Nama: NIM:

LKM BIOLOGI SEL

Topik: Mitokondria – Rantai Respirasi dan ATP Sintetase

Petunjuk: Diskusikan dengan kelompok Anda masing-masing jawaban dari setiap pertanyaan di
bawah ini, kemudian upload sesuai dengan tempat yang telah disediakan di e-learning.

1. Bagaimana prinsip penggandengan kemiosmotik dan rantai transport elektron yang terjadi
pada mitokondria?
Jawaban:
Penggandengan kemiosmotik (chemiosmotic coupling) dan rantai transpor elektron
memiliki prinsip memanfaatkan molekul NADH dan FADH 2 yang memiliki elektron berenergi
tinggi dan sedang melewati membran dalam mitokondria, menaiki gradien konsentrasi
protonnya, mengaktifkan pompa elektron. Kedua molekul ini teroksidasi dan menghasilkan
NAD+ dan FAD, the electrons are quickly passed along the chain to molecular oxygen (O 2) to
form water (H2O). Pergerakan perlahan elektron yang berenergi tinggi ini pada rantai transpor
elektron menghasilkan energi yang dapat digunakan untuk memompa proton melalui membran
dalam mitokondria. Tentunya hal ini menghasilkan gradien proton yang berbeda antara di
dalam membran dan luar membran. Perbedaan ini akan digunakan oleh proton untuk menuruni
gradien konsentrasi dan memanfaatkannya untuk membentuk ATP (oksidasi fosforilasi).

2. Jelaskan struktur mitokondria dan fungsinya dalam proses pemanenan energi?

Jawaban:
Mitokondria adalah salah satu organel di dalam sel yang memiliki tugas utama yaitu
menghasilkan energi. Proses menghasilkan energi pada mitokondria yaitu : mitokondria akan
mengubah energi kimia yang terkandung didalam makanan yang kita konsumsi menjadi
bentuk energi lain, yang mudah digunakan oleh sel tubuh. Proses ini disebut dengan fosforilasi
oksidatif. Fosforilasi oksidatif lalu akan menghasilkan adenosine trifosfat (ATP), yaitu satuan
molekuler yang memberi energi untuk proses metabolisme. ATP dihasilkan oleh mitokondria
dalam sebuah siklus yang bernama siklus Krebs. Siklus Krebs menghasilkan zat kimiawi yang
disebut dengan NADH. Zat ini kemudian digunakan oleh enzim-enzim yang berada didalam
membran sel untuk memproduksi ATP. Di dalam molekul ATP tersebut, terdapat simpanan
Nama: NIM:

energi dalam bentuk ikatan kimia. Energi ini akan digunakan dengan cara memutuskan ikatan
kimia tersebut.
Struktur mitokondria atau bagian-bagian dari mitokondria terdiri dari membran bagian luar,
membran bagian dalam, krista, ruang antar membran, matriks, dan DNA mitokondria. Struktur
dari mitokondria ini berperan pula dalam pemprosesan energi didalam mitokondria tersebut.
1) Membran Bagian Luar 
Membran bagian luar mitokondria tersusun dari fosfolipid bilayer yang bersifat semi
permeable & mengandung protein porin. Lapisan ini dapat dilewati (permeable) oleh ion-
ion, ATP (Adenosina Trifosfat), ADP (Adenosina Difosfat), dan molekul-molekul nutrisi
lainnya. Pada bagian membran luar ini mengandung enzim-enzim yang berfungsi dalam
membantu proses biosintesis lipid dan enzim serta berperan dalam proses transpor lipid ke
matriks untuk menjalani β-oksidasi yang menghasilkan Asetil KoA.
2) Membran Bagian Dalam
Membran bagian dalam pada mitokondria merupakan membran kompleks tetapi permeable
dan terbentuk dari molekul-molekul kompleks transpor elektron, kompleks ATP sintase,
dan transport protein. Membran bagian dalam mitokondria ini merupakan tempat utama
pembentukan ATP atau membantu pembuatan energi pada jaringan tubuh makhluk hidup.
3) Krista
Krista adalah Suatu lipatan yang berada pada membran dalam mitokondria. Pelipatan
membran dalam mitokondria ini merupakan tempat rantai transpor elektron dan enzim-
enzim yang mengkatalisis sintesis ATP. Stuktur krista dapat membantu meningkatkan luas
permukaan membran dalam, sehingga meningkatkan kemampuannya dalam memproduksi
ATP. Sepanjang krista terdapat protein sitokrom yang berperan sebagai oksidator dan
reduktor berantai sehingga membebaskan energi secara gradual untuk membentuk ATP.
4) Ruang antar Membran
Ruang antar membran adalah ruang yang terdapat diantara membran luar dan membran
dalam. Ruang antar membran bertanggung jawab atas fosforilasi oksidatif. Fungsi Ruang
antar membran yaitu sebagai tempat berlangsungnya suatu reaksi-reaksi yang penting untuk
sebuah sel, seperti siklus krebs, reaksi oksidasi asam amino, dan reaksi β-oksidasi asam
lemak.
5) Matriks
Matriks mitokondria berisi cairan seperti gel yang diliputi selaput dalam, mengandung
sejumlah enzim siklus krebs, garam dan air. Di dalam matriks juga terdapat materi genetik,
yang dikenal dengan DNA mitkondria (mtDNA), ribosom, ATP, ADP, fosfat inorganik
serta ion-ion seperti magnesium, kalsium dan kalium.
6) DNA Mitokondria
DNA mitokondria memiliki ciri-ciri yang berbeda dari DNA nucleus. DNA inti merupakan
hasil rekombinasi dari DNA kedua orang tua, sementara DNA mitokondria hanya
diwariskan dari DNA ibu saja (maternally inherited). Besar genom pada DNA mitokondria
relatif kecil apabila dibandingkan dengan genom DNA pada nukleus. Ukuran genom DNA
Nama: NIM:

mitokondria pada tiap tiap organisme sangatlah bervariasi. Tidak seperti DNA nukleus
yang berbentuk linear, mtDNa berbentuk lingkaran. Sebagian besar mtDNA membawa gen
yang berfungsi dalam proses respirasi sel. Mitokondria mengandung DNA yang sangat
penting untuk proses konversi energi. DNA mitokondria ini harus selalu sehat terjaga agar
mitokondria dapat berfungsi secara efektif. Jika DNA mitokondria tidak sehat, maka  dapat
menyebabkan mitokondria berhenti bekerja dengan baik, memperlambat atau bahkan
mencegah pekerjaan mitokondria untuk mengubah bahan bakar menjadi energi.

3. Jelaskan proses oksidasi fosforilatif yang terjadi pada mitokondria?

Jawaban:
Jawaban:
Terdapat 3 events:
1. Oksidasi koenzim → transportasi electron. Akseptor elektron terakhir adalah molekul
oksigen → direduksi menjadi air (ROS)
 Reactive oxygen species (ROS), Selama pengurangan oksigen → berbahaya,
tidak stabil
zat antara diproduksi (superoksida atau peroksida anion)
2. Pergerakan proton:
Dipompa ke ruang antarmembran → gradien proton elektrokimia, proton harus
mengalir kembali ke matriks melalui ATP sintase
3. Sintesis ATP oleh ATP sythase:
 Kompleks enzim
 Fo: saluran proton
 F1: aktivitas katalitik
Proton mengalir melalui kompleks (chemiosmosis) → energi kinetik ini memutar
subunit F1 → sintesis ATP dari ADP + Pi
Nama: NIM:

4. Jelaskan struktur ATP sintase dan peranannya pada proses oksidasi fosforilatif?
Jawaban:
Fosforilasi oksidatif atau fosforilasi terkait transpor elektron adalah jalur metabolisme di sel
yang menggunakan enzim untuk mengoksidasi nutrisi, sehingga melepaskan energi kimia
yang tersimpan di dalamnya untuk menghasilkan adenosin trifosfat (ATP). Sementara itu,
ATP sintase adalah enzim yang mengkatalisis pembentukan molekul penyimpanan energi
adenosin trifosfat (ATP) menggunakan adenosin difosfat (ADP) dan fosfat anorganik (Pi )
pada proses fosforilasi oksidatif.
Fosforilasi oksidatif berlangsung di krista mitokondria, prosesnya terdiri dari rantai
transport elektron dan kemiosmosis. Rantai transport elektron terdiri dari empat komplek
multiprotein, yaitu komplek 1, komplek II, komplek III dan komplek IV. Kemosintesis atau
kemiosmosis dijalankan oleh kompleks protein atau disebut dengan enzim ATP sintase. Proses
fosforilasi oksidatif mampu mengubah NADH dan FADH2 menjadi ATP. NADH dan FADH2
merupakan molekul pembawa elektron berenergi tinggi, energi yang dilepaskan akan
digunakan untuk memompa ion hydrogen dan memberikan tenaga bagi sintesis ATP. NADH
membawa 2 elektron yang selanjutnya akan ditangkap oleh FMN yang ada dikomplek
I.Melalui reaksi redoks, elektron akan diteruskan ke Fe-S, transfer elektron ini mengakibatkan
ion H+ dimatriks bisa terpompa menyebrangi membran menuju ruang antar membran. 2
elektron ini kemudian dibawa dari komplek I menuju komplek III oleh Ubiquinon. Dikomplek
II elektron ditangkap oleh sitokrom b. Selanjutnya elektron diangkut dari komplek III menuju
komplek IV. Setelah sampai dikomplek IV, elektron diterima oleh sitokrom a. Selanjutnya
elektron dari sitokrom a ditransfer ke sitokrom a3, dan sitokrom a3 akan meneruakan
elektronnya ke oksigen, masing-masing ion oksigen juga mengambil sepasang ion hidrogen
dari matriks untuk membentuk air. Selanjutnya ion H+ yang sudah dipompa ke ruang antar
membran akan bergerak menuruni gradien konsentrasi melewati ATP sintase. Aliran H +
memberikan tenaga bagi ATP sintase untuk bergerak memutar, gerakan memutar tersebut
dimanfaatkan untuk memfosforilasi ADP menjadi ATP. Sama halnya dengan ion H+ dari
komplek I, komplek III dan komplek IV, juga akan mengalir menggerakkan ATP sintase
sehingga terjadi fosforilasi ADP membentuk ATP. Dengan demikian fosforilasi oksidatif satu
molekul NADH menghasilkan sekitar 3 ATP dan mampu menghasilkan 2 ATP dari satu
molekul FADH2. Seperti itulah kira-kira peranan dari ATP sintase pada proses fosforilasi
oksidatif.

5. Jelaskan peranan tiga kompleks enzim respirasi (NADH dehydrogenase complex, cytochrome
c reductase complex, dan cytochrome c oxidase complex) pada inner membran mitokondria?
Jawaban:
Inner membran mitokondria mengandung tiga kompleks enzim respirasi, yaitu :
Nama: NIM:

1. Kompleks NADH dehidrogenase (secara umum dikenal sebagai kompleks I atau NADH-

CoQ reductase complex). Kompleks ini merupakan kompleks terbesar yang mengandung
lebih dari 40 rantai polipeptida. Kompleks ini menerima elektron dari NADH dan
memindahkannya ke ubiquinone melalui flavin dan setidaknya tujuh inti besi-sulfat.
Ubiquinone kemudian mengirimkan elektron ini ke kompleks yang kedua dari rantai
transpor elektron yaitu kompleks sitokrom b-c1.
2. Kompleks sitokrom b-c1 (dikenal sebagai kompleks III atau CoQH2—
cytochrome c reductase complex). Kompleks ini mengandung setidaknya 11 rantai
polipeptida dan berfungsi sebagai sebuah dimer. Tiap monomer mengandung tiga heme
yang terikat ke sitokrom dan protein besi-sulfat. Kompleks ini menerima elektron dari
ubiquinonen dan menyerangkannya ke sitokrom c yang membawa elektron ke kompleks
sitokrom oksidase.
3. Kompleks sitokrom oksidase (kompleks IV atau cytochrome c oxidase complex), berfungsi
juga sebagai dimer dengan setiap monomer memiliki 13 rantai polipeptida, termasuk dua
sitokrom dan dua atom tembaga. Kompleks ini menerima elektron satu per satu dari
sitokrom c dan kemudian menyerahkan elektron tersebut, empat elektron sekaligus ke
atom oksigen.

6. Jelaskan proses evolusi dari organel mitokondria?

Jawaban:
Secara evolusi, mitokondria dan kloroplas (pada tumbuhan) memiliki proses pembentukan
yang berasal dari sel bakteri sebagai sel terdahulunya. Sel bakteri ini 'ditelan' oleh sel
terdahulu atau sel lainnya yang lebih besar tanpa adanya pencernaan sel oleh sel yang
menelannya sehingga terjadi endosimbiosis, terjadi sekitar miliayaran tahun yang lalu.
Endosimbiosis ini memungkinkan sel yang menelan tersebut dapat menggunakan energi yang
Nama: NIM:

dihasilkan oleh sel bakteri yang tertelan yang lambat laun kita ketahui sebagai mitokondria.
Sebagai bukti evolusi ini, mitokondria memiliki beberapa ciri yang menandakan kesamaan
dengan sifat bakteri, yaitu pada proses reproduksinya yang membelah diri mirip dengan sel
bakteri. Selain itu, mitokondria juga memiliki mekanismenya sendiri untuk menyintesis RNA
dan begitupula dengan genomenya.

7. Jelaskan bagaimana mitokondria dapat mengubah bentuk, lokasi, dan jumlah yang sesuai
dengan kebutuhan sel?
Jawaban:
Mitokondria mempunyai sifat plastis, oleh karena itu bentuknya dapat berubah-ubah.
Plastisitas dan gerakan mitokondria di dalam sel memudahkan distribusi ATP keseluruh
bagian sel yang membutuhkan. Contoh pada sel-sel hati yang fungsinya sebagai tempat
berbagai sintesis, maka mitokondria letaknya tersebar di dalam sitosol, sedangkan pada otot
yang fungsinya sebagai alat kontraksi maka mitokondria letaknya tersusun teratur diantara
serabut-serabut kontraktil. Jadi, karena sifat plastis tersebut membuat mitokondria dapat
mengubah bentuk, lokasi, dan jumlah sesuai dengan kebutuhan sel, karena dengan adanya sifat
tersebut akan membuat mitokondria dapat diletakkan ditempat-tempat yang memerlukan
adanya energi, sehingga mitokondria dapat lebih efisien yang akan membuat penyebaran
energi lebih maksimal.

8. Jelaskan bagaimana hubungan antara DNA inti sel dengan DNA mitokondria? Kemudian
apakah mitokondria DNA (mtDNA) hanya dimiliki oleh garis keturunan maternal saja?
Jawaban:
DNA mitokondria (Mitochondrial DNA; mtDNA atau mDNA) adalah materi genetik DNA
yang berada di dalam mitokondria. Mitokondria adalah organel didalam sel eukariotik yang
berfungsi untuk mengubah energi kimia dari makanan dalam bentuk yang dapat digunakan
oleh sel, yaitu berupa adenosin trifosfat (ATP). Berbeda dengan organel sel lainnya,
mitokondria memiliki materi genetik sendiri yang karakteristiknya berbeda dengan materi
genetik di inti sel. DNA mitokondria, sesuai dengan namanya, merupakan rantai DNA yang
terletak di bagian sel yang bernama mitokondria. DNA mitokondria terdapat dalam jumlah
Nama: NIM:

banyak (lebih dari 1000 kopi) di dalam tiap sel, sedangkan DNA inti hanya berjumlah dua
kopi. DNA inti merupakan hasil rekombinasi DNA dari kedua orang tuanya sementara DNA
mitokondria hanya diwariskan dari DNA ibu saja (maternally inherited).

