BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 SAMBILOTO (Andrographis paniculata Nees)

Andrographis panuculata Ness atau Sambiloto dikenal sebagai “King of
Bitters”, yang merupakan tanaman asli India dan Cina. Saat ini sambiloto telah
ditetapkan sebagai tanaman obat yang dikembangkan sebagai obat
fitofarmaka [ CITATION Rat121 \l 2057 ]. Sambiloto (Andrographis panuculata
Ness) ialah tumbuhan semusim yang termasuk dalam suku Acanthaceae.
Sambiloto ialah herba tegak, yang tumbuh secara alami di daerah dataran rendah
hingga ketinggian ± 1600 dpl. Habitat sambiloto ialah di tempat terbuka seperti
ladang, pinggir jalan, tebing, saluran atau sungai, semak belukar, di bawah
tegakan pohon jati atau bambu. Masyarakat memanfaatkan bagian tajuk (daun dan
batang).[ CITATION Puj07 \l 2057 ]

Gambar 2.1 Sambiloto[ CITATION Rat12 \l 2057 ]

2.1.1 Taksonomi [ CITATION Rat12 \l 2057 ]

Divisi : Spermatophyta

Sub Divisi : Angiospermae

Classis : Dicotyledoneae
 Ordo : Solanaceae

Familia : Acanthaceae

Genus : Andrographis

Species :Andrographis paniculataNess.

2.1.2 Sinonim
Tumbuhan sambiloto (Andrographis paniculata Ness) tersebar diseluruh
belahan dunia, termasuk di Indonesia. Dibeberapa daerah sambiloto dikenal
dengan berbagai nama. Masyarakat Jawa Tengah dan Jawa Timur menyebutnya
dengan bidara, sambiroto, sandiloto, sandilata, sambilata, takilo, paitan, dan
sambiloto [ CITATION Juf12 \l 2057 ]. Sementara itu, sambiloto juga mempunyai
nama asing, seperti Quasabhuva (Arab), Kalmegh (Bengali), The Creat dan King
of Bitters (Inggris), Kariyatu (Gujarati), Kirayat (Hindi), Nelaberu (Kannada),
Kalmegha dan Bhunimba (Sanskrit), dan Nilavembu (Telugu) [ CITATION Mas20 \l
2057 ].

2.1.3 Deskripsi Tanaman

Karakter morfologi Sambiloto (Andrographis paniculata) meliputi
parameter yaitu kisaran tinggi tanaman (27-45 cm); kisaran jumlah nodus (10-14);
kisaran ukuran daun ke-7 (panjang; lebar) (3,8-4,1; 0,8- 1,1) cm; kisaran jumlah
cabang (8-10), rata-rata berat kering daun (2,482 g), rata-rata berat kering batang
(5,882 g), and rata-rata umur berbunga (110 hari) [ CITATION Mas20 \l 2057 ]. Ciri
morfologi tumbuhan Sambiloto daun tunggal yang berbentuk bulat telur, batang muda
berbentuk segi empat setelah tua bulat, bunga majemuk berbentuk tandan di ketiak
daun dan ujung batang, buah muda berwarna hijau setelah tua menjadi hitam, Berakar
tunggang [ CITATION Puj07 \l 2057 ].

2.1.4 Manfaat dan Kegunaan

Berdasarkan fungsi empiris tersebut, herba sambiloto terus dikembangkan
dan dilakukan penelitian mengenai keamanan dan aktivitas farmakologinya.
Beberapa penelitian menyebutkan bahwa andrografolid memiliki beberapa
aktivitas farmakologi seperti sebagai antitrombotik, antivirus serta anti inflamasi
[ CITATION Cla16 \l 2057 ]. Selain itu sambiloto dapat digunakan sebagai
immunostimulator yang meningkatkan respon imun saat kekebalan tubuh
menurun, bisa menjadi imunosupresor yang dapat menurunkan respon kekebalan
tubuh saat sistem kekebalan tubuh meningkat melebihi kondisi tubuh normal, dan
juga sebagai immunomodulator, sambiloto juga mampu menormalkan kondisi
tubuh meskipun terjadi infeksi [ CITATION Alk181 \l 2057 ].

