Modulm

DIKTAT MATA KULIAH
M I K R O B I O L O G I
:
Disusun oleh
Drs. Adiwarna
JURUSAN TEKNIK KIMIA FAKULTAS TEKNIK

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH JAKARTA
2008
1
Materi matakuliah mikrobiologi membahas tentang :
I. Dasar-dasar mikrobiologi
I.1. Morfologi ( bentuk luar)
I.2. Fisiologi (susunan sel)
I.3. Reproduksi (kembang biak)
I.4. Habitat (tempat hidup)
I.5. Nutrien (bahan makanan)
I.6. klasifikasi
II. Identifikasi mikroba dengan cara kimia
II.1. Presumptive test
II.2. Confirm test
II.3. Complete test
II.4. Gramstain test
III. Identifikasi mikroba dengan teknik mikroskopi
III.1. Mikroskop medan terang
III.2. Mikroskop perbedaan fase
III.3. Mikroskop fluoresensi
III.4. Mikrosop elektron
III.5. Foto mikroskopi
III.5.1. Teknik fotografi
III.5.2. Teknik komputerisasi
IV. Medium mikroba
IV.1. Medium cair
IV.2. Medium padat
V. Inokulasi mikroorganisme
V.1. Kultur murni
V.2. Kultur preparat
V.3. Kultur produksi
VI. Enzim
VI.1. Definisi enzim
2
VI.2. Penamaan enzim
VI.3. Jenis-jenis enzim
VI.4. Reaksi enzimasi
VI.5. inhibitor
VII. Hormon
VII.1. Definisi hormon
VII.2. Jenis-jenis hormon
VIII. Fermentasi
VIII.1. Fermentasi batch
VIII.2. Fermentasi kontinue
IX. Aplikasi fermentasi mikroba
IX.1. Fermentasi asam laktat.
IX.2. Fermentasi alkohol
IX.3. Fermentasi yoghurt
IX.4. Fermentasi keju
IX.5. Fermentasi sauerkraut
IX.6. Fermentasi saus daging
IX.7. Fermentasi tempe
IX.8. Fermentasi saus kedelai dan miso
IX.9. Fermentasi nata decoco
IX.10. Fermentasi asam cuka
IX.11. Fermentasi Beer brewing
IX.12. Fermentasi single cell protein
IX.13. Fermentasi protein
3
BAB I
1. MIKROBIOLOGI
Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari tentang organisme berukuran micrometer yang terdiri
dari algae, bakteri, fungi, protozoa, dan virus. Organisme ini pada umumnya tidak dapat dilihat
dengan mata , tetapi bisa dilihat dengan bantuan alat pembesar penglihatan seperti mikroskop. Namun
berbentuk koloni ada yang bisa dilihat dengan mata .
Secara garis bersarnya rumpun oragnisme adalah sebagai berikut :
1. makro organisme (organisme) tingkat tinggi
Kingdom
Plantae Animalia
---------------------------------------------------------------------------------------------------
2. mikroorganisme
Algae Fungi Protozoa
Bakteri Virus
4
Berdasarkan kinerjanya mikroorgansime dapat dibagi menjadi 3 bahagian :
a. Mikroorgansime effektif adalah mikroorgansime yang dapat merubah substrat menjadi produk
yang mempunyai mutu lebih baik dari substratnya dan tidak merusak.
b. Mikroorgansime pembusuk adalah mikrorgansime yang dapat merubah substrat menjadi busuk
yang beraroma tak sedap.
c. Mikroorganisme pathogen adalah mikroorgansime yang dapat menyebabkan penyakit pada
organsime lain.
klassifikasi mikroorganisme berdasarkan taksonominya contoh schizomycetes octosporus adalah :
- Domain (prokaryot )
- Kingdom (plantae)
- Divisi ( mycota)
- Subdivisi (Eumycotina)
- Kelas (Ascomycetes)
- Subkelas (Hemiascomicetidae)
- Ordo ( Endomycetales)
- Famili ( Saccharomycetaceae)
- Genus ( Schizomycetes)
- Species (octosporus)
- Strain
bardasarkan rumpun biologisnya mikroorganisme dibagi menjadi 5 kelompok :
a. Algae
b. Bakteri
c. Fungi
d. Protozoa
e. virus
Domain microorganisme dibagi menjadi 2 :
- Procaryote. cell structure
 Eubacteria
 Archaebacteria
 Fungi
 Protista
5
- Eucaryotic cell structure
 Plantae
 Animalia
Bagan struktur organisme menurut J. D. Hendrix dkk adalah sebagai berikut :
6
KINGDOMS
Prokaryotic Eubacteria
cell structure Archaebacteria
Algae Protozoans Slime Molds

Protista
Fungi Zygomycota Basidiomycota Ascomycota Deuteromycota Lichens
Plantae Nonvascular Seedless Bryophyta Hepatophyta Anthrocerophyta
Eukaryotic Vascular Seedless Pterophyta Sphenophyta Psilotophyta Lycophyta
cell structure Description Coniferophyta

Gymnosperms
Vascular Ginkgophyta Cycadophyta Gnetophyta
Seed Anthophyta Reproduction Stems, Roots Leaves
Angiosperms
Class - Dicotyledones Class - Monocotyledones
Animalia Next Page
 e.Nature.com AUDUBON ONLINE FIELD GUIDES
 The Diversity of Living Organisms: Themes of Adaptation and Evolution
Animations by Jerald D. Hendrix · William Ensign · Heather Sutton - Kennesaw State University
Prokaryot dapat dibagi menjadi 2 kelompok berdasarkan studi filogenetik (proses evolusi) menjadi
archaebakteria (bakteri primitif) dan eubakteria (bakteri).
Pengelompokan bakteri tersebut dapat dilihat pada tabel dibawah ini :
6
Prokaryot berbeda dari eubakteria yang mengandung polimer unik berupa metanochondroitin dan
pseudomurein, dan juga mempunyai membran yang berbeda lipid.
Archea dibagi menjadi 3 kingdom
- Euryarchaeota mengandung methanogen seperti methanobacterium, methansarchina, halofil
ekstrim halobakterum dan halococcus.
- Crenarcheota mengandung sangat banyak barofil dan termofil yang meliputi pyrodictium,
pyrolobus, sulfolobus, dan thermoproteus.
- Korarchaeota yang bersifat hiperthermofilus yang belum berhasil diisolasi dalam bentuk kultur
murni.
7
Nutrien :
Nutrien pada mikroorganisme umumnya terdiri dari unsur makro ( C, H, O, N, P) dan unsure mikro
S, K, Ca, Fe, Mg.
Table 1. unsure makro dan mikro serta fungsinya pada sel mikroorganisme.
Unsur % berat Sumber Fungsi

kering*
Makronutrien
Carbon 50 Senyawa organic atau Konstituen utama pada bahan penyusun sel
CO2
Oksigen 20 H2O, senya organik, Konstituen pada bahan sel dan air sel, O2 adalah
CO2, dan O2 penarik electron pada proses pernafasan
Nitrogen 14 NH3, NO3, senyawa Konstituen dari asam amino, nukleotida asam nukleat
organik, N2 dan koenzim.
Hidrogen 8 H2O, senyawa organik, Konstituen dari senyawa organic dan air sel. Juga
H2 diperlukan pada pembentukan energi proton..
8
Posfor 3 Posfat anorganik (PO4) Konstituen dari asam nukleat, nukleotida, p[osfolipid,
LPS, asam teikoat
Mikronutrient
Sulfur 1 SO4, H2S, So, senyawa Konstituen dari cysteine, methionine, glutathione,
organic sulfur. beberapa coenzymes
Kalium 1 Garam kalium Bagian utama kation sel anorganik dan kofaktor untuk
enzim tertentu
Magnesium 0.5 Garam Magnesium Pembentuk kation anorganik sel , kofaktor untuk
enzim tertentu.
Kalsium 0.5 Garam Kalsium Inorganic cellular cation, cofactor for certain enzymes
and a component of endospores
Iron 0.2 Iron salts Component of cytochromes and other proteins and a
cofactor for some enzymatic reactions
*The % dry weights are for a typical E. coli cell in exponential growth phase.
Tidak semua unsur yang tercantum diatas digunakan oleh mikroorganisme. Hanya beberapa unsur saja
yang berperan sebagai sumber makanan bagi mikroorganisme.
Kebanyakan trace elements berfungsi sebagai kofaktor dalam beberapa macam enzim. Hanya sedikit saja
dari atom-atom tersebut diperlukan oleh setiap mikroorganisme pada beberapa percobaan terbukti
beberapa unsure yang diperlukan dalam jumlah runut adalah seng, tembaga, molybdenum dan kobal.
Unsur-unsur ini biasanya mengkontaminasi air dalam konsentrasi tinggi dan ditambahan unsur-unsur
nutrien lainnya ke dalam medium pertumbuhan mikroba sehingga tidak perlu ditambahkan lagi dalam
konsentrasi tinggi. Pada table diatas dijelaskan beberapa trace element dan perannya pada sel mikroba.
Kadar dari mikronutrien dan trace element yang diperlukan oleh suatu organisme adalah tergantung pada
proses metabolisme tubuhnya yang berbeda dari satu spesies ke spesies lainnya..
Table 2. Peran beberapa trace element dalam proses metabolisme.
9
unsur Contoh fungsinya
Co Penyusun dari vitamin B12, yang berperan untuk membawa gugus metal
Zn Pembentukan Struktur pada beberapa enzim termasuk DNA polymerase
Mo Reaksi tertentu yang melibatkan asimilasi nitrogen . Terdapat pada enzim nitrat reduktase dan
nitrogenase.
Cu Pengatur reaksi katalytik pada beberapa enzim yang bereaksi dengan oksigen seperti enzim
cytochrome oxidase.
Mn Diperlukan oleh sejumlah enzim pada katalitik site. Enzim fotosintesa tertentu menggunakan
senyawa mangan untuk memecah air menjadi oksigen dan proton.
Ni
Beberapa macam jenis enzim berbeda termasuk dalam metabolisme karbon monoksida,
metabolisme urea, dan metanogenesis
Some species can use just a few simple compounds as their sources for all macronutrients, micronutrients
and trace elements and from them synthesize all the complex molecules they need for growth. Other
microbes do not have that broad a metabolic repertoire and their growth depends upon certain organic
molecules that they are unable to synthesize. They therefore have to uptake these compounds from their
environment. Some examples of growth factors include
 Vitamins which are non-protein components of many enzymes

 Amino acids for protein synthesis
 Nucleic acids for DNA and RNA synthesis
The requirement or lack thereof for growth factors reflect the synthetic capability of a microbe and this in
turn reflects the environment that they live in. If a compound necessary for growth is always present in
the environment that a microbe lives in, it is very likely that the ability to synthesize that compound will
be lost, since it can always be taken up from the outside. Bacteria vary greatly with regard to their growth
10
requirements. Some bacteria, such as Anabaena variabilis, demand very little from their environment.
They are able to grow in a medium consisting of a few salts, an atmosphere with CO2, N2 and light.
Anabaena cells live in aquatic environments where nutrients can be scarce and sunshine is prevalent.
They often have to be capable of synthesizing everything they need and generating energy from the sun.
Others have very high growth requirements needing a number of vitamins, all twenty amino acids and all
nucleotides. For example, Streptococcus is a resident of the mucous membranes and the intestines, with t
he host routinely providing many of its nutrients. It has therefore lost the ability to synthesize many
compounds.
Figure 1 A picture of a lake for Anabaena and the skin for Streptococcus to show the different
environments.
Table 3 lists some of the vitamins that are sometimes required in culture medium. Most of the vitamins
are necessary in central metabolic functions and explains their absolute requirement in many bacteria.
Keep in mind that growth factor requirements are species specific, in fact most bacteria need just a few of
theses compounds or none at all.
Table 3. Vitamins and their roles in metabolism
Vitamin Coenzyme form Function
Folic acid Tetrahydrofolate Transfer of one-carbon units, required for

synthesis of thymine, purine bases, serine,
methionine and pantothenate
Biotin Biotin Biosynthetic reactions that require CO2 fixation
Lipoic acid Lipoamide Transfer of acyl groups in oxidation of keto

acids
11
Mercaptoethane- Coenzyme M CH4 production by methanogens
sulfonic acid
Nicotinic acid NAD (nicotinamide adenine Electron carrier, oxidation reduction reactions
dinucleotide) and NADP
Pantothenic acid Coenzyme A and the Acyl Carrier Oxidation of keto acids and acyl group carriers
Protein (ACP) in metabolism
Pyridoxine (B6) Pyridoxal phosphate Amino acid metabolism
Riboflavin (B2) FMN (flavin mononucleotide) Electron carrier, oxidation-reduction reactions

and FAD (flavin adenine
dinucleotide)
Thiamine (B1) Thiamine pyrophosphate (TPP) Decarboxylation of keto acids and transaminase
reactions
Vitamin B12 Cobalamine coupled to adenine Transfer of methyl groups

nucleoside
Vitamin K Quinones and napthoquinones Electron transport processes
1.1. ALGA (algology )

Algae termasuk tumbuhan primitif karena tidak memenuhi ciri sempurna dari tumbuhan, namun
dapat melakukan fotosintesa seperti halnya tumbuhan.
Algae merupakan organisme yang tidak seragam baik secara filogenetik ataupun secara morfologi,
tergantung pada keadaan geologis dan penyebarannya.
Beberapa diantaranya termasuk organisme bersel tunggal yakni organisme sederhana sering kali
bersel tunggal dan lainnya ada juga bersel banyak seperti halnya tumbuhan yang mempunyai sel
batang, akar, daun, buah, bunga. Sebahagian besar algae termasuk tumbuhan air baik yang hidup
di air tawar, air payau, dan air laut. Akan tetapi mudah sekali beradaptasi sesuai dengan kondisi
lingkungan tempatnya berada (habitat).
1.1.1. Morfologi
12
Morfologi adalah bentuk luar dari algae yang perlu diketahui untuk penentuan jenis algae dengan
mikroskop.
Morfologi algae dapat digolongkan menjadi 2 bahagian :
1.1.1.1. Algae tingkat rendah :
1.1.1.1.1. Coccus.
1.1.1.1.2. Monococcus.
1.1.1.1.3. Diplococcus.
1.1.1.1.4. Policoccus
a. Streptococcus
b. Gonococcus
1.1.1.1.5. Bacilus
- Monobacil
- Diplobacil
- Streptobacil
- spirobacil
1.1.1.1.6. Spiral.
1.1.1.1.7. Ceratium
1.1.1.1.8. penale
1.1.1.1.9. synura ( bunga kerang)
1.1.1.1.10. Laminar
a. Flat laminar
b. Bending laminar
13
1.1.1.2. Algae tingkat tinggi.
1.1.1.2.1. Laminaria
1.1.1.2.2. Ulfa.
1.1.1.2.3. Chara
1.1.1.2.4. Polysiphonia
1.1.1.2.5. Ectocarpus.
1.1.1.2.6. Nemalion.
1.1.1.2.7. Fucus
14
1.1.2. Fisiologi
15
16
1.1.2.1. Struktur sel
a. Dinding sel
b. Pigment.
c. Plasma
d. Nucleus.
e. Nucleulus
f. Mitochondria
1.1.3. Reproduksi
1.1.3.1. Vegetatif
1.1.3.2. Generatif
a. Spora
b. Filament.
c. budding
1.1.4. Klasifikasi
17
1.1.4.1. Cyanophyta (blue green algae)
1.1.4.2. Rhodophyta ( red algae)
1.1.4.3. Phaeophyta (brown algae)
1.1.4.4. Crypsophyta (golden algae)
a. Chrysophyceae.
b. Bacillarioophyceae.
c. Xanthophyceae.
1.1.4.5. Euglenophyta ( euglenoid algae)
1.1.4.6. Chlorophyta (green algae)
1.1.4.7. Phyrrophyta (dinoflagelata )
1.1.4.8. Cryptophyta (cryptomonad)
1.1.5. Habitat ( lingkungan )
1.1.5.1. Tanah basah.
1.1.5.2. Laut.
1.1.5.3. Air tawar.
1.1.5.4. Air payau.
1.1.5.5. Suhu 15 – 30 oC.
1.1.5.6. PH 6-8
1.1.5.7. Media
1.1.5.8. Nutrien ( CO2, H2O, ion, Mineral)
1.1. BAKTERI ( Bakteriologi )

