PROSIDING
Seminar Nasional Mikrobiologi
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya
Mikroba Tropika Indonesia”
Tim Reviewer :
Dr. Agna Sulis Krave
Dr. Rully Adi Nugroho
Dr. V. Irene Meitiniarti
Dra. Lusiawati Dewi, M.Sc
Editor
Dra. Susanti Pudji Hastuti, M.Sc
Slamet Basuki
Alamat Redaksi :
Fakultas Biologi
Universitas Kristen Satya Wacana
Jl. Diponegoro 52 – 60, Salatiga 50711
Telp. (0298) 326362, 321212 Ext. 323
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur ke hadirat Bapa atas segala anugrah dan karunianya yang telah
memberi kita kesempatan dan kemampuan untuk menyelenggarakan Seminar Nasional
Mikrobiologi: “Keanekaragaman dan Pemanfaatan Mikroba Tropika Indonesia” pada
hari/tanggal : Selasa 24 Juni 2014 di kampus Universitas Kristen Satya Wacana,
Salatiga.
Semnas mikrobiologi ini berangkat dari dugaan bahwa lingkungan tropika
Indonesia yang lembab dan hangat menyimpan megadiversitas mikroba yang tinggi,
tetapi pengkajian terhadap keanekaragaman dan pemanfaatan dari sumberdaya hayati
ini masih sangat terbatas. Dugaan tersebut juga telah memunculkan pesimisme panitia
akan minimnya para mikrobiologiawan/wati Indonesia untuk dapat menyampakan
gagasan dan hasil penelitiannya dalam seminar ini. Puji syukur bahwa dugaan tentang
masih terbatasnya pengkajian terhadap keanekaragaman dan pemanfaatan sumberdaya
mikroba tropika Indonesa tidaklah sepenuhnya benar karena ternyata panitia telah
menerima lebih dari 30 makalah hasil penelitian maupun gagasan dari berbagai lembaga
dan pusat penelitian, serta perguruan tinggi swasta dan negeri dari berbagai propinsi.
Namun demi menjaga relevansi makalah dengan tema seminar, panitia hanya
meloloskan 23 makalah hasil penelitian untuk dapat dipresentasikan. Hal menarik yang
patut dicatat juga adalah bahwa sebagian besar dari makalah dipresentasikan oleh para
peneliti muda dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI). Semnas mikrobiologi
ini juga menghadirkan dua pembicara utama, yaitu : i) Prof. Ir. Antonius Suwanto,
M.Sc.,Ph.D (IPB) memaparkan gagasan dan penelitiannya dengan judul Mikrobiom
Manusia dan Pangan Fermentasi, Analisis Metagenom dan Nutrigenomik Tempe
Indonesia dan ii). Prof. drh. Widya Asmara, SU., Ph.D (UGM) dengan judul Diversitas
Genetik Virus Avian Influenza dan Kelompok Terkait. Para peserta aktif maupun pasif
mampu merekam semua konsep, gagasan, pemikiran dan diskusi yang muncul di sesi
utama dan paralel, sehingga dapat dijadikan loloh balik untuk perbaikan
penyelenggaraan seminar dengan topik yang relevan pada masa mendatang.
Panitia menyampaikan terimakasih yang tak terhingga kepada kedua pembicara
utama, para pemakalah dan peserta atas kehadiran dan partisipasi aktifnya dalam
seminar ini. Ucapan terima kasih juga kami sampaikan kepada Prof. Dr. John A. Titaley
selaku rektor UKSW, Dr. Rully Adi Nugroho, M.Sc, para sponsor, dan segenap sivitas
prodi S1-Biologi UKSW yang telah memberi restu dan berbagai fasilitas sehingga
semnas mikrobiologi ini dapat terselenggara dengan baik.
Akhir kata, sebagai bentuk akhir dari proses pertanggungjawaban seminar ini,
maka prosiding segera diterbitkan. Atas nama panitia, mohon maaf apabila ada
pelayanan kami yang tidak berkenan.
i
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
SAMBUTAN DEKAN
Selamat pagi dan salam sejahtera bagi kita semua.
