A.

Pengertian Mikroba
Jasad hidup yang ukurannya kecil sering disebut sebagai mikroba atau
mikroorganisme atau jasad renik. Jasad renik disebut sebagai mikroba bukan
hanya karena ukurannya yang kecil, sehingga sukar dilihat dengan mata biasa,
tetapi juga pengaturan kehidupannya yang lebih sederhana dibandingkan dengan
jasad tingkat tinggi. Mata biasa tidak dapat melihat jasad yang ukurannya kurang
dari 0,1 mm. Ukuran mikroba biasanya dinyatakan dalam mikron (μ), 1 mikron
adalah 0,001 mm. Sel mikroba umumnya hanya dapat dilihat dengan alat pembesar
atau mikroskop, walaupun demikian ada mikroba yang berukuran besar sehingga
dapat dilihat tanpa alat pembesar.
B. Ruang lingkup Mikrobiologi
Dasar Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari mikroba. Mikrobiologi
adalah salah satu cabang ilmu dari biologi, dan memerlukan ilmu pendukung
kimia, fisika, dan biokimia. Mikrobiologi sering disebut ilmu praktek dari
biokimia. Dalam mikrobiologi dasar diberikan pengertian dasar tentang sejarah
penemuan mikroba, macam-macam mikroba di alam, struktur sel mikroba dan
fungsinya, metabolisme mikroba secara umum, pertumbuhan mikroba dan faktor
lingkungan, mikrobiologi terapan di bidang lingkungan dan pertanian.
Mikrobiologi lanjut telah berkembang menjadi bermacam- macam ilmu yaitu
virologi, bakteriologi, mikologi, mikrobiologi pangan, mikrobiologi tanah,
mikrobiologi industri, dan sebagainya yang mempelajari mikroba spesifik secara
lebih rinci atau menurut kemanfaatannya.
C. Penggolongan mikroba diantara jasad hidup
Secara klasik jasad hidup digolongkan menjadi dunia tumbuhan (plantae)
dan dunia binatang (animalia). Jasad hidup yang ukurannya besar dengan mudah
dapat digolongkan ke dalam plantae atau animalia, tetapi mikroba yang ukurannya
sangat kecil ini sulit untuk digolongkan ke dalam plantae atau animalia. Selain
karena ukurannya, sulitnya penggolongan juga disebabkan adanya mikroba yang
mempunyai sifat antara plantae dan animalia. Menurut teori evolusi, setiap jasad
akan berkembang menuju ke sifat plantae atau animalia. Hal ini digambarkan
sebagai pengelompokan jasad berturut-turut oleh Haeckel, Whittaker, dan Woese.
Berdasarkan perbedaan organisasi selnya, Haeckel membedakan dunia tumbuhan
(plantae) dan dunia binatang (animalia), dengan protista. Protista untuk
menampung jasad yang tidak dapat dimasukkan pada golongan plantae dan
animalia.
Protista terdiri dari algae atau ganggang, protozoa, jamur atau fungi, dan
bakteri yang mempunyai sifat uniseluler, sonositik, atau multiseluler tanpa
diferensiasi jaringan. Whittaker membagi jasad hidup menjadi tiga tingkat
perkembangan, yaitu:
(1) Jasad prokariotik yaitu bakteri dan ganggang biru (Divisio Monera),
(2) Jasad eukariotik uniseluler yaitu algae sel tunggal, khamir dan protozoa
(Divisio Protista), dan
(3) Jasad eukariotik multiseluler dan multinukleat yaitu Divisio Fungi, Divisio
Plantae, dan Divisio Animalia.
Sedangkan Woese menggolongkan jasad hidup terutama berdasarkan
susunan kimia makromolekul yang terdapat di dalam sel. Pembagiannya yaitu
terdiri Arkhaebacteria, Eukaryota (Protozoa, Fungi, Tumbuhan dan Binatang), dan
Eubacteria.
 SEJARAH PERKEMBANGAN MIKROBIOLOGI
A. PENEMUAN ANIMALCULUS
Awal terungkapnya dunia mikroba adalah dengan ditemukannya
mikroskop oleh Leeuwenhoek (1633-1723). Mikroskop temuan tersebut masih
sangat sederhana, dilengkapi satu lensa dengan jarak fokus yang sangat pendek,
tetapi dapat menghasilkan bayangan jelas yang perbesarannya antara 50-300 kali.