Bakteri adalah mikroorganisme yang berasal dari rumpun organisme tumbuhan. Beberapa
diantaranya ada yang bisa menghasilkan fotosintesa, bakteri jenis ini mempunyai pigment yang
bisa merubah karbondioksida dan air menjadi makanannya dengan bantuan cahaya matahari,
biasanya hidup pada daerah terang (fotik). Tetapi ada juga bakteri yang hidup di habitat non fotik
pada sampah organisme lain, dan juga ada yang dapat menyebabkan penyakit bagi organisme.
Bakteri pertamakali ditemukan oleh Anton van Leeuwenhoek dari Delft Belanda pada tahun 1676.
Kemudian dilanjutkan oleh ahli kimia Perancis Louis Pasteur yang menemukan sintesa asam
laktat dan asam butirat dari hasil peragian bir dan anggur pada tahun 1857. Pada tahun 1876 ahli
kedokteran hewan Jerman Robert koch menemukan bakteri Bacillus Anthraxis yang menyebabkan
penyakit Anthrax pada sapi. Robert Koch dikenal sebagai ahli bakteriologi modern.
18
1.1.1. Morfologi ( panjang 0,5 – 10 m)
1.1.1.1. Coccus.
- Monococcus
- Diplococcus
- Tetracoccus
- Sarcina
- Streptococcus
- staphylococcus
1.1.1.2. Basil
- Mono basil
- Diplobasil
- Streptobasil
- polysades
1.1.1.3. Spiral
- Corkscrew
- Filamentous
- spirochaeta
1.1.1.4. Vibrio
1.1.1.5. Koma
1.1.1.6. Fuso
1.1.1.7. Helik
1.1.1.8. Club rod
19
1.1.2. Fisiologi
1.1.2.1. capsule atau envelop ( 0,002 –0,003 m)
1.1.2.2. dinding sel
1.1.2.3. Membrane
1.1.2.4. Cytoplasm
1.1.2.5. Nuclei
1.1.2.6. Nucleulus
20
1.1.3. Reproduksi
1.1.5.1. Generatif
1.1.5.2. Vegetatif
d. Spora
e. Filament.
f. budding
1.1.4. Klasifikasi bakteri
1 Class Ktedobacteria
2 Phylum Acidobacteria
2.1 Class Acidobacteria (class)
2.2 Class Solibacteres
3 Phylum Actinobacteria
21
3.1 Class Actinobacteria (class)
3.1.1 Subclass Acidimicrobidae
3.1.2 Subclass Actinobacteridae
3.1.3 Subclass Coriobacteridae
3.1.4 Subclass Rubrobacteridae
4 Phylum Aquificae
4.1 Class Aquificae (class)
5 Phylum Bacteroidetes
5.1 Class Bacteroidetes
5.2 Class Flavobacteria
5.3 Class Sphingobacteria
6 Phylum Chlamydiae
6.1 Class Chlamydiae (class)
7 Phylum Cholorobi
7.1 Class Chlorobia
8 Phylum Chloroflexi
8.1 Class Anaerolineae
8.2 Class Chloroflexi (class)
8.3 Class Thermomicrobia (class)
8.3.1 Subclass Sphaerobacteridae
9 Phylum Chrysiogenetes
9.1 Class Chrysiogenetes (class)
10 Phylum Cyanobacteria
11 Phylum Deferribacteres
22
11.1 Class Deferribacteres (class)
12 Phylum Deinococcus-Thermus
12.1 Class Deinococci
13 Phylum Dictyoglomi
13.1 Class Dictyoglomi (class)
14 Phylum Fibrobacteres
14.1 Class Fibrobacteres (class)
15 Phylum Firmicutes
15.1 Class Bacilli
15.2 Class Clostridia
15.3 Class Mollicutes
16 Phylum Fusobacteria
16.1 Class Fusobacteria (class)
17 Phylum Gemmatimonadetes
17.1 Class Gemmatimonadetes (class)
18 Phylum Lentisphaerae
19 Phylum Nitrospirae
19.1 Class Nitrospira (class)
20 Phylum Planctomycetes
20.1 Class Planctomycetacia
21 Phylum Proteobacteria
21.1 Class Alphaproteobacteria
21.2 Class Betaproteobacteria
21.3 Class Gammaproteobacteria
23
21.4 Subphylum delta/epsilon subdivisions
21.5 Class Deltaproteobacteria
21.6 Class Epsilonproteobacteria
22 Phylum Spirochaetes
22.1 Class Spirochaetes (class)
23 Phylum Thermodesulfobacteria
23.1 Class Thermodesulfobacteria (class)
24 Phylum Thermotogae
24.1 Class Thermotogae (class)
25 Phylum Verrucomicrobia
25.1 Class Verrucomicrobiae

a. Tanah
b. Air
c. Tumbuhan
d. Hewan
e. Manusia
1.1.5.1. Bakteri dalam saluran pencernaan manusia
a. Esterichia coli
b. Bakteriodes
c. Clostridium
d. Lactobacilli
e. Streptococci
1.1.5.2. Bakteri pada kulit dan air liur
a. Staphylococci, streptococci
b. Lactobacilli
c. Spirochetis
d. Coryne bacterium
24
e. Neisseria
1.1.5.3. Media
1.1.5.4. Suhu
1.1.5.5. pH
1.1.5.6. Nutrien
Bakteri dapat digolongkan menjadi 3 bahagian berdasarkan sumber energi yang digunakannnya :
a. Chemoorganotrophs
b. Photoautotrophs.
c. Chemolitothrophs.
1.2. JAMUR ( Mycology )

Jamur adalah organisme yang termasuk golongan tallophyta (tumbuhan yang tak berkromogen),
sederhana dan primitive. Kadang-kadang juga termasuk golongan hewan, namun sebenarnnya
berdasarkan sifat biologinya jamur digolongkan berada antara tumbuhan dan hewan.
Ada 75.000 spesies jamur yang telah diketahui, setiap tahunnya ditemukan sekitar 2.000 spesies. Dan
ada sekitar 200.000 spesies yang belum diketahui.
Yang termasuk jamur adalah mildews (jamur serbuk), mold (jamur kuping) , morels (jamur padi),
mushroom , puffball (jamur payung), rust (jamur karat), smuts, ruffles, dan yeast (ragi). Baberapa
jenis jamur berperan dalam fermentasi pada pembuatan roti, keju, minuman hasil fermentasi, dan juga
digunakan untuk pembuatan obat-oabtan seperti penisilin, riboflafin.
1.2.1. Morfologi
Morfologi jamur biasanya berupa :
- septa ( berupa filamen bersekat-sekat) Coenecytic hypae.
- Asepta (berupa filamen panjang tanpa adanya sekat-sekat) phaeophytic hyphae.
1.2.2. Fisiologi
25
Sel dari jamur terdiri dari bahagian berikut
1.2.2.1. Hipa
1.2.2.2. dinding sel
1.2.2.3. Protoplasma
1.2.2.4. Houstorian (inti sel).
1.2.2.5. Nukleus.
1.2.2.6. Nukleulus.
1.2.3. Reproduksi
- vegetatif
 spora
 membelah diri
 budding
- generatif
- -- Planogametic copulation
- -- Gametangial contact.
- -- Gametangial copulation
- -- Spermatizasi
- -- Somatogamy
1.2.4. Klasifikasi
1.2.4.1. Phylum(divisi) Ascomycota
- Class Neolectomycetes
- Class Pneumocystidomycetes
- Class Schizosaccharomycetes
- Class Taphrinomycetes
a. Subphylum (subdivisi) Pezizomycotina
- Class Arthoniomycetes
- Class Dothideomycetes
- Class Geoglossomycetes
- Class Eurotiomycetes
- Class Laboulbeniomycetes
- Class Lecanoromycetes
b. Subclass Acarosporomycetidae
c. Subclass Lecanoromycetidae
26
d. Subclass Ostropomycetidae
- Class Leotiomycetes
- Class Lichinomycetes
- Class Orbiliomycetes
- Class Pezizomycetes
- Class Sordariomycetes
e. Subclass Hypocreomycetidae
f. Subclass Sordariomycetidae
g. Subclass Xylariomycetidae
- Subphylum Saccharomycotina
- Class Saccharomycetes
1.2.4.2. Phylum Basidiomycota
- Subphylum Agaricomycotina
- Class Agaricomycetes
- Class Dacrymycetes
- Class Tremellomycetes
- Subphylum Pucciniomycotina
- Class Agaricostilbomycetes
- Class Attractiellomycetes
- Class Classiculomycetes
- Class Cryptomycocolacomycetes
- Class Cystobasidiomycetes
- Class Microbotryomycetes
- Class Mixiomycetes
- Class Pucciniomycetes
- Subphylum Ustilaginiomycotina
- Class Ustilaginomycetes
- Class Exobasidiomycetes
1.2.4.3. Phylum Chytridiomycota
1.2.4.4. Phylum Glomeromycota
- Class Glomeromycetes
1.2.4.5. Phylum Zygomycota
- Class Trichomycetes
- Class Zygomycetes
27
1.2.5. Habitat (tempat hidup)
a. Organisme.
b. Air.
c. Tanah basah.
d. Sampah organik
e. Suhu 0 – 35 o
f. pH asam sampai netral
g. nutrien
28
Ergotamine (micotoxin)
- Organisme hidup.
- Bahan organik dari organisme yang sudah mati.
- Media mengandung C, H, O, N, P, K, S, Mg, B, Mn, Cu, Mo, Fe, Zn dan Ga.
1.3. PROTOZOA (Protozoology)

Protozoa adalah hewan mikroskopik baik bersel tunggal atau berbentuk koloni dari sel yang hampir
sama. Ukurannya berkisar antara 10 – 100 mikron. Protozoa adalah hewan yang paling sukses dalam
melakukan regenerasi, ada sekitar 50.000 spesies yang telah teridentifikasi. Protozoa biasanya hidup
di air tawar, air laut, tanah, dan organisme yang hidup di air.
Pada dasarnya ada tiga bentuk utama dari protozoa : pertama bersel tunggal tanpa dinding sel, sel
berbentuk koloni, kedua berbentuk bebas yang bergerak denngan menggunakan flagel atau cilia,
ketiga berbentuk seperti amuba. Beberapa fungi dan alga ada yang menyerupai satu dua bentuk
ptotozoa ini. Protozoa mempunyai aneka ragam warna pigmen yang terletak pada lapisan permukaan
tubuhnnya atau terbungkus dalam sitopalsma. Protozoa termasuk hewan yang mempunyai sel
eukaryot.
29
1.3.1. Morfologi
Ukuran panjang 10 – 100 m, ada lebih 50.000 species yang sudah diidentifikasi.
Morfologi dari prorozoa adalah :
1.3.1.1. Coccus (bundar)
1.3.1.2. Flagel (berkaki akar)
1.3.1.3. Ciliata (berambut getar)
30
Radio laria
1.3.2. Fisiologi
31
1.3.2.1. Cytoplasm
1.3.2.1.1. Ground cytoplasm
1.3.2.1.2. Structures
a. Membranes.
b. Ribosome
c. Golgy complex
d. Parabasal bodies
e. Mitochondria.
f. Kinetoplast.
g. Plastid.
32
h. Fibril
i. Extrusomes
1.3.2.2. Pellicle
a. Pelindung dari panas
b. Pelindung dari senyawa kimia
c. Sensor kontak dengan individu lain
1.3.2.3. Nucleus
a. Chromosom
b. Nuclear substance
c. Karyoplasma
d. Nuclear envelop
Banyak nucleus pada inti
b. Mononucleus
c. Dinucleus ( Diplomonadina, Calonymphida, opamilinidia, Some amoebina, Testacea, Heliozoa,
Ciliata)
d. Multinucleus ( Radiolaria, foraminifera, Sporozoa )
1.3.3. Reproduksi
1.3.3.1. Vegetatif
1.3.3.1.1. Binary fission,
1.3.3.1.2. Multifission.
1.3.3.1.3. Budding
b. Regular budding
c. Metamorphosis.
d. Reactive budding..
1.3.3.2. Generatif
1.3.3.2.1. Gametogamy.
a. Phytomonadina
b. Polimastigma
c. Foraminifera
d. Sporozoa
1.3.3.2.2. Autogamy.
33
Proses autogamy
a. Persiapan kembang biak sel induk
b. Pembentukan sel turunan betina 6 jam kemudian.
c. Pembelahan sel 15 jam kemudian.
d. Pembentukan gamet selama meiosis 8 jam kemudian
e. Penggabungan gamet 16 jam kemudian.
f. Zygote 9 jam kemudian.
1.3.3.2.3. Gamontogamy
a. Gamontogamy dengan pembentukan gamet.
b. Gamontogamy tanpa pembentukan gamet.
c. Conjugasi
1.3.3.2.3.1. Isogamonty
- Pembelahan micronuclear pertama ( 14 jam)
- Pembelahan micronuclear kedua ( 1 jam)
- Pembelahan micronuclear pertama ( 3 jam)
- Pertukaran pronuclei dengan Karyogamy (20 menit)
- Pembelahan Selkaryon 1st, 2nd, 3rd ( masing-masing 2 jam)
- Penyusunan dan pembelahan exconjugant ( 72 jam)
- Total lama pembelahan conjugasi ( 4 hari)
1.3.3.2.3.2. Anisogamonty
1.3.3.2.3.2. Mating type
a. Bipolar system
b. Multipolar System
c. Selfing (terjadi kloniong dari tipe kematangan gamet yang berbeda)
1.3.3.2.3.3. Physiology of conjugation
1.3.3.2.3.4. Perubahan generasi
1.3.3.2.3.5. Heredity
1.3.3.2.3.6. Mutability
d. cahaya. Fotik
e. Suhu. (adaptability 28 – 36 oC)
f. Bahan Kimia ( NH4NO3, KH2PO4, MgSO4, CaCl2 , Trace element ).
34
1.3.4. Klasifikasi
a. Flagellata
- Chrysomonadina
- Cryptomonadina
- Phytomonadina
- Euglenoidina
- Dinoflagellata
- Protomonadina
- Diplomonadina
- Polymastigma
- Opalinina
b. Rhizopoda
- Amoebina
- Testacea
- Foraminifera
- Heliozoa
- Radiolaria
c. Sporozoa
- Gregarinida
- Coccidia
d. Cilliata
- Holotricha
- Petritricha
- Spirotricha
- Chonotricha
- Suctoria
e. Cnidosporodia
- Myxosporidia
- Actinomyxidia
- Microsporidia
35
- perairan
- biota
1.3.5.1. Media
- Air tawar
- Air asin
- Air payau
- Cairan organisme
1.3.5.2. Suhu 0 – 40 oC
1.3.5.3. pH sedikit asam sampai sedikit basa
1.3.5.4. Nutrien detritus, bakteri, algae, fungi.
1.4. VIRUS (virology)

Virus adalah suatu organisme parasit non sellular yang hidup dalam makhluk hidup. Struktur virus
sangat sederhana sekali. Kebanyakan dari virus hanya terdiri dari DNA atau RNA dan protein panutup
tubuhnya. Beberapa diantaranya juga mempunyai membran pembungkus. Sel virus yang sederhana itu
berperan sebagai metabolisme, pertumbuhan, dan reproduksi.
Beberapa para ahli berpendapat virus bisa berevolusi diantara sel makhluk hidup yang sudah mati dan
sel makhluk hidup yang masih hidup.
Virus dapat menyebabkan beberapa penyakit yang berbahaya bagi manusia, hewan, dan tumbuhan,
Penyelidikan tentang replikasi DNA pada virus oleh para ilmuwan akan membuka jalan untuk
mengendalikannya.
Diameter virus berukuran antara 20 – 400 nm
1.4.1. Morfologi
1.4.1.1. Coccus
1.4.1.2. Basil
1.4.1.3. Icosahedral
1.4.1.4. Ellipsoidal
36
Virus flu burung H5N1
Virus ebola
37
Virus herpes virus pox
Virus polio adeno virus
Tobacco mosaic virus virus demam kuning
1.4.2. Fisiologi
38
1.4.2.1. Membran atau palsma sel
1.4.2.2. Nukleus
1.4.2.3. Nukleulus.
1.4.3. Rep roduksi

1.4.3.1. Fagus DNA
1.4.3.2. Fagus RNA
1.4.3.3. Viru s hewan
1.4.3.4. Virus tumbuhan
39
40
1.4.4. Klasifikasi
1.4.4.1. Adeno virus
1.4.4.2. herpes virus
1.4.4.3. Pox virus
1.4.4.4. Myxo virus
1.4.4.5. Paramyxo virus
1.4.4.6. Rhabdovirus
1.4.4.7. Toga virus
1.4.4.8. Virus kanker
41
- organisme
1.4.5.1. Media
1.4.5.2. Suhu
1.4.5.3. pH
1.4.5.4. Nutrien
2. TEKNIK MIKROSKOPI
Teknik mikroskopi adalah teknologi untuk mendeteksi objek yang tak bisa dilihat dengan mata yang
menggunakan teknologi optic berupa rangkaian alat yang terdiri dari lensa, filter, condenser dan lain-
lain.meliputi :
1. Mikroskop medan terang
Bahagianbahagian dari mikroskop medan terang
1.1. Lensa okuler dan lensa objektif
1.2. Tubus.
1.3. Revolver (tempat dudukan lensa objektif)
1.4. Meja spesimen.
1.5. Kondensor dan bagianbagiannya.
1.6. Pengatur focus mikro dan makro.
1.7. Sumber cahaya
42
Lensa objektif dilabeli dengan :
1.1.1. Plan : Objektif planakromat, yaitu mempunyai permukaan rata dan akromat.
1.1.2. Ultrafluar : lensa objektif khusus untuk mikroskop ultraviolet yang telah dikoreksi untuk cahaya
yang mempunyai panjang gelombang antara 230 – 400 nm.
1.1.3. Epi plan HD : Lensa objektif yang mempunyai permukaan rata, untuk pencahayaan vertical dan
medan gelap.
1.1.4. Epi plan : Lensa objektif yang mempunyai permukaan rata untuk pencahayaan vertical.
1.1.5. Planapo : Lensa objektif yang mempunyai koreksi warna yang optimum, apertur maksimum, dan
permukaan rata.
1.1.6. Neofluar : lensa objektif yang mempunyai apertur tinggi, kontras tinggi, koreaksi warna yang
telah disempurnakan, tetapi tidak mempunyai permukaan rata.
1.1.7. POL : Lensa objektif untuk mikroskop polarisasi.
1.1.8. Ph 1 : Lensa objektif perbedaan fase untuk diafragma 1.
1.1.11. MI : lensa objektif yang mempunyai diafragma iris.
43
1.1.12. Korr : lensa objektif yang mempunyai apertur tinggi, pakai cincin koreksi, agar dapat dipakai
untuk berbagai macam kaca penutup yang tebalnya berbeda-beda.
2. Mikroskop perbedaan fase

Bahagian-bahagian dari mikroskop perbadaan fase
2.1. Lensa okuler dan lensa objektif perbadaan fase.
2.2. Tubus.
2.3. Revolver (tempat dudukan lensa objektif).
2.4. Meja spesimen.
2.5. Kondensor perbedaan fase dan bagianbagiannya.
2.6. Pengatur focus mikro dan makro.
2.7. Sumber cahaya.
2.8. Teleskop penyetel ( Centering telescope)
3. Mikroskop Fluoresensi
44
4. Mikroskop electron
5. Fotomikrografi
45
4.1. Specimen
4.2. Filter :
4.2.1. Filter koreksi/filter orthochromatik
4.2.2. Filter kontras.
4.2.3. Film.
4.2.4. Graininess
2. IDENTIFIKASI MIKROORGANISME DENGAN CARA KIMIA
Pada identifikasi mikroorganisme dengan cara kimia terjadi pembentukan gelebung udara pada tabung
reaksi kecil terblik ( tabung Durhams) pada saat terjadi proses metabolismenya yang menadakan test
positif yang berada dalam tabung reaksi besar yang berisi innokulum, nutrient, dan tabung reaksi kecil.
Sebelum innokulasi setelah innokulasi
46
2.1. Presumptive test.
Innokulum + Nutrient pada kondisi dan waktu optimum
(+) terbentuk gas (-) tak terbentuk gas

Lanjutkan innokulasi
ke-2 pada suhu dan
waktu optimum
47
2.2. Confirm test.
Innokulum + Nutient pada kondisi optimum dan waktu optimum

+ nutrient spesifik Lanjutkan innokulasi
Inkubasi pada pada kondisi dan
kondisi optimum waktu optimum

(-) tak terbentuk gas + nutrient spesifik
(+) terbentuk gas
Inkubasi pada
kondisi optimum
(+) terbentuk gas (-) tak terbentuk

+ nutrient spesifik gas
2.3. Complete test
Innokulum + Nutient pada kondidi optimum dan waktu optimum

+ nutrient spesifik Lanjutkan innokulasi
Inkubasi pada pada kondisi dan
kondisi optimum waktu optimum
48
(+) terbentuk gas + reagen (-) tak terbentuk gas (+) terbentuk gas (-) tak terbentuk gas
yang lebih spesifik inkubasi + nutrient spesifik
pada kondisi dan waktu Inkubasi pada
optimum kondisi optimum
(+) terbentuk gas

+ reagen gram staint (+) terbentuk gas (-) tak terbentuk
(-) tak terbentuk gas
gas
Berwarna pink Berwarna biru tua

gram positif gram negatif
2.4. Reagen Gram stain test.