Pertama-tama, marilah kita panjatkan puji syukur ke hadirat Tuhan yang maha kuasa yang telah
memberikan berkat dan kesempatan bagi kita untuk mengikuti Seminar Nasional Mikrobiologi dengan
tema "Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumber Daya Mikroba Tropika Indonesia" yang
diselenggarakan oleh program studi Biologi, Fakultas Biologi, Universitas Kristen Satya Wacana.
Kedua, perkenankanlah saya menyampaikan penghargaan dan terima kasih kepada ketua panitia
dan timnya yang telah mempersiapkan terselenggaranya seminar nasional ini. Secara khusus
perkenankanlah saya mengucapkan terima kasih kepada Prof. Ir. Antonius Suwanto, M.Sc., PhD. (IPB),
dan Prof. drh. Widya Asmara, SU.,Ph.D (UGM) yang telah berkenan menjadi pembicara kunci pada
seminar nasional ini.
Sebagaimana kita ketahui, keanekaragaman hayati merupakan sumber daya penting bagi
pembangunan berkelanjutan. Tingginya keanekaragaman hayati tidak hanya menentukan stabilitas dari
fungsi-fungsi dan layanan lingkungan di berbagai ekosistem, tetapi sekaligus juga menunjukkan betapa
melimpahnya kekayaan plasma nutfah kepulauan Indonesia yang dapat dimanfaatkan untuk
meningkatkan kesejahteraan masyarakat. Berbagai kajian dan pemanfaatan keanekaragaman hayati telah
dilakukan, meskipun pengkajian masih terbatas pada eksplorasi potensi sumberdaya flora dan fauna.
Kepulauan Indonesia selain telah dikenal luas menyimpan megadiversitas untuk flora dan faunanya,
kondisi lingkungan tropika yang hangat dan lembab diduga juga sangat mendukung bagi terwujudnya
keanekaragaman mikroba yang tinggi. Kekayaan jenis mikroba memiliki nilai penting dalam menjaga
stabilitas fungsi-fungsi ekologis dan layanan lingkungan seperti penambatan nitrogen, siklus biogeokimia,
dan mineralisasi bahan organik atau anorganik. Keanekaragaman mikroba juga merupakan aset
fundamental dalam pemanfaatan sumberdaya mikroba dan genetiknya untuk berbagai bidang seperti
kesehatan, pertanian, industri, pangan dan energi. Hingga sekarang informasi mengenai keanekaragaman
mikroba di kepulauan Indonesia dan pemanfaatannya tergolong masih sangat terbatas.
Untuk itulah, seminar ini diselenggarakan sebagai forum untuk memaparkan gagasan dan hasil
penelitian yang relevan dengan kajian keanekaragaman mikroba lingkungan tropika Indonesia dan
pemanfaatannya dalam pemeliharaan kesehatan (health care), pertanian, pangan dan energi. Melalui
seminar nasional ini perkembangan terkini tentang kajian keanekaragaman mikroba lingkungan tropika
Indonesia dan pemanfaatannya dalam berbagai bidang diharapkan dapat diketahui.
Akhirnya, saya mengucapkan banyak terimakasih atas partisipasi dari pemakalah yang datang
dari berbagai kalangan dan wilayah Indonesia. Selamat datang di Salatiga, selamat datang di Seminar
Nasional Mikrobiologi 2014. Selamat berseminar, semoga apa yang disampaikan oleh pemakalah dan
peserta seminar akan menjadi sumbangan bagi kemajuan bangsa Indonesia.
