Tugas Pengantar Bioteknologi Proteksi Tanaman Nama NIM : Sri Mulyani : G44080002

BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS =megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC= blasthome

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Pembahasan
BLAST merupakan fitur yang dapat digunakan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. BLAST dapat dimanfaatkan untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Program BLAST yang digunakan adalah Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) yaitu mencari kemiripan sekuens dna. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment . Berdasarkan hasil BLAST untuk Staphylococcus aureus subsp. aureus CO-23 contig00036 adalah terdapat 15 jenis sekuens yang homologinya lebih dari 95%, salah satunya adalah Staphylococcus aureus plasmid SAP015B dengan homologi mencapai 99%. Contoh perbandingan alignment:

Berdasarkan kemiripan sekuens yang dimiliki kita dapat menemukan persamaan kekerabatan berdasarkan sekuens yang kita miliki dengan sekuens lain. Sekuens yang homologinya diatas 95% berasal dari spesies yang sama yaitu Staphylococcus aureus.