2.4.1. Gram A ( Larutan Huckel’s )
Larutkan 2 gr kristal Violet ( 90 % kadar zat warna) dengan 20 ml etanol 95 %. Larutkan
pula 0,8 gr ammonium oksalat monohidrat dengan aquades. Campurkan kedua larutan
saring ke dalam botol gelap biarkan larutan ini 24 jam sebelum dipakai.
2.4.2. Gram B ( Larutan Lugol’s).
49
Gerus 1 gr Iodin dalam cawan poselin tambahkan 2 gr Kalium Iodida sambil digerus
dengan mortar tambahkan beberap ml aquades, gerus campuran sampai larut semuanya.
Tambahkan air sampai mencapai volume 300 ml, simpan didalam botol gelap.
2.4.3. Gram C ( counterstain).
Larutkan 2,5 gr saffranin dalam 100 ml etanol 95 %. Ambil 10 ml larutan ini tambahkan
aquades sampai volumenya menjadi 100 ml
2.4.4. Gram D ( larutan pencuci)
Tambahkan 50 ml etanol 95 % ke dalam 50 ml aseton.
2.5. Prosedur
2.5.1. Basahi bakteri pada objek glass yang ditumbuhkan agar miring dengan setetes aquades .
2.5.2. Keringkan dengan udara atau fiksasi objek glass dengan nyala dan noda bakteri dibasahi
dengan reagen 2.4.1. selama 1 menit.
2.5.3. Basahi objekgelas dengan air kran, basahi dengan Larutan Lugol’s selama 1 menit.
2.5.4. Basahi noda pada objek glass dengan air kran lagi.
2.5.5. Dekolorisasi diantara dua jari tangan dengan larutan 2.4.4. biarkan larutan inimembasahi
bercak noda bakteri sampai tak ada lagi noda bakteri. Perlakuan ini hanya boleh dalam 15
detik, kemudian basahi lagi dengan air kran. Keringkan dengan kertas bibolous.
2.5.6. Noda bakteri yang menyerap saffranin berwarna pink dinyatakan sebagai bakteri gram
positif.
2.5.7. Noda bakteri yang bereaksi dengan kristal violet adalah berwarna biru tua dinyatakan
sebagai bakteri gram negatif.
3. Medium
Medium adalah tempat hidup buatan untuk mikroorganisme. Setiap mikroba mempunyai medium
yang berbeda sesuai dengan habitat alaminya.
Berdasarkan komposisi utama medium terdiri dari :
a. Fasa pendukung ( air atau agar)
b. Nutrient
c. Aditif
50
Ames assay blood plate chromogenic agar filter paper large colony
Pour plate spiral plate water medium phage assay
Media Recipes used in CMAR

ASM (see MLA) BB, BG, D, DYIY, F, F/2, FE, FE/2, GP Gse, JM, K, MBL, MJ, MLA, MMII,
Porphyridium, Soil extract
Media Comparison Table (constituents in μmoles of some of the above media)
Further help on making media including characteristics of individual media components
See notes for Aquaculturists if large volumes of media are needed
Seawater source
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞
Bolds Basal Medium
References:
Nichols, H. W. and Bold, H. C. (1965). Trichosarcina polymorpha gen. Et sp. Nov. J. Phycol. 1: 34-8.
Nichols, H. W. (1973) Growth media – freshwater. In Stein, J. (Ed.) Handbook of Phycological
Methods, Culture Methods and Growth Measurements, Camb. Univ. Press pp. 7-24.
Adapted for freshwater algae
51
Stock Solutions per Litre distilled
water (dH2O)
1. NaNO3 25.0 g
2. CaCl2.2H2O 2.5 g
3. MgSO4.7H2O 7.5 g
4. K2HPO4 7.5 g
5. KH2PO4 17.5 g
6. NaCl 2.5 g
7. EDTA 50.0 g
KOH 31.0g
8. FeSO4.7H2O 4.98 g
H2SO4 1.0 mL
9. H3BO3 11.42 g
10. Micronutrients g.L-1 Add each constituent separately to ~800 mL of dH2O and
fully dissolve between each addition. Then make up to 1L.
ZnSO4.7H2O 8.82 g
MnCl2.4H2O 1.44 g
MoO3 0.71 g
CuSO4.5H2O 1.57 g
Co(NO3)2.6H2O 0.49 g
Store all stock solutions in the refrigerator.
To Prepare BB Medium – standard method

Add 10 mL of each stock solution (1 – 6) to 940 mL distilled water.
Add 1 mL of stock solutions (7 – 10).
Autoclave at 121°C (15PSI for 15 mins).
To Prepare BB Medium – method combining stocks from different media used in CMAR
1. NaNO3 2.5 mL D stock solution

2. CaCl2.2H2O 0.5 mL D stock solution
3. MgSO4.7H2O 0.94 mL MMII stock solution
4. K2HPO4 2.5 mL D stock solution
5. KH2PO4 10.0 mL BB stock solution
6. NaCl 10.0 mL BB stock solution
52
7. Na2EDTA 1.0 mL of 57.05gL-1H2O stock
8. FeSO4.7H2O with H2SO4 1.0 mL BB stock solution
9. H3BO3 1.0 mL BB stock solution
10. Micronutrients 1.0 mL BB stock solution
Add each stock solution (1 – 10) in the stated volume to 1 litre distilled water.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

BG (Blue - Green Medium)
Medium for Spirulina spp.
Source: Culture Collection of Algae and Protozoa Catalogue of Strains (1988).
Stock Solutions per litre distilled

water (dH2O)
1. NaNO3 15.0 g
2. K2HPO4.3H2O 4.0 g
3. MgSO4.7H2O 7.5 g
4. CaCl2.2H2O 3.6 g
5. Citric acid 0.6 g
6. Ferric ammonium 0.6 g (Autoclave to

citrate dissolve)
7. EDTA 0.1 g
8. Na2CO3 2.0 g
9. Trace metal mixture g.L-1 Add each constituent separately to ~800 mL of dH2O and
fully dissolve between each addition. Then make up to 1 L.
H3BO3 2.86 g
MnCl2.4H2O 1.81 g
ZnSO4.7H2O 0.222 g
Na2MoO4.2H2O 0.39 g
CuSO4.5H2O 0.079 g
Co(NO3)2.6H2O 0.0494 g
To Prepare 1 litre of media

To 829 ml distilled water add:
Stock solution 1 100 ml
Stock solution 2-8 10 ml each
53
Stock solution 9 1 ml
pH should be adjusted to approximately 7.4 with 1M NaOH or HCl before autoclaving.
BG Medium with Seawater - CSIRO modification

To prepare Medium
Step 1
Seawater mix
To 971 mL of Teflon sterilised seawater add the following:
4.0 ml per litre of G vitamins - filtered sterilised.
25 ml per litre sterile soil extract.
Step 2
Final BG/SW medium
Mix aseptically equal parts of Step 1 Seawater mix with BG medium recipe.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

D MEDIUM
Distilled H2O 1.0 liter
NaCl 18.0 g
MgSO4, 7H2O 5.0 g
KCl 6.0 mL of 10% solution
NaNO3 5.0 mL of 10% solution
CaCl2.2H2O 2.77 mL of 10% solution
K2HPO4 0.3 mL of 10% solution
FeCl3.6H20 0.05 mL of 10% solution
TRIS 10.0 mL of 10% solution
B12 3.0 mL of 1µg/mL solution
Thiamine 1.0 mL of 1mg/mL solution
P II Metal Mix 5.0 mL of stock solution (see below)
Adjust pH to 7.6-7.8 with 1 N HCl (approx.5-6 mls/liter)
P II Metal Mix g/L Add the Na2EDTA to ~750mL of dH2O in a volumetric flask and stir over
Stock Solution low heat to dissolve. Add each of the other constituents separately to ~200mL
of dH2O and fully dissolve between additions. Then add this second solution
to the Na2EDTA and make up to 1 L.
Na2EDTA 6.0 g
FeCl3.6H2O 0.29 g
54
H3BO3 6.85 g
MnCl2.4H2O 0.86 g
ZnCl2 0.06 g
CoCl2.6H2O 0.026 g
(adjust pH to 7.8 -
8.0 with NaOH)
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

DYIY Medium (freshwater)
References
(Keller and Anderson unpubl.; modified from Lehman 1976)
Source: In: Journal of Phycology, 1997, supplement to Vol. 33, No. 6, CCMP - Provasoli-Guillard
National Center for Culture of Marine Phytoplankton
Stock Solutions Per 500mL distilled water (dH2O)

1. MgSO4 .7H2O 25.0 g
2. KCl 1.5 g
3. NH4NO3 1.33 g
4. NaNO3 2.5 g
5. Na2 glyceroPO4 5.0 g
6. H3BO3 0.4 g
7. Na2EDTA 4.0 g
8. NaSiO3. 9H2O 7.5 g
9. FeCl3 .6H2O 1.35 g
10. CaCl2 .2H2O 37.5 g
11. f/2 vitamins (see below) 1 mL
12. trace metals (see below) 1 mL
f/2 vitamin Stock Solution

Working Stock
to one liter of distilled water, add the following:
Biotin 10.0 mL primary stock
55
Vitamin B12 1.0 mL primary stock
Thiamine HCL 200.0 mg
Primary Stocks
Biotin 0.1 mg. mL-
Vitamin B12 1.0 mg. mL-1
DY trace metals mg per

500 mL distilled water
MnCl2. 4H2O 100 mg Add each constituent to ~400ml dH2O, fully dissolving
between additions. Then make up to 500ml with dH2O
ZnSO4.7H2O 20 mg
Na2MoO4 . 2H2O 10 mg
CoCl2 . 6H2O 4 mg
H2SeO3 2 mg
Na3VO4 .nH2O 1 mg
To prepare 1L of medium
1. To 900 mL of dH2O add 200 mg of MES buffer
2. Add 1 mL of the stock solutions (1-12).
3. After all additions, bring to 1 L and adjust the pH to 6.8 (it will probably be very acidic).
DYIY (freshwater) Medium - CSIRO Modification

References (Keller and Anderson unpubl.; modified from Lehman 1976)
Source: In: Journal of Phycology, 1997, supplement to Vol. 33, No. 6, CCMP - Provasoli-Guillard
National Center for Culture of Marine Phytoplankton
To 900 ml of ddH2O add 200 mg of MES buffer and dissolve. Add the following stock solutions.
After all additions, make up to 1 L. Adjust the pH to 6.8. Autoclave.
Stock Solution Source

MES 200 mg / L
MgSO4.7H2O 24.7 g / 500 mL MLA stock use 1.0 mL
KCl 1.5 g / 500 mL DYIY stock use 1.0 mL
NH4NO3 1.33 g / 500 mL DYIY stock use 1.0 mL
NaNO3 2.5 g / 500 mL DYIY stock use 1.0 mL
Na2 glyceroPO4 1.62 g / 500 mL K stock use 3.0 mL
H3BO3 1.24 g / 500 mL MLA stock use 0.3 mL
Na2EDTA 2.18 g / 500 mL MLA stock use 1.8 mL
NaSiO3.5H2O 11.35 g / 500 mL f stock use 0.66 mL
FeCl3.6H2O 0.79 g / 500 mL MLA stock use 1.7 mL
56
CaCl2.2H2O 14.7 g / 500 mL MLA stock use 2.6 mL
f/2 vitamins (see below) use 1.0 mL
trace metals (see below) use 1.0 mL
f/2 vitamin Stock Solution

Working Stock
to 100ml of distilled water, add the following:
Primary Stocks
Vitamin B12 0.1 mg / mL
Biotin 0.1 mg / mL
DY trace metals
Add to 500 mL distilled water, first dissolving seperately:
MnCl2.4H2O 100 mg
ZnSO4.7H2O 20 mg
Na2MoO4.2H2O 10 mg
CoCl2.6H2O 4 mg
Na3VO4 .nH2O 1 mg
Add as the following stock solution:
H2SeO3 0.645 mg GSe stock use 3mL
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

Medium f (and fE) - CSIRO Modification
This medium is a slight modification of the original f medium of Guillard and Ryther (1962). It is most
commonly prepared at half strength where it is designated as f2 or f/2.
Reference: Jeffrey, S. W. and LeRoi, J.-M. (1997). Simple procedures for growing SCOR reference
microalgal cultures. In: S.W. Jeffrey, R.F.C. Mantoura and S.W. Wright (Eds) Phytoplankton
pigments in oceanography; Monographs on oceanographic methodology 10, UNESCO, France, pp
181-205.
Guillard, R. R. L. and Ryther, J. H. (1962) Canad. J. Microbiol., 8: 229-239.
Stock Solutions Per L distilled

water (dH2O)
1. NaNO3 150.0 g
2. Trace metals mg / L Add each of the constituents to ~750ml
dH2O, mixing thoroughly between additions
to dissolve. Finally make solution up to 1L
CuSO4.5H2O 19.6 mg
ZnSO4.7H2O 44.0 mg
57
CoCl2.6H2O 22.0 mg
MnCl2.4H2O 360.0 mg
Na2MoO4.2H2O 12.6 mg
3. Na2SiO3.5H2O 22.7 g
4. Fe citrate: g/L add both constituents to 1L of dH2O and
autoclave to dissolve
Ferric citrate 9.0 g

Citric acid 9.0 g
5. Vitamins
(i)Working Stock Solution to 100 mL of
(make fresh solution every 3 distilled water, add
months) the following
Biotin 1.0 mL primary
stock
Vitamin B12 1.0 mL primary
stock
(ii) Primary Stocks
Vitamin B12 10.0 mg /100 mL
dH2O
Biotin 10.0 mg /100 mL
dH2O
6. NaH2PO4.2H2O 11.3 g
7. Na2EDTA.2H2O 30.0 g
Preparation Methods
1. To Prepare Medium f
Add 1 mL of each stock solution (1 – 5) to 1 litre seawater. Dispense to flasks and autoclave at 121°C
(15PSI, 15 mins).
Phosphate (see Stock 6.- NaH2PO4.2H2O ). This must be sterilised separately from seawater to
prevent precipitation. Dilute original phosphate stock with distilled water such that 1 mL added to
each flask of sterile medium will give the required concentration of phosphate in the medium.
Autoclave dilute phosphate stock at 121°C (15PSI, 15 mins). After cooling, dispense aseptically with
sterilised automatic dispenser.
58
For example:
For 100 x 125 mL Erlenmeyer flasks, each containing 75 mL medium, prepare dilute phosphate stock
as follows:
f and fE media:
Take 7.5 mL of original phosphate stock and make up to 100 mL with distilled water.
Pour into a 250 mL Schott bottle and autoclave to sterilize. Dispense 1 mL per flask aseptically.
f2 and fE2 media:

Pour into a 250 mL Schott bottle and autoclave to sterilize. Dispense 1 mL per flask asepically.
Scale up in the same proportion for larger volumes.
To Prepare Medium fE
Prepare as medium f, but also add 1 mL of Na2EDTA.2H2O stock solution (7).
To Prepare Medium f2
Prepare as medium f, but using 0.5 mL of each stock solution instead of 1.0 mL of each.
To Prepare Medium fE2

Prepare as medium f2, but also add 0.5mL of Na2EDTA.2H2O stock solution.
2. To Prepare Medium f2 concentrated nutrients

Take 5mL of each stock solution (1 – 6) and make up to 100 mL with distilled water.
Pour into a 250 mL Schott bottle.
Autoclave at 121°C (15PSI, 15 mins).
Alternatively, filter sterilise using a 0.22 m filter into a sterile 250 mL Schott bottle.
Use 1 mL per 100 mL sterile seawater adding correct amount of nutrient aseptically.
See notes for Aquaculturists if a greater volume of concentrated nutrients is needed
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

G. P. medium (CMAR uses the abbreviation G for GP medium)
Reference: Loeblich, A. R. and Smith, V. E. (1968) Lipids, 3: 5-13.
Note about Salinity: In medium G and derivatives the final preparation steps require mixing of
nutrients with seawater and distilled water in a 3:1 or 4:1 ratio. The fully marine seawater (~33-
36practical salinity units) used in CMAR means the resulting media salinity is ~28psu. In our
culturing experience this is a good salinity for estuarine and coastal flagellate species, particularly
dinoflagellates.
Stock Solutions Per Litre

distilled water
(dH2O)
1. KNO3 100.0 g
59
2. K2HPO4 34.8 g
3. Vitamins
Working Stock to 100 mL of
Solution distilled water,
add the following
stock
stock
Thiamine HCL 100.0 mg (fresh
solution every 3
months)
Primary
Stocks
Vitamin 10.0 mg /100 mL
B12 dH2O
Biotin 10.0 mg /100 mL
dH2O
4. PII Metal Mix g/L Add the Na2EDTA to ~750mL of dH2O in a volumetric flask
and stir over low heat to dissolve. Add each of the other
constituents separately to ~200mL of dH2O and fully dissolve
between additions. Then add this second solution to the
Na2EDTA and make up to 1L.
Na2EDTA 6.0 g
FeCl3.6H2O 0.29 g
H3BO3 6.85 g
MnCl2.4H2O 0.86 g
ZnCl2 0.06 g
CoCl2.6H2O 0.026 g
(adjust pH to 7.8 - 8.0
with NaOH)
5. Soil Extract see
recipe at end
G. P. medium
60
Preparation Methods
1. To Prepare G medium
To 750 mL seawater add:
Distilled water 250 mL
Nitrate stock 2 mL
Vitamin stock 1 mL
PII Metal Mix 5 mL
Soil Extract 5 mL
Dispense to flasks and autoclave at 121°C (15PSI, 15 mins).
Phosphate must be sterilised separately from seawater to prevent precipitation.