Leeuwenhoek melakukan pengamatan tentang struktur mikroskopis biji, jaringan
tumbuhan dan invertebrata kecil, tetapi penemuan yang terbesar adalah
diketahuinya dunia mikroba yang disebut sebagai "animalculus" atau hewan kecil.
Animalculus adalah jenis-jenis mikroba yang sekarang diketahui sebagai
protozoa, algae, khamir, dan bakteri.
B. TEORI ABIOGENESIS DAN BIOGENESIS
Penemuan animalculus di alam, menimbulkan rasa ingin tahu mengenai
asal usulnya. Menurut teori abiogenesis, animalculus timbul dengan sendirinya
dari bahan- bahan mati. Doktrin abiogenesis dianut sampai jaman Renaissance,
seiring dengan kemajuan pengetahuan mengenai mikroba, semakin lama doktrin
tersebut menjadi tidak terbukti. Sebagian ahli menganut teori biogenesis, dengan
pendapat bahwa animalculus terbentuk dari "benih" animalculus yang selalu
berada di udara. Untuk mempertahankan pendapat tersebut maka penganut teori
ini mencoba membuktikan dengan berbagai percobaan. Fransisco Redi (1665),
memperoleh hasil dari percobaannya bahwa ulat yang berkembang biak di dalam
daging busuk, tidak akan terjadi apabila daging tersebut disimpan di dalam suatu
tempat tertutup yang tidak dapat disentuh oleh lalat.
Jadi dapat disimpulkan bahwa ulat tidak secara spontan berkembang dari
daging. Percobaan lain yang dilakukan oleh Lazzaro Spalanzani memberi bukti
yang menguatkan bahwa mikroba tidak muncul dengan sendirinya, pada
percobaan menggunakan kaldu ternyata pemanasan dapat menyebabkan
animalculus tidak tumbuh. Percobaan ini juga dapat menunjukkan bahwa
perkembangan mikrobia di dalam suatu bahan, dalam arti terbatas menyebabkan
terjadinya perubahan kimiawi pada bahan tersebut.
 Percobaan yang dilakukan oleh Louis Pasteur juga banyak membuktikan
bahwa teori Pasteur yang penting adalah
(1) Udara mengandung mikrobia yang pembagiannya tidak merata,
(2) Cara pembebasan cairan dan bahan – bahan dari mikrobia, yang
sekarang dikenal sebagai pasteurisasi dan sterilisasi.
Pasteurisasi adalah cara untuk mematikan beberapa jenis mikroba tertentu
dengan menggunakan uap air panas, suhunya kurang lebih 62oC. Sterilisasi
adalah cara untuk mematikan mikroba dengan pemanasan dan tekanan tinggi, cara
ini merupakan penemuan bersama ahli yang lain.

MIKROORGANISME
A. Jenis-jenis mikroorganisme
Pada umumnnya kita mengambil ketentuan, bahwa semua mahluk yang
berukuran beberapa mikron atau lebih kecil lagi kita sebut mimroorganisme.1
mikron disingkat menjadi 1 mikron. 1. Bakteri 2. Cendawan atau jamur 3. Kapang
(Mold) 4. Khamir (Yeast) 5. Parasit 6. Protozoa 7. Virus
Ciri-ciri utama dari suatu Mikroorganisme dikelompokkan sebagai
berikut:
1. Morfologi Mikroba pada umumnya sangat kecil, ukurannya dinyatakan
dalam micrometer. Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop
untuk melihat mikroba. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan
yang diinginkan oleh peneliti.
2. Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. Bila sel mikroba di beri
perlauan kimiawi, maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik.
3. Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda,
ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tubuh bila diberikan zat hara
yang kompleks (serum, darah). Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan
bahan inorganic saja atau bahan organic (asam amino, karbohidrat, purin,
pirimidin, vitamin, koenzim).
 4. Metabolisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan
reaksi kimiawi yang disebut metabolism. Berbagai macam reaksi yang terjadi
dalam metabolism dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme.
5. Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh, akan terbentuk
antibody yang mengikat antigen. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dan sel
mikroba.
6. Genetik Mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik
bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk mencirikan
mikroorganisme.
7. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit, kemampuannya
untuk menimbulkan penyakit merupakan cirri khas mikroorganisme tersebut
selain itu dapat pula bekteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan
virus (bakteriofag) yang mengifesi dan menghancurkan bakteri.
1. Bakteri
Bakteri merupakan mikrobia prokariotik uniselular, termasuk klas
Schizomycetes, berkembang biak secara aseksual dengan pembelahan sel. Bakteri
tidak berklorofil kecuali beberapa yang bersifat fotosintetik. Cara hidup bakteri
ada yang dapat hidup bebas, parasitik, saprofitik, patogen pada manusia, hewan
dan tumbuhan. Habitatnya tersebar luas di alam, dalam tanah, atmosfer (sampai
10 km diatas bumi), di dalam lumpur, dan di laut.
Bakteri mempunyai bentuk dasar bulat, batang, dan lengkung. Bentuk
bakteri juga dapat dipengaruhi oleh umur dan syarat pertumbuhan tertentu.
Bakteri dapat mengalami involusi, yaitu perubahan bentuk yang disebabkan faktor
makanan, suhu, dan lingkungan yang kurang menguntungkan bagi bakteri. Selain
itu dapat mengalami pleomorfi, yaitu bentuk yang bermacam-macam dan teratur
walaupun ditumbuhkan pada syarat pertumbuhan yang sesuai. Umumnya bakteri
berukuran 0,5-10 μ.
Berdasarkan klasifikasi artifisial yang dimuat dalam buku "Bergey’s
manual of determinative bacteriology" tahun 1974, bakteri diklasifikasikan
berdasarkan deskripsi sifat morfologi dan fisiologi. Dalam buku ini juga terdapat
kunci determinasi untuk mengklasifikasikan isolat bakteri yang baru ditemukan.
Menurut Bergey’s manual, bakteri dibagi menjadi 1 kelompok (grup), dengan
Cyanobacteria pada grup 20. Pembagian ini berdasarkan bentuk, sifat gram,
kebutuhan oksigen, dan apabila tidak dapat dibedakan menurut ketiganya maka
dimasukkan ke dalam kelompok khusus.

KLASIFIKASI BAKTERI
I. Bakteri berbentuk kokus (bulat)
a. Bakteri kokus gram positif (grup 14) Aerobik: Micrococcus,
Staphylococcus, Streptococcus, Leuconostoc Anaerobik: Methanosarcina,
Thiosarcina, Sarcina, Ruminococcus b. Bakteri kokus gram negatif Aerobik:
Neisseria, Moraxella, Acinetobacter, Paracoccus (grup 10) Anaerobik:
Veillonella, Acidaminococcus, Megasphaera (grup 11)
II. Bakteri berbentuk batang
a. Bakteri gram positif
1. Bakteri gram positif tidak membentuk spora (grup 16) Aerobik:
Lactobacillus, Listeria, Erysipelothrix, Caryophanon.
2. Bakteri Coryneform dan actinomycetes (grup 17) Aerobik Coryneform:
Corynebacterium, Arthrobacter, Brevibacterium, Cellulomonas,
Propionibacterium, Eubacterium, Bifidobacterium. Aerobik
Actinomycetes: Mycobacterium, Nocardia, Actinomyces, Frankia,
Actinoplanes, Dermatophilus, Micromonospora, Microbispora,
Streptomyces, Streptosporangium. Actinomycete dapat membentuk
miselium yang sangat halus dan bercabang- cabang.
Miselium vegetatif tumbuh di dalam medium, dan miselium udara ada di
permukaan medium. Bakteri ini dapat berkembang biak dengan spora,
secara fragmentasi dan segmentasi, dengan chlamydospora, serta dengan
bertunas. Bakteri ini umumnya mempunyai habitat pada lingkungan
dengan pH yang tinggi. Cara hidupnya ada yang bersifat saprofit,
simbiosis dan beberapa sebagai parasit. Frankia adalah actinomycetes
yang mampu menambat nitrogen dan dapat bersimbiosis dengan
tanaman.
