BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar belakang

Virus merupakan ‘mahluk-mahluk halus’ yang merupakan mikroba atau

mikroorganisme sebagai penyebab penyakit infeksi, yang berhasil dideteksi oleh para ahli
Mikrobiologi Kedokteran karena mempunyai tanggung jawab secara profesional untuk
melakukan tindakan pencegahan penyebaran dan penanggulangannya. Mikrobiologi
Kedokteran sangat berperan dalam penanganan penyakit infeksi terutama untuk mengetahui
penyebab infeksinya sehingga mudah diketahui berbagai cara penanggulangannya baik yang
terjadi di komunitas maupun dirumah sakit. Mikrobiologi kedokteran dalam pelayanan medis
di klinik, selanjutnya disebut Mikrobiologi Klinik, berperan pada semua tahap proses medis,
mulai tahap pengkajian, tahap analisis dan penegakan diagnosis klinik, penyusunan
rancangan intervensi medis, implementasi rancangan intervensi medis, sampai dengan tahap
evaluasi, dan penetapan tindak lanjut.

Mikrobiologi Klinik adalah suatu cabang Ilmu Kedokteran Medik yang

memanfaatkan kompentensi di bidang Kedokteran Umum dan Mikrobiologi Kedokteran
untuk bersama-sama klinisi terkait melaksanakan tindakan surveilans, pencegahan dan
pengobatan penyakit infeksi serta secara aktif melaksanakan tindakan pengendalian infeksi di
lingkungan rumah sakit, fasilitas pelayananan kesehatan lain maupun masyarakat.

Sesuai dengan namanya, Mikrobiologi Klinik merupakan salah satu cabang ilmu
kedokteran yang berfungsi menjembatani laboratory science, khususnya mikrobiologi medik,
dengan clinical sciences, khususnya yang berkaitan dengan manajemen infeksi. Pada
pelayanan/asuhan medis dalam menghadapi masalah medis yang berhubungan dengan
infeksi, diagnosis rasional dan bijak apabila analisis data dan informasi hasil pengkajian
menggunakan landasan teori dan konsep mikrobiologi kedokteran, terutama kepentingannya
dalam merancang alternatif tindakan dan terapi antibiotik pilihan (educated-guess). Dengan
bertambah jelasnya bidang garapan mikrobiologi klinik dalam menghadapi masalah medis,
maka bertambah jelas pula macam dan lingkup perannya dalam mengidentifikasi dan
menyelesaikan masalah medis yang berhubungan dengan penyakit infeksi, baik pengetahuan
ilmiah maupun cara-cara pemeriksaan bakteriologi, virologi, mikologi, dan
serologi/imunologi, yang sangat berperan dalam proses medis dan pengambilan keputusan
medis.

Dalam meningkatkan perkembangan pelayanan dan asuhan medis di masa mendatang,

di mana penyakit infeksi masih merupakan salah satu masalah kesehatan yang dihadapi oleh
masyarakat di Indonesia, maka mikrobiologi klinik dituntut secara terus menerus
mengembangkan cara-cara pemeriksaan mikrobiologi dan konsultasi dengan validitas tinggi
dalam rangka meningkatkan kualitas pengelolaan penyakit infeksi. Resistensi bakteri
1
terhadap antimikroba (disingkat : resistensi antimikroba) telah menjadi masalah kesehatan
yang mendunia, karena menyulitkan terapi penderita dengan antibiotik pada penyakit infeksi
sebagai dampak yang merugikan karena dapat menurunkan mutu pelayanan kesehatan. Data
pola keseluruhan penggunaan antibiotik di dalam rumah sakit telah terlihat dalam
kepustakaan selama lebih dari satu dekade. Umumnya data tersebut menunjukkan bahwa
seperempat sampai sepertiga populasi yang dirawat di rumah sakit telah menerima antibiotik
sistemik.