Dilute original phosphate stock with distilled water such that 1 mL added to each flask of sterile
medium will give the required concentration of phosphate in the medium. Autoclave dilute
phosphate stock at 121°C (15PSI, 15 mins). After cooling, dispense aseptically with sterilised
automatic dispenser.
For example:
For 100 x 125 mL Erlenmeyer flasks, each containing 75 mL medium, prepare dilute phosphate stock
as follows:
G medium:
Pour into a 250 mL Schott bottle and autoclave to sterilse. Dispense 1 mL per flask aseptically.
G2 medium:
Pour into a 250 mL Schott bottle and autoclave to sterilize. Dispense 1 mL per flask aseptically.
Scale up in the same proportion for larger volumes.
To Prepare Medium G2
Make up dilutant, consisting of seawater and distilled water (3:1 ratio)
Dilute G medium by adding an appropriate volume of dilutant such that:
- medium is half of its original concentration (G2 medium).
2. To Prepare Medium G concentrated nutrients

Add Nitrate stock 20 mL
Vitamin stock 10 mL
PII Metal Mix 50 mL
Soil Extract 50 mL
Phosphate stock 10 mL
Make up to 200 mL with distilled water.

Use 2mL /100mL sterile seawater and distilled water (3:1 ratio).
Add correct amount of nutrients aseptically.
To Prepare Medium G2 concentrated nutrients
61
Use G concentrated nutrients such that:
G2: use 1 mL /100mL sterile seawater and distilled water (3:1 ratio).
G5: use 0.4 mL /100mL sterile seawater and distilled water (3:1 ratio).
GSe medium – Modification of G. P. medium

Reference: Blackburn, S. I.; Bolch, C. J. S.; Haskard, K. A., and Hallegraeff, G. M. Reproductive
Compatibility Among Four Global Populations of the Toxic Dinoflagellate Gymnodinium Catenatum
(Dinophyceae). Phycologia. 2001; 40(1):78-87.
Medium GSe –selenium is added as an important trace metal (chelator).
Note about Salinity: In medium G and derivatives the final preparation steps require mixing of
nutrients with seawater and distilled water in a 3:1 or 4:1 ratio. The fully marine seawater (~33-36
practical salinity units) used in CMAR means the resulting media salinity is ~28 psu. In our culturing
experience this is an optimal salinity for estuarine and coastal flagellate species, particularly
dinoflagellates.
Stock Solutions Per Litre

distilled water
(dH2O)
1. KNO3 100.0 g
2. K2HPO4 34.8 g
3. Vitamins
Working Stock to 100 mL of
Solution distilled water,
add the following
stock
stock
Thiamine HCL 100.0 mg (fresh
solution every 3
months)
Primary
Stocks
Vitamin B12 10.0 mg /100 mL
dH2O
Biotin 10.0 mg / 100 mL
dH2O
4. PII Metal Mix g/L Add the Na2EDTA to ~750 mL of dH2O in a volumetric flask
and stir over low heat to dissolve. Add each of the other
62
constituents separately to ~200 mL of dH2O and fully dissolve
between additions. Then add this second solution to the
Na2EDTA and make up to 1L.
Na2EDTA 6.0 g
FeCl3.6H2O 0.29 g
H3BO3 6.85 g
MnCl2.4H2O 0.86 g
ZnCl2 0.06 g
CoCl2.6H2O 0.026 g
(adjust pH to 7.8 - 8.0
with NaOH)
5. Soil Extract See soil extract
protocol
6. Selenium (as 1.29 mg
selenite) H2SeO3
GSe medium
Preparation Method
1. Seawater
Autoclave filtered seawater in 1000 mL Teflon bottles to sterilise.
2. Distilled Water
Autoclave distilled water to sterilise.
3. To Prepare GSe medium concentrated nutrients (excluding soil extract)

Add Nitrate stock 20 mL
Phosphate stock 10 mL
Vitamin stock 10 mL
PII Metal Mix 50 mL
Selenium stock 10 mL
Make up to 200 mL with distilled water.

Use 2 mL /100mL sterile seawater and distilled water (3:1 ratio).
Add correct amount of nutrients aseptically.
4. Soil Extract Solution

See soil extract protocol for details.
63
Use soil extract at a concentration of 0.5 mL per 100 mL medium.
To Prepare GSe medium

For example to make 5000 mL Medium GSe:
In a sterile 5000 mL Schott bottle add aseptically
sterile seawater (1) 4000 mL

sterile distilled water (2) 1000 mL
sterile GSe concentrated nutrients (3) 100 mL
sterile soil extract solution (4) 25 mL
Mix. This medium is now ready to be decanted aseptically into sterile culture flasks.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

Soil Extract
Soil Extract is an adaptation of E.G. Pringsheim's biphasic soil-water medium and is a component of
some of our media. As the chemical composition is not well-defined and may vary from batch to
batch its use in experimental situations is not recommended, however in our experience certain
species will not grow well without it and soil extract is added for both culture maintenance and
experimental studies. An extensive list of modified Soil Water media developed for a range of
microalgae from specific environments can be found on the UTEX website (The Culture Collection
of Algae at the University of Texas).
http://www.utex.org/
CMAR protocol
Soil must be collected from a natural uncultivated environment or a rich garden loam may be suitable.
No fungicides, insecticides, garden fertilizers or fresh manure should be present. At CSIRO, topsoil
from a local sandy bushland environment has proved to have particularly beneficial growth
promoting properties. Soil from clay or other soil types are less suitable in our experience.
Soil should not be stored or processed in the algal culture laboratory, since it is a potent source of
unwanted microorganisms. Soil should be aged under moist conditions (preferably for 6 months or
more) and then kept dry and away from light.
To Prepare Soil Extract

1. Sift dry soil (not recently treated with fertilizer or herbicide) once through a coarse sieve and twice
through a fine sieve (1mm mesh).
2. Mix 1 kg of soil into 2 litres of distilled water.
3. Autoclave for 60 minutes at 121°C and cool overnight.
4. Filter through absorbant cotton wool packed into the stem of a glass filter funnel.
5. Centrifuge at 5000 rpm for 20 minutes in 250 ml polyethylene centrifuge tubes and collect the deep
brown supernatant.
6. Filter again through absorbant cotton wool.
7. Dispense the supernatant (50 mL aliquots) into 100 mL Schott bottles or 100 mL media bottles.
8. Autoclave for 15 minutes at 121°C.
9. After cooling, wrap caps with parafilm to prevent airborne contamination from fungal spores or
bacteria.
10. Store sterile soil extract at 4°C (cold room or refrigerator).
64
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top
JM (Jaworski’s Medium)
Reference: Culture Collection of Algae and Protozoa (CCAP) – Catalogue of Strains 1988.
Adapted for freshwater Algae
Stock Solutions Per Litre distilled water (dH2O)

1. Ca(NO3)2.4H2O 20.0 g
2. KH2PO4 12.4 g
3. MgSO4.7H2O 50.0 g
4. NaHCO3 15.9 g
5. EDTA FeNa 2.25 g
EDTA Na2 2.25 g
6. H3BO3 2.48 g
MnCl2.4H2O 1.39 g
(NH4)6MO7O24.4H2O 1.00 g
7. Vitamins
Cyanocobalamin (Vitamin B12) 0.04 g
Thiamine HCl (Vitamin B1) 0.04 g
Biotin 0.04 g
8. NaNO3 80.0 g
9. Na4HPO4.12H2O 36.0 g
To Prepare JM - fully autoclaved media for axenic cultures

Add 1 mL of each stock solution (1 – 9) to 1 litre distilled water.
Autoclave at 121°C (15 PSI for 15 mins).
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

K Medium
Reference: Adapted from Table 2; Keller, M. D., Selvin, R. C., Claus, W. and Guillard, R. R. L.
(1987). Media for the culture of oceanic ultraplankton. J. Phycol. 23, 633-638
Note: Specific K stock solutions and stock solutions from other media are used in CMAR to prepare
this media. A concentrated working stock solution is made up and used at a concentration of 2mL per
100ml of seawater..
65
To prepare 100 ml working stock : (use at 2 mL per 100 mL seawater)
Stock Solutions primary stock source Volume

1. NaNO3 150 g / L H2O f stock solution, use 2.5 mL
2. Na2glyceroPO4 3.24 g / L H2O K stock solution, use 5 mL
3. Na2SiO3.9H2O 22.7 g / L H2O f stock solution, use 2.5 mL
4. Vitamins f stock solution, use 5 mL
5. Trace Metals
FeNaEDTA 4.3 g / L H2O K stock solution, use 5 mL
K-Primary Trace mix (see below) K stock solution, use 5 mL
Na2EDTA.2H2O 30 g / L H2O fE stock solution, use 6.2 mL
6. TRIS 100 g / L H2O K stock solution, use 6.05 mL
7. NH4Cl 2.68 g / L H2O K stock solution, use 5.0 mL
8. H2SeO3 1.29 mg / L H2O GSe stock solution, use 5.0 mL
9. Distilled water 52.75 mL
Filter-sterilise through 0.22 µm sterile filter under aseptic conditions.
K-Primary Trace mix

CuSO4.5H2O 4.9 mg / L H2O
ZnSO4.7H2O 22.0 mg / L H2O
CoCl2.6H2O 11.0 mg / L H2O
MnCl2.4H2O 180.0 mg / L H2O
Na2MoO4.2H2O 6.3 mg / L H2O
Add each ingredient to ~750 mL of distilled water, mixing
thouroughly between additions and then make up to 1 L.
All stock solutions are made up in distilled water.

∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

MBL Medium - Woods Hole
Reference: Nichols, H. W. (1973) in Handbook of Phycological Methods, Ed. J. R. Stein, pp. 16-17.
Camb. Univ. Press. (R. R. L. Guillard, personal communication).
Adapted for freshwater Algae
Stock solutions Per Litre distilled

water (dH2O)
1. CaCl2.2H2O 36.76 g
2. MgSO4.7H2O 36.97 g
3. NaHCO3 12.60 g
4. K2HPO4 8.71 g
5. NaNO3 85.01 g
66
6. Na2SiO3.9H2O 28.42 g
7. Na2EDTA 4.36 g
8. FeCl3.6H2O 3.15 g
9. Metal Mix Add each constituent separately to ~750mL of dH2O, fully
dissolving between aditions. Finally make up to 1L with
dH2O.
CuSO4.5H2O 0.01 g
ZnSO4.7H2O 0.022 g
CoCl2.6H2O 0.01 g
MnCl2.4H2O 0.18 g
Na2MoO4.2H2O 0.006 g
10. Vitamin stock
Cyanocobalamin 0.0005 g / L dH2O
(Vitamin B12)
Thiamine HCl 0.10 g / L dH2O
(Vitamin B1)
Biotin 0.0005 g / L dH2O
11. Tris stock 250.0 g / L dH2O
To Prepare MBL Medium

Add 1mL of each stock solution (1 – 11) to 1 litre distilled water.
(For species which cannot use nitrate substitute 1mL of NH4Cl made up to 5.4 g /L H2O)
Adjust pH to 7.2 with HCl.
To Prepare MBL/NB2 Medium

Make MBL medium as above and add 2.5 g Oxiod nutrient broth No. 2 before autoclaving.
MBL Medium - Woods Hole: CSIRO working modification

This recipe closely resembles the Woods Hole MBL Medium listed previously. However it is made up
using stocks from other media used in CMAR.
Stock Solution Source Add V

1. CaCl2.2H2O D stock solution 0.8 mL
2. MgSO4.7H2O MMII stock solution 0.5 mL
3. NaHCO3 12.60 g / L-1H2O 1.0 mL
4. K2HPO4 G stock solution 0.2 mL
67
5. NaNO3 f stock solution 0.5 mL
6. Na2SiO3.5H2O f stock solution 4.5 mL
7. Na2EDTA fE stock solution 0.15 mL
8. Fe citrate:
Ferric citrate
Citric acid f stock solution 1.0 mL
9. Trace Metals f stock solution 0.5 mL
10. Vitamin stock f stock solution 1.0 mL
11. Tris stock D stock solution 2.0 mL

For species which cannot use nitrate substitute 1mL of NH4Cl made up to 5.4 g / L H2O
Adjust pH to 7.2 with HCl.
To Prepare MBL Medium

Add each stock solution (1 – 11) in the volumes indicated to 1 litre distilled water.
To Prepare MBL/NB2 Medium

Make MBL Medium as above and add 2.5g Oxiod nutrient broth No. 2 before autoclaving.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

MJ Medium (Modified Jorgensen’s media for diatoms)
Based on recipe obtained from University of Tasmania – Harmful Algae Culture Collection
This media has been used predominantly for the culture of Pseudonitzschia species and also in
trials of some Chaetoceros species where biomass and maintenance of normal morphology
seems to be better than in other media. Preparation of the media is based on the utilization of MJ
and f-stock solutions.
Stock Solution Source Add V (mL.L-1)

(a) Normal (b) concentrated
1. NaNO3 f stock solution (150.0 g / L ) 2.0 mL 20.0
2. K2HPO3 MJ stock solution
(make up at 2.0 g / L ) 5.0 mL 50
3. Trace Metals I MJ stock solution (see below) 0.1 mL 1.0
4. Trace Metals II MJ stock solution (see below) 1.0 mL 10.0
5. Vitamin B12 f stock solution (1.0 mg / L ) 0.5 mL 5.0
6. Na2SiO3.5H2O f stock solution (22.7 g / L ) 4.5 mL 45
7. EDTA MJ stock solution (10 g / L ) 1.0 mL 10
Autoclave each stock solution except the Vitamin B12 which should be 0.2um filter sterilised.
lists the normal stock volumes needed to prepare 1L of media. (b) lists the volumes to prepare a concentrated
nutrient solution as described under Preparation below.
3. Trace Metals I
68
Na2EDTA 2.5 g / L Add the Na2EDTA to ~750mL of dH2O in a volumetric flask and stir over low
H2O heat to dissolve. Add each of the other constituents separately to ~200 mL of
dH2O and fully dissolve between additions. Then add this second solution to
the Na2EDTA and make up to 1 L.
CoCl2.6H2O 150 mg / L
H2O
CuSO4.5H2O 800 mg / L
H2O
(NH4)6Mo7O24 150 mg / L
H2O
NH4VO3 250 mg / L
H2O
ZnSO4.7H2O 250 mg / L
H2O
4. Trace Metals II
FeSO4.7H2O 3.0 g / L Make up each constituent separately in ~200 mL of dH2O and fully dissolve. Then
combine each solution and make up to 1 L.
Citric acid 3.0 g / L
H3Bo3 1.5 g / L
MnCl2.4H2O 1.0 g / L
To Prepare concentrated nutrient stock (enough for 10L media)

Add aseptically each of the prepared sterile stock solutions to 59 mL of sterile distilled water in a 200
mL Schott bottle (making total volume 200 mL).
To make media, add 20 ml of this final nutrient solution per 1itre of seawater.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

MLA Medium
Reference: Bolch, C. J. S. and Blackburn S. I. (1996). Isolation and purification of Australian isolates
of the toxic cyanobacterium Microcystis aeruginosa Kütz. Journal of Applied Phycology 8, 5-13
MLA is derived from ASM-1 medium reported in Gorham etal, (1964). Isolation and culture of toxic
strains of Anabaena flos-aquae (Lyngb.) de Bréb. Verh. int. Ver. Limnol 15, 796-804
For Cyanobacterial Cultures
Stock Solutions Per Litre distilled water

(dH2O)
69
1. MgSO4.7H2O 49.4 g
2. NaNO3 85.0 g
3. K2HPO4 6.96 g
4. H3BO3 2.47 g
5. H2SeO3 1.29 mg
6. Vitamins
Working Stock Solution
to 100mL of distilled water, add the following:
Thiamine HCl 10.0 mg
Primary Stocks
Biotin 10.0 mg / 100 mLH2O
Vitamin B12 10.0 mg / 100 mLH2O
7. Micronutrients
Stock Solution .
to 800mL of distilled water add each of the following constituents
separately, mixing to dissolve each addition
Na2EDTA 4.36 g (add first & stir on
low heat to fully
dissolve)
FeCl3.6H2O 1.58 g
NaHCO3 0.60 g
MnCl2.4H2O 0.36 g
then add 10mL of the following primary stocks (each made up
separately)
Primary Stocks (per Litre dH20)
CuSO4.5H2O 1.0 g.
ZnSO4.7H2O 2.2 g.
CoCl2.6H2O 1.0 g.
Na2MoO4.2H2O 0.6 g.
70
Finally, make up the micronutrient stock to 1 litre with distilled water
If precipitate forms increase pH up to 7.
(If precipitation becomes an issue then replacing the two sulphate stocks with
equimolar amounts of the trace metal in the chloride form has proven useful;
Ben Long, pers comm)
8. NaHCO3 16.9 g
9. CaCl2.2H2O 29.4 g
MLA Medium Preparation Methods

There are 4 components as follows:
1. Distilled Water
Autoclave to sterilise
2. To Prepare MLA Medium x40 concentrated nutrients (250mL volume)
To 130mL distilled water add
MgSO4.7H2O 10 mL
NaNO3 20 mL
K2HPO4 50 mL
H3BO3 10 mL
H2SeO3 10 mL
Vitamin stock 10 mL
Micronutrient stock 10 mL
Filter sterilise using a 0.22 m filter into a sterile 250 mL Schott bottle.
3. NaHCO3 16.9 g / L H2O

Autoclave to sterilise.
4. CaCl2.2H2O 29.4 g / L H2O
Autoclave to sterilse.
To Prepare MLA Medium

For example to make 1000 mL MLA Medium:
In a sterile 1000 mL Schott bottle add aseptically
sterile distilled water (1) 964 mL
sterile MLA x40 concentrated nutrients (2) 25 mL
sterile NaHCO3 (3) 10 mL
sterile CaCl2.2H2O (4) 1 mL
Mix well after each addition.
This medium is now ready to be decanted aseptically into sterile culture flasks.
To Prepare MLA Medium (Fully Autoclaved)

For axenic cultures. The media is essentially the same but due to the autoclaving process the NaHCO3
concentration is adjusted.
71
For example to make 1000 mL autoclaved MLA Medium add
distilled water (1) 973 mL
sterile MLA x40 concentrated nutrients (2) 25 mL
sterile NaHCO3 (3) 1 mL
sterile CaCl2.2H2O (4) 1 mL
Adjust pH to 7.5 to 8.0 with HCl (often no adjustment is necessary).

