Metabolit primer

Metabolit sekunder
Biosintesis metabolit sekunder
Penggunaan metabolit sekunder

Metabolisme :Jumlah keseluruhan proses
fisiologi yang dilakukan tumbuhan dalam
perjuangan untuk hidup
Biosintesis :pembentukan zat kimia
tumbuhan
Proses metabolisme meliputi :absorpsi,
pemabrikan,digesi,pengangkutan,
penyimpanan,respirasi,asimilasi dan
eliminasi.

Anabolisme :proses yang bersifat pemabrikan
yg mencakup fotosintesis,nitrifikasi,sintesis
protein,lemak, karbohidrat,alkaloid,minyak
atsiri,resin
Katabolisme :Pembongkaran pada metabolisme
seperti respirasi, asimilasi.
Absorpsi ;proses bagaimana tumbuhan
mendapatkan bahan gubal untuk pemabrikan
banyak senyawa komplek adalah dari tanah,
udara dan matahari
Konstituen inert: pati,albumin,zat warna, dll
yang tidak mempunyai aktivitas farmakologi
yang jelas
Konstituen aktif: zat yang bertanggungjawab
thd efek pengobatan , dapat berupa zat
tunggal atau campuran yang tak perlu
dipisahkan.contohglikosida,terpenoid,steroid
Zat primer dan zat sekunder dibedakan
menurut cara pembentukannya.
Jenisnya meliputi :
polisakarida, protein, lemak
dan asam nukleat
Zat pembangun organisme
hidup yang fundamental atau
essensial
Proses dimana organisme hidup
mensintesis dan membongkar zat
tersebut supaya tetap hidup disebut
metabolisme primer.
Metabolisme primer semua organisme
sama meskipun secara genetik sangat
berbeda-beda.

PRIMARY METABOLITES
e.g., Citric Acid (part of Krebs Cycle of the
Tricarboxylic Acid (TCA) cycle)
SECONDARY METABOLITES
e.g., alkaloids, phenolics, terpenoids, oils, waxes

PRIMARY METABOLITES
Essential for the survival of an organism;
therefore generally universal in occurrence
SECONDARY METABOLITES
Perform non-vital functions; therefore not
universal in occurrence, and hence
taxonomically more useful



PHENOLICS
Compounds all
share the phenol
group, C
6
H
5
OH


FLAVONOIDS
subgroup of phenolics, all sharing the
flavonoid nucleus
adalah produk (komponen kimia)
dari metabolisme yang tidak
esensial untuk pertumbuhan
normal, perkembangan atau
reproduksi suatu organisme
sehingga dikatakan sebagai
sekunder.
Proses Pembentukan metabolit
sekunder
Tujuan pembentukannya belum
jelas
Metabolit sekunder adalah produk
detoksikasi dari timbunan metabolit yang
beracun dan tidak dapat dibuang dengan cara
lain. Hal ini sesuai dengan kenyataan bahwa
tumbuhan lebih banyak memproduksi
metabolit sekunder

Pendahuluan
Penyelidikan jalur biosintesis
Reaksi reaksi kimia dalam biosintesis
Jalur biosintesis
Jalur asetat
Jalur mevalonat
Jalur sikimat

Istilah biosintesis dan biogenesis mempunyai
arti yang sama yaitu pembentukan senyawa
alami oleh organisme hidup
istilah biosintesis diartikan sebagai
pembentukan molekul alami dari molekul lain
yang kurang rumit strukturnya dengan
melalui reaksi endoerganik. Reaksi tersebut
khas pada proses anabolik dalam
metabolisme sekunder.

Jalur biogenetik adalah urut-urutan reaksi
yang terjadi waktu suatu organisme
mensintesis substansi x dari molekul A.
Produk B,C,D . yang terbentuk dari A dalam
proses pembentukan menjadi senyawa X
disebut intermediet
Ada dua metode yang digunakan dalam
mempelajari fenomena alam, yaitu:
pengamatan langsung pada obyek yang
terlihat dalam fenomena tersebut dan
diusahakan sesedikit mungkin terjadinya
intervensi dengan lingkungan.
Membuat intervensi yang kuat untuk
memahami hubungan antara variable sampai
dengan memodifikasi system.
Dalam praktek beberapa molekul dari suatu
metabolit tertentu ditandai dengan
mengganti atom-atom tertentu dengan
isotop stabil atau isotop radioaktif lalu
diinjeksikan kedalam suatu tahap
metabolisme dari suatu sistem dengan tetap
menjaga keseimbangan dari organisme yang
sedang diamati
.Molekul yang ditandai (zat perunut)
berkelakuan seperti molekul alam karena
molekul tersebut membawa label, hasil
metabolismenya pun mudah dikenal (bila
atom terlabel tersebut tidak hilang).
Dengan cara ini dapat diikuti jalur
metabolisme dari molekul terlabel jadi
demikian juga halnya dengan jalur alaminya

