Diajukan kepada
Prof Usman Chatib Warsa
Diajukan Oleh:
Leli Saptawati
Enty
Iva Puspitasari
E. Hagni Wardoyo
PERAN MIKROBIOLOGI KLINIK DI RUMAH SAKIT
1. Gambaran Umum
Dewasa ini , penyakit infeksi semakin meluas di seluruh dunia. Peta di bawah ini menunjukkan
Page | 3
jumlah kasus penyakit infeksi di dunia.
Terdapat beberapa faktor yang menyebabkan terjadinya perluasan penyakit infeksi. Faktor-faktor
tersebut adalah (1) faktor demografi dan kebiasaan hidup manusia, (2) teknologi dan industri, (3)
perkembangan ekonomi dan pembukaan lahan, (4) perjalanan antar negara dan perdagangan, dan
(5) keterbatasan kemampuan pelayanan kesehatan dalam mengidentifikasi mutasi bakteri. Untuk
mengatasi hal ini, WHO telah menetapkan berbagai strategi. Strategi tersebut adalah : (1)
melakukan surveillance terhadap berbagai agen penyebab infeksi, (2) melakukan surveillance
meningkatkan kompetensi ahli mikrobiologi klinik, (4) mendorong penelitian terapan yang
laboratorium rujukan, (8) menetapkan standar perosedur penanganan yang tepat bila terjadi
outbreak di komunitas, (9) memberikan edukasi pada petugas kesehatan mengenai peningkatan
Page | 4
upaya pencegahan infeksi, (10) mendorong penelitian di bidang kesehatan masyarakat yang dapat
digunakan sebagai acuan bagi pusat pelayanan kesehatan, (11) menegakkan diagnosis penyakit,
memberikan terapi dan merawat pasien secara individual, (12) menyediakan fasilitas ruang isolasi,
(13) mengontrol penggunaan agen antimikroba, (14) melatih dan mendidik tenaga profesional, (15)
berkomunikasi dengan “outsiders , dan (16) mendorong penelitian klinis mengenai penyakit infeksi
terapi secara individual dan mencegah terjadinya infeksi, dan untuk menyusun formularium
penyakit infeksi, yaitu : ahli mikrobiologi klinik, klinisi di bidang penyakit infeksi, farmakologi
klinik, tim pengendalian infeksi, dan orang yang memiliki keahlian di bidang teknologi
laboratorium mikrobiologi
3. Menyediakan fasilitas rumah sakit dan sumber daya manusia yang diperlukan untuk
menjalankan misi RS, termasuk laboratorium mikrobiologi klinik, tim pengnedalian infeksi, dan
juga perawat serta klinisi yang didedikasikan untuk menangani penyakit infeksi
4. Organisasi yang bergerak di bidang manajemen penyakit infeksi perlu melakukan peningkatan
sistem rujukan pasien infeksi secara lebih terintegrasi, menyusun formulasi kebijakan
masyarakat
Di negara-negara maju, masa ini merupakan saat yang paling tepat dan paling baik bagi dunia
mikrobiologi untuk menunjukkan perannya dalam penegakan diagnosis dan penentuan terapi
penyakit infeksi. Menteri kesehatan setempat menyediakn fasilitas ICU di RS, dengan peralatan
medis yang lengkap dan memadai, prosedur pelayanan yang baik, dan intervensi yang tepat. Hal ini
dilakukan karena saat ini semakin banyak pasien yang mengalami gagal ginjal kronik atau gangguan
hematologi yang memerlukan perwatan di unit khusus. Berkembangnya teknologi internet lebih
memudahkan para klinisi untuk memperluas pengetahuan daripada era sebelum ada fasilitas
internet. Seorang ahli mikrobiologi klinik memang dituntut untuk selalu mengikuti perkembangan
ilmu terkini yang berkaitan dengan bidang keahliannya, sehingga dapat memberikan advise yang
tepat kepada klinisi yang berdasr pada bukti penelitian terbaru. hal ini antara lain dapat diperoleh
melalui akses internet. Seorang ahli mikrobiologi klinik dituntut untuk emeiliki performa yang
optimal dalam memberikan pelayanan. Dia harus mampu meningkatkan dan mengoptimalkan
