tersebut terjadi antara D-alanina dengan asam diaminopimelat. Pada
bakteri Gram negatif (Escherichia coli) ikatan peptidoglikan antar rantai peptidoglikan
terjadi langsung antara gugus amino (-NH2) dari asam mesodiaminopimelat dengan
gugus karboksil dari D-alanina. Pada bakteri Gram positif ada sedikit variasi, paling
tidak ada tiga macam ikatan yang diketahui. Ketiga kemungkinan tersebut adalah
a. Pada ikatan peptida yang mengikat kedua rantai peptidoglikan mengandung satu
asam amino tambahan.
b. Ikatan mengandung lima asam amino, biasanya glisina tetapi kadang-kadang juga
serina atau alanina. Oleh karena itu disebut ikatan pentaglisina.
c. Ikatan antara rantai-rantai peptidoglikan mempunyai komposisi yang sama dengan
tetrapeptida.
Asam-asam amino yang sering terdapat pada ikatan kimia antara rantai peptidoglikan
antara lain : glisina, threonina, serina, dan asam aspartat. Asam-asam amino yang tidak
pernah didapatkan adalah asam amino yang bercabang, asam amino aromatis, yang
mengandung belerang, histidin, arginina, dan prolin.
Berdasarkan pewarnaan Gram, bakteri dapat dibedakan menjadi dua golongan, yaitu
bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. Kedua golongan tersebut mempunyai
dinding sel yang berbeda susunan kimianya . Dinding sel bakteri gram negatif lebih
rumit susunannya daripada bakteri gram positif. Dinding sel bakteri gram positif hanya
tersusun dari satu lapisan saja, yaitu lapisan peptidoglikan yang relatif tebal.
Sedangkan dinding sel bakteri gram negatif mempunyai dua lapisan dinding sel, yaitu:
lapisan luar yang tersusun dari lipopolisakarida dan pro- tein, dan lapisan dalam yang
tersusun dari peptidoglikan tetapi lebih tipis daripada lapisan peptidoglikan pada bakteri
gram positif. Diduga lapisan peptidoglikan pada bakteri gram negatif hanya tersusun
dari satu lapisan molekul, tetapi pada bakteri gram positif terdiri dari banyak lapisan
polime peptidoglikan. Perlu juga diketahui bahwa pada dinding sel bakteri gram positif
mengandung asam teikhoat dan pada bakteri gram negatif tidak.
Asam teikoat merupakan polimer dari fosfat gliserol, fosfat ribitol atau fosfat-gula yang
lain yang terdapat pada membran dan dinding sel bakteri gram positif. Fungsi yang
jelas belum diketahu tetapi diduga berfungsi dalam pengikatan ion, misalnya Mg dan
atau dalam pengaturan aktivitas enzim, Asam teikoat mengikat enzim autolisis yang
terdapat pada dinding sel, oleh karena itu ada juga dugaan bahwa asam teikoat ini juga
berperan dalam pengaturan proses lisis sel secara normal. Jika bakteri ditumbuhkan
dalam medium yang tidak cukup mengandung fosfat maka asam teikoat akan diganti
dengan polimer yang lain, yaitu asam teikuronat yang tersusun dari asam glukuronat
dan N-asetilgalaktosamina.
Susunan kimia dari lipololisakarida yang terdapat pada dinding sel dan bakteri gram
negatif bervariasi. Biasanya mengandung lima sampai dengan sembilan zat gula yang
berbeda-beda, termasuk di dalamnya zat-zat yang tidak umum dijumpai yaitu 3.6-deok
siheksosa dan lipid A. Pada bakteri usus (Enterobacteriaceae), lapisan polisakaridanya
mengandung D glukosa, D galaktosa, N-asetil D-glukosamina, dan dua zat gula yang
tidak umum dijumpai,yaitu : L-glisero-D-manoheptosa dan 2-keto-deoksioktonat.
Fungsi lapisan polisakarida belum diketahui dengan jelas kemungkinan berperanan
dalam patogenisitas suatu bakteri dan menentukan tempat absorbsi daripada
bakteriofag tertentu dan bakteriosin tertentu.
Struktur peptidoglikan hanya terdapat pada hampir semua jenis prokarion.Zat gula N-
asetil muramat tidak pernah diketemukan pada sel eukarion, sedangkan asam amino:
asam diaminepimelat juga merupakan cirí dari sel prokarion. Walaupun tidak semua sel
prokarion mengandung asam diamimopimelat.
Asam amino ini terdapai pada semua bakteri gram negatif dan beberapa bekteri gram
positif Hampir semua bakteri gram positif yang berbentuk bulat (kokus) mempunyai
lisina sebagai pengganti asam diaminopimelat, dan sebagian bakteri gram positif yang
lain mempunyai asam amino yang lain.
Ciri lain daripada dinding sel prokarion adalah adanya dua asam amino yang
berkonfigurasi dekster, yaitu D-alanina dan D-asam glutamat.
3.2. Kapsul dan lendir
Kapsul adalah bagian sel yang merupakan lapisan lendir yang mempat dan
menyelubungi dinding sel. Adanya kapsul pada suatu jenis bakteri dapat dilihat dengan
pewarnaan negatif. Kapsul ini biasanya tersusun dari polisakarida, polipeptida, atau
protein-polisakarida. Sedangkan lendir ('slime') tidak merupakan bagian sel tetapi hasil
sekresi sel dan tidak mempunyai bentuk yang teratur/tertentu.
Polisakarida yang menyusun kapsul dan lendir bakteri disebut juga polisakarida
ekstraseluler. Polisakarida ini dapat dibedakan menjadi homopolisakarida (hanya
tersusun dari satu jenis zat gula) dan heteropolisakarida (tersusun dari dua atau lebih
zat gula). Monosakarida yang menyusun kapsul dan lendir bakteri anatara lain: D-
glukosa, D-galaktosa, dan D-manosa (semuanya heksosa), L-fukosa dan L-rhamnosa
(metilpentosa). Sedangkan asam amino yang diketahui terdapat pada kapsul dan lendir
antara lain: N-asetil-D-glukosamina dan N-asetil-D galaktosamina. Asam uronat yang
terdapat pada kapsul dan lendir antara lain: asam D-glukuronat dan D-galakturonat .
Pentosa seperti misalnya D-ribosa dan D-xilosa jarang terdapat pada kapsul dan lendir
bakteri tetapi sering terdapat pada kapsul dan lendir dari khamir. Seringkali polisakarida
ekstraselluler berkombinasi juga dengan fosfat, asetat, format, atau piruvat.