Anda di halaman 1dari 117

DIKTAT KULIAH

MIKROBIOLOGI DASAR
Disusun oleh: SRI SUMARSIH
JURUSAN ILMU TANAH FAKULTAS PERTANIAN UPN”VETERAN” YOGYAKARTA Agustus, 2003
1
DAFTAR ISI halaman I. II. III. IV. V. VI. VII. VIII. IX. X. XI. XII. XIII. Penda
huluan Sejarah Mikrobiologi Sel Mikroba dan Strukturnya Bakteri dan Virus Fungi
Algae dan Protozoa Enzim Mikroba Bioenergetik Mikroba Pertumbuhan Mikroba Faktor
Lingkungan Mikroba Nutrisi dan Medium Mikroba Peranan Mikroba di Bidang Kesubur
an Tanah Peranan Mikroba di Bidang Lingkungan 1 5 12 22 31 40 53 61 70 76 85 92
105 110
Daftar Pustaka
2
I. PENDAHULUAN A. Pengertian Mikroba Jasad hidup yang ukurannya kecil sering dis
ebut sebagai mikroba atau mikroorganisme atau jasad renik. Jasad renik disebut s
ebagai mikroba bukan hanya karena ukurannya yang kecil, sehingga sukar dilihat d
engan mata biasa, tetapi juga pengaturan kehidupannya yang lebih sederhana diban
dingkan dengan jasad tingkat tinggi. Mata biasa tidak dapat melihat jasad yang u
kurannya kurang dari 0,1 mm. Ukuran mikroba biasanya dinyatakan dalam mikron ( )
, 1 mikron adalah 0,001 mm. Sel mikroba umumnya hanya dapat dilihat dengan alat
pembesar atau mikroskop, walaupun demikian ada mikroba yang berukuran besar sehi
ngga dapat dilihat tanpa alat pembesar. B. Ruang lingkup Mikrobiologi Dasar Mikr
obiologi adalah ilmu yang mempelajari mikroba. Mikrobiologi adalah salah satu ca
bang ilmu dari biologi, dan memerlukan ilmu pendukung kimia, fisika, dan biokimi
a. Mikrobiologi sering disebut ilmu praktek dari biokimia. Dalam mikrobiologi da
sar diberikan pengertian dasar tentang sejarah penemuan mikroba, macam-macam mik
roba di alam, struktur sel mikroba dan fungsinya, metabolisme mikroba secara umu
m, pertumbuhan mikroba dan faktor lingkungan, mikrobiologi terapan di bidang lin
gkungan dan pertanian. Mikrobiologi lanjut telah berkembang menjadi bermacammaca
m ilmu yaitu virologi, bakteriologi, mikologi, mikrobiologi pangan, mikrobiologi
tanah, mikrobiologi industri, dan sebagainya yang mempelajari mikroba spesifik
secara lebih rinci atau menurut kemanfaatannya. C. Penggolongan mikroba diantara
jasad hidup Secara klasik jasad hidup digolongkan menjadi dunia tumbuhan (plant
ae) dan dunia binatang (animalia). Jasad hidup yang ukurannya besar dengan mudah
dapat digolongkan ke dalam plantae atau animalia, tetapi mikroba yang ukurannya
sangat kecil ini sulit untuk digolongkan ke dalam plantae atau animalia. Selain
karena ukurannya, sulitnya penggolongan juga disebabkan adanya mikroba yang mem
punyai sifat antara plantae dan animalia.
3
Menurut teori evolusi, setiap jasad akan berkembang menuju ke sifat plantae atau
animalia. Hal ini digambarkan sebagai pengelompokan jasad berturut-turut oleh H
aeckel, Whittaker, dan Woese. Berdasarkan perbedaan organisasi selnya, Haeckel m
embedakan dunia tumbuhan (plantae) dan dunia binatang (animalia), dengan protist
a. Protista untuk menampung jasad yang tidak dapat dimasukkan pada golongan plan
tae dan animalia. Protista terdiri dari algae atau ganggang, protozoa, jamur ata
u fungi, dan bakteri yang mempunyai sifat uniseluler, sonositik, atau multiselul
er tanpa diferensiasi jaringan. Whittaker membagi jasad hidup menjadi tiga tingk
at perkembangan, yaitu: (1) Jasad prokariotik yaitu bakteri dan ganggang biru (D
ivisio Monera), (2) Jasad eukariotik uniseluler yaitu algae sel tunggal, khamir
dan protozoa (Divisio Protista), dan (3) Jasad eukariotik multiseluler dan multi
nukleat yaitu Divisio Fungi, Divisio Plantae, dan Divisio Animalia. Sedangkan Wo
ese menggolongkan jasad hidup terutama berdasarkan susunan kimia makromolekul ya
ng terdapat di dalam sel. Pembagiannya yaitu terdiri Arkhaebacteria, Eukaryota (
Protozoa, Fungi, Tumbuhan dan Binatang), dan Eubacteria.
Gambar 1.1. Klasifikasi Woese
Gambar 1.2. Klasifikasi Whittaker
4
D. Ciri umum mikroba Mikroba di alam secara umum berperanan sebagai produsen, ko
nsumen, maupun redusen. Jasad produsen menghasilkan bahan organik dari bahan ano
rganik dengan energi sinar matahari. Mikroba yang berperanan sebagai produsen ad
alah algae dan bakteri fotosintetik. Jasad konsumen menggunakan bahan organik ya
ng dihasilkan oleh produsen. Contoh mikroba konsumen adalah protozoa. Jasad redu
sen menguraikan bahan organik dan sisa-sisa jasad hidup yang mati menjadi unsur-
unsur kimia (mineralisasi bahan organik), sehingga di alam terjadi siklus unsur-
unsur kimia. Contoh mikroba redusen adalah bakteri dan jamur (fungi). Sel mikrob
a yang ukurannya sangat kecil ini merupakan satuan struktur biologi. Banyak mikr
oba yang terdiri dari satu sel saja (uniseluler), sehingga semua tugas kehidupan
nya dibebankan pada sel itu. Mikroba ada yang mempunyai banyak sel (multiseluler
). Pada jasad multiseluler umumnya sudah terdapat pembagian tugas diantara sel a
tau kelompok selnya, walaupun organisasi selnya belum sempurna. Setelah ditemuka
n mikroskop elektron, dapat dilihat struktur halus di dalam sel hidup, sehingga
diketahui menurut perkembangan selnya terdapat dua tipe jasad, yaitu: 1. Prokari
ota (jasad prokariotik/ primitif), yaitu jasad yang perkembangan selnya belum se
mpurna. 2. Eukariota (jasad eukariotik), yaitu jasad yang perkembangan selnya te
lah sempurna. Selain yang bersifat seluler, ada mikroba yang bersifat nonseluler
, yaitu virus. Virus adalah jasad hidup yang bersifat parasit obligat, berukuran
super kecil atau submikroskopik. Virus hanya dapat dilihat dengan mikroskop ele
ktron. Struktur virus terutama terdiri dari bahan genetik. Virus bukan berbentuk
sel dan tidak dapat membentuk energi sendiri serta tidak dapat berbiak tanpa me
nggunakan jasad hidup lain.
5
Perbedaan sifat antara virus dengan jasad bersel adalah sebagai berikut: Struktu
r Satuan struktur Susunan: - Asam inti - Protein - Lipida - Polisakarida - ATP /
energi Sifat pertumbuhan: - Terbentuk dari bahan genetik saja - Bagian-bagian d
isintesis sendiri - Terbentuk langsung dari elemen struktur sejenis yang ada seb
elumnya Virus Partikel (virion) DNA / RNA ada (selubung) tidak ada / ada tidak a
da / ada tidak ada Ya Ya Tidak Jasad bersel sel DNA dan RNA ada, lengkap ada ada
ada Tidak Tidak Ya
Selain virus ada jasad hidup yang disebut viroid, yaitu bahan genetik RNA yang b
ersifat infeksius (dapat menginfeksi) sel inang. Viroid membawa sifat genetiknya
sendiri yang dapat diekspresikan di dalam sel inang. Jasad yang lebih sederhana
dari virus adalah prion, yang terdiri suatu molekul protein yang infeksius. Ada
nya kenyataan ini merupakan perkecualian sistem biologi, sebab prion menyimpan s
ifat genetiknya di dalam rantaian polipeptida, bukan di dalam RNA atau DNA. Prio
n dapat menggandakan diri di dalam sel inang dengan mekanisme yang belum diketah
ui dengan jelas.
6
II. SEJARAH PERKEMBANGAN MIKROBIOLOGI A. PENEMUAN ANIMALCULUS Awal terungkapnya
dunia mikroba adalah dengan ditemukannya mikroskop oleh Leeuwenhoek (1633-1723).
Mikroskop temuan tersebut masih sangat sederhana, dilengkapi satu lensa dengan
jarak fokus yang sangat pendek, tetapi dapat menghasilkan bayangan jelas yang pe
rbesarannya antara 50-300 kali. Leeuwenhoek melakukan pengamatan tentang struktu
r mikroskopis biji, jaringan tumbuhan dan invertebrata kecil, tetapi penemuan ya
ng terbesar adalah diketahuinya dunia mikroba yang disebut sebagai “animalculus”
atau hewan kecil. Animalculus adalah jenis-jenis mikroba yang sekarang diketahu
i sebagai protozoa, algae, khamir, dan bakteri. B. TEORI ABIOGENESIS DAN BIOGENE
SIS Penemuan animalculus di alam, menimbulkan rasa ingin tahu mengenai asal usul
nya. Menurut teori abiogenesis, animalculus timbul dengan sendirinya dari bahanb
ahan mati. Doktrin abiogenesis dianut sampai jaman Renaissance, seiring dengan k
emajuan pengetahuan mengenai mikroba, semakin lama doktrin tersebut menjadi tida
k terbukti. Sebagian ahli menganut teori biogenesis, dengan pendapat bahwa anima
lculus terbentuk dari “benih” animalculus yang selalu berada di udara. Untuk mem
pertahankan pendapat tersebut maka penganut teori ini mencoba membuktikan dengan
berbagai percobaan. Fransisco Redi (1665), memperoleh hasil dari percobaannya b
ahwa ulat yang berkembang biak di dalam daging busuk, tidak akan terjadi apabila
daging tersebut disimpan di dalam suatu tempat tertutup yang tidak dapat disent
uh oleh lalat. Jadi dapat disimpulkan bahwa ulat tidak secara spontan berkembang
dari daging. Percobaan lain yang dilakukan oleh Lazzaro Spalanzani memberi bukt
i yang menguatkan bahwa mikroba tidak muncul dengan sendirinya, pada percobaan m
enggunakan kaldu ternyata pemanasan dapat menyebabkan animalculus tidak tumbuh.
Percobaan ini juga dapat menunjukkan bahwa perkembangan mikrobia di dalam suatu
bahan, dalam arti terbatas menyebabkan terjadinya perubahan kimiawi pada bahan t
ersebut.
7
Percobaan yang dilakukan oleh Louis Pasteur juga banyak membuktikan bahwa teori
abiogenesis tidak mungkin, tetapi tetap tidak dapat menjawab asal usul animalcul
us. Penemuan Louis Pasteur yang penting adalah (1) Udara mengandung mikrobia yan
g pembagiannya tidak merata, (2) Cara pembebasan cairan dan bahanbahan dari mikr
obia, yang sekarang dikenal sebagai pasteurisasi dan sterilisasi. Pasteurisasi a
dalah cara untuk mematikan beberapa jenis mikroba tertentu dengan menggunakan ua
p air panas, suhunya kurang lebih 62oC. Sterilisasi adalah cara untuk mematikan
mikroba dengan pemanasan dan tekanan tinggi, cara ini merupakan penemuan bersama
ahli yang lain. C. PENEMUAN BAKTERI BERSPORA John Tyndall (1820-1893), dalam su
atu percobaannya juga mendukung pendapat Pasteur. Cairan bahan organik yang suda
h dipanaskan dalam air garam yang mendidih selama 5 menit dan diletakkan di dala
m ruangan bebas debu, ternyata tidak akan membusuk walaupun disimpan dalam waktu
berbulan-bulan, tetapi apabila tanpa pemanasan maka akan terjadi pembusukan. Da
ri percobaan Tyndall ditemukan adanya fase termolabil (tidak tahan pemanasan, sa
at bakteri melakukan pertumbuhan) dan termoresisten pada bakteri (sangat tahan t
erhadap panas). Dari penyelidikan ahli botani Jerman yang bernama Ferdinand Cohn
, dapat diketahui secara mikroskopis bahwa pada fase termoresisten, bakteri dapa
t membentuk endospora. Dengan penemuan tersebut, maka dicari cara untuk sterilis
asi bahan yang mengandung bakteri pembentuk spora, yaitu dengan pemanasan yang t
erputus dan diulang beberapa kali atau dikenal sebagai Tyndallisasi. Pemanasan d
ilakukan pada suhu 100oC selama 30 menit, kemudian dibiarkan pada suhu kamar sel
ama 24 jam, cara ini diulang sebanyak 3 kali. Saat dibiarkan pada suhu kamar, ba
kteri berspora yang masih hidup akan berkecambah membentuk fase pertumbuhan / te
rmolabil, sehingga dapat dimatikan pada pemanasan berikutnya.
D. PERAN MIKROBA DALAM TRANSFORMASI BAHAN ORGANIK Suatu bahan yang ditumbuhi ole
h mikroba akan mengalami perubahan susunan kimianya. Perubahan kimia yang terjad
i ada yang dikenal sebagai fermentasi
8
(pengkhamiran) dan pembusukan (putrefaction). Fermentasi merupakan proses yang m
enghasilkan alkohol atau asam organik, misalnya terjadi pada bahan yang mengandu
ng karbohidrat. Pembusukan merupakan proses peruraian yang menghasilkan bau busu
k, seperti pada peruraian bahan yang mengandung protein. Pada tahun 1837, C. Lat
our, Th. Schwanndon, dan F. Kutzing secara terpisah menemukan bahwa zat gula yan
g mengalami fermentasi alkohol selalu dijumpai adanya khamir. Sehingga dapat dis
impulkan bahwa perubahan gula menjadi alkohol dan CO2 merupakan fungsi fisiologi
s dari sel khamir tersebut. Teori biologis ini ditentang oleh Jj. Berzelius, J.
Liebig, dan F. Wahler. Mereka berpendapat bahwa fermentasi dan pembusukan merupa
kan reaksi kimia biasa. Hal ini dapat dibuktikan pada tahun 1812 telah berhasil
disintesa senyawa organik urea dari senyawa anorganik. Pasteur banyak meneliti t
entang proses fermentasi (1875-1876). Suatu saat perusahaan pembuat anggur dari
gula bit, menghasilkan anggur yang masam. Berdasarkan pengamatannya secara mikro
skopis, sebagian dari sel khamir diganti kedudukannya oleh sel lain yang berbent
uk bulat dan batang dengan ukuran sel lebih kecil. Adanya sel-sel yang lebih kec
il ini ternyata mengakibatkan sebagian besar proses fermentasi alkohol tersebut
didesak oleh proses fermentasi lain, yaitu fermentasi asam laktat. Dari kenyataa
n ini, selanjutnya dibuktikan bahwa setiap proses fermentasi tertentu disebabkan
oleh aktivitas mikroba tertentu pula, yang spesifik untuk proses fermentasi ter
sebut. Sebagai contoh fermentasi alkohol oleh khamir, fermentasi asam laktat ole
h bakteri Lactobacillus, dan fermentasi asam sitrat oleh jamur Aspergillus. E. P
ENEMUAN KEHIDUPAN ANAEROB Selama meneliti fermentasi asam butirat, Pasteur menem
ukan adanya proses kehidupan yang tidak membutuhkan udara. Pasteur menunjukkan b
ahwa jika udara dihembuskan ke dalam bejana fermentasi butirat, proses fermentas
i menjadi terhambat, bahkan dapat terhenti sama sekali. Dari hal ini kemudian di
buat 2 istilah, (1) kehidupan anaerob, untuk mikroba yang tidak memerlukan Oksig
en, dan (2) kehidupan aerob, untuk mikroba yang memerlukan Oksigen. Secara fisio
logis adanya fermentasi dapat digunakan untuk mengetahui beberapa hal. Oksigen u
mumnya diperlukan mikroba sebagai agensia untuk mengoksidasi senyawa organik men
jadi CO2. Reaksi oksidasi tersebut dikenal sebagai
9
“respirasi
aerob”,
yang
menghasilkan
tenaga
untuk
kehidupan
jasad
dan
pertumbuhannya. Mikroba lain dapat memperoleh tenaga dengan jalan memecahkan sen
yawa organik secara fermentasi anaerob, tanpa memerlukan Oksigen. Beberapa jenis
mikroba bersifat obligat anaerob atau anaerob sempurna. Jenis lain bersifat fak
ultatif anaerob, yaitu mempunyai dua mekanisme untuk mendapatkan energi. Apabila
ada Oksigen, energi diperoleh secara respirasi aerob, apabila tidak ada Oksigen
energi diperoleh secara fermentasi anaerob. Pasteur mendapatkan bahwa respirasi
aerob adalah proses yang efisien untuk menghasilkan energi. F. PENEMUAN ENZIM M
enurut Pasteur, proses fermentasi merupakan proses vital untuk kehidupan. Pendap
at tersebut ditentang oleh Bernard (1875), bahwa khamir dapat memecah gula menja
di alkohol dan CO2 karena mengandung katalisator biologis dalam selnya. Katalisa
tor biologis tersebut dapat diekstrak sebagai larutan yang tetap dapat menunjukk
an kemampuan fermentasi, sehingga fermentasi dapat dibuat sebagai proses yang ti
dak vital lagi (tanpa sel). Pada tahun 1897, Buchner dapat membuktikan gagasan B
ernard, yaitu pada saat menggerus sel khamir dengan pasir dan ditambahkan sejuml
ah besar gula, terlihat dari campuran tersebut dibebaskan CO2 dan sedikit alkoho
l. Penemuan ini membuka jalan ke perkembangan biokimia modern. Akhirnya dapat di
ketahui bahwa pembentukan alkohol dari gula oleh khamir, merupakan hasil urutan
beberapa reaksi kimia, yang masing-masing dikatalisir oleh biokatalisator yang s
pesifik atau dikenal sebagai enzim. G. MIKROBA PENYEBAB PENYAKIT Pasteur menggun
akan istilah khusus untuk mengatakan kerusakan pada minuman anggur oleh mikrobia
, yaitu disebut penyakit Bir. Ia juga mempunyai dugaan kuat tentang adanya peran
mikroba dalam menyebabkan timbulnya penyakit pada jasad tingkat tinggi. Bukti-b
uktinya adalah dengan ditemukannya jamur penyebab penyakit pada tanaman gandum (
1813), tanaman kentang (1845), dan penyakit pada ulat sutera serta kulit manusia
. Pada tahun 1850 diketahui bahwa dalam darah hewan yang sakit antraks, terdapat
bakteri berbentuk batang. Davaine (1863-1868) membuktikan bahwa bakteri
10
tersebut hanya terdapat pada hewan yang sakit, dan penularan buatan menggunakan
darah hewan yang sakit pada hewan yang sehat dapat menimbulkan penyakit yang sam
a. Pembuktian bahwa antraks disebabkan oleh bakteri dilakukan oleh Robert Koch (
1876), sehingga ditemukan “postulat Koch” yang merupakan langkah-langkah untuk m
embuktikan bahwa suatu mikroba adalah penyebab penyakit. Postulat Koch dalam ben
tuk umum adalah sebagai berikut: 1. Suatu mikroba yang diduga sebagai penyebab p
enyakit harus ada pada setiap tingkatan penyakit. 2. Mikroba tersebut dapat diis
olasi dari jasad sakit dan ditumbuhkan dalam bentuk biakan murni. 3. Apabila bia
kan murni tersebut disuntikkan pada hewan yang sehat dan peka, dapat menimbulkan
penyakit yang sama. 4. Mikrobia dapat diisolasi kembali dari jasad yang telah d
ijadikan sakit tersebut. H. PENEMUAN VIRUS Iwanowsky menemukan bahwa filtrat beb
as bakteri -(cairan yang telah disaring dengan saringan bakteri)- dari ekstrak t
anaman tembakau yang terkena penyakit mozaik, ternyata masih tetap dapat menimbu
lkan infeksi pada tanaman tembakau yang sehat. Dari kenyataan ini kemudian diket
ahui adanya jasad hidup yang mempunyai ukuran jauh lebih kecil dari bakteri (sub
mikroskopik) karena dapat melalui saringan bakteri, yaitu dikenal sebagai virus.