ii
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
SUSUNAN ACARA
iii
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
DAFTAR ISI
Sambutan Ketua Panitia ……………………………………………………… i
Sambutan Dekan ................................................................................................ ii
Susunan Acara …………………………………….…….................................. iii
Daftar Isi ............................................................................................................. iv
Halaman
Bidang Ekologi dan Keanekaragaman Mikroba
v
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
PILIHAN ANTIMIKROBA TERHADAP BAKTERI RESISTEN
COTRIMOXAZOLE-AMOXICLAV-CIPROFLOXACIN
PADA URIN PANCAR TENGAH
Rasmaya Niruri 1, Tanasale J.D.2
1
Jurusan Farmasi, FMIPA, Universitas Udayana, Bali
2
Petri Bali, Bali
rasmaya@ yahoo.com
ABSTRAK
Cotrimoxazol (T), amoxiclav (A), dan ciprofloxacin (C) dapat digunakan pada terapi infeksi saluran
kemih (ISK), namun kepekaan terhadap obat tersebut dapat berubah. Riset ini bertujuan untuk
menentukan jumlah bakteri yang tidak peka terhadap T, A, dan/atau C (baik terhadap satu, dua, atau
ketiganya), dan mengetahui alternatif antimikroba yang peka pada mikroba tersebut. Sampel urin pancar
tengah (UPT) diambil dari pasien laki-laki dewasa. Clean-catch UPT dapat mengurangi jumlah
kontaminan pada sampel. Lima puluh sembilan dari 72 sampel adalah resisten, dengan mayoritas (52
spesimen) adalah gram negatif (GN) dan didominasi oleh Escherichia coli (21 sampel). Jumlah (n) yang
resisten (antimikroba - n bakteri) terhadap TAC, AC, TC, TA, C, A, dan T berturut-turut adalah 20, 12,
6, 2, 11, 6 dan 2 sampel. Imipenem (81%), amikasin (79%), meropenem (77%), gentamisin (62%), dan
cefepime (60%) memiliki sensitifitas terhadap lebih dari 60% bakteri GN. Amikasin dan linezolid peka
terhadap 6 dari 7 bakteri gram positif yang ditemukan. Berdasar penelitian ini, amikasin merupakan
pilihan utama untuk bakteri resisten T, A, dan/atau C.
55
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
teridentifikasi (pada 52 sampel), sedangkan terdapat bukti bahwa peningkatan
bakteri gram positif (GP) dijumpai pada 7 penggunaan AB tertentu berkorelasi dengan
sampel. peningkatan tingkat resistensi bakteri [13, 14,
16
Dari 52 GN, 21 diantaranya adalah E. ]. Pada orang lanjut usia dengan ISK, E.
coli dengan rincian jumlah yang resisten Coli cenderung tidak peka terhadap obat T.
terhadap antibiotik alternatif (AB) TAC, Hal ini kemungkinan karena konsumsi yang
AC, TC, dan C berturut-turut sebanyak 9, 5, luas pada golongan usia tersebut. Namun
2, dan 1 GN. E. coli merupakan salah satu faktor tersebut bukanlah faktor tunggal yang
bakteri yang paling sering terisolasi pada dapat menjelaskan penyebaran strain yang
ISK [3,10]. resisten. Di negara berkembang, anak-anak
yang tidak pernah diterapi dengan AB
Tabel 1. Jumlah GN-GP yang tidak peka apapun, ditemukan pula isolat E. Coli yang
terhadap jenis AB tertentu resisten [15]. Iklim tropis atau sub tropis,
Ketidakpekaan N % dikombinasi dengan higienitas yang rendah,
GN-GP terhadap AB merupakan kondisi yang baik untuk
TAC 20 34 penyebaran resisten GN enterik pada
AC 12 20 komunitas [16].
TC 6 10
TA 2 3
C 11 19
A 6 10 2. Uji Kepekaan AB
T 2 3
Total 59 100 Sensitivitas GN dan GP terhadap AB
ditampilkan pada Tabel 3.
56
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
Ofloxacin 7 13 - - Urinary Tract Infection Due to Gram
Piperacillin- 26 50 - - Negative Bacteria Resistant to
tazobactam Penicillin. Antimicrobial Agents And
Tetracycline 15 29 2 29 Chemotherapy. p. 800-02
Ticarcillin- 4 8 - - [5] Mehnert-kay S.A. 2005, Diagnosis and
clavulanic Management of Uncomplicated
acid Urinary Tract Infections. Am Fam
Tobramycin 28 54 3 43 Physician. 72, 451-6,458
Cotrimoxazol 16 31 5 71 [6] Radji M., Fauziah S., and Aribinuko N.
Ket: Huruf Tebal= n senstif ≥ 60% 2011. Antibiotic sensitivity pattern of
*= GN-GP resisten pada salah satu atau bacterial pathogens in the intensive care
lebih dari T, A, C unit of Fatmawati Hospital, Indonesia.