 3. Bakteri pembentuk endospora (grup 15) Aerobik: Bacillus,
Sporolactobacillus, Sporosarcina, Thermoactinomyces Anaerobik:
Clostridium, Desulfotomaculum, Oscillospira
b. Bakteri gram negative
1. Bakteri gram negatif aerobik (grup 7) Aerobik: Pseudomonas,
Xanthomonas, Zoogloea, Gluconobacter, Acetobacter, Azotobacter,
Azomonas, Beijerinckia, Derxia, Rhizobium, Agrobacterium,
Alcaligenes, Brucella, Legionella, Thermus. Bakteri Azotobacter,
Beijerinckia, Derxia, Rhizobium termasuk diazotroph yang dapat
menambat nitrogen dari udara. Azotobacter, Beijerinckia, dan Derxia
cara hidupnya bebas tidak bersimbiosis, Rhizobium hidupnya dapat
bersimbiosis dengan akar tanaman leguminosa dengan membentuk bintil
akar.
a. Media tumbuh bakteri
1. Rebusan kentang yang sudah dikuliti ataupun jenang dodol dapat kita
gunakan sebagai medium yang sederhana.
2. Koloni cendawan dapat segera dibedakan dari koloni bakteri, koloni
cendawan memperlihatkan benang-2 miselium
3. Koloni bakteri nampak seperti sekelumit mentega, percikan susu atau
percikan sari buah
b. Pewarnaan gram pada bakteri
Mikroorganisme yang ada di alam ini mempunyai morfologi, struktur dan
sifat-sifat yang khas, begitu pula dengan bakteri. Bakteri yang hidup hampir tidak
berwarna dan kontras dengan air, dimana sel-sel bakteri tersebut disuspensikan.
Salah satu cara untuk mengamati bentuk sel bakteri sehingga mudah untuk
diidentifikasi ialah dengan metode pengecatan atau pewarnaan. Hal tersebut juga
berfungsi untuk mengetahui sifat fisiologisnya yaitu mengetahui reaksi dinding
sel bakteri melalui serangkaian pengecatan (Jimmo, 2008).
Berbagai macam tipe morfologi bakteri (kokus, basil, spirilum, dan
sebagainya) dapat dibedakan dengan menggunakan pewarna sederhana. Istilah
"pewarna sederhana" dapat diartikan dalam mewarnai sel-sel bakteri hanya
digunakan satu macam zat warna saja (Gupte, 1990).
Kebanyakan bakteri mudah bereaksi dengan pewarna-pewarna sederhana
karena sitoplasmanya bersifat basofilik (suka akan basa) sedangkan zat-zat warna
yang digunakan untuk pewarnaan sederhana umumnya bersifat alkalin (komponen
kromoforiknya bermuatan positif).
Faktor-faktor yang mempengaruhi pewarnaan bakteri yaitu fiksasi,
peluntur warna , substrat, intensifikasi pewarnaan dan penggunaan zat warna
penutup. Suatu preparat yang sudah meresap suatu zat warna, kemudian dicuci
dengan asam encer maka semua zat warna terhapus. sebaliknya terdapat juga
preparat yang tahan terhadap asam encer. Bakteri-bakteri seperti ini dinamakan
bakteri tahan asam, dan hal ini merupakan ciri yang khas bagi suatu spesies
(Dwidjoseputro, 1994 Teknik pewarnaan warna pada bakteri dapat dibedakan
menjadi empat macam yaitu pengecatan sederhana, pengecatan negatif,
pengecatan diferensial dan pengecatan struktural.
Pemberian warna pada bakteri atau jasad- jasad renik lain dengan
menggunakan larutan tunggal suatu pewarna pada lapisan tipis, atau olesan, yang
sudah difiksasi, dinamakan pewarnaan sederhana. Prosedur pewarnaan yang
menampilkan perbedaan di antara sel-sel microbe atau bagian-bagian sel microbe
disebut teknik pewarnaan diferensial. Sedangkan pengecatan struktural hanya
mewarnai satu bagian dari sel sehingga dapat membedakan bagian-bagian dari sel.