Ada tiga hal perlu diperhatikan dalam mempelajari jalur
biogenetik :
-efek isotop kinetik primer adalah variasi dari kecepatan
reaksi yang disebabkan oleh pembentukan atau
pemutusan ikatan dengan isotop yang berbeda, misalnya
;pemutusan ikatan C-T sebagai ganti pemutusan ikatan C-
H..
efek isotop kinetik sekunder terlihat bila
atom yang disubstitusi oleh isotopnya
terletaknya didalam molekul berdekatan
dengan pusat reaksi tetapi tidak terlibat
dalam pemutusan dan pembentukan
ikatan.Efek sekunder tersebut biasanya
secara kuantitatif jauh lebih kecil daripada
efek primer.

-Reaksi enzimatik dapat dianggap sebagai
hasil dari dua langkah berturutan
;pembentukan suatu kompleks enzim-substrat
(ES) pada langkah pertama, sedang reaksi
antara substrat pada tempat aktif dari enzim
merupakan langkah kedua.Substitusi isotop
tidak akan merubah bentuk maupun polaritas
dari molekul dan menghasilkan variasi yang
minimal dalam keseimbangan:enzim + Substrat
=ES yang terutama tergantung dari kesesuaian
antara permukaan substrat dan tempat aktif
dari enzim
.Variasi yang terjadi kadang-kadang dapat
teramati dan tergantung dari efek kinetik
sekunder relatif terhadap kecepatan reaksi
asosiasi dan di asosiasi antara enzim dan
substrat.Dehidrogenase alkohol dari ragi
(YADH) yang mengkatalisis reaksi oksidasi
reduksi dari etanol-asetaldehida menunjukan
bahwa afinitas untuk CH3CD2OH agak lebih
besar daripada untuk CH3CH2OH dalam
pembentukan komplek enzim-substrat

Efek isotop dapat diabaikan dalam beberapa
uji kaji in vivo bila tidak penting terlibat
biosintesis dalam menentukan kesimpulan.
Hal ini berlaku untuk senyawa yang ditandai
hanya dengan satu nuklida pada posisi
khusus dari molekul atau bila meskipun
dipakai molekul pada posisis khusus dari
molekul yang ditandai pada beberapa tempat
hanya terjadi efek isotop sekunder, variasi
yang terjadi masih terdapat batas kesalahan
uji kaji
Tahap-tahap dalam mempelajari biogenetika
dari senyawa alam biasanya dilakukan secara:
Menentukan asal dari atom karbon yang
membentuk kerangka senyawa X,
menentukan senyawa-senyawa yang terlibat
biosintesis dan berperan sebagai intermediet
dari metabolisme primer dan sekunder (misal
: asam asetat, asam mevalonat)

menentukan jalur metabolisme, yaitu urut-
urutan dari intermediet dan reaksi-reaksi yang
menuju kearah pembentukan senyawa
X.Pemilihan prazat yang sesuai tidak dilakukan
dengan pemilihan secara random tetapi dengan
memakai hipotesis
Hipotesis ini disusun sebelum melakukan uji
kaji, dan berdasarkan pola biosintesis umum
(deduktif atau dengan membandingkannya
dengan situasi yang sama yang sebelumnya
diketahui (analogi)
Menentukan sumber oksigen, dan bila ada
juga sumber nitrogen dan sebagainya.
Sumber oksigen biasanya adalah air atau
udara.Dalam hal ini perlu dilakukan
penelitian terpisah dengan menggunakan H
2

