Introduction To Microbial Ohysiology HSN 200821 (Indo)

20/8/2021 "Pengantar Fisiologi Mikroba".
Dalam: Fisiologi Mikroba (Edisi Keempat)
Halaman 1
Fisiologi Mikroba. Albert G. Moat, John W. Foster dan Michael P. Spector

hak cipta 2002 oleh Wiley-Liss, Inc.
ISBN: 0-471-39483-1
BAB 1
PENGANTAR MIKROBA
FISIOLOGI
THE Escherichia coli PARADIGMA
Fisiologi mikroba adalah disiplin besar yang mencakup studi ribuan

dari mikroorganisme yang berbeda. Tentu saja, sangat bodoh untuk mencoba menyampaikan semua itu
dikenal tentang topik ini dalam batas-batas satu buku. Namun, fondasi yang kokoh
dapat dibangun menggunakan organisme dalam jumlah terbatas untuk menggambarkan konsep-konsep kunci dari
bidang. Teks ini membantu menetapkan dasar untuk penyelidikan lebih lanjut tentang fisiologi mikroba
dan genetika. Organisme gram negatif Escherichia coli digunakan sebagai paradigma.
Organisme lain yang memberikan contoh tandingan yang signifikan terhadap paradigma atau alternatif
strategi untuk mencapai tujuan biokimia yang sama juga disertakan. Dalam bab ini kita
melukis potret luas sel mikroba dengan fokus khusus pada E. coli. Tujuan kami
di sini adalah untuk menawarkan titik pertemuan di mana siswa dapat kembali secara berkala untuk melihat
bagaimana satu aspek fisiologi mungkin berhubungan dengan yang lain. Perawatan terperinci untuk setiap topik
disediakan dalam bab-bab selanjutnya.
STRUKTUR SEL
Seperti yang diketahui oleh siswa mikrobiologi pemula, bakteri datang dalam tiga dasar:
model: bulat (coccus), batang (bacillus), dan spiral (spirillum). Mereka tidak memiliki
inti yang terikat membran seperti halnya mikroorganisme eukariotik; oleh karena itu, mereka adalah
prokariotik. Selain jenis bakteri dasar ini, ada bakteri lain yang lebih terspesialisasi
bentuk yang digambarkan sebagai tunas, berselubung, dan miselium. Gambar 1-1 menyajikan skema
https://translate.googleusercontent.com/translate_f 1/29
20/8/2021 "Pengantar Fisiologi Mikroba". Dalam: Fisiologi Mikroba (Edisi Keempat)
representasi dari sel bakteri yang khas (artinya E. coli ).
Permukaan Sel
Antarmuka antara sel mikroba dan lingkungan luarnya adalah permukaan sel.
Ini melindungi interior sel dari bahaya eksternal dan menjaga integritas sel
1
Halaman 2
2 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA
pori pori
Lipoprotein
LPS
} Membran luar
Peptidoglikan } Periplasma
fosfolipid
Protein } membran dalam
Flagela
Transkripsi Gabungan -
Terjemahan
Kromosom
RNA polimerase
RNA
sitosol
1000-2000 protein (ca. 10 6 molekul / sel)
60 tRNA (ca. 10 6 molekul/sel)
Glikogen
Poliribosom
Gambar 1-1. Representasi diagram dari sel bakteri "khas" ( Escherichia coli ).
Bagian sel diperbesar untuk menunjukkan detail lebih lanjut.
sebagai entitas diskrit. Meski harus tabah dalam menjalankan fungsi tersebut, ia harus
juga memungkinkan transportasi molekul besar masuk dan keluar sel. Molekul besar ini
termasuk karbohidrat (misalnya, glukosa), vitamin (misalnya, vitamin B 12 ), asam amino, dan
nukleosida, serta protein yang diekspor ke luar sel. Struktur dan
komposisi permukaan sel yang berbeda dapat sangat bervariasi tergantung pada organisme.
Dinding sel. Pada tahun 1884, penyelidik Denmark Christian Gram merancang diferensial
pewarnaan berdasarkan kemampuan sel bakteri tertentu untuk mempertahankan pewarna kristal violet
setelah penghilangan warna dengan etanol 95%. Sel yang mempertahankan noda disebut gram
positif. Studi selanjutnya telah menunjukkan bahwa penemuan kebetulan ini membedakan
dua jenis sel bakteri yang berbeda secara fundamental. Permukaan sel gram negatif
jauh lebih kompleks daripada sel gram positif. Seperti yang ditunjukkan dalam skema
Gambar 1-2, permukaan sel gram positif memiliki dua struktur utama:
dinding sel dan membran sel. Dinding sel sel gram positif tersusun atas
dari beberapa lapisan peptidoglikan, yang merupakan polimer linier unit bolak-balik
N-asetilglukosamin (NAG) dan asam N-asetilmuramat (NAM). Rantai peptida pendek
terikat pada asam muramat. Fitur umum di dinding sel bakteri adalah cross-bridging
antara rantai peptida. Pada organisme gram positif seperti Staphylococcus aureus ,
jembatan silang antara peptida yang berdekatan mungkin mendekati 100%. Sebaliknya,
frekuensi cross-bridging di Escherichia coli (organisme gram negatif) mungkin
serendah 30% (Gbr. 1-3). Komponen lain—misalnya, asam lipoteichoic (hanya
halaman 3
STRUKTUR SEL 3
Flagela Porin Lipoprotein

Asam lipoteichoic
Kait
protein M
Lipopolisakarida
Lipid A
Membran luar
Jembatan penyeberangan peptida
Lapisan peptidoglikan
Gel periplasma
sitoplasma
selaput
Fosfolipid
Rotor flagela
Protein membran
Permukaan Sel Gram Positif Permukaan Sel Negatif Gram
Gambar 1-2. Komposisi permukaan sel bakteri gram positif dan gram negatif. Bukan
semua struktur yang ditampilkan ditemukan di semua organisme. Misalnya, protein M hanya digunakan untuk menggambarkan
struktur di beberapa streptokokus. Juga, tidak semua organisme memiliki flagela.
Rantai peptidoglikan (a)
Tautan silang Peptida
Asam teichoic
(b)
Gambar 1-3. Tampilan diagram peptidoglikan bakteri. ( a ) Lapisan tunggal peptidoglikan.

Segi enam berbayang terang mewakili N-asetilglukosamin; segi enam yang diarsir gelap mewakili
asam N-asetilmuramat; bola yang disusun secara vertikal mewakili rantai samping peptida; horisontal
oval mewakili jembatan silang asam amino antara rantai peptida. ( b ) Diagram
representasi dari peptidoglikan berlapis-lapis di dinding sel gram positif. Horisontal panjang
bar menunjukkan rantai N-asetilglukosamin dan asam N-asetilmuramat. Batang horizontal pendek
menunjukkan jembatan silang peptida dan batang vertikal mewakili asam teikoat.
halaman 4
hadir dalam organisme gram positif)—disintesis pada permukaan membran dan

dapat meluas melalui lapisan peptidoglikan ke permukaan luar.
Lapisan peptidoglikan sel gram negatif umumnya monolayer tunggal.
Membran luar yang mengelilingi sel gram negatif terdiri dari fosfolipid,
lipopolisakarida, enzim, dan protein lain, termasuk lipoprotein. Ruang angkasa
antara membran luar dan membran dalam disebut sebagai periplasma
ruang . Ini dapat dilalui di beberapa titik oleh berbagai enzim dan protein lainnya
(Gbr. 1-2).
membran. Membran sitoplasma gram positif dan gram negatif

Sel adalah lapisan ganda lipid yang terdiri dari fosfolipid, glikolipid, dan berbagai protein.
Protein dalam membran sitoplasma dapat meluas melalui seluruh ketebalannya.
Beberapa protein ini memberikan dukungan struktural pada membran sementara yang lain berfungsi
dalam pengangkutan gula, asam amino, dan metabolit lainnya.
Membran luar sel gram negatif mengandung kandungan yang relatif tinggi dari
lipopolisakarida . Komponen yang mengandung lipid ini mewakili salah satu yang paling
fitur pengidentifikasi penting dari sel gram negatif: antigen O, yang
dibentuk oleh rantai polisakarida eksternal dari lipopolisakarida. Lipid ini-
komponen yang mengandung juga menampilkan aktivitas endotoksin — yaitu, bertanggung jawab
untuk syok yang diamati pada infeksi berat yang disebabkan oleh organisme gram negatif.
Permukaan sel bakteri juga mengandung tempat reseptor karbohidrat atau protein spesifik untuk
perlekatan bakteriofag , yaitu virus yang menginfeksi bakteri. Setelah terpasang
ke situs reseptor ini, bakteriofag dapat memulai invasi sel.
Sel gram positif dan gram negatif memiliki strategi yang agak berbeda untuk
mengangkut bahan melintasi membran dan masuk ke dalam sel. Sitoplasma
membran organisme gram positif memiliki akses langsung ke komponen media.
Namun, bahan kimia dan nutrisi pertama-tama harus melintasi membran luar bakteri gram.
organisme negatif sebelum bertemu dengan membran sitoplasma. Gram-negatif
sel memiliki pori - pori yang dibentuk oleh triplet protein di membran luarnya yang memungkinkan
lewatnya molekul yang cukup besar ke dalam ruang periplasma. Transportasi selanjutnya
melintasi membran dalam atau sitoplasma serupa di kedua gram positif dan gram
sel negatif.
Kapsul. Beberapa sel bakteri menghasilkan kapsul atau lapisan lendir (Gbr. 1-4) dari
bahan di luar sel. Kapsul terdiri dari polisakarida (tinggi
polimer berat molekul karbohidrat) atau polimer asam amino yang disebut
polipeptida (sering terbentuk dari D- daripada L-isomer asam amino). NS
Kapsul Streptococcus pneumoniae tipe III terdiri dari glukosa dan glukuronat
asam di bolak β -1, 3 dan β -1, 4 keterkaitan:
CH 2 OH COOH CH 2 OH COOH
HAI HAI HAI HAI
HAI OH HAI OH HAI
HO HO
OH OH OH OH
HAI HAI
Polisakarida kapsular ini, kadang-kadang disebut sebagai polisakarida pneumokokus,