Dispense to flasks and autoclave at 121°C (15PSI, 15 mins).
Allow to cool in autoclave overnight. Helps to minimise the amount of precipitate.
Protocols for solid MLA medium using a X40 concentrate

MLA for solid media is modified by the addition of Na2SO3, as this can improve survival of
cyanobacteria on solid media (Parker, 1982). A stock solution of Na2SO3 (12.6 g/L) is sterilised by
autoclaving. This is then added aseptically just prior to pouring to give a final concentration 0.1 mM
Na2SO3 (i.e. 1 ml / L of Na2SO3stock).
 Agar - final concentration of 10 g / L (1%)

- preferred media for Nodularia, but always use highly purified agar e.g. Difco Bacto purified agar.
 Agarose - Final concentration of 5 g / L (0.5%)

- preferred media for Microcystis and Anabaena. (although the latter grows only very slowly, or not at
all on solid media).
 To prepare 500 ml of non-saline solid MLA medium:
two components are mixed, each 250 mls and double-strength -
o Add the gelling agent (5 g agar or 2.5 g agarose) to 250 ml MQ
water in a 500 ml Schott bottle with a magnetic stirrer.
o Add 12.5 mls of filter-sterile x40 concentrate to 250 ml sterile MQ
water in a 250 ml Schott bottle. (full strength = 25ml/L in liquid media)
o Autoclave gelling agent, and double-strength nutrients.
o Final steps detailed below
 To prepare 500 ml of saline solid MLA medium:

three components are mixed, each 167 mls and triple-strength -
o Add the gelling agent (5 g agar or 2.5 g agarose) to 167 ml MQ water in a 500 ml Schott
bottle with a magnetic stirrer.
o Add 12.5 mls of filter-sterile x40 concentrate to 167 mls MQ water.
o Autoclave the gelling agent, the triple-strength nutrients and 167 mls of triple strength
saline
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Final steps in preparation of solid media:
 Cool to 45 0C in a water bath, and in the same bath, warm the CaCl2 and NaHCO3 and if
appropriate Na2SO3.
 On a magnetic stirrer plate in the laminar flow, place the bottle containing the gel. Stir gently
while aseptically adding nutrients (and for saline media, adding seawater also).
 Aseptically add 1 ml each of vitamins and CaCl2 and if appropriate Na2SO3, and 10 ml of
NaHCO3.
72
 Pour media into sterile petri plates or McCartney bottles***.
 Dry agar/agarose plates in the laminar flow for 20 minutes prior to storing; and/or place
McCartneys in a basket on a sharp angle until slopes are solid.
---------------------------
***If using a dispenser, and in case problems arise during dispensing the solid media, it is advised to
keep some hot sterile water for rinsing the dispenser aseptically.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

Mineral Medium II
Reference: Hughes, E. O., Gorham, P. R. and Zehnder, A. (1958) Canad. J. Microbiol. 4: 225-236.
Freshwater Algae
Stock Solutions Per Liter

distilled water
(dH2O)
1. NaNO3 1500.0 g
2. K2HPO4 370.0 g
3. MgSO4.7H2O 80.0 g
4. CaCl2.2H2O 40.0 g
5. Na2CO3 20.0 g
6. Na2SiO3.9H2O 60.0 g
7. Fe citrate:
Ferric citrate 6.0 g
Citric acid 6.0 g (autoclave
to dissolve)
8. EDTA 1.0 g
9. PII Metal Mix g / L dH2O Add the Na2EDTA to ~750mL of dH2O in a volumetric flask and stir
over low heat to dissolve. Add each of the other constituents separately
to ~200mL of dH2O and fully dissolve between additions. Then add
this second solution to the Na2EDTA and make up to 1L
Na2EDTA 6.0 g
FeCl3.6H2O 0.29 g
H3BO3 6.85 g
MnCl2.4H2O 0.86 g
ZnCl2 0.06 g
73
CoCl2.6H2O 0.026 g
Adjust pH to 7.8 -
8.0 with NaOH
To Prepare Mineral Medium II

To 1 litre distilled water
Add 1mL of each stock solution (1 – 8).
Add 0.5mL PII Metal Mix stock solution (9)
Mineral Medium II CSIRO working modification

This recipe closely resembles the Mineral Medium II listed previously. However it is made up using
stocks from other media used in CMAR.
Stock Solution Source Add V

1. NaNO3 D stock solution 15.0 mL
2. K2HPO4 G stock solution 10.0 mL
3. MgSO4.7H2O MMII stock solution 1.0 mL
4. CaCl2.2H2O D stock solution 0.8 mL
5. Na2CO3 MMII stock solution 1.0 mL
6. Na2SiO3.5H2O f stock solution 12.0 mL
7. Fe citrate: f stock solution 0.66 mL
8. Na2EDTA fE stock solution 0.14 mL
9. PII Metal Mix G stock solution 0.5 mL
To Prepare Mineral Medium II

Add each stock solution (1 – 9) to 950 mL distilled water.
∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞∞ Back to top

Porphyridium Medium
Medium for the heterotrophic dinoflagellate Crypthecodinium cohnii.
Reference: Starr, R. C. and Zeikus, J. A. (1993). UTEX - The Culture Collection of Algae at the University of
Texas at Austin. J. Phycol. 29 (2) p94. (E.G. Pringsheim, pers. comm.)
To prepare medium:
For each 500ml of medium required combine:
distilled water 200 ml
flitered seawater 250 ml
yeast extract 0.5 g
tryptone 0.5 g
autoclace to sterilise
add aseptically 50 ml sterile soil extract.
Optional ingredients: agar at 7.5 g per litre to solidify.
74
Inserted from <mhtml:file://D:\Media Recipes and Preparation.mht>
4. Innokulasi mikroorganisme
Mikroorganisme dikembang biakkan dengan tiga tahap :
4.1. Kultur murni
Kultur murni adalah proses isolasi mikroorganisme dari habitatnya di alam dengan menggunakan
cawan Petridis berulang kali sampai didapatkan kultur yang murni. Kultur ini biasannya disimpan
dalam agar miring (agar slant) untuk digunakan selanjutnya pada kultur preparat.
4.2. kultur preparat
Kultur preparat dibiakkan dalam wadah yang lebih besar dari mikroorganisme yang berasal dari
kultur murni agar didapatkan jumlah populasi yang lebih besar.
4.3. kultur produksi
Kultur produksi adalah pemanfaatkan mikrorgansime untuk proses pengolahan substrat dalam
skala besar dengan menggunakan kultur preparat.
4.4. Medium
Medium adalah media tempat tumbuhnya mikroorganisme yang terdiri dari innokulum, nutrient,
fasa pendukung, dan bahan additive agar mikroorgansime bisa tumbuh maksimal.
5. Kultirisasi : adalah penanaman inokulum suatu mikroba kedalam medium
Kutlturisasi ada 3 kelompok :
a. Kultur murni ( agar mirin g)
b. Kurtur preparat ( cawan petridish atau Erlenmeyer)
c. Kultur produksi ( dalam tangki fermentasi)
6. ENZIM
Enzim adalah suatu senyawa yang dihasilkan dari proses metabolisme makhluk hidup yang merupakan
katalis biologis.
Pemberian nama enzim berdasarkan :
d. dengan senyawa apa dia bereaksi
e. bagaimana reaksinya.
f. Ditambahkan akhiran ase.
Contohnya : enzim lactase
75
Bereakasi dengan laktosa, dengan proses piruvat dekarbosilasi, yakni membebaskan gugus karboksil
dari asam piruvat.
Pada prinsipnya enzim adalah molekul protein berberat molekul besar, bereaksi pada kondisi suhu tubuh
makhluk hidup, dapat menghasil berjuta-juta molekul per detik, hanya bereaksi spesifik dengan satu atau
beberapa molekul spesifik (substrat).
Reaksi enzimasi terjadi dengan tahap pertama adalah penggabungan enzim dan substrat seperti berikut :
k1 k2 k3 k4
E + S === ES === ES* === EP === E + P
k-1 k-2 k-3 k-4
E = enzim, S = substrat, P = produk, k = konstanta kecepatan reaksi
k1
E + S =========== ES
k-1
[ ES ]
Keq1 = ---------------------------
[E][S]
Senyawa kompleks Enzim substrat yang terbentuk akan berubah menjadi senyawa peralihan enzim
substrat seperti berikut :
ES ============ ES*
[ ES* ]
Keq2 = ---------------------------
[ ES ]
76
Senyawa peralihan enzim substrat akan berubah menjadi senyawa peralihan enzim produk
ES* ============ EP
[ EP ]
Keq3 = ---------------------------
[ ES* ]
Senyawa peralihan enzim produk yang terbentuk akan terurai menjadi produk dan enzim
EP ============== P + E
[P][E]
Keq4 = ---------------------------
[ EP ]
Persamaan reaksi totalnya adalah

k1 k2
E + S ======= ES ----------- P + E
k-1
[P][E]
Keqtotal = ---------------------------
[E][S]
77
Dimana E adalah enzim, S adalah substrat, P adalah produk, * adalah bentuk aktif atau peralihan.
Menurut Michaelis Menten kecepatan pembantukan produk dapat dipakai runus berikut :
dP k2 [ E ]o [ S ]t
---- = --------------------
dt [ S ] t + kM
k-1 + k2
kM = --------------------
k1
symbol t menayatkan waktu reaksi dan symbol o menyatakan keadaan awal
Tahap-tahap reaksi enzimatik.

a. Enzim dan substrat bergabung membentuk senyawa kompleks (ES).
b. Senyawa kompleks beralih menjadi bentuj senyawa transisi, yang bukan merupakan substrat atau
produk (ES*).
c. Terbentuk senyawa kompleks enzim dan terbentuk produk (EP).
d. Akhirnya enzim dan produk terpisah.
e. Semua tahap-tahap reaksi ini disebut kesetimbangan reaksi enzimasi.
Tabel Mikroorganisme yang diperbolehkan dipakai pada makanan oleh badan pengawasan obat
dan makanan Amerika (FDA), (AAECO).
Table 1 Microorganisms that are approved by FDA and AAFCO for
78
use in DFMs
Aspergillus niger Bifidobacterium infantis Lactobacillus reuteri
Aspergillus oryzae Bifidobacterium longum Leuconostoc mesenteroides
Bacillus coagulans Bifidobacterium Pediococcus acidilactici
thermophilum
Bacillus lentus Lactobacillus acidophilus Pediococcus cerevisiae
(damnosus)
Bacillus licheniformis Lactobacillus brevis Pediococcus pentosaceus
Bacillus pumilus Lactobacillus bulgaricus Propionibacterium
freudenreichii
Bacillus subtilis Lactobacillus casei Propionibacterium shermanii
Bacteroides amylophilus Lactobacillus cellobiosus Saccharomyces cerevisiae
Bacteroides capillosus Lactobacillus curvatus Streptococcus cremoirs
Bacteriodes ruminicola Lactobacillus delbrueckii Streptococcus diacetilactis
Bacteroides suis Lactobacillus fermentum Streptococcus faecium
Bifidobacterium Lactobacillus helveticus Streptococcus intermedius
adolescentis
Bifidobacterium Lactobacillus lactis Streptococcus lactis
animalis
Bifidobacterium bifidum Lactobacillus plantarum Streptococcus thermophilus
Table 2 Summary of Dehydrated Yeast Products Defined by AAFCO

Contains
Product Contains
Species of Yeast Growth Feeding Value
Name Live Cells
Medium
Primary Dried
Saccharomyces no no nutrient content
Yeast
Active Dried fermentative action
Saccharomyces yes no
Yeast digestive aid
Irradiated
Saccharomyces no no vitamin D2
Dried Yeast
Brewers Dried
Saccharomyces no no nutrient content
Yeast
Torula or
Torulopsis or
Candida Dried no no nutrient content
Candida
Yeast
Yeast Culture Saccharomyces some yes digestive aid
79
< TD> pagi 15/10-2014
< TD>
80
< TD>< TD> < TD>
81
82
<
TD>
83
<
84
TD>
TD>
<
TD>
85
<
86
TD>
87
<
TD><
88
89
TD>< < TD>TD>
90
<
TD>< TD>
91
92
< TD>
< TD>
93
<
TD>
94
95
96
< TD>
97
< TD>
98
< TD>
99
<
TD>
100
<
TD> <
TD>
101
<
TD>
102
<
TD>
103
<
TD>
104
<
TD>
105
<
TD>
106
< TD>
107
<
TD>
108
< TD>
109
< TD>
< TD>
110
< TD>
111
< TD>
< TD>
112
< TD>
113
<
TD>
114
<
TD>
115
< TD>
116
7. PROSES FERMENTASI
Menurut Prof. Dr. Teru Higa Fermentasi adalah merupakan proses degradasi molekul organic
berberat molekul besar menjadi senyawa yang lebih sederhana yang beraroma sedap dan tidak
beracun yang dikataliskan oleh enzim dari mikroorganisme pada kondisi tertentu. Sebetulnya
fermentasi bahkan dapat memurnikan unsur logam dari mineralnya dengan bantuan mikrorganisme
tertentu. Contohnya penguraian bijih tembaga Cu2S dengan bantuan mikroba thiobacillus thioxidant
menjadi unsure logam Cu. Fermentasi pada umumnya digunakan untuk pengolahan bahan makanan
berupa protein, karbohidrat, lemak, dan lain-lain.
Pada proses fermentasi bahan makanan proses fermentasi dilakukan oleh mikroorganisme tertentu
yang digunakan untuk merubah aroma, rasa, nilai gizi dan teksturnya bahkan dapat digunakan untuk
mengawetkan bahan makanan.
Beberapa manfaat dari proses fermentasi :
a. Dapat menaikkan nilai guna bahan makanan.
b. Dapat menghasilkan bahan makanan yang tidak bisa dihasilkan dengan metoda proses
pengolahan bahan makanan lain.
c. Membutuhkan energi yang rendah untuk proses pengolahan bahan makanan.
d. Membutuh biaya operasi yang relative lebih murah.
e. Pada umumnya teknologi fermentasi lebih sederhana dibandingkan proses lainnya.
\Enzim adalah senyawa protein berberat molekul besar yang dapat melakukan reaksi berjuta-juta molekul
perdetik yang bereaksi secara selektif terhadap senyawa tertentu pada kondisi suhu tubuh makhluk hidup.
Keuntungan dari teknik enzimasi adalah :
a. Bereaksi spesifik untuk merubah bahan makanan.
b. Menaikan mutu nilai gizi bahan makanan pada suhu sedang.
c. Kebutuhan energi lebih rendah dibandingkan proses reaksi kimia yang setara.
d. Bisa menghasilkan jenis bahan makanan baru
Beberapa factor yang menentukan pengendalian pertumbuhan mikroorganisme pada proses fermentasi
bahan makanan :
a. Ketersedian sumber karbon dan nitrogen, serta nutrisi khusus yang digunakan oleh mikroorganisme
tertentu.
b. pH substrat.
c. Suhu inkubasi.
117
d. kadar air.
e. potensial redoks.
f. tahap pertumbuhan mikroba.
g. adanya mikroorganisme kompetitor.
h. bahan beracun (inhibitor).
5.1. kultur batch