iteraksi dan komunikasi denganstal lain di RS. Perlu terdapat list khusus yang digunakan
Page | 6
untukmengontrol kualitas pelayanan laboratorium mikrobiologi. Di sisi lain, apa sebenarnya yang
menjadi harapan seorang klinisi terhadap ahli mikrobiologi klinik? Dalam hal penegakkan diagnosis
infeksi, pelayanan harus terorganisir dan juga mengikuti prosedur pengiriman spesimen, prosedur
pemeriksaan mikrobiologi dan prosedur uji sensitivitas antimikroba sesuai standard. Begitu juga
dengan dengan deteksi antigen dan teknologi pengujian modern lainnya. Buku manual prosedur
pelayanan di RS yang bersangkutan serta guideline harus tersedia di setiap departemen. Pada
waktu yang sama, klinisi harus sudah familiar dengan sindrom klinis dan berbagai mikroorganisme
penyebab, hal ini bertujuan agar klinisi dapat memilih permintaan pemeriksaan laboratorium
mikrobiologi dengan benar. Dalam prakteknya, penting untuk selalu menjaga komunikasi dan diskusi
yang efektif antara klinisi dan ahli mikrobilogi klinik dalam mengangani kasus infeksi.
Di Denmark, laboratorium mikrobiologi klinik terletak di dalam Rumah Sakit dan stafnya terdiri
dari ahli mikrobiologi klinik yang telah menjalani pendidikan secara klinik. Masing-masing negara
memiliki unit mikrobiologi klinik sendiri yang bertugas untuk melayani 0.34.6 juta populasi.
Tanggungjawab unit mikrobiologi klinik ini meliputi berbagai aspek pengendalian infeksi. Termasuk
mendeteksi adanya outbreak HAI (hospital acquired infection), skrining terhadap orgnasime multi-
resisten, memberikan advice kepada klinisi mengenai desinfeksi, sterilisasi dan prosedur isolasi,
serta penggunaan antibiotika rasional. Seorang ahli mikrobiologi klinik harus bekerja sama erat
dengan perawat yang bertugas di dalam tim pengendalian infeksi. Tim pengendalian infeksi ini
merupakan tim yang paling berperan dalam menyusun guidelines, yang disahkan oleh komite
pengendalian infeksi setempat (regional infection control commitee). Laboratorium mikrobiologi
klinik berhubungan erat dengan National Department of Hospital Hygiene dan laboratorium rujukan
lainnya. Struktur tim pengendalian infeksi telah ditetapkan sejak 25 tahun yang lalu. Tujuan utama
Page | 7
saat itu adalah untuk mendesentralisasi pengendalian infeksi dan menyediakan fasilitas yang
memungkinkan untuk berkomunikasi erat dekat dengan klinisi serta pasien. Tim ini telah mampu
memberikan solusi atas berbagai masalah yang berkaitan dengan pengendalian infeksi, dan
kepatuhan klinisi terhadap berbagai prosedur pengendalian infeksi semakin baik. Pengendalain
2. Kondisi di Indonesia
Keadaaan di Indonesia, seperti umumnya di Negara berkembang lainnya memiliki resiko akan
penyakit infeksi yang kurang lebih sama. Seperti tersedianya instrument diagnostic canggih,
keberadaan laboratorium mikrobiologi dan kemampuan sumber daya manusia yang berkembang.
Indonesia.
Kemajuan bidang kesehatan dinegara berkembang, maju dengan pesat mengikuti kemajuan di
perawatan yang ideal. Namun hal ini semua masih dibayangi oleh angka kesakitan dan kematian
yang tinggi karena penyakit infeksi. Beberapa RS di negara berkembang hanya dilengkapi oleh
laboratorium mikrobiologi dasar, sampai pemeriksaan genomik canggih namun justru ‘mengabaikan’
pengecatan Gram. Keahlian dibidang Mikrobiologi jelas dibutuhkan disini, sebagai jembatan antara
klinisi dengan lab. Peran SpMK belum berkembang seiring kemajuan teknik dan instrumentasi di RS.