2.1.5 Kandungan Kimia Sambiloto

Tanaman ini menghasilkan senyawa utama yaitu andrographolide yang
mempunyai rasa sangat pahit, karenanya dikenal juga dengan sebutan King of
bitters[ CITATION Mas20 \l 2057 ]. Sambiloto memounyai kandungan senyawa aktif
berupa deoxyandrographolide, andrographolide, 14-deoxy-11,
neoandrographolide, 12-didehydroandrographolide, homoandrographolide,
diterpenoid dan flavonoid yang digunakan sebagai immunomodulator [ CITATION
Alk181 \l 2057 ]. Daun dan percabangannya lebih banyak mengandung lakton
sedangkan komponen flavonoid dapat diisolasi dari akarnya, yaitu
polimetoksiflavon, androrafin, panikulin, mono-0-metilwithin dan apigenin - 7,4
dimetileter. Selain komponen lakton dan flavonoid, pada tanaman sambiloto ini
juga terdapat komponen alkane, keton, aldehid, mineral (kalsium, natrium,
kalium), asam kersik dan damar. Senyawa kimia lain yang sudah diisolasi dari
daun yang juga pahit yaitu deoxyandro-grapholide-19β-D-glucoside, dan neo-
andrographolide [ CITATION Wid07 \l 2057 ].

2.2 TINJAUAN TENTANG IMMUNOMODULATOR

2.2.1 IMMUNOMODULATOR
Sistem kekebalan tubuh manusia terbagi menjadi dua yaitu sistem
kekebalan tubuh spesifik dan non- spesifik yang berfungsi melindungi
tubuh dari paparan zat asing yang dapat menimbulkan suatu penyakit bagi
tubuh. Sistem kekebalan tubuh non-spesifik dapat mendeteksi adanya
benda asing sehingga melindungi tubuh dari kerusakan yang diakibatkan,
tetapi tidak dapat mengenali benda asing tersebut, seperti kulit, kelenjar
keringat, air mata, rambut pada lubang hidung. Sedangkan sistem
kekebalan tubuh spesifik dapat menghancurkan zat asing yang berhasil
melewati sistem kekebalan tubuh non-spesifik, meliputi imunitas humoral
(limfosit B) dan imunitas seluler (limfosit T). Imunomodulator adalah zat
yang dapat memodulasi (mengubah atau mempengaruhi) sistem imun
tubuh menjadi ke arah normal. Beberapa senyawa alam memiliki
kemampuan dapat meningkatkan aktivitas sistem imun yaitu golongan
flavanoid, kurkumin, limonoid, vitamin C, vitamin E dan
katekin[ CITATION Put20 \l 2057 ]. Immunomodulator dibagi menjadi tiga
kelompok: 1) imunostimulator, berfungsi untuk meningkatkan fungsi dan
aktivitas sistem imun, 2) imunoregulator, artinya dapat meregulasi sistem
imun, dan 3) imunosupresor yang dapat menghambat atau menekan
aktivitas sistem imun. Kebanyakan tanaman obat yang telah diteliti
membuktikan adanya kerja imunostimulator, sedangkan untuk
imunosupresor masih jarang dijumpai. Pemakaian tanaman obat sebagai
imunostimulator dengan maksud menekan atau mengurangi infeksi virus
dan bakteri intraseluler, untuk mengatasi imunodefisiensi atau sebagai
perangsang pertumbuhan sel-sel pertahanan tubuh dalam sistem imunitas
[ CITATION Wie07 \l 2057 ].
2.2.2. PROTEIN
Protein berfungsi sebagai katalisator, pengangkut dan penyimpan
molekul lain seperti oksigen, mendukung secara mekanis sistem kekebalan
(imunitas) tubuh, menghasilkan pergerakan tubuh, sebagai transmitor
gerakan syaraf dan mengendalikan partumbuhan dan perkembangan. Peran
dan aktivitas protein dalam proses biologis antara lain sebagai katalis
enzimatik, bahwa hampir semua reaksi kimia dalam system biologi
dikatalis oleh makromolekul yang disebut enzim yang merupakan satu
jenis protein [ CITATION Kat09 \l 2057 ] . Protein adalah polimer dari asam
amino. Protein bervariasi bentuknya. Walaupun demikian bentuk protein
 dapat dikelompokkan dua yaitu protein globular dan protein fibrous.
Protein globular merupakan protein yang larut di dalam air. Makromolekul
ini berbentuk seperti ’bola’ dengan karakteristik pada bahagian dalam
protein hidrofobik dan pada permukaan protein hidrofilik. Oleh sebab itu,
protein globular larut di dalam air. Kebanyakan protein globular adalah
enzim. Protein fibrous adalah protein struktural yang menyediakan
dukungan mekanik pada sel dan organisme. Protein fibrous dirancang
khusus seperti ‘kabel besar’ atau ‘lembaran’. Sebagai contoh adalah α-
keratin, komponen utama rambut dan kuku; collagen, komponen utama
tanduk, kulit, tulang dan gigi. Contoh lain protein struktural adalah
komponen protein virus, bacteriophage, spora dan pollen [ CITATION
Azh16 \l 2057 ].