1.2 Rumusan masalah

1. Bagaimana peran laboratorium mikrobiologi klinik ?

2. Apa tujuan mikrobiologi klinik ?

3. Bagaimana cara pemeriksaan mikrobiologi klinik

4. Bagaimana aplikasi bakteri dalam bidang pangan ?

5. Bagaimana aplikasi bakteri dalam bidang lingkungan ?

1.3 Tujuan

1. Untuk mengetahui peran laboratorium mikrobiologi klinik

2. Untuk mengetahui identifikasi suatu bakteri dalam sel tubuh mahlukhidup

3. Untuk mengetahui bakteri dalam bidang pangan

4. Untuk mengetahui bakteri dalam bidang lingkungan

BAB II

PEMBAHASAN
2
2.1. Peran Laboratorium Mikrobiologi Klinik

Dalam aplikasi pelayanan mikrobiologi klinik, pihak laboratorium sedapat

mungkin mengusahakan untuk mengetahui sebanyak mungkin tentang bahan specimen
atau material klinik yang akan diperiksa. Misalnya, apa diagnosis penyakitnya atau
diagnosis sementaranya, bagaimana pemilihan jenis dan jumlah spesimen, hal ini
memerlukan pengetahuan mengenai patofisiologi atau patogenesis secara molekuler dan
imunologi penyakit infeksi, kemudian bagaimana cara transportasi spesimen, kapan
spesimen diambil dari penderita dan bagaimana riwayat pengobatan sebelumnya dan
sekarang.

2.2. Tujuan Pokok Laboratorium Mikrobiologi

Laboratorium Mikrobiologi mempunyai tujuan pokok dalam pelayanan laboratorium,

yaitu memperoleh kualitas hasil pemeriksaan yang optimal. Para petugas harus
menyadari tentang apa yang dibutuhkan dari hasil pemeriksaan untuk dapat menolong
penderita. Jawaban yang tidak adekuat merupakan hasil yang buruk, tetapi jawaban yang
berlebihan dapat merupakan pemborosan. Dalam hal ini harus ada komunikasi dua arah
yang baik antara klinik dan laboratorium untuk dapat memberikan pelayanan sebaik-
baiknya.

Laboratorium harus mampu mempertahankan kualitas sejak bahan diambil dari

penderita, apakah tepat waktunya, apakah cukup jumlahnya, apakah memenuhi syarat
untuk diperiksa. Apabila terdapat kekurangan-kekurangan pada kondisi/kualitas
spesimen supaya segera dikomunikasikan dengan klinik. Karena pada umumnya hasil
pemeriksaan yang sering diperoleh dari laboratorium tidak mencerminkan bakteri
patogen sebagai penyebab infeksi melainkan merupakan kontaminasi dari flora normal
yang sifatnya endogen dan mikroba dari lingkungan.

Kendala yang timbul dalam tatalaksana operasional adalah bahwa kualitas

pemeriksaan dapat dipengaruhi oleh beberapa hal yakni, spesimen salah, kesalahan
dalam pengambilan spesimen penyimpanan dan transportasi, pengolahan dan
identifikasi, kesalahan pada metoda atua alat 11 yang dipergunakan, kesalahan oleh

3
 tenaga laboratorium, kesalahan dalam membaca hasil dan menulis laporan atau dalam
interpretasi hasil. Untuk meningkatkan mutu pelayanan laboratorium selain validitas
hasil seperti tersebut di atas maka yang perlu diperhatikan lagi adalah kecepatan hasil,
sehingga klinisi dapat segera memberikan tindakan dan terapi secara tepat dan tepat
kepada penderita, dan akhirnya dapat memberikan pelayanan kesehatan paripurna.

2.3. Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik

Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik berperan dalam seluruh tahapan asuhan/pelayanan

medis yang berhubungan dengan tatalaksana perawatan/ pengobatan penderita penyakit
infeksi yang meliputi :

Diagnosis Penyakit Infeksi

a. Tahap Penapisan :

1. Langsung : Leptospirosis, Lues,. dsb.

2. Pengecatan: Dipteri, Tuberkulosis, Leptospirosis, Gas gangren, Gonorrhoe,

Tetanus, Sifilis, Mikosis, dsb.

b. Tahap Diagnostik :

1. Kultur dan Tes Resistensi

2. Tes Imuno-Serologi : Demam Tifoid, Sifilis, Demam Berdarah Dengue, AIDS,

TORCH, SARS, Avian Flu dsb.

