KLASIFIKASI MIKROORGANISME

Semua jasad hidup bersel satu atau uniseluler dapat dibedakan menjadi 4 golongan
sebagai berikut :
1. Binatang Bersel Satu
a. Protozoa , contoh : amoeba, plasmodium, Paramecium, euglena dll.
2. Tumbuhan Mikroskopis
a. Fungi, contoh: eumycetes
b. Alga yang bersifat eukaryotik
Ganggang ini membutuhkan sinar matahari untuk pertumbuhannya dapat dibagi
menjadi : alga hijau, alga merah, lga perang, alga laut dll.
3. Prokaryotic
A. Prokaryotae yang fototrofrik,
1. Cyanobakteriae, membutuhkan cahaya matahari untuk pertumbuhannya. Ini
merupakan green algae
2. Photobacteria ( rhodospirales )
a. Bakeri ungu
· Rhodosspirillacae, (dulu Atheorhodaseae)
· Chromatiaceae, ( dulu Thiorhaodaceae )
B. Scotobacteria, yaitu prokaryota yang tidak membutuhkan cahaya dalam
pertumbuhannya.
1. Schizomycetes, yaitu semua bakteri yang termasuk dalam eubacteriales dan
kebanyakan bakteri pathogen
2. Actinomycetes
3. Rickettsia, merupakan scotobacteria yang obligat yang hidup didalam sel – sel
eukariotik sebagai parasite jasad ini lebih kecil dari bakteri
· Rickettsia penyebab penyakit demam tipes.
· Clamydia, dapat menyebabkan penyakit trachoma
4. Mycoplasma, merupakan scotobacteria yang tidak mempunyai dinding sel, tetapi
dikelilingi tiga lapis membrane sel. Disebut juga sebagai PPLO(pleuropnewmonia
like organisme) dapat menyebabkan penyakit pada saluran pernapasan.

4. Virus : tidak merupakan sel prokariotik maupun prokariotik.

 PROKARYOTAE DAN EUKARYOTAE
A. Prokaryota
Prokariota adalah jasad hidup yang belum mempunyai inti sel yang jelas
dengean membrane inti yang sempurna.Contoh :
a. Cyanobacteria
Cyanobacteria adalah alga biru yang membutuhkan cahaya matahari, dapat
hidup pada media yang tidak hidup.Jasad ini dapat berkembanngbiak dengan
fragmentasi dan pembiakan secara kawin. Cyanophyceae berukuran dari yang
sangat kecil sekali sampai panjang 1 meter, tidak dapat menembus filter. Struktur
sel menyerupai struktur sel bakteri dan dapat membentuk spora yang dorman.
b. Schizomycetes
Oleh karena bakteri berkembang biak dengan cara membelah diri, maka
jasad ini dimasukkan kedalam schizomycetes. Dapat hidup ditempat-tempat yang
gelap dan lingkungan abiotic.Pada umumnya morfologi bervariasi, ada yang
berbentuk bulat, seperti batang dan spiril.
c. Mycoplasma
Mycoplasma disebut juga PPLO (pleuropnewmonia like organisme) dapt
hidup pada media abiotic atau embrio ayam atau dalam kultur jaringan. Jasad ini
merupakan sel yang paling kecil yang mempunyai struktur dalam samadengan
bakteri tapi tidak mempunyai dinding sel, dapat berkembanng biak dengan
membelah diri.