2.3 TINJAUAN TENTANG DATABASE

Basis data atau Database adalah kumpulan informasi yang disusun dan
merupakan suatu kesatuan yang disimpan di dalam perangkat keras (komputer)
secara sistematis sehingga dapat diolah menggunakan perangkat lunak. Dengan
sistem tersebut data yang terhimpun dalam suatu database dapat menghasilkan
informasi yang berguna[ CITATION swa16 \l 2057 ]. Database kumpulan data yang
bersifat mekanis, terdefinisi, dan terbagi dengan formal melalui suatu pengorganisasian.
Database adalah data operasional yang dipergunakan oleh sistem dari aplikasi dari
pengorganisasian. Database juga didefinisikan sebagai sistem file yang terintegrasi serta
mempunyai paling tidak satu primary key untuk sebuah pengulangan [ CITATION
Pur20 \l 2057 ].

2.3.1 PubChem
PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.gov) adalah sebuah informasi yang
berisi tentang zat kimia, termasuk molekul kecil, lipid, karbohidrat, dan amino
(yang dimodifikasi secara kimiawi) urutan asam dan asam nukleat (termasuk
siRNA dan miRNA). PubChem berfungsi sebagai sumber informasi kimia untuk
ilmiah komunitas di banyak bidang termasuk biologi kimia, kimiawi, dan kimia
obat [CITATION kim16 \l 2057 ].

2.3.2 Dr. Duke’s Phytochemical and Ethnobotanical Databases

Etnobotani Internasional Database (https://phytochem.nal.usda.gov)
adalah database etnobotani dari berbagai spesies tanaman yang tersedia di dunia.
Penelitian yang disusun oleh Dr. Jim Duke dari Green Farmacy Garden dan
Departemen Pertanian Amerika Serikat (USDA). Hasil ebDB hanyalah untuk
memberikan pelayanan penyimpanan data ethnobotanical. Keuntungan dari
Database Dr. Duke’s Phytochemical And Ethnobotanical, seperti instalasi yang
besar, data yang lengkap pada sebagian besar entri basis data, dan banyaknya
informasi data kimia tentang berbagai tanaman [ CITATION Sko14 \l 2057 ].