Untuk membuktikan penyakit yang disebabkan oleh virus, dapat digunakan postulat
River (1937), yaitu: 1. Virus harus berada di dalam sel inang. 2. Filtrat bahan
yang terinfeksi tidak mengandung bakteri atau mikroba lain yang dapat ditumbuhk
an di dalam media buatan. 3. Filtrat dapat menimbulkan penyakit pada jasad yang
peka. 4. Filtrat yang sama yang berasal dari hospes peka tersebut harus dapat me
nimbulkan kembali penyakit yang sama.
11
I. MIKROBIOLOGI TANAH Beberapa penelitian menunjukkan bahwa mikrobia berperan at
as perubahan kimiawi yang terjadi di dalam tanah. Peranan mikrobia dalam beberap
a siklus unsur hara yang penting, seperti siklus Karbon, Nitrogen, Sulfur, ditun
jukkan oleh Winogradsky dan Beijerinck. Winogradsky menemukan bakteri yang mempu
nyai fisiologis khusus, yang disebut bakteri autotrof. Bakteri ini dapat tumbuh
pada lingkungan yang seluruhnya anorganik. Energi diperoleh dari hasil oksidasi
senyawa anorganik tereduksi, dan menggunakan CO2 sebagai sumber Karbon. Bakteri
autotrof dapat dicirikan dari kemampuannya menggunakan sumber anorganik tertentu
. Sebagai contoh, bakteri Belerang dapat mengoksidasi senyawa Belerang anorganik
. Penemuan lain bersama Beijerinck adalah adanya bakteri penambat Nitrogen nonsi
mbiotik dan simbiotik, yang dapat memanfaatkan Nitrogen dalam bentuk gas N2. J.
GENERATIO SPONTANEA (ABIOGENESIS) MENURUT PANDANGAN BARU Bukti-bukti baru menduk
ung bahwa kehidupan terjadi dari berbagai unsur kimia, dengan rangkaian reaksi y
ang mirip dengan reaksi yang terjadi di alam. Menurut pendapat Oparin (1938) dan
Haldane (1932), bumi pada jaman prebiotik mempunyai atmosfer yang bersifat anae
rob. Atmosfer bumi saat itu mengandung sejumlah besar Nitrogen, Hidrogen, CO2, u
ap air, sejumlah ammonia, CO, dan H2S. Di atmosfer Oksigen hampir tidak ada, dan
lapisan ozon sangat tipis, sehingga sinar ultra violet banyak mengenai bumi. Ra
diasi uv, suhu tinggi dan loncatan bunga api listrik, menyebabkan sejumlah bahan
anorganik yang ada berubah menjadi bahan organik, serta terjadinya evolusi pada
bahan-bahan organik menjadi lebih kompleks, atau mulai terbentuk makromolekul.
Diduga makromolekul akan saling bergabung membentuk semacam membran, yang kemudi
an mengelilingi suatu cairan, dan akhirnya terbentuk suatu organisme seluler. Se
lanjutnya untuk mengevolusikan jasad bersel tunggal menjadi bersel majemuk memer
lukan waktu kurang lebih 2,5 milyar tahun. Untuk mengevolusikan jasad bersel maj
emuk menjadi reptil sampai binatang menyusui memerlukan waktu milyaran tahun lag
i. Teori asal mula kehidupan diatas didukung oleh penemuan S. Miller (1957) dan
H. Urey (1954). Bejana Miller diisi dengan gas CH4, NH3, H2O, dan H2. Gas-gas te
rsebut
12
dibiarkan bersirkulasi terus-menerus melalui loncatan bunga api listrik, kondens
or, dan air mendidih. Seminggu kemudian ternyata menunjukkan terbentuknya senyaw
a organik seperti asam amino glisin dan alanin, serta asam organik seperti asam
suksinat. Dengan merubah bahan dasar dan energi yang diberikan dalam aparat Mill
er, maka dapat disintesa senyawa-senyawa lain seperti polipeptida, purin, dan AT
P. Makromolekul inilah yang diduga sebagai awal terbentuknya kehidupan. K. PENGG
UNAAN MIKROBA 1. Penggunaan mikroba untuk proses-proses klasik, seperti khamir u
ntuk membuat anggur dan roti, bakteri asam laktat untuk yogurt dan kefir, bakter
i asam asetat untuk vinegar, jamur Aspergillus sp. untuk kecap, dan jamur Rhizop
us sp. untuk tempe. 2. Penggunaan mikroba untuk produksi antibiotik, antara lain
penisilin oleh jamur Penicillium sp., streptomisin oleh actinomysetes Streptomy
ces sp. 3. Penggunaan mikroba untuk proses-proses baru, misalnya karotenoid dan
steroid oleh jamur, asam glutamat oleh mutan Corynebacterium glutamicum, pembuat
an enzim amilase, proteinase, pektinase, dan lain-lain. 4. Penggunaan mikroba da
lam teknik genetika modern, seperti untuk pemindahan gen dari manusia, binatang,
atau tumbuhan ke dalam sel mikrobia, penghasilan hormon, antigen, antibodi, dan
senyawa lain misalnya insulin, interferon, dan lain-lain. 5. Penggunaan mikroba
di bidang pertanian, misalnya untuk pupuk hayati (biofertilizer), biopestisida,
pengomposan, dan sebagainya. 6. Penggunaan mikroba di bidang pertambangan, sepe
rti untuk proses leaching di tambang emas, desulfurisasi batubara, maupun untuk
proses penambangan minyak bumi. 7. Penggunaan mikroba di bidang lingkungan, misa
lnya untuk mengatasi pencemaran limbah organik maupun anorganik termasuk logam b
erat dan senyawa xenobiotik
13
III. SEL DAN STRUKTURNYA A. PENDAHULUAN Unit fisik terkecil dari organisme hidup
adalah sel. Komposisi material sel pada semua organisme adalah sama yaitu: DNA,
RNA, protein, lemak dan fosfolipid, yang merupakan komponen dasar semua jenis s
el. Namun demikian pengamatan lebih teliti menunjukkan adanya perbedaan sangat m
endasar antara sel bakteri dan sianobakteria di satu pihak dengan sel hewan dan
tumbuhan di lain pihak. Ada dua tipe sel yaitu: sel prokariotik dan sel eukariot
ik. Sel prokariotik merupakan tipe sel pada bakteri dan sianobakteria / alga bir
u (disebut jasad prokariot). Sel eukariotik merupakan tipe sel pada jasad yang t
ingkatnya lebih tinggi dari bakteri (disebut jasad eukariot) yaitu khamir, jamur
(fungi), alga selain alga biru, protozoa dan tanaman serta hewan. Perbedaan ked
ua tipe jasad itu adalah sebagai berikut: Struktur Macam mikroba Prokariot Bakte
ri dan Sianobakteria (Algae hijau-biru) Eukariot Algae umumnya, Fungi, Protozoa,
Plantae, animalia > 5 (mikron)
Ukuran sel <1-2 x 1-4 (mikron) Struktur genetik: - Membran inti Tidak ada ada -
Jumlah kromosom 1 (siklis) >1 - Mitosis tidak ada ada - DNA inti tidak terikat h
iston terikat histon - DNA organel tidak ada ada - % G+C DNA 28-73 + 40 Struktur
dalam sitoplasma: Tidak ada Ada - Mitokondria Tidak ada Ada / tidak ada - Kloro
plas 70 S*) - Ribosom plasma 80 S*) - Ribosom organel tidak ada ada (70 S*)) - R
etikulum tidak ada ada endoplasmik - Aparat golgi tidak ada ada - Fagositosis ti
dak ada ada / tidak ada - Pinositosis tidak ada ada / tidak ada Keterangan: *) S
: konstante pengendapan Svedberg = 1 x 10-13 detik/dyne/gram
14
B. SEL PROKARIOTIK Tipe sel prokariotik mempunyai ukuran yang lebih kecil diband
ingkan dengan sel eukariotik. Beberapa sel bakteri Pseudomonas hanya berukuran 0
,4-0,7µ diameternya dan panjangnya 2-3µ . Sel ini tidak mempunyai organela seper
ti mitokondria, khloroplas dan aparat golgi. Inti sel prokariotik tidak mempunya
i membran. Bahan genetis terdapat di dalam sitoplasma, berupa untaian ganda (dou
ble helix) DNA berbentuk lingkaran yang tertutup. “Kromosom” bakteri pada umumny
a hanya satu, tetapi juga mempunyai satu atau lebih molekul DNA yang melingkar (
sirkuler) yang disebut plasmid. Sel prokariotik tidak mengandung organel yang di
kelilingi oleh membran. Ribosom yang dimiliki sel prokariot lebih kecil yaitu be
rukuran 70S. Ukuran genom sel prokariot berbeda dengan sel eukariot. Jumlah DNA
penyusun pada sel prokariot berkisar antara 0,8-8.106 pasangan basa (pb) DNA. DN
A pada sel eukariot mempunyai pasangan basa lebih tinggi, sebagai contoh: Neuros
pora 19.106; Aspergillus niger 40.106; Jagung 7.109; dan manusia 29.109. Sel pro
kariotik tidak seluruhnya membutuhkan oksigen, misalnya pada bakteri anaerob. C.
SEL EUKARIOTIK Sel eukariotik mempunyai inti sejati yang diselimuti membran int
i. Inti sel mengandung bahan genetis berupa genome/ DNA. Seluruh bahan genetis t
ersebut tersusun dalam suatu kromosom. Di dalam kromosom terdapat DNA yang beras
osiasi dengan suatu protein yang disebut histon. Kromosom dapat mengalami pembel
ahan melalui proses yang dikenal sebagai mitosis. Sel eukariotik juga mengandung
organel-organel seperti mitokondria dan khloroplas yang mengandung sedikit DNA.
Bentuk DNA dalam ke dua organel tersebut adalah sirkuler tertutup (seperti DNA
prokariot). Ribosom pada sel eukariotik lebih besar dibandingkan prokariotik, be
rukuran 80S. Di dalam sel ini juga dijumpai organel lain yang bermembran, yaitu
aparatus golgi. Pada tanaman organela ini mirip dengan diktiosom. Kedua organel
tersebut berperan dalam proses sekresi. D. STRUKTUR SEL
15
1. Inti Sel Inti sel eukariotik pada interfase dikelilingi oleh suatu membran. M
embran terdiri atas 2 lapisan lemak (lipid bilayers). DNA pada inti tersebar dal
am suatu struktur yang disebut kromosom. Pembelahan inti dari satu menjadi dua a
nak inti dikenal sebagai mitosis. Pada tanaman dan hewan tingkat tinggi dikenal
adanya reproduksi secara seksual. Pada saat pembuahan, ke dua inti dari sel jant
an dan sel betina (gamet) melebur membentuk sigot. Masing-masing jenis gamet men
yumbang sejumlah (n) kromosom. Dengan demikian sigot mengandung dua set kromosom
(2n). Apabila gamet bersifat haploid, maka sigot bersifat diploid. Semua sel so
matik bersifat diploid (mengandung 2 set kromosom). Pada saat generasi seksual b
erikutnya, kromosom normal (2n) mengalami segregasi menjadi haploid. Proses peng
urangan separo kromosom dari 2n menjadi n kromosom disebut meiosis. 2. Membran S
el Prokariotik Permukaan luar lipid bilayers membran sel bersifat hidrofil, seda
ngkan permukaan dalamnya bersifat hidrofob. Stabilitas membran sel disebabkan ol
eh kekuatan hidrofobik antara residu asam lemak dan kekuatan elektrostatis antar
a ujung-ujung hidrofilik. Pada bilayer terdapat protein yang letaknya tenggelam
(di dalam) bilayer atau terdapat pada permukaannya. Pada beberapa bakteri, membr
an mengelilingi sitoplasma tanpa menunjukkan adanya lipatan. Membran pada bakter
i lain mengalami pelipatan ke dalam yang disebut mesosom. Pada bakteri fotosinte
tik, khlorofil tidak terdapat dalam suatu khloroplas, melainkan terdapat dalam m
embran yang sangat berlipat-lipat di dalam sel, yang disebut membran tilakoid. S
istem fotosintetik pada bakteri disamping menggunakan khlorofil, juga karotenoid
. Keduanya mengandung sistem transport elektron yang menghasilkan ATP pada prose
s fotosintesis. 3. Dinding Sel Dinding sel bakteri bersifat agak elastis. Dindin
g sel tidak bersifat permeabel terhadap garam dan senyawa tertentu dengan berat
molekul rendah. Secara normal konsentrasi garam dan gula yang menentukan tekanan
osmotik di dalam sel lebih tinggi daripada di luar sel. Apabila tekanan osmose
di luar sel naik, air sel akan mengalir ke
16
luar, protoplasma mengalami pengkerutan, dan membran akan terlepas dari dinding
sel. Proses ini disebut dengan plasmolisis. Rangka dasar dinding sel bakteri: Ra
ngka dasar dinding sel bakteri adalah murein peptidoglikan. Murein tersusun dari
N-asetil glukosamin dan N-asetil asam muramat, yang terikat melalui ikatan 1,4-
β-glikosida. Pada N-asetil asam muramat terdapat rantai pendek asam amino: alani
n, glutamat, diaminopimelat, atau lisin dan alanin, yang terikat melalui ikatan
peptida. Peranan ikatan peptida ini sangat penting dalam menghu ungkan antara ra
ntai satu dengan rantai yang lain. Komponen dan struktur dinding sel prokariot i
ni sangat unik, dan tidak dijumpai pada sel eukariotik. Dinding sel akteri gram
positif: Dinding sel akteri gram positif terdiri 40 lapis rangka dasar murein,
meliputi 30-70 % erat kering dinding sel akteri. Senyawa lain penyusun dindin
g sel gram positif adalah polisakarida yang terikat secara kovalen, dan asam tei
koat yang sangat spesifik. Dinding sel akteri gram negatif: Dinding sel akteri
gram negatif hanya terdiri atas satu lapis rangka dasar murein, dan hanya melip
uti + 10% dari erat kering dinding sel. Murein hanya mengandung diaminopemelat,
dan tidak mengandung lisin. Di luar rangka murein terse ut terdapat sejumlah e
sar lipoprotein, lipopolisakarida, dan lipida jenis lain. Senyawa-senyawa ini me
rupakan 80 % penyusun dinding sel. Asam teikoat tidak terdapat dalam dinding sel
ini. Peranan lisosim dan penisilin: Lisosim adalah ensim anti akteri yang terda
pat dalam putih telur dan air mata, dan dapat dihasilkan oleh e erapa akteri.
Lisosim akan merusak ikatan antar N-asetilglukosamin dan N-asetil asam muramat d
alam murein, sehingga lisosim dapat merom ak murein. dalam dinding sel. Dinding
sel yang rusak akan menghasilkan sel tanpa dinding sel yang dise ut spheroplas.
Spheroplas sangat rentan terhadap tekanan osmotik. Penisilin akan ekerja aktif
terhadap dinding sel gram positif yang sedang mem elah. Senyawa ini mengaki atka
n sel tum uh tidak eraturan. Dalam hal ini penisilin mengham at pem entukan din
ding sel. 4. Flagel dan Pili Flagel merupakan salah satu alat gerak akteri. Let
ak flagel dapar polar, ipolar, peritrik, maupun politrik. Flagel mengaki atkan
akteri dapat ergerak erputar. Penyusun flagel adalah su unit protein yang di
se ut flagelin, yang mempunyai erat
17
molekul rendah. Ukuran flagel erdiameter 12-18 nm dan panjangnya le ih dari 20
nm. Pada e erapa akteri, permukaan selnya dikelilingi oleh puluhan sampai ratu
san pili, dengan panjang 12 nm. Pili dise ut juga se agai fim rae. Sex-pili erp
eran pada konjugasi sel. Pada akteri Escherichia coli strain K-12 hanya dijumpa
i 2 uah pili. 5. Kapsul dan Lendir Be erapa akteri mengakumulasi senyawa-senya
wa yang kaya akan air, sehingga mem entuk suatu lapisan di permukaan luar selnya
yang dise ut se agai kapsul atau selu ung erlendir. Fungsinya untuk kehidupan
akteri tidak egitu esensial, namun menye a kan tim ulnya sifat virulen terhada
p inangnya. Dalam pem entukan agregasi tanah, senyawa yang terkandung dalam kaps
ul atau lendir inilah yang sangat erperan. Ke eradaan kapsul mudah diketahui de
ngan metode pengecatan negatif menggunakan tinta cina atau nigrosin. Kapsul akan
tampak transparan diantara latar elakang yang gelap. Pada umumnya penyusun uta
ma kapsul adalah polisakarida yang terdiri atas glukosa, gula amino, rhamnosa, s
erta asam organik seperti asam piruvat dan asam asetat. Ada pula yang mengandung
peptida, seperti kapsul pada akteri Bacillus sp. Lendir merupakan kapsul yang
le ih encer. Adakalanya kapsul akteri dapat dipisahkan dengan metode penggojoka
n kemudian diekstrak untuk menghasilkan lendir. PERBEDAAN SEL TANAMAN, HEWAN, DA
N BAKTERI SEL TANAMAN Dinding sel dan Mem ran sel SEL HEWAN SEL BAKTERI
Dinding sel Dinding sel tanaman sangat kuat dan kasar. Banyak mengandung
Tidak mempunyai dinding Dinding sel terdiri atas rantai sel polisakarida dan ran
tai peptida pendek.
18
selulosa yang terikat pada polisakarida dan protein. Fungsinya melindungi mem ra
n dari kerusakan mekanis atau tekanan osmosa, dan menye a kan entuk sel tetap
Permukaannya dilapisi lipopolisakarida. Tidak semua akteri mempunyai pili. Pili
dapat erfungsi se agai jalan pemindahan DNA pada saat konjugasi. Dinding sel m
elindungi sel akteri dari lingkungan hipotonis. Dinding sel mempunyai pori yang
dapat dilewati molekul kecil. Mem ran sel hewan mirip dengan mem ran sel tanama
n, tetapi komposisi lipidanya eda. Mem ran ersifat fleksi el dan lengket. Perm
ukaan sel yang lengket penting dalam pem entukan jaringan. Mem ran sangat selekt
if permea el. Mengandung protein ensim yang erperan dalam pengangkutan ion K+ d
an Na+, glukosa, asam amino, dll Mem ran sel akteri mengandung +45% lipida dan
55% protein. Lipida menyelu- ungi secara kontinyu dan non-polar. Pada e erapa t
empat, mem ran mengalami pelipatan ke dalam sel yang dise ut dengan mesosome. Me
m ran ersifat selektif permea el. Air, e erapa nutrien dan ion logam dapat e
as melewatinya. Be erapa ensim yang erperan menghasilkan ATP terdapat dalam mem
ran sel akteri.
Mem ran sel Mem ran sel tanaman te alnya +9nm dan mengandung lipida dan protein
dalam jumlah yang sama. Lipida tersusun dalam 2 lapisan. Jenis lipida le ih erv
ariasi daripada lipida penyusun mem ran sel akteri. Mem ran sel tanaman ersifa
t selektif permea el, mengandung protein/ensim yang erperan pada pemindahan nut
rien dan ion anorganik
Inti
Inti sel, anak inti sel serta mem ran inti sel tanaman mempunyai struktur, kompo
sisi dan fungsi seperti pada sel hewan.
Diameter inti sel hewan +46µ. Dilapisi oleh selaput/mem ran erpori se agai temp
at keluarmasuknya ahan ke dalam inti. DNA di dalam inti erasosiasi dengan prot
ein histon dan terorganisir
Bakteri tidak mempunyai entuk inti seperti pada sel tanaman dan hewan. Bahan ge
netik hanya erupa satu untaian ganda DNA yang tersusun secara heliks. Panjang D
NA mencapai 1,2 mm, tetapi terlipat menjadi
19
menjadi kromosom. Di dalam inti terdapat anak inti/ nukleolus yang kaya RNA, er
entuk ulat, gelap, tetapi tidak dilingkupi oleh mem ran. Anak inti merupakan t
empat ter entuknya RNA. Setiap inti ada 1-4 anak inti. Selama mitosis DNA kromos
om mengalami replikasi, kemudian memisah menjadi kromosom anak.
diameter 2nm. Selama pem elahan sel masingmasing untaian DNA ereplikasi menghas
ilkan dua molekul untaian DNA kem ali. DNA akan ditranskripsi menjadi entuk mes
senger (m) RNA. Bakteri juga mempunyai plasmid, yaitu untaian ganda DNA di luar
kromosom er entuk sirkuler. Plasmid dapat ereplikasi secara mandiri tidak terg
antung pada replikasi kromosom sel.
