Biologi Sel merupakan mata kuliah yang diberikan kepada mahasiswa semester VI
Pendidikan Biologi yang berfungsi sebagai bekal materi tentang sel bagi mahasiswa dalam
kegiatan pembelajaran di kelas sesungguhnya. Materi yang akan dipelajari pada mata kuliah
ini adalah sebagai berikut:
C. Visualisasi Sel
Membahas tentang scanning electron microscope, transmision electron microscope
dan Fraksionasi sel. Dalam mikroskop cahaya, cahaya tampak diteruskan melalui spesimen
dan kemudian melalui lensa kaca. Lensa ini membelokkan cahaya sehingga citra spesimen
diperbesar ketika diproyeksikan ke mata, ke film fotografi atau sensor digital, atau ke layar
video. Parameter penting dalam mikroskopi adalah perbesaran dan resolusi. Perbesaran
adalah perbandingan ukuran citra objek dengan ukuran sebenarnya. Resolusi merupakan
ukuran kejelasan citra. Mikroskop elektron, seberkas elektron (bagian atas) digunakan
sebagai pengganti cahaya dan elektromagnet sebagai pengganti lensa dari kaca. Berkas
elektron difokuskan pada spesimen oleh lensa pengumpul, citra diperbesar oleh lensa
obyektif dan lensa proyektor untuk diproyeksikan pada detektor digital dan layar fluorosen.
Seperti daya resolusi mata yang terbatas, mikroskop cahaya tidak dapat meresolusi detail
yang lebih kecil dari 200 nm berapapun perbesarannya. Kontras adalah yang mempertajam
perbedaan bagian dari sampel. Peningkatan mutu mikroskop cahaya melibatkan peningkatan
kontras, misalnya pewarnaan atau pelabelan komponen-komponen sel agar telihat terang dan
menonjol.
Medan terang (spesimen tak diwarnai) meneruskan cahaya melalui spesimen. Citra
memiliki kontras yang kecil. Medan terang (spesimen diwarnai) yang diwarnai dengan
pewarna (dye) akan meningkatkan kontras. Fase kontras meningkatkan kontras pada sel yang
tak diwarnai dengan memperbesar variasi densitas. Diferensial-interferensi-kontras yang
seperti mikroskopi fase-kontras dengan penggunaan modifikasi optik untuk melebih-lebihkan
perbedaan densitas menjadi citra yang nyaris seperti 3-D.
Fluoresensi menunjukkan letak molekul spesifik dalam sel dengan melabeli molekul
menggunakan pewarna atau antibodi fluorosen yang menyerap radiasi ultraviolet dan
memancarkan cahaya tampak. Sel yang ditunjukkan adalah sel dari arteri. Konfokus
merupakan eknik pembagian optik fluoresen yang menggunakan bukaan lubang jarum untuk
melenyapkan cahaya yang tak fokus dari sampel yang tebal, menciptakan bidang tunggal
fluoresen pada citra. Dengan menangkap citra-citra yang tajam di banyak tempat,
rekonstruksi 3-D dapat diciptakan. Dinding sel pertama kali terlihat Robert Hooke (1665)
ketika mengamati sel mati pohon ek dengan mikroskop. Diperlukan lensa hebat buatan
Antoni van Leeuwenhoek untuk memvisualisasikan sel hidup (1674). Sebagian besar organel
sel terlalu kecil untuk dilihat dengan mikroskop cahaya.