Pada kultur batch pertumbuhan mikroorganisme dapat terjadi pada 4 fase yakni :
a.Fase logarithmik :
pada fase ini pertumbuhan mikroorganisme masih sedikit dan hampir konstan karena saat ini lebih
banyak digunakan untuk proses aklimatisasinya.
b. fase pertumbuhan :
pada fase ini mikroorganisme bertumbuh dengan cepat secara eksponensial sampai mencapai
populasi maksimal sebelum fase stasioner.
d. Fase stasioner :
Pada fase ini pertumbuhan mikroorganisme sebanding dengan kematiannya, sehingga pada fase
ini pertumbuhana hampir nol sampai mencapai kematian.
e.Fase kematian :
Pada fase ini pertumbuhan menjadi negatif karena banyak individu mikroorganisme mengalami
kematian sedangkan pertumbuhan berkurang karena nutrien yang tersedia sudah hampir habis,
akhirnya banyak individu yang mati.
Pertumbuhan mikroorganisme selama fase pertumbuhan adalah cepat dapat dinyatakan dengan rumus
berikut :
Ln Cb = ln Co + t
Pola pertumbuhan mikroorgansime ini dapat dilihat pada grafik dibawah ini dengan fungsi pertumbuhan
eksponesial
Cb = Co et
118
Dimana Co adalah populasi awal, Cb adalah populasi setelah waktu t,  adalah kecepatan pertumbuhan
spesifik, dan t adalah lama waktu fermentasi. Jika persamaan pada grafik 1 dilogaritmanaturalkan akan
dihasilkan garis lurus, kemiringannya merupakan kecepatan pertumbuhan spesifik. Pertumbuhan tertinggi
terjadi pada fase logaritmik.
Kecepatan pertumbuhan menurun setelah nutrien habis dikonsumsi oleh mikroorganisme dan atau
akumulasi produk metabolit pada medium pertumbuhan. Jika selisih konsentrasi awal digrafikkan versus
populasi sell pada fase stasioner akan ditemukan konsentrasi substrat yang tersedia sebanding dengan
yield populasi sel. Hal ini membuktikan bahwa ketersediaan substrat sebanding dengan populasi sel yang
dapat dirumuskan secara matematika sebagai berikut :
Cb = Y ( So –St )
119
Dimana Cb adalah populasi biomassa, Y adalah faktor yield, So adalah konsentrasi nutrien dalam substrat
awal dan St adalah konsentrasi nutrien dalam substrat setelah selang waktu t. Fungsi ini dapat dilihat
pada grafik 2 dimana adalah inhibisi dari pertumbuhan mikroorgansime yang disebabkan oleh hasil
metabolisme.
Penurunan kecepatan pertumbuhan sebanding dengan konsentrasi residu nutrien dalam substrat sesuai
dengan persamaan Monod sebagai berikut :
maks St
 = --------------------
(Ks + St)
Dimana maks adalah kecepatan pertumbuhan spesifik maksimum, St konsentrasi nutrient dalam residu
substrat, dan Ks konstranta utilisasi nutrien dalam substrat. Ks dapat menetukan affinitas
mikroorgainiusme terhadap substrat tertentu ( affinitas yang tinggi mengahasilkan nilai Ks yang kecil).
Kecepatan produksi dari hasil metabolisme primer ditentukan oleh kecepatan pertumbuhan sel
mikroorganisme yangg dinyatakan dengan rumus :
Qp = Yp/s
Dimana Qp adalah kecepatan pembentukan hasil metabolisme spesifik, dan Yp/s adalah yield dari hasil
metabolisme yang tergantung pada banyaknya substrat yang dibutuhkan.
Kecepatan pembentukan hasil spesifik sebanding dengan kecepatan spesifik pertumbuhan sel
untuk produk primer. Sedangkan kecepatan pembentukan produk sekunder dari produk primer yang
120
dihasilkan pada fasa pertumbuhan stasioner adalah tidak sebanding dengan pembentukan produk
sekunder dan terlihat hampir konstan atau berubah dengan cara yang lebih kompleks.
Produktifitas dari kultur adalah banyaknya biomassa yang dihasilkan dalam satuan waktu dan
dinyatakan dengan rumus berikut :
( Cmaks – Co )
Pb = ---------------------
( t1 + t2 )
Dimana Pb adalah produktifitas dari kultur, Cmaks adalah populasi sel maksimum selama fermentasi, dan Co
adalah pop[ulasi sel awal, t1 adalah lamanya pertumbuhan pada kecepatan pertumbuhan spesifik
maksimum, t2 adalah lamanya fermentasi sampai saat pertumbuhan sampai pada saat kecepatan
pertumbuhan spesifik sel maksimum dan termasuk lamanya persiapan kultur dan pemanenan.
Contoh soal
Suatu innokulum mengandung (Co) 30000 sel/ml saccharomyces cereviciae ditanam dalam glukosa
dengan cara batch selama 20 jam. Konsentrasi sel dihitung pada interval waktu 4 jam dan dibuatkan
grafiknya seperti tercantum pada grafik 1. lama waktu yang dibutuhkan untuk persiapan dan pemanenan
kultur adalah 1,5 jam. Hitung kecepatan pertumbuhan psesifik maksimum dan produktifitas dari kultur
Dari persamaan pertumbuhan fasa logarithmik didapatkan Cb = 20 x 107 sel/ml
Ln 2 x 108 = ln 30000 + maks 8,5

Dari persamaan diatas didapatkan
ln 2 x 108 – ln 30000
 maks = --------------------------------- = 0,95 sel/ml jam
8,5
121
Dari persamaan diatas didapatkan
2 x 108 - 30000
Pb = ------------------------------------ = 9.3 x 106 sel/jam
8,5 + [ ( 20 – 8,5 ) + 1,5 ]
5.2. Kultur kontinu

Kultur kontinu adalah pertumbuhan sel mikroorganisme yang dibatasi oleh substrat pada operasi batch
yang mempunyai produktifitas tinggi, jika substrat ditambahkan secara kontinu kedalam fermenter, dan
biomassa yang dihasilkan secara kontinu dipanen pada kecepatan yang sama, dengan cara seperti ini sel
tetap bertumbuh dalam fasa logarithmik. Kecepatan dimana substrat ditambahkan pada keadaan steady
state dapat digunakan rumus :
F
D = ------------
V
Dimana D adalah kecepatan penguraian subtrat, F adalah kecepatan laju alir substrat ( liter/jam) dan V
adalah volume fermenter (liter)
Hubungan anatara konsentrasi sel dalam keadaan tunak ( steady state) dan konsentrasi residu substrat
dinyatakan dalam bentuk persaaam berikut :
Yi = Yo ( Si – So )
Ks D
Yi = ----------------------
maks – D
122
Dimana Ks adalah konsentrasi sel dalam keadaan steady state, Y adalah faktor yield , So adalah konsetrasi
subastrat pada keadaan awal Si adalah konsentrasi subtrat residu dalam keadaan steady state, Ks adalah
konstanta pemakaian substrat ( mg/l), maks adalah kecepatan pertumbuhan spesifik maksimum
Kecepatan pengolahan substart yang terjadi pada kultur dapat dikendalikan oleh kecepatan
pertumbuhan spesifik maksimum yang dipengaruhi oleh konstanta penggunaan substrat dan faktor yield.
Produktifitas dari kultur kontinu dapat dinyatakan dengan persamaan berikut :
t3
Pc = DC ( 1 - ------- )
t4
dimana Pc adalah produktifitas kultur kontinu, t3 waktu yang diperlukan untuk mencapai steady state, dan
t4 adalah lamanya keadaan steady state. Untuk mendapatkan masa yang lebih rinci tentang kultur batch
dan kontinu pada publikasi oleh Westoff ( 1978), stanbury dan whitaker ( 1984) , jay 1978, dan publikasi
mikrobiologi lainnya.
123
Gambar 7. Bagan kultur kontinu
124
Bioproses engineering dilakukan dengan bioreactor. Pada bioproses akan dibahas prinsip- prinsip :
125
- Kulturisasi kontinu dan batch,
- proses biologis yangsangat unik,
- proses down stream dan rancangan proses
Pada perlakuan bioproses harus diperhatikan :

 system kerapatan sel yang tinggi Bioreacto
 operasi membran r
 metoda immobilisasi yang unik
 jenis produk
Contoh soal :
Suatu ragi brewer’s ditanam secara kontinu dalam fermenter dengan volume operasi 12 m3. Lama waktu
tinggal dalam fermenter adalah 20 jam dan ragi mempunyai waktu pelipat gandaan 3,2 jam. Suatu
innokulum 2 % yang mengandung 5 % sel ragi dicampurkan kedalam substrat. Hitung massa dari ragi
yang dipanen dari fermenter per jam. Misalkan densisti () dari campuran substrat dan ragi adalah 1010
kg/m3
Penyelasaian soal :
Laju alir = volume fermenter/waktu tinggal
F = V/t = 12/20 = 0,6 m3/jam.
Laju alir massa (FM) = F x  = 0,6 x 1010

FM = 606 kg/jam
Konsentrasi rasi awal = konsentrasi sel ragi dalam innokulum/dilusi innokulum
Co = 5/100 x 2/100 = 0,001 kg sel ragi/kg substrat
Doubling time = 3,2 jam, jadi selama 20 jam akan terjadi 20/3,2= 6,25 kali doubling
Pertumbuhan massa Gr = 2 6.25 = 76 kg
Massa ragi yang dihasilkan = konsentrasi ragi awal x pertumbuhan x laju alir massa
= F M x Co x G r
126
= 0,001 x 76 x 606 = 46 kg sel ragi/jam
127
5.3. Fermentasi beberapa bahan makanan
Perubahan karbohidrat yang terdapat dalam substrat oleh mokroorganisme dapat digunakan untuk
menggolongkan fermentasi menjadi produk utama asam-asam organik dan produk primer etanol dan
karbon dioksida. Mikroorganisme yang menghasilkan single produk dinamakan homofermentasi.
Sedangkan fermentasi yang menghasilkan aneka ragam produk disebut heterofermentasi.
5.3.1. Fermentasi asam laktat
Hal yang paling menetukan fermentasi bakteri asam laktat adalah toleransi asamnya, seperti contohnya
fermentasi susu dengan bakteri streptococcus liquifaciens, streptococcus lactic atau bakteri yang setara
streptococcus cremoris akan terinhibisi bila kadar asam laktat mencapai 0,7 – 1,0 %. Ada beberapa jenis
bakteri yang toleran pada konsentrasi asam yang lebih tinggi yakni lactobacillus casei kadar asam 1,5 – 2
% dan lactobacillus bulgaricus dengan kadar asam 2,5 – 3 %. Dengan cara yang sama fermentasi
sayuran, lactobacilli adalah penghasil asam yang kuat dari pada streptococci. Dari empat kelompok utama
bakteri asam laktat adalah spesies streptocoocus dan pediococcus adalah homolactic, leuconostic adalah
heterolitic dan species lactobacillus bervariasi sesuai dengan strainnya.
a. Fermentasi daging dan ikan
b. Fermenrasi sayuran
c. Fermentasi jagung dan cassava
d. Fermentasi susu
- Fermentasi Yoghurt
- Fermentasi keju
5.3.2. Fermentasi alkohol
a. Fermentasi roti
Fermentasi yang diikuti pemanggangan tepung terigu merubah tekstur dan rasa tepung dan membuatnya
menjadi makanan yang lebih digemari. Fermentasi tidak mempengaruhi pengawetan dan fungsi utamanya
adalah untuk menghasilkan karbon dioksida keluar dari roti dan mengatur kondisi adonan. Ragi dan
mikroorganisme lain yang terdapat dalam adonan juga mempengaruhi rasa roti.
b. Fermentasi beverages
5.4.1. Gambar fermenter tangki berpengaduk.
Pada dasarnya fermenter batch terdiri dari unit :
Pada perlakuan bioproses harus diperhatikan :

 system kerapatan sel yang tinggi Bioreacto
128
 operasi membran r
 metoda immobilisasi yang unik
 jenis produk
a. Tabung
fermenter
b. Jaket tabung
fermenter
c. Motor listrik
dan pedal
pengaduk
d. Pipa air
pendingin
e. Pengontrol
suhu.
f. Pengontrol aliran udara.
g. Inlet innokulum dan nutrien.
h. Katup pengliran udara keluar.
i. Inlet antifoam, cadangan asam dan basa.
j. Filter aliran udara.
k. Saluran sampel.
l. Aliran steam sterilisasi
5.4.2. fermenter berpengaduk aliran udara
129
5.4.3. deep jet fermenter
5.5. proses kontak udara dengan mikroba
130
5.3.3. Fermentasi yoghurt
Yoghurt adalah produk hasil fermentasi susu dengan bakteri asam laktat yakni Lactobacillus delbruekii
ssp Bulgaricus dan Streptococcus Salivarius ssp Thermophilus pada suhu 40 – 50 oC. Yoghurt merupakan
bahan makanan cair yang mengandung bakteri probiotik untuk menjaga kesehatan yang akan menekan
populasi bakteri pembusuk dan pathogen.
Yoghurt telah dikenal sebagai bahan makanan semenjak tahun 1430 di Bulgaria. Kata youghurt berasal
dari kata Yourt kemudian berubah menjadi Yogurt yang berarti panjang umur.
Pada proses fermentasi yoghurt ini terbentuk asam format kemudian mengalami fermentasi lanjutan
menjadi asam laktat dan asetal dehid. Pada fermentasi yoghurt ini juga terbentuk K-casein akibat adanya
enzim protease yang memutuskan ikatan peptide dalam protein susu.
Bahan baku :
a. Air 87,1%
b. Lemak 3,9%
c. Protein 3,4 %
d. Laktosa 4,8%
131
e. Mineral 0,65%, enzim, fosfolipid, dan
vitamin A,B,C
Manfaat Yoghurt :
a. Nilai gizi yoghurt lebih tinggi dari susu, karena bakteri asam laktat mengurai laktosa
susu menjadi monosakarida seperti glukosa dan galaktosa yang mudah diserap usus
b. glukosa kemudian diurai menjadi asam laktat
c. bakteri asam laktat pada fermentasi yoghurt juga mengurai protein susu menjadi pt lebih sederhana
yang mudah diserap usus
d. Yoghurt sangat baik untuk penderita “Lactose Intolerance”
e. Penderita Lactose Intolerance, adalah seseorang yang tidak mampu mencerna laktosa susu
f. Gejalanya jika penderita mengkonsumsi laktosa, akan mengeksekresikan asam lemak dan gas, gas yang
terakumulasi di usus, menyebabkan kram, dan diare akut
g. Yoghurt plein/natural sangat baik untuk makanan padat pertama bayi, karena proteinnya yang mudah
diserap usus, dan fungsi bakteri yoghurt sebagai agen probiotik
h. Probiotik bakteri yoghurt dapat memperkaya mikroba bermanfaat dalam sistem pencernaan, baik pada
bayi maupun orang dewasa
i. Kandungan vitamin B yang tinggi juga ditengarai memperhalus kulit wajah
j. Yoghurt juga sangat baik sebagai suplemen makanan bagi orang-orang yang beraktifitas tinggi,
mengingat unsurunsur yoghurt yang tersedia langsung dan mudah diserap usus.
Bakteri asam laktat pada fermentasi yoghurt terdiri dari :
a. Lactobacillus bulgaricus dan
b. Streptococcus thermophilus
c. Memegang peranan pembentuk asam, cita rasa dan aroma yoghurt yang khas
d. Asam menyebabkan koagulasi protein susu membantu mengawetkan yoghurt
e. bakteri asam laktat juga dapat menekan pertumbuhan bakteri pembusuk susu,
sehingga yoghurt lebih tahan lama dalam penyimpanan dibandingkan susu
Ciri – cirri bakteri asam laktat
Lactobacillus bulgaricus, bakteri berbentuk batang, tidak membentuk spora, gram positif, thermofilik
(hidup baik pada suhu 45-60oC)
a. Ukuran sel 0,5-1,2 x1-10 μm, anaerob fakultatif, jarang dijumpai yang patogenik
b. Memfermentasi gula menjadi asam laktat
c. Tahan pada kadar asam tinggi (ph 4)
132
Streptococcus thermophilus, bakteri
a. bentuk bulat, gram positif,
b. Ukuran sel bakteri 0,5-2 μm
c. thermofilik (hidup baik pada suhu 45-60oC)
d. Tahan pada kadar asam tinggi (ph 4)
e. Memfermentasi gula menjadi asam laktat
Kultur campuran Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus thermophilus hidup
bersimbiosis lebih baik pada proses fermentasi yoghurt dari pada kultur murninya
Pembentukan Asam Laktat
a. Melalui proses glikolisis, yaitu mengoksidasi glukosa menjadi 2 molekul piruvat
b. Agen pengoksidasi adalah NAD+, yang dihasilkan dari NADH dengan cara mentransfer elektron ke
piruvat
c. Piruvat direduksi langsung oleh NADH membentuk laktat
d. Laktat adalah bentuk terionisasi dari asam laktat 2ADP+2P 2ATP
e. Glukosa 2 piruva 2 NAD+ 2 NADH+2H+ 2 laktat
Proses pembentukan asam laktat dari glukosa secara biokimia adalah sebagai berikut :
133
2.8. Gambar bakteri:
1. Lactobacillus bulgaricus
2. Streptococcus thermophilus
Cara membuat Yoghurt

a. Didihkan susu 1 liter dan gula pasir 100 g
b. biarkan suhu turun hingga 40-45oC
c. Masukan 100 ml starter bakteri yoghurt, mikser hingga homogen
d. Masukan dalam cup volume 250 ml
e. Inkubasi pada suhu 40-45oC selama 8 jam
f. Masukan lemari es, siap di konsumsi
134
Tabel 1. Komposisi kimia dari beberapa bahan makanan per 100 gram Bahan
No Bahan makanan Kalori Protein Lemak Karbohidrat air
Kkal %
1 Kacang kedelai 360 35 18 35 8
2 Susu kedelai 52,99 4,4 3,5 3,8 88,6
3 Kacang hijau 345 22 1 63 10
4 Daging sapi 190 19 12 0 68
5 Ikan segar 113 17 5 0 76
6 Telur ayam 162 13 12 1 74
7 Susu skim kering 360 36 1 52 4
8 Beras 360 6,8 0,7 78,9 13
9 jagung 355 9,2 3,9 73,7 12
10 Tepung ubikayu 363 1,1 0,5 88,2 9
11 Tempe 149 18,3 4 10,7 64
12 Kecap 46 5,7 1,3 9,0 83
13 tauco 166 10,4 4,9 24,1 64,4
14 Tahu segar 68 7,8 4,6 16 70
Ir. Suprapto HS “ bertanam kedelai “ Penebar Swadaya 1998. hal 4.
Tabel 2. Kandungan asam-asam amino ( mg/gr) dari beberapa bahan makanan
No Asam amino Kacang Kacang Kacang Beras Susu Telur
kedelai tanah hijau sapi ayam
1 Isoleusin 340 260 350 320 407 415
2 Leusin 480 380 560 535 630 553
3 Lisin 400 220 430 236 496 403
4 Fenil alanin 310 320 300 307 311 365
5 Tirosin 200 220 100 269 323 262
6 Methionin 80 60 70 142 144 197
7 Sistein 110 90 40 80 57 149
8 Threonin 250 170 200 241 292 317
9 triptofan 90 70 50 65 90 100
10 valin 330 310 370 415 440 454
Tabel 3. Komposisi kimia dari beberapa susu
135
No Komposisi Susu kedelai Susu sapi Air susu ibu
%
1 Air 88,60 88,60 60,60
2 Kalori 52,99 58,00 62,00
3 Protein 4,40 2,90 1,40
4 Karbohidrat 3,80 4,50 7,20
5 Lemak 2,50 0,30 3,10
6 Vit. B1 0,04 0,04 0,02
7 Vit. B2 0 0,02 0 0,15 0 0,03
8 Vit. A 0 0,02 0 0,20 0 0,20
5. Diagram alir pembuatan Yoghurt
Bahan baku : Whole milk, skim

milk, air ; Whole milk + cream
Pasteurisasi 85 oC 30 menit, 90 – 95 oC selama 10 menit untuk membunuh

bakteri dan jamur pathogen, seperti salmonella, listeria, campylobacter
136
Homogenisasi
Dinginkan sampai suhu ruangan
Inkubasi dengan 2 % v/v starter Streptococcus salivarius ssp

thermophilus dan lactobacillus delbrueki ssp bulgaricus 1 : 1
Fermentasi pada suhu 30 – 45 oC selama 4 –

