Kuliah PowerPoint untuk menemani

Biologi Molekuler
Edisi keempat

Robert F. Weaver

bagian 3
Pengantar Fungsi Gen

Hak Cipta © The McGraw-Hill Companies, Inc. Izin diperlukan untuk reproduksi atau tampilan.
 3.1 Menyimpan Informasi
Memproduksi protein dari
informasi DNA melibatkan
transkripsi dan terjemahan
– SEBUAH kodon adalah
urutan 3 basa yang
menentukan asam amino apa
yang digunakan
– Untai template adalah untai
DNA pelengkap yang
digunakan untuk
menghasilkan mRNA
– Tanpa template untai tidak
digunakan dalam transkripsi
RNA 3-2
 Struktur Protein
Protein adalah polimer seperti rantai dari
subunit kecil, asam amino
– DNA memiliki 4 nukleotida berbeda
– Protein memiliki 20 asam amino yang
berbeda dengan:
• Kelompok amino
• Sebuah gugus hidroksil
• Sebuah atom hidrogen
• Rantai samping tertentu

3-3
 Polipeptida
• Asam amino bergabung bersama melalui ikatan
peptida
• Rantai asam amino disebut polipeptida
• Protein terdiri dari 1 atau lebih polipeptida
• Polipeptida memiliki polaritas seperti halnya DNA
– Gugus amino bebas di salah satu ujungnya adalah
amino- atau N-terminus
– Gugus hidroksil bebas di ujung lainnya adalah karboksil-
atau C-terminus

3-4
 Jenis Struktur Protein
• Urutan linier asam amino adalah struktur utama
protein
• Interaksi asam amino dan gugus karboksil
menimbulkan struktur sekunder protein
– Struktur sekunder merupakan hasil ikatan hidrogen
antara asam amino dan gugus karboksil antar
tetangga dekat
– Jenis umum dari struktur sekunder:
 spiral
 lembar

3-5
 Struktur Sekunder Heliks
• Di-heliks polipeptida
struktur sekunder
tulang punggung grup
H terikat satu sama
lain
• Garis putus-putus
pada gambar
menunjukkan ikatan
hidrogen antara asam
amino di dekatnya 3-6
 Lembar Struktur Sekunder
• Itu pola lembar 2° struktur
juga terjadi ketika
polipeptida tulang
punggung kelompok
membentuk ikatan H.
• Dalam konfigurasi
lembaran, rantai polipeptida
yang diperpanjang dikemas
berdampingan
• Kemasan berdampingan ini
menciptakan tampilan 3-7
 Struktur Tersier
• Bentuk tiga dimensi
polipeptida total adalah
struktur tersiernya
• Aspek yang menonjol
dari struktur ini adalah
interaksi rantai samping
asam amino
• Bentuk polipeptida yang
bulat adalah struktur
yang kira-kira berbentuk
bola 3-8
 Domain Protein
• Daerah struktural kompak dari
protein disebut sebagai
domain
• Imunoglobulin memberikan
contoh 4 domain globular
• Domain mungkin berisi
fungsional-struktural umum
motif
– Jari seng
– Kantong hidrofobik
• Kuarter struktur adalah
interaksi dari 2 atau lebih
polipeptida
3-9
 Ringkasan
• Protein adalah polimer dari asam amino
yang dihubungkan melalui ikatan peptida
• Urutan asam amino dalam polipeptida
(struktur primer) menghasilkan molekul itu:
– Bentuk lokal (struktur sekunder)
– Bentuk keseluruhan (struktur tersier)
– Interaksi dengan polipeptida lain (struktur
kuaterner)