Mikroskop elektron bekerja dengan cara memfokuskan seberkas elektron melalui
spesimen pada atau permukaannya. Transmission electron microscope (TEM) digunakan
untuk mempelajari ultrastruktur internal sel. TEM mengarahakan berkas elektron melalui
irisan spesimen yang sangat tipis mirip dengan cara mikroskop cahaya meneruskan cahaya
melalui objek (slide). Spesimen diwarnai dengan atom logam berat yang melekat pada
struktur seluler sehingga meningkatkan densitas atom melebihi bagian lain. Elektron yang
melewati spesimen lebih banyak yang dihamburkan di wilayah yang berdensitas tinggi,
sehingga lebih banyak yang diteruskan. Sebagai ganti penggunaan lensa kaca, TEM
menggunakan elektromagnet sebagai lensa untuk membengkokkan jalur elektron dan
akhirnya memfokuskan citra ke layar untuk dilihat atau ke film fotografi. Beberapa
mikroskop dilengkapi dengan kamera digital untuk memotret citra di layaryang lain memiliki
detektor digital untuk menggantikan layar sekaligus kamera. Dapat mencapai resolusi sekitar
0,002 nm tetapi untuk efektivitas hanya mampu tidak kurang dari 2 nm. Ultrastruktur sel
mengacu pada anatomi selular yang terungkap melalui mikroskop elektron. Scanning
Electron Transmisi digunakan penelitian terperinci mengenai permukaan spesimen.
Berkas elektron memindai permukaan sampel lalu berkas tersebut mengeksitasi
elektron pada permukaan permukaan yang akhirnya elektron-elektron tersebut terdeteksi oleh
alat-alat yang menerjemahkan pola eektron menjadi sinyal elektronik ke layar video.
Transmission Electron Microscope membentuk irisan tipis suatu spesimen. Gambar dibawah
adalah irisan sel trakea yang mengungkapkan ultrastrukturnya. Untuk menyiapkannya, maka
beberapa silia dipotong memanjang menghasilkan irisan longitudinaldan silia lain dipotong
melintang.
F. Nukleus
Mengandung sebagian besar gen dalam sel eukariot (sebagian gen terletak di
mitokondria dan kloroplas). Berdiameter sekitar 5 µm. Selaput nukleus menyelubungi
nukleus dan memisahkan isinya dari sitoplasma. Setiap kromosom tersusun atas kromatin
yang terdiri dari protein dan DNA. Percobaan Griffith (1928) pada Streptococcus
pneumoniae yang IIIS bersifat virulent dan IIR bersifat non-virulent. Ia terkejut ketika sel
IIIS yang telah dimatikan yang dicampur dengan IIR yang hidup ternyata semua menjadi
virulent. Transformasi merupakan perubahan genotipe dan fenotipe akibat asimilasi DNA.
Living type IIR bacteria ditumbuhkan pada media kultur yang menghasilkan type IIR colony.
Heat-killed type IIIS yang tidak menghasilkan koloni. Heat-killed type IIIS dicampur dengan
living type IIR bacteria diberi perlakuan serum yang fungsinya serum untuk mengendapkan
DNA dari IIR bacteria yang hasilnya koloni type IIIS.
Struktur DNA berbentuk double helix yang terdiri dari asam nukleat, gula
dioksiribosa, dan gugus phosphate. Asam nukleat terdiri dari sitosin dan timin (pirimidin)
serta adenine dan guanine (purin). Suatu basa yang terikat pada suatu gugus gula disebut
nukelosida. Sedangkan nukleotida adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus
fosfat. Di dalam molekul DNA dan RNA , nukleotida berikatan dengan nukleotida lain
melalui ikatan fosfodiester. DNA adalah materi genetik yang diwariskan oleh induk kepada
anaknya. Setiap kromosom mengandung satu molekul DNA panjang yang biasanya
mengandung beberapa ratus gen atau lebih. Ketika sel memproduksi dirinya sendiri melalui
pembelahan, molekul DNA nya disalin dan diteruskan dari satu generasi sel ke generasi
berikutnya. Di dalam struktur DNA, terkode informasi yang memprogram semua aktivitas
sel.
G. Ribosom
Ribosom adalah kompleks yang terbuat dari RNA ribosom dan protein serta
berfungsi dalam sintesis protein. Sel yang memiliki laju sintesis protein yang tinggi memiliki
ribosom dalam jumlah banyak seperti sel pankreas manusia. Ribosom bebas tersebar di
sitosol, sedangkan ribosom terikat melekat pada sisi luar retikulum endoplasma atau selaput
nukleus. Protein yang diproduksi ribosom bebas berfungsi dalam sitosol contohnya enzim-
enzim yang mengkatalisis penguaraian gula, sedangkan ribosom terikat membuat protein
untuk disisipkan ke dalam membran, untuk dikemas dalam organel tertentu seperti lisosom
atau diekspor dari sel (sekresi) contohnya pankreas.
