KARAKTER ISOLAT RHIZOBIA DARI TANAH BEKAS TAMBANG NIKEL DALAM

MEMANFAATKAN OKSIGEN UNTUK PROSES METABOLISMENYA

Ramdana Sari dan Retno Prayudyaningsih

Balai Litbang Lingkungan Hidup dan Kehutanan Makassar

Jl. P. Kemerdekaan Km 16 Makassar, Sulawesi Selatan, 90243

Telp. (0411) 554049, Fax (0411) 554058

Email : ramdana_sari@yahoo.co.id

Katabolisme merupakan proses pemecahan senyawa kompleks (organik) menjadi

sederhana (anorganik). Energi yang dihasilkan harus diubah menjadi ATP (Adenosin triphosfat)
sehingga dapat digunakan oleh sel untuk melangsungkan reaksi-reaksi kimia, pertumbuhan,
gerak, transportasi maupun reproduksi. Respirasi sel merupakan salah satu contoh katabolisme
yang bertujuan menghasilkan energi dari proses penguraian bahan makanan, seperti karbohidrat,
asam lemak dan asam amino serta menghasilkan CO2, H2O dan energi. Semua sel hidup (sel
hewan, tumbuhan maupun mikroba) melakukan respirasi, akan tetapi berbeda dalam kebutuhan
oksigennya. Respirasi yang membutuhkan oksigen untuk memecah molekul organik disebut
respirasi aerob sedangkan respirasi tanpa oksigen disebut respirasi anaerob (Susilowarno et al.,
2007).

Materi yang diperoleh dari lingkungan berupa senyawa kompleks kemudian dipecah
menjadi senyawa lebih sederhana, disebut katabolisme. Proses ini bersifat eksergonik atau
eksotermik dimana energi yang dihasilkan dalam bentuk energi kimia dan bukan energi panas.
Hal ini disebabkan karena sel tidak mampu menggunakan energi panas, tapi menggunakan
energi kimia berupa ATP (Adenosin Trifosfat). Pada dasarnya, katabolisme merupakan
rangkaian reaksi oksidasi-reduksi senyawa kimia. Senyawa yang teroksidasi akan kehilangan
hidrogen atau elektron (donor elektron), sedangkan senyawa yang tereduksi akan bertambah
hidrogennya (aseptor elektron). Umumnya senyawa organik bertindak sebagai donor elektron
sedangkan aseptor elektron berupa senyawa organik maupun anorganik. Reaksi katabolisme
pada dasarnya terbagi ke dalam tiga kelompok, yaitu fermentasi, respirasi aerob, dan respirasi
anaerob, dimana perbedaannya berdasarkan kepada aseptor elektron (Suriawiria, 1993).

Proses respirasi eukariotik dan prokariotik pada dasarnya sama, yakni terdiri dari
respirasi aerob dan anaerob. Perbedaan dari keduanya terletak pada lokasi proses glikolisis
berlangsung, dimana glikolisis pada eukariotik terjadi di mitokondria sedangkan pada sel
prokariotik yang tidak memiliki mitokondria, glikolisis terjadi di sitoplasma (Sasrawan, 2015).
Harniza (2009) menambahkan bahwa transpor elektron pada bakteri terjadi pada membran sel.
Pada respirasi aerob, oksigen bebas merupakan satu-satunya.
 KONVERSI ENZIMATIS TONGKOL JAGUNG MENJADI GLUKOSA
MENGGUNAKAN ENZIM SELULASE DARI JAMUR Aspergillus niger
L-51 YANG DIAMOBILISASI DENGAN BENTONIT
(Skripsi)
Oleh
ERIKA LIANDINI