B. Eukaryotae
Eukaryotae adalah golongan jasad hidup yang telah mempunyai inti sel yang jelas
dengan membrane inti yang jelas. Mikroorganisme yang termasuk eukaryotae antara
lain adalah :
a. Jamur dan yeast
Jasaad-jasad ini dapat hidup pada media yang mati, berukuran lebih besar
dari bakteria, ada yang berbentuk filament atau bentuk-bentuk lain yang
makroskopis. Karena ukurannya lebih besar dari bakteri, maka jasad ini tidak
dapat menembus filter. Struktur sel nya terutama sel nya dapat dilihat dengan
mengunakan mikroskop biasa
 b. Protozoa
Protozoa adalah binatang bersel satu atau uniseluler, tidak membutuhkan
cahaya untuk biosintesis, berkembang biak dengan membelah mitosis dan
sitokinesis atau dengan alat perkembangbiakan ukuran besar protozoa lebih besar
dari bakteri dengan volume sel bakteri, tidak dapat menembus filter.
Struktur dalam sel berkembang biak, tidak mempunyai dinding sel, mempunyai
vakuola dan inti sel.
C. Virus
Virus tidak termasuk prokaryotae dan eukaryotae. Ukuran virus sangat kecil
sekali sehingga dapat menembus filter bacteria, tidak dapat dilihat dengan mikroskop
biasa, tapi dapat dilihat dengan mengunakan mikroskop electron. Virus hanya dapat
hidup dalam sel – sel jaringan tubuh hospes dan dapat mengadakan replikasi.
Uraian – uraian diatas merupakan contoh – contoh dari mikroorganisme yang
termasuk anggota prokaryotae dan eukaryotae agar dapat di bandingkan satu dengan
yang lainnya.
D. Archaeobacteria
Archeobacteria, bukan termasuk anggota prokaryotae maupun
eukaryotae.Pembagian jasad hidup menjadi prokaryotae dan eukaryotae, telah
mendapat tantangn dari sejumlah ahli biologi yang mengusulkan kategori ketiga.Jasad
hidup yang termasuk kedalam kategori baru ini adalah bakteria yang termasuk
prokaryotae. Sekarang sudah menjadi jelas bahwa bakteri ini tidak mempunyai
hubungan yang rapat dengan bakteri yang lainnya yang dikenal dengan nama
eubacteria.
Dari informasi-informasi yang dikumpulkan, para meneliti telah
menyimpulkan bahwa archaeobacteria terpisah dari pohon evolusi ( evolusionary
tree ) untuk membentuk cabang terpisah eubacteria dan eukaryotae pada waktu
yang bersamaan. Penelitian tentang archaeobacteria menyarankan beberapa
perubahan-perubahan dalam teori yang baru untuk menjelaskan asal usul sel
eukaryotic.Pada umumnya sudah diyakini bahwa mitokondria dan kloroplas
diturunkan dari bakteria yang hidup secara simbiosis didalam sel lainnya.Dan
dianggap sel-sel hospes bakteri yang biasa.Sekarang, ternyata bahwa sel hospes
asal merupakan mikroorganisme yang mengalami evolusi sepanjang garis yang
 terpisah dari eubacteria. Konsep ini akan mempertegas perbedaan-perbedaan
molekul-molekul dasar diantara eubacteria, eukaryotae dan archaeobacteria.

Tipe-tipe Mikroorganisme
Berikut penggolongan kelompok besar organisme:
1. Bakteri
Bakteri merupakan organisme yang berbentuk relatif sederhana, bersel satu
(uniseluler). Karena bahan genetiknya tidak dibungkus oleh membran inti khusus,
sel bakteri disebut prokariot, yang berarti tanpa inti dalam bahasa Yunani. Dalam
prokariot termasuk juga bakteri dan archaea. Sel bakteri umumnya mencul dalam
beberapa bentuk. Basilus (batang), coccus(bulat atau telur), dan spiral (seperti bor
atau membengkok) merupakan bentuk paling umum, namun beberapa bakteri
memiliki bentuk bintang atau kotak. Bakteri secara individual bisa membentuk
pasangan, rantai, kluster atau beberapa kelompok lainnya; formasi seperti ini
mengacu berdasar karakteristik genus atau spesies bakteri tersebut.
Bakteri dibungkus oleh dinding sel yang sebagian besar terdiri dari
karbohidrat dan protein kompleks yang disebut peptidoglikan. (kontrasnya,
selulosa adalah bahan utama penyusun tumbuhan dan dinding sel alga.) Bakteri
umumnya bereproduksi dengan membelah menjadi dua sel identik; proses ini
dikenal sebagai pembelahan biner. Untuk sumber tenaga, kebanyakan bakteri
menggunakan bahan kimia organik, yang sumbernya di alam diperolah dapat dari
baik organisme hidup maupun yang sudah mati. Beberapa bakteri dapat membuat
makanannya sendiri dengan melakukan fotosintesis, dan beberapa memperoleh
nutrisi dari substansi inorganik. Banyak bakteri mampu “berenang” dengan alat
gerak yang disebut flagella.