Hubungan DNA inti dengan DNA mitokondria

DNA inti membentuk 3 mRNA untuk sintesis :
1. DNA polimerase yang dikirim ke mitokondria akan direplikasi oleh DNA mitokondria.
2. RNA polimerase yang dikirim ke mitokondria akan disintesis oleh RNA ribosom
mitokondria (rRNA).
3. Protein ribosom mitokondria yang ditranslasi di sitoplasma akan dikirim ke mitokondria
bersama dengan rRNA membentuk ribosom mitokondria.

DNA mitokondria (mtDNA) hanya dimiliki oleh garis keturunan maternal saja. Pada
kebanyakan organisme multiseluler, DNA mitokondria hanya diturunkan dari ibu saja
(diwariskan secara maternal). Mekanisme pewarisan ini termasuk pengenceran sederhana (sel
telur mengandung rata-rata 200.000 molekul mtDNA, sedangkan sperma manusia yang sehat
telah dilaporkan mengandung rata-rata 5 molekul). Apapun mekanismenya, pola pewarisan
mtDNA single parent (uniparental inheritance) ini ditemukan pada kebanyakan hewan,
sebagian besar tumbuhan dan juga pada jamur. Dalam kasus luar biasa, bayi manusia
terkadang mewarisi mtDNA dari ayah dan ibunya yang mengakibatkan heteroplasma mtDNA.

9. Jelaskan peran mitokondria dalam proses apoptosis?

Jawaban:
Berdasarkan strukturnya, mitokondria memiliki struktur bagian dalam membran yang
berupa ruang intermembran (space intermembrane). Bagian ini memiliki beberapa enzim yang
membuat ATP keluar dari matriks dan melakukan oksidasi fosforilasi, enzim lainnya juga
berfungsi pada saat apoptosis. Apoptosis sendiri adalah mekanisme untuk mencerna beberapa
sel lain yang tidak diinginkan atau sudah tidak diperlukan lagi, disebut juga dengan
programmed cell death. Di ruang intermembran mitokondria tedapat protein Bcl2 family
yang berfungsi untuk meregulasi pengaktivasian enzim caspase dan prekursornya procaspase.
Kedua enzim ini termasuk golongan enzim protease dan bekerjasama dalam penghancuran sel.
Enzim ini akan membentuk suatu kompleks bersama dengan sitokrom c, ATP, dan Apaf-1
yang disebut Apoptosom. This complex is a protease that able to degrade another protein. For
example, procaspase 3 would be transformed to caspase 3 due to this complex existence. The
caspasce 3, in the end, would degrade the cytoskeleton, PARP, ICAD, etc.
Nama: NIM:

10. Jelaskan berapa banyak ATP yang dihasilkan dari respirasi yang terjadi di mitokondria?
Jawaban:
Energi yang dihasilkan oleh respirasi aerob jauh lebih tinggi daripada anaerob. Respirasi
aerobik menghasilkan energi bersih 36 ATP (karena selama transisi dari proses glikolisis
dalam sitoplasma ke transfer elektron dalam mitokondria, 2 ATP diperlukan, oleh karena itu
dari total 38 ATP-2 ATP), sedangkan Anaerob hanya mengandung 2.

Glikolisis:
- Produksi 4 ATP tetapi 2 yang terpakai → 2 ATP
Siklus asam sitrat:
- 2 ATP (tidak langsung)
Fosforilasi oksidatif:
- 30 atau 32 ATP
→ 34 atau 36 molekul ATP