Memfasilitasi perpasangan spesifik antikodon tRNA dengan kodon mRNA. Terdiri
dari small subunit dan large subunit. Tersusun atas protein dan rRNA. Setiap ribosom
memiliki 3 situs pengikata tRNA yaitu situs P (P site) yang membawa rantai polipeptida yang
sedang tumbuh, situs A (A site) menampung tRNA yang mengangkut asam amino yang akan
ditambahkan berikutnya ke rantai tersebut dan situs E (E site) menahan tRNA dan mRNA
dalam posisi yang berdekatan dan menempatkan asam amino baru untuk ditambahkan ke
ujung karboksil polipeptida yang sedang tumbuh. Ribosom kemudian mengkatalis
pembentukan ikatan peptida, sembari bartambah panjang polipeptida melewati terowongan
keluar (exit tunnel) pada subunit besar ribosom. Setelah selesai dibuat, polipeptida dilepaskan
ke sitosol melalui terowongan keluar. Penelitian terbaru menyokong hipotesis bahwa rRNA
(bukan protein) adalah yang paling bertanggung jawab terhadap fungsi dan struktur ribosom.
Protein-protein ribosom sebagian besar berada pada posisi eksterior, menyokong perubahan
bentuk molekul rRNA saat melakukan katalisis selama translasi. rRNA merupakan penyusun
utama antar muka di antara kedua sub unit sekaligus.
H. Sistem Endomembran
Merupakan hubungan membran-membran yang berbeda dalam sel eukariot yang
melaksanakan tugas dalam sel. Tugas tersebut berupa sintesis dan transpor protein ke dalam
membran dan organel atau ke luar sel, metabolisme da pergerakan lipid, serta detoksifikasi
racun. Membran pada sistem ini dihubungkan melalui ketersambungan atau melalui visikel
yaitu kantong yang terbuat dari membran yang berukuran mungil.
Retikulum endoplasma adalah jejaring membran yang menyusun lebih dari separuh
total membran dalam sel eukariot. Retikulum adalah jejaring kecil dan endoplasma adalah
sitoplasma. RE terdiri dari jejaring tubulus dan kantong bermembran yaitu sisterna.
Membran RE memisahkan lumen dengan sitosol. Visikel adalah kantong yang terbuat dari
membran yang berukuran mungil. RE adalah sistem bermembran yang terdiri dari tubulus-
tubulus dan kantong-kantong pipih atau sisterna yang bersambung-sambung. RE juga
bersambung dengan selaput nukleus. Membran RE menyelubungi kompartemen
bersambung-sambung yang disebut lumen RE (ruang sisterna). RE dibagi 2 yaitu:
RE halus adalah RE yang permukaan luarnya tidak mengandung ribosom berfungsi dalam
sintesis lipid, metabolisme karbohidrat, dan detoksifikasi racun.
RE kasar adalah RE permukaan luarnya mengandung ribosom berfungsi sebagai pabrik
membran untuk sel.
RE halus berfungsi dalam berbagai proses metabolik yang bervariasi menurut tipe sel.
Proses-proses tersebut antara lain sintesis lipid, metabolisme karbohidrat, serta detoksifikasi
obat-obatan dan racun. Enzim-enzim pada RE halus penting dalam sintesis lipid, termasuk
minyak, fosfolipid, dan steroid. Steroid yang dihasilkan yaitu hormon seks vertebrata dan
berbagai hormon steroid yang disekresikan oleh kelenjar adrenal. Enzim lainnya pada RE
halus mendotiksifikasi obat-obatan racun dan obat-obatan sehingga molekul tersebut lebih
terlarut dan mudah dikeluarkan dari tubuh bersama urine. RE halus menyimpan ion kalsium
contohnya pada sel-sel otot, membran RE yang terspesialisasi memompa ion-ion kalsium dari
sitosol ke lumen RE.