Mitokondria
Mitokondria er entuk lonjong, dijumpai pada semua sel tanaman. Strukturnya miri
p dengan mitokondria sel hewan. Mitokondria mengandung DNA yang tipenya khusus.
Di dalam mitokondria, anyak mengandung ensim yang erperan dalam oksidasi nutri
en dan peru ahan energi menjadi ATP. Endoplasmik retikulum (ER) dan ri osome
Jumlah mitokondria dalam sel dapat mencapai 800. Jumlahnya semakin anyak pada s
el yang aktif. Mem ran dalam mitokondria erlipat-lipat. Matriks di dalamnya an
yak mengandung ensim yang erperan dalam oksidasi kar ohidrat, lipida, asam amin
o menjadi CO2 dan H2O. Hasil oksidasi adalah ATP untuk sum er energi.
Sel akteri tidak mempunyai mitokondria. Oksidasi nutrien dilakukan oleh ensim o
ksidase yang terdapat dalam mem ran atau mesosome.
20
ER pada sel tanaman mempunyai struktur yang mirip dengan ER pada sel hewan.
ER merupakan mem ran inti yang melipat-lipat menyerupai lorong. Permukaannya kas
ar karena ada ri osom yang menempel. ER dari inti menem us sitoplasma menuju lua
r sel. Ri osome merupakan tempat ter entuknya protein. Ri osom juga terse ar e
as dalam sitoplasma.
Sel akteri tidak mempunyai ER. Ri osome terse ar dalam sitoplasma. Ri osome se
agai tempat sintesis protein. Setiap sel akteri E. coli mengandung 15.000 ri os
ome. Setiap ri osome terdiri atas 2 su unit: su unit esar dan su unit kecil. Se
tiap su unit terdiri atas 65% RNA dan 35% protein. mRNA terikat pada lekukan dia
ntara 2 su unit RNA saat terjadi sintesis asam amino. Jenis asam amino yang di e
ntuk sesuai dengan susunan ahan genetik di mRNA
Khloroplas
Sel tanaman mempunyai plastida yang dise ut kloroplas, di dalamnya terdapat khlo
rofil. Khloroplas dikelilingi oleh mem ran yang mengandung DNA. Bentuk khloropla
s ermacammacam, jumlahnya dapat le ih dari satu per sel. Fungsi khlorofil untuk
menerima energi matahari, yang diu ah menjadi ATP untuk pem entukan gula dari C
O2 dan H2O dalam proses fotosintesis Vakuola
Sel hewan tidak mempunyai khloroplas
Bakteri fotosintesik mempunyai khlorofil yang tidak erada dalam khloroplast, te
tapi ada dalam mem ran yang sangat melipat-lipat ke dalam sel, yang dise ut mem
ran fotosintetik (tilakoid). Pada alga iru Ana aena azollae tilakoid terse ar d
i seluruh sel.
21
Vakuola merupakan ciri khusus sel tanaman. Ukuran vakuola ertam ah dengan erta
m ahnya umur sel. Vakuola mengandung gula, garam dari asam organik, protein terl
arut, garam mineral, pigmen, oksigen dan CO2, yang merupakan ahan sisa maupun c
adangan makanan. Bahan terse ut selalu dihasilkan selama sel melakukan aktivitas
, sehingga ukuran vakuola semakin lama semakin esar.
Bakteri akuatik mempunyai vakuola yang erisi gas (vakuola gas). Fungsinya agar
sel dapat mengapung di lingkungan air, sehingga dapat ergerak naik turun ( ouya
nci). Vakuola tidak untuk menyimpan cadangan makanan. Cadangan makanan disimpan
di suatu ulatan atau granula, erupa polisakarida, lipida, polifosfat, metafosf
at, sulfur, dan poli eta hidroksi asam utirat (PHB). Cadangan makanan dimanfaa
tkan saat kondisi lingkungan miskin, atau saat spora erkecam ah.
22
IV. BAKTERI DAN VIRUS A. BAKTERI Bakteri merupakan mikro ia prokariotik uniselul
ar, termasuk klas Schizomycetes, erkem ang iak secara aseksual dengan pem elah
an sel. Bakteri tidak erklorofil kecuali e erapa yang ersifat fotosintetik. C
ara hidup akteri ada yang dapat hidup e as, parasitik, saprofitik, patogen pad
a manusia, hewan dan tum uhan. Ha itatnya terse ar luas di alam, dalam tanah, at
mosfer (sampai + 10 km diatas umi), di dalam lumpur, dan di laut. Bakteri mempu
nyai entuk dasar ulat, atang, dan lengkung. Bentuk akteri juga dapat dipenga
ruhi oleh umur dan syarat pertum uhan tertentu. Bakteri dapat mengalami involusi
, yaitu peru ahan entuk yang dise a kan faktor makanan, suhu, dan lingkungan ya
ng kurang menguntungkan agi akteri. Selain itu dapat mengalami pleomorfi, yait
u entuk yang ermacam-macam dan teratur walaupun ditum uhkan pada syarat pertum
uhan yang sesuai. Umumnya akteri erukuran 0,5-10 µ. Berdasarkan klasifikasi a
rtifisial yang dimuat dalam uku “Bergey’s manual of determinative acteriology”
tahun 1974, akteri diklasifikasikan erdasarkan deskripsi sifat morfologi dan
fisiologi. Dalam uku ini juga terdapat kunci determinasi untuk mengklasifikasik
an isolat akteri yang aru ditemukan. Menurut Bergey’s manual, akteri di agi m
enjadi 1 kelompok (grup), dengan Cyano acteria pada grup 20. Pem agian ini erda
sarkan entuk, sifat gram, ke utuhan oksigen, dan apa ila tidak dapat di edakan
menurut ketiganya maka dimasukkan ke dalam kelompok khusus. KLASIFIKASI BAKTERI
I. Bakteri er entuk kokus ( ulat) a. Bakteri kokus gram positif (grup 14) Aero
ik: Micrococcus, Staphylococcus, Streptococcus, Leuconostoc Anaero ik: Methanosa
rcina, Thiosarcina, Sarcina, Ruminococcus . Bakteri kokus gram negatif Aero ik:
Neisseria, Moraxella, Acineto acter, Paracoccus (grup 10) Anaero ik: Veillonell
a, Acidaminococcus, Megasphaera (grup 11)
23
II. Bakteri er entuk atang a. Bakteri gram positif 1. Bakteri gram positif tid
ak mem entuk spora (grup 16) Aero ik: Lacto acillus, Listeria, Erysipelothrix, C
aryophanon. 2. Bakteri Coryneform dan actinomycetes (grup 17) Aero ik Coryneform
: Coryne acterium, Cellulomonas, Bifido acterium. Aero ik Actinomycetes: Myco ac
terium, Nocardia, Actinomyces, Frankia, Actinoplanes, Dermatophilus, Micromonosp
ora, Micro ispora, Streptomyces, Streptosporangium. Actinomycete dapat mem entuk
miselium yang sangat halus dan erca angca ang. Miselium vegetatif tum uh di da
lam medium, dan miselium udara ada di permukaan medium. Bakteri ini dapat erkem
ang iak dengan spora, secara fragmentasi dan segmentasi, dengan chlamydospora,
serta dengan ertunas. Bakteri ini umumnya mempunyai ha itat pada lingkungan de
ngan pH yang tinggi. Cara hidupnya ada yang ersifat saprofit, sim iosis dan e
erapa se agai parasit. Frankia adalah actinomycetes yang mampu menam at nitrogen
dan dapat ersim iosis dengan tanaman. 3. Bakteri pem entuk endospora (grup 15)
Aero ik: Bacillus, Sporolacto acillus, Sporosarcina, Thermoactinomyces Anaero i
k: Clostridium, Desulfotomaculum, Oscillospira . Bakteri gram negatif 1. Bakter
i gram negatif aero ik (grup 7) Aero ik: Pseudomonas, Xanthomonas, Zoogloea, Glu
cono acter, Aceto acter, Azoto acter, Azomonas, Beijerinckia, Derxia, Rhizo ium,
Agro acterium, Alcaligenes, Brucella, Legionella, Thermus. Bakteri Azoto acter,
Beijerinckia, Derxia, Rhizo ium termasuk diazotroph yang dapat menam at nitroge
n dari udara. Azoto acter, Beijerinckia, dan Derxia cara hidupnya e as tidak e
rsim iosis, Rhizo ium hidupnya dapat ersim iosis dengan akar tanaman leguminosa
dengan mem entuk intil akar. Arthro acter, Brevi acterium, Eu acterium,
Propioni acterium,
24
2. Bakteri gram negatif aero ik khemolitotrofik (grup12) Aero ik: Nitro acter, N
itrospira, Nitrococcus, Nitrosomonas, Nitrosospira, Nitrosococcus, Nitrosolo us.
Bakteri akteri terse ut umumnya erperan dalam proses nitrifikasi di dalam tan
ah. Thio acillus, Sulfolo us, Thio acterium, Thiovolum, yang merupakan akteri y
ang erperan dalam proses oksidasi sulfur di alam. 3. Bakteri erselu ung (grup
3) Aero ik: Sphaerotilus, Leptothrix, Cladothrix, Crenothrix. Bakteri Sphaerotil
us iasanya hidup di saluran-saluran air. Leptothrix,dan Cladothrix merupakan a
kteri yang mampu mengoksidasi esi atau penye a korosi. 4. Bakteri gram negatif
fakultatif anaero ik (grup 8) Fakultatif anaero ik: Escherichia coli, Kle siell
a, Entero acter, Salmonella, Shigella, Proteus, Serratia, Erwinia, Yersinia, Vi
rio, Aeromonas, Photo acterium. 5. Bakteri gram negatif anaero ik (grup 9) Sanga
t Anaero ik: Bacteroides, Fuso acterium, Leptotrichia 6. Bakteri Methanogens dan
arkae akteria (grup 13) Sangat Anaero ik: Methano acterium, Methanothermus, Bak
teri Methanosarcina, ini merupakan
Methanothrix,
Methanococcus.
pem entuk metan (CH4) dari hasil organik secara anaero ik.
perom akan ahan
Aero ik: Halo acterium, Halococcus, Thermoplasma. Bakteri ini ada yang tahan hid
up pada kadar garam tinggi dan dan ada yang tahan pada suhu tinggi. Anaero ik: T
hermoproteus, Pyrodictium, Desulforococcus.
25
III. Bakteri er entuk lengkung a. Bakteri gram negatif spiril dan lengkung (gru
p 6) Aero ik: Spirillum, Aquaspirillum, Azospirillum, Oceanospirillum, Campylo a
cter, Bdellovi rio, Microcyclus, Pelosigma. Bakteri Azospirillum termasuk akter
i penam at nitrogen yang dapat erasosiasi dengan tanaman gramineae termasuk tan
aman padi. Bakteri Bdellovi rio adalah akteri yang dapat hidup se agai parasit
pada sel akteri lain (parasit akteri). . Bakteri gram negatif lengkung anaero
ik (grup 9) Anaero ik: Desulfovi rio, sulfat. c. Spirochaeta (grup 5) Aero ik d
an anaero ik: Spirochaeta, Cristispira, Treponema, Borrelia, Leptospira. Bakteri
ini er entuk enang tipis dan terulir. Dinding sel tipis dan lentur. Bakteri i
ni dapat ergerak dengan cara kontraksi sel menurut garis sum selnya. Selnya e
rukuran 0,1-3 µ x 4-8 µ . Succinivi rio, Butyrivi rio, Selenomonas. Bakteri Desu
lfovi rio merupakan salah satu akteri yang mampu mereduksi
IV. Bakteri yang termasuk kelompok khusus a. Bakteri yang merayap (meluncur) (gr
up 2) Bakteri ini dapat merayap walaupun tidak erflagela. Bakteri ini selalu e
rsifat gram negatif. Dalam kelompok ini termasuk e erapa ganggang iru, e erap
a akteri khemoorganotrof dan e erapa akteri elerang (sulfur). Kelompok akte
ri yang menjadi anggota akteri merayap (meluncur) adalah s : 1. Bakteri yang m
engandung sulfur intraselular, er entuk enang. Contoh: Beggiatoa, Thiothrix, A
chromatium. 2. Bakteri e as sulfur, mem entuk trikoma ( ulu). Contoh: Vitreosci
lla, Leucothrix, Saprospira. 3. Bakteri uniselular, entuk atang pendek. Contoh
: Cytophaga, Flexi acter, Myxo acteria. 4. Bakteri fototrof yang ergerak meraya
p. Contoh: Chloroflexus
26
5. Cyano acteria yang ergerak merayap. Contoh: Oscillatoria. Myxo acteria. Bakt
eri yang termasuk myxo acteria mempunyai dinding sel sangat tipis dan lentur. Ba
kteri ini ersifat gram negatif, dan dapat ergerak meluncur. Bentuk sel umumnya
memanjang (spoel) dengan ujung runcing. Dalam siklus hidupnya dapat mem entuk
adan uah, yang merupakan kumpulan sel yang erdifrensiasi. Ukuran adan uah ku
rang dari 1 mm. Contoh: Chondromyces, Myxococcus. . Bakteri ertangkai atau er
tunas (grup 4) Bakteri ini mempunyai struktur mirip tangkai atau tunas yang meru
pakan tonjolan dari sel, atau hasil pengeluaran lendir. Contoh: Hypomicro ium, C
aulo acter, Prosthecomicro ium, Ancalomicro ium, Gallionella, Nevskia. c. Bakter
i parasit o ligat: Rickettsiae dan Chlamydiae (grup 18) Merupakan akteri yang
erukuran paling kecil, tetapi le ih esar dari virus, yaitu 0,3x2µ. Bentuk sel p
leomorfik, dapat erupa atang, kokus, atau filamen. Bakteri ini cara hidupnya s
e agai parasit sejati (parasit o ligat) di dalam sel jasad lain dan ersifat pat
ogen. Hidupnya intraselular di dalam sitoplasma dan inti sel inatang dan manusi
a. Oleh karena itu akteri kelompok ini merupakan penye a penyakit, yang iasan
ya ditularkan oleh vektor serangga. Contoh: Rickettsia prowazekii, Chlamydia tra
chomatis, Coxiella urnetii. d. Mycoplasma (klas Mollicutes) (grup 19) Mycoplasm
a dise ut juga PPLO (Pleuropneumonia Like Organisms). Cirinya yaitu tidak mempun
yai dinding sel, atau merupakan entuk L dari akteri sejati (Eu akteria) atau
entuk speroplas sel eu akteria, sehingga sifatnya mirip akteri sejati. Mycoplas
ma erukuran 0,001-7µ . Umumnya le ih esar dari Rickettsiae dan dapat dicat den
gan cat anilin. Ukuran koloni mencapai 10-600µSelnya er entuk kokus, filamen, ros
et, dan sangat pleomorfik. Selnya dapat memper anyak diri dengan pem elahan ine
r, fragmentasi, dan perkecam ahan. Cara hidupnya se agai saprofit atau patogen.
Contoh: Mycoplasma mycoides, M. homonia, M. orale, Acholeplasma, Spiroplasma.
27
Bakteri entuk L atau akteri dalam entuk protoplas, tidak erdinding sel. Hal
ini dapat terjadi karena mutasi atau di uat. Contohnya (a) Myco acterium tu ercu
losis dalam medium dengan tegangan muka rendah dan ditam ah lisosim serta EDTA,
( ) Strain mutan Staphylococcus aureus dalam medium dengan penisilin G. e. Bakte
ri anaero ik anoksigenik fototrofik (grup 1) Bakteri ini mempunyai ciri erpigme
n fotosintetik. Ada yang er entuk kokus, atang, dan lengkung. Berdasarkan sifa
t fisiologinya dapat di agi menjadi: 1. Familia Thiorhodaceae ( akteri sulfur un
gu). Contoh: Thiospirillum sp., Chromatium sp. 2. Familia Athiorhodaceae/Rhodosp
irillaceae ( akteri sulfur non-ungu). Contoh: Rhodospirillum, Rhodopseudomonas.
3. Familia Chloro iaceae ( akteri sulfur hijau). Contoh: Chloro ium, Chloropseud
omonas, Chlorochromatium. f. Bakteri aero ik oksigenik fototrofik: Cyano acteria
(grup 20) Bakteri ini termasuk Myxophyceae atau Cyanophyceae. Sifatnya yang mir
ip akteri adalah dinding selnya terdiri mukokompleks, tidak erdinding inti, ti
dak ada mitokondria dan kloroplas. Sifatnya yang er eda adalah dapat erfotosin
tesa mirip tum uhan tingkat tinggi, dan menghasilkan O2. Bakteri ini mempunyai k
lorofil a dan fiko ilin (fikosianin dan fikoeritrin). Bentuk selnya tunggal (uni
selular), koloni, dan enang- enang (filamen). Selnya dapat ergerak meluncur te
tapi sangat lam at (250 µ per menit), meskipun tidak erflagela. Cara hidupnya
e as, dan erasosiasi sim iosis. Umumnya dapat menam at nitrogen dari udara, dan
ersifat fotoautotrof o ligat. Contoh: Gloeo acter, Gloeocapsa, Dermocarpa, Spi
rulina, Nostoc, Ana aena, Oscillatoria, Calothrix, Cylindrospermum. Ana aena azo
llae dapat ersim iosis dengan tanaman paku air Azolla sp. dan Nostoc ersim ios
is dengan jamur mem entuk Lichenes.
B. VIRUS Virus ukurannya sangat kecil dan dapat melalui saringan (filter) akter
i. Ukuran
28
virus umumnya 0,01-0,1 µ. Virus tidak dapat diendapkan dengan sentrifugasi iasa
. Untuk melihat virus diperlukan mikroskop elektron. Sifat-sifat virus yang pent
ing antara lain: 1. Virus hanya mempunyai 1 macam asam nuklein (RNA atau DNA) 2.
Untuk reproduksinya hanya memerlukan asam nuklein saja. 3. Virus tidak dapat tu
m uh atau mem elah diri seperti mikro ia lainnya Virus memiliki sifat-sifat khas
dan tidak merupakan jasad yang dapat erdiri sendiri. Virus memper anyak diri d
alam sel jasad inang (parasit o ligat) dan menye a kan sel-sel itu mati. Sel ina
ng adalah sel manusia, hewan, tum uhan, atau pada jasad renik yang lain. Sel jas
ad yang ditumpangi virus dan mati itu akan mempengaruhi sel-sel sehat yang ada d
idekatnya, dan karenanya dapat mengganggu seluruh kompleks sel ( ecak- ecak daun
, ecak- ecak nekrotik dan se againya. 1. VIRUS TUMBUHAN Virus tum uhan pada umu
mnya masuk ke dalam sel melalui luka, jadi tidak dapat menero os secara aktif. S
e agai tanda penyerangannya ialah adanya ecak ecak nekrotik di sekitar luka pri
mer. Dalam alam virus tum uhan dise arkan dengan pertolongan hewan serangga vekt
or atau dengan cara lain, misalnya tanaman Cuscuta dengan haustorianya juga memi
ndahkan virus melalui sistem jaringan angkutannya ( uluh- uluh pengangkutan). Ba
nyak jenis virus yang memper anyak diri terle ih dahulu di dalam tractus digesti
vus hewan-hewan vektornya. Setelah masa inku asi tertentu dapat menye a kan infe
ksi pada tum uh-tum uhan lagi. Virus semacam itu dikenal se agai virus yang pers
isten. Virus yang nonpersisten dapat segera ditularkan dengan gigitan (sengatan)
serangga (hewan). Virus tum uhan yang telah anyak dipelajari adalah TMV (To ac
co Mozaic Virus = Virus Mozaik Tem akau). Bahan genetik virus ini ialah RNA.