bertanggung jawab atas virulensi pneumokokus. Bacillus anthracis , antraks
halaman 5
STRUKTUR SEL 5
Gambar 1-4. Kapsul Streptococcus pneumoniae .
bacillus, menghasilkan kapsul polipeptida yang terdiri dari subunit asam D-glutamat, yang
merupakan faktor virulensi bagi organisme ini.
Organ Penggerak. Banyak mikroorganisme bersifat motil—yaitu, mampu bergerak

dari satu tempat ke tempat lain secara terpadu—khususnya di lingkungan berair.
Dalam kasus bakteri, motilitas ini dicapai melalui untaian sederhana dari:
protein (flagellin) dijalin menjadi organel heliks yang disebut flagela. Flagel bakteri
melekat pada permukaan sel melalui badan basal (Gbr. 1-5a). Tubuh basal
berisi motor yang memutar flagel, yang mendorong organisme melalui cairan
lingkungan.
Pili atau Fimbriae. Banyak bakteri memiliki struktur eksternal yang lebih pendek dan lebih banyak
kaku dari flagela. Struktur ini telah disebut pili (dari bahasa Latin yang berarti "rambut")
atau fimbriae (dari bahasa Latin yang berarti "pinggiran"). Pelengkap ini juga muncul
dari badan basal atau granula yang terletak baik di dalam membran sitoplasma atau di
sitoplasma tepat di bawah membran (Gbr. 1-5b). Umum atau umum
pili berperan dalam adhesi seluler ke permukaan atau ke sel inang.
Ribosom. Sitoplasma semua sel memiliki penampilan granular halus yang diamati pada
banyak mikrograf elektron. Partikel kecil yang disebut ribosom bertanggung jawab untuk ini
Lihat. Ribosom mengandung sekitar 65% RNA dan 35% protein (lihat Gambar 1-1).
halaman 6
1m
0,05 m
(a)
(b)
Gambar 1-5. pelengkap mikroba. ( a ) Flagela Salmonella typhimurium. ( b ) Pili dari Escheri-
chia coli. ( Sumber : Pili Image milik Indigo Instruments. Kunjungi http://www.indigo.com.) Cetak ulang
izin diberikan dengan footer ini disertakan.
Ribosom mengatur polimerisasi asam amino menjadi protein (yaitu,

sintesis protein). Pada perbesaran yang lebih tinggi di bawah mikroskop elektron, ribosom
partikel berbentuk bola. Dalam spesimen yang disiapkan dengan benar, ribosom diamati sebagai:
kumpulan atau rantai yang disatukan pada satu molekul messenger RNA (mRNA) dan
disebut sebagai poliribosom atau hanya polisom .
Partikel ribosom yang kurang lebih bulat, bila diperiksa dengan gradien sukrosa
sedimentasi, telah ditemukan memiliki koefisien svedberg 70S. (Sebuah svedberg
satuan menunjukkan laju sedimentasi makromolekul dalam medan sentrifugal dan
halaman 7
SINTESIS DNA, RNA, DAN PROTEIN 7
terkait dengan ukuran molekul makromolekul itu.) Ribosom prokariotik

dapat dipisahkan menjadi dua komponen dengan berat molekul lebih rendah: salah satu dari 50S dan
lain dari 30S. Hanya partikel 70S lengkap yang berfungsi dalam sintesis polipeptida.
Sebagai perbandingan, ribosom sel eukariotik berhubungan dengan sel endoplasma
retikulum, lebih besar (80S), dan terdiri dari subunit 40S dan 60S. Fungsinya
ribosom 70S dan 80S dalam sintesis protein adalah identik. Anehnya, eukariotik
mitokondria secara khas menampilkan ribosom 70S—bukan partikel 80-an yang
Anda harapkan — karena mitokondria mungkin berevolusi dari endosimbiosis
sel prokariotik, sebuah hipotesis yang didukung oleh analisis ekstensif yang membandingkan
dan genom mitokondria.
SINTESIS DNA, RNA, DAN PROTEIN
Kromosom E. coli adalah molekul DNA tunggal, melingkar, beruntai ganda

yang urutan nukleotidanya mengkodekan semua informasi yang diperlukan untuk pertumbuhan sel dan
struktur. Peristiwa molekuler utama yang diperlukan untuk menyebarkan spesies dimulai dengan
kromosom dan termasuk replikasi DNA, transkripsi, dan translasi. Pada bakteri,
replikasi melibatkan duplikasi DNA kromosom yang akurat dan pembentukannya
dari dua sel anak dengan pembelahan biner . Dalam pembelahan biner sel tumbuh sampai batas tertentu
rasio massa-ke-DNA tercapai, di mana titik DNA baru disintesis dan
terletak lintas-dinding dibangun yang pada akhirnya akan memisahkan dua sel anak.
Tampilan sederhana dari replikasi DNA pada E. coli ditunjukkan pada diagram di
Gambar 1-6. Molekul DNA untai ganda terlepas dari titik awal tertentu
( asal ). DNA baru disintesis berlawanan setiap untai. Enzim yang terlibat dalam
Untai Utama
DNA polimerase Enzim Pelepasan

3
RNA primer 5′
Fragmen Okazaki
RNA Primer 5′ 5′
5′
DIHAPUS
Kesenjangan diisi,
Nick disegel
5′
Untai Tertinggal
Gambar 1-6. Penggambaran replikasi DNA yang disederhanakan.
halaman 8
Gambar 1-7. Pemisahan kromosom bakteri.
replikasi ( DNA polimerase ) menggunakan untai induk sebagai template, menempatkan adenin
residu berlawanan timin, dan residu sitosin berlawanan guanin. DNA baru adalah
disintesis di kedua arah dari asal dan berlanjut
◦
sampai kedua replikasi
garpu bertemu di terminal 180 dari asal. Pada titik ini, pembelahan sel berlangsung
dengan pembentukan dinding silang yang terjadi antara dua kromosom yang baru disintesis
halaman 9
SINTESIS DNA, RNA, DAN PROTEIN 9
(Gbr. 1-7). Perhatikan bahwa kromosom tampak melekat pada membran sel sebagai
kromosom anak mulai terpisah. Di beberapa titik sekitar pertengahan sampai akhir
sel, kromosom yang baru lahir terpisah dari membran tetapi terus
bergerak menuju kutub sel dengan mekanisme yang masih belum terdefinisi. Segregasi kromosom
menjadi sel pra-anak harus terjadi sebelum sel menyelesaikan konstruksi
dinding yang akan memisahkan dua keturunan (lihat “Penghentian Replikasi DNA dan
Pemisahan Kromosom” pada Bab 2).
Informasi genetik yang terkandung dalam DNA diproses dalam dua langkah untuk menghasilkan:
berbagai protein. Sintesis protein ( translasi ) digambarkan pada Gambar 1-8. Enzim
RNA polimerase (DNA-dependent RNA polymerase) pertama-tama menempatkan awal a
gen ( promotor ). Area kromosom ini kemudian mengalami pelepasan terlokalisasi,
memungkinkan RNA polimerase untuk menyalin RNA dari template DNA. Sebelum
RNA — disebut messenger RNA (mRNA) — sepenuhnya ditranskripsi, ribosom akan
lampirkan di awal pesan.
Seperti yang telah dicatat, ribosom mengandung dua subunit, masing-masing 30S dan 50S
terdiri dari protein ribosom khusus dan asam ribonukleat ribosom (rRNA) .
Molekul rRNA tidak dengan sendirinya mengkode protein apa pun, tetapi membentuk arsitektural
perancah yang mengarahkan perakitan protein untuk membentuk ribosom. Ribosom
menerjemahkan mRNA menjadi protein dengan membaca tiga nukleotida (dikenal sebagai kodon triplet )
sebagai asam amino tertentu. Setiap asam amino yang digunakan oleh ribosom harus dilampirkan terlebih dahulu
ke adaptor atau molekul transfer RNA ( tRNA ) yang spesifik untuk asam amino tersebut. tRNA
mengandung asam amino yang melekat disebut sebagai molekul tRNA bermuatan . Terpisah
molekul tRNA yang disebut antikodon akan berpasangan dengan kodon pada mRNA.
Peptida baru lahir
H HAI H HAIH HAI H HAI tRNA bermuatan masuk

CN C CN C CN C CN C
RH R R HAI H R
A
A
C C
5′ C 5′ C 5′
RNA polimerase
Agustus
mRNA baru lahir
Transkripsi "Bubble"
Gambar 1-8. Urutan peristiwa yang terlibat dalam transkripsi dan translasi.
halaman 10
Ketika dua molekul tRNA bermuatan tersebut secara bersamaan menempati situs yang berdekatan pada
ribosom, ribosom mengkatalisis pembentukan ikatan peptida antara keduanya
asam amino.
Pada titik ini, dua asam amino melekat pada satu tRNA sementara tRNA lainnya
tidak bermuatan dan akhirnya dilepaskan dari ribosom. Ribosom kemudian bebas untuk
bergerak sepanjang pesan ke kodon berikutnya. Proses berlanjut sampai ribosom
mencapai akhir pesan, di mana protein lengkap telah terbentuk.
Perhatikan bahwa sintesis protein dimulai dengan asam amino terminal-N dan selesai
dengan asam amino terminal-C. Perhatikan juga bahwa ribosom mulai menerjemahkan pada
5 ujung mRNA sedangkan untai DNA yang mengkode mRNA dibaca oleh RNA
polimerase mulai dari ujung ke-3. Meskipun awal dari sebuah gen biasanya disebut
ujung ke-5, ini tidak mengacu pada untaian yang sebenarnya berfungsi sebagai templat untuk
RNA polimerase. Ini mengacu pada untai DNA komplementer yang urutannya adalah
sama dengan mRNA (kecuali mengandung T, bukan U). Rincian replikasi,
transkripsi, dan terjemahan dibahas dalam Bab 2.
Regulasi Metabolik dan Genetik
Agar sel tumbuh secara efisien, semua blok bangunan dasar dan semua makromolekul
berasal dari mereka harus diproduksi dalam proporsi yang benar. Dengan kompleks
jalur metabolisme, penting untuk memahami cara sel mikroba
mengatur produksi dan konsentrasi setiap produk. Dua mekanisme umum
regulasi metabolik dan genetik adalah
1. Umpan balik penghambatan aktivitas enzim ( regulasi metabolisme )

2. Represi atau induksi sintesis enzim ( regulasi genetik )
Dalam penghambatan umpan balik, aktivitas enzim yang sudah ada di dalam sel dihambat
oleh produk akhir reaksi. Dalam represi genetik, sintesis enzim (lihat
diskusi sebelumnya tentang transkripsi dan translasi) dihambat oleh produk akhir dari
reaksinya. Induksi serupa kecuali substrat suatu jalur merangsang sintesis
dari enzim. Jalur hipotetis yang menggambarkan konsep-konsep ini disajikan dalam
Gambar 1-9. Pada Gambar 1-9a, produksi yang berlebihan dari intermediet B menghasilkan
penghambatan aktivitas enzim 1, sebuah fenomena yang dikenal sebagai umpan balik atau produk akhir
inhibisi. Demikian juga, kelebihan produk akhir C dapat menghambat aktivitas enzim 1
oleh penghambatan umpan balik.
Berbeda dengan penghambatan umpan balik, konsentrasi intraseluler berlebih dari end-
produk C dapat menyebabkan sel berhenti mensintesis enzim 1, biasanya dengan menghambat
transkripsi gen yang mengkode enzim biosintetik (Gbr. 1-9b). Tindakan ini adalah
disebut sebagai represi genetik . Logika kontrol ini terlihat ketika mempertimbangkan
biosintesis asam amino. Jika sel memiliki lebih dari cukup asam amino tertentu, itu
asam amino akan mengaktifkan protein represor, yang kemudian memblokir transkripsi lebih lanjut
dari gen biosintesis. Sebaliknya, substrat seperti karbohidrat dapat merangsang
transkripsi gen yang produk proteinnya mengkonsumsi karbohidrat tersebut. Ini
proses genetik disebut induksi (Gbr. 1-9c). Organisme yang berbeda mungkin mempekerjakan cukup banyak
kombinasi yang berbeda dari penghambatan umpan balik, represi, dan induksi untuk mengatur a
jalur metabolisme. Dalam Bab 5, ini dan mekanisme pengaturan lainnya dibahas
secara lebih rinci.
halaman 11
GENETIK MIKROBA 11
Penghambatan Umpan Balik
Substrat A
Menengah B
Produk akhir C
(a)
Represi
gen
Transkripsi Substrat A
Terjemahan Enz saya
Menengah B
Enz II
Produk akhir C
(b)
Induksi
gen
Substrat A
Transkripsi
Enz saya
Terjemahan
Menengah B
Enz II
Produk akhir C
(c)
Gambar.1-9. Presentasi diagram dari penghambatan umpan balik aktivitas enzim dan
represi produk akhir sintesis enzim. a , b dan c adalah zat antara kimia dalam
jalur hipotetis. Panah menunjukkan aktivasi, garis dengan silang menunjukkan penghambatan.
GENETIK MIKROBA
Baru saja menguraikan proses transkripsi, terjemahan, dan replikasi, sekarang

mungkin untuk mendefinisikan beberapa istilah genetik. Gen dapat didefinisikan sebagai unit yang dapat diwariskan
fungsi yang terdiri dari urutan spesifik basa purin dan pirimidin, yang
gilirannya menentukan urutan basa dalam molekul RNA, dan, tentu saja, urutannya
basa dalam molekul RNA menentukan urutan asam amino yang tergabung
menjadi rantai polipeptida. The genotipe dari suatu organisme adalah jumlah total dari semua
unit gen yang diturunkan. Ekspresi yang diamati dari determinan genetik — bahwa
adalah, penampilan struktural dan sifat fisiologis suatu organisme — disebut
sebagai fenotipenya .
Gen individu dapat ada dalam bentuk yang berbeda sebagai hasil dari urutan nukleotida
perubahan. Bentuk gen alternatif ini disebut sebagai alel . Materi genetik adalah
tidak sepenuhnya stabil tetapi dapat berubah atau bermutasi. Proses perubahan tersebut disebut dengan
mutagenesis . Gen yang diubah disebut sebagai alel mutan berbeda dengan gen normal
atau alel tipe liar . Mutasi spontan diperkirakan muncul selama replikasi,
halaman 12
perbaikan, dan rekombinasi DNA sebagai akibat dari kesalahan yang dibuat oleh enzim yang terlibat
dalam metabolisme DNA. Mutasi dapat ditingkatkan dengan aktivitas sejumlah
pengaruh lingkungan. Radiasi berupa sinar X, sinar ultraviolet (UV), atau
sinar kosmik dapat mempengaruhi struktur kimia gen. Berbagai bahan kimia mungkin
juga menimbulkan mutasi. Agen fisik, kimia, atau fisikokimia yang mampu:
meningkatkan frekuensi terjadinya mutasi disebut sebagai mutagen .
Perubahan yang dihasilkan adalah mutasi yang diinduksi berbeda dengan mutasi spontan ,
yang tampaknya terjadi pada beberapa frekuensi konstan tanpa adanya sengaja
pengaruh eksternal yang diterapkan. Karena sel bakteri haploid, mutan biasanya lebih mudah
untuk mengenali karena karakter yang diubah lebih mungkin untuk diekspresikan, terutama
jika lingkungan mendukung perkembangan mutan.
Penggunaan mutan telah menjadi alat yang luar biasa dalam studi sebagian besar, jika tidak semua,
proses biokimia. Gen biasanya ditandai dengan kode tiga huruf berdasarkan
fungsi mereka. Misalnya, gen yang terlibat dalam biosintesis asam amino
arginin disebut arg diikuti dengan huruf besar untuk menunjukkan gen arg yang berbeda
(misalnya, argA, argB ). Sebuah gen selalu ditunjukkan dengan huruf miring kecil (misalnya, arg ),
sedangkan huruf besar di posisi pertama (misalnya, ArgA) menunjukkan produk gen.
Pada titik ini, kita perlu mengungkap kesalahan umum yang dibuat oleh banyak calon mikroba
ahli genetika tentang interpretasi fenotipe mutan. Organisme seperti
E.coli dapat tumbuh pada media dasar minimal yang hanya mengandung garam, amoniak sebagai nitrogen
sumber, dan sumber karbon seperti glukosa atau laktosa karena mereka dapat menggunakan karbon
kerangka glukosa untuk mensintesis semua blok bangunan yang diperlukan untuk makromolekul
perpaduan. Bahan penyusunnya meliputi asam amino, purin, pirimidin, kofaktor,
Dan seterusnya. Sebuah cacat mutan di salah satu gen yang diperlukan untuk mensintesis sebuah bangunan
blok akan membutuhkan blok bangunan sebagai suplemen dalam media minimal (misalnya,
sebuah arg mutan akan membutuhkan arginin untuk tumbuh). Mikroorganisme juga memiliki
kapasitas luar biasa untuk katabolik menggunakan banyak senyawa yang berbeda sebagai sumber karbon.
Namun, mutasi pada gen pemanfaatan sumber karbon (misalnya, lac ) tidak berarti itu
membutuhkan sumber karbon tersebut. Artinya mutan tidak akan tumbuh pada media yang mengandung
sumber karbon itu jika itu adalah satu-satunya sumber karbon yang tersedia (misalnya, mutan lac tidak akan
tumbuh pada laktosa).
Kromosom sel referensi kami, E. coli , adalah 4.639.221 pasangan basa. gen
posisi pada peta ini dapat diberikan dalam pasangan basa mulai dari gen thrL , atau in
menit berdasarkan periode waktu yang diperlukan untuk mentransfer kromosom dari satu
sel ke sel lain dengan konjugasi (peta 100 menit dengan thrL pada 0).
SINTESIS KIMIA
Komposisi kimia
Sel paradigma kami (sel gram negatif E. coli ) dapat bereproduksi dalam jumlah minimal
media glukosa setiap 40 menit sekali. Saat kami melanjutkan melalui ujian terperinci-
dari semua proses yang terlibat, sifat menakjubkan dari prestasi ini akan menjadi
semakin jelas. Hal ini berguna untuk membahas komposisi kimia dasar dari kami
13
sel model. Berat total sel rata-rata adalah 9 . 5 × 10 g, dengan air (pada 70%
13 13
sel) berkontribusi 6 . 7 × 10 G. Dengan demikian, berat kering totalnya adalah 2 . 8 G.
× 10
Komponen yang membentuk berat kering antara lain protein (55%), RNA ribosomal
(16,7%), transfer RNA (3%), messenger RNA (0,8%), DNA (3,1%), lipid (9,1%),
halaman 13
SINTESIS KIMIA 13
lipopolisakarida (3,4%), peptidoglikan (2,5%), metabolit blok bangunan, vitamin

menit (2,9%), dan ion anorganik (1,0%). Sangat menarik untuk dicatat bahwa periplasmic
ruang membentuk 30% penuh dari volume sel, dengan total volume sel kira-kira
13
9 × 10 ml (0,9 femtoliter). Apresiasi untuk dimensi sel berikut:
contoh sederhana ini. Satu sendok teh E. coli kemasan beratnya sekitar 1 gram
(berat basah). Ini terdiri dari sekitar satu triliun sel — lebih dari 100 kali manusia
populasi planet ini. Ketika menghitung konsentrasi suatu senyawa dalam
sel, perlu diingat bahwa ada 3 hingga 4 mikroliter air per 1 miligram
dari berat kering. Sel referensi kami, meskipun dianggap haploid, akan berisi dua salinan
kromosom ketika tumbuh dengan cepat. Ini juga akan berisi 18.700 ribosom dan
sedikit lebih dari 2 juta molekul total protein, di mana ada antara 1000 dan
2000 varietas yang berbeda. Seperti yang mungkin Anda kumpulkan dari angka-angka ini, sel bakteri adalah
sangat kompleks. Namun, sel telah mengembangkan strategi elegan untuk molekul
ekonomi ular yang masih sulit kita pahami. Beberapa dari apa yang telah kita pelajari adalah
dibahas di seluruh bab yang tersisa.
Hanya dalam 40 menit, sel E.coli dapat membuat salinan sempurna dari dirinya sendiri yang tumbuh
tidak lebih dari glukosa, amonia, dan beberapa garam. Bagaimana ini dicapai tampaknya
hampir ajaib! Semua jalur biokimia yang diperlukan untuk menyalin sel berasal
dari hanya 13 metabolit prekursor. Untuk memahami fisiologi mikroba, Anda harus terlebih dahulu
temukan apa 13 metabolit itu dan dari mana asalnya.
Metabolitnya berasal dari glukosa atau karbohidrat lain. Katabolisme
disimilasi glukosa tidak hanya menghasilkan mereka tetapi juga menghasilkan energi yang dibutuhkan
untuk semua pekerjaan yang dilakukan oleh sel. Pekerjaan ini mencakup reaksi biosintetik sebagai:
serta pergerakan, transportasi, dan sebagainya. Gambar 1-10 adalah diagram komposit mayor
jalur untuk metabolisme karbohidrat dengan 13 metabolit disorot. Kebanyakan
mereka diproduksi oleh rute Embden-Meyerhof dan siklus asam trikarboksilat
(lihat Gambar 1-10). Tiga diproduksi oleh jalur pentosa fosfat. Gambar 1-11
menggambarkan bagaimana senyawa ini tersedot dari jalur katabolik dan
digunakan sebagai bahan awal untuk banyak asam amino, basa asam nukleat, dan kofaktor
yang harus diproduksi. Bab-bab selanjutnya membahas secara spesifik setiap jalur,
tetapi gambar ini menyajikan gambaran yang terintegrasi dari metabolisme sel.
Energi
Misi lain dari metabolisme karbohidrat adalah produksi energi. Yang paling
Senyawa transfer energi universal yang ditemukan dalam sel hidup adalah adenosin trifosfat
(ATP) (Gbr. 1-12). Sel dapat menghasilkan ATP dengan dua cara: (1) dengan tingkat substrat
fosforilasi di mana fosfat berenergi tinggi ditransfer dari bahan kimia
senyawa (misalnya, fosfoenol piruvat) menjadi adenosin difosfat (ADP) selama
perjalanan katabolisme karbohidrat; atau (2) oleh fosforilasi oksidatif di mana
energi dari gradien listrik dan kimia yang terbentuk melintasi membran sel adalah
digunakan untuk menggerakkan kompleks ATP hidrolase yang terikat membran untuk menghasilkan ATP dari ADP
dan fosfat anorganik.
Generasi gradien listrik dan kimia (secara kolektif disebut proton
gaya gerak ) melintasi membran sel membutuhkan serangkaian reaksi yang kompleks di mana:
+ -
H dan e ditransfer dari zat antara kimia Embden-Meyerhof dan
Siklus TCA ke serangkaian protein terkait membran yang disebut sitokrom . sebagai
-
e dilewatkan dari satu anggota rantai sitokrom ke yang lain, energi yang dilepaskan
halaman 14
Embden-Meyerhof Fosfoketolase Entner-Doudoroff

Glukosa
ATP
NADPH + H+
ADP NADP+
2-keto-3-deoksi-
G-6-P G-6-Pd-lakton 6-fosfoglukonat 6-fosfoglukonat
NADP+
CO2
NADPH + H+
Xl-5-P E-4-P SH-7-P R-5-P R-5-P
TK TA TK
Rl-5-P
G-3-P G-3-P Xl-5-P
F-6-P
Xl-5-P
F-6-P
ATP
Pembelahan C 2 -C 3 Pembelahan C 2 -C 3
ADP
Pi
F-1,6-BP Fosfoketolase Aldolase
DOHP
Gliseraldehida-3-P Gliseraldehida-3-P Gliseraldehida-3-P

+ +
Pi NAD+
Asetil-P piruvat
NADH + H+
ATP NAD+
ATP NADH + H+
ADP
ADP
Fosfoenolpiruvat CO 2
Asetaldehida
ATP
NADH + H+
ADP NAD+ NAD+
piruvat laktat NADH + H+
NADH + H+
HCOOH + Asetat NAD+
Asetaldehida etanol
CO 2
Asetil-KoA a-asetolaktat
2 Asetil KoA
Asetat
CO 2
OAA Garam sitrat Asetoin
Asetat
asetoasetat 2H +2H
2H +
CO 2
Asetil KoA +4H
malat isositrat diasetil 2,3-Butanadiol
Aseton butirat
Glioksilat 2H
+2H +4H
Fumarat oksalosuksinat isopropanol butanol
2H
CO 2
Suksinat a-ketoglutarat
CO2
Gambar 1-10. Diagram komposit jalur utama metabolisme karbohidrat. 13 kunci

metabolit dikemas. G, glukosa; E, eritrosa; R, ribosa; Xl, xilulosa; SH, sedoheptulosa;
DOHP, dihidroksiaseton fosfat; OAA, oksaloasetat; TK, transketolase; TA, transaldolase.
+
digunakan untuk memompa keluar
H dari sel. Perbedaan yang dihasilkan antara bagian dalam dan
di luar sel dalam hal muatan ( potensial listrik ) dan pH ( potensial kimia )
dapat dimanfaatkan oleh sel untuk menghasilkan ATP. Tentu saja, agar sitokrom
sistem untuk bekerja, harus ada molekul akseptor elektron terminal. Di bawah aerobik
kondisi, oksigen akan melayani fungsi itu, tetapi dalam kondisi anaerob, E. coli
halaman 15
SINTESIS KIMIA 15
Vitamin dan Kofaktor
Folat
Riboflavin
Koenzim A
Adenosilkobalamin
Nukleotida Purin Nukleotida pirimidin
Koenzim nikotinamida
Fosforibosil
pirofosfat
histidin triptofan
CO 2
Glukosa 2-keto
Pentosa-5-P
3-deoxyoctonate
Gula
Glu-1-P Glukosa-6-P
Nukleotida
Gliseraldehida-3-P Sedoheptulosa-7-P
Heptosa
Gula Amino Fruktosa-6-P F-6-P Eritrosa 4-P di LPS
nikotinamida Fruktosa-1,6-P
F-6-P
Koenzim Gliseraldehida-3-P
Dihidroksiaseton-P Gliseraldehida-3-P
Fosfolipid Gliserol-3-P
1,3 Di gliserol-P Keluarga Aromatik
Tirosin
Keluarga Serina 3 P-gliserat Fenilalanin

triptofan
Etanolamin serin chorismate triptofan
Unit 1-C glisin
2 P-gliserat
Sistein
Nukleotida Purin CO 2
Vitamin dan Kofaktor
Ubikuinon
Keluarga Aspartat oksaloasetat Fosfoenol piruvat
Aspartat Menakuinon
pirimidin
nukleotida asparagin Folat
treonin Garam sitrat malat
metionin piruvat Keluarga Piruvat
nikotinamida
isoleusin Alanin
Koenzim
isositrat Fumarat CO2
Valin
Spermidin CO 2 Leusin
Asetil KoA
isoleusin
a-ketoglutarat Suksinat
Keluarga glutamat
Dia me glutamat
Suksinil CoA laktat
turunan Glutamin CO 2
poliamina arginin etanol
prolin
Asam Lemak Murein Asetat Leusin
Gambar 1-11. Jalur biosintetik menuju asam amino dan senyawa terkait. NS
intermediet yang dilingkari lonjong adalah 13 senyawa utama yang berfungsi sebagai prekursor biosintetik untuk
berbagai produk akhir yang penting.
memiliki menu akseptor elektron alternatif yang dapat dipilih tergantung pada
ketersediaan (misalnya, nitrat). Sebuah akuntansi yang lebih rinci dari proses ini dibahas dalam
Bab 9.
Oksidasi-Reduksi Versus Fermentasi
Metabolisme karbohidrat adalah oksidasi progresif gula di mana hidrogen

ditransfer dari intermediet di jalur ke molekul yang menerima hidrogen.
halaman 16
+
H
Akseptor Elektron
-
Menghasilkan
(mis. O 2 ; Nitrat)
e Motif proton
Memaksa Keluar
PROTON-TRANSLOKASI
sitokrom
ATPase SELAPUT
SISTEM
Di dalam
+
H
e- +
H
OKSIDATIF
Fosforilasi
Adenosin - P - P
Adenosin - P - P ~ P
CH 2 TINGKAT SUSTRATE
Fosforilasi
P
BERSAMA
COOH
Fosfoenol piruvat
Gambar 1-12. Reaksi penting untuk produksi energi. Fosforilasi oksidatif. Energi
yang terdiri dari gaya gerak proton dapat dimanfaatkan dan digunakan untuk menghasilkan ATP ketika proton
dari luar sel melewati ATPase translokasi proton terkait membran. NS
+
energi yang dilepaskan akan menjalankan ATPase secara terbalik. Diperkirakan lintasan tiga H melalui
ATPase diperlukan untuk menghasilkan satu ATP. Fosforilasi tingkat substrat. Energi yang terkandung
dalam ikatan fosfat berenergi tinggi dari zat antara glikolitik tertentu dapat ditransfer ke
ADP, membentuk ATP. Contoh menunjukkan fosfoenolpiruvat.
Senyawa akseptor hidrogen yang paling umum digunakan adalah nikotinamida adenin
dinukleotida (NAD) (Gbr. 1-13). Ini adalah bentuk tereduksi dari NAD (NADH) yang melewati
+ -
H dan e ke sistem sitokrom. Namun, masalah dapat berkembang ketika sel
dipaksa untuk tumbuh dalam lingkungan anaerobik tanpa akseptor elektron alternatif.
+
Situasi ini dapat menyebabkan penipisan total NAD , dengan semua kumpulan NAD
diubah menjadi NADH. NADH, yang diproduksi selama bagian awal glikolisis, tidak akan
+
dapat meneruskan H-nya dan oleh karena itu sel tidak dapat meregenerasi NAD . Jika ini
situasi dibiarkan berkembang, sel akan berhenti tumbuh karena akan ada
+
jangan NAD untuk melanjutkan glikolisis! Untuk menghindari masalah ini, banyak mikroorganisme,
+
termasuk E. coli , dapat meregenerasi NAD dengan membiarkan NADH mentransfer H ke
sebaliknya akan menjadi perantara buntu dalam jalur glikolitik (misalnya, piruvat
atau asetil KoA). Proses yang dikenal sebagai fermentasi menghasilkan asam laktat, isopropanol,
butanol, etanol, dan sebagainya, tergantung pada organisme. E. coli tidak melakukan semua
dari reaksi fermentasi ini. Hal ini terbatas pada laktat, asetat, format, etanol, CO 2 ,
dan H 2 produksi (Gambar. 1-10). Tabel 1-1 mencantumkan pola fermentasi untuk beberapa lainnya
organisme umum.
halaman 17
SINTESIS KIMIA 17
NH 2
H
H CONH 2 n
n
H H
n n
+ n
Ribosa P P Ribosa
NAD teroksidasi
(NAD + )
+ 2H
H H NH 2
CONH 2 n
H
n
H H
n + n
H n
Ribosa P P Ribosa
Mengurangi NAD
+
(NADH + H )
(a)
++ E-
H +O2
NADH + H Sitokrom H2O
ATPase
P i + ADP ATP
(b)
Gambar 1-13. Nikotinamida adenin dinukleotida (NAD). Fungsi NAD dalam oksida-
reaksi tion-reduksi. ( a ) Atom hidrogen yang dikeluarkan dari donor hidrogen ditransfer
ke bagian nikotinamida dari NAD. ( b ) Atom hidrogen dapat ditransfer dari NAD ke
akseptor seperti pigmen sitokrom.
TABEL 1-1. Variasi Produk Fermentasi yang Dibentuk dari Piruvat
Organisme Produk
Saccharomyces (ragi) Karbon dioksida, etanol

Streptokokus (bakteri) Asam laktat
Lactobacillus (bakteri) Asam laktat
Clostridium (bakteri) Aseton, asam butirat, isopropanol, butanol
Enterobacter (bakteri) Aseton, karbon dioksida, etanol, asam laktat
E.coli (bakteri) Asam laktat, asam asetat, H 2 , etanol, format
asam, karbon dioksida
halaman 18
Sel tidak hanya mengkatabolisme glukosa melalui glikolisis. Ada alternatif

rute metabolisme yang tersedia untuk disimilasi glukosa. Satu digunakan untuk jalur alternatif-
cara metabolisme karbohidrat (misalnya, jalur fosfoketolase; lihat Gambar 1-10)
adalah pembangkitan tenaga pereduksi biosintetik . Kofaktor NAD sebenarnya adalah
dibagi secara fungsional menjadi dua kolam terpisah. NAD(H) digunakan terutama untuk katabolik
reaksi, sedangkan turunannya, NAD fosfat (NADP), dan bentuk tereduksinya,
NADPH, terlibat dalam reaksi biosintetik (anabolik). fosfoketolase
jalur diperlukan untuk generasi NADPH yang penting untuk biosintetik
reaksi.
Asimilasi Nitrogen
Kelalaian utama dalam diskusi kita sampai saat ini melibatkan sejumlah besar
nitrogen (N) yang dibutuhkan oleh mikroorganisme. Setiap asam amino, purin, pirimidin, dan
banyak bahan kimia lain di dalam sel memasukkan nitrogen dalam strukturnya. Sejak glukosa
tidak mengandung nitrogen, bagaimana sel memperolehnya? Beberapa mikroorganisme dapat memperbaiki
+
nitrogen atmosfer melalui nitrogenase untuk membentuk amonia (NH 4 ) dan kemudian mengasimilasi
amonia menjadi asam amino (misalnya, Rhizobium). Organisme lain seperti E. coli harus
+
mulai dengan NH 4 . Asimilasi N melibatkan amidasi salah satu dari 13 kunci
metabolit, α -ketoglutarate, untuk membentuk asam glutamat (Gambar. 1-14). Setelah berasimilasi menjadi
glutamat, nitrogen amino diteruskan ke senyawa lain melalui transaminasi
reaksi. Misalnya, glutamat dapat meneruskan gugus aminonya ke oksaloasetat untuk membentuk
aspartat. Dari Gambar 1-11, dapat dilihat bahwa aspartat, seperti glutamat, adalah prekursor
untuk beberapa asam amino lainnya. Subjek asimilasi nitrogen dibahas secara mendalam
di Bab 14.
GLUTAMAT oksaloasetat
COOH
COOH
C NH 2
C HAI
CH 2
CH 2
CH 2
COOH
COOH
TRANSAMINASE
COOH
COOH
C HAI
C NH 2
CH 2
CH 2
CH 2
COOH
COOH
a-KETOGLUTARATE ASPARTAT
Gambar 1-14. Transaminasi. Dalam contoh ini, gugus amina dari asam glutamat ditransfer
menjadi oksaloasetat, membentuk asam aspartat.
halaman 19
TOPIK KHUSUS 19
TOPIK KHUSUS
Endospora
Beberapa bakteri seperti Bacillus dan Clostridium menghasilkan struktur khusus yang disebut
endospora. Endospora adalah tubuh yang tidak diwarnai dengan pewarna biasa dan muncul sebagai
daerah yang sangat refraktil tidak bernoda bila dilihat di bawah mikroskop cahaya. Mereka menyediakan
ketahanan terhadap panas, pengeringan, radiasi, dan faktor lingkungan lain yang mungkin
mengancam keberadaan organisme. Endospora juga memberikan keuntungan selektif
untuk kelangsungan hidup dan penyebaran spesies yang menghasilkannya. Di bawah elektron
mikroskop, spora menunjukkan exosporium berlapis-lapis yang terdefinisi dengan baik, sebuah elektron-padat
mantel luar diamati sebagai area yang jauh lebih gelap, dan mantel bagian dalam yang tebal. Di bagian dalam spora,
ribosom yang berwarna gelap dan bahan inti juga dapat terlihat (Gbr. 1-15).
Pertumbuhan
Pertumbuhan sel adalah puncak dari interaksi yang teratur di antara semua
aktivitas fisiologis sel. Ini adalah proses kompleks yang melibatkan
1. Masuknya nutrisi dasar ke dalam sel

2. Konversi senyawa ini menjadi energi dan konstituen sel vital
3. Replikasi kromosom
4. Peningkatan ukuran dan massa sel
5. Pembelahan sel menjadi dua sel anak, masing-masing berisi salinan genom
dan komponen vital lainnya
CX
E
n
Gambar 1-15. Spora dewasa Clostridium botulinum . Yang ditampilkan adalah yang terdefinisi dengan baik, berlapis-lapis
exosporium (E), lapisan luar yang padat elektron, lapisan dalam yang tebal (C) dan lapisan yang kurang rapat
korteks (CX). Ribosom (R) dan area nukleoid (N) bernoda gelap jelas dibedakan
di bagian dalam spora. Batang sama dengan 0,2 m. ( Sumber : Dari Stevenson, KE, RH Vaughn, and
EV Crisan, 1972. J. Bakteriol. 109: 1295.)
halaman 20
Ahli mikrobiologi biasanya mempertimbangkan fenomena pertumbuhan dari sudut pandang:

peningkatan populasi, karena sebagian besar teknik saat ini tidak memungkinkan studi rinci tentang
sel individu. Sebuah studi tentang peningkatan populasi menyiratkan bahwa setiap sel, sebagaimana adanya
dihasilkan, mampu menghasilkan keturunan baru.
Siklus Pertumbuhan. Dalam keadaan ideal di mana pembelahan sel dimulai

segera dan berlangsung tanpa hambatan untuk jangka waktu yang lama,
pembelahan sel prokariotik mengikuti perkembangan geometris:
20→21→22→23→24→25→26→27
→ 2 8 → 2 9 → dll.
Perkembangan ini dapat dinyatakan sebagai fungsi dari 2 seperti yang ditunjukkan pada baris di atas. NS
jumlah sel ( b ) yang ada pada waktu tertentu dapat dinyatakan sebagai:
b=1×2n
Jumlah total sel ( b ) tergantung pada jumlah generasi ( n = jumlah

divisi) yang terjadi selama periode waktu tertentu. Dimulai dengan inokulum yang mengandung
lebih dari satu sel, jumlah sel dalam populasi dapat dinyatakan sebagai:
b=a×2n
di mana a adalah jumlah organisme yang ada dalam inokulum asli. Sejak
jumlah organisme yang ada dalam populasi ( b ) adalah fungsi dari angka 2,
akan lebih mudah untuk memplot nilai logaritmik daripada angka sebenarnya.
Memplot jumlah organisme yang ada sebagai fungsi waktu menghasilkan kurvalinier
fungsi. Dengan memplot logaritma angka, diperoleh fungsi linier seperti yang ditunjukkan:
pada Gambar 1-16. Untuk kenyamanan, logaritma ke basis 10 digunakan. Ini mungkin
karena logaritma ke basis 10 suatu bilangan sama dengan 0,3010 kali logaritma
ke basis 2 dari suatu bilangan.
Sampai saat ini diasumsikan bahwa waktu generasi individu (yaitu,
waktu yang diperlukan untuk satu sel untuk membelah) adalah sama untuk semua sel dalam populasi.
Namun, dalam populasi tertentu, waktu generasi untuk sel individu bervariasi, jadi
istilah waktu penggandaan mencakup waktu penggandaan untuk total populasi. Sebagai
ditunjukkan pada Gambar 1-16, sel-sel awalnya mengalami periode penyesuaian dengan yang baru
lingkungan, dan ada jeda waktu yang dibutuhkan untuk semua sel untuk membelah.
Sebenarnya, beberapa sel dalam inokulum awal mungkin tidak bertahan dalam fase jeda ini
dan mungkin ada penurunan jumlah sel yang hidup. Sel-sel yang bertahan akhirnya
menyesuaikan diri dengan lingkungan baru dan mulai membelah lebih cepat. Tarif ini akan
tetap konstan sampai kondisi dalam media mulai memburuk (misalnya, nutrisi
lelah). Karena memplot logaritma jumlah sel selama periode ini menghasilkan
fungsi linier, fase pertumbuhan ini disebut sebagai fase logaritmik (log) atau,
lebih tepatnya, fase eksponensial .
Semua kultur mikroorganisme akhirnya mencapai kepadatan populasi maksimum dalam
yang fase diam . Masuk ke fase ini dapat dihasilkan dari beberapa peristiwa. Kelelahan
nutrisi penting, akumulasi produk limbah beracun, penipisan oksigen, atau
perkembangan pH yang tidak menguntungkan adalah faktor yang bertanggung jawab atas penurunan
halaman 21
TOPIK KHUSUS 21
10
9 Fase diam
6
le Organisme
Eksponensial atau
5 Fase "Masuk"
Nomor
3 Viab
10
2
Catatan
1 Fase Keterlambatan
0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
Waktu-Jam
Gambar 1-16. Kurva pertumbuhan khas untuk kultur bakteri.
tingkat pertumbuhan. Meskipun pembelahan sel berlanjut selama fase diam, jumlah
sel yang mampu membelah (sel yang hidup) kira-kira sama dengan jumlah
yang tidak dapat membelah (sel yang tidak dapat hidup). Dengan demikian, fase diam mewakili
keseimbangan antara jumlah sel yang dapat membelah dan jumlah sel yang tidak dapat membelah
membagi.
Akhirnya, kematian organisme dalam populasi mengakibatkan penurunan
populasi yang layak dan fase kematian terjadi kemudian. Bentuk yang tepat dari kurva selama
fase kematian akan tergantung pada sifat organisme yang diamati dan banyak
faktor yang menyebabkan kematian sel. Fase kematian dapat mengasumsikan fungsi linier
seperti selama kematian akibat panas di mana jumlah sel yang layak menurun secara logaritmik.
Beberapa pertimbangan tambahan dari kurva pertumbuhan penting dalam menilai
pengaruh berbagai faktor internal maupun eksternal terhadap pertumbuhan. Karena jumlah
sel dalam suatu populasi ( b ) sama dengan jumlah sel pada inokulum awal (a) × 2 n ,
b=a×2n
Kemudian
log 2 b = log 2 a + n
log 10 b = log 10 a + n log 10 2
log 10 b = log 10 a + (n × 0 . 3010 )
Memecahkan persamaan untuk n , jumlah generasi yang terjadi antara waktu

inokulasi dan waktu pengambilan sampel adalah
log 10 b log 10 a
n=
0 . 3010
halaman 22
Waktu pembangkitan ( t g ) atau waktu penggandaan dapat ditentukan dengan membagi waktu
berlalu ( t ) dengan jumlah generasi ( n ):
tg=t/n
Budaya Berkelanjutan
Biasanya bakteri ditumbuhkan dalam kultur “batch” di mana labu berisi media diletakkan
diinokulasi dan pertumbuhan dibiarkan terjadi. Ini adalah sistem tertutup di mana sebenarnya
sangat sulit untuk memanipulasi tingkat pertumbuhan. Dalam kultur batch, tingkat pertumbuhan ditentukan
internal oleh sifat-sifat bakteri itu sendiri. Kultur batch dapat digunakan untuk
menumbuhkan bakteri pada tingkat yang berbeda selama nutrisi yang ditambahkan berada pada konsentrasi yang
tidak mendukung pertumbuhan yang maksimal. Tetapi, untuk mencapai ini, kepadatan sel, dan dengan demikian—
jumlah sel, akan terlalu rendah untuk analisis tertentu. Untuk menumbuhkan bakteri dengan pertumbuhan lambat
kecepatan tinggi dan pada kepadatan sel yang tinggi, chemostat digunakan. Dalam peralatan ini, media segar
yang mengandung nutrisi pembatas ditambahkan dari reservoir ke wadah kultur pada satu set
kecepatan. Volume dalam wadah kultur dijaga konstan dengan perangkat luapan yang
menghilangkan medium dan sel dengan kecepatan yang sama dengan penambahan medium segar. Dalam kemostat,
laju pertumbuhan ditentukan secara eksternal dengan mengubah nutrisi pembatas laju yang ditambahkan ke
wadah budaya. Semakin cepat nutrisi pembatas ditambahkan, semakin cepat laju pertumbuhannya.
FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN
Nutrisi
Semua organisme hidup memiliki kebutuhan nutrisi dasar tertentu: sumber karbon,
nitrogen, energi, dan faktor pertumbuhan esensial (mineral dan vitamin) diperlukan untuk
mendukung pertumbuhan. Mikroorganisme sangat bervariasi dalam kebutuhan nutrisinya. Dua
kelompok utama organisme diklasifikasikan berdasarkan kemampuan mereka untuk mendapatkan energi
dari sumber tertentu dan cara mereka memenuhi karbon dan nitrogennya
persyaratan untuk pertumbuhan:
1. Litotrof memanfaatkan karbon dioksida sebagai satu-satunya sumber karbon dan mendapatkan energi
melalui oksidasi senyawa anorganik ( chemolithotrophs atau "pemakan batu")
atau cahaya ( fotolitotrof ). Nitrogen anorganik digunakan untuk sintesis atau organik
senyawa.
2. Organotrof umumnya lebih menyukai substrat organik sebagai sumber energi dan
karbon. Fotoorganotrof memanfaatkan cahaya sebagai sumber energi untuk asimilasi
karbon dioksida serta senyawa organik. Kemoorganotrof memanfaatkan bahan organik
senyawa untuk pertumbuhan.
Meskipun
bakteri kebutuhansecara
harus kompleks nutrisimetabolik
mereka sangat
karenasederhana, chemolithotrophic
mereka mensintesis semua
komponen dan menyediakan energi untuk aktivitas ini melalui oksidasi
senyawa ganik. Salah satu karakteristik mendasar dari kemolitotrof ketat adalah bahwa:
mereka tidak dapat tumbuh atau mengasimilasi senyawa organik eksogen. Fakultas-
kemolitotrof aktif dapat memanfaatkan sumber karbon organik eksogen. Kemolitotrof
memiliki mekanisme unik untuk fiksasi karbon dioksida seperti ribulosa bifosfor
siklus phate (Calvin-Benson) dan siklus asam karboksilat reduktif (Campbell-Evans)
(lihat Bab 9).
halaman 23
23
Beberapa organisme organotrofik memanfaatkan karbon dioksida sebagai sumber karbon, tetapi
sebagian besar lebih menyukai sumber karbon organik dan umumnya tidak dapat hidup dari karbon dioksida sebagai
satu-satunya sumber karbon. Organotrof dapat menggunakan nitrogen anorganik, tetapi sebagian besar anggota
kelompok tumbuh lebih baik bila diberikan dengan senyawa nitrogen organik. Sebagai contoh,
E. coli, Enterobacter aerogenes , ragi, dan kapang tumbuh subur pada glukosa sebagai
nutrisi organik saja. Organotrof lain seperti streptokokus dan stafilokokus juga
menunjukkan persyaratan khusus untuk satu atau lebih sumber nitrogen seperti asam amino, purin,
atau pirimidin (lihat Tabel 1-2).
Asam lemak dibutuhkan oleh beberapa organisme, terutama jika tidak ada asam lemak tertentu
vitamin B. Penggantian persyaratan faktor pertumbuhan dengan penambahan ujung
produk dari jalur biosintetik di mana vitamin berfungsi secara normal
untuk sebagai tindakan hemat . Jenis aktivitas ini telah dilaporkan untuk banyak faktor pertumbuhan,
termasuk asam amino, purin, pirimidin, dan konstituen organik lainnya. Jika vitamin
dapat sepenuhnya menggantikan nutrisi organik tertentu dalam media yang ditentukan, nutrisi itu
tidak dapat dianggap sebagai persyaratan pertumbuhan yang sebenarnya karena dapat disintesis dalam
adanya vitamin yang dibutuhkan.
TABEL 1-2. Persyaratan Gizi Beberapa Organotrof
Escherichia Salmonella Stafilokokus Leuconostoc

coli typhi aureus a paramesenteroides b
Nutrisi Dasar
Glukosa
+ 
NH 4 
Mn2 +
mg2 +
Fe2 +
+ Diperlukan oleh semua untuk pertumbuhan maksimum dalam media yang ditentukan
K 
-
Cl
2−
JADI 4
3−
PO 4
Persyaratan tambahan
Tidak ada triptofan Asam nikotinat Asam nikotinat
Tiamin Tiamin
10 asam amino Pantotenat
piridoksal
Riboflavin
kobalamin
Biotin
p- Aminobenzoat
folat
Guanin
Urasil
16 asam amino
Natrium asetat
Dua belas 80
a Dari Gladstone, GP 1937. Br. J. Eks. Patol. 18: 322.

b Dari Garvie, EI 1967. J. Gen. Microbiol. 48: 429.
halaman 24
Meskipun sebagian besar membran bakteri tidak mengandung sterol, mereka diperlukan dalam
membran beberapa anggota Mycoplasmataceae. (Organisme ini tidak
memiliki dinding sel.) Mycoplasma membutuhkan sterol untuk pertumbuhan. Acholeplasma tidak
membutuhkan sterol; Namun, mereka menghasilkan senyawa terpenoid yang berfungsi sama
kapasitas sebagai sterol. Jamur (ragi dan kapang) mengandung sterol dalam membran selnya
tetapi dalam banyak kasus tampaknya mampu mensintesisnya.
Oksigen
Mikroorganisme yang membutuhkan oksigen untuk proses metabolisme yang menghasilkan energi
disebut aerob , sedangkan yang tidak dapat menggunakan oksigen untuk tujuan ini adalah
disebut anaerob . Organisme fakultatif mampu menggunakan salah satu
atau proses fermentasi, tergantung pada ketersediaan oksigen dalam kultur
lingkungan. Organisme aerobik memiliki sitokrom dan sitokrom oksidase, yang
terlibat dalam proses fosforilasi oksidatif. Oksigen berfungsi sebagai terminal
akseptor elektron dalam urutan dan air adalah salah satu produk yang dihasilkan dari
pernafasan. Beberapa enzim oksidasi-reduksi berinteraksi dengan molekul oksigen
-
menghasilkan superoksida ( O 2 • ), radikal hidroksil (OH ), dan hidrogen peroksida
•
(H 2 O 2 ), yang semuanya sangat beracun:
-
O 2 + e - enzim-------
oksidatif
→O2
nonenzimatik
O 2 + H 2 O 2 ------ → O 2 + OH + OH -
•
Enzim superoksida dismutase menghilangkan superoksida:
2O 2 - + 2H + --- → H 2 O 2 + O 2
Superoksida dismutase terdapat pada organisme aerob dan organisme yang aerotoleran,
tetapi tidak pada anaerob ketat. Banyak, tetapi tidak semua, aerob juga menghasilkan katalase, yang dapat
menghilangkan hidrogen peroksida yang terbentuk:
2H 2 O 2 → 2H 2 O + O 2
Organisme aerotoleran umumnya tidak menghasilkan katalase. Oleh karena itu, pertumbuhan ini
organisme sering ditingkatkan dengan kultur pada media yang mengandung darah atau bahan alami lainnya
bahan yang mengandung aktivitas katalase atau peroksidase. Organisme yang tidak memanfaatkan
oksigen dapat mentolerirnya karena mereka tidak berinteraksi dengan cara apa pun dengan oksigen molekuler
dan tidak menghasilkan superoksida atau peroksida.
Bakteri anaerob dari berbagai genera hadir dalam flora normal
hewan dan tubuh manusia serta di sejumlah habitat alami seperti tanah,
rawa-rawa, dan danau yang dalam. Sejumlah genera anaerobik yang lebih dikenal luas
organisme tercantum dalam Tabel 1-3.
Karbon dioksida
Banyak organisme bergantung pada fiksasi karbon dioksida. Organisme tertentu

berkembang lebih baik jika mereka tumbuh di atmosfer yang mengandung peningkatan karbon dioksida.
halaman 25
25
TABEL 1-3. Genera Bakteri Anaerob
basil kokus
Gram Positif Gram Negatif Gram Positif Gram Negatif
Klostridium Bacteroides Peptokokus Veillonella

Actinomyces Fusobacterium Peptostreptokokus
Bifidobacterium Vibrio Ruminokokus
Eubacterium Desulfovibrio
Lactobacillus
Propionibacterium
Haemophilus, Neisseria, Brucella, Campylobacter , dan banyak bakteri lainnya membutuhkan

setidaknya 5 hingga 10% karbon dioksida di atmosfer untuk memulai pertumbuhan, khususnya
pada media padat. Bahkan organisme seperti E. coli menggunakan karbon dioksida untuk mengisi kembali
intermediet dalam siklus TCA (asam trikarboksilat) yang telah disedot sebagai
prekursor untuk sintesis asam amino. Reaksi anapleurotic ini termasuk piruvat,
karboksilase, fosfoenolpiruvat karboksilase, atau enzim malat (lihat Bab 8).
Ekstrofil
Mikroorganisme sangat bervariasi dalam kemampuannya untuk memulai pertumbuhan pada rentang tertentu
suhu (Tabel 1-4), konsentrasi ion hidrogen (Tabel 1-5), dan konsentrasi garam
tion. Organisme yang berfungsi paling baik dalam kondisi lingkungan yang ekstrim disebut
ekstrimofil . Contohnya termasuk bakteri yang ditemukan di sumber air panas dan di ventilasi termal
di dasar laut. Organisme ini lebih suka tumbuh pada suhu yang sangat tinggi.
Beberapa mikroorganisme lebih suka hidup di lingkungan asam ( organisme acidophilic )
sementara yang lain lebih menyukai pH basa ( organisme alkaliphilic ). E. coli lebih menyukai yang netral
lingkungan pH dan dengan demikian diklasifikasikan sebagai netralofilik . (Istilah yang lebih tua, neutrofilik,
TABEL 1-4. Rentang Suhu Pertumbuhan Bakteri

◦
Suhu Pertumbuhan ( C)
Jenis Organisme Minimum Optimal Maksimum
Psikofilik 5–0 5–15 15-20

Mesofilik 10–20 20–40 40–45
termofilik 25–45 45–60 > 80
TABEL 1-5. Batas pH untuk Pertumbuhan Berbagai

Mikroorganisme
Organisme Minimum Optimal Maksimum
Bakteri 2–5 6,5–7,5 8–11

Ragi 2-3 4,5–5,5 7-8
Cetakan 1-2 4,5–5,5 7-8
halaman 26
tidak konsisten dengan nomenklatur dari dua kelompok lainnya dan dapat membingungkan
dengan neutrofil, suatu bentuk sel darah putih, dan karenanya tidak boleh digunakan.) Kemampuan
organisme tertentu untuk tumbuh di lingkungan yang ekstrim dapat dikaitkan dengan kepemilikan
komposisi membran unik dan/atau enzim dengan suhu atau pH yang tidak biasa
optima yang lebih sesuai dengan lingkungannya.
Respons Stres Mikroba
Untuk
◦
normalophiles , artinya organisme yang lebih suka tumbuh di bawah kondisi
37 C, pH 7, dan salin 0,9%, variasi pH dan suhu memiliki tanda
berdampak pada aktivitas enzim dan, pada akhirnya, kelangsungan hidup. Di luar parameter optimalnya,
enzim berfungsi buruk atau tidak sama sekali, membran menjadi bocor, dan sel memproduksi
senyawa (misalnya, superoksida) yang merusak DNA dan struktur makromolekul lainnya.
Semua faktor ini berkontribusi pada kematian sel ketika sel terkena suboptimal
lingkungan. Namun, banyak, jika tidak semua, mikroorganisme memiliki respons stres bawaan
sistem yang merasakan ketika lingkungannya memburuk, seperti ketika medium
mengasamkan ke tingkat yang berbahaya. Pada titik ini, sistem transduksi sinyal merasakan
stres dan mengirimkan instruksi ke mesin transkripsi / terjemahan untuk meningkatkan
ekspresi protein spesifik yang tugasnya melindungi sel dari stres. Berbagai
sistem regulasi genetik dan strategi perlindungan yang digunakan oleh sel untuk bertahan dari stres
dibahas dalam Bab 5 dan 18.
RINGKASAN
Bab ini adalah versi yang sangat padat dari sisa buku ini, disediakan untuk
membangun gambaran yang koheren fisiologi mikroba dari awal. Terlalu sering buku pelajaran
menyajikan seorang siswa dengan perawatan yang sangat rinci tentang satu topik tertentu setelah
lain tanpa pernah menyampaikan "gambaran besar." Akibatnya, informasi yang berlebihan
begitu hebat sehingga siswa, yang tersesat dalam detail, tidak pernah mengembangkan pandangan terintegrasi tentang
sel dan apa yang membuatnya bekerja. Harapan kami adalah bahwa kerangka kerja dalam bab ini akan
digunakan untuk membangun pemahaman rinci tentang fisiologi mikroba dan apresiasi
dari janjinya di masa depan.

Introduction To Microbial Ohysiology HSN 200821 (Indo)

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Introduction To Microbial Ohysiology HSN 200821 (Indo)

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

20/8/2021 "Pengantar Fisiologi Mikroba".

Dalam: Fisiologi Mikroba (Edisi Keempat)

Fisiologi Mikroba. Albert G. Moat, John W. Foster dan Michael P. Spector

THE Escherichia coli PARADIGMA

Fisiologi mikroba adalah disiplin besar yang mencakup studi ribuan

2 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Flagela Porin Lipoprotein

Permukaan Sel Gram Positif Permukaan Sel Negatif Gram

Gambar 1-3. Tampilan diagram peptidoglikan bakteri. ( a ) Lapisan tunggal peptidoglikan.

4 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

hadir dalam organisme gram positif)—disintesis pada permukaan membran dan

membran. Membran sitoplasma gram positif dan gram negatif

Polisakarida kapsular ini, kadang-kadang disebut sebagai polisakarida pneumokokus,

Gambar 1-4. Kapsul Streptococcus pneumoniae .

Organ Penggerak. Banyak mikroorganisme bersifat motil—yaitu, mampu bergerak

6 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Ribosom mengatur polimerisasi asam amino menjadi protein (yaitu,

SINTESIS DNA, RNA, DAN PROTEIN 7

terkait dengan ukuran molekul makromolekul itu.) Ribosom prokariotik

SINTESIS DNA, RNA, DAN PROTEIN

Kromosom E. coli adalah molekul DNA tunggal, melingkar, beruntai ganda

DNA polimerase Enzim Pelepasan

Gambar 1-6. Penggambaran replikasi DNA yang disederhanakan.

8 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Gambar 1-7. Pemisahan kromosom bakteri.

SINTESIS DNA, RNA, DAN PROTEIN 9

Peptida baru lahir

H HAI H HAIH HAI H HAI tRNA bermuatan masuk

mRNA baru lahir

10 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Regulasi Metabolik dan Genetik

1. Umpan balik penghambatan aktivitas enzim ( regulasi metabolisme )

Penghambatan Umpan Balik

Baru saja menguraikan proses transkripsi, terjemahan, dan replikasi, sekarang

12 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

lipopolisakarida (3,4%), peptidoglikan (2,5%), metabolit blok bangunan, vitamin

14 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Embden-Meyerhof Fosfoketolase Entner-Doudoroff

Gliseraldehida-3-P Gliseraldehida-3-P Gliseraldehida-3-P

Fumarat oksalosuksinat isopropanol butanol

Gambar 1-10. Diagram komposit jalur utama metabolisme karbohidrat. 13 kunci

Vitamin dan Kofaktor

Keluarga Serina 3 P-gliserat Fenilalanin

Asam Lemak Murein Asetat Leusin

Oksidasi-Reduksi Versus Fermentasi

Metabolisme karbohidrat adalah oksidasi progresif gula di mana hidrogen

16 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

TABEL 1-1. Variasi Produk Fermentasi yang Dibentuk dari Piruvat

Saccharomyces (ragi) Karbon dioksida, etanol

18 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Sel tidak hanya mengkatabolisme glukosa melalui glikolisis. Ada alternatif

1. Masuknya nutrisi dasar ke dalam sel

20 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

Ahli mikrobiologi biasanya mempertimbangkan fenomena pertumbuhan dari sudut pandang:

Siklus Pertumbuhan. Dalam keadaan ideal di mana pembelahan sel dimulai

Jumlah total sel ( b ) tergantung pada jumlah generasi ( n = jumlah

Gambar 1-16. Kurva pertumbuhan khas untuk kultur bakteri.

log 10 b = log 10 a + n log 10 2

log 10 b = log 10 a + (n × 0 . 3010 )

Memecahkan persamaan untuk n , jumlah generasi yang terjadi antara waktu

22 PENGANTAR FISIOLOGI MIKROBA

FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN