Fauna di wilayah Indonesia bagian barat disebut pula fauna Asiatis. Wilayah ini meliputi
pulau Jawa, Bali, Kalimantan, dan Sumatera. Contoh fauna di wilayah Indonesia bagian
barat berdasarkan pulau adalah sebagai berikut:
1. Pulau Jawa: banteng, badak bercula satu, harimau jawa, macan tutul, rusa.
2. Pulau Bali: macan tutul dan ayam hutan.
3. Pulau Kalimantan: monyet bekantan, beruang madu, orang utan, macan tutul,
buaya, ayam hutan.
4. Pulau Sumatera: badak bercula dua, harimau sumatra, ular piton, tapir, gajah,
macan tutul.
Kayu Meranti, kayu Ulin, kayu kamper, kayu Gaharu, kayu kapur, Raflesia arnoldi, Rotan,
Kayu Manis, kayu Jati, anggrek, kayu sungkai, Cempaka Kuning, Andalas, Menteng,
Mundu, Saga. Wilayahnya meliputi Sumatra, Kalimantan dan Pulau Jawa.
Fauna di wilayah Indonesia bagian tengah disebut pula fauna Peralihan. Di katakan
sebagai peralihan karena terletak di antara garis Wallace dan garis Weber. Wilayah ini
meliputi pulau Sulawesi, kepulauan Nusa Tenggara (pulau Komodo, Lombok, Sumba,
Flores, dan pulau-pulau kecil lainnya), serta Pulau Timor. Contoh fauna di wilayah
Indonesia bagian tengah adalah sebagai berikut:
1. Jenis mamalia yang terdiri dari: babi rusa yang hidup di Sulawesi, Anoa di
Sulawesi, ikan duyung, kuskus di Sulawesi, monyet hitam, monyet saba, kuda di
Sumba dan Lombok, banteng, sapi di Sumba, beruang tarsius.
2. Jenis reptil terdiri dari komodo di pulau komodo, kura-kura, ular, buaya, dan
biawak.
3. Jenis amfibi terdiri dari katak terbang, katak pohon, dan katak air yang hijau.
4. Jenis burung atau aves terdiri dari burung rangkong di Sulawesi, kakak tua, raja
udang, mandar, maleo, merpati, dan nuri.
Masih menurut sejarah, pulau Sulawesi tidak pernah terhubung dengan pulau
Kalimantan sehingga hewan yang ada di pulau Sulawesi sangat khas dan endemik.
Fauna di wilayah Indonesia bagian timur disebut pula fauna Australis. Dikatakan demikian
karena memiliki kemiripan dengan fauna di benua Australia. Wilayah yang meliputi
Indonesia bagian timur, yaitu: Kepulauan Maluku dan Kepulauan Papua. Contoh fauna di
wilayah Indonesia bagian timur adalah sebagai berikut:
1. Jenis burung yang terdiri dari: burung cenderawasih, kakatua, nuri, kasuari,
namudur.
2. Jenis mamalia yang terdiri dari: beruang, walabi, kanguru, landak irian, kanguru
pohon, kuskus.
3. Jenis reptilia yang terdiri dari: kura-kura moncong babi, biawak, kadal, ular papua,
buaya.
4. Jenis ikan yang terdiri dari ikan hiu di kepulauan Papua.
Mangrove, Eboni, pohon Sagu, pohon Matoa, buah merah, kayu besi. Wilayahnya
meliputi : Maluku dan Papua.
Wallace merupakan daerah transisi biogeografis antara paparan Sunda ke arah barat,
dan daerah Australasian ke arah timur. Daerah ini meliputi sekitar 338.494 km² area
daratan, terbagi ke dalam banyak pulau kecil. Pulau Sulawesi, Kepulauan Maluku, dan
sebagian Nusa Tenggara merupakan bagian dari daerah ini. Karena faktor geografinya,
daerah ini terdiri dari banyak jenis hewan endemik dan spesies fauna yang unik.