LAPORAN RESMI BIOLOGI SEL MOLEKULER

PERCOBAAN II

ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

Dosen pengampu : Drs. H. Ibrahim Arifin, M.Sc, Apt

Asisten Dosen : Yuine Shavia

Disusun Oleh :

Nama : Dyah Aji Sofyaningtyas

NIM : 175010145

Kelas : B / IV

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS WAHID HASYIM

SEMARANG

2019
 LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER

PERCOBAAN 2

ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

I. Tujuan
1. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil
ekspresi sel
2. Dapat mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan gen
beberapa organisme lain

II. Dasar Teori

Perubahan urutan basa di dalam molekul DNA menjadi urutan basa molekul
RNA dinamakan transkripsi, sedangkan penerjemahan urutan basa RNA menjadi
urutan asam amino suatu protein dinamakan translasi. Jadi, proses tanskripsi dan
translasi dapat dilihat sebagai tahap-tahap ekspresi urutan basa DNA. Namun, tidak
semua urutan basa DNA akan diekspresikan menjadi urutan asam amino. Urutan
basa DNA yang pada akhirnya menyandi urutan asam amino disebut sebagai gen.
Dengan demikian, secara kimia gen adalah urutan basa nitrogen tertentu pada
molekul DNA yang dapat dieskpresikan melalui tahap-tahap transkripsi dan translasi
menjadi urutan asam amino tertentu. (Campbell, 2000).
Salah satu fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik
adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan
diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu. Fenotipe
organisme sangat ditentukan oleh hasil interaksi protein-protein di dalam sel. Setiap
protein tersusun dari sejumlah asam amino dengan urutan tertentu, dan setiap asam
amino pembentukannya disandi (dikode) oleh urutan basa nitrogen di dalam molekul
DNA. Rangkaian proses ini, mulai dari DNA hingga terbentuknya asam amino,
dikenal sebagaidogma sentral genetika molekuler (Campbell, 2000).
 Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik
(dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein, dan lebih jauh
lagi: fenotipe. Informasi yang dibawa bahan genetik tidak bermakna apa pun bagi
suatu organisme apabila tidak diekspresikan menjadi fenotipe. Ekspresi genetik
beserta dinamika yang mempengaruhinya dipelajari dalam genetika molekular
beserta cabang-cabangnya seperti genomika, transkriptomika, proteomika, serta
metabolomika. (Campbell, 2000)

Transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan promoter,

inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing akan dijelaskan sebagai berikut:

1. Enzim RNA polimerase mengikat untai DNA cetakan pada suatu daerah
yang mempunyai urutan basa tertentu sepanjang 20 hingga 200 basa. Daerah
ini dinamakan promoter.

2.   Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat

pada suatu tempat di dekat daerah promoter, yang dinamakan tempat awal
polimerisasi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tempat ini dan
sintesis RNA pun segera dimulai

3.      Selama sintesis RNA berlangsung RNA polimerase bergerak di sepanjang

molekul DNA cetakan sambil menambahkan nukleotida demi nukleotida
kepada untai RNA yang sedang diperpanjang.

4.      Molekul RNA yang baru saja selesai disintesis, dan juga enzim RNA
polimerase, segera terlepas dari untai DNA cetakan begitu enzim tersebut
mencapai urutan basa pengakhir (terminasi) (Tjitrasam. 1983).

Transkripsi DNA menghasilkan molekul RNA yang kemudian akan mengalami

diferensiasi struktur sesuai dengan fungsinya masing-masing. Kita mengenal tiga
macam RNA, yaitu:

1.      RNA duta atau messenger RNA (mRNA), yang mempunyai struktur

linier kecuali bagian ujung terminasinya yang berbentuk batang dan kala.
Urutan basa yang dinamakan urutan penyandi (coding sequences) ini dibaca
tiga demi tiga.