2.3.3 Ijah Analytics

Indonesia Jamu-Herbs (Ijah) Analitik (https://ijah.apps.cs.ipb.ac.id)
dikembangkan oleh Pusat Studi Biofarmaka Tropika (TropBRC) dan Departemen
Ilmu Komputer, IPB yang merupakan sistem untuk mencari prediksi khasiat
formula jamu menggunakan pendekatan machine learning (PLS-DA, M-PLS,
SVM, dan VFI5). Manfaat dari Ijah Analitik yaitu untuk mengetahui konektivitas
dari tumbuhan ke senyawa ke protein dan akhirnya terhadap penyakit, mengetahui
protein atau penyakit yang ditargetkan dengan menginputkan tumbuhan atau
senyawa, serta sebaliknya dan dapat memvalidasi atau memeriksa secara silang
beberapa komposisi tumbuhan, yaitu formula jamu yang memiliki khasiat
tertentu[ CITATION Faz19 \l 2057 ]

2.3.4 KNApSAcK
KNApSAcK (https://knapsackfamily.com) berisi 109.976 spesies
hubungan metabolit yang mencakup spesies dan metabolit. Metabolit sekunder
ini memiliki berbagai macam aktivitas seperti perlindungan UV, pewarnaan
bunga, interaksi antarspesies dan pertahanan tanaman, yang terlibat dalam
interaksi antara tumbuha. KNApSAcK dapat memprediksi keakurasian rata-rata
mencapai 90% [ CITATION Nak14 \l 2057 ].

2.3.5 Swiss TargetPrediction

SwissTargetPrediction (https://swisstargetprediction.ch) adalah alat
berbasis web untuk melakukan prediksi target berbasis ligan untuk semua molekul
kecil bioaktif. Pada prinsipnya adalah dua molekul serupa diwakili oleh analogi
yang menunjukkan kemiripan mendekati seperti aslinya. Pemilihan protein yang
diinginkan berdasarkan nilai probabilitas dan jenis penyakit [ CITATION Faz191 \l
2057 ].

2.3.6 STITCH (Search Tool for Interacting Chemicals)

STITCH (https://stitch.embl.de) mempunya jaringan yang bersifat global
dengan demikian bias mempertimbangkan interaksi di mana pun dalam suatu
organisme. STITCH dapat diperoleh dari DrugBank, basis data GPCR ligan, basis
data sasaran tepi, basis data toxicogenomics dan beberapa jalur genom (KEGG).
STITCH digunakan untuk melakukan interaksi dengan suatu protein, namun
tidak semua senyawa aktif dapat berinteraksi dengan protein [ CITATION Szk16 \l
2057 ].

2.3.7 Genecards
Genecards (https://genecards.org) merupakan ringkasa gen
berbasis web yang komprehensif dengan banyak anotasi dalam 18 bagian,
salah satunya adalah bagian penyakit, yang ditujukan untuk penyakit yang
terkait dengan gen [ CITATION Saf14 \l 2057 ]. GeneCards
menghasilkan informasi tentang gen manusia dan hasilnya, disimpan pada
database utama. Data tersebut diambil dari database GDB, yang
mengandung informasi gen dan sifat-sifat genomik
lainnya [ CITATION Lyr04 \l 2057 ].
2.3.8 Protein data bank (PDB)
Protein data bank (https://rcsb.org) adalah satu-satunya data struktural
primer makromolekul biologis di seluruh dunia. Banyak sumber informasi
sekunder berasal dari data PDB. Pengolahan data terdiri dari deposisi data, anotasi
dan validasi. Protein Data Bank merupakan penyedia dan penyimpan informasi
berupa struktur 3D protein, asam nukleat dan struktur kompleks [ CITATION
Ber14 \l 2057 ].