16 jam, yang cepat pada suhu 43 – 45 oC
Dinginkan pada suhu 10 – 15 oC
Tambahkan essence dan penyedap
Yoghurt simpan dalam kulkas

pada suhu 4,5 oC siap dikunsumsi
5.3.4. Bagan Fermentasi keju
Raw milk
137
Pasteurisasi pada suhu 71 -75 oC
selama 15 detik dinginkan
Tambahkan starter lactococcus lactis ssp cremoris

1 – 1,5 %, Inkubasi pada suhu 30 oC
Produk susu dengan 0,19 – 0,21

% asam laktat
Potong bongkahan Scalding pada suhu Cheddaring squeezing

36 – 40 oC aduk. dan stretching the curd
Matang hasil fermentasi Cetak dan kempa Aduk dan garami
5.3.5. Bagan Fermentasi sauerkraut
Lobak segar
138
Potong daun
dan kupas
Aduk pelan-pelan
Tambahkan 2,23 – 2,5 % garam

dan aduk sempurna
Masukkan ke dalam tangki

fermentasi
Tutup dan vakumkan
Fermentasi pada suhu 18 oC

selama 1 bulan
Daging segar telah terkontaminasi selama penyembelihan dan pemotongan dengan campuran microflora,
termasuk organisme sampah dan kadang-kadang berpotensi patogen seperti salmonella spp.
Bagan alir fermentasi saus daging.
5.3.6. Bagan Fermentasi saus daging
Daging segar + lemak
139
Cincang halus
Garam, nitrat, pati, cabe, bawang

putih, dan asam askorbat
campur
Lactobacillus plantarum dan

Pediococcus spp + micrococcus spp
Fermentasi pada suhu 33 oC,
selama 16 jam
Masukkan kedalam kemasan
Fermentasi pada suhu 32 oC selama

bakteri homolactic asam laktat
Keringkan dan matangkan pada

suhu 34 oC selama 3 jam.
Batas kuliah p2k

5.3.7. Bagan Fermentasi tempe
Rendam biji kacang kedelai

semalam pada suhu kamar
140
Kupas kulit bijinya
Rebus, keringkan, dan dinginkan

sampai mencapai suhu 37 oC
Inkubasi dengan ragi tempe

Rhizophus oligosphorus
Masukkan ke dalam kantong

kemasan
Fermentasi pada suhu 30 – 38 oC

selama 20 -24 jam
Siap didistribusikan untuk

dikonsumsi
5.3.8. Fermentasi saus kedelai dan miso

Saus kedelai adalah sejenis penyedap makanan yang terkenal di Jepang dengan konsumsi diperkirakan 10
liter/ penduduk per tahun dan masakan ala timur lainnya. Produk ini tak begitu dikenal di negara barat
sdianggap sebagai menu pelengkap untuk masakan china dan masakan ala wok.
141
Miso juga sangat pupuler di Jepang dan negara asia lainnya yang merupakan masakan semi padat yang
digunakan terutama sekali pembuat sup misodengan cara mengencerkan dengan air dan bahan tambahan
lainnnya seperti sayur-sayuran, daging ayam, ikan, dan daging sapi sebagai pelengkap menu lainnya dan
tersebar diman-mana. Miso tak bbegitu dikenal di negara barat tetapi dapat ditemukan direstorant
masakan ala timur yang terdapatt di nagara barat.
Kedua produk ini mengandung kadar garam yang tinggisehingga dikonsumsi dalam porsi besar
sebagai makanan diet di berapa penjuru jepang, yang dapat menyebabkan tekanan darah tinggi dan
masalah kesehatan lainnya. Akhir-akhir ini dibuat miso dan sau kedelai dengan kadar garam rendah.
Bagan alir Fermentasi koji
Biji kedelai+ terigu + tepung

beras + barley
Di rebus
Innokulasi dengan aspergilus

orizae atau aspergilus sojae
Inkubasi pada suhu 25 – 30 oC

selama 2 – 3 hari
koji
Fermentasi saus kedelai
koji
142
Campur air garam 16 – 19 %
Masukkan ke dalam tangki

fermentasi anaerobik
Kempa dan bersihkan
Pasterusisasi pada suhu 70 – 80

o
C selama ½ jam
Kemas kedalam botol
Distribusikan untuk dikonsumsi

miso
Fementasi nata decoco
5.3.9. Fermentasi nata decoco

Menurut DianAdi A. *) Elisabeth*) dan Destialisma*) (25 Juli 2007) Nata de coco merupakan produk
makanan yang dihasilkan dari air kelapa yang mengalami proses fermentasi dengan melibatkan bakteri
Acetobacter xylinum, sehingga membentuk kumpulan biomassa yang terdiri dari selulosa dan memiliki
penampilan seperti agar-agar berwarna putih. Nata de coco digolongkan sebagai makanan sehat karena
tinggi serat dan rendah kalori. Penambahan bakteri Acetobacter xylinum sebagai starter dan penambahan
sumber N sebagai sumber makanan bagi starter sangat berpengaruh dalam memproduksi nata de coco.
Oleh karena itu, penelitian untuk mengkaji hal tersebut telah dilakukan di Laboratorium BPTP Bali pada
bulan Juli-Agustus 2005. Pengkajian menggunakan Rancangan Acak Kelompok Faktorial dengan 2
faktor, yaitu : a) penambahan jumlah starter, masing-masing : 10%, 15%, dan 20%; serta b) penambahan
143
jumlah urea sebagai sumber N, masing-masing : 0,10%; 0,50%; dan 0,70%; dengan dua kali ulangan.
Parameter yang diamati adalah pH media starter, jumlah nata yang terbentuk, dan rendeman nata. Hasil
analisis menunjukkan bahwa kisaran pH media starter adalah 3,70-4,00. Jumlah nata yang terbentuk
antara 44 gram sampai 100 gram. Perbandingan jumlah nata dengan jumlah air kelapa yang digunakan
menghasilkan rendeman nata. Hasil analisis menunjukkan rendemen nata adalah 10,80-20,00 persen.
Rendemen nata tertinggi sebesar 20,00 gram didapatkan dari kombinasi penambahan starter 20% dan urea
0,10%. Secara statistik, penambahan jumlah starter, penambahan urea sebagai sumber N, dan kombinasi
keduanya tidak berpengaruh nyata pada produksi nata de coco.Kata kunci : Nata de coco, air kelapa,
starter, Acetobacter xylinum, urea, sumber N.Nata de coco berasal dari Filipina dan mulai diperkenalkan
di Indonesia sekitar tahun 1987. Nata memiliki bentuk padat, berwarna putih seperti kolang-kaling
sehingga sering dikenal sebagai ‘kolang-kaling imitasi’. Nata de coco dihasilkan dari air
kelapa yang mengalami proses fermentasi dengan melibatkan bakteri Acetobacter xylinum (Pambayun,
2002). Nata de coco mengandung selulosa, yang dikenal sebagai serat pangan alami (dietary fiber) yang
mempunyai manfaat dalam proses pencernaan makanan di dalam usus halus manusia dan penyerapan air
di dalam usus besar. Menurut penelitian dari Balai Mikrobiologi, Puslitbang Biologi LIPI, di dalam 100
gram nata de coco terkandung nutrisi, antara lain : kalori 146 kal; lemak 0,2%; karbohidrat 36,1 mg; Ca
12 mg; Fosfor 2 mg; dan Fe 0,5 mg. Nata juga mengandung air yang cukup banyak (sekitar 80%), namun
tetap dapat disimpan lama (Warisno, 2005).
Karena memiliki kandungan serat tinggi dan rendah kalori serta tidak mengandung kolesterol, maka nata
de coco sangat cocok digolongkan sebagai makanan kesehatan atau makanan diet. Menurut data statistik,
di seluruh wilayah Indonesia, tanaman kelapa yang ditanam pada lahan seluas ± 3.384.000 ha dapat
menghasilkan sekitar 11.465.000 butir kelapa per tahun. Dengan volume air kelapa rata-rata 0,3 liter per
butir, dapat dihasilkan air kelapa sebanyak ± 3.439.000 liter per tahun yang mempunyai prospek untuk
dimanfaatkan dalam pembuatan nata, baik dalam skala rumah tangga maupun industri skala besar
(Pambayun, 2002).
Di dalam air kelapa banyak terkandung nutrisi yang berguna bagi pertumbuhan dan aktivitas bakteri
Acetobacter xylinum. Di dalam Warisno (2005) disebutkan bahwa air kelapa mengandung 91,27% air;
0,29% protein; 0,15% lemak, 7,29% karbohidrat, dan 1,06% abu. Selain itu, juga terkandung nutrisi lain
yaitu sukrosa, dekstrosa, fruktosa, serta vitamin B kompleks, seperti asam nikotinat, asam pantotenat,
biotin, riboflavin, dan asam folat. Meskipun di dalam air kelapa telah terdapat kandungan N yang berasal
dari protein dan senyawa N lainnya, namun karena jumlahnya yang sangat kecil, perlu ditambahkan
sumber N dari luar, seperti ZA (amonium fosfat) dan urea (amonium sulfat). Nitrogen (N) bagi bakteri
144
Acetobacter xylinum dibutuhkan sebagai unsur makro bagi pertumbuhan dan aktivitasnya; bersama
dengan unsur karbon (C) yang dapat diperoleh dalam air kelapa dalam bentuk karbohidrat sederhana
(Pambayun, 2002).
Fermentasi nata de coco :

Nata adalah biomassa yang sebagian besar terdiri dari sellulosa, berbentuk agregat dan berwarna putih.
Massa ini berasal dari pertumbuhan Acetobacter xylinum pada permukaan media cair yang asam dan
mengandung gula.
Nata dapat dibuat dari bahan baku air kelapa, dan limbah cair pengolahan tahu (whey tahu). Nata yang
dibuat dari air kelapa disebut dengan nata de coco, dan yang dari whey tahu disebut dengan nata de soya.
Bentuk, warna, tekstur dan rasa kedua jenis nata tersebut tidak berbeda.
Pembuatan nata tidak sulit, dan biaya yang dibutuhkan juga tidak banyak.
Usaha pembuatan nata ini merupakan alternatif usaha yang cukup menjanjikan (prospektif).
Fermentasi Nata
Fermentasi nata dilakukan melalui tahap-tahap berikut:
a) Pemeliharaan biakan murni Acetobacter xylinum

b) Pembuatan starter
c) Fermentasi
Pemeliharaan Biakan Murni Acetobacter xylinum
Fermentasi nata memerlukan biakan murni Acetobacter xylinum. Biakan murni ini harus dipelihara
sehingga dapat digunakan setiap saat diperlukan. Pemeliharaan tersebut meliputi (1) proses penyimpanan
sehingga dalam jangka waktu yang cukup lama viabilitas (kemampuan hidup) mikroba tetap dapat
dipertahankan; dan (2) penyegaran kembali mikroba yang telah disimpan sehingga terjadi pemulihan
viabilitas dan mikroba dapat disiapkan sebagai inokulum fermentasi.
145
a. Penyimpanan
 Acetobacter xylinum biasanya disimpan pada agar miring yang terbuat dari media Hasisd dan
Barker yang dimodifikasi dengan komposisi sebagai berikut: glukosa (100 gram), ekstrak khamir
(2,5 gram), K2HPO4 (5 gram), (NH4)2SO4 (0,6 gram), MgSO4 (0,2 gram), agar (18 gram), dan air
kelapa (1 liter).
 Pada agar miring dengan suhu penyimpanan 4-70C, mikroba ini dapat disimpan selama 3-4
minggu.
b. Penyegaran
Setiap 3 atau 4 minggu, biakan A. xylinum harus dipindahkan kembali pada agar miring baru. Setelah 3
kali penyegaran, kemurnian biakan harus diuji dengan melakukan isolasi biakan pada agar cawan. Adanya
koloni asing pada permukaan cawan menunjukan bahwa kontaminasi telah terjadi. Biakan pada agar
miring yang telah terkontaminasi, harus diisolasi dan dimurnikan kembali sebelum disegarkan.
c. Persiapan kerja.
Setiap akan melaksanakan pembuatan kultur murni, starter, dan fermentasi operator harus menutup
mulutnya dengan masker dan pakai sarung tangan karet agar tidak terjadi kontaminasi dengan
mikroorganisme lain.
Pembuatan Starter
a. Starter adalah populasi mikroba dalam jumlah dan kondisi fisiologis yang siap diinokulasikan
pada media fermentasi. Mikroba pada starter tumbuhdengan cepat dan fermentasi segera terjadi.
b. Media starter biasanya identik dengan media fermentasi. Media ini diinokulasi dengan biakan
murni dari agar miring yang masih segar (umur 6 hari).
c. Starter baru dapat digunakan 6 hari setelah diinokulasi dengan biakan murni. Pada permukaan
starter akan tumbuh mikroba membentuk lapisan tipis berwarna putih. Lapisan ini disebut dengan
nata. Semakin lama lapisan ini akan semakin menebal sehingga ketebalannya mencapai 1,5 cm.
Starter yang telah berumur 9 hari (dihitung setelah diinokulasi dengan biakan murni) tidak
146
dianjurkan digunakan lagi karena kondisi fisiologis mikroba tidak optimum bagi fermentasi, dan
tingkat kontaminasi mungkin sudah cukup tinggi.
d. Volume starter disesuaikan dengan volume media fermentasi yang akan disiapkan. Dianjurkan
volume starter tidak kurang dari 5% volume media yang akan difermentasi menjadi nata.
Pemakaian starter yang terlalu banyak tidak dianjurkan karena tidak ekonomis.
Fermentasi
a. Fermentasi dilakukan pada media cair yang telah diinokulasi dengan starter. Fermentasi
berlangsung pada kondisi aerob (membutuhkan oksigen). Mikroba tumbuh teruatama pada
permukaan media.
Fermentasi dilangsungkan sampai nata yang terbentuk cukup tebal (1,0- 1,5 cm). Biasanya ukuran
tersebut tercapai setelah 10 hari (semenjak diinokulasi dengan starter), dan fermentasi diakhiri
pada hari ke 15. Jika fermentasi tetap diteruskan, kemungkinan permukaan nata mengalami
kerusakan oleh mikroba pencemar.
b. Nata berupa lapisan putih seperti agar. Lapisan ini adalah massa mikroba berkapsul dari selulosa.
c. Lapisan nata mengandung sisa media yang sangat asam. Rasa dan bau masam tersebut dapat
dihilangkan dengan perendaman dan perebusan dengan air bersih.
Penyiapan Biakan Murni
BAHAN
- Biakan murni Acetobacter xylinum