2.      RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA), yang strukturnya mengalami

modifikasi hingga berbentuk seperti daun semanggi. Pada salah satu kalanya,
tRNA membawa tiga buah basa yang komplemeter dengan triplet kodon pada
mRNA. Ketiga basa ini dinamakan antikodon. Sementara itu, pada ujung 3’-
nya terdapat tempat pengikatan asam amino tertentu.
3.      RNA ribosomal atau ribosomal RNA (rRNA), yang strukturnya
merupakan bagian struktur ribosom. Molekul rRNA, dan juga tRNA, dapat
dikatakan sebagai RNA struktural dan tidak ditranslasi menjadi asam
amino/protein. Akan tetapi, mereka adalah bagian mesin sel yang menyintesis
protein (Ari. 2009).
 Basa III
Basa I Basa II
(3’)
(5’)
U C A G U

Phe Ser Tyr Cys C

Phe Ser Tyr Cys A

U
Leu Ser Stop Stop G

Leu Ser Stop Trp U

Leu Pro His Arg C

Leu Pro His Arg A

C
Leu Pro Gln Arg G

Leu Pro Gln Arg U

ILe Thr Asn Ser C

ILe Thr Asn Ser A

A
ILe Thr Lys Arg G

Met Thr Lys Arg U

Val Ala Asp Gly C

Val Ala Asp Gly A

G
Val Ala Glu Gly G

Val Ala Glu Gly U

Tabel 1. Kode genetik

Keterangan :

phe = fenilalanin, ser = serin, his = histidin, glu = asam glutamat, leu = leusin, pro =
prolin, gln = glutamin, cys = sistein, ile = isoleusin, thr = treonin, asn = asparagin, trp =
triptofan, met = metionin, ala = alanin, lys = lisin, arg = arginin, val = valin, tyr = tirosin,
asp = asam aspartat, gly = glisin, AUG (kodon metionin) dapat menjadi kodon awal (start
codon), stop = kodon stop (stop codon)
III. Alat dan Bahan
Alat :
1. Laptop
Bahan :
1. Situs NCBI
IV. Cara Kerja
A. ANALISIS EKSPRESI GEN
 Latihan (NM_000125.3)
1. Buka situs NCBI

2. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis
(beri keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens)

3. Pilih gen yang akan dianalisis

4. Copy sekuens dalam region CDS

5. Buka situs NCBI lagi kemudian klik ORF Finder, pilih Orfind. Masukkan sekuens
yang sudah dicopy pada kolom FASTA Format-V
8. Ubah ke CDS translation dan dicocokan sekuen asam amino yang didapat
dengan sekuen asam amino pada tampilan awal identitas gen (features).
Dicocokan dengan cds 4 huruf awal dengan 4 huruf akhir.

ORF 1
ORF 2

ORF 3

ORF 4

ORF 5
ORF 6

ORF 7

ORF 8

ORF 9
 ORF 10

ORF 11

 Tugas (NM_002086.5)

1. Buka situs NCBI

2. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen) yang akan dianalisis
(beri keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo sapiens)

3. Pilih gen yang akan dianalisis

4. Copy sekuens dalam region CDS

5. Buka situs NCBI lagi kemudian klik ORF Finder, Pilih Orfind. Masukkan
sekuens yang sudah dicopy pada kolom FASTA Format-V
6. Ubah ke CDS translation dan dicocokan sekuen asam amino yang didapat dengan
sekuen asam amino pada tampilan awal identitas gen (features). Dicocokan
dengan cds 4 huruf awal dengan 4 huruf akhir.

a. ORF 1

b. ORF 2
c. ORF 3

d. ORF 4

e. ORF 5
B. Homologi Protein
 Latihan NM_000125.3
1. Buka situs NCBI. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen)
yang akan dianalisis (beri keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen
pada Homo sapiens)

2. Setelah masuk ke halaman pae sequence viewer, klik link protein

3. Copy sekuen asam amino-nya

4. Buka situs NCBI lagi kemudian klik menu BLAST

5. Pilih protein-protein blast (blastp)

6. Paste sekuens asam amino pada kotak QUERY untuk mencari homologinya

7. Klik BLAST.
 8. Lakukan analisis lebih lanjut mengenai homologi protein terhadap asam amino
tadi (Homo sapiens). Cari masing-masing organisme yang sehomolog

 Tugas ( NM_002086.5 )
1. Buka situs NCBI. Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen (kode gen)
yang akan dianalisis (beri keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah
gen pada Homo sapiens)

2. Setelah masuk ke halaman pae sequence viewer, klik link protein

3. Copy sekuen asam amino-nya

4. Buka situs NCBI lagi kemudian klik menu BLAST

5. Pilih protein-protein blast (blastp)

6. Paste sekuens asam amino pada kotak QUERY untuk mencari homologinya,
Klik BLAST

7. Lakukan analisis lebih lanjut mengenai homologi protein terhadap asam

amino tadi (Homo sapiens). Cari masing-masing organisme yang sehomolog
V. DATA PENGAMATAN
1. Latihan
a. Kode Gen = NM_000125.3
b. Nama Gen = Homo sapiens esterogen receptor
c. CDS = 235 – 2022