O
18
atau
18
O
2
Sifat dari proses enzimatik yang terlibat
dalam setiap langkah pembentukan dari zat
X.
Aspek biosintetik ini merupakan aspek
kimia paling baik kalau dipelajari dengan
memakai metode in vitro dengan
menggunakan enzim yang terpisahkan
dalam keadaan murni.
Keberhasilan tiap uji kaji dapat dihambat
antara lain oleh rendahnya inkorporasi.
Supaya inkorporasi dari prazat dapat
optimum faktor utama yang harus diingat
adalah sifat fisis dari substrat, jenis
organisme atau kultur sel yang dipilih.
dalam hal organisme hidup atau binatang,
umur dari individu dan musim.Musim harus
selalu diperhatikan terutama dalam hal
tumbuhan karena mereka menghasilkan
metabolisme sekunder hanya atau terutama
pada waktu-waktu tertentu dalam tahun.

Bila substratnya gas, misalnya
14
CO
2
atau
18

O
2
satu-satunya kesulitan yang serius adalah
cara meletakkan individu atau kultur dalam
wadah tertutup bersama dengan substrat
terlabel yang biasanya terhisap oleh sel
secara spontan
Fenomena kompartementasi biasanya tidak
nampak karena molekul gas yang kecil-kecil
sangat mudah menembus menbran sel

Pengumpanan.
teknik ini biasanya diterapkan pada binatang,
misalnya serangga.
Penyuntikan (intravena,intraperitonium,intramuskular, dan
sebagainya).
Metode ini baik diterapkan bila dikehendaki administrasi
secara sistemik (tikus, ktk, dan sebagainya).
Metode ini juga baik diterapkan untuk umbuhan.Substrat
terlabel dilarutkan atau didispersikan dalam air;dapat juga
diemulsikan dengan memakai zat pengemulsi,misalnya
polioksietilen sorbitan monooleat (tween 80 1%);emulsi
kemudian diinjeksikan kedalam sistem pengangkutan dari
batang.

Perfusi.Caranya adalah membiarkan organ
(terpisah atau tidak )dalam kondisi aktivitas
metabolik normal kemudian dimasukkan
kedalam substrat cairan yang mengandung
substrat terlabel dalam keadaan terlarut atau
tersuspensi.Contoh yang paling umum adalah
perfusi dari hepar atau jantung tikus,plasenta
manusia dan sebagainya
Difusi.
Substrat dilarutkan atau disuspensikan
dalam media air yang didalamnya terdapat
potongan-potongan kecil organ atau sel
dari kultur mikroba atau jaringan.

Metode sumbu kapas.
Metode ini banyak dipakai pada tumbuhan
yang berbatang kuat tetapi tidak
berkayu.Metode ini merupakan metode
variasi dari metode injeksi.Salah satu ujung
dari sumbu kapas (4-10 mm) dimasukkan
kedalam batang tumbuhan, melalui suatu
keratan memanjang sedang ujung lain
direndam dalam larutan (0,5 -1,0ml) yang
akan diinkorporasikan.
Larutan tersebut biasanya terdapat dalam tabung
yang diikatkan pada batang tersebut.
Cairan dengan cepat akan mendifusikan kedalam
bagian aerial dari tumbuhan, karena daya
kapiler dari sumbu kapas dan rambatan keatas
dari cairan.Fenomena dapat diamati bila
dipakai larutan yang berwarna, misalnya eosin.


Metode pematahan batang.Batang dari beberapa
tumbuhan dapat dipotong dekat pangkalnya kemudian
ujung yang terpotong segera direndam dalam air.ujung
yang terendam dalam air segera dipotong lebih kurang
setengah inci dengan gunting.Pemotongan dilakukan
didalam air.potongan yang kecil dibuang sedang batang
serta bagian aerial tumbuhan (daun daun bunga) segera
dimasukkkan dalam suatu tabung yang mengandung
larutan prazat dalam air.larutan tersebut segera tersedot
keatas oleh tumbuhan karena pengaruh transpirasi melalui
daun-daun.
Metode ini hanya tepat untuk mempelajari proses-proses
biosintesis yang berlangsung cepat
Metode barut.
Batang dari tanaman dibarut dengan pisau
pada pelbagai tempat, sehingga vena-vena
yang paling luar terlihat Kemudian cairan
yang mengandung materi terlabel
diteteskan dengan alat injeksi mikro pada
luka-luka barut tersebut.