2. BENTUK VIRUS Suatu virion terdiri atas ahan genetik (RNA atau DNA) yang dise
lu ungi oleh selu ung protein. Selu ung protein ini dise ut kapsid. Asan nuklein
yang diselu ungi kapsid
29
dise ut nukleokapsid. Nukleokapsid dapat telanjang misalnya pada TMV (To acco Mo
zaik Virus yang menye a kan penyakit ecak daun), Adenovirus dan virus kutil (Wa
rzervirus); atau diselu ungi oleh suatu mem ran pem ungkus misalnya pada virus i
nfluenza, virus herpes. Kapsid terdiri atas agian- agian yang dise ut kapsomer
(misalnya pada TMV dapat terdiri atas hanya satu rantaian polipeptida, juga dapa
t terdiri atas protein monomer-protein monomer yang identik yang masing-masing t
erdiri atas rantaian polipeptida). Pada dasarnya kapsid terdiri atas anyak satu
an-satuan dasar yang identik. Pada umumnya kapsid tersusun simetris. Pada TMV (s
uatu virus yang er entuk atang) kapsomernya tersusun dalam entuk anak tangga
uliran spiral. Bentuk dasar virus adalah yang ulat, silindris, ku us, polihedra
l, seperti huruf T, dan lain-lain.
Gam ar . Skema komponen-komponen virion (partikel virus yang lengkap)
Gam ar . Skema TMV
3. BAKTERIOPHAGE (VIRUS YANG MENYERANG BAKTERI) Virus pada akteri coli (T-phage
) terdiri atas dua agian, yaitu agian kepala yang er entuk heksagonal dan ag
ian ekornya. Bentuk demikian itu hanya dapat
30
dilihat pada pengamatan dengan mikroskop elektron. Bagian kepala terdiri atas a
gian utama yang agian pusatnya terdiri atas DNA; sedang agian luarnya merupaka
n selu ung protein yang erfungsi se agai pelindung. Bagian ekornya erupa tu us
yang mempunyai sum at, selain itu dilengkapi pula dengan sera ut ekor. Bakteri
yang terserang akteriofag akan lisis. Untuk mendapatkan gam aran tentang siklus
hidup akteriofag, perlu ditinjau tingkatan-tingkatan yang terjadi pada waktu p
hage menyerang akteri: a. Pada permulaannya phage melekat dengan agian ekornya
pada agian tertentu dari sel (fase adsorpsi phage pada sel) . . DNA phage dim
asukkan ke dalam sel melalui tu us ekornya, DNA phage merusak DNA akteri sehing
ga proses di dalam sel dikendalikan oleh DNA phage, kemudian akan ter entuk prot
ein (selu ung) phage dan DNA phage yang aru (fase perkem angan phage). c. Fase
yang terakhir ialah keluarnya partikel-partikel virus ( ekteriophage) dari sel.
Sel akteri mengalami lisis ( akteriolisis/ fase pem e asan phage).
Gam ar . Skema akteriofag.
31
Gam ar . Siklus perkem angan akteriofag.
Ta el . Kelompok virus yang penting. Ukuran (milimikron) 300 X 250 100 - 150 20
- 60 130 60 - 75 70 - 85 80 - 200 17 - 30 40 - 55 25 - 45 40 - 80 25 X 200 18 X
300 Kelompok Virus Virus DNA Virus cacar Herpes virus Ar ovirus virus serangga R
eovirus Adenovirus Virus RNA Myxovirus Picornavirus Papovavirus Bacteriovirus vi
rus serangga Bacterivirus Virus tum uhan Vaccinia, Moliuscum parainfluenza - inf
luenza campak Polyomyolitis radang mulut dan kuku Papillom (kutil) Polyoma (tumo
r) Phage er entuk ku ik T-phage Mozaik tem akau Variola Herpes simplex, Varicel
la/Zoster Yellow fever, pappataci Reovirus Adenovirus Virus atau gejalanya
Ada e erapa virus yang ukurannya sangat kecil, dan hanya tersusun dari e erapa
asam nukleat saja. Virus yang sangat sederhana ini dise ut viroid. Sekarang tel
ah ditemukan juga jasad hidup yang susunan kimianya hanya terdiri dari e erapa
molekul protein, jasad ini dise ut prion.
32
V. FUNGI (JAMUR) Di dalam dunia mikro ia, jamur termasuk divisio Mycota (fungi).
Mycota erasal dari kata mykes ( ahasa Yunani), dise ut juga fungi ( ahasa Lati
n). Ada e erapa istilah yang dikenal untuk menye ut jamur, (a) mushroom yaitu j
amur yang dapat menghasilkan adan uah esar, termasuk jamur yang dapat dimakan
, ( ) mold yaitu jamur yang er entuk seperti enang- enang, dan (c) khamir yait
u jamur ersel satu. Jamur merupakan jasad eukariot, yang er entuk enang atau
sel tunggal, multiseluler atau uniseluler. Sel-sel jamur tidak erklorofil, dind
ing sel tersusun dari khitin, dan elum ada diferensiasi jaringan. Jamur ersifa
t khemoorganoheterotrof karena memperoleh energi dari oksidasi senyawa organik.
Jamur memerlukan oksigen untuk hidupnya ( ersifat aero ik). Ha itat (tempat hidu
p) jamur terdapat pada air dan tanah. Cara hidupnya e as atau ersim iosis, tum
uh se agai saprofit atau parasit pada tanaman, hewan dan manusia. A. Morfologi
Jamur Benang Jamur enang terdiri atas massa enang yang erca ang-ca ang yang d
ise ut miselium. Miselium tersusun dari hifa (filamen) yang merupakan enang- en
ang tunggal. Badan vegetatif jamur yang tersusun dari filamen-filamen dise ut th
allus. Berdasarkan fungsinya di edakan dua macam hifa, yaitu hifa fertil dan hif
a vegetatif. Hifa fertil adalah hifa yang dapat mem entuk sel-sel reproduksi ata
u spora-spora. Apa ila hifa terse ut arah pertum uhannya keluar dari media dise
ut hifa udara. Hifa vegetatif adalah hifa yang erfungsi untuk menyerap makanan
dari su strat. Berdasarkan entuknya di edakan pula menjadi dua macam hifa, yait
u hifa tidak ersepta dan hifa ersepta. Hifa yang tidak ersepta merupakan ciri
jamur yang termasuk Phycomycetes (Jamur tingkat rendah). Hifa ini merupakan sel
yang memanjang, erca ang-ca ang, terdiri atas sitoplasma dengan anyak inti (s
oenositik). Hifa yang ersepta merupakan ciri dari jamur tingkat tinggi, atau ya
ng termasuk Eumycetes.
33
B. Perkem ang iakan jamur Jamur dapat erkem ang iak secara vegetatif (aseksual
) dan generatif (seksual). Perkem ang iakan aseksual dapat dilakukan dengan fra
gmentasi miselium (thalus) dan pem entukan spora aseksual. Ada 4 cara perkem ang
iakan dengan fragmentasi thalus yaitu, (a) dengan pem entukan tunas, misalnya
pada khamir, ( ) dengan lastospora, yaitu tunas yang tum uh menjadi spora, misa
lnya pada Candida sp., (c) dengan arthrospora (oidium), yaitu terjadinya segment
asi pada ujung-ujung hifa, kemudian sel-sel mem ulat dan akhirnya lepas menjadi
spora, misalnya pada Geotrichum sp., dan (d) dengan chlamydospora, yaitu pem ula
tan dan pene alan dinding sel pada hifa vegetatif, misalnya pada Geotrichum sp.
Spora aseksual ter entuk melalui 2 cara. Pada jamur tingkat rendah, spora aseksu
al ter entuk se agai hasil pem elahan inti erulang-ulang. Misalnya spora yang t
er entuk di dalam sporangium. Spora ini dise ut sporangiospora. Pada jamur tingk
at tinggi, ter entuk spora yang dise ut konidia. Konidi ter entuk pada ujung kon
idiofor, ter entuk dari ujung hifa atau dari konidi yang telah ter entuk se elum
nya. Perkem ang iakan secara seksual, dilakukan dengan pem entukan spora seksua
l dan pele uran gamet (sel seksual). Ada dua tipe kelamin (mating type) dari sel
seksual, yaitu tipe kelamin + (jantan) dan tipe kelamin – ( etina). Pele uran g
amet terjadi antara 2 tipe kelamin yang er eda. Proses reproduksi secara seksua
l di agi menjadi 3 tingkatan, yaitu: (a) plasmogami yaitu mele urnya 2 plasma se
l, ( ) kariogami yaitu mele urnya 2 inti haploid yang menghasilkan satu inti dip
loid, dan (c) meiosis yaitu pem elahan reduksi yang menghasilkan inti haploid. B
entuk dan cara reproduksi jamur sangat eraneka ragam, dan dapat digunakan se ag
ai dasar untuk mengklasifikasikan jamur terse ut. C. Klasifikasi jamur Ada e er
apa klasis jamur, yaitu Acrasiomycetes (Jamur lendir selular), Myxomycetes (Jamu
r lendir sejati), Phycomycetes (Jamur tingkat rendah), dan Eumycetes (Jamur ting
kat tinggi). Eumycetes terdiri atas 3 klasis yaitu Ascomycetes, Basidiomycetes,
dan Deuteromycetes (Fungi imperfecti).
34
Sistem tata nama jamur menggunakan nama inomial, yang terdiri nama genus dan na
ma spesifik / spesies. Nama famili dengan akhiran –aceae, nama order dengan akhi
ran –ales, dan nama klasis dengan akhiran –mycetes. 1. ACRASIOMYCETES Jamur ini
merupakan kelompok jamur lendir selular, yang hidup e as di dalam tanah, iasan
ya diisolasi dari tanah humus. Bentuk vegetatifnya erupa sel erinti satu yang
amoe oid, seperti protozoa uniselular atau merupakan amoe a haploid, dan dise ut
juga pseudoplasmodium. Ciri-ciri sel jamur ini adalah dapat ergerak diatas med
ia padat (pseudopodia), makan dengan cara fagositosis, misalnya dengan memakan
akteri. Sifatnya yang mirip fungi adalah adanya stadium adan uah, dan ter entu
knya spora. Struktur spora seperti entuk kista dari amoe a. Perkem ang iakan j
amur ini dimulai dari erkecam ahnya spora, kemudian sel memper anyak diri mem e
ntuk pseudoplasmodium, selanjutnya sel-sel eragregasi dan akan mem entuk adan
uah, akhirnya ter entuk sporokarp yang menghasilkan spora kem ali. Contoh jamur
ini adalah Dictyostelium mucoroides dan D. discoideum. 2. MYXOMYCETES Jamur ini
merupakan jamur lendir sejati. Jamur ini dapat ditemukan pada kayu terom ak, gu
guran daun, kulit kayu, dan kayu. Bentuk vegetatifnya dise ut plasmodium. Plasmo
dium merupakan masa sitoplasma erinti anyak dan tidak di atasi oleh dinding se
l yang kuat. Sel-selnya mempunyai gerakan amoe oid diatas su strat. Cara makan d
engan fagositosis. Apa ila plasmodium merayap ke tempat yang kering, akan ter en
tuk adan uah. Badan uah menghasilkan spora erinti satu yang diselu ungi dind
ing sel. Spora erasal dari inti-inti plasmodium. Struktur pada semua stadium sa
ma, yaitu seperti sel soenositik dengan adanya aliran sitoplasma. Perkem ang ia
kan jamur ini dimulai dari sel vegetatif haploid hasil perkecam ahan spora. Sel
terse ut setelah menggandakan diri akan mengadakan plasmogami dan kariogami yang
menghasilkan sel diploid. Sel diploid yang erkem ang menjadi plasmodium yang s
elnya multinukleat tetapi uniselular, selanjutnya mem entuk adan uah yang er
entuk sporangium. Sporangium terse ut menghasilkan spora
35
haploid. Contoh jamur ini adalah Lycogala epidendron, Cri raria rufa , dan Fulig
o septica. 3. PHYCOMYCETES Jamur ini termasuk jamur enang yang mempunyai hifa t
idak ersepta, sel vegetatif multinukleat, atau dise ut thalus soenositik. Secar
a vegetatif dapat memper anyak diri dengan potongan-potongan hifa, dan menghasil
kan spora aseksual dalam sporangium (sporangiospora). Perkem ang iakan secara g
eneratif dengan mem entuk spora seksual. Berdasarkan cara ter entuknya spora di
agi menjadi 2 macam, (a) Oospora, hasil pele uran antara gamet-gamet yang tidak
sama esarnya, dan ( ) Zygospora, hasil pele uran gamet-gamet yang sama esarnya
. Berdasarkan tipe sporanya maka jamur ini juga dapat dikelompokkan dalam Oomyce
tes dan Zygomycetes.
zygospora (2n)
pele uran inti
Tahap Diploid Tahap Haploid
meiosis spora (n) Zygospora
50 m
Kantung Spore
perkecam ahan zygospora zygospora muda miselium erkem ang dari perkecam ahan sp
ora
gametangia
spores (n)
stolon
rhizoids kontak antara dua hifa dari 2 strain REPRODUKSI ASEXUAL (mitosis)
Fig. 24.6, p. 396
Contoh jamur yang termasuk klas Oomycetes adalah Saprolegnia sp. (jamur air). da
n jamur patogen seperti Phytophthora infestans (penye a penyakit potato light)
, Plasmopora viticola (penye a penyakit em un tepung pada tanaman). Jamur yang
termasuk Zygomycetes ada 3 order, yaitu Mucorales, Entomophthorales, dan
36
Zoopagales. Jamur yang penting dari kelompok Mucorales adalah Mucor sp. dan Rhiz
opus sp. Rhizopus nigricans adalah jamur roti, R. oryzae, R. olygosporus, dan R.
stolonifer adalah jamur yang iasa digunakan pada fermentasi tempe. 4. ASCOMYCE
TES Ciri jamur ini mempunyai hifa ersepta, dan dapat mem entuk konidiofor. Seca
ra vegetatif dapat erkem ang iak dengan potongan hifa, dan pada e erapa jenis
dapat menghasilkan konidia secara aseksual. Fase konidi jamur ini dise ut juga
fase imperfect. Fungi yang hanya dalam entuk fase imperfect dise ut fungi imper
fecti (Deuteromycetes). Secara generatif dapat mem entuk adan uah yang dise ut
askokarp, yang di dalamnya terdapat askus (kantong) yang menghasilkan askospora
. Askospora merupakan hasil kariogami dan meiosis. Pem entukan askospora ada 4 c
ara, yaitu: 1. Konyugasi langsung seperti pada khamir. 2. Pem elahan sel miseliu
m. 3. Pele uran sel-sel kelamin kemudian oogonium menjadi askus. 4. Dari hife as
kogen tim ul organ-organ tertentu yang mengandung inti rangkap. Berdasarkan ent
uknya dapat di edakan 3 macam askus, yaitu: (a) Cleistothecium, entuknya ulat,
kasar dan tidak mempunyai lu ang khusus untuk jalan keluarnya spora. ( ) Perith
ecium, entuk ulat seperti la u, mempunyai osteol untuk jalan keluarnya spora.
(c) Apothecium, entuk seperti cawan atau mangkuk, agian permukaan terdiri atas
himenium yang mengandung askus-askus dalam lapisan palisade, dari lapisan terse
ut dapat dilepaskan askospora. Contoh jamur ini yang penting adalah genus Asper
gillus dan Penicillium. Jamur ini umumnya dapat menghasilkan pigmen hitam, cokla
t, merah, dan hijau. Pigmen terse ut dapat digunakan untuk mengidentifikasi jeni
s-jenis jamur terse ut. Jamur ini umumnya dapat merom ak ahan organik seperti k
ayu, uah, kulit, dan sisa-sisa tanaman. Spesies seperti P. roqueforti dan P. ca
mem erti dapat digunakan untuk flavour (aroma). Penicillium notatum dan Penicill
ium chrysogenum untuk produksi
37
anti iotik penisilin. Jamur Aspergillus niger untuk fermentasi asam sitrat, Aspe
rgillus oryzae dan Aspergillus wentii untuk fermentasi kecap. 5. BASIODIOMYCETES
Ciri khusus jamur ini yaitu mempunyai asidium yang er entuk seperti gada, tid
ak ersekat, dan mengandung 4 asidiospora di ujungnya. Pada jamur tertentu memp
unyai hymenium atau lapisan-lapisan dalam adan uah. Hymenium terdapat pada mus
hroom, maka dise ut juga Hymenomycetes.
Setelah pele uran inti, struktur clu (sekarang 2n) akan menghasilkan spora hapl
oid pd 4 ujung sel.
pele uran inti
Tahap Diploid TahapHaploid
meiosis
spora (n) Struktur Clu memiliki dua inti (n + n) dari tiap-tiap lem aran. lem a
ran tudung hifa dlmn miselium tangkai hifa Setelah fusi sitoplasma, miselium “di
karyotic” (n + n) miselium memunculkan adan pendukung spora (misal., jamur).
Spora di e askan. tiap spora erkecam ah dan muncul hifa yg tum uh mem entuk mis
elium erca ang.
pele uran sitoplasma
Hymenium terdiri dari asidia, hifa steril, parafisa, dan cysts. Basidia erasal
dari hifa dikariotik, sel ujungnya mem esar, inti ikut mem esar, 2 inti mele ur
menghasilkan 1 inti diploid, kemudian mem elah reduksi menjadi 4 inti haploid y
ang menjadi inti asidiospora. Tipe kelamin asidiospora terdiri atas 2 negatif
dan 2 positif. Akumulasi asidiospora dapat dilihat dari warnanya, yaitu seperti
tepung halus erwarna coklat, hitam, ungu, kuning, dan se againya. Contoh jamur
ini adalah Pleurotus sp (Jamur Tiram), Cyantus sp., dan khamir Sporo olomyces s
p.
38
6. DEUTEROMYCETES (FUNGI IMPERFECTI) Semua jamur yang tidak mempunyai entuk (fa
se) seksual dimasukkan ke dalam kelas Deuteromycetes. Jamur ini merupakan entuk
konidial dari klas Ascomycetes, dengan askus tidak ertutup atau hilang karena
evolusi. Jamur ini juga tidak lengkap secara seksual, atau dise ut paraseksual.
Proses plasmogami, kariogami dan meiosis ada tetapi tidak terjadi pada lokasi te
rtentu dari adan vegetatif, atau tidak terjadi pada fase perkem angan tertentu.
Miseliumnya ersifat homokariotik. Contoh jamur ini adalah e erapa spesies Asp
ergillus, Penicillium, dan Monilia.
Aspergillus sp.
39
D. IDENTIFIKASI JAMUR BENANG Untuk mengidentifikasi jamur enang le ih diutamaka
n pengujian sifat-sifat morfologinya, tetapi perlu juga pengujian sifat-sifat fi
siologi. Hal-hal yang perlu diperhatikan pada pengamatan morfologi jamur enang
adalah: 1. Tipe hifa, ersepta atau tidak, jernih atau keruh, dan erwarna atau
tidak. 2. Tipe spora, seksual (oospora, zygospora, askospora, atau asidiospora)
, aseksual (sporangiospora, konidia, atau oidia) 3. Tipe adan uah, entuk, uku
ran, warna, letak spora atau konidi. Bentuk sporangiofor / konidiofor, kolumela
/ vesikula. 4. Bentukan khusus, misalnya adanya stolon, rhizoid, sel kaki, apofi
sa, klamidospora, sklerosia, dan lain-lain. E. KHAMIR Khamir atau dise ut yeast,
merupakan jamur ersel satu yang mikroskopik, tidak erflagela. Be erapa genera
mem entuk filamen (pseudomiselium). Cara hidupnya se agai saprofit dan parasit.
Hidup di dalam tanah atau de u di udara, tanah, daun-daun, nektar unga, permuk
aan uah- uahan, di tu uh serangga, dan cairan yang mengandung gula seperti siru
p, madu dan lain-lain. Khamir er entuk ulat (speroid), elips, atang atau sili
ndris, seperti uah jeruk, sosis, dan lain-lain. Bentuknya yang tetap dapat digu
nakan untuk identifikasi. Khamir dapat dimasukkan ke dalam klas Ascomycetes, Bas
idiomycetes dan Deuteromycetes.
Sel khamir
40
1. Perkem ang iakan sel khamir Perkem ang iakan sel khamir dapat terjadi secar
a vegetatif maupun secara generatif (seksual). Secara vegetatif (aseksual), (a)
dengan cara ertunas (Candida sp., dan khamir pada umumnya), ( ) pem elahan sel
(Schizosaccharomyces sp.), dan (c) mem entuk spora aseksual (klas Ascomycetes).
