Sejak tahun 2009 pemerintah telah menetapkan melalui Keputusan Menteri Kesehatan
nomor 293/MENKES/SK/ IV/2009 tanggal 28 April 2009 bahwa upaya pengendalian malaria
dilakukan dalam rangka eliminasi malaria di Indonesia. Indikator menurut kemenkes ini salah
satunya adalah dengan menghitung Annual Paracite Incidence (API) dengan tujuan untuk
mengetahui insidensi malaria dalam 1 tahun, mengetahui endemisitas malaria dan melakukan
tata lkasana serta penanggulangan factor risiko penyakit yang tepat. Dalam Rencana
Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN) tahun 2015-2019, Eliminasi malaria
merupakan salah satu sasaran utama dan juga merupakan Indikator Kinerja Program (IKP) dari
pencegahan dan pengendalian penyakit dengan target jumlah kabupaten/kota dengan eliminasi
malaria. Indikator ini bertujuan untuk: menilai pelaksanaan penemuan dan tatalaksana kasus
malaria, menilai pencegahan dan penanggulangan faktor risiko, menilai surveilans dan
penanggulangan KLB, menilai peningkatan komunikasi, informasi dan edukasi (KIE), menilai
peningkatan Sumber Daya Manusia dan menilai Komitmen Pemerintah Daerah.
Upaya untuk menghentikan penularan malaria setempat (indigenous) dalam satu wilayah
geografis tertentu dilakukan dengan menggunakan Rumus: Akumulasi jumlah kab/kota yang
mencapai eliminasi malaria, atau dengan menggunakan rumus indicator API yaitu:
Indikator dengan rumus akumulasi jumlah kab/ kota yang mengalami eliminasi malaria,
cakupan indikatornya meninjau tentang kabupaten/ kota yang telah mencapai eliminasi malaria
pada tahun 2013 sampai 2016.
Berdasarkan grafik diatas dapat dilihat bahwa jumlah kabupaten/kota yang telah
mencapai eliminasi Malaria semakin meningkat setiap tahunnya. Pada tahun 2016 yaitu
sebanyak 247 kabupaten/kota dari target yang ditentukan sebesar 245 kab/kota atau pencapaian
kinerja sebesar 100,8%. Terjadi peningkatan jumlah Kabupaten/Kota yang telah mencapai
eliminasi malaria dari tahun 2013 sebanyak 1 Kab/Kota, meningkat menjadi 213 Kab/Kota pada
tahun 2014, meningkat menjadi 232 Kab/Kota pada tahun 2015 dan meningkat menjadi 247 pada
tahun 2016.
Menurut endemisitasnya sejak tahun 2012, dapat dilihat bahwa malaria terkonsentrasi di
wilayah timur. Beberapa kabupaten/kota mencapai penurunan endemisitas dalam 4 tahun terkhir
yaitu Kalimantan dan Sulawesi.
Berikut adalah persentase capaian eliminasi ditiap kabupaten atau kota di seluruh
Indonesia yang juga dapat diuukur dengan menggunakan skor API