Resume Genetika Struktur Genetik dari Populasi

Oleh Kelompok 5
Aji Pramono, Zakiyatul Miskiyah/H kamis Pagi
Box 22. Elektroforesis Gel
Teknik yang digunakan untuk mengukur variasi genetik pada populasi alami. Sampel
jaringan dari setiap organisme homogen untuk melepaskan enzim dan protein lain dari sel
sampel. Cairan homogen tersebut kemudian di letakkan pada gel yang terbuat dari agar,
polyacrylamide atau jelly lain. Kemudian dihubungkan pada arus listrik. Setiap Enzim dan
beberapa protein pada sampel bermigrasi searah dan bergantung pada muatan listrik dan
ukuran molekularnya
Setelah gel menghilang dari daerah elektrikal, maka diberlakukan solusi kimiawi khusus
untuk membuka posisi pada enzim yang berpindah dan larutan garam akan bereaksi dengan
produk yang yang dikatalisis oleh enzim. Reaksi enzim yang berpindah bisa dilihat sebagai
berikut :
Substrat Produk+salt+Colored spot
Kegunaan dari metode ini menunjukkan fakta bahwa genotip dari lokus gen
mengkode enzim spesifik yang dapat menentukan setiap individual dalam sampel melalui
jumlah dan posisi titik yang diamati dalam gel. Misalkan pada gel yang menunjukkan posisi
dari enzim phosphoglukomutase; gel berisi homogenasi dari 12 Drosophila . lokus gen yang
mengkode enzim ini dapat disingkat menjadi pgm. Individu pertama dan ketiga dalam gel
dimulai dari sebelah kiri, mempunyai enzim dengan mobilitas elektroforesis yang berbeda,
dan berbeda juga urutan asam amimonya, ini menunjukkan bahwa asam aminonya dikode
oleh alel yang berbeda. Gambarannya alel yang mengkode enzim pada individu pertama
adalah pgm100 dan individu ketiga pgm108. Enzim yang dikode oleh alel pgm 108 bermigrasi 8
mm lebih jauh pada gel daripada enzim yang dikode oeh pgm100.
Varian protein dikontrol oleh varian alel pada lokus gen tunggal dan dideteksi oleh
elektroforesis yang disebut dengan allozymes atau elektromorphs. Elektromophs dengan
migrasi yang sama dalam gel mungkin merupakan produk dari lebih dari satu alel, karena (1)
triplet yang sinonim kerana mengkode asam amino yang sama dan (2) beberapa asam amino
substitusi tidak megubah gerakan elektroforesis dari protein. Oleh karena itu gel
elektroforesis masih memperkirakan secara rendah banyaknya variasi genetik, meskipun
tidak secara tepat diketahui berapa banyaknya variasi genetik itu.
VARIASI ESTIMASI ELEKTROFORESIS
Teknik ini Pertamakali di aplikasikan untuk variasi estimasi genetik pada populasi
alami pada tahun 1966. Sejumlah populasi beberapa mahluk hidup sudah disurvei sejak saat
itu. Pada buku ini hanya akan dijabarkan dua kajian saja. Pertama, variasi loci pada populasi
Europeans. Memiliki 20 variabel loci dari 71 sampel loci. Heterozigozitas pada populasi ini
sebesar 0,067.
Dari total 39 gen loci untuk enzim tela dipelajari pada populasi cacing laut
(Phronopsis viridis) dari California. Pada tabelnya menunujukkan adanya pemberian simbol
untuk menunjukkan 27 loci yang manapada akir 2 allel yang ditemukan. Tabelnya juga
menunjukkan adanya heterozigositas hasil observasi dan ekspektasi . Hasilnya menunjukkan