3-10
 Fungsi Protein
Protein:
– Menyediakan struktur yang membantu
memberikan integritas dan bentuk sel
– Berfungsi sebagai hormon yang membawa
sinyal dari satu sel ke sel lainnya
– Mengikat dan membawa zat
– Kontrol aktivitas gen
– Berfungsi sebagai enzim yang mengkatalis
ratusan reaksi kimia
3-11
 Hubungan Antara Gen dan
Protein
• 1902 Dr. Garrod mengemukakan
hubungan antara penyakit manusia dan
gen resesif
• Jika satu gen mengendalikan produksi
suatu enzim, kekurangan enzim tersebut
dapat menyebabkan penumpukan asam
homogentisic yang diekskresikan dalam
urin.
• Jika gen yang bertanggung jawab atas
enzim tersebut rusak, kemungkinan besar
enzim juga akan rusak 3-12
 Satu-gen / Satu-polipeptida
• Seiring waktu, banyak eksperimen telah
dibangun di atas pekerjaan awal Garrod
• Banyak enzim mengandung lebih dari satu
rantai polipeptida dan setiap polipeptida
biasanya dikodekan dalam satu gen
• Pengamatan ini mengarah pada satu gen
satu hipotesis polipeptida:
Kebanyakan gen mengandung informasi untuk
membuat satu polipeptida

3-13
 Pembawa Informasi
• Pada 1950-an dan 1960-an, konsep
bahwa messenger RNA membawa
informasi dari gen ke ribosom
dikembangkan
• Pembawa perantara diperlukan karena
DNA ditemukan di nukleus, sedangkan
protein dibuat di sitoplasma
• Beberapa jenis molekul harus
memindahkan informasi dari DNA di
dalam nukleus ke tempat sintesis protein
di sitoplasma 3-14
 Penemuan Messenger RNA
• Ribosom adalah situs sitoplasma sintesis
protein
• RNA dari ribosom tidak bergerak di antara
nukleus dan sitoplasma
• Jacob mengusulkan alternatif ribosom non-
khusus yang menerjemahkan RNA yang
tidak stabil pembawa pesan
• Pembawa pesan ini adalah RNA
independen yang memindahkan informasi
dari gen ke ribosom 3-15
Eksperimen untuk Menguji
mRNA

3-16
 Eksperimen Crick dan Jacob
• RNA fag berlabel radio dalam percobaan
ditemukan terkait dengan ribosom tua
yang rRNA-nya dibuat sebelum infeksi.
• rRNA tidak membawa informasi dari DNA
• Kelas lain dari RNA tidak stabil
berasosiasi secara temporer dengan
ribosom

3-17
 Ringkasan
Messenger RNA membawa informasi
genetik dari gen ke ribosom, yang
kemudian mensintesis polipeptida

3-18
 Transkripsi
• Transkripsi mengikuti aturan pasangan
basa yang sama seperti replikasi DNA
– Ingat U menggantikan T di RNA
– Pola pasangan basa ini memastikan bahwa
transkrip RNA adalah salinan gen yang setia
• Agar transkripsi terjadi pada tingkat yang
signifikan, reaksinya dimediasi oleh enzim
• Transkripsi pengarahan enzim disebut
RNA polimerase
3-19
Sintesis RNA

3-20
 Fase Transkripsi
Transkripsi terjadi
dalam tiga fase:
1. Inisiasi
2. Pemanjangan
3. Penghentian