2.3.9 PASS Online

PASS Online (https://pharmaexpert.ru) merupakan aplikasi berbasis web,
dirancang sebagai alat untuk mengevaluasi potensi biologis molekul organik yang
dapat digunakan sebagai obat. PASS biasa digunakan untuk memeriksa aktivitas
biologis suatu molekul, sebelum dilakukan sintesis kimia dan pengujian biologis.
PASS Online memprediksi lebih dari 3500 jenis aktivitas biologis, termasuk efek
farmakologis, mekanisme aksi, efek toksik dan merugikan, interaksi dengan
enzim metabolik dan transporter, pengaruh pada ekspresi gen, dll. Besar potensi
senyawa diprediksi berdasarkan perbandingan nilai Pa dengan Pi (Pa: Pi atau
active, inactive ratio). Keakuratan prediksi yaitu sebesar 95% berdasarkan
penilaian Leave-One-Out Cross Validation (LOO CV). Hasil prediksi PASS
adalah kemungkinan aktivitas biologis yang disusus dalam urutan menurunnya
nilai Pa-Pi, dimana Pa adalah probabilitas yang masuk ke kelas “aktif”, sedangkan
Pi adalah probabilitas yang masuk bagian dari kelas “tidak aktif”. Pa-Pi>0 dapat
diartikan sebagai pengurangan perbedaan antara molekul “aktif” dan “tidak aktif”
[ CITATION Fit18 \l 2057 ].

2.4 TINJAUAN TENTANG ANALYSIS NETWORK PHARMACOLOGY

Farmakologi jaringan lebih efektif untuk membangun jaringan "senyawa
protein atau gen-penyakit" dan mengungkapkan prinsip regulasi molekul kecil
dengan cara throughput yang tinggi. Network pharmacology adalah metode yang
efisien dan menghemat waktu untuk menemukan aplikasi dalam kategori
penentuan obat lain dengan prediksi target. Farmakologi jaringan dapat
memberikan pemahaman penuh atau parsial tentang prinsip-prinsip teori jaringan
dan biologi sistem, itu telah dianggap sebagai paradigma berikutnya dalam
penemuan obat [ CITATION Zha19 \l 2057 ].

2.5 TINJAUAN TENTANG MOLECULAR DOCKING

Molekuler docking adalah metode yang memprediksi pilihan orientasi satu
molekul ke satu detik saat terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang
stabil[ CITATION Gab15 \l 2057 ]. Tujuan dari docking protein dan ligan yaitu untuk
memprediksi model yang mengikat ligan pada daerah yang dominan yang dikenal
dengan protein pada struktur tiga-dimensi [ CITATION Pus121 \l 2057 ]

2.5.1 PyMOL
PyMOL, alat grafik molekuler lintas platform, telah banyak digunakan
untuk visualisasi tiga dimensi (3D) protein, asam nukleat, molekul kecil,
kerapatan elektron, permukaan, dan lintasan. PyMOL adalah salah satu alat
visualisasi makromolekul yang paling banyak digunakan[ CITATION Yua17 \l 2057 ] .
Struktur tiga dimensi (3D) yang sudah terbentuk kemudian disterilisasi
menggunakan software PyMol yang bertujuan untuk menghilangkan seluruh
molekul penggangu yang terdapat pada molekul yang akan
diteliti[ CITATION Fit18 \l 2057 ].

2.5.2 PyRx
Program PyRx memberikan fasilitas optimasi molekul dengan pendekatan
forcefield untuk memperkaya kajian in silico. Selain itu PyRx sebuah program
docking untuk mendapatkan score docking dan profil interaksi protein-ligan dari
senyawa yang dipilih [ CITATION San19 \l 2057 ]

2.5.3 BIOVIA Discovery Studio

Biovia Discovery Studio Visualizer membuat preparat molekul protein
umum. Perangkat lunak ini mengukur sifat berbeda dari molekul protein. Protein
dimuat dalam format.pdb dan dianalisis dengan memilih molekul air dan ligan
untuk dianalisis. Molekul ligan yang terikat diisolasi dari molekul protein, dan
juga dikeluarkan dari molekul air. Struktur kristal protein selanjutnya disimpan
dalam format.pdb.