Termasuk dalam pengecatan ini adalah pengecatan endospora, flagella
dan pengecatan kapsul.(waluyo,2010) Mikroba sulit dilihat dengan cahaya karena
tidak mengadsorbsi atau membiaskan cahaya. Alasan inilah yang menyebabkan
zat warna digunakan untuk mewarnai mikroorganisme. Zat warna mengadsorbsi
dan membiaskan cahaya sehingga kontras mikroba dengan sekelilingnya dapat
ditingkatkan. Penggunaan zat warna memungkinkan pengamatan strukur seperti
spora, flagela, dan bahan inklusi yng mengandung zat pati dan granula fosfat
(Entjang, 2003) Melihat dan mengamati bakteri dalam keadaan hidup sangat sulit,
kerena selain bakteri itu tidak berwarna juga transparan dan sangat kecil. Untuk
mengatasi hal tersebut maka dikembangkan suatu teknik pewarnaan sel bekteri,
sehingga sel dapat terlihat jelas dan mudah diamati. Oleh karena itu teknik
pewarnaan sel bakteri ini merupakan salah satu cara yang paling utama dalam
penelitian-penelitian mikrobiologi (Rizki, 2008)
a.1 Macam-macam pewarnaan
a.1.1 Pewarnaan
Tujuan pewarnaan terhadap mikroorganisme ialah untuk:
1. Mempermudah melihat bentuk jasad, baik bakteri, ragi, maupun fungi.
2. Memperjelas ukuran dan bentuk jasad
3. Melihat struktur luar dan kalau memungkinkan struktur dalam jasad.
4. Melihat reaksi jasad terhadap pewarna yang diberikan sehingga sifat-
sifat fisik dan kimia dapat diketahui.
Langkah-langkah utama teknik pewarnaan :
1. Pembuatan olesan bakteri, olesan bakteri tidak boleh terlalu tebal atau
tipis
2. Fiksasi, dapat dilakukan secara pemanasan atau dengan aplikasi bahan
kimia seperti sabun, formalin, fenol.
3. Aplikasi zat warna : tunggal, atau lebih dari 1 zat warna Teknik
pewarnaan dikelompokkan menjadi beberapa tipe, berdasarkan respon sel bakteri
terhadap zat pewarna dan sistem pewarnaan yang digunakan untuk pemisahan
kelompok bakteri digunakan pewarnaan Gram, dan pewarnaan "acid-fast"(tahan
asam) untuk genus Mycobacterium. Untuk melihat struktur digunakan pewarnaan
flagela, pewarnaan kapsul, pewarnaan spora, dan pewarnaan nukleus. Pewarnaan
Neisser atau Albert digunakan untuk melihat granula metakromatik (volutin
bodies) pada Corynebacterium diphtheriae. Untuk semua prosedur pewarnaan
mikrobiologi dibutuhkan pembuatan apusan lebih dahulu sebelum melaksanakan
beberapa teknik pewarnaan yang spesifik (Pelezar,2008).
b.1.2 Macam-Macam Pewarnaan
• Secara garis besar teknik pewarnaan bakteri dapat dikategorikan sebagai
berikut :
• 1. Pewarnaan sederhana
 • Menggunakan satu macam zat warna (biru metilen/air fukhsin) tujuan
hanya untuk melihat bentuk sel.
Pewarnaan sederhana, merupakan pewarna yang paling umum digunakan.
Berbagai macam tipe morfologi bakteri (kokus, basil, spirilum, dan sebagainya)
dapat dibedakan dengan menggunakan pewarna sederhana, yaitu mewarnai sel-sel
bakteri hanya digunakan satu macam zat warna saja. Kebanyakan bakteri mudah
bereaksi dengan pewarna-pewarna sederhana karena sitoplasmanya bersifat
basofilik (suka akan basa) sedangkan zat-zat warna yang digunakan untuk
pewarnaan sederhana umumnya bersifat alkalin (komponen kromoforiknya
bermuatan positif).
• Zat warna yang dipakai hanya terdiri dari satu zat yang dilarutkan dalam
bahan pelarut.