Asian Pac J Trop Biomed. 1, 39–42.
Agen yang peka terhadap lebih dari [7] Scottish Intercollegiate Guidelines
60% GN yaitu imipenem (I, 81%), amikasin Network. 2012. Management of
(AM, 79%), meropenem (M, 77%), suspected bacterial urinary tract
gentamisin (G, 62%), dan cefepime (CF, infection in adults. Available from
60%). Keduapuluh satu E.coli peka URL: http://www.sign.ac.uk
terhadap AM. Enam dari 7 GP yang [8] Wattal C., Goel N., Oberoi J.K., and
ditemukan peka terhadap AM dan linezolid Raveendran R. 2010. Datta organisms
(L). in tertiary care hospital in Delhi, India.
Amikasin dapat menjadi alternatif J. Assoc. Physicians India, 58, 32-6.
utama sebagai AB empiris untuk GN-GP [9] Shrestha R., Gyawali. N., and
resisten T, A, dan/ atau C. Battacharya S.K. 2013. Effect of
Urogenital Cleaning with Paper Soap
KESIMPULAN on Bacterial Contamination Rate While
Collecting Midstream Urine
Berdasar penelitian ini, 82% dari 72 Specimens. J Lab Physicians 5, 17–20.
sampel UPT pasien laki-laki dewasa yang [10]Samirah, Darwati, Windarti, dan
diperoleh menunjukkan ketidakpekaan Harjoeno 2007. Bacterial Pattern and
terhadap T, A, dan/ atau C; dan amikasin It’s Sensitivity in Patients Suffering
dapat menjadi pilihan utama baik untuk GN from Urinary Tract (Abstract). Clinical
maupun GP. Pathology and Medical Laboratory 12,
pp?
DAFTAR PUSTAKA [11]Mincey B.A., and Parkulo M.A. 2001.
Antibiotic Prescribing Practices in a
[1] Gibly R.L. 1998. Infections of The Teaching Clinic: Comparison of
Urinary Tract And Male Genitalia. In: Resident and Staff Physicians. Southern
Brillman JC, Quenzer RW (editors). Med. J. 94, 365 – 369
Infectious Disease in Emergency [12]Ngwai Y.B. 2010. Antimicrobial
Medicine. 2nd ed. Philadelphia: Susceptibility Of Escherichia Coli And
Lippincott-Raven; pp. 601–29. Other Coliforms Isolated From Urine
[2] Stamm W.E. 2005. Harrison's Principle Of Asymptomatic Students In Bayelsa
of Internal Medicine. 16th ed. USA: State, Nigeria. African Journal of
McGraw-Hill; Urinary T ract Infection Microbiology Research 5, 184-191.
and Pyelonephritis; pp. 1715–21. [13] Christiansen N., et al. 2011.
[3] Hryniewicz K. et. al. 2001. Antibiotic Fluoroquinolone Resistance
Susceptibility of Bacterial Strains Mechanism in Urinary Tract
Isolated from Urinary Tract Infections Pathogenic Escherichia coli Isolated
in Poland. Journal of Antimicrobial During Rapidly Increasing
Chemotherapy. 47, 773–780. Fluoroquinolone Consumption in Low-
Use Country (Abstract). Microb drug
resist. 3, 395-406.
[4] Martinelli R. 1981. Amoxicillin [14] Granizo J.J., Aguilar L., Casal J., Dal-
Clavulanic Acid in Treatment of Re R., and Baquero F. 2000.
57
Makalah Seminar Nasional Mikrobiologi – Fakultas Biologi, UKSW, Salatiga
“Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia”
===========================================================================
Streptococcus pyrogenes Resistance to
Erythromycin in Relation to Macrolide
Consumption in Spain (1986 - 1997). J.
Antimicrob. Chemother. 46, 959 – 964
[15] Lester S.C., et.al. 1990. The Carriage
Of Escherichia coli Resistant to
Antimicrobial Agents by Healthy
Children in Boston, in Caracas,
Venezuela, and in Qin Pu, China. N.
Engl. J. Med. 323, 285–9.
[16]Huovinen P. 1987. Trimethoprim
Resistance. Antimicrob Agents
Chemother. 31, 1451–6.
58