Secara generatif dengan carakonyugasi (reproduksi seksual). Konyugasi khamir ada
3 macam, yaitu (a) konyugasi isogami ( Schizosaccharomyces octosporus), ( ) kon
yugasi heterogami (Zygosaccharomyces priorianus), dan konyugasi askospora pada Z
ygosaccharomyces sp. dan Schizosaccharomyces sp. (sel vegetatif haploid), serta
pada Saccharomyces sp., dan Saccharomycodes sp. (sel vegetatif diploid). 2. Iden
tifikasi khamir Hal-hal yang perlu diperhatikan dalam mengidentifikasi khamir ad
alah: 1. Ada tidaknya askospora, kalau ada agaimana pem entukannya (konyugasi i
sogami, heterogami, atau konyugasi askospora), entuk, warna, ukuran, dan jumlah
spora. 2. Bentuk, warna, dan ukuran sel vegetatifnya. 3. Cara reproduksi aseksu
al ( ertunas, mem elah, ds ) 4. Ada tidaknya filamen atau pseudomiselium. 5. Per
tum uhan dalam medium dan warna koloninya. 6. Sifat-sifat fisiologi, misalnya su
m er kar on (C) dan nitrogen (N), ke utuhan vitamin, ersifat oksidatif atau fer
mentatif, atau keduanya, lipolitik, uji pem entukan asam, penggunaan pati, dan l
ain-lain.
41
VI. ALGAE DAN PROTOZOA A. ALGAE Di dunia mikro ia, algae termasuk eukariotik, um
umnya ersifat fotosintetik dengan pigmen fotosintetik hijau (klorofil), coklat
(fikosantin), iru kehijauan (fiko ilin), dan merah (fikoeritrin). Morfologi alg
ae ada yang er entuk uniseluler, ada pula yang multiseluler tetapi elum ada pe
m agian tugas pada sel-sel komponennya. Algae di edakan dari tum uhan hanya kare
na hal terse ut. 1. Ha itat algae Ha itat algae dapat erada di permukaan atau d
alam perairan (aquatik) maupun daratan (terestrial) yang terkena sinar matahari,
tetapi ke anyakan di perairan. Algae terestrial dapat hidup di permukaan tanah,
atang kayu, dan lain-lain. Algae darat dapat ersim iose dengan jamur dan mem
entuk lumut kerak (Lichenes). Pada lichenes algae ertindak se agai fiko ion, se
dangkan jamur se agai miko ion. Algae yang dapat mem entuk Lichenes adalah anggo
ta dari Chlorophyta, Xanthophyta, dan algae hijau iru (Cyano acteria) yang term
asuk akteri. Fiko ion memanfaatkan sinar matahari untuk fotosintesa, sehingga d
ihasilkan ahan organik yang dapat dimanfaatkan oleh miko ion. Miko ion mem erik
an perlindungan dan erfungsi untuk menyerap mineral agi fiko ion. Pada e erap
a kasus miko ion dapat menghasilkan faktor tum uh yang dapat dimanfaatkan oleh f
iko ion. Lichenes sangat lam at pertum uhannya, tetapi dapat hidup pada tempat e
kstrem yang tidak isa digunakan untuk tempat tum uh jasad hidup lain. Se agai c
ontoh Lichenes dapat tum uh pada atuan dengan keadaan yang sangat kering, panas
dan miskin unsur hara atau ahan organik. Lichenes menghasilkan asam-asam organ
ik yang dapat melarutkan mineral atuan. Algae laut mempunyai peranan yang sanga
t penting di dalam siklus unsur-unsur di umi, mengingat jumlah massanya yang sa
ngat anyak yang kemungkinan le ih esar dari jumlah tum uhan di daratan. Be era
pa algae laut ersel satu ersim iosa dengan hewan inverte rata tertentu yang hi
dup di laut, misalnya spon, koral, cacing laut. Kandungan e erapa pigmen fotosi
ntetik pada algae mem erikan warna yang spesifik.
42
Be erapa divisi algae dinamakan erdasarkan warna terse ut, misalnya algae hijau
, algae merah dan algae coklat. 2. Morfologi algae Algae uniseluler (mikroskopik
) dapat etul- etul erupa sel tunggal, atau tum uh dalam entuk rantaian atau f
ilamen. Ada e erapa jenis algae yang sel-selnya mem entuk koloni, misalnya pada
Volvox, koloni ter entuk dari 500-60.000 sel. Kolonikoloni inilah yang dapat di
lihat dengan mata iasa. Algae multiseluler (makroskopik) mempunyai ukuran esar
, sehingga dapat dilihat dengan mata iasa. Pada algae makroskopik iasanya memp
unyai er agai macam struktur khusus. Be erapa jenis algae mempunyai struktur ya
ng dise ut hold fast, yang mirip dengan sistem perakaran pada tanaman, yang erf
ungsi untuk menempelnya algae pada atuan atau su strat tertentu, tetapi tidak d
apat digunakan untuk menyerap air atau nutrien. Algae tidak memerlukan sistem tr
ansport nutrien dan air, karena nutrien dan air dapat dipenuhi dari seluruh sel
algae. Struktur khusus yang lain adalah ladder atau pengapung, yang erguna unt
uk menempatkan algae pada posisi tepat untuk mendapatkan cahaya maksimum. Tangka
i atau atang pada algae dise ut stipe, yang erguna untuk mendukung lade, yait
u agian utama algae yang erfungsi menga sor si nutrien dan cahaya. 3. Perkem a
ng iakan algae Perkem ang iakan secara aseksual terjadi melalui proses yang dise
ut mitosis. Ke anyakan algae ersel tunggal erkem ang iak dengan mem elah dir
i, seperti pada akteri (prokariot). Per edaannya, pada pem elahan sel prokariot
terjadi replikasi DNA, dan masing-masing sel hasil pem elahan mempunyai setenga
h DNA awal dan setengah DNA hasil replikasi. Sedangkan pada algae eukariot, terj
adi penggandaan kromosom dengan proses yang le ih kompleks yang dise ut mitosis.
Masing-masing sel hasil pem elahan mempunyai kromosom turunannya. Algae lain, k
hususnya yang er entuk multiseluler, erkem ang iak dengan er agai cara. Be e
rapa jenis algae dapat mengadakan fragmentasi, yaitu pemotongan agian filamen y
ang kemudian dapat tum uh menjadi individu aru. Algae yang lain erkem ang iak
dengan menghasilkan spora. Spora algae mempunyai struktur yang
43
er eda dengan endospora pada akteri. Spora ada yang dapat ergerak aktif, yang
dise ut zoospora, dan ada yang tidak dapat ergerak aktif (nonmotil) dise ut au
tospora. Perkem ang iakan secara aseksual pada algae seperti pada jasad eukariot
ik lain, yaitu dengan ter entuknya dua jenis sel khusus yang dise ut gamet yang
ersifat haploid. Dua sel gamet terse ut mele ur dan menghasilkan zygot yang er
sifat diploid. Zygot mempunyai dua turunan masing-masing kromosom (2n). Gamet ha
nya mempunyai satu turunan kromosom (1n). Proses reduksi jumlah kromosom ini dis
e ut meiosis. Meiosis terjadi dalam masa-masa yang er eda pada er agai siklus
hidup algae. Be erapa jenis algae selama siklus hidupnya terutama erada pada fa
se diploid, tetapi algae lain mempunyai fase zygot sampai meiosis yang sangat si
ngkat, sehingga dalam siklus hidupnya terutama erada pada fase haploid. Pada al
gae yang erukuran esar (makroskopik) ada yang mempunyai 2 macam struktur repro
duktif yang er eda, yaitu gametofit (haploid) dan sporofit (diploid). Se agai c
ontoh adalah pada Ulva yang termasuk algae hijau. 4. Fisiologi algae Pada umumny
a algae ersifat fotosintetik, menggunakan H2O se agai donor elektron, pada kead
aan tertentu e erapa algae dapat menggunakan H2 untuk proses fotosintesa tanpa
menghasilkan O2. Sifat fotosintetik pada algae dapat ersifat mutlak (o ligat fo
totrof), jadi algae ini tum uh di tempat-tempat yang terkena cahaya matahari. Be
erapa algae ersifat khemoorganotrof, sehingga dapat mengkata olisme gula-gula
sederhana atau asam organik pada keadaan gelap. Senyawa organik yang anyak digu
nakan algae adalah asetat, yang dapat digunakan se agai sum er C dan sum er ener
gi. Algae tertentu dapat mengasimilasi senyawa organik sederhana dengan mengguna
kan sum er energi cahaya (fotoheterotrof). Pada algae tertentu dapat tidak terja
di proses fotosintesa sama sekali, dalam hal ini pemenuhan ke utuhan nutrisi did
apatkan secara heterotrof. Pada umumnya algae yang dapat melakukan fotosintesa n
ormal, dapat tum uh aik dengan cepat dalam keadaan gelap, dengan mengha iskan
er agai senyawa organik hasil fotosintesa. Pada keadaan gelap, proses fotosintes
a eru ah menjadi proses respirasi. Pada algae heterotrof, pemenuhan ke utuhan e
nergi erasal dari
44
ahan organik yang ada di sekitarnya. Algae yang tidak erdinding sel dapat mema
kan akteri secara fagotrofik. Algae leukofitik adalah algae yang kehilangan klo
roplas. Hilangnya kloroplas terse ut ersifat tetap, atau tidak dapat kem ali se
perti semula. Hal ini anyak terjadi pada algae ersel tunggal seperti diatomae,
flagelata, dan algae hijau nonmotil. Algae leukofitik dapat di uat, misalnya Eu
glena yang diperlakukan dengan streptomisin atau sinar ultra violet. 5. Pengelom
pokan algae Berdasarkan tipe pigmen fotosintetik yang dihasilkan, ahan cadangan
makanan di dalam sel, dan sifat morfologi sel, maka algae dikelompokkan menjadi
7 divisio utama, yaitu Chlorophyta, Euglenophyta, Chrysophyta, Pyrrophyta, Rhod
ophyta, Phaeophyta, dan Cryptophyta. a. Divisio Chlorophyta Ciri-ciri algae ini
adalah erwarna hijau, mempunyai pigmen fotosintetik yang terdiri dari klorofil
a dan seperi pada tum uhan, karoten, dan e erapa xantofil. Cadangan makanan
erupa pati, dinding sel terdiri dari selulosa, xylan, manan, e erapa tidak erd
inding sel, dan mempunyai flagela 1sampai 8 uah. Algae hijau ini anyak terdapa
t di ekosistem perairan, dan diduga merupakan asal dari tum uhan. Organisasi sel
nya dapat er entuk uniseluler, multiseluler yang er entuk koloni, dan multisel
uler yang er entuk filamen. Contoh algae hijau uniseluler yaitu order Volvocale
s, genera Chlamydomonas dan Volvox, yang ersifat motil karena erflagela, sedan
gkan algae yang er entuk filamen adalah genera Ulothrix, Spirogyra dan Ulva. Be
ntuk Spirogyra sangat khusus karena kloroplasnya yang er entuk spiral. Anggota
algae ini yang sering ditanam se agai rumput laut yaitu Scenedesmus, dan yang se
ring digunakan se agai makanan kesehatan adalah Chlorella. Pada siklus hidup Chl
amydomonas, algae ini mengadakan reproduksi secara seksual dengan pele uran sel
yang menghasilkan zygot. Setelah periode dorman akan terjadi meiosis sehingga te
r entuk 4 sel yang kemudian memper anyak diri dengan pem elahan mitosis. Pada pe
rkem ang iakan secara aseksual, sel akan kehilangan flagela dan kemudian terjadi
pem elahan secara mitosis menjadi 4, 8 atau 16 sel. Masing-masing sel keluar da
ri dinding sel dan kemudian tum uh flagela.
45
Perkem ang iakan algae yang er entuk filamen terutama secara aseksual, yaitu de
ngan cara fragmentasi. Pada Spirogyra dapat erkem ang secara seksual dengan mem
entuk ta ung konjugasi, setelah isi sel mele ur akan ter entuk zygot dan erkem
ang menjadi zygospora, dan pem elahan meiosis terjadi setelah zygospora erkeca
m ah. . Divisio Euglenophyta Algae ini er entuk euglenoid, mempunyai pigmen fo
tosintetik yang terdiri klorofil a dan sehingga tampak erwarna hijau dan memp
unyai karoten serta xantofil. Per edaan dengan algae hijau adalah cadangan makan
annya yang erupa paramilon, yaitu polimer glukosa dengan ikatan B1,3. Semua ang
gota algae ini uniseluler, mempunyai 1-3 flagela dengan letak apical atau su api
cal, dan mempunyai mem ran plasma dengan struktur fleksi el yang dise ut pelikel
. Euglenophyta ke anyakan hidup di perairan atau tanah. Perkem ang iakannya deng
an mem elah diri, dan tidak dapat erkem ang iak secara seksual. Algae Euglena g
racilis mempunyai 2 flagela yang tidak sama panjang, dan intik mata yang erwar
na merah karena erisi karotenoid. Bintik mata erfungsi se agai penerima cahaya
untuk mengatur gerak aktif, se agai respon sel terhadap arah dan intensitas cah
aya. Algae ini tidak erdinding sel sehingga lentur.
46
Euglena c. Divisio Pyrrophyta Anggota algae ini juga sering dise ut dinoflagelat
a, mempunyai pigmen fotosintetik erupa klorofil a dan c, karoten dan e erapa j
enis mengandung xantofil. Cadangan makanan terdiri atas pati atau minyak, dindin
g sel tersusun dari selulosa dan ada yang sangat keras dise ut teka, tetapi ada
yang tidak erdinding sel. Algae ini umumnya mempunyai alat gerak yang erupa 2
flagela. Pyrrophyta umumnya erwarna merah atau coklat, karena adanya pigmen xan
tofil dan selnya er entuk uniseluler. Algae ini terutama hidup di laut, e erap
a anggotanya dapat mengeluarkan cahaya ioluminesen, maka sering dise ut fire al
gae. Contoh algae ini Gonyaulax polyedra, yang menghasilkan toksin erwarna mera
h atau merah coklat yang dapat mematikan hewan-hewan laut.
Dinoflagelata Dinoflagelata tertentu dapat tum uh dengan memakan akteri dan spe
sies algae lain. Be erapa spesies algae ini tidak mempunyai klorofil, dan ersif
at heterotrof. Anggota algae ini ada yang ersifat miksotrofik, selain mampu men
gadakan meta olisme se agai heterotrof juga ersifat se agai fotoautotrof.
47
d. Divisio Chrysophyta Algae ini mempunyai pigmen yang er eda- eda sehingga ada
yang dise ut algae kuning hijau (Xanthophyceae), dan algae keemasan (Chrysophyc
eae). Diaotomae yang termasuk Bacillariophyceae juga termasuk anggota algae ini.
Pigmen fotosintetik terdiri atas klorofil a dan c, karoten, fukoxantin, dan e
erapa xantofil. Bahan cadangan makanan algae ini erupa krisolaminarin, yaitu po
limer glukosa dengan ikatan B. Dinding selnya tersusun dari selulosa, silika, da
n kalsium kar onat. Pada e erapa jenis algae ini mempunyai 1 atau 2 flagela. Di
nding sel diatomae yang keras dise ut frustule. Ada 2 macam entuk frustule, yai
tu centric dan pennate. Diatomae dengan entuk pennate yang tidak erflagela, ad
a yang dapat ergerak diatas su strat padat karena adanya raphe. Raphe adalah ce
lah memanjang dan sempit pada dinding sel se agai tempat keluarnya sitoplasma. G
erakan tim ul karena adanya arus protoplasma terse ut.
Diatomae Dinding sel diatomae merupakan dua agian yang saling menutupi. Dinding
sel yang keras ini menjadi masalah saat mengadakan perkem ang iakan secara asek
sual, yaitu dengan cara mem elah diri secara longitudinal. Sel aru hasil pem el
ahan terdiri setengah agian sel se elum pem elahan yang ditutup dengan setengah
agian sel yang aru ter entuk. Aki atnya setelah e erapa kali mem elah, maka
sel hasil pem elahan semakin mengecil ukurannya, kurang le ih 30 % le ih kecil d
i andingkan dengan sel hasil perkem ang iakan secara seksual.
48
e. Divisio Phaeophyta Phaeophyta dise ut juga algae coklat, warna ini dise a kan
xantofil yang dihasilkan mele ihi karoten dan klorofil. Algae ini mempunyai pig
men fotosintetik yang terdiri atas klorofil a dan c, karoten, fukoxantin dan xan
tofil. Cadangan makanan di dalam selnya erupa laminarin dan manitol, dengan din
ding sel tersusun dari selulosa, asam alginat, dan mukopolisakarida sulfat. Alga
e ini erflagela dua yang tidak sama, dengan letak lateral. Anggota kelompok ini
terdiri le ih dari 200 genera dan 1500 spesies, terutama hidup di permukaan lau
t yang dingin. Organisasi selnya multiseluler, dan dapat mem entuk morfologi yan
g sangat esar dan kompleks seperti tum uhan. Terdapat struktur seperti akar (ho
ld fast), seperti daun ( lade), seperti atang (stipe), dan pengapung ( ladder),
tetapi tidak ada sistem transport nutrien dan cadangan makanan. Di tengah stipe
terdapat sel-sel memanjang seperti jaringan vaskuler pada tum uhan. Sel-sel ter
se ut erfungsi untuk mem antu memindahkan kar ohidrat hasil fotosintesa, dari
lade ke tempat sel-sel yang kurang aktif fotosintesanya seperti stipe dan hold f
ast.
Anggota algae ini yang anyak hidup di laut adalah genera Sargassum, Macrocystis
, Nereocystis, dan Laminaria. Algae coklat ini dapat tum uh dengan sangat cepat,
misalnya Nereocystis dapat mencapai panjang 40 meter dalam satu musim. Ke anyak
an cara perkem ang iakan algae coklat sama dengan algae hijau Ulva. Genera Fucus
umumnya tum uh di atu- atuan, dan dapat melapukkan atuan terse ut.
49
Jenis tertentu algae ini dapat digunakan untuk iosorpsi, atau penyerapan logam
erat oleh iomassa. Hal ini dise a kan karena kandungan polisakarida pada dindi
ng selnya dapat ersifat se agai resin penukar ion (ion exchange). Algae ini jug
a dapat digunakan se agai indikator adanya pencemaran logam erat seperti Cadmiu
m, Cu, dan P , misalnya algae Fucus vesiculosus. Be erapa jenis algae coklat sep
erti Macrocystis, anyak mengandung ahan algin pada dinding selnya. Bahan algin
ini mempunyai nilai ekonomis untuk ahan pem uat sta iliser dan emulsifier pada
cat, tekstil, kertas, ahan makanan, dan ahan lain. f. Divisio Rhodophyta Seri
ng dise ut se agai algae merah, karena pigmen fotosintetik didominasi oleh fikoe
ritrin. Pigmen lain terdiri atas klorofil a, dan pada e erapa jenis mempunyai k
lorofil d, fikosianin, karoten, dan e erapa xantofil. Bahan cadangan makanan di
dalam selnya erupa pati floridean, yaitu polisakarida yang mirip amilopektin.
Algae ini mempunyai dinding sel erupa selulosa, xylan, dan galaktan. Alat gerak
yang erupa flagela tidak ada. Umumnya algae merah hidup di lautan, terutama di
daerah tropis, e erapa spesies hidup di daerah dingin. Adanya klorofil a, fiko
eritrin dan fikosianin atau fiko ilin merah, menye a kan algae ini dapat menga s
orpsi dengan aik sinar hijau, violet dan iru yang dapat menem us air dalam. Ja
di algae merahpun dapat tum uh sampai kedalaman le ih dari 175 meter di perairan
. Algae merah ke anyakan tum uh menempel pada atuan dan su strat lain atau laga
e lain, tetapi ada juga yang hidup mengapung dengan e as. Anggota dari algae in
i yang sering ditanam se agai rumput laut adalah Navicula.