3. Tes Mikrobiologi Molekuler: TBC, Avian Flu, SARS

c. Pengelolaan penderita (monitoring)/tindak lanjut. (hasil terapi antibiotik)

d. Pemeriksaan lanjutan Kultur dan Tes Resistensi

e. Screening donor darah

Tes Serologi : Sifilis, AIDS, Malaria, Demam, Tifoid., dan Hepatitis B

Penerapan Biosafety (Keamanan Hayati) Dalam Laboratorium.

Mengacu pada Keputusan Menteri Kesehatan No.1244/Menkes/XII/1994 tentang :

Pedoman Keamanan Laboratorium Mikrobiologi dan Biomedis.

4
 Dengan bertambah jelasnya bidang garapan mikrobiologi klinik dalam menghadapi
masalah medis, maka bertambah jelas pula macam dan lingkup perannya dalam
mengidentifikasi dan menyelesaikan masalah medis yang berhubungan dengan penyakit
infeksi, baik pengetahuan ilmiah maupun cara-cara pemeriksaan bakteriologi, virologi,
mikologi, dan serologi / imunologi, yang sangat berperan dalam proses medis dan
pengambilan keputusan medis.

Resistensi kuman terhadap antibiotik, terlebih lagi multidrug resistance merupakan

masalah yang sulit diatasi dalam pengobatan pasien. Hal ini muncul sebagai akibat
pemakaian antibiotik yang kurang tepat dosis, macam dan lama pemberian sehingga
kuman berubah menjadi resisten. Antibiotik seharusnya hanya diberikan kepada pasien
dengan diagosis infeksi bakteri yang sudah ditegakan. Apabila bukan infeksi bakteri
tetapi infeksi virus atau persangkaan klinis nampaknya bukan suatu infeksi bakterial
dianjurkan jangan diberi antibiotika. Kadangkala untuk menegakan diagnosis adanya
infeksi, memerlukan berbagai pemeriksaan laboratorium pendukung. Pemeriksan
mikrobiologi klinik memungkinkan untuk mengetahui kuman penyebab infeksi beserta
gambaran pola kepekaan kuman terhadap antibiotik, sehingga akan membantu klinisi
dalam pemilihan antibiotika. Hanya saja untuk pemeriksan sampai indentifikasi spesies
dan gambaran antibiogram memerlukan waktu antara 3 – 4 hari, sementara itu
pemberian antibiotik kepada pasien tidak dapat ditunda. Dalam keadaan seperti ini maka
pemilihan antibiotik secara educated guess sangat penting berdasarkan gambaran pola
kepekaan kuman setempat.

2.4 Aplikasi mikrobiologi dalam bidang pangan

Peranan Bakteri Dalam Bidang Pangan

5
 Terdapat beberapa kelompok bakteri yang mampu melakukan proses fermentasi dan
hal ini telah banyak diterapkan pada pengolahan berbagi jenis makanan.
Bahan pangan yang telah difermentasi pada umumnya akan memiliki masa simpan yang
lebih lama, juga dapat meningkatkan atau bahkan memberikan cita rasa baru dan unik
pada makanan tersebut.

Beberapa makanan hasil fermentasi dan mikroorganisme yang berperan:

Nama produk atau

No. Bahan baku Bakteri yang berperan
makanan
Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus
1. Yoghurt Susu
thermophilus
2. Mentega Susu Streptococcus lactis
3. Terasi Ikan Lactobacillus sp.
4. Asinan buah-buahan buah-buahan Lactobacillus sp.
5. Sosis Daging Pediococcus cerevisiae
Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus
6. Kefir Susu
lactis

Berikut beberapa peranan bakteri dalam bidang pangan:

1. rhizopus oryzae berperan dalam pembuatan tempe.
2. 2.aspergillus wentii/ aspergillus sojae berperan dalam pembuatan kecap.
3. lactobacillus sp. berperan dalam pembuatan terasi.
4. pediococcus cerevisiae berperan dalam pembuatan sosis.
5. neurospora sithopila berperan dalam pembuatan oncom
karena menghasilkan warna merah dan orange.
6. saccaromyces cerevisiae berperan dalam pembuatan roti dan tape.
7. accetobacter xylinum berperan dalam pembuatan nata de koko.
8. saccaromyces tuac berperan dalam pembuatan tuak
9. saccaromyces ellipsoideus berperan dalam fermentasi buah anggur menjadi minuman
anggur.
10. aspergillus oryzae/ aspergillus nigerberperan dalam merombak zat pati dalam
pembuatan minuman beralkohol.
11. leuconostoc mesenteriodes/lactobacillus planterum berperan dalam memfermentasi
kubis menjadi asinan kubis.
6
 12. saccaromyces rouxii/lactobacillus delbrueckii berperan dalam pembuatan miso.
13.bacillus substilis berperan dalam pembuatan sirup dan gula cair.
13. lactobacillus casei/S. cremoris berperan dalam pembuatan keju.
14. streptococus lactis berperan dalam pembuatan mentega.
15. lactobacillus bulgaricus/ streptococus thermophilus berperan dalam pembuatan
yagurt.
Penghasil barang atau produk dalam bidang industri antara lain :
1. Corynobacterium glutamicumberperan untuj memproduksi asam glutamat. Asam
glutamat digunakan sebagai pembuatan monosodium glutamat (MSG).
2. 2.Aspergillus niger berperan sebagai penghasil asam sitrat.
3. Pseudomonas sp. dan propionibacterium sp. berperan sebagai penghasil vitamin B12.
4. Ashbya gossypii berperan sebagai penghasil riboflavin.
4. Leuconostoc mesenteroides berperan sebagai penghasil sukrose
5. Saccaromyces fragilis berperan sebagai penghasil lactase.

2.5 Aplikasi mikrobiologi dalam bidang lingkungan

Bioremediasi

Bioremediasi merupakan pengembangan dari bioteknologi lingkungan dengan

memanfaatkan proses biologi dalam mengendalikan pencemaran. Sebagai contoh,
mikroorganisme dapat digunakan untuk membersihkan polutan berupa deterjen. Deterjen
merupakan produk industri yang banyak digunakan dalam kehidupan sehari-hari. Di
pasaran, deterjen yang beredar mengandung bahan aktif Linear Alkilbenzene Sulfonate
(LAS). LAS termasuk deterjen golongan sulfonat (SO3-) yang memiliki rantai alkil lurus
panjang. LAS dapat terakumulasi di dalam air. Keberadaan senyawa tersebut dalam
konsentrasi tinggi dapat merusak ekosistem, yaitu mengganggu pertumbuhan mikroba
tanah dan menghambat pertukaran oksigen di dalam air. LAS dapat didegradasi menjadi
senyawa yang lebih sederhana yang tidak berbahaya bagi lingkungan perairan dilakukan
oleh konsorsium mikroorganisme Alcaligenes, Aquaspirillum dan Oceanospirillum.

Bioremediasi menggunakan mikroorganisme juga dapat diterapkan pada tanah yang

tercemar limbah minyak bumi yaitu hidrokarbon. Tanah yang tercemar limbah
hidrokarbon berbahaya bagi lingkungan karena senyawa hidrokarbon bersifat toksik dan
karsinogenik. Mikroorganisme yang umum digunakan dalam adalah bakteri
7
 hidrokarbonoklastik yang memiliki kemampuan mendegradasi senyawa hidrokarbon
yang terdapat dalam limbah. Contoh bakteri pendegradasi yang dapat digunakan yaitu
Acinetobacter baumannii, Alcaligenes eutrophus, Methylococcus capsulatus,
Pseudomonas diminuta, Xanthomonas albilineans, Bacillus cereus dan Flavobacterium
branchiophiia.