Peran SpMK dibutuhkan saat timbul penyakit epidemik, TB dan HIV. Sebanyak 95% penderita HIV
tinggal dinegara berkembang, 74.5% diantaranya tinggal di Afrika subsahara dan 25.5% di Asia.
Masalah muncul karena ketiadaan ahli, ketiadaan dana pengembangan lab, atau ketika fasilitas
memadai, penggunaan inapropriate umum terjadi seperti melakukan kultur yang tidak perlu,
Page | 8
pemeriksaan tes sensitivitas tanpa jaminan kualitas, pelaporan hasil lab tetap dilakukan meski
irrelevant secara klinis sehingga pemberian antibiotika yang tidak diperlukan terjadi.
Pengukuran cost-effectiveness yang setengah hati tentang suatu tes yang spesifik merupakan
alasan umum tentang ketiadaan tes tersebut. Langkah pertama mencapai menilai penggunaan suatu
tes mikrobiologi secara cost-effective atau tidak, tes memiliki nilai diagnostik yang cukup untuk
digunakan dan mengembangkan kriteria untuk membatasi proses terhadap organisme tersebut,
yang relevan secara klinis. Konsep nilai klinis ini memunculkan beberapa pertanyaan: kenapa tes
tersebut diperlukan? Apakah hasil akan membantu atau mempengaruhi manajemen pasien? Apakah
tes yang lebih sederhana mampu menggantikannya? Dapatkah kita melakukan manajemen pasien
tanpa tes tersebut? Apakah tes tersebut memiliki nilai penting secara kesehatan publik atau klinis?
Sebagai contoh adalah RS di negara berkembang masih secara rutin melakukan kultur darah
anaerobik meski hasil positif menggambarkan adanya infeksi anaerobik (sepsis intraabdominal,
female UTI) yang sudah dapat diketahui secara klinis. Meski data kultur berguna untuk data
mikrobiologik, namun pada negara berkembang seting ini mungkin tidak dapat diaplikasikan.
Indonesia sebagai negara dengan penduduk terbanyak ke-4 dunia, berjumlah 230 juta jiwa
memerlukan jumlah SpMK ideal (menggunakan rasio 1 SpMK untuk 100.000 penduduk; Verbrugh
2009) sekitar 2,300 SpMK. Meski jumlah SpMK di Indonesia belum tercapai dengan rasio penduduk,
SpMK yang ada sekarang perlu masuk ke RS dan berperan sebagai bagian dari infectious disease
service line.
Seperti yang telah disebutkan diatas mengenai peran ideal SpMK, yang secara garis besar
memiliki tiga peran pencegahan infeksi, penatalaksanaan infeksi dan pengembangan kebijakan
tingkat RS. Ketiga fungsi utama ini dirangkum dalam tabel 1 dibawah.
Page | 9
Keberadaan mikrobiologi klinik di Indonesia masih sebatas pada keberadaan laboratorium
mikrobiologi, hasil yang dikeluarkan oleh laboratorium belum ‘diterjemahkan’ secara klinis, sehingga
hasil laboratorium diaplikasikan dengan salah. Kesalahan interpretasi hasil lab mikrobiologi
1. Komunikasi klinisi dan laboratorium yang belum terjalin. Komunikasi penting untuk
menghindari kesalahan – kesalahpahaman seperti: Seorang SpMK yang berwenang dalam lab
mikro membutuhkan gambaran klinis pasien yang menentukan interpretasi hasil lab; hasil lab
positif adanya dugaan kontaminan sebaiknya tidak dilaporkan. Kecenderungan klinisi untuk
memperoleh hasil positif, untuk memberikan antibiotika yang sesuai atau justru mengabaikan
hasil lab. Kualitas spesimen yang buruk, harus segera dikembalikan untuk pengambilan
spesimen ulang.
2. Hasil lab yang keluar lebih bersifat teknis dibandingkan klinis . Pemeriksaan hanya dilakukan
oleh teknisi. Hal ini terjadi akibat belum adanya SpMK yang secara professional mengelola
laboratorium.