50
Dinding selnya terdiri dua lapis, lapisan agian dalam kasar (rigid) dan menyeru
pai mikrofi ril, sedangkan agian luar er entuk lapisan mucilaginous. Pada dind
ing selnya terdapat er agai macam ahan selain selulosa, yaitu polisakarida sul
fat, agar dan karagenin. Pada algae pem entuk koral, dapat mengumpulkan CaCO3 di
dalam dinding selnya, oleh karenanya jenis algae ini erperan penting dalam pro
ses pem entukan karang. g. Divisio Cryptophyta Algae ini mempunyai pigmen fotosi
ntetik klorofil a dan c, karoten, fiko ilin dan xantofil yang terdiri dari aloxa
ntin, krokoxantin, dan monadoxantin. Cadangan makanan terdiri pati, dinding seln
ya tidak mengandung selulosa, dan erflagela dua yang tidak sama dengan letak su
apikal. Algae ini hidup di laut, dan anggotanya sangat sedikit apa ila di andin
gkan dengan algae lain. Cryptophyta erkem ang iak secara aseksual, yaitu denga
n pem elahan sel secara longitudinal. B. PROTOZOA Seperti algae, protozoa merupa
kan kelompok lain yang termasuk protista eukariotik. Walaupun kadang-kadang anta
ra algae dan protozoa kurang jelas per edaannya. Be erapa organisme mempunyai si
fat antara algae dan protozoa. Se agai contoh algae hijau Euglenophyta, selnya
erflagela dan merupakan sel tunggal yang erklorofil, tetapi dapat mengalami keh
ilangan klorofil dan kemampuan untuk erfotosintesa. Semua spesies Euglenophyta
yang mampu hidup pada nutrien komplek tanpa adanya cahaya, e erapa ilmuwan mema
sukkannya ke dalam filum protozoa. Misalnya strain mutan algae genus Chlamydomon
as yang tidak erklorofil, dapat dikelaskan se agai protozoa genus Polytoma. Hal
ini se agai contoh agaimana sulitnya mem edakan dengan tegas antara algae dan
protozoa. Protozoa di edakan dari prokariot karena ukurannya yang le ih esar, d
an selnya eukariotik. Protozoa di edakan dari algae karena tidak erklorofil, di
edakan dari jamur karena dapat ergerak aktif dan tidak erdinding sel, serta d
i edakan dari jamur lendir karena tidak dapat mem entuk adan uah. 1. Ha itat P
rotozoa Protozoa umumnya hidup e as dan terdapat di lautan, lingkungan air tawa
r, atau daratan. Be erapa spesies ersifat parasitik, hidup pada organisme inang
. Inang
51
protozoa yang ersifat parasit dapat erupa organisme sederhana seperti algae, s
ampai verte rata yang kompleks, termasuk manusia. Be erapa spesies dapat tum uh
di dalam tanah atau pada permukaan tum uh-tum uhan. Semua protozoa memerlukan ke
lem a an yang tinggi pada ha itat apapun. Be erapa jenis protozoa laut merupakan
agian dari zooplankton. Protozoa laut yang lain hidup di dasar laut. Spesies y
ang hidup di air tawar dapat erada di danau, sungai, kolam, atau genangan air.
Ada pula protozoa yang tidak ersifat parasit yang hidup di dalam usus termit at
au di dalam rumen hewan ruminansia. 2. Morfologi Protozoa Protozoa tidak mempuny
ai dinding sel, dan tidak mengandung selulosa atau khitin seperti pada jamur dan
algae. Ke anyakan protozoa mempunyai entuk spesifik, yang ditandai dengan flek
si ilitas ektoplasma yang ada dalam mem ran sel. Be erapa jenis protozoa seperti
Foraminifera mempunyai kerangka luar sangat keras yang tersusun dari Si dan Ca.
Be erapa protozoa seperti Difflugia, dapat mengikat partikel mineral untuk mem
entuk kerangka luar yang keras. Radiolarian dan Heliozoan dapat menghasilkan ske
leton. Kerangka luar yang keras ini sering ditemukan dalam entuk fosil. Kerangk
a luar Foraminifera tersusun dari CaO2 sehingga koloninya dalam waktu jutaan tah
un dapat mem entuk atuan kapur.
Semua protozoa mempunyai vakuola kontraktil. Vakuola dapat erperan se agai pomp
a untuk mengeluarkan kele ihan air dari sel, atau untuk mengatur tekanan osmosa.
Jumlah dan letak vakuola kontraktil er eda pada setiap spesies. Protozoa dapat
erada dalam entuk vegetatif (trophozoite), atau entuk istirahat yang dise ut
kista. Protozoa pada keadaan yang tidak menguntungkan dapat mem entuk kista unt
uk mempertahankan hidupnya. Saat kista erada pada keadaan yang menguntungkan, m
aka akan erkecam ah menjadi sel vegetatifnya. Protozoa
52
merupakan sel tunggal, yang dapat ergerak secara khas menggunakan pseudopodia (
kaki palsu), flagela atau silia, namun ada yang tidak dapat ergerak aktif. Berd
asarkan alat gerak yang dipunyai dan mekanisme gerakan inilah protozoa dikelompo
kkan ke dalam 4 kelas. Protozoa yang ergerak secara amoe oid dikelompokkan ke d
alam Sarcodina, yang ergerak dengan flagela dimasukkan ke dalam Mastigophora, y
ang ergerak dengan silia dikelompokkan ke dalam Ciliophora, dan yang tidak dapa
t ergerak serat merupakan parasit hewan maupun manusia dikelompokkan ke dalam S
porozoa. Mulai tahun 1980, oleh Commitee on Systematics and Evolution of the Soc
iety of Protozoologist, mengklasifikasikan protozoa menjadi 7 kelas aru, yaitu
Sarcomastigophora, Ciliophora, Acetospora, Apicomplexa, Microspora, Myxospora, d
an La yrinthomorpha. Pada klasifikasi yang aru ini, Sarcodina dan Mastigophora
diga ung menjadi satu kelompok Sarcomastigophora, dan Sporozoa karena anggotanya
sangat eragam, maka dipecah menjadi lima kelas. Contoh protozoa yang termasuk
Sarcomastigophora adalah genera Monosiga, Bodo, Leishmania, Trypanosoma, Giardia
, Opalina, Amoe a, Entamoe a, dan Difflugia. Anggota kelompok Ciliophora antara
lain genera Didinium, Tetrahymena, Paramaecium, dan Stentor. Contoh protozoa kel
ompok Acetospora adalah genera Paramyxa. Apicomplexa eranggotakan genera Eimeri
a, Toxoplasma, Ba esia, Theileria. Genera Metchnikovella termasuk kelompok Micro
spora. Genera Myxidium dan Kudoa adalah contoh anggota kelompok Myxospora. 3. Fi
siologi Protozoa Protozoa umumnya ersifat aero ik nonfotosintetik, tetapi e er
apa protozoa dapat hidup pada lingkung ananaero ik (misal pada saluran pencernaa
n manusia atau ruminansia). Protozoa aero ik mempunyai mitokondria yang mengandu
ng enzim untuk meta olisme aero ik, dan untuk menghasilkan ATP melalui proses tr
ansfer elektron dan atom hidrogen ke oksigen. Protozoa umumnya mendapatkan makan
an dengan memangsa organisme lain ( akteri) atau partikel organik, aik secara f
agositosis maupun pinositosis. Protozoa yang hidup di lingkungan air, maka oksid
eng dan air maupun molekul-molekul kecil dapat erdifusi melalui mem ran sel. Se
nyawa makromolekul yang tidak dapat erdifusi melalui mem ran, dapat masuk sel s
ecara pinositosis. Tetesan cairan masuk melalui
53
saluran pada mem ran sel, saat saluran penuh kemudian masuk ke dalam mem ran yan
g erikatan denga vakuola. Vakuola kecil ter entuk, kemudian di awa ke agian da
lam sel, selanjutnya molekul dalam vakuola dipindahkan ke sitoplasma. Partikel m
akanan yang le ih esar dimakan secara fagositosis oleh sel yang ersifat amoe o
id dan anggota lain dari kelompok Sarcodina. Partikel dikelilingi oleh agian me
m ran sel yang fleksi el untuk ditangkap kemudian dimasukkan ke dalam sel oleh v
akuola esar (vakuola makanan). Ukuran vakuola mengecil kemudian mengalami penga
saman. Lisosom mem erikan enzim ke dalam vakuola makanan terse ut untuk mencerna
kan makanan, kemudian vakuola mem esar kem ali. Hasil pencernaan makanan didispe
rsikan ke dalam sitoplasma secara pinositosis, dan sisa yang tidak tercerna dike
luarkan dari sel. Cara inilah yang digunakan protozoa untuk memangsa akteri. Pa
da kelompok Ciliata, ada organ mirip mulut di permukaan sel yang dise ut sitosom
. Sitosom dapat digunakan menangkap makanan dengan di antu silia. Setelah makana
n masuk ke dalam vakuola makanan kemudian dicernakan, sisanya dikeluarkan dari s
el melalui sitopig yang terletak disamping sitosom. 4. Perkem ang iakan Protozoa
Protozoa dapat erkem ang iak secara seksual dan aseksual. Secara aseksual pro
tozoa dapatmengadakan pem elahan diri menjadi 2 anak sel ( iner), tetapi pada Fl
agelata pem elahan terjadi secara longitudinal dan pada Ciliata secara transvers
al. Be erapa jenis protozoa mem elah diri menjadi anyak sel (schizogony). Pada
pem elahan schizogony, inti mem elah e erapa kali kemudian diikuti pem elahan s
el menjadi anyak sel anakan. Perkem ang iakan secara seksual dapat melalui cara
konjugasi, autogami, dan sitogami. Protozoa yang mempunyai ha itat atau inang l
e ih dari satu dapat mempunyai e erapa cara perkem ang iakan. Se agai contoh sp
esies Plasmodium dapat melakukan schizogony secara aseksual di dalam sel inang m
anusia, tetapi dalam sel inang nyamuk dapat terjadi perkem ang iakan secara seks
ual. Protozoa umumnya erada dalam entuk diploid. Protozoa umumnya mempunyai ke
mampuan untuk memper aiki selnya yang rusak atau terpotong. Be erapa Ciliata dap
at memper aiki selnya yang tinggal 10 % dari volume sel asli asalkan inti selnya
tetap ada.
54
VII. ENZIM MIKROBA Enzim adalah katalisator organik ( iokatalisator) yang dihasi
lkan oleh sel. Enzim erfungsi seperti katalisator anorganik, yaitu untuk memper
cepat reaksi kimia. Setelah reaksi erlangsung, enzim tidak mengalami peru ahan
jumlah, sehingga jumlah enzim se elum dan setelah reaksi adalah tetap. Enzim mem
punyai selektivitas dan spesifitas yang tinggi terhadap reaktan yang direaksikan
dan jenis reaksi yang dikatalisasi. A. MEKANISME BEKERJANYA ENZIM Enzim meningk
atkan kecepatan reaksi dengan cara menurunkan energi aktivasi. Energi aktivasi a
dalah energi yang diperlukan untuk mengaktifkan suatu reaktan sehingga dapat er
eaksi untuk mem entuk senyawa lain. Energi potensial hasil reaksi menjadi le ih
rendah dari pada pereaksi, sehingga kesetim angan reaksi menuju ke hasil reaksi.
Adanya enzim menye a kan energi aktivasi menjadi le ih rendah, tetapi enzim tid
ak mempengaruhi letak kesetim angan reaksi. Saat erlangsungnya reaksi enzimatik
terjadi ikatan sementara antara enzim dengan su stratnya (reaktan). Ikatan seme
ntara ini ersifat la il dan hanya untuk waktu yang singkat saja. Selanjutnya ik
atan enzim-su strat akan pecah menjadi enzim dan hasil akhir. Enzim yang terlepa
s kem ali setelah reaksi dapat erfungsi lagi se agai iokatalisator untuk reaks
i yang sama. E+S ES E+P
Keterangan: E : Enzim, S: Su strat (reaktan), ES: ikatan sementara, P: Hasil rea
ksi Sistem enzim-su strat untuk tiap-tiap reaksi enzimatik ersifat khusus. Kest
a ilan ikatan enzim-su strat ditentukan oleh konstanta Michaelis (Km). B. STRUKT
UR ENZIM Pada umumnya enzim tersusun dari protein. Protein penyusun enzim dapat
erupa protein sederhana atau protein yang terikat pada gugusan non-protein. Ban
yak enzim yang hanya terdiri protein saja, misal tripsin.
55
Dialisis enzim dapat memisahkan agian- agian protein, yaitu agian protein yang
dise ut apoenzim dan agian nonprotein yang erupa koenzim, gugus prostetis dan
kofaktor ion logam. Masing-masing agian terse ut apa ila terpisah menjadi tida
k aktif. Apoenzim apa ila erga ung dengan agian nonprotein dise ut holoenzim y
ang ersifat aktif se agai iokatalisator. Koenzim dan gugus prostetik erfungsi
sama. Koenzim adalah agian yang terikat secara lemah pada apoenzim (protein).
Gugus prostetik adalah agian yang terikat dengan kuat pada apoenzim. Koenzim e
rfungsi menentukan jenis reaksi kimia yang dikatalisis enzim. Ion logam merupaka
n komponen yang sangat penting, diperlukan untuk memantapkan struktur protein de
ngan adanya interaksi antar muatan. C. PENGGOLONGAN ENZIM Enzim dapat digolongka
n erdasarkan tempat ekerjanya, su strat yang dikatalisis, daya katalisisnya, d
an cara ter entuknya. Umumnya pem erian nama enzim didasarkan atas nama su strat
yang dikatalisis atau daya katalisisnya dengan penam ahan kata –ase. Misal prot
einase adalah enzim yang dapat mengkatalisis pemecahan protein. 1. Penggolongan
enzim erdasarkan tempat ekerjanya a. Endoenzim Endoenzim dise ut juga enzim in
traseluler, yaitu enzim yang ekerjanya di dalam sel. Umumnya merupakan enzim ya
ng digunakan untuk proses sintesis di dalam sel dan untuk pem entukan energi (AT
P) yang erguna untuk proses kehidupan sel, misal dalam proses respirasi. . Eks
oenzim Eksoenzim dise ut juga enzim ekstraseluler, yaitu enzim yang ekerjanya d
i luar sel. Umumnya erfungsi untuk “mencernakan” su strat secara hidrolisis, un
tuk dijadikan molekul yang le ih sederhana dengan BM le ih rendah sehingga dapat
masuk melewati mem ran sel. Energi yang di e askan pada reaksi pemecahan su str
at di luar sel tidak digunakan dalam proses kehidupan sel.
56
2. Penggolongan enzim erdasarkan daya katalisis a. Oksidoreduktase Enzim ini me
ngkatalisis reaksi oksidasi-reduksi, yang merupakan pemindahan elektron, hidroge
n atau oksigen. Se agai contoh adalah enzim elektron transfer oksidase dan hidro
gen peroksidase (katalase). Ada e erapa macam enzim elektron transfer oksidase,
yaitu enzim oksidase, oksigenase, hidroksilase dan dehidrogenase. Enzim- enzim
terse ut mengkatalisis reaksi-reaksi se agai erikut: - Oksidase mengkatalisis 2
macam reaksi: O2 + (4e- + 4 H+) O2 + (2e- + 4 H+) - Oksigenase (transferase oks
igen): O2 + 2 su strat - Hidroksilase : su strat + ½ O2 2 koenzim-H + ½ O2 - Deh
idrogenase: NaNO3 + (e-+ H+) Na2SO4 + (e + H ) Na2CO3 + (e + H ) - Hidrogen pero
ksidase: 2 H2O2 . Transferase Transferase mengkatalisis pemindahan gugusan mole
kul dari suatu molekul ke molekul yang lain. Se agai contoh adalah e erapa enzi
m se agai erikut: - Transaminase adalah transferase yang memindahkan gugusan am
ina. - Transfosforilase adalah transferase yang memindahkan gugusan fosfat. - Tr
ansasilase adalah transferase yang memindahkan gugusan asil. c. Hidrolase Enzim
ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis, dengan contoh enzim adalah: - Kar ok
silesterase adalah hidrolase yang menghidrolisis gugusan ester kar oksil. - Lipa
se adalah hidrolase yang menghidrolisis lemak (ester lipida). - Peptidase adalah
hidrolase yang menghidrolisis protein dan polipeptida. d. Liase Enzim ini erfu
ngsi untuk mengkatalisis pengam ilan atau penam ahan gugusan dari suatu molekul
tanpa melalui proses hidrolisis, se agai contoh adalah:
+ +
2 H2O H2O2 2 su strat-O
su strat-O 2 koenzim + H2O NaNO2 H2S CH4 2 H2O + O2
57
- L malat hidroliase (fumarase) yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi pengam ila
n air dari malat sehingga dihasilkan fumarat. - Dekar oksiliase (dekar oksilase)
yaitu enzim yang mengkatalisis reaksi pengam ilan gugus kar oksil. e. Isomerase
Isomerase meliputi enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi isomerisasi, yaitu: -
Rasemase, meru ah l-alanin D-alanin D-xylulosa-5-fosfat cisrentolal dihidroksi a
seton suksinil-CoA - Epimerase, meru ah D-ri ulosa-5-fosfat - Cis-trans isomeras
e, meru ah transmetinal fosfat - Intramolekul transferase atau mutase, meru ah m
etilmalonil-CoA f. Ligase Enzim ini mengkatalisis reaksi pengga ungan 2 molekul
dengan di e askannya molekul pirofosfat dari nukleosida trifosfat, se agai conto
h adalah enzim asetat=CoA-SH ligase yang mengkatalisis rekasi se agai erikut: A
setat + CoA-SH + ATP Asetil CoA + AMP + P-P
- Intramolekul ketol isomerase, meru ah D-gliseraldehid-3-fosfat
g. Enzim lain dengan tatanama er eda Ada e erapa enzim yang penamaannya tidak
menurut cara di atas, misalnya enzim pepsin, triosin, dan se againya serta enzim
yang termasuk enzim permease. Permease adalah enzim yang erperan dalam menentu
kan sifat selektif permia el dari mem ran sel. 3. Penggolongan enzim erdasar ca
ra ter entuknya a. Enzim konstitutif Di dalam sel terdapat enzim yang merupakan
agian dari susunan sel normal, sehingga enzim terse ut selalu ada umumnya dalam
jumlah tetap pada sel hidup. Walaupun demikian ada enzim yang jumlahnya dipenga
ruhi kadar su stratnya, misalnya
58
enzim amilase. Sedangkan enzim-enzim yang erperan dalam proses respirasi jumlah
nya tidak dipengaruhi oleh kadar su stratnya. . Enzim adaptif Peru ahan lingkun
gan mikro a dapat menginduksi ter entuknya enzim tertentu. Induksi menye a kan k
ecepatan sintesis suatu enzim dapat dirangsang sampai e erapa ri u kali. Enzim
adaptif adalah enzim yang pem entukannya dirangsang oleh adanya su strat. Se aga
i contoh adalah enzim eta galaktosidase yang dihasilkan oleh akteri E.coli yan
g ditum uhkan di dalam medium yang mengandung laktosa. Mulamula E. coli tidak da
pat menggunakan laktosa sehingga awalnya tidak nampak adanya pertum uhan (fase l
ag/fase adaptasi panjang) setelah e erapa waktu aru menampakkan pertum uhan. S
elama fase lag terse ut E. coli mem entuk enzim eta galaktosidase yang digunaka
n untuk merom ak laktosa. D. FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI REAKSI ENZIMATIK Pr
otein adalah agian utama enzim yang dihasilkan sel, maka semua hal yang dapat m
empengaruhi protein dan sel akan erpengaruh terhadap reaksi enzimatik. 1. Su st
rat (reaktan) Kecepatan reaksi enzimatik umumnya dipengaruhi kadar su strat. Pen
am ahan kadar su strat sampai jumlah tertentu dengan jumlah enzim yang tetap, ak
an mempercepat reaksi enzimatik sampai mencapai maksimum. Penam ahan su strat se
lanjutnya tidak akan menam ah kecepatan reaksi. Kecepatan reaksi enzimatik juga
dipengaruhi kadar enzim, jumlah enzim yang terikat su strat (ES) dan konstanta M
ichaelis (Km). Km menggam arkan mesetim angan disosiasi kompleks ES menjadi enzi
m dan su strat. Nilai Km kecil erarti enzim mempunyai afinitas tinggi terhadap
su strat maka kompleks ES sangat mantap, sehingga kesetim angan reaksi kearah ko
mpleks ES. Apa ila nilai Km esar erarti enzim mempunyai afinitas rendah terhad
ap su strat, sehingga kesetim angan reaksi kearah E + S. 2. Suhu Seperti reaksi
kimia pada umumnya, maka reaksi enzimatik dipengaruhi oleh suhu. Kenaikan suhu s
ampai optimum akan diikuti pula oleh kenaikan kecepatan reaksi enzimatik. Kepeka
an enzim terhadap suhu pada keadaan suhu mele ihi optimum
59
dise a kan terjadinya peru ahan fisikokimia protein penyusun enzim. Umumnya enzi
m mengalami kerusakan (denaturasi) pada suhu diatas 50oC. Walaupun demikian ada
e erapa enzim yang tahan terhadap suhu tinggi, misalnya taka-diastase dan trips
in. 3. Kemasaman (pH) pH dapat mempengaruhi aktivitas enzim. Daya katalisis enzi
m menjadi rendah pada pH rendah maupun tinggi, karena terjadinya denaturasi prot
ein enzim. Enzim mempunyai gugus aktif yang ermuatan positif (+) dan negatif (-
). Aktivitas enzim akan optimum kalau terdapat keseim angan antara kedua muatann
ya. Pada keadaan masam muatannya cenderung positif, dan pada keadaan asis muata
nnya cenderung negatif sehinggaaktivitas enzimnya menjadi erkurang atau ahkan
menjadi tidak aktif. pH optimum untuk masing-masing enzim tidak selalu sama. Se
agai contoh amilase jamur mempunyai pH optimum 5,0, arginase mempunyai pH optimu
m 10. 4. Pengham at enzim (inhi itor) Inhi itor enzim adalah zat atau senyawa ya
ng dapat mengham at enzim dengan e erapa cara pengham atan se agai erikut: a.