2. Archaea
Seperti bakteri, archaea merupakan golongan dari sel prokariot, namun
jika mereka memiliki dinding sel, dindingnya tidak mengandung peptidoglikan.
Archaea, sering ditemukan dalam lingkungan ekstrem, dibedakan atas tiga
kelompok besar.Metanogen memproduksi gas metan sebagai hasil
respirasi. Halofil ekstrem (halo = garam; filik = suka) hidup dalam lingkungan
dengan kadar garam yang tinggi seperti Laut Mati. Termofil ekstrem (therm =
 panas) hidup dalam air panas yang mengandung belerang. Archaea belum
diketahui menyebabkan penyakit pada manusia.

3. Fungi
Fungi (tunggal: fungus) tergolong eukariot, organisme dengan nukleus
yang jelas mengandung materi genetik sel (DNA), dikelilingi pembungkus
istimewa yang disebut membran nukleus. Organisme dalam Kingdom Fungi ada
yang uniseluler atau multiseluler. Fungi besar multiseluler, seperti
cendawan/jamur dapat terlihat seperti tanaman, namun mereka tidak mampu
melakukan fotosintesis, seperti tumbuhan umumnya lakukan. Fungi sesungguhnya
memiliki dinding sel yang mengandung bahan yang disebut kitin. Bentuk
uniseluler fungi, ragi, merupakan mikroorganisme oval yang lebih besar dari
bakteri. Fungi yang paling khas adalahmold. Bentuk kumpulan mold yang dapat
dilihat disebut miselia, yang tersusun atas benang panjang (hifa) yang bercabang
dan saling menyambung. Pertumbuhan yang terlihat seperti kapas ditemukan pada
roti dan buah adalah miselia dari mold. Fungi dapat bereproduksi baik seksual
maupun aseksual. Mereka mendapatkan makanan dengan menyerap larutan bahan
organik dari lingkungannya—baik tanah, air laut, air tawar, atau hewan lain atau
tumbuhan inangnya. Organisme yang disebut slime moldatau jamur
lendirmemiliki karakteristik dari fungi dan amoeba.

4. Protozoa
Protozoa adalah mikroba uniseluler yang tergolong eukariot. Protozoa
bergerak dengan kaki semu (pseudopodia), flagel, atai silia. Amoeba bergerak
dengan pemanjangan sitoplasma nya yang disebut pseudopodia (kaki semu).
Protozoa lainnya memiliki flagella atau banyak anggota pendek untuk bergerak
yang disebutsilia. Protozoa memiliki banyak macam bentuk dan hidup baik
sebagai mahluk bebas atau sebagai parasit (organisme yang memperoleh nutrisi
dari inang yang hidup) yang menyerap atau mencerna senyawa organik dari
lingkungannya. Protozoa dapat bereproduksi baik seksual atau aseksual.
 5. Algae

Algae (tunggal: alga) eukariot yang mempu berfotosintesis dengan banyak variasi
bentuk serta mampu bereproduksi baik seksual maupun aseksual.dinding sel
kebanyakan alga, disusun oleh karbohidrat yang disebt selulosa. Alga melimpah
pada air tawar dan air asin, di tanah, berasosiasi dengan tumbuhan. Dalam
fotosintesis, alga membutuhkan cahaya, air, dan karbondioksida untuk produksi
makanan dan pertumbuhan, namun umumnya tidak membutuhkan senyawa
organik dari lingkungan. Sebagai hasil fotosintesis, alga menghasilkan oksigen
dan karbohidrat yang kemiduan akan digunakan oleh organisme lainnya, termasuk
hewan. Dengan demikian alga memainkan peran penting dalam menjaga
keseimbangan alam.