Banyak jenis sel menyekresikan protein yang dihasilkan oleh ribosom yang melekat
pada RE kasar. Sel-sel pankreas tertentu menyintesis protein insulin di RE dan
menyekresikannya ke aliran darah. Ketika rantai polipeptida tumbuh dari ribosom terikat,
rantai tersebut dikirim ke lumen RE melalui pori yang dibentuk oleh kompleks protein dalam
membran RE. Ketika memasuki lumen RE, protein baru melipat diri menjadi bentuk aslinya.
Protein sekresi adalah glikoprotein, protein yang berikatan secara kovalen dengan
karbohidrat. Karbohidrat dilekatkan ke protein dalam RE oleh molekul terspesialisasi yang
ada dalam membran RE.
Setelah protein sekresi terbentuk, membran RE menjaga protein terpisah dari protein
yang dihasilkan oleh ribosom bebas dan akan tetap berada dalam sitosol. Setelah protein
sekresi terbentuk, membran RE menjaga protein terpisah dari protein yang dihasilkan oleh
ribosom bebas dan akan tetap berada di dalam sitosol. Protein sekresi meninggalkan RE
dalam kondisi terbungkus membran vesikel yang bertunas seperti gelembung dari wilayah
yang terspesialisasi yang disebut RE transisional.
Setelah meninggalkan RE vesikel transpor bergerak ke aparatus Golgi. Aparatus
Golgi sebagai pusat pembuatan, penggudangan, pemilahan, dan pengiriman. Produk RE
misalnya protein dimodifikasi dan disimpan serta dikirimkan ke berbagai tujuan lain. aparatus
Golgi terdiri dari sisterna yaitu kantong-kantong pipih bermembran.
Lisosom merupakan kantong bermembran yang berisi enzim-enzim hidrolitik yang
digunakan oleh sel hewan untuk mencerna makromolekul. Enzim pencernaan lisosom bekerja
sangat baik ketika kondisi asam, bila lisosom pecah maka enzim yang dikeluarkan tidak aktif
sebab sitosol mempunyai pH netral, tetapi kebocoran yang berlebihan dari banyak lisosom
dapat menyebabkan autodigesti. Enzim hidrolitik dan membran lisosom dibuat oleh RE kasar
lalu ditransfer ke aparatus Golgi untuk diproses lebih lanjut. Lisosom timbul melalui
pertunasan dari sisi trans aparatus Golgi. Protein-protein di permukaan dalam membran
lisosom dan enzim pencernaan sendiri diduga tidak mengalami kehancuran karena memiliki
bentuk berdimensi tiga yang melindungi ikatan-ikatan yang rawan dari serangan enzim.
Amoeba menelan dan mencerna organisme kecil lain dengan fagositosis.Vakuola
makanan berfusi dengan lisosom yang mengandung enzim pencernaan. Hasil pencernaan
seperti gula, asam amino, dan monomer lainnya masuk ke sitosol, menjadi nutrisi bagi sel.
Makrofag membantu mempertahankan tubuh dengan cara menelan dan menghancurkan
bakteri dan organisme asing. Lisosom juga menggunakan enzim hidrolitiknya untuk mendaur
ulang materi organik sel (autogami). Organel yang rusak diselubungi oleh membran ganda,
membran luar berfusi dengan lisosom sedangkan membran dalam didegradasi bersama
organel rusak. Enzim lisosom menguraikan materi yang diselubungi dan monomer organik
dikembalikan ke sitosol untuk digunakan kembali. Dengan lisosom, sel terus menerus
memperbarui dirinya. Sel-sel penderita penyakit penyimpanan lisosomal turunan, tak
memiliki enzim hidrolitik yang akibatnya lisosom membengkak akibat substrat tak tercerna
sehingga aktivitas seluler lainnya menjadi terganggu. Pada penderita Tay-Sachs, enzim
pencerna lipid hilang sehigga otak menjadi cacat akibat akumulasi lipid yang berlebihan.
