Peninggalan Megalitikum sebagian besar berhubungan dengan sistem kepercayaan. Hal ini menandakan pada saat itu manusia pra-aksara sudah mengenal sistem kepercayan. Peninggalan Megalitikum diantaranya:
1. Menhir merupakan tiang atau tugu batu yang dibuat untuk
menghormati roh nenek moyang. Daerah-daerah ditemukannya Menhir antara lain di Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Sumatera Selatan, Sulawesi Tengah, Kalimantan dan Bali.
2. Dolmen merupakan meja batu yang untuk menaruh sesaji. Di
beberapa tempat, Dolmen juga dijadikan sebagai peti mati. Hal ini didasarkan adanya temuan tulang belulang dan bekal di dalam Dolmen. Sebagai bekal orang yang meninggal disertakan benda-benda seperti periuk, tulang binatang.
3. Pundek Berundak adalah bangunan yang berfungsi sebagai
tempat pemujaan roh nenek moyang yang berupa batu tersusun secara bertingkat-tingkat. Di tempat punden berundak biasanya ditemukan juga Menhir. Punden berundak merupakan bangunan asli Indonesia. Bentuk candi merupakan bentuk akulturasi antara kebudayaan luar dengan seni arsitektur Indonesia, yakni punden berundak.
4. Arca terbuat dari batu yang berbentu patung manusia
maupun hewan. Arca bisanya digunakan untuk mengenang roh nenek moyang atau juga digunakan untuk pemujaan terhadap roh nenek moyang.
5. Kubur Batu berfungsi sebagai peti mayat. Kubur batu terbuat
dari lempengan batu yang disusun sedemikian rupa. Daerah yang banyak ditemukannya kubur batu adalah daerah Jawa Barat.
6. Sarkofagus menyerupai peti mayat atau keranda yang
berbentuk seperti lesung dengan tutup dibagian atasnya. Benda ini terbuat dari batu utuh. Adanya Sarkofagus menandakan kepercayaan bahwa orang yang meninggal perlu dikubur. Daerah yang banyak ditemukan Sarkofagus adalah Bali.
7. Waruga adalah kubur batu yang berbentuk kubus. Bentuknya
hampir sama dengan dolmen dan safkofagus, yaitu dibuat dari bahan batu utuh. Daerah yang banyak ditemukan Waruga adalah daerah Sulawesi Tengah dan Utara.