Pengham at ersaing (kompetitif) Pengham atan dise a kan oleh senyawa tertentu y
ang mempunyai struktur mirip dengan su strat saat reaksi enzimatik akan terjadi.
Misalnya asam malonat dapat mengham at enzim dehidrogenase suksinat pada pem en
tukan asam fumarat dari suksinat. Struktur asam suksinat mirip dengan asam malon
at. Dalam reaksi ini asam malonat ersaing dengan asam suksinat (su strat) untuk
dapat erga ung dengan agian aktif protein enzim dehidrogenase. Pengham atan o
leh inhi itor dapat dikurangi dengan menam ah jumlah su strat sampai erle ihan.
Daya pengham atannya dipengaruhi oleh kadar pengham at, kadar su strat dan akti
vitas relatif antara pengham at dan su strat. . Pengham at tidak ersaing (non-
kompetitif) Zat-zat kimia tertentu mempunyai afinitas yang tinggi terhadap ion l
ogam penyusun enzim. Senyawa-senyawa seperti sianida, sulfida, natrium azida, da
n kar on monooksida adalah senyawa pengham at untuk enzim yang mengandung Fe, ya
itu dengan terjadinya reaksi antara senyawa-senyawa terse ut dengan ion Fe yang
menye a kan enzim menjadi tidak aktif. Merkuri (Hg) dan perak (Ag) merupakan pen
gham at enzim yang mengandung gugusan sulfhidril (-SH).
60
Pada
pengham atan nonkompetitif
tidak
terjadi
persaingan
antara
zat
pengham at dengan su strat. Misalnya enzim sitokrom oksidase diham at oleh CO (k
ar on monooksida) dengan mengikat Fe yang merupakan gugusan aktif enzim terse ut
. Pengham atan nonkompetitif tidak dapat dikurangi dengan penam ahan jumlah su s
trat, oleh karena daya pengham atannya dipengaruhi oleh kadar pengham at dan afi
nitas pengham at terhadap enzim. c. Pengham at umpan alik (feed ack inhi itor)
Pengham atan umpan alik dise a kan oleh hasil akhir suatu rangkaian reaksi enz
imatik yang mengham at aktifitas enzim pada reaksi pertama. Hasil akhir reaksi j
uga mempengaruhi pem entukan enzim, yang dapat digam arkan se agai erikut:
Enzim a A B
Enzim C
Enzim c D
Enzim d X X
Keterangan: A,B,C,D: su strat enzim a, ,c,d. X: hasil akhir reaksi enzimatik yan
g mengham at sintesis enzim a. d. Pengham at represor Represor adalah hasil akhi
r suatu rangkaian reaksi enzimatik yang dapat mempengaruhi atau mengatur pem ent
ukan enzim-enzim pada reaksi se elumnya. Gam aran skematik reaksinya adalah se a
gai erikut:
Enzim a A B
Enzim C
Enzim c D
Enzim d
X X
Keterangan: A,B,C,D: su strat enzim a, ,c,d. X: hasil akhir reaksi enzimatik yan
g mengham at sintesis enzim a, ,c,d. e. Pengham at alosterik Pengham at alosteri
k adalah pengham at yang dapat mempengaruhi enzim alosterik. Enzim alosterik ada
lah enzim yang mempunyai dua agian aktif, yaitu agian aktif yang menangkap su
strat dan agian yang menangkap pengham at. Apa ila ada
61
senyawa yang dapat memasuki agian yang menangkap pengham at maka enzim menjadi
tidak aktif, senyawa pengham at terse ut merupakan pengham at alosterik. Struktu
r senyawa pengham at alosterik tidak mirip dengan struktur su strat. Pengikatan
pengham at alosterik pada enzim menye a kan enzim tidak aktif, sehingga su strat
tidak dapat dikatalisis dan tidak menghasilkan produk. Apa ila enzim menangkap
su strat maka pengham at tidak dapat terikat pada enzim, sehingga enzim dapat ak
tif mereaksikan su strat menjadi produk. 5. Aktivator (penggiat) atau kofaktor A
ktivator atau kofaktor adalah suatu zat yang dapat mengaktifkan enzim yang semul
a elum aktif. Enzim yang elum aktif dise ut pre-enzim atau zymogen (simogen).
Kofaktor dapat er entuk ion-ion dari unsur H, Fe, Cu, Mg, Mo, Zn, Co, atau eru
pa koenzim, vitamin, dan enzim lain. 7. Penginduksi (induktor) Induktor adalah s
uatu su strat yang dapat merangsang pem entukan enzim. Se agai contoh adalah lak
tosa dapat menginduksi pem entukan enzim eta galaktosidase.
Lactose = glucose + galactose
β -galactosidase
iomass
Galactose transporter time
62
VIII. BIOENERGETIK MIKROBA
Bioenergetik mikro a mempelajari penghasilan dan penggunaan energi oleh mikro a.
Mikro a melakukan proses meta olisme yang merupakan serangkaian reaksi kimia ya
ng luar iasa anyaknya. Proses ini terdiri atas kata olisme yang merupakan pros
es perom akan ahan disertai pem e asan energi (reaksi eksergonik), dan ana olis
me yaitu merupakan proses iosintesis yang memerlukan energi (reaksi endergonik)
.
A. BIOOKSIDASI DAN PEMINDAHAN ENERGI Energi yang erasal dari cahaya harus diu a
h menjadi energi kimia se elum digunakan dalam reaksi endergonik. Dalam sel, ene
rgi kimia terdapat dalam entuk gugus organik erenergi tinggi. Gugus ini mengan
dung S atau P. Adenosin trifosfat (ATP) salah satu gugus erenergi tinggi yang t
erpenting. Bila kedua gugus fosfatnya dihidrolisis masing-masing menghasilkan 12
000 kal/fosfat, sedang fosfat yang ketiga hanya menghasilkan 1500 kal. Energi ya
ng di e askan ATP tergantung pada keadaan hidrolisisnya, terutama pH dan kadar r
eaktan.
Meskipun ATP mengandung 2 fosfat erenergi tinggi, dalam reaksi umumnya hanya sa
tu fosfat erenergi tinggi digunakan untuk aktivasi. Oksidasi dalam sel dikatali
sis oleh ensim yang mempunyai kofaktor atau gugus prostetis penerima proton atau
elektron dari su strat dan mem erikannya kepada aseptor lewat perantara yang me
mpunyai potensial redoks (Eo’) le ih tinggi dari pada donornya. Pem awa elektron
yang terpenting adalah NAD, FMN, dan sitokrom. 1. Nikotinamid adenin dinukleoti
d (NAD) NAD erfungsi menerima hidrogen dari su strat yang direduksi 2. Flavin a
denin mononukleotida (FMN) dan flavin adenin dinukleotida (FAD) Senyawa ini mene
rima hidrogen dari NADH2 atau langsung dari su strat.
63
3. Sitokrom (Cyt a, , c) Setiap sitokrom mempunyai Eo’ yang er eda- eda, tetap
i semuanya mengandung haem se agai gugus prostetisnya dengan Fe se agai aseptor
elektron. Oksigen ereaksi dengan elektron menjadi ion O- dan dengan ion H+ mem
entuk H2O. Gam ar erikut menunjukkan reaksi oksidasi su strat lewat sistem tran
spor elektron, dengan nilai Eo’ masing-masing pem awa dan tempat reaksi pem entu
kan ATP.
Hu ungan antara peru ahan energi e as dengan peru ahan per edaan energi potensi
al yang terjadi ila elektron lewat suatu sistem s : Fo = -nF Eo Fo = peru ahan
energi e as (kal/mol) pada keadaan standar n = jumlah elektron yang lewat Eo =
per edaan potensial (volt) F = konstanta Farady (23.063 kal/volt equvalen) Untu
k sistem iologi, n iasanya 2 dan Fo diganti F’ karena tidak pada keadaan stand
ar, sehingga: F’ = -46.126 x Eo’ Bila eda potensial suatu sistem se elum dan se
sudah oksidasi diketahui, dari persamaan diatas dapat dihitung jumlah energi yan
g di e askan selama oksidasi. Misalnya ila elektron lewat NADH2 ke O2, Eo’ = 1,
14 volt, maka F’ = -52.000 kal. Teoritis reaksi ini menghasilkan 4 fosfat erene
rgi tinggi. Bila reaksi ini dipelajari dengan mitokondria yang diisolasi dari ma
malia, khamir dan jamur, ternyata oksidasi terse ut hanya menghasilkan 3 ATP dar
i setiap atom oksigen yang digunakan. Jadi efisiensinya hanya 70%. Ta el 3.1 men
unjukkan Eo e erapa sistem oksidasi reduksi iologi yang terpenting. Disini dit
unjukkan energi terhitung yang di e askan ila elektron dari su strat pada Eo’ d
ari ketoglutarat lewat NAD dan sistem sitokrom ke oksigen. Ditunjukkan pula juml
ah P yang di entuk dalam mitokondria selama oksidasi. Terlihat
64
ahwa tidak semua energi yang di e askan diu ah menjadi gugus fosfat erenergi t
inggi. Se agian energi diu ah menjadi panas. Tidak semua mikro ia mempunyai ensi
m transpor elektron lengkap. Lacto acillus dan Clostridium tidak mempunyai sitok
rom meskipun mempunyai ensim dengan piridin nukleotida dan gugus prostetis flavo
protein. Lacto acillus mempunyai flavoprotein-oksidase yang dapat menggunakan O
2 se agai aseptor elektron terakhir; tetapi dengan adanya O2, di entuk H2O2 uka
n H2O. Be erapa spesies Streptococcus, Aceto acter, dan khamir mempunyai ensim p
eroksidase (katalase) yang mereoksidasi su strat tereduksi (misalnya Cyt C tered
uksi, atau NAD tereduksi) dengan adanya peroksidase dan ion H+. Hasil reaksinya
su strat yang teroksidasi dan air. Suatu reaksi oksidasi-reduksi dise ut ferment
asi (respirasi anaero ) apa ila se agai aseptor elektron yang terakhir ukan oks
igen, dan dise ut respirasi (respirasi aero ) apa ila aseptor elektron terakhirn
ya oksigen. Pada respirasi anaero se agai aseptor elektronnya dapat digunakan z
at anorganik seperti NO3- yang direduksi menjadi NO2-, N2O, N2; SO4= menjadi H2S
; CO2 menjadi CH4. Se agai aseptor dapat pula digunakan zat organik, seperti asa
m fumarat yang direduksi manjadi asam suksinat. Jasad anaero dan anaero fakult
atif yang ditum uhkan secara anaero mempunyai cara lain mereoksidasi pem awa hi
drogen yang tereduksi. Hal ini sering dilakukan dengan mengim angi reaksi oksida
si su strat dengan reaksi reduksi lain, sehingga terakumulasi hasil akhir yang t
ereduksi. Misalnya Lacto acillus dalam glikolisis mereduksi asam piruvat menjadi
asam laktat (lihat gam ar). Be erapa Clostridium secara anaero memfermentasi g
lukosa mereoksidasi pem awa hidrogen yang tereduksi dengan reduksi aseto-asetat
(se agai kompleks koensim A) menjadi asam utirat dan utanol. Khamir mereduksi
asetaldehid menjadi alkohol. Be erapa akteri enterik mereduksi asam dikar oksil
at, oksalat, malat, dan fumarat menjadi suksinat; sedang aseton direduksi menjad
i 2,3 utylene-glycol agar dapat mengoksidasi flavin dan nikotinamid yang teredu
ksi. Be erapa spesies Pseudomonas dan Thio acillus dapat menggunakan nitrat se a
gai aseptor elektron; mereduksi nitrat menjadi gas N2. Banyak spesies akteri da
n jamur dapat mereduksi nitrat menjadi nitrit. Be erapa akteri dapat mereduksi
sulfat menjadi sulfit se agai sarana untuk mereoksidasi pem awa hidrogen.
65
Jadi mikro ia terutama akteri dapat mereoksidasi pem awa hidrogen tanpa adanya
oksigen. Be erapa diantaranya telah dimanfaatkan secara komersial, misalnya untu
k fermentasi asam laktat dan alkohol. Pem entukan ATP pada reaksi fosforilasi te
rhadap ADP pada prinsipnya ada tiga tingkat, yaitu: (1) fosforilasi pada tingkat
su strat (fermentatif), (2) fosforilasi tingkat transpor elektron (oksidatif pa
da respirasi), dan (3) fosforilasi fotosintetik. B. FERMENTASI Glukosa dapat dim
eta olisme oleh hampir semua jasad untuk sum er kar on dan energi. Fermentasi me
rupakan agian perom akan gula secara anaero . Banyak jasad yang dapat melakukan
fermentasi lewat (jalur) rangkaian reaksi kimia tertentu. 1. Jalur Emden-Meyerh
of-Parnas (EMP) Reaksi ini dise ut glikolisis, pemecahan gula secara anaero sam
pai asam piruvat yang dilakukan oleh ke anyakan jasad dari tingkat tinggi hingga
tingkat rendah. Reaksi glikolisis terjadi dalam sitoplasma dan tidak menggunaka
n oksigen se agai aseptor elektronnya, melainkan zat lain. Asam piruvat mempunya
i kedudukan yang penting karena merupakan titik pusat dari er agai reaksi pemec
ahan maupun pem entukan. Jasad yang fakultatif anaero misalnya Saccharomyces ce
revisiae melakukan fermentasi gula secara anaero menjadi alkohol dan CO2. Lacto
acillus spp. yang homo fermentatif merom ak gula secara anaero menjadi asam la
ktat. Jasad yang o ligat anaero seperti Clostridium spp. memecah gula menjadi a
seton, utanol, utirat, ds . Jasad aero melakukan proses glikolisis se agai a
gian pertama dari pemecahan kar ohidrat secara anaero , yang akan diteruskan pad
a agian kedua yang aero . Pada otot manusia dan inatang yang kurang gerak akan
tertim un asam laktat, se a glikolisis tidak diteruskan ke tingkat aero melai
nkan ke asam laktat. Jasad yang melakukan fermentasi lewat glikolisis hanya meng
hasilkan 2 mol ATP dari setiap glukosa yang dimeta olisme. 2. Jalur Entner-Doudo
roff (ED) Reaksi ini dilakukan oleh e erapa jasad antara lain Pseudomonas spp.
yang dapat mem entuk alkohol dari gula lewat agan ini. Pada setiap pemecahan 1
mol glukosa dihasilkan juga 1 ATP, 1 NADH2 dan 1 NADPH2. Pada P. lindneri 2 asam
piruvat dipecah menjadi 2 etanol dan 2 CO2; sedang pada Pseudomonas yang lain 2
asam piruvat diu ah menjadi 1 etanol, 1 asam laktat dan 1 CO2.
66
3. Jalur Heksosa Mono Fosfat (HMP) Selain lewat EMP anyak jasad yang dapat mero
m ak gula lewat HMP. Reaksi ini erguna untuk mem entuk gula pentosa dll, untuk
keperluan iosintesis. Reaksi erlangsung lewat gula C5, ri ulosa 5-fosfat, yang
merupakan prekursor gula ri osa, deoksiri osa, komponen asam nukleat, asam amin
o aromatik, ensim, ATP, NAD, FAD dan se againya. HMP tidak langsung menghasilkan
energi, tetapi terutama mem entuk NADPH2. 4. Jalur Heterofermentatif akteri as
am laktat Kelompok akteri asam laktat selain menghasilkan asam laktat secara ho
mofermentatif (misalnya Lacto acillus spp.), juga secara heterofermentatif (misa
lnya Leuconostoc spp., Streptococcus spp., ds ). Pada fermentasi secara heterofe
rmentatif selain asam laktat dihasilkan pula asam asetat, etanol dan CO2. 5. Jal
ur Meta olisme asam piruvat secara anaero Banyak jasad anaero yang mempunyai e
nsim er eda- eda yang digunakan dalam perom akan asam piruvat. Clostridium terg
antung spesiesnya, dapat meru ah asam piruvat menjadi asam utirat, asam asetat,
aseton, utanol, etanol, CO2, dan H2. Bakteri enterik seperti Escherichia coli
dan Aero acter aerogenes dapat meru ah asam piruvat menjadi asam suksinat, aseta
t, laktat, etanol, CO2, dan H2 (atau format). A. aerogenes juga menghasilkan 2,3
- utilen-glikol. Salmonella sp. mempunyai pola meta olisme yang sama dengan E. c
oli, tetapi le ih anyak menghasilkan asam format, dari pada H2 dan CO2 seperti
pada E. coli. C. RESPIRASI Respirasi adalah proses oksidasi iologis dengan O2 s
e agai aseptor elektronnya yang terakhir. Pada jasad eukariotik proses ini terja
di di dalam mitokondria, sedang pada jasad prokariotik terjadi di awah mem ran
plasma atau pada mesosome. Proses ini adalah fase kedua yang aero dari perom ak
an gula fase pertama yang anaero (glikolisis). Pada respirasi dihasilkan anyak
energi yang dapat digunakan untuk proses iosintesis. Reaksi ini lewat agan te
rutama siklus Kre s, meskipun ada yang lewat tero osan asam glioksilat. 1. Siklu
s Kre s (Siklus TCA) Reaksi ini selain penting untuk pem entukan energi juga pen
ting untuk iosintesis, se a dapat menyediakan kerangka kar on untuk er agai s
enyawa
67
penting dalam sel. Pada ke anyakan akteri, asam glutamat adalah asam amino kunc
i yang di entuk dari sum er amonia dan kar on. Banyak pula akteri yang dapat me
reaksikan amonia dengan asam fumarat mem entuk aspartat. Dengan transaminasi asa
m amino ini erfungsi se agai donor amino terhadap asam alfa-keto seperti asam p
iruvat, oksalat, alfa-keto-isovalerat untuk mem entuk asam amino. Titik penting
lainnya ialah suksinil-ScoA yang ereaksi dengan asam pirol, mem entuk cincin pi
rol. Siklus Kre s sering pula dise ut siklus asam tri ak oksilat (siklus TCA), a
tau siklus asam sitrat.
68
Jalur meta olisme utama Pada siklus Kre s satu molekul asam piruvat yang dioksid
asi sempurna menjadi CO2 dan H2O menghasilkan 15 ATP. Satu molekul glukosa yang
dimeta olisme lewat glikolisis dan siklus Kre s secara sempurna menjadi CO2 dan
H2O menghasilkan 38 ATP (lihat perhitungan).