Metode sikat.Prazat terlabel disuspensikan
dalam minyak silikon.Suspensi tersebut
disikatkan pada daun-daun tumbuhan yang
ditumbuhkan dalam vas bunga atau diatas
tanah,Silikon akan mempengaruhi penetrasi
zat-zat organik tersebut melalui daun-
daun.Metode ini sesuai untuk uji kaji yang
berlangsung lama.


Oksidoreduktase
Transferase
Hidrolase
Liase
Isomerase
Ligase

Mengkatalisis reaksi oksidasi reduksi
Memindahkan elektron dari donor
Mengkatalisis pemindahan gugus atom dari
suatu donor ke aseptor
Mengkatalisis hidrolisis ikatan C-O, C-N
Mengkatalisis pemisahan (secara non
hidrolitik) suatu gugus dari suatu substrat
sehingga terbentuk ikatan rangkap
Penambahan suatu gugus atom pada ikatan
rangkap
Mengubah substrat menjadi isomernya
Mengkatalisis persatuan dua molekul dengan
cara memecahkan ikatan pirofosfat dalam
ATP atau trifosfat lain.
Major enzyme catalysed reactions:
1) Decarboxylations
2) Transaminations
3) Methylations
4) Oxidations/Reductions
5) Carbon-Carbon bond formation
Many other enzyme catalysed reactions
Pelepasan maupun pengambilan gugus
karboksilat pada molekul alami, dr cara
pemecahan maupun pembentukan ikatan
karbon-karbondioksida dan pertukaran
karbondioksida dengan medium.
Reaksi karboksilasi timbul pada karbanion
yag berasal dari gugus metil atau metilena
yang aktif, yg dapat meningkatkan diri pada
karbon positif dari karbondioksida
Decarboxylations and transamminations:
Co-enzyme pyridoxal 5-phosphate: crucial
N
O H
OH
O
P
O H
O OH
Pyridoxal 5-Phosphate
Abbreviated to Py-CHO
N
+
Py
H C
R
H
N
+
R
Py
H H
O
O
N H
2
H
R
O
O
N
+
Py
H
R
H H
R
N H
2
H
H
O Py
CO
2
H
2
O
Iminium
formation
Iminium
hydrolysis
Pertukaran gugus amino dari asam amino ke
asam keto ,merupakan reaksi umum dari
nitrogen dalam asam amino dan pelepasan
nitrogen .
Asam glutamat/asam 2 oxoglutarat
merupakan donor/akseptor untuk group
amino.
O Py
R CO
2
-
H N H
2
O
O
R
N
+
H
H
Py
O
O
R
N
+
H
Py
NH
2
Py
R CO
2
-
O
Imminium
formation
Imminium
hydrolysis
H
+
:OH
2
+
+
Pyridoxal
-5-phosphate
Pyridoxamine
-5-phosphate
Amine to carbonyl:
Carbonyl to amine:
NH
2
Py
H
R CO
2
-
O
CO
2
- R
N
+
H
Py
H
CO
2
- R
N
+
H
H
Py
O Py
R CO
2
-
H N H
2
Imminium
formation
Imminium
hydrolysis
H
+
H
2
O:
+
+
Pyridoxal
-5-phosphate
Pyridoxamine
-5-phosphate
Over the two previous processes:
Transamination of an amino acid with a pyruvate
Mediated by pyridoxal phosphate
CO
2
- R
H N H
2
CO
2
- R'
O
CO
2
- R
O
CO
2
- R'
N H
2
H
Pyridoxal
5-Phosphate
Serangan karbokation alkil pada ikatan
rangkap karbon atau pada suatu heteroatom
Zat pengalkil pada mikroorganisme ;S-
adenosil-l-metionin dan dimetil alkil
pirofosfat
S-adenosil metionin sebagai donor metil,
diambil dari sumber C1
Reaksi glikosilasi dianggap sebagai
alkilasi,zat pengalkil adalah karbokation
potensial pada C1 dari molekul aldosa yang
berbentuk asetal piranosa/furanosa.
Methylating agent: S-Adenosylmethionine
O
N
N
N
N
NH
2
OH OH
S
+
CH
3
N H
2
H HO
2
C
X

