MEKANIKA MOLEKULAR

MEKANIKA MOLEKUL

Metode empiris yang digunakan untuk

menyatakan energi potensial dari
molekul sebagai fungsi dari variabel
geometri

Molekul digambarkan sebagai kumpulan

atom yang berinteraksi dengan atom
yang lain dengan fungsi analitik
sederhana yang didasarkan pada
persamaan mekanika klasik

Sistem elektronik dimasukkan secara

implisit melalui pemilihan parameter
atas dasar data eksperimen

Persamaan dan parameter yang

digunakan untuk mendefinisikan
potensial energi permukaan sebuah
molekul dalam mekanika molekular
merujuk pada sekumpulan angka yang
dinamakan medan gaya (Force Field)

Prinsip Dasar
Metode Mekanika Molekul

Inti dan elektron dipandang sebagai

partikel bak atom (atom-like)

Partikel bak-atom tersebut berbentuk

sferis (jari-jari diperoleh dari data
eksperimen) dan memiliki muatan
neto

Interaksi didasarkan pada potensial

klasik dan pegas (hukum Hooke)

Interaksi harus dispesifikasikan terlebih

dahulu untuk atom-atom yang
dipelajari

Interaksi menentukan distribusi ruang

dari partikel dan energinya

The foundation of FF
methods
The observation that molecules tend to be
composed of units which are structurally
similar in different molecules
(types).
C-H 1.06-1.10 A
C-H stretch vibrations 2900-3300 cm-1
C=0 1.21 A ; 1700 cm-1
The picture of molecules being composed
of structural units, functional groups.

MEKANIKA MOLEKULAR
Energy = Stretching Energy + Bending Energy + Torsion Energy
+ Non- Bonded Interaction Energy
Mengestimasi energi yang berkaitan dengan vibrasi di sekitar
panjang ikatan kesetimbangan
Didasarkan atas hukum Hooke :

kb (r r0 )

ika tan

Kb mengontrol kemiringan dari pegas ikatan, sementara r0

adalah panjang ikatan dalam keseimbangan

Energi Bengkokan

Mengestimasi energi
yang berkaitan
dengan vibrasi di
sekitar sudut ikat
keseimbangan
Didasarkan pada
hukum Hooke

k (

sudut

Energi Tak-berikatan
Energi tak-berikatan memperhitungkan tarikan,
tolakan van der Waals dan interaksi elektrostatik

E
i

Aij
6
ij

Bij
12
ij

qi q j
rij

Tolakan van der Waals terjadi jika jarak antara

atom-atom yang berinteraksi memendek kurang
dari jumlah jari-jari kontak

Energi Torsi

Mengoreksi suku energi yang tersisa untuk

menggambarkan proses fisika

E A(1 cos(n ))
torsi

Energi torsi mewakili jumlah energi yang harus

ditambahkan atau dikurangi dari suku-suku energi
rentangan + energi bengkokan + energi interaksi
tak-berikatan agar energi total sesuai dengan
eksperimen

Differences in Force Fields

The functional form of each energy term

The number of cross terms included
The type of information used for fitting
parameters

General : MM2, MM2, Dreiding

Karbohydrates, nucleic acid and Protein
AMBER, OPLS, GROMOS
Protein : CHARMM, ECEPP
Hydrocarbon : MM4, EAS, EFF
Metal Coordination : MOMEC, SHAPES