Enzim adalah biokatalis yang memiliki spesifikasi tinggi dan bekerja dengan kecepatan
perubahan yang tinggi pada kondisi fisik yang lunak dalam larutan cair. Enzim tersebut terjadi
secara alami di dalam semua organisme hidup, tetapi juga dapat terjadi di alam sebagai enzim
ekstraseluler yang dikeluarkan oleh organisme ke dalam lingkungan (Smith, 1990). Enzim
mengubah kecepatan suatu reaksi kimia tetapi tidak mempengaruhi kesetimbangan akhir reaksi.
Enzim memiliki suatu spesifikasi yang terbatas, misalnya enzim hanya akan mengkatalis suatu
reaksi yang memiliki nilai kecil atau hanya satu reaksi saja. Fungsi enzim ialah sebagai katalis
untuk proses biokimia yang terjadi dalam sel maupun di luar sel. Suatu enzim dapat
mempercepat reaksi 108 hingga 1011 kali lebih cepat dari pada reaksi tersebut dilakukan tanpa
katalis. Enzim dapat menurunkan energi aktivasi suatu reaksi kimia. Reaksi kimia yang
membutuhkan energi disebut reaksi endorgenik dan yang menghasilkan energi disebut reaksi
ekserogenik. Suatu enzim mempunyai ukuran yang lebih besar dari pada substrat, sehingga tidak
seluruh bagian enzim yang bekerja untuk mengikat substrat. Hubungan enzim dengan substrat
hanya terjadi pada bagian atau tempat tertentu saja. Tempat untuk menghubungkan antara enzim
dengan substrat disebut sebagai bagian aktif (active side). Hubungan antara kompleks enzim
dengan substrat menyebabkan terjadinya kompleks enzim-substrat. Kompleks ini merupakan
kompleks yang aktif, yang bersifat sementara dan akan terurai lagi apabila reaksi yang
diinginkan telah terjadi. Menurut Michaelis dan Menten, kecepatan reaksi tergantung pada
konsentrasi kompleks enzim-substrat [ES], karena apabila tergantung pada konsetrasi substrat
[S], maka penambahan konsentrasi substrat akan menghasilkan pertambahan kecepatan reaksi
yang apabila digambarkan akan merupakan garis lurus.
Klasifikasi enzim dapat dibedakan sebagai berikut :
1. Menurut Wirahadikusumah (2001), berdasarkan fungsinya enzim dapat dibedakan menjadi
enam kelas dan tiap kelas mempunyai beberapa subkelas. Dalam tiap subkelas, nama resmi dan
nomor klasifikasi dari tiap enzim melukiskan reaksi yang dikatalisis berdasarkan IUPAC yaitu:
a. Oksidoreduktase, mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi. Contoh : NADoksidoreduktase
(CEIUB); Alkohol dehidrogenase (Trivial).
b. Transferase, mengkatalisis perpindahan gugus molekul dari suatu molekul molekul yang lain,
seperti gugus amino, karbonil, metal, asil, glikosil atau fosforil. Contoh: Glukosa-6-transferase
(CEIUB); Glukokinase (trivial).
c. Hidrolase, berperan dalam reaksi hidrolisis. Contoh: α-1-4-glukan 4-glukanohidrolase
(CEIUB); α-amilase (trivial).
d. Liase, mengkatalisis reaksi adisi atau pemecahan ikatan rangkap dua. Contoh: 2-Asam
oksalokarboksi-liase (CEIUB); piruvat dekarboksilase (trivial).
e. Isomerase, mengkatalisis reaksi isomerisasi. Contoh: Alaninarasemase (CEIUB); alanina
rasemase (trivial).
f. Ligase, mengkatalisis pembentukan ikatan dengan bantuan pemecahan ikatan dalam ATP.
Contoh: Karbon dioksida ligase (CEIUB); piruvat karboksilase (trivial).

2. Menurut Lehninger (2005), klasifikasi enzim berdasarkan cara terbentuknya dibedakan

menjadi dua, yaitu:
a. Enzim konstitutif, yaitu enzim yang jumlahnya dipengaruhi kadar substratnya, misalnya enzim
amilase.
b. Enzim adaptif, yaitu enzim yang pembentukannya dirangsang oleh adanya substrat, contohnya
enzim β-galaktosidase yang dihasilkan oleh bakteri E.coli yang ditumbuhkan di dalam medium
yang mengandung laktosa.

Faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim

1. Konsentrasi Enzim
Pada suatu konsentrasi substrat tertentu, kecepatan reaksi bertambah dengan bertambahnya
konsentrasi enzim.
 Hubungan antara laju reaksi dengan konsentrasi enzim
(Page,1997).

2. Konsentrasi substrat
Pada konsentrasi yang tetap, pertambahan konstrasi substrat akan menaikkan
kecepatan reaksi. Namun, pada batas konsentrasi tertentu substrat diperbesar. Keadaan ini
telah diterangkan oleh Michaelis-Menten dengan hipotesis mereka tentang terjadinya
kompleks enzim-substrat (Poedjiadi dan Supriyanti, 2007).