3-21
 Inisiasi
• RNA polimerase mengenali wilayah,
promotor, yang terletak tepat di hulu gen
• Polimerase mengikat erat promotor
menyebabkan pemisahan lokal dari dua
untai DNA
• Polimerase mulai membangun rantai RNA
dengan menambahkan ribonukleotida
• Setelah beberapa ribonukleotida bergabung
bersama, enzim meninggalkan promotor
dan perpanjangan dimulai 3-22
 Pemanjangan
• RNA polimerase mengarahkan pengikatan
ribonukleotida dalam arah 5 'ke 3'
• Pergerakan polimerase di sepanjang
cetakan DNA menyebabkan "gelembung"
untai DNA yang terpisah juga ikut
bergerak
• Sebagai transkripsi DNA berlalu, dua untai
DNA membentuk kembali heliks ganda
3-23
Perbedaan Antara Transkripsi dan
Replikasi DNA
Ada dua perbedaan mendasar antara
transkripsi dan replikasi DNA
1. RNA polimerase hanya membuat satu untai
RNA selama transkripsi, ia hanya menyalin
satu untai DNA dalam gen tertentu
– Ini membuat transkripsi asimetris
– Replikasi adalah semikonservatif
2. Peleburan DNA terbatas dan sementara
selama transkripsi, tetapi pemisahannya
permanen dalam replikasi
3-24
 Penghentian
• Analog dengan aktivitas awal promotor,
ada daerah di ujung gen lain yang
berfungsi untuk menghentikan transkripsi.
• Terminator ini bekerja dengan RNA
polimerase untuk melonggarkan hubungan
antara produk RNA dan cetakan DNA
• Akibatnya, RNA terdisosiasi dari RNA
polimerase dan DNA serta transkripsi
berhenti
3-25
 Tengara Transkripsi
• Urutan RNA ditulis 5 'sampai 3', dari kiri ke
kanan
• Terjemahan terjadi 5 'ke 3' dengan ribosom
membaca pesan 5 'ke 3'
• Gen ditulis sehingga proses transkripsi dari
kiri ke kanan
• Area promotor gen terletak tepat sebelum
area awal ke hulu dari transkripsi
• Karena itu, gen dikatakan berbohong hilir
promotor mereka
3-26
 Ringkasan
• Transkripsi berlangsung dalam tiga tahap:
– Inisiasi
– Pemanjangan
– Penghentian
• Inisiasi melibatkan pengikatan RNA
polimerase ke promotor, peleburan lokal dan
pembentukan beberapa ikatan fosfodiester
pertama
• Selama perpanjangan, RNA polimerase
menghubungkan ribonukleotida dalam arah 5
'ke 3' untuk membuat RNA lainnya.
• Dalam terminasi, produk polimerase dan
3-27
RNA berdisosiasi dari cetakan DNA
 Terjemahan - Ribosom
• Ribosom adalah mesin penyintesis protein
– Subunit ribosom ditetapkan dengan angka
seperti 50S atau 30S
– Nomor adalah koefisien sedimentasi - ukuran
kecepatan partikel yang mengendap melalui
larutan berputar dalam ultrasentrifuge
• Setiap subunit ribosom mengandung RNA
dan protein

3-28
 RNA ribosom
• Kedua subunit ribosom keduanya
mengandung molekul RNA ribosom
(rRNA) dan berbagai protein
• rRNA berpartisipasi dalam sintesis protein
tetapi TIDAK mengkode protein
• Tidak ada terjemahan rRNA yang terjadi

3-29
 Ringkasan
• Ribosom adalah pabrik
protein sel
• Bakteri mengandung
ribosom 70S
• Setiap ribosom memiliki
2 subunit
– 50 detik
– 30 detik
• Setiap subunit
mengandung rRNA dan
banyak protein
3-30
 Molekul Adaptor Terjemahan
• Membangkitkan protein dari ribosom
membutuhkan perubahan dari asam
nukleat menjadi asam amino
• Perubahan ini digambarkan sebagai
terjemahan dari bahasa pasangan asam
basa nukleat ke bahasa asam amino
• Crick mengusulkan bahwa beberapa jenis
molekul adaptor diperlukan untuk
menjembatani penerjemahan, mungkin
RNA kecil 3-31
 Transfer RNA: Molekul Adaptor
• Transfer RNA adalah RNA
kecil yang mengenali RNA
dan asam amino
• Model daun semanggi
digunakan untuk
menggambarkan fungsi
tRNA
• Salah satu ujung (atas)
mengikat asam amino
dengan urutan yang
spesifik untuk asam amino
tertentu
• Ujung bawah berisi urutan 3-32
 Kodon dan Antikodon
• Enzim yang mengkatalisis
perlekatan asam amino
ke tRNA adalah sintetase
aminoasil-tRNA
• Triplet dalam mRNA
disebut a kodon
• Urutan komplementer
untuk kodon yang
ditemukan di tRNA
adalah antikodon