- Glukosa, 100 gram
- Ekstrak khamir, 5 gram
- K2HPO4, 5 gram
- (NH4)2SO4, 0,6 gram
- MgSO4, 0,2 gram
- Agar, 18 gram
- Air kelapa, 1 liter
- Asam asetat 25%, untuk mengatur agar pH menjadi 3-4
Alat untuk Penyiapan Biakan Murni
147
 Alat pensteril. Alat ini digunakan untuk mensterilkan alat dan media.
Autoklav mini, atau press cooker sudah memadai untuk keperluan tersebut.
 Tabung reaksi dan kapas. Alat ini digunakan untuk pembuatan agar miring.
 Jarum ose. Alat ini digunakan untuk memindahkan biakan ke agar miring baru.
 Kotak inokulasi. Alat ini digunakan sebagai tempat untuk memindahkan biakan sehingga
kemungkinan kontaminasi bisa diminimalkan.
 Lampu spritus. Alat ini digunakan untuk membakar jarum ose, dan mengurangi kemungkinan
kontaminasi pada saat pemindahan biakan.
 Gelas piala. Alat ini digunakan untuk membuat media agar.
 Kompor. Alat ini digunakan utnuk memasak media agar yang baru dibuat sebelum sterilisasi.
 Kotak inkubasi. Alat ini digunakan untuk inkubasi agar miring.
 Lemari pendingin (kulkas). Alat ini digunakan untuk menyimpan biakan agar miring yang telah
selesai diinkubasi.
 Timbangan
 PH meter. Alat ini digunakan untuk mengatur pH menjadi 3-4.
Prosedur pembuatan kultur murni Acetobacter Xylinum :
a. Siapkan Beaker glas 2 liter.
b. Masukkan 1 liter air kelapa ke dalam beker gelas 1 liter.
c. Tambahkan 18 gr serbuk agar, aduk sampai larut.
d. Tambahkan 100 gram glukosa, 2,5 gram ekstrak khamir, 5 gram K2HPO4, 0,6 gram (NH4)2SO4, 0,2
gram MgSO4.
e. Didihkan larutan d selama 10 menit..
f. Tuangkan 1 ml larutan e dalam keadaan panas kedalam tabung reaksi 10 ml.
g. Letakkan pada rak tabung reaksi dengan kemiringan 45o. tutup dengan kapas steril.
h. Dinginkan sampai suhu kamar. Simpan dalam incubator.
i. Nyalakan lampu spiritus.
148
j. Ambil ose, bakar ujung ose ke lampu spiritus.
k. dinginkan ose, kemudian sentuhkan ujung ose ke dalam sediaan kultur murni Asetobacter
Xylinum.sambil permukaan tabung kultur selalu berada pada api lampu spiritus.
l. Sentuhkan ujung ose dari k ke tabung reaksi pada h.
m. Tutup dengan kapas steril, simpan dalam incubator pada suhu kamar selama 6 hari.
n. kemudian simpan didalam kulkas, sebagai kultur murni baru segarkan setiap 4 minggu.
Pembuatan Starter
Bahan
- Biakan murni A. xylinum

- Glukosa, 100 gram
- DAP, 5 gram
- Air kelapa, 1 liter
- Asam asetat 25%, untuk mengatur agar pH menjadi 3-4
Alat
 Botol bermulut lebar. Alat ini digunakan sebagai wadah untuk pembuatan
starter.
 Kertas. Kertas digunakan untuk menutup botol bermulut lebar.
 Ruang inkubasi. Ruang ini digunakan untuk inkubasi starter. Ruang harus bersih, telah dicuci
hamakan, tidak berserangga, dan tidak mudah dimasuki debu, angin, dan serangga.
 Wadah perebus media. Wadah ini digunakan untuk merebus media yang akan diinokulasi dengan
biakan murni. Wadah harus tahan asam, dan mudah dibersihkan. Panci berenamel atau stainless
steel paling cocok sebagai wadah perebus media.
 Timbangan

Prosedur pembuatan starter.
149
a. Siapkan Erlenmeyer 2 liter yang sudah disterilkan dengan autoclave.
b. Masukkan 1 liter air kelapa kedalam Erlenmeyer 2 liter.
c. Tambahkan Glukosa, 100 gram, 5 gram urea, Asamkan dengan asetat 25%, untuk mengatur agar pH
menjadi 3-4.
d. Sterilkan larutan c pada suhu 121 oC selama 20 menit dengan autoclave.
e. Ambil dengan ose yang telah dibakar dengan lampu spiritus kultur murni Acetobacter Xylinum.
f. Celupkan ose kedalam larutan d yang telah didinginkan.
g. Tutup Erlenmeyer 2 liter dengan kapas steril.
h. Simpan dalam incubator selama 6 hari.
g. Gunakan sebagai starter untuk fermentasi.
Fermentasi Nata
Bahan
- Starter Acetobacter Xylinum

- Glukosa
- Urea
- Limbah air kelapa
- Asam asetat 25% untuk mengatur pH menjadi 3-4
3.3.1.2. Alat
 Wadah fermentasi. Wadah fermentasi berupa baki-baki yang tahan asam dengan kedalaman 7-9
cm. Kotak plastik, stainless steel, atau aluminium yang diberi enamel dapat digunakan untuk
keperluan tersebut.
150
 Wadah perebus media. Wadah ini digunakan untuk merebus media yang akan diinokulasi dengan
starter. Wadah harus tahan asam, dan mudah dibersihkan. Panci berenamel atau stainless steel
paling cocok sebagai wadah perebus media.
 Ruang fermentasi. Ruang ini digunakan untuk fermentasi. Ruang harus bersih, telah dicuci
hamakan, tidak berserangga, dan tidak mudah dimasuki debu, angin, dan serangga.
 Timbangan
 Kompor
Pemanen Hasil
 Wadah perendam dan perebus. Wadah ini digunakan untuk merendam dan merebus nata dengan
air bersih agar hilang rasa dan bau masamnya.
Wadah harus dari bahan tahan asam.
 Pemotong nata. Alat ini digunakan untuk memotong nata sehingga berbentuk kubus. Alat paling
sederhana adalah pisau. Untuk memotong nata dalam jumlah besar dapat digunakan mesin
pemotong yang digerakan dengan tangan atau digerakkan dengan mesin.
Penyiapan Biakan Murni
a. Agar (15-18 g) dimasukkan ke dalam 500 ml air kelapa, kemudian dipanaskan sampai larut.
Setelah itu ditambahkan ekstrak ragi (5 g) dan diaduk sampai larut (larutan a).
b. Gula (75 g), dan asam asetat (a5 ml) dimasukkan ke dalam 500 ml air kelapa segar yang lain dan
diaduk sampai gula larut(larutan b).
c. Larutan (a) sebanyak 3-4 ml dimasukkan ke dalam tabung reaksi, kemudian tutup dengan kapas.
Larutan (b) 3-4 ml juga dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang lain, kemudian ditutup dengan
kapas. Masingmasing disterilkan pada suhu 121oC selama 20 menit.
d. Setelah selesai sterilisasi san larutan tidak terlalu panas lagi, larutan (a) dituangkan ke larutan (b)
secara aseptis. Setelah itu 1 tabung berisi larutan b diletakkan secara miring untuk membuat agar
miring dan ditunggu sampai agar mengeras.
e. Inokulum Acetobacter xylinum diinokulasikan pada agar miring di atas.
Kemudian diinkubasikan pada suhu kamar atau pada suhu 30 oC sampai tampak pertumbuhan
bakteri serupa keloid mengkilat dan bening pada permukaan agar miring.
151
Pembuatan Starter
a. Air kelapa diendapkan, kemudian disaring dengan beberapa lapis kain kassa, kemudian
dipanaskan sampai mendidih dengan api besar sambil diaduk-aduk. Setelah mendidih,
ditambahkan (a) asam asetat glasial (10- 20 ml asam asetat untuk setiap 1 liter air kelapa), dan (b)
gula (75-100,0 gram gula untuk tiap 1 liter air kelapa). Campuran ini diaduk sampai gula larut.
Larutan ini disebut air kelapa asam bergula.
b. Urea (sebanyak 3 gram urea untuk setiap 1 liter air kelapa asam bergula yang disiapkan pada no. 1
diatas) dilarutkan di dalam sedikit air kelapa (setiap 1 gram urea membutuhkan 20 ml air kelapa).
Larutan ini dididihkan, kemudian dituangkan ke dalam air kelapa asam bergula.
c. Ketika masih panas, media dipindahkan ke dalam beberapa botol bermulut lebar, masing-masing
sebanyak 200 ml. Botol ditutup dengan kapas steril. Setelah dingin, ditambahkan 4 ml suspensi
mikroba. Setelah itu, media diinkubasi pada suhu kamar selama 6-8 hari (sampai terbentuk lapisan
putih pada permukaan media).
Fermentasi Nata
a. Air kelapa yang masih segar diendapkan, dan disaring dengan beberapa lapis kain kassa,
kemudian dipanaskan sampai mendidih dengan api besar sambil diaduk-aduk. Setelah mendidih,
ditambahkan (a) asam asetat glasial (10 ml asam asetat untuk setiap 1 liter air kelapa), dan (b) gula
(80 gram gula untuk setiap 1 liter air kelapa). Campuran ini diaduk sampai gula larut. Larutan ini
disebut air kelapa asam bergula.
b. Urea (sebanyak 5 g urea untuk setiap 1 liter air kelapa asam bergula yang disiapkan pada no. 1
diatas) dilarutkan di dalam sedikit air kelapa yang telah dimasak (setiap 1 gram urea
membutuhkan 20 ml air kelapa).
Larutan ini dididihkan, kemudian dituangkan ke dalam air kelapa asam bergula. Larutan yang
diperoleh disebut sabagai sebagai media nata.
Larutan ini didinginkan sampai suam-suam kuku.
c. Media nata ditambah dengan starter (setiap 1 liter media nata membutuhkan 50-100 ml starter),
kemudian dipindahkan ke dalam wadahwadah fermentasi dengan ketinggian media 4 cm. Wadah
ditutup dengan kertas yang telah dipanaskan di dalam oven pada suhu 140 oC selama 2 jam.
Wadah berisi media ini disimpan di ruang fermentasi selama 12-15 hari sampai terbentuk lapisan
nata yang cukup tebal (1,5-2,0 cm).
152
Panen dan pencucian
Lapisan nata diangkat, kemudian dicuci dengan air bersih. Setelah itu nata direndam di dalam air
mengalir atau air yang diganti-ganti dengan air segar selama 3 hari. Setelah itu nata dipotong-potong
dengan panjang 1,5 dan lebar 1,5 cm. Potongan nata direbus 5-10 menit, kemudian dicuci, dan direbus
lagi selama 10 menit. Hal ini diulangi sampai nata tidak berbau dan berasa asam lagi.
Pembotolan
a. Pembuatan sirup. Gula yang putih bersih dilarutkan ke dalam air (setiap 2 kg gula dilarutkan ke
dalam 4 liter air bersih), kemudian ditambahkan vanile (secukupnya) dan benzoat (1 gram untuk
setiap liter larutan gula).
Larutan sirup ini direbus sampai mendidih selama 30 menit.
b. Pengemasan. Nata yang masih panas segera dimasukkan ke dalam sirup, kemudian didinginkan
sampai suam-suam kuku. Setelah itu nata dikemas di dalam kantong plastik rangkap dua, atau di
dalam gelas plastik, dan kemasan ditutup dengan rapat (kantong plastik diikat dengan karet, dan
gelas plastik di-segel).
Bagan pembuatan nata

Penyegaran kultur murni Acetobacter xylinum
Glukosa 100 gr
Ekstrak khamir 5 gr
K2HPO4, 5 gr Air kelapa 1 liter Agar 18 gr
(NH4)2SO4, 0,6 gr
MgSO4, 0,2 gr
Strilisasi 121oC
selama 20 menit
153
Dinginkan pada suhu
kamar
Kultur murni
Acetobacter
xylinum
Fermentasi
selama 6 hari
Kultur murni baru

Acetobacter xylinum
Simpan dalam Inkubtor
selama 3 minggu
2. Starter Acetobacter xylinum.
Gula 100 gr
DAP 5 gr
Asam cuka 25 % Air kelapa 1 liter
Strilisasi 120oC
selama 20 menit
154
Dinginkan pada suhu
kamar
Fermentasi
4 ml Kultur murni selama 6 hari
Acetobacte xylinum
Starter
Acetobacter xylinum
Simpan selama 4
minggu
3. Fermentasi Air Kelapa dengan Acetobacter xylinum
Gula 100 gr
DAP 5 gr Air kelapa 100 liter
Asam cuka 25 %
Strilisasi 120oC
selama 20 menit
Dinginkan pada suhu

kamar
155
4 ml Starter
Acetobacte xylinum
Fermentasi
selama 6 hari
Larutan
Ambil lapisan Nata
Air
lapisan Nata pencuci
Air cucian
lapisan Nata
potong dadu
Air gula
Kemasan Nata
Kelas pagi 10
Fermentasi Glukosa
Etanol adalah sejenis pelarut kimia organic dan bahan kimia yang digunakan di laboratorium dan industri.
Etanol dihasilkan dari fermentasi karbohidrat dengan menggunakan ragi. Jika polisaccharida seperti pati
156
jagung digunakan sebagai bahan baku terlebih dahulu mengalami fermentasi menjadi senyawa gula
sederhana. Hidrolisa ini dapat dilakukan pada malt barley atau fungi. Bahan yang sering digunakan untuk
fermentasi pembuatan etanol adalah pati jagung, molses, gula beet, pati kentang, dan jus anggur.
Fermentasi pembuatan asam cuka (vinegar)
Kata vinegar berasal dari bahasa perancis
Fermentasi asam laktat
5.3.10. Bagan alir pembuatan beberapa jenis fermentasi etanol menjadi asam cuka
157
5.3.11. Bagan fermentasi beer brewing
2 hari 10 – 16 oC
3-5 hari 16 – 19 oC
158
5.3.12. Bagan produksi Single sel protein
Tabel berbagai macam sumber produksi protein sel tunggal
159
Bagan produksi protein sel tunggal dengan proses symba
5.3.13. Bagan alir produksi protein dengan cara ICI
160
Produksi asam sitrat
Bahan baku
161
162
163
164
Proses pembuatan insulin manusia
165
166
167
Proses antibodi
168
169
Demetri Petrides 2000
Daftar pustaka :
1. C. J. Alexopoulos “ Introductory Mycology “ 2nd ed. 1962, John Willey & sons.pp 1 – 427.
2. Karl G. Grell “ Protozoology” 1973 , springer verlag. 1 – 623.
3. A. Chairman “Standard methods “ 1979 American Publishing Health Ascociation pp 908 – 927.
4. Drs. Suhana Teknik Mikroskopi 1981, Universitas Indonesia.
5. Presscot and Dun” Microbiology” 7th ed 2002 Mc. GrawHill Co.
6. “Encyclopedia Americana “ Vol 1 ( pp 551-554 ), Vol. 3 (pp 30 – 39), Vol 12 (pp 167 – 177), Vol.
19 (pp 43 – 44), Vol 22 (pp 695 – 699), Vol 28 (pp 172 – 178), American corp 1978.
7. Tri Radiyati et.al. pengolahan kedelai. Subang: BPTTG Puslitbang Fisika
Terapan – LIPI, 1992. Hal. 15
8. Demetri Petrides (2000) “ Bioprocess Design “ http://www.intelligen.com
Jakarta, 1 september 2014.

Penyusun,
Drs. Adiwarna
170

Modulm

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Modulm

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

DIKTAT MATA KULIAH

JURUSAN TEKNIK KIMIA FAKULTAS TEKNIK

1. makro organisme (organisme) tingkat tinggi

Algae Fungi Protozoa

Algae Protozoans Slime Molds

Plantae Nonvascular Seedless Bryophyta Hepatophyta Anthrocerophyta

Eukaryotic Vascular Seedless Pterophyta Sphenophyta Psilotophyta Lycophyta

cell structure Description Coniferophyta

Unsur % berat Sumber Fungsi

Table 2. Peran beberapa trace element dalam proses metabolisme.

Zn Pembentukan Struktur pada beberapa enzim termasuk DNA polymerase

 Vitamins which are non-protein components of many enzymes

 Nucleic acids for DNA and RNA synthesis

Table 3. Vitamins and their roles in metabolism

Vitamin Coenzyme form Function

Folic acid Tetrahydrofolate Transfer of one-carbon units, required for

Biotin Biotin Biosynthetic reactions that require CO2 fixation

Lipoic acid Lipoamide Transfer of acyl groups in oxidation of keto

Pyridoxine (B6) Pyridoxal phosphate Amino acid metabolism

Riboflavin (B2) FMN (flavin mononucleotide) Electron carrier, oxidation-reduction reactions

Vitamin B12 Cobalamine coupled to adenine Transfer of methyl groups

Vitamin K Quinones and napthoquinones Electron transport processes

1.1. ALGA (algology )

1.1. BAKTERI ( Bakteriologi )

1.1.4. Klasifikasi bakteri

2.1 Class Acidobacteria (class)

2.2 Class Solibacteres

3.1.1 Subclass Acidimicrobidae

3.1.2 Subclass Actinobacteridae

3.1.3 Subclass Coriobacteridae

3.1.4 Subclass Rubrobacteridae

4.1 Class Aquificae (class)

5.1 Class Bacteroidetes

5.2 Class Flavobacteria

5.3 Class Sphingobacteria

6.1 Class Chlamydiae (class)

7.1 Class Chlorobia

8.1 Class Anaerolineae

8.2 Class Chloroflexi (class)

8.3 Class Thermomicrobia (class)

8.3.1 Subclass Sphaerobacteridae

9.1 Class Chrysiogenetes (class)

12.1 Class Deinococci

13.1 Class Dictyoglomi (class)

14.1 Class Fibrobacteres (class)

15.1 Class Bacilli

15.2 Class Clostridia

15.3 Class Mollicutes

16.1 Class Fusobacteria (class)

17.1 Class Gemmatimonadetes (class)

19.1 Class Nitrospira (class)

20.1 Class Planctomycetacia

21.1 Class Alphaproteobacteria

21.2 Class Betaproteobacteria

21.3 Class Gammaproteobacteria

21.5 Class Deltaproteobacteria

21.6 Class Epsilonproteobacteria

22.1 Class Spirochaetes (class)

23.1 Class Thermodesulfobacteria (class)

24.1 Class Thermotogae (class)

25.1 Class Verrucomicrobiae

1.1.5. Habitat ( lingkungan )

1.2. JAMUR ( Mycology )