Hubungan konsentrasi substrat dengan kecepatan reaksi

enzimatik (Khaerina, 2012).
3. Suhu
Suhu merupakan salah satu penyebab utama ketidakaktifan (inaktivasi) enzim
didalam bioreaktor. Inaktivasi enzim akibat panas ini disebabkan oleh keseragaman
molekul protein. Apabila enzim berikatan secara kovalen dengan suatu zat padat
pendukung, maka molekul protein menjadi lebih kaku dan kurang mampu membentang
sehingga terjadi inaktivasi.

Hubungan aktivitas enzim dengan suhu (Poedjiadi dan

Supriatin,2007).

4. Pengaruh pH
Enzim dapat berbentuk ion positif, ion negatif atau ion bermuatan ganda (zwitter
ion). Perubahan pH lingkungan akan berpegaruh terhadap efektivitas bagian aktif enzim
dalam membentuk kompleks enzim substrat. Proses denaturasi enzim terjadi pada pH
rendah atau pH tinggi yang menyebabkan menurunnya aktivitas enzim (Poedjiadi dan
Supriyanti, 2007).
Hubungan kecepatan reaksi dengan pH (Page,1997).
Materi Pembelajaran Berdasarkan Skripsi dengan Judul “Kandungan Fe, Mg, N, Klorofil
dan Laju Fotosintesis Daun Ischaemum aristatum, Linn. (Rumput Blembem) Menurut
Jarak yang Berbeda dari Pusat Emisi Gas Belerang Kawah Sikidang Dataran Tinggi
Dieng” oleh Ajik Susanto pada Tahun 2005