Vakuola adalah vesikel yang dibatasi membran dengan fungsi yang berbeda-beda.
Vakuola makanan terbentuk melalui fagositosis. Pada tumbuhan vakuola juga berfungsi
dalam hidrolisis. Vakuola sentral berkembang melalui penggabungan vakuola-vakula yang
lebih kecil yang berasal dari RE dan aparatus Golgi. Vakuola sentral sel tumbuhan dapat
menyimpan cadangan senyawa organik yang penting seperti protein yang disimpan di
vakuola sel simpanan biji. Selain itu juga menyimpan ion anorganik sel tumbuhan seperti
kalium dan klorida.
Vakuola juga tempat pembuangan produk sampingan metabolik yang dapat
membahayakan sel jika terakumulasi di sitoplasma. Beberapa vakuola mengandung pigmen
yang memberikan warna pada sel contohnya pigmen merah dan biru pada petal agar serangga
tertarik untuk datang ke bunga. Vakuola juga melindungi tumbuhan dari predator dengan
menampung senyawa beracun. Vakuola berperan dalam pertumbuhan sel tumbuhan yang
menjadi besar ketika vakuola menyerap air. Sitosol seringkali menempati selapis tipis antara
vakuola sentral dan membran plasma. Vakuola kontraktil terdapat pada protista air tawar
yang memompa kelebihan air keluar sel sehingga mempertahankan konsentrasi ion dan
molekul di dalam sel (osmoregulasi). Paramecium hidup di air kolam yang hipotonik
terhadap sel sehingga air sedikit demi sedikit masuk ke sel. Agar sel tak meletus maka
vakuola kontraktil memompa air ke luar sel.
Integrin berada di sepanjang membran plasma dan meneruskan sinyal antara MES dan
sitoskeleton.
Penelitian terbaru tentang fibrinogen, molekul MES lain, dan integrin
mengungkapkan peran besar matriks ekstraselular dalam kehidupan sel. Dengan cara
berkomunikasi dengan sel melalui integrin, MES dapat meregulasi perilaku sel. Peneliti juga
mempelajari matriks ekstraselular di sekeliling sel dapat mempengaruhi aktivitas gen dalam
nukleus. Informasi mengenai MES mungkin mencapai nukleus melalui kombinasi jalur
persinyalan mekanis dan kimiawi. Pensinyalan mekanis melibatkan fibronektin, integrin, dan
mikrofilamen sitoskeleton. Perubahan sitoskeleton mungkin kemudian memicu jalur
pensinyalan kimiawi di dalam sel, menyebabkan perubahan pada set protein yang sedang
dibuat oleh sel sehingga mengubah fungsi sel.
Plasmodesmata merupakan saluran-saluran yang menembus dinding sel yang
menghubungkan lingkungan kimiawi sel-sel yang bersebelahan (melalui aliran sitosol). Ini
menyebabkan menyatunya tumbuhan sebagai satu kesatuan yang hidup. Sambungan ketat
membran plasma sel-sel bersebelahan saling menekan satu sama lain dengan kuat dan
disatukan oleh protein spesifik. Membentuk segel kontinu di sekeliling sel, mencegah
kebocoran cairan ekstraselular melintasi lapisan sel epitel. Desmosom berfungsi sebagai
sekrup yang menyambungkan sel-sel menjadi lembaran-lembaran kuat. Filamen intermediat
yang terbuat dari keratin yang kokoh menambatkan desmosom dalam sitoplasma. Desmosom
melekatkan sel-sel otot ke satu sama lain dalam otot. Sambungan celah menyediakan saluran
sitoplasmik dari satu sel ke sel lain yang bersebelahan. Terdiri atas protein-protein membran
yang mengelilingi suatu pori yang dilewati oleh ion, gula, asam amino, dan berbagai molekul
kecil lain.