3-33
 Ringkasan
• Dua situs penting pada tRNA
memungkinkan mereka mengenali asam
amino dan asam nukleat
• Satu situs mengikat secara kovalen ke
asam amino
• Situs tersebut berisi antikodon pasangan
basa dengan kodon 3-bp dalam mRNA
• TRNA mampu melayani peran adaptor
yang didalilkan oleh Crick dan merupakan
kunci mekanisme terjemahan 3-34
 Inisiasi Sintesis Protein
• Kodon inisiasi (AUG) berinteraksi dengan
aminoasil-tRNA khusus
– Pada eukariota ini adalah metionil-tRNA
– Pada bakteri itu adalah turunan yang disebut N-
formylmethionyl-tRNA
• Posisi kodon AUG:
– Di awal pesan, AUG adalah pemrakarsa
– Di tengah pesan AUG adalah metionin biasa
• Urutan Shine-Dalgarno terletak tepat di hulu
AUG, berfungsi untuk menarik ribosom
– Unik untuk bakteri
– Eukariota memiliki tutup khusus pada ujung 5'-mRNA
3-35
 Perpanjangan Terjemahan
• Setelah inisiasi, memulai aminoasil-tRNA
mengikat ke situs di ribosom, Situs P.
• Perpanjangan menambahkan asam amino
satu per satu ke asam amino yang memulai
• Langkah perpanjangan pertama adalah
mengikat aminoasil-tRNA kedua ke situs lain
di ribosom, Sebuah tempat
• Proses ini membutuhkan:
– Sebuah faktor perpanjangan, EF-Tu
– Energi dari GTP
3-36
Ringkasan Perpanjangan
Terjemahan

3-37
 Penghentian Terjemahan dan
Struktur mRNA
• Tiga kodon berbeda (UAG, UAA, UGA)
menyebabkan penghentian terjemahan
• Protein yang disebut faktor pelepasan
mengenali penyebab kodon stop ini
– Terjemahan untuk berhenti
– Pelepasan rantai polipeptida
• Kodon inisiasi dan kodon terminasi di
ujungnya mendefinisikan buka bingkai
baca (ORF)
3-38
 Hubungan Struktural Antara
Gen, mRNA dan Protein
Transkripsi DNA (atas)
tidak dimulai atau
diakhiri di tempat yang
sama dengan
terjemahan
– Transkripsi dimulai pada
G pertama
– Terjemahan dimulai 9-
bp hilir
– MRNA ini memiliki
pemimpin 9-bp atau
wilayah 5'-tidak
diterjemahkan / 5'-UTR 3-39
 Hubungan Struktural Antara
Gen, mRNA dan Protein
Urutan trailer ada di
ujung mRNA
– Itu terletak di antara
kodon stop dan situs
penghentian transkripsi
– MRNA ini memiliki
wilayah 3'-tidak
diterjemahkan atau 3'-
UTR

3-40
 3.2 Replikasi
• Gen mereplikasi dengan setia
• Replikasi semikonservatif menghasilkan
DNA baru dengan setiap heliks ganda
putri memiliki 1 untai induk dan satu untai
baru

3-41
 Jenis Replikasi
Teori alternatif replikasi
adalah:
– Semikonservatif: setiap
anak perempuan
memiliki 1 orang tua dan
1 untai baru
– Konservatif: 2 untaian
induk tetap bersama
– Menyebar: DNA
terfragmentasi, baik DNA
baru maupun lama hidup
berdampingan dalam 3-42
untai yang sama
 3.3 Mutasi
• Gen mengakumulasi perubahan atau
mutasi
• Mutasi penting untuk evolusi
• Jika nukleotida dalam gen berubah,
kemungkinan besar perubahan yang
sesuai akan terjadi pada asam amino dari
produk protein gen tersebut
– Jika mutasi menghasilkan kodon yang
berbeda untuk asam amino yang sama, itu
adalah a diam mutasi
– Seringkali asam amino baru secara struktural3-43
 Penyakit sel sabit
• Penyakit sel sabit adalah kelainan genetik
• Penyakit ini disebabkan oleh perubahan
basa tunggal pada gen -globin
– Basa yang berubah menyebabkan penyisipan
asam amino yang salah ke salah satu posisi
protein -globin
– Hasil protein yang diubah dalam distorsi sel
darah merah dalam kondisi oksigen rendah
• Penyakit ini menggambarkan bahwa
perubahan gen dapat menyebabkan
perubahan yang sesuai pada produk
protein gen tersebut 3-44
 Mutasi Gen dan Protein

• Kodon glutamat, GAG, diubah menjadi kodon

valin, GUG
• Mengubah gen dengan satu pasangan basa
menyebabkan perubahan yang menghancurkan
pada produk protein
3-45