A. Fotosintesis
Fotosintesis adalah suatu proses metabolisme dalam tanaman untuk membentuk
senyawa organik dalam hal ini karbohidrat dengan menggunakan bahan dasar berupa CO2
dan air dengan bantuan cahaya matahari dan melalui perantara pigmen hijau klorofil.
Cahaya matahari
12H2O + 6CO2 C6H12O6 + 6O2 + 6H2O
Klorofil
Dengan kehadiran cahaya, fotosintesis dapat terjadi pada sembarang bagian hijau
tumbuhan tetapi pada tumbuhan darat yang khusus, hanya daun dengan permukaan yang
luas dan kloroplas melimpah yang merupakan pusat utama proses tersebut. Kutikula relatif
kedap gas menyebabkan karbondioksida harus memasuki daun terutama lewat stomata.
Setelah berada di dalam daun, karbondioksida berdifusi ke dalam sistem ruang udara antar
sel dan larut dalam air yang menjenuhkan dinding sel mesofil, karbondioksida ini lalu
berdifusi, atau bergerak aktif karena aliran protoplasma, melalui air pada sitoplasma
memasuki kloroplas. Dengan kehadiran cahaya maka terjadi fotosintesis di dalam kloroplas.
1. Perangkat fotosintesis
Perangkat fotosintesis terdiri atas:
a. Kloroplas
Proses fotosintesis terjadi pada pigmen fotosintesis. Tanpa pigmen tersebut,
tumbuhan tidak mampu melakukan fotosintesis. Secara keseluruhan, fotosintesis
terjadi pada kloroplas yang mengandung pigmen klorofil, Pada tubuh tumbuhan,
fotosintesis dapat terjadi pada batang, ranting, dan daun yang mengandung
kloroplas.
Umumnya kloroplas berbentuk oval, bahan dasarnya disebut stroma,
sedangkan butir-butir yang terdapat di dalamnya disebut grana. Komposisi
kloroplas terdiri dari protein, lipid, nukleotid, enzim, dan logam berat.
b. Cahaya Matahari
 Sumber energi alami yang digunakan pada fotosintesis adalah cahaya
matahari. Cahaya matahari memiliki berbagai spektrum warna. Setiap spektrum
warna memiliki panjang gelombang tertentu. Setiap spektrum warna memiliki
pengaruh yang berbeda terhadap proses fotosintesis. Sinar yang efektif dalam
proses fotosintesis adalah merah, ungu, biru, dan orange. Sinar hijau tidak efektif.
Daun yang terlihat hijau oleh mata karena spektrum warna tersebut dipantulkan
oleh pigmen fotosintesis. Sinar infra merah berperan dalam fotosintesis an
berfungsi juga meningkatkan suhu lingkungan.
c. Klorofil
Klorofil merupakan suatu magnesium forfirin yang melekat pada protein.
Klorofil yang terdapat pada organ fotosintetik yaitu klorofil a, klorofil b, klorofil c,
klorofil d, bakterioklorofil dan beberapa derivatnya. Klorofil adalah katalisator
fotosintesis penting yang terdapat pada membrane tilakoid sebagai pigmen hijau
dalam jaringan tumbuhan, terikat longgar dengan protein, tetapi mudah diekstrasi
ke dalam pelarut lipid seperti aseton dan eter. Pada tumbuhan, terdapat dua pusat
reaksi fotosintesis yang berbeda, yakni fotosistem I dan fotosistem II. Keduanya
dibedakan berdasarkan kemampuannya dalam menyerap cahaya dengan panjang
gelombang yang berbeda. Perbedaan kemampuan tersebut disebabkan oleh
perbedaan kombinasi antara klorofil a dan klorofil b. Perbedaan kombinasi antara
klorofil a dan klorofil b berpengaruh terhadap panjang gelombang yang diterima
oleh klorofil. Fotosistem I dapat menerima cahaya dengan panjang gelombang
antara 680-700 nm, sedangkan fotosistem II dapat menerima cahaya dengan
panjang gelombang antara 340-680 nm.
2. Mekanisme fotosintesis
Fotosintesis pada tumbuhan tingkat tinggi terdiri atas 2, yaitu: a. Fase I: reaksi
fotokimia, reaksi fotolisis, reaksi Hill, reaksi fotofosforilasi, reaksi terang, b. Fase II:
reaksi termokimia, reaksi fiksasi/reduksi CO2, reaksi gelap
Fase I: Reaksi ini berlangsung di grana dan membutuhkan cahaya. Energi
matahari ditangkap oleh pigmen penyerap cahaya dan diubah menjadi bentuk energi
kimia, yaitu ATP dan senyawa pereduksi, yaitu NADPH. Atom hidrogen dari molekul
H2O dipakai untuk mereduksi NADP+ menjadi NADPH dan O2 dilepaskan sebagai
 hasil sampingan reaksi fotosintesis. Reaksi juga dirangkaikan dengan reaksi
pembentukan ATP dari ADP dan Pi. Fase ini dapat ditulis sebagai persamaan reaksi:
energi matahari
H2O + NADP+ + ADP + Pi O2 + H+ + NADPH +
ATP
Pembentukan ATP dari ADP dan Pi merupakan mekanisme penyimpanan
energi matahari yang diserap dan kemudian diubah menjadi energi kimia, sehingga fase
ini disebut fotofosforilasi.
Fase I ini melibatkan 2 tipe kelompok pigmen fotosintesis, yaitu
1) Pigmen utama (pigmen primer, pusat reaksi): bentuk-bentuk klorofil a,
seperti klorofil a 680 (P680) dan klorofil a 700 (P700)
2) Pigmen tambahan/pigmen antena (accessory pigment): berperan meneruskan
energi cahaya ke pigmen utama, seperti klorofil a lainnya, klorofil b (λ 455-640 nm),
karotenoid (λ 430-490 nm)
Fase II: Reaksi ini berlangsung di stroma dan sering kali disebut reaksi gelap,