Label Strand Frame ∑ AA ∑M Stop

Kodon
ORF 1 + 1 595 27 TGA
ORF 9 - 2 153 9 TGA
ORF 7 - 1 92 2 TGA
ORF 2 + 2 81 4 TGA
ORF 10 - 2 80 3 TAG
ORF 3 + 2 58 2 -
ORF 11 - 3 48 1 TGA
ORF 6 + 3 38 1 TAA
ORF 4 + 3 28 1 TGA
ORF 8 - 1 28 1 TAA
ORF 5 + 3 26 1 TAA

d. Homologi
Description Max Query
Score Cover
Esterogen Receptor Isoform X2 ( Pan troglodytes ) 1229 100%
Esterogen Receptor Isoform X2 ( Pan paniscus ) 1228 100%
Esterogen Receptor Isoform X2 ( Pongo abelii ) 1227 100%
Esterogen Receptor Isoform X2 ( Piliocolobus tephrosceles) 1225 100%
Esterogen Receptor Isoform X2 ( Macaca namestrina ) 1221 100%

Kesimpulan : Esterogen receptor isoform( Homo sapiens ) dengan max score

1229 memiliki kemiripan dengan organisme Pan troglodytes dengan max score
1229, Pan paniscus dengan max score 1228 , Pongo abelii dengan max score
1227, Piliocolobus tephrosceles dengan max score 1225, dan Macaca namestrina
dengan max score 1221
Pan troglodytes

Pan paniscus

Pongo abelii

Piliocolobus
tephrosceles
Macaca
nemestrina
2. Tugas
a. Kode Gen = NM_002086.5
b. Nama Gen = Homo sapiens growth factor receptor-bound protein 2
c. CDS = 328 – 981 bp.

Label Strand Frame ∑ AA ∑M Stop

kodon
ORF 1 + 1 217 5 TAA
ORF 4 - 1 183 2 -
ORF 5 - 2 69 3 TGA
ORF 2 + 2 43 3 TGA
ORF 3 + 2 41 3 TGA

d. Homologi
Description Max Query
Score Cover
Growth factor receptor-bound protein 2 isoform X1 446 100%
( Podarcis mularis )
Growth factor receptor-bound protein 2 isoform X1 446 100%
(Chelonia mydas )
Growth factor receptor-bound protein 2 isoform X1 443 100%
(Zalophus californianus )
Growth factor receptor-bound protein 2 isoform X1 441 100%
( Gouania wildenowi )
Growth factor receptor-bound protein 2 isoform X1 439 100%
( Cricetulus griseus )

Kesimpulan : Growth factor receptor-bound protein 2 isoform 1 ( Homo

sapiens ) memiliki kemiripan dengan organisme Podarcis mularis dengan max
score 446, Chelonia mydas dengan max score 446, Zalophus californianus dengan
max score 443, Gouania wildenowi dengan max score 441, dan Cricetulus
griseus dengan max score 439.
 Podarcis
mularis

Chelonia
mydas

Zalophus
californianus

Gouania
wildenowi
Cricetulus
griseus
VI. Pembahasan

Praktikum kali ini bertujuan untuk menganalisis ekspresi gen dan mendeteksi hasil
ekspresi gen juga mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan
beberapa organisme lain. Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi
genetik (dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein, dan lebih jauh lagi:
fenotipe. Informasi yang dibawa bahan genetik tidak bermakna apa pun bagi suatu organisme
apabila tidak diekspresikan menjadi fenotipe. Ekspresi genetik beserta dinamika yang
mempengaruhinya dipelajari dalam genetika molekular beserta cabang-cabangnya seperti
genomika, transkriptomika, proteomika, serta metabolomika. (Campbell, 2000).

Ekspresi gen disebut juga dengan rangkaian atau varian asam amino. Proses ekspresi gen
diawali dengan transkripsi DNA menjadi mRNA yang kemudian ditranslasikan menjadi asam
amino. Asam amino inilah yang kemudian menjadi protein. Analisis ekspresi gen dilakukan
dengan cara melihat sekuens suatu gen yang diekspresikan melalui sintesis protein dalam proses
translasi.