6. Virus
Virus sangat berbeda dari kelompok mikroba yang disebutkan di sini. Mereka
sangat kecil yang hampir semuanya hanya dapat dilihat dengan mikroskop
elektron, dan mereka aseluler (bukan seluler). Secara struktural sangat sederhana,
partikel virus mengandung inti yang terbuat dari hanya satu macam asam nukleat
saja, bisa DNA atau RNA. Intinya dikelilingi selubung protein. Kadang selubung
tersebut dibungkus oleh lapisan tambahan, pembungkus yang disebut membran
lipid. Semua sel hidup memiliki RNA dan DNA, dapat melakukan reaksi kimia,
dan dapat bereproduksi sendiri. Virus dapat bereproduksi hanya dengan
menggunakan perlengkapan sel organisme lainnya. Dengan demikian virus
dipertimbangkan sebagai suatu kehidupan ketika terjadi penggandaan pada sel
inang yang terinfeksi olehnya. Dalam pengertian, virus merupakan parasit dalam
bentuk kehidupan yang lain. Di sisi lain, virus tidak dipertimbangkan sebagai
suatu bentuk kehidupan saat berada di luar sel inangnya, mereka tidak berdaya
atau inert.

7. Parasit Hewan yang Multiseluler

Walaupun parasit hewan yang multiseluler pada hakekatnya bukan
mikroorganisme, mereka penting dalam penting dalam medis dan akan dijelaskan
berikutnya. Dua kelompok besar cacing parasit adalah cacing pipih dan cacing
bulat, secara kolektif disebut helminth. Dalam beberapa siklus hidupnya,
helminth memiliki ukuran yang mikroskopis. Identifikasi laboratorium dari
organisme ini termasuk banyak dari banyak teknik yang sama untuk
mengidentifikasi mikroba.

Taksonomi Nomenklatur

Untuk memahami setiap kelompok organisme perlu dilakukan pengklasifikasian.

Klasifikasi, tata nama, dan identifikasi adalah tiga hal yang berbeda tetapi saling
berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat didefinisikan sebagai
penyusunan organisme ke dalam kelompok taksonomik berdasarkan kemiripan
atau hubungannya. Klasifikasi organisme prokariotik seperti bakteri memerlukan
pengetahuan yang didapat melalui eksperimen seperti juga teknik observasi,
karena sifat-sifat biokimia, fisiologi, genetic, dan morfologi sering kali sesuai
untuk deskripsi yang akurat dari takson.
Tatanama (nomenklatur) adalah penamaan suatu organisme melalui aturan
internasional menurut ciri khasnya.
1. Identifikasi merujuk pada penggunaan praktis skema klasifikasi:
Untuk mengisolasi dan membedakan organisme yang diinginkan dari
organisme yang tidak diinginkan,
2. Membuktikan keaslian atau sifat-sifat khusus suatu biakan atau dalam situasi
klinik, untuk mengisolasi dan mengidentifikasi organisme penyebab suatu
penyakit.

Informasi yang bernilai untuk mengidentifikasi bakteri adalah secara

mikroskopis dengan menetapkan beberapa kriteria identifikasi seperti:

1.Pewarnaan Bakteri
 Salah satu cara untuk melihat dan mengidentifikasi bakteri adalah dengan
pewarnaan. Zat warna yang digunakan adalah derivate sintetik dari aniline.
Pewarnaan bakteri merupakan suatu proses fisika-kimiawi. Zat warna yang
bersifat basa akan bereaksi dengan asam nukelat sel bakteri yang bermuatan
negative sehingga bakteri dapat diwarnai.
2. MorfologiKoloni
Sekumpulan sel bakteri pada perbenihan padat akan tampak sebagai koloni.
Untuk melihat koloni bakteri, ada beberapa hal yang perlu diperhatikan
adalah:
a. Ukuran diameter
b. Ada tidaknya pigmen
c. Bentuk koloni
d. Biakan pada lempeng agar

Dunia (Kingdom) Tumbuhan (Plantae)

Divisi (Divisio) Protophyta
Kelas (Classis) Schizomycetes
Ordo (Ordo) Eubacteriales
Famili (Famillia) Enterobacteriaceae
Genus (Genus) Escherichia
Spesies (Speciess) coli