BAB III
PENUTUP

3.1 KESIMPULAN

1. Perkembangan mikroba atau jasad renik yang resistan atau kebal terhaap antibiotik
yang sering digunakan untuk pengobatan infeksi, telah menjadi masalah besar
didalam pelayanan kesehatan dirumah sakit maupun di masyarakat. Bersamaan
dengan berkembangnya penyakit baru akhir-akhir ini, ramai dipublikasikan adanya
bentuk baru evolusi kuman yang sulit ditanggulangi dengan obat antibiotik yang biasa
8
 dipergunakan untuk pengobatan, yang kemudian disebut sebagai “Superbugs” atau
“Killerbugs” atau “Killer Microbes” (ESBL/Extended Spectrum Beta Lactamases).

2. Pada penderita dengan penyakit infeksi yang disebabkan bakteri resistan antibiotik,
akan menyebabkan penyakit makin berat, makin lamanya masa sakit dan lebih lama
tingga di rumah sakit bagi penderita yang dirawat, juga menyebabkan gejala sisa atau
sequelae yang lebih besar, meningkatnya angka kematian/mortalitas, serta biaya
pengobatan yang meningkat karena makin mahalnya obat pilihan alternatif.
Sebaliknya peningkatan resistensi juga dipengaruhi pengobatan dengan antibiotik itu
sendiri, antara lain dimungkinkannya prosedur operasi yang lama dan banyak
komplikasi pada penderita immunosupresi, usia lanjut atau penderita yang sakit berat;
dapat dilakukan transplantasi; dan dapat digunakannya peralatan dan alat bantu yang
kompleks.

Berdasarkan berbagai ilustrasi permasalahan dalam penanganan penyakit infeksi saat ini
maka:

1. Mengupayakan agar setiap rumah sakit mempunyai pelayanan laboratorium

mikrobiologi klinik sesuai dengan kelas rumah sakit yang bersangkutan (Kelas A,B,C,
dan Khusus).

2. Menyelenggarakan pelayanan mikrobiologi klinik yang bermutu berdasarkan standar

baku dan menjalankan quality assurance.

3. Melaksanakan surveilans bakteri penyebab infeksi dan pola kepekaan bakteri terhadap
antibiotik secara berkala dan dilaporkan setiap 6 bulan kepada semua pihak terkait.
Apabila ada Kejadian Luar Biasa (KLB / out-break) harus segera dilaporkan.

4. Mengupayakan agar rumah sakit sesuai dengan kelasnya, mengembangkan dan

membina sumber daya manusia serta melengkapi fasilitas agar laboratorium
mikrobiologi mampu melaksanakan pemeriksaan canggih misalnya “molecular
typing”, untuk menunjang penelitian epidemiologis seperti pada Kejadian Luar Biasa..

Para dokter spesialis mikrobiologi klinik aktif terlibat dalam Komite Farmasi dan
Terapi, Komite Pengendalian Infeksi, serta aktif terlibat dalam pengelolaan pasien
dengan penyakit infeksi di setiap unit pelayanan.

3. Peranan bakteri dalam bidang pangan: rhizopus oryzae berperan dalam pembuatan
tempe. aspergillus wentii/ aspergillus sojae berperan dalam pembuatan kecap.
lactobacillus sp. berperan dalam pembuatan terasi. pediococcus cerevisiae berperan
dalam pembuatan sosis.neurospora sithopila berperan dalam pembuatan oncom
9
 karena menghasilkan warna merah dan orange. saccaromyces cerevisiae berperan
dalam pembuatan roti dan tape. accetobacter xylinum berperan dalam pembuatan nata
de koko.

4. Bioremediasi merupakan pengembangan dari bioteknologi lingkungan dengan

memanfaatkan proses biologi dalam mengendalikan pencemaran. Sebagai contoh,
mikroorganisme dapat digunakan untuk membersihkan polutan berupa deterjen.
Deterjen merupakan produk industri yang banyak digunakan dalam kehidupan sehari-
hari.

10
 Daftar pustaka

Adam, M. 2000. Mikro Biologi Dasar. Jakarta: Erlangga

Rusdimin. 2003. Mikrobiologi Dasar Dalam Praktek. Jakarta: PT Gramedia
Suryawiriya. 2005. Pengantar Mikrobiologi. Jakarta: UGM Press
Anonymous. 2010. http://wwwscribe.com./doc/403051141. Jenis jenis Pemindahan Mikroba
(Diakses tanggal 25 november 2010

11