karena reaksi ini dapat berlangsung tanpa adanya cahaya, walaupun tidak harus
berlangsung dalam keadaan gelap. Hal ini disebabkan karena enzim-enzim stroma
kloroplas tidak membutuhkan cahaya untuk aktivitasnya, tetapi membutuhkan ATP dan
NADPH2. Fase II fotosintesis ini berlangsung pada stroma dan menghasilkan
karbohidrat. Dalam reaksi ini senyawa kimia 30
berenergi tinggi yang dihasilkan pada fase I, yaitu NADPH dan ATP dipakai
untuk reaksi reduksi CO2 yang menghasilkan glukosa dengan persamaan reaksi:
CO2 + NADP + H+ + ATP glukosa + NADP+ + ADP + Pi
3. Faktor-faktor yang memengaruhi fotosintesis
Faktor yang dapat memengaruhi kecepatan fotosintesis dapat dibagi menjadi
dua, yaitu faktor luar dan faktor dalam.
a. Faktor dalam
1) Kandungan klorofil
Klorofil dapat mengubah energi cahaya menjadi energi kimia. Berkurangnya
klorofil di dalam tumbuhan akan membawa dampak pada proses fotosintesis,
terutama dapat menurunkan laju fotosintesis.
 2) Resistensi di dalam daun terhadap difusi gas bebas
Oleh karena kutikula yang menutupi bagian terbuka di atas tanah nyaris kedap
gas, maka karbondioksida yang diperlukan untuk fotosintesis harus masuk
melalui stomata sebelum mencapai kloroplas tempat terjadinya fotosintesis.
Dengan demikian, hal apapun pada jalur ini yang mengganggu difusi gas dari
atmosfer ke tempat penambatan karbondioksida akan mempengaruhi kecepatan
sintesis dengan membatasi penyediaan karbondioksida ke permukaan
kloroplas.
3) Penimbunan hasil fotosintesis
Menurut hukum reaksi massa, kecepatan reaksi kimia menurun jika hasil reaksi
itu tertimbun,sehingga dapat dimengerti bahwa fotosintesis aktif akan terhalang
ketika hasil reaksi mulai tertimbun.
4) Umur daun
Sejalan dengan pertumbuhan daun, kemampuan berfotosintesis juga meningkat
sampai daun berkembang penuh, dan kemudian menurun secara perlahan.
5) Morfologi dan anatomi daun
a) Ukuran, distribusi, dan ruang-ruang interseluler dalam daun.
b) Faktor dalam protoplasma.
c) Tebal tipisnya epidermis dan kutikula.
d) Ukuran, kedudukan, dan susunan stomata.
e) Ukuran, distribusi, dan efisiensi berkas-berkas pengangkutan dalam daun.
f) Perbandingan dan distribusi jaringan tiang dan bunga karang.
g) Jumlah enzim dalam macam-macam sel fotosintetik berbeda-beda bahkan
sel fotosintetik yang sama jumlah enzimnya bisa berbeda dalam kondisi
yang berbeda.
b. Faktor luar
1) Intensitas cahaya
Pada intensitas cahaya dimana karbondioksida yang diambil seimbang dengan
yang dikeluarkan dalam respirasi, maka intensitas cahaya pada permulaan
sebanding dengan kecepatan fotosintesis. Pada intensitas cahaya sedang
 peningkatan kecepatan fotosintesis mulai menurun sampai pada intensitas yang
tinggi, kemudian kecepatan menjadi konstan.
2) Suhu
Kisaran suhu yang memungkinkan untuk fotosintesis sangat bervariasi pada
berbagai tumbuhan Untuk sebagian di daerah tropik suhu sekitar 5◦C sampai
40◦C. Peningkatan suhu normal berpengaruh kecil terhadap pemecahan H2O
yang diatur oleh cahaya atau difusi CO2 ke dalam daun, tetapi berpengaruh
besar terhadap reaksi biokimia, reduksi dan penambatan CO2. Jadi peningkatan
suhu biasanya meningkatkan laju fotosintesis sampai enzim mengalami
denaturasi dan perombakan fotosintesis mulai terjadi.
3) Konsentrasi karbondiosida
Dengan intensitas cahaya dan suhu cukup tinggi sehingga tidak menjadi
pembatas, ternyata bahwa pada konsentrasi karbondioksida rendah, kecepatan
fotosintesis hampir sebanding dengan konsentrasi karbondioksida.
4) Persediaan air
Kekurangan air dalam daun akan menyebabkan penutupan stomata dan
dehidrasi protoplasoma yang nantinya akan mempengaruhi semua atau
sebagian besar proses metabolisme pada tumbuhan.
5) Kadar oksigen
Kadar oksigen mempunyai efek kuat terhadap fotosintesis, feredoksin menjadi
lebih sensitive terhadap kadar oksigen. Dalam ruang gelap, kadar oksigen yang
tinggi akan menyebabkan kerusakan permanen pada sistem fotosintesis. Jadi
semakin tinggi kadar oksigen di udara maka menurunkan laju fotosintesis.
4. Hubungan kandungan Fe, Mg, N, klorofil dan laju fotosintesis
Terdapat perbedaan yang nyata kandungan Fe, Mg, N daun pada antar jarak
pada taraf kepercayaan 95%. Demikian pula dengan kandungan klorofil dan laju
fotosintesis daun sebesar 0,000 pada taraf kepercayaan 95%. Faktor lingkungan yang
paling berpengaruh terhadap kandungan Fe daun adalah kelembaban tanah. Kelembaban
dan pH tanah berpengaruh kuat terhadap Mg daun. Kandungan N daun dipengaruhi kuat
oleh pH tanah. Untuk kandungan klorofil daun faktor lingkungan yang paling
berpengaruh adalah pH dan kelembaban tanah. Sedangkan pH tanah dan kelembaban
udara adalah faktor yang paling berpengaruh terhadap laju fotosintesis daun Ischaemum
aristatum, Linn. Kandungan klorofil dan laju fotosintesis juga dipengaruhi oleh
kandungan N daun.