heterizigositas yang diobservasi lebih rendah dari yang diharapkan yang mungkin disebabkan
karena adanya pembelahan tunggal karenaPhronopsis viridis sendiri merupakan hewan
hermaprodit. Percobaan dengan kajian elektroforesis mengindikasikan bahwa biasanya
sampel 20 gen loci cukup, estimasi heterozigositas biasanya merubah sebagian kecil sampel
loci melebihi 20.
Variasi genetik dalam populasi alami
Variasi genetik yang cukup besar terdapat di populasi alami. Hasil survei
elektroforesis diperoleh dari 69 spesies tanaman dan 125 spesies hewan di mana cukup
banyak lokus pada sampel. Antara hewan tampaknya, invertebrata memiliki variasi genetik
yang lebih dari vertebrata, meskipun ada pengecualian. Tanaman menunjukkan heterozigot
rata-rata 12,1%, dengan keluar melintasi tanaman menunjukkan variasi genetik yang lebih
daripada yang mereproduksi terutama oleh individu itu sendiri.
Salah satu cara untuk mengetahui sejumlah besar variasi generik yang ditemukan
dalam populasi alami adalah sebagai berikut. Pertimbangan manusia, dengan heterozigot
6,7% terdeteksi oleh elektroforesis. Jika kita mengasumsikan bahwa terdapat 30.000 lokus
gen struktural dalam seorang manusia, yang mungkin meremehkan, seseorang akan
heterozigot pada 30.000 x 0,067 = 2.010 lokus. Seperti individu-individu secara teoritis dapat
menghasilkan 22010 10605 jenis gamet. (Seorang individu heterozigot pada salah satu
lokus bisa menghasilkan dua macam gamet, alel satu dengan masing-masing;. Suatu
heterozigot individu pada lokus gen n memiliki potensi menghasilkan 2 "gamet yang
berbeda) ini jumlah gamet tidak akan pernah diproduksi oleh setiap individu, Namun, juga
oleh seluruh manusia jenis, jumlah perkiraan total proton dan neutron di alam semesta, 1076,
adalah sangat kecil dengan perbandingan. Perhitungan menunjukkan bahwa tidak ada dua
gamet manusia independen cenderung identik dan bahwa tidak ada dua individu manusia
(kecuali yang berasal dari zigot yang sama, seperti kembar identik) yang ada sekarang,
Teknik elektroforesis telah memungkinkan untuk mendapatkan perkiraan variasi
genetik dalam populasi alami. Dua kondisi yang diperlukan untuk membuat perkiraan yang
tepat dari variasi genetik: (1) bahwa suatu sampel acak dari semua lokus gen diperoleh dan
(2) bahwa semua alel pada lokus dideteksi setiap. Elektroforesis memisahkan protein
berdasarkan diferensial mereka mil-Gration dalam medan listrik. Beberapa metode telah
digunakan untuk mendeteksi perbedaan protein samar tidak dapat dibedakan dengan teknik
elektroforesis standar. Salah satu metode adalah elektroforesis sekuensial, yang terdiri dari
melakukan elektroforesis sampel yang sama di bawah kondisi yang beragam-misalnya,
dengan menggunakan buffer berbeda atau konsentrasi gel yang berbeda. Metode lain
memperlihatkan contoh jaringan atau enzim untuk suhu tinggi atau beberapa agen denaturing
lain seperti urea. Dua protein dengan mobilitas elektroforesis identik mungkin menjadi
dibedakan karena satu tetapi tidak yang lain didenaturasi dengan pengobatan.
BOX 22.2 Efektif Jumlah Alel
Dua ukurane dari variasi genetik telah diperkenalkan sebelumnya. frekuensi dari
lokus polimorfik per penduduk, atau polimorfisme, dan H, frekuensi rata-rata lokus
heterozigot per individu, atau heterozigositas. Parameter lain digunakan untuk mengukur
variasi genetik adalah jumlah alel efektif, ne, yang mana berkaitan dengan H oleh hubungan
yang sederhana
Ne= 1/(1 - H)

n, adalah kebalikan dari frekuensi homozigot. Salah satu cara berpikir tentang n,
adalah mempertimbangkan sebagai jumlah alel bahwa, jika mereka semua terjadi pada
frekuensi yang sama, akan memberikan nilai heterozigositas bawah acak. Jika ne=1 maka
H=0, jika ne=2 maka H=0,50
Peningkatan variasi genetik yang lebih baik diukur dengan n, daripada oleh H.
Perhatikan perubahan dari dua alel, masing-masing dengan frekuensi 0,5, sampai empat alel,
masing-masing dengan frekuensi 0,25. Peningkatan heterozigositas adalah 0,50-0,75, dan
perbedaannya adalah H '- H = 0,25, atau meningkat 50% dari nilai asli (juga, H' / H =
0.75/0.50 = 1,50).
Polimorfisme DNA
Hanya beberapa dari perbedaan urutan DNA tercermin dalam variasi protein.
Perbedaan antara kodon identik tidak mengubah asam amino dikodekan; dan 90% atau lebih
dari DNA tidak menjadi translasi menjadi protein. DNA diterjemahkan mencakup
seintervensi sequences (intron) antara daerah pengkode (ekson) serta antar-urutan yang
memisahkan satu gen dari setelanya. Banyak variasi genetik (perbedaan dalam urutan DNA)
yang ada di luar mempengaruhi urutan asam amino dari protein (meskipun banyak dari
variasi DNA tambahan mungkin memiliki arti kurang adaptif daripada variasi yang
mengubah urutan protein). Restriksi endonuklease analisis dan sekuensing DNA telah
membuka penyelidikan masalah ini.
Ada 13 substitusi nukleotida satu dengan yang lain dan tiga segmen dihapus di salah
satu alel (atau dimasukkan ke dalam yang lain). Tidak ada substitusi terjadi pada ekson; yang
paling (sembilan) terkonsentrasi di setengah 5'dari intron panjang. Dua penghapusan masingmasing 4 np panjang (741-744 dan 791-794 posisi urutan), yang ketiga terdiri dari 18 pasang
nukleotida bersebelahan (mulai pada posisi 1080).

Soal
1. Bagaimanakan cara melakukan teknik elektroforesis Gel
Jawab : elektroforesis el dapat dilakukan dengan mengunakan sampel jaringan yang telah
homogen untuk mengeluarkan enzim dan protein lain dari sel-sel. Cairan homogen tersebut
kemudian di letakkan pada gel yang terbuat dari agar, polyacrylamide atau jelly lain.
Kemudian dihubungkan pada arus listrik. Setiap Enzim dan beberapa protein pada sampel
bermigrasi searah dan bergantung pada muatan listrik dan ukuran moleulnya. Setelah gel
menghilang dari daerah elektrikal, maka diberlakukan solusi kimiawi khusus untuk membuka
posisi pada enzim yang berpindah dan larutan garam akan bereaksi dengan produk yang yang
dikatalisis oleh enzim