3. Manajemen pelayanan penyakit infeksi belum menempatkan diagnosis infeksi sebagai ujung
tombak pelayanan infeksi dan peran lab mikrobiologi adalah sebagai ujung tombak diagnosis
tersebut. Akibat yang terjadi terlihat pada : kultur baru dilakukan setelah pasien yang tidak
sembuh diberikan dengan antibiotika sebelumnya, kebijakan pemakaian antibiotika yang tidak
Tabel 1. Garis besar peran ideal SpMK di Rumah Sakit dan kenyataannya di Indonesia
jawab lab
Diagnosis dan
lab antibiotika
Menentukan pasien infeksi yang
perlu diisolasi
Panitia antibiotika Menyusun kebijakan Sudah dimulai, seberapa
penggunaan antibiotika tingkat besar perannya?
RS
Bagian dari Mengevaluasi SOP antibiotika
panitia tiap instalasi
kebijakan RS Bagian dari tim Mengevaluasi sistem surveilan Sudah dimulai, seberapa
pengendalian tiap bangsal besar perannya?
infeksi Penyusunan kebijakan
pengendalian infeksi
(dirangkum dari McKendrick M, 2000, The Royal College of Pathologist, 2005 Morgan MS, 1995)
berjalan, tidak menggunakan terapi empiris lokal, sedang kuman pathogen dan sensitivitas pathogen
tidak pernah dilakuakan atau dilakukan tetapi tidak di-update, pembiayaan asuransi yang tidak
yang tidak sedikit. Dibanyak RS di Indonesia lab mikro hanya sebagai satelit dari lab klinik yang
mendapat anggaran yang sudah terbagi. Tantangan bagi SpMK adalah selain sebagai klinisi, ahli lab
mikro juga harus mampu menyusun sebuah formulasi business case bahwa pengembangan lab
mikrobiologi klinik di RS mampu memberikan profit bagi RS, mengurangi biaya pembelanjaan
Pendidikan mikrobiologi ditingkat S1 tidak sampai pada pendidikan saat rotasi klinik, karena
memang SpMK belum berperan pada tingkat itu. Pendidikan mikrobiologi harus melampaui apa
yang kita sebut sebagai academic achievement kepada clinical outcome dan resources utilization.
Pendidikan SpMK harus mampu memenuhi kebutuhan klinis yang sangat tinggi; baik dari sisi kualitas
maupun kuantitas. Meski keberadaan SpMK di Rumah Sakit sudah didukung oleh landasan hukum
HK.00.06.3.3 Tahun 1998 tentang Pedoman Pengelolaan Laboratorium Klinik RS bahwa Rumah Sakit
tipe A dan B pendidikan (rumah sakit yang berkolaborasi dengan fakultas kedokteran) dan non
pendidikan wajib memiliki instalasi mikrobiologi klinik yang dikelola dokter spesialis mikrobiologi
1. Antibiotics stewarship
resiko dampak yang tidak diinginkan (termasuk timbulnya resistensi antimikroba) dan meningkatkan
umumnya memerlukan strategi pada semua tingkat mulai dari peresepan di bangsal, departemen,
penggunaan obat anti infeksi. Program antimicrobial stewardship harus multidisiplin dan harus
melibatkan dokter ahli penyakit infeksi, farmasi klinik penyakit infeksi, dimana keduanya harus
nekerja bersama-sama. Anggota tim tambahan harus melibatkan adanya ahli mikrobiologi, analis
data dan representasi dari departemen pengontrolan infeksi. Ada berbagai macam strategi program
namun secara sederhana dapat disimpulkan menjadi 2 hal yaitu: autorisasi awal (prior authorization)
dan kajian berkesinambungan( concurrent review) dengan disertai feedback. Mengapa strategi
program multidisiplin ini penting? Carling, dkk menunjukkan bahwa diantara Rumah Sakit yang
serupa dalam pelayanan, hanya Rumah Sakit yang menggunakan program Intervensi prospektif
dapat, secara signifikan, mempengaruhi pola penggunaan antibiotik parenteral dan biaya yang
dikeluarkan untuk antibiotik, hal ini sangat berbeda dengan Rumah Sakit yang hanya mengandalkan
strategi pasif saja. Intervensi ini berperan sebagai “alat” untuk memperkuat kedua strategi utama