L. Siklus Sel
Rudolf Virchow menyatakan bahwa di mana ada sel, pasti sebelumnya penah ada sel,
seperti hewan yang muncul hanya dari hewan dan tumbuhan hanya dari tumuhan. “Omnis
cellula e cellula” berarti setiap sel berasal dari sel melalui proses reproduksi sel atau
pembelahan sel. Pada pembelahan sel terjadi penerusan materi genetik yang identik ke sel
anakan. DNA yang dimiliki oleh sel, informasi genetiknya disebut dengan genom. Genom
prokariot berupa satu molekul tunggal yang panjang sedangkan pada eukariot terdiri atas
beberapa molekul DNA.
Sel manusia memiliki DNA sekitar 2 m yang 250.000 kali lebih besar dari diameter
sel. Sebelum sel bisa membelah untuk membentuk sel-sel anakan yang identik secara genetik,
semua DNA ini harus disalin lalu kedua salinan tersebut dipisahkan sedemikian rupa
sehingga setiap anakan memiliki genom yang lengkap. Replikasi dan distribusi DNA bisa
dikelola karena molekul DNA dikemas menjadi kromosom. Chroma artinya warna, soma
artinya tubuh. Setiap spesies eukariot memiliki jumlah kromosom yang khas, misalnya
manusia memiliki 46 kromosom (23 pasang) yang terdiri dari 44 kromosom tubuh (22
pasang) dan 2 kromosom sex (1 pasang) atau diploid. Gamet sperma dan sel telur memiliki
separuh (haploid) dari kromosom somatik jadi hanya 23 kromosom.
Kromosom eukariot terbuat dari kromatin yang terdiri dari komplek DNA dan
molekul protein terkait. Setiap kromosom mengandung 1 molekul DNA linear yang sangat
panjang dan membawa beberapa ratus sampai beberapa ribu gen. Gen merupakan unit-unit
yang menspesifikasi sifat-sifat warisan suatu organisme. Protein yang terkait
mempertahankan struktur kromosom dan mengontrol aktivitas sel. Sel eukariot memiliki
banyak kromosom, sebelum duplikasi setiap kromosom memiliki 1 molekul DNA tunggal.
Begitu direplikasi, kromosom terdiri dari 2 kromatid saudara yang dihubungkan oleh kohesi
kromatid saudara. Setiap kromatid mengandung satu salinan molekul DNA. Proses mekanis
memisahkan kedua kromatid saudara menjadi 2 kromosom dan mendistribusikannya ke dua
sel anakan.
Setelah pembelahan sel, kedua kromatid saudara dari masing-masing kromosom
terduplikasi memisah dan bergerak menuju ke dua nukleus baru, satu nukleus terbentuk pada
masing-masing ujung sel. Begitu kromatid saudara memisah, keduanya dianggap sebagai
kromosom individual. Jadi setiap nukleus baru menerima koleksi kromosom yang identik
dengan induknya. Peristiwa pembelahan nukleus disebut dengan mitosis yang segera diikuti
oleh sitokenesis pembelahan sitoplasma.
Mitosis hanyalah salah satu bagian dari siklus sel. Fase mitotik (mitotic phase, M)
mencakup mitosis sekaligus sitokenesis merupakan bagian terpendek dari siklus sel.
Pembelahan yang paling panjang disebut interfase (interphase) yang mencakup 90% siklus
sel. Pada saat interfase lah sel bertumbuh dan membuat salinan kromosom-kromosomnya
sebagai persiapan untuk pembelahan sel. Interfase dibagi menjadi fase G1 (first gap), fase S
(sintesis), dan fase G2 (second gap). Selama ketiga subfase, sel tumbuh dengan cara
menghasilkan protein dan organel sitoplasma seperti mitokondria dan RE. Kromosom
diduplikasi hanya pada fase S. Jadi, sel bertumbuh (G1), terus bertumbuh sambil menyalin
kromosom-kromosomnya (S), tumbuh lagi sambil menyelesaikan persiapan untuk
pembelahan sel (G2), dan membelah (M). Sel-sel anakan kemudian bisa mengulangi siklus
tersebut. Sel manusia mengalami satu pembelahan dalam 24 jam. Fase M menghabiskan
kurang dari 1 jam, fase S berlangsung 10 – 12 jam, sisanya dibagi rata antara fase G1 dan G2