X = N,O
Ada empat bentuk dasar dari oksidasi
biologik :
-dehidrogenase
-oksidase
-monooksigenase
-dioksigenase
Mengekstraksi dua atom hidrogen dari
substrat, tidak menggunakan molekul
oksigen sebagai aseptor hidrogen tetapi
memberikannya pada molekul organik lain
Aseptor hidrogen kemungkinan dapat juga
aseptor elektron
Koenzim :nukleotida basa piridina
(NAD/NADP),flavin (FMN/FAD)
Melepaskan elektron-elektron substrat dan
diberikan pada molekul oksigen
Peroksidase; melepaskan elektrok-elektron
subtrat diberikan pada hidrogen peroksida
Monooksigenase:memberikan hanya satu dari
dua atom oksigen dari molekulnya,
sedang atom lainnya direduksi menjadi
molekul air oleh suatu donor hidrogen.
Dioksigenase:kedua atom dari molekul
oksigen diberikan
Dehidrogenase
SH2 + A S + AH2
Oksidase
SH2 + O2 S + H2O
SH2 + H2O2 SH + 2H2O
Monoksigenase
S + o2 + AH2 SO + A + H2O
Dioksigenase
S + O2 SO2
Four classes of enzymes oxidise in vivo
Oxidases, oxygenases, peroxidases & catalases
Most prevalent: oxidases e.g. cytochrome P
450

Incorporates haem co-factor (iron/porphyrin)
Iron has vacant co-ordination site
Binds molecular oxygen
Radical oxidation

e.g. Oxidation of arenes to phenols
Cytochrome P
450
also catalyses:
O
R
S
R
R
S
R
O
Fe
N
N N
N
OH
Ar H
Fe
N
N N
N
OH
Fe
N
N N
N
Ar O H
Ar
Iron (IV) Iron (III) Iron (IV)
Dehydrogenase enzymes
Cofactor: NADPH
Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate:
NADPH is actual reducing species
Substrate and NADPH held by chiral enzyme
Reductions are enantioselective
Invariably greater than 99% ee
NADPH-Reducing form: NADP
+
-oxidised
H
H
H
H N

O
CONH
2
H
O
P
O
P
O
O O O O
O H
OPO
3
N
N
N N
NH
2
O
O H
O H
R R'
H OH
R R'
O
2
-
H
2
O
Many enzymes catalyse C-C formation
Thiokinases:
Mediate transfer of acyl group from co-enzyme A
Reaction may be
Claisen type acylation
Aldol type addition to C=O bond
R''
O
R' R' R
O
R'' OH
OR''
O
R'
O
R' R
O
H
3
CC(O)R
NaOH
H
3
CC(O)R
NaOH
See biosynthesis of
shikimic acid for
example of this

N
N
N
N
O
NH
2
O
P
O
P
O
N N
S OH
O
H
O
H
O O O O
OPO
3
OH
H
2-
Bonds to carbonyl
through sulfur
Shikimic acid:
Precursor to phenylalanine, tyrosine and tryptophan
X
H
+
PO
O H
OH
OH
CO
2
-
O
Enz O
O CO
2
-
H
PO
O O H
OH
Phosphenoyl pyruvate
glycoloysis
Erythrose-4-phosphate
Loss of phosphate and cyclisation
Need to make proton on C6 more acidic
Oxidise C5 to C=O (NADP+) then reduce
(NADPH)
PO
O H
OH
OH
CO
2
-
O
OH
OH O
O H CO
2
-
OH
OH
CO
2
-
O
O
H
Via C5
Ketone
5
6
Dehydration and reduction with NADPH
Completes biosynthesis
OH
OH O
O H CO
2
-
OH
OH O
CO
2
-
OH
OH
CO
2
-
O H
NADPH -H
2
O
Shikimic Acid
Dibentuk dari oksidasi dekarboksilasi dari
glikolisis melalui asam piruvat juga dapat
dihasilkan melalui beta oksidasi asam lemak.
Contoh :fenol, prostaglandin,antibiotika
makrolida.
Dihasilkan dari kombinasi fosfoenol piruvat,
suatu glikolisis jalur intermediet dan eritrosa
empat fosfat dari jalur pentosa fosfat.
Contoh : asam sinamat, lignan dan alkaloid.
Dibentuk dari tiga molekul asetil co A.
Contoh ;terpenoid, steroid.