69
2. Siklus asam glioksilat
Penggunaan hasil antara untuk iosintesis Bakteri dan jamur tertentu dapat mengg
unakan su strat kar on C2. Jasad ini mempunyai ensim lengkap dari siklus Kre s d
engan tam ahan ensim isositrase yang dapat memecah isositrat menjadi suksinat da
n glioksilat, dan ensim malat sintetase
70
yang menye a kan kondensasi asam glioksilat dengan Ace-CoA menjadi malat. Dengan
kedua siklus ini sel dapat mem entuk alfa-ketoglutarat yang diperlukan untuk i
osintesis. Dan jika asam malat mengalami dekar oksilasi menjadi fosfo-enol-piruv
at, dengan reaksi alik glikolisis dan HMP dapat di entuk heksosa dan pentosa. D
. FOTOSINTESIS Fosforilasi pada fotosintesis menggunakan cahaya se agai sum er e
nergi. Proses ini menggunakan pigmen klorofil untuk menga sorpsi energi cahaya d
an mengu ahnya menjadi energi kimia. Berdasarkan a sorpsi spektrumnya di edakan
klorofil a, , c, d, e, dan klorofil akteri. Disamping itu ada pigmen tam ahan
untuk menangkap energi dan melindungi klorofil, seperti karotinoid, iliprotein,
fikoeritrin, dan fiko ilin. Energi foton cahaya:
E = hν = h
c
λ
h = kostata P ak = 6,555 x 10-23 ν = frekuesi cahaya c = kecepata cahaya λ
= pajag ge ombag cahaya jadi eergi cahaya sebadig dega frekuesiya da
berbadig terba ik dega pajag ge ombag. Eergi macam-macam cahaya dapat di
ihat pada tabe . Jika k orofi  terkea cahaya, aka megabsorpsi sebesar h sehi
gga teragsag da membebaska e ektro; k orofi  mejadi bermuata positif: K 
+ hν K - + eE ektro yag epas aka bergerak ewat sistem traspor e ektro da
 kemba i ke pusat reaksi k orofi . Da am perja aaya e ektro mega ami peur
ua eergi, yag diubah mejadi eergi kimia, yaitu utuk fosfori asi ADP da r
eduksi NADP. Pada baketri fotofosfori asi terjadi secara sik is. Artiya tidak m
egguaka e ektro dari sumber ai. Cahaya yag diguaka ada ah merah atau i
fra merah ( ihat baga). Pada tumbuha da gaggag fotofosfori asi terjadi seca
ra o-sik is. Disii ada 2 pusat reaksi da 2 sistem traspor e ektro. Pusat r
eaksi 1 megguaka cahaya ifra merah da pusat reaksi 2 cahaya biru.
71
E. PENGGUNAAN ENERGI OLEH JASAD Eergi diguaka da am setiap reaksi edergoik,
da juga reaksi eksergoik. Utuk memu ai reaksi diper uka eergi aktivasi. Da
am setiap reaksi esim mempuyai peraa petig. Proses yag memer uka eergi
atara ai proses biositesis mo eku  keci  da mo eku  makro, yag akhirya m
e uju ke pertumbuha da pembiaka; peyerapa usur makaa, gerak, da sebagai

ya. F. KATABOLISME MAKROMOLEKUL 1. Peruraia karbohidrat Karbohidrat ada ah po 
isakarida, suatu po imer dari sedehaa (g ukosa, ga aktosa, fruktosa, dsb). Cot
oh perombaka karbohidrat dapat di ihat pada tabe . Esim pemecah po isakarida d
ibedaka mejadi eksohidro ase yag memutus rataia gu a secara teratur dari uj
ug, da edohidro ase yag memutus rataia gu a secara radom di tegah. Sebag
ai cotoh misa ya a fa-ami ase (eksohidro ase) memutus rataia g ukosa dari am
i um dua-dua mu ai dari ujug o reduksi, sedag betaami ase memutus rataia g
ukosa di sembarag tempat di tegah-tegah. Kedua esim ii memutus ikata a fa
-1,4-g ikosida dari ami um. Esim yag memutus ratai cabag g ukosa dari ami o-
pekti, kompoe ami um yag bercabag, ia ah g ukoami ase yag memecah a fa-1,6
-g ikosoda. 2. Peruraia emak Lemak ada ah ester dari g isero  da asam emak (
trig iserida). Lemak kadagkadag megadug zat ai seperti fosfat, protei, k
arbohidrat sebagai peggati sa ah satu asam emakya. Esim ipase memecah ema
k mejadi g isero  da asam emak. G isero  dirombak ebih ajut ewat g iko is
is (EMP). Asam emak mega ami betaoksidasi mejadi asam asetat, sebagai Ace-CoA
dimetabo isme ebioh ajut ewat sik us Krebs. Baga beta-oksidasi dapat di ih
at pada gambar. 3. Peruraia protei Protei ada ah po i-peptida dega struktur
tertetu, suatu hetero-po imer dari asam amio. Esim protease (po i-peptidase,
o igo-peptidase, di-peptidase) merombak protei mejadi peptida yag ebih sede
rhaa atau asam amio. Se ajutya asam amio mega ami trasamiasi, deamiasi,
dekarboksi asi, atau dehidrogeasi mejadi zat ai yag ebih sederhaa yag s
e ajutya dapat dimetabo isme atara ai ewat sik us Krebs.
72
4. Peruraia asam uk eat Asam uk eat (DNA da RNA) ada ah heteropo imer dari 
uk eotida. Esim uk ease, uk eotidase, uk eosida fosfori ase, da uk eosida
hidro ase aka memecah asam uk eat mejadi o igo, di, atau moo uk eotida; da
se ajutya mejadi gu a ribosa atau deoksi-ribosa, asam fosfat, base puri da
base pirimidi.
73
IX. PERTUMBUHAN MIKROBIA Pertumbuha ada ah peambaha secara teratur semua komp
oe se  suatu jasad. Pembe aha se  ada ah hasi  dari pembe aha se . Pada jasa
d berse  tugga  (uise u er), pembe aha atau perbayaka se  merupaka pertamb
aha jum ah idividu. Misa ya pembe aha se  pada bakteri aka meghasi ka per
tambaha jum ah se  bakteri itu sediri. Pada jasad berse  bayak (mu tise u er)
, pembe aha se  tidak meghasi ka pertambaha jum ah idividuya, tetapi haya
merupaka pembetuka jariga atau bertambah besar jasadya. Da am membahas pe
rtumbuha mikrobia harus dibedaka atara pertumbuha masig-masig idividu se 
da pertumbuha ke ompok se  atau pertumbuha popu asi. A. Pertumbuha Popu asi
Pertumbuha dapat diamati dari meigkatya jum ah se  atau massa se  (berat ke
rig se ). Pada umumya bakteri dapat memperbayak diri dega pembe aha bier,
yaitu dari satu se  membe ah mejadi 2 se  baru, maka pertumbuha dapat diukur
dari bertambahya jum ah se . Waktu yag diper uka utuk membe ah diri dari sat
u se  mejadi dua se  sempura disebut waktu geerasi. Waktu yag diper uka o e
h sejum ah se  atau massa se  mejadi dua ka i jum ah/massa se  semu a disebut d
oub ig time atau waktu peggadaa. Waktu peggadaa tidak sama atara berbaga
i mikrobia, dari beberapa meit, beberapa jam sampai beberapa hari tergatug ke
cepata pertumbuhaya. Kecepata pertumbuha merupaka perubaha jum ah atau ma
ssa se  per uit waktu. B. Peghituga Waktu Geerasi Dari hasi  pembe aha se 
secara bier: 1 se  mejadi 2 se  2 se  mejadi 4 se  4 se  mejadi 8 se  N = N
0 2 N: jum ah se  akhir, N0: jum ah se  awa , : jum ah geerasi 21 mejadi 22
atau 2x2 22 mejadi 23 atau 2x2x2
Dari ha  tersebut dapat dirumuska mejadi:
74
Waktu geerasi = t /  , t: waktu pertumbuha ekspoesia , : jum ah geerasi D
a am betuk ogaritma, rumus N = N0 2 mejadi: og N = og N0 +  og 2 og N –
og N0 =  og 2  = og N – og N0 = og N – og N0 og 2 0,301 Cotoh: N = 10
8 , N0 = 5x107 , t = 2 Dega rumus da am betuk ogaritma:  = og 108 – og (5
x 107) = 8 – 7,6 =1 0,301 0,301 Jadi waktu geerasi = t/ = 2/1 = 2 jam Waktu ge
erasi juga dapat dihitug dari s ope garis da am p ot semi ogaritma kurva pertu
mbuha ekspoesia , yaitu dega rumus, s ope = 0,301/ waktu geerasi. Dari gra
fik pertumbuha tersebut diketahui bahwa s ope = 0,15, sehigga juga dipero eh w
aktu geerasi = 2 jam C. Pegukura Pertumbuha Pertumbuha diukur dari perubaha
 jum ah se  atau berat kerig massa se . Jum ah se  dapat dihitug dari jum ah
se  tota  yag tidak membedaka jum ah se  hidup atau mati, da jum ah se  hidup
(viab e cout). Jum ah tota  se  mikrobia dapat ditetapka secara agsug deg
a pegamata mikroskopis, da am betuk sampe  kerig yag di etakka di permuka

a ge as beda (s ide) da da am sampe  caira yag diamati megguaka metode c
outig chamber, misa ya dega a at Petroff-Hausser Bacteria Couter (PHBC) u
tuk meghitug bakteri atau dega a at haemocytometer utuk meghitug khamir,
spora, atau se -se  yag ukuraya re atif ebih besar dari bakteri. Jum ah se 
hidup dapat ditetapka dega metode p ate cout atau co oy cout, dega cara
ditaburka pada medium agar sehigga satu se  hidup aka tumbuh membetuk satu k
o oi, jadi jum ah ko oi diaggap setara dega jum ah se . Cara ii ada dua ma
cam, yaitu metode tabura permukaa (spread p ate method) da metode tabura (po
ur p ate method). Cara ai utuk meghitug jum ah se  hidup ada ah
75
dega fi ter membra da MPN (Most Probab e Number) yag megguaka medium cai
r. Sampe  mikrobia yag dihitug biasaya dibuat seri pegecera. Pertumbuha s
e  dapat diukur dari massa se  da secara tidak agsug dega megukur turbidi
tas caira medium tumbuh. Massa se  dapat dipisahka dari caira mediumya megg
uaka a at setrifus (pemusig) sehigga dapat diukur vo ume massa se ya atau
diukur berat kerigya (dikerigka dahu u dega pemaasa pada suhu 90-1100C s
ema am). Umumya berat kerig bakteri ada ah 10-20 % dari berat basahya. Turbid
itas dapat diukur megguaka a at photometer (peerusa cahaya), semaki pekat
atau semaki bayak popu asi mikrobia maka cahaya yag diteruska semaki sediki
t. Turbiditas juga dapat diukur megguaka spektrofotometer (optica  desity/ O
D), yag sebe umya dibuat kurva stadart berdasarka pegukura jum ah se  baik
secara tota  maupu yag hidup saja atau berdasarka berat kerig se . Uit pho
tometer atau OD proporsioa  dega massa se  da juga jum ah se , sehigga cara
ii dapat diguaka utuk memperkiraka jum ah atau massa se  secara tidak ag
sug. D. Pertumbuha Popu asi Mikroba Suatu bakteri yag dimasukka ke da am med
ium baru yag sesuai aka tumbuh memperbayak diri. Jika pada waktu-waktu terte
tu jum ah bakteri dihitug da dibuat grafik hubuga atara jum ah bakteri deg
a waktu maka aka dipero eh suatu grafik atau kurva pertumbuha. Pertumbuha po
pu asi mikrobia dibedaka mejadi dua yaitu biaka sistem tertutup (batch cu tur
e) da biaka sistem terbuka (cotious cu ture). Pada biaka sistem tertutup, p
egamata jum ah se  da am waktu yag cukup ama aka memberika gambara berdas
arka kurva pertumbuha bahwa terdapat fase-fase pertumbuha. Fase pertumbuha d
imu ai pada fase permu aa, fase pertumbuha yag dipercepat, fase pertumbuha 
ogaritma (ekspoesia ), fase pertumbuha yag mu ai dihambat, fase stasioer ma
ksimum, fase kematia dipercepat, da fase kematia ogaritma. Pada fase permu a
a, bakteri baru meyesuaika diri dega igkuga yag baru, sehigga se  be 
um membe ah diri. Se  mikrobia mu ai membe ah diri pada fase pertumbuha yag di
percepat, tetapi waktu geerasiya masih pajag. Fase
76
permu aa sampai fase pertumbuha dipercepat serig disebut ag phase. Kecepata
se  membe ah diri pa ig cepat terdapat pada fase pertumbuha ogaritma atau pe
rtumbuha ekspoesia , dega waktu geerasi pedek da kosta. Se ama fase o
garitma, metabo isme se  pa ig aktif, sitesis baha se  sagat cepat dega ju
m ah kosta sampai utrie habis atau terjadiya peimbua hasi  metabo isme y
ag meyebabka terhambatya pertumbuha. Se ajutya pada fase pertumbuha yag
mu ai terhambat, kecepata pembe aha se  berkurag da jum ah se  yag mati mu
ai bertambah. Pada fase stasioer maksimum jum ah se  yag mati semaki meigk
at sampai terjadi jum ah se  hidup hasi  pembe aha sama dega jum ah se  yag
mati, sehigga jum ah se  hidup kosta, seo ah-o ah tidak terjadi pertumbuha (
pertumbuha o ). Pada fase kematia yag dipercepat kecepata kematia se  teru
s meigkat sedag kecepata pembe aha se  o , sampai pada fase kematia ogar
itma maka kecepata kematia se  mecapai maksima , sehigga jum ah se  hidup me
uru dega cepat seperti deret ukur. Wa aupu demikia peurua jum ah se  hi
dup tidak mecapai o , da am jum ah miimum tertetu se  mikrobia aka tetap be
rtaha sagat ama da am medium tersebut. E. Aa isis Pertumbuha Ekspoesia  U
tuk megaa isis pertumbuha ekspoesia  dapat megguaka grafik pertumbuha
atau dega perhituga secara matematis. Rumus matematika pertumbuha megguak
a persamaa diferesia : dX / dt = µX (1) X: jum ah se  / kompoe se  spesifik
(protei) µ: kostata kecepata pertumbuha Da am betuk ogaritma dega bi a
ga dasar e, rumus yag meggambarka aktivitas popu asi mikrobia da am biaka
sistem tertutup ada ah:  X =  X0 + µ(t) diamati. Da am betuk ati ogaritma
mejadi: X = X0eµt (3) (2) X0: jum ah se  pada waktu o , X: jum ah se  pada wak
tu t, t: waktu pertumbuha
77
Utuk memperkiraka kerapata popu asi pada waktu yag aka datag dega µ seba
gai kostate pertumbuha yag ber aku. Parameter petig utuk kostate pertum
buha mejadi: 2 = eµ (t geerasi) (4) (5) Da am betuk ogaritma dega bi aga
 dasar e: µ =  2 / t geerasi = 0,693 / t geerasi ( kostate kecepata pert
umbuha) sebagai berikut: k = 1 / t geerasi (6) Utuk biaka sistem tertutup, k
ombiasi persamaa 5 da 6 meujukka bahwa 2 kostate kecepata pertumbuha µ
da k sa ig berhubuga: µ = 0,693 k (7) Waktu geerasi (t geerasi) dapat dig
u aka utuk megetahui parameter ai, seperti k popu asi secara ekspoesia  a

da ah waktu geerasi (waktu peggadaa). Peggadaa popu asi terjadi saat X /
X0 =2, sehigga rumus (3)
µ da k, keduaya meggambarka proses pertumbuha yag sama dari peigkata po
pu asi secara ekspoesia . Perbedaa diataraya ada ah, µ merupaka kostate
kecepata pertumbuha yag ber aku, yag diguaka utuk memperkiraka kecepata
pertumbuha popu asi dari masig-masig aktivitas se  idividua  da dapat digu
aka utuk megetahui diamika pertumbuha secara teoritis, sedag k ada ah i 
ai rata-rata popu asi pada periode waktu terbatas, yag meggambarka asumsi rat
a-rata pertumbuha popu asi. Cotoh perhituga k Bi aga dasar yag diguaka
utuk kerapata popu asi se  ada ah 10, sehigga persamaa (3) apabi a dirubah m
ejadi betuk ogaritma berdasarka bi aga 10 ( og 10) da k disubstitusi deg
a µ , rumusya mejadi: k = og10 Xt – X0 0,301 t Cotoh 1: X0 = 1000 = 103 , 
og10 dari 1000 = 3 Xt = 100.000 = 105 , og 10 dari 100.000 = 5 t = 4 jam k = (5
-3) / (0,301 x 4) = 2/1,204 = 1,66 geerasi / jam
78
waktu geerasi (t geerasi) = 0,60 jam = 36 meit Cotoh 2: X0 = 1000 = 103 , o
g10 dari 1000 = 3 Xt = 100.000.000 = 108 , og 10 dari 100.000.000 = 8 t = 120 j
am k = (8-3) / (0,301 x 120) = 5/36,12 = 0,138 geerasi / jam waktu geerasi (t
geerasi) = 7,2 jam = 430 meit F. Biaka Sistem Terbuka (Cotiuous cu ture) da
am Khemostat Di da am sistem ii, se  dapat dipertahaka terus meerus pada fa
se pertumbuha ekspoesia  / fase pertumbuha ogaritma. Cotiuous cu ture mem
puyai ciri ukura popu asi da kecepata pertumbuha dapat diatur pada i ai ko
sta megguaka khemostat. Utuk megatur proses di da am khemostat, diatur ke
cepata a ira medium da kadar substrat (utrie pembatas). Sebagai utrie pem
batas dapat megguaka sumber C (karbo), sumber N atau faktor tumbuh. Pada sis
tem ii , ada a ira ke uar utuk mempertahaka vo ume biaka da am khemostat s
ehigga tetap kosta (misa  V m ). Jika a ira masuk ke da am tabug biaka ada
ah W m /jam, maka kecepata pegecera ku tur ada ah D = W/V per jam. D disebu
t sebagai kecepata pegecera (di utio rate). Popu asi se  da am tabug biaka
 dipegaruhi o eh peigkata popu asi sebagai hasi  pertumbuha da pegecera
 kadar se  sebagai akibat peambaha medium baru da pe impaha a ira ke uar t
abug biaka. Kecepata pertumbuhaya dirumuska sebagai berikut: dX/dt = µ X –
DX = (µ - D) X. Pada keadaa matap (steady state), maka µ = D, sehigga dX/dt
= 0. Dega sistem ii se  seo ah-o ah dibuat da am keadaa setegah ke apara,
dega utreia pembatas. Kadar utrie yag redah meyebabka kecepata pertum
buha berbadg urus dega kadar utrie atau substrat tersebut, sehigga kece
pata pertumbuha ada ah sebagai fugsi kosetrasi utrie, dega persamaa: µ
= µmax S / (Ks + S) µmax: kecepata pertumbuha pada keadaa utrie ber ebiha
S : kostate utrie Ks : kostate pada kosetrasi utrie saat µ = ½ µmax.
79
X. FAKTOR LINGKUNGAN UNTUK PERTUMBUHAN MIKROBA
Aktivitas mikroba dipegaruhi o eh faktor-faktor igkugaya. Perubaha igku
ga dapat megakibatka perubaha sifat morfo ogi da fisio ogi mikroba. Bebera
pa ke ompok mikroba sagat resiste terhadap perubaha faktor igkuga. Mikrob
a tersebut dapat dega cepat meyesuaika diri dega kodisi baru tersebut. Fa
ktor igkuga me iputi faktor-faktor abiotik (fisika da kimia), da faktor bi
otik. A. FAKTOR ABIOTIK 1. Suhu a. Suhu pertumbuha mikroba Pertumbuha mikroba
memer uka kisara suhu tertetu. Kisara suhu pertumbuha dibagi mejadi suhu m
iimum, suhu optimum, da suhu maksimum. Suhu miimum ada ah suhu teredah tetap
i mikroba masih dapat hidup. Suhu optimum ada ah suhu pa ig baik utuk pertumbu
ha mikroba. Suhu maksimum ada ah suhu tertiggi utuk kehidupa mikroba. Berdas
arka kisara suhu pertumbuhaya, mikroba dapat dike ompokka mejadi mikroba p
sikrofi  (kriofi ), mesofi , da termofi . Psikrofi  ada ah ke ompok mikroba ya
g dapat tumbuh pada suhu 0-300C dega suhu optimum sekitar 150C. Mesofi  ada ah
ke ompok mikroba pada umumya, mempuyai suhu miimum 150C suhu optimum 25-370C
da suhu maksimum 45-550C. Mikroba yag taha hidup pada suhu tiggi dike ompok
ka da am mikroba termofi . Mikroba ii mempuyai membra se  yag megadug i
pida jeuh, sehigga titik didihya tiggi. Se ai itu dapat memproduksi protei
termasuk ezim yag tidak terdeaturasi pada suhu tiggi. Di da am DNA-ya meg
a dug guai da sitosi da am jum ah yag re atif besar, sehigga mo eku  DNA

tetap stabi  pada suhu tiggi. Ke ompok ii mempuyai suhu miimum 40 0C, optimu
m pada suhu 55-60 0C da suhu maksimum utuk pertumbuhaya 75 0C. Utuk mikroba
yag tidak tumbuh dibawah suhu 30 0C da mempuyai suhu pertumbuha optimum pad
a 60 0C, dike ompokka keda am mikroba termofi  ob igat. Utuk mikroba termofi 
yag dapat tumbuh dibawah suhu 30 0C,