Transkripsi pada DNA membutuhkan sebuah cetakan yang disebut mRNA. Sintesis awal
dilakukan mulai dari proses inisiasi. Proses ini memerlukan sebuah kodon yang spesifik yaitu
kodon awal dan akhir. Kodon awal merupakan kodon pertama yang diterjemahkan pada saat
translasi aatau disebut kodon inisiasi (AUG yang menyediakan metionin). Kodo akhi atau stop
kodon merupakan salah stu dari tiga kodon yaitu AUG,UGA,UAG atau UAA .

Praktikum ini, yang digunakan adalah kode protein dari Homo sapiens esterogen
reseptor, dengan kode gen yang digunakan adalah NM_000125.3 dengan daerah CDS 235 –
2022 bp . Dari daerah itu, gen yang diambil dan dianalisis yaitu 235 –2022 yang digunakan
sebagai latihan dan kode protein dari Homo sapiens growth factor receptor bound protein 2
dengan kode gen yang digunakan NM_002086.5. Dengan daerah CDS 328 – 981 yang
digunakan sebagai Tugas. Dalam Praktikum ini digunakan fasilitas ORI Finder ( Opening
Reading Frame) pada situs NCBI.

Hal pertama yang dilakukan dalam melakukan analisis ini adalah membuka situs NCBI,
mengisi kotak search nucleotide for dengan kode gen yang telah ditentukan. Kemudian gen yang
diambil dari CDS dicopy dan dibuka kembali situs NCBI dan buka ORF Finder ( Open Reading
Frame Finder) dan diisi kotak ORF yang kosong dengan gen yang sudah dicopy kemudian
dipastekan ke kolom FASTA Format-V. Kemudian diklik dan akan muncul frame yang akan
menunjukkan ada tidaknya start kodon dan stop kodon. Karena dalam tiap frame belum tentu
ditemukan adanya start kodon dan stop kodonnya. Untuk mengetahui adanya start kodon
ditunjukkan dengan adanya warna biru sebagai tanda mulainya proses transkripsi dan warna
merah muda menunjukkan stop kodon sebagai tanda bahwa proses translasi telah berakhir. Gen
yang diekspresikan untuk sintesis protein ditunjukkan oleh basanya.

Hasil ORF Finder dari Tugas dengan kode gen NM_002086.5 tesebut terlihat ada 5
bagian frame yang dapat dianalisis. Dari kelima frame tersebut, frame -1 tidak mempunyai stop
kodon sehingga tidak mencerminkan ekspresi gen dari Homo sapiens. Sedangkan frame lainnya
memiliki start kodon dan stop kodon sehingga keempat frame lainnya dapat mencerminkan
ekspresi gen dari Homo sapiens.

Pada gen Homo sapiens dilakukan juga percobaan analisis homologi protein
menggunakan fasilitas blastp (protei-protein blast) yang terdapat dalam situs NCBI. Fungsi dari
blastp adalah membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database
sekuen protein. Kemiripan protein dapat dilihat dari jumlah Query cover yang ditampilkan dalam
blastp. Hasil blastp dari percobaan ini menunjukkan bahwa terdapat banyak sekali protein hewan
yang sehomolog dengan Protein terikat faktor pertumbuhan (Growth factor receptor-bound
protein) antara lain protein pada :

1. Podarcis mularis
2. Chelonia mydas
3. Zalophus californianus
4. Gouania wildenowi
5. Cricetulus griseus
VII. Kesimpulan

Kode gen NM_000125.3 menghasilkan 11 frame. Organisme yang sehomolog

dengan Homo sapiens esterogen reseptor yaitu : Pan troglodytes, Pan paniscus,
Pongo abelii, Piliocolobus tephrosceles, dan Macaca namestrina

6. kode gen NM_002086.5 menghasilkan 5 frame. Organisme yang sehomolog dengan

Homo sapiens growth factor receptor-bound protein 2 yaitu : Podarcis mularis, Chelonia
mydas, Zalophus californianus, Gouania wildenowi, Cricetulus griseus

VII. Daftar Pustaka

Ari, 2009, Biologi 1, Balai Pustaka, Jakarta.

Campbell, dkk., 2000, Biologi Edisi Kelima Jilid 3, Erlangga, Jakarta.

Tjitrasam, 1983, Botani umum 1, Angkasa, Bandung.