dan dapat termasuk dalam penghentian pesanan (order), formulis pemesanan antibiotik,
formularium tertutup, pelaporan kepekaan selektif, sesi edukasi, dan membatasi aktivitas promosi
industry farmasi. Hasil akhir (outcomes) dan metode implementasi untuk program antimicrobial
Page | 13
stewardship telah secara luas menjadi bahan kajian di mana-mana. Singkatnya, program ini telah
terbukti dalam menurunkan penggunaan antibiotik yang tidak tepat, mengurangi biaya dan
meningkatkan keselamatan pasien (patient safety); bahkan pada beberapa tempat telah
Contoh evaluasi pendekatan programatik ini adalah dalam menilai imbas (impact) dari program
2. 2 farmasi
Intervensi mencakup:
2. memperlengkapi para klinisi dengan feedback berdasarkan data yang sudah terkumpul
3. dan secara verbal berkomunikasi dengan para klinisi yang meresepkan, mengenai pemesanan
baru Cephalosporine generasi ke tiga dan Carbapenem, yang difokuskan pada pemilihan
antimikroba dan potensi terjadinya resistensi terhadap Cephalosporine generasi ketiga dan
resistant S. aureus). Dan sebagai tambahan lain, P. aeruginosa yang resistant terhadap Carbapenem
menurun sampai nol. Penurunan ini sangat berkaitan dengan penurunan penggunaan Carbapenem
terus menerus.
Komite gabungan dari Society for Healtcare Epidemiology of America dan Infectious Disease
Society of America telah mengembangkan satu set rekomendasi untuk mencegah dan mengurangi
1. Rumah Sakit harus memiliki system monitor resistensi antimikroba baik untuk isolate
Rumah Sakit dan tempat pasien) sebulan sekali atau seberapa seringnya disesuaikan dengan
2. Pihak Rumah Sakit atau bagian yang melayani peresepan, harus memonitor penggnaan
antimikroba sebulan sekali atau disesuaikan dengan jumlah peresepan yang diterima.
3. Pihak Rumah Sakit harus memonitor hubungan antara penggunaan antimikroba dengan
4. Rumah Sakit harus menerapkan kewaspadaan kontak (contact precautions) untuk pasien-pasien
tertentu yang diketahui mengalami kolonisasi atau terinfeksi dengan mikroorganisme penting
program antimicrobial stewardship yang tentunya disertai dengan dukungan dari pihak manajemen
Laboratorium selalu tidak merasa menjadi aktor utama sebagai pemimpin seluruh peran
kesuksesan Rumah Sakit dalam rangka memfasilitasi pergeseran paradigma dalam Antimicrobial
Stewardship. Semakin banyak data klinis dan data laboratorium yang tersedia , semakin sempit
dipakainya antimikroba spektrum luas pada pasien yang memerlukan terapi utama segera.
Penggunaan diagnostik cepat harus terintegrasi dalam laboratorium sehingga hasilnya dapat
lebih cepat disampaikan pada klinisi yang merawat pasien yang akhirnya dapat memfasilitasi
Data mikrobiologi yang akurat perlu dihasilkan dengan cepat, disebarluaskan, diinterpretasikan
dan dijalankan oleh tim pelayanan kesehatan yang terintegrasi akan membentuk kombinasi antara
diagnostic cepat dengan Antimicrobial Stewardship yang berguna sebagai Pedoman Terapi
Rekomendasi Pedoman Terapi Empiris yang ada sebagai berikut adalah untuk membantu lebih
rasional dalam memilih antimikroba yang berdasarkan pada sebagian besar patogen penyebab
infeksi dan pola kepekaan patogen yang spesifik pada institusi tersebut.
Guidelines atau Pedoman digunakan sebagai alat pada awal pengelolaan pasien infeksi, yang
bukan berarti menggantikan keputusan klinis pada tiap kasus khusus. Selanjutnya terapi harus sudah
dimodifikasi berdasarkan pada status klinis pasien dan jika sudah ada data mikrobiologi.
Page | 16
Pedoman yang ada bukan berarti menggantikan konsultasi pada ahli penyakit infeksi. Konsultasi
harus terus berlanjut dengan melakukan kontak atau hubungan, serta mengajukan beberapa
Antibiogram atau pola kepekaan antimikroba suatu Rumah sakit akan memberikan arti penting
dalam Pedoman terapi empiris dan dapat digunakan untuk melacak timbulnya bakteri resisten pada
isolate nosokomial.
Konsensus Pedoman Terapi Empiris telah dikembangkan oleh Clinical and Laboratory Standars
Institute karena terdapat berbagai variasi dalam membentuk antibiogram Rumah Sakit dengan
menggunakan metode standar. Antibiogram ini umumnya digunakan untuk membantu Pedoman
Terapi Empiris Antimikrobial dan merupakan komponen penting untuk mendeteksi dan memonitor
menentukan kebijakan penggunaan antimikroba pada multispesialis dan pusat pelayanan kesehatan
tersier. Hal ini akan dapat menurunkan resistensi antimikroba. Sangat penting untuk melaksanakan
program Antimikroba Stewardship sebagai usaha yang terus-menerus untuk optimasi penggunaan
antimikroba pada pasien rawat inap sehingga memberikan perbaikan outcome, biaya terapi yang
murah dan menurunkan efek yang tidak diinginkan dalam penggunaan antimikroba (timbulnya
resistensi antimikroba)
Pedoman praktis klinik untuk meningkatkan penggunaan antimikroba yang rasional dengan peran
dari farmasi klinik sebagai penasihat terapi obat. Pada usaha kombinasi ini didapatkan dampak
positip dalam perkembangan dan penerapan Pedoman lokal, khususnya ketika diperkuat oleh
farmasi klinik. Sehingga ntuk membuat Pedoman Terapi diperlukan kolaborasi antara :
1. Laboratorium Mikrobiologi yang ditunjang oleh kecepatan pemeriksaan diagnostic, data pola
Page | 17
kepekaan antimikroba, hasil pemeriksaan disebarluaskan, diinterpretasikan dan dilaksanakan
2. Klinisi yang merawat pasien diharapkan dapat memperbaiki komunikasi dengan laboratorium,
4. Ahli penyakit infeksi sebagai konsultan penerapan penggunaan antimikroba yang rasional
Pelaksanaan Pedoman Terapi ini diharapkan agar antimicrobial digunakan secara bijaksana (pada
kasus tertentu dapat menggunakan antimikroba spectrum luas tetapi setelah didapatkan data
mikrobiologi harus segera dirubah menggunakan antimikroba yang lebih sempit) sehingga dapat
memberikan perbaikan outcome pasien yang terbaik, menurunkan resiko dampak yang tidak
Fokus pada peningkatan peranan klinis SpMK di RS, SpMK memiliki peran yang penting dalam
penggunaan antibiotika dan pencegahan infeksi di RS. Organisasi profesi (PAMKI) sudah seharusnya
memulai dan merintis jalan bagi anggotanya untuk berkarya sebagai klinisi diluar tanggung jawabnya
sebagai akademisi. Ilmu mikrobiologi bukan hanya ilmu akademik tetapi juga ilmu diagnosis infeksi,
penatalaksanaan dan pencegahan infeksi. Keahliah mikrobiologi klinik yang diaplikasikan di RS harus
segera dimulai di RSUPN Cipto Mangunkusumo sebagai pusat acuan nasional, dimulai oleh dan dari
(Dikutip dan dikembangkan apa yang pernah diutarakan Prof Verbrugh dalam kunjungan ke RSCM
Februari 2009 lalu, There is no way somebody else to fight for you, you must fight to increase
patient safety through professional body of clinical microbiologist in Indonesia, which I know is
PAMKI )
Referensi
5. Morgan MS. Perceptions of a medical microbiology service: a survey of laboratory users. J Clin
Pathol 1995;48:915-8
6. The Royal College of Pathologist. Curriculum for specialty training in medical microbiology and
virology. January 2007
7. Barenfanger J, Bente J, Havener G. Optimal Performance for Clinical Microbiologist and their
interaction with Infection Control Staff. In: Clinical Microbiology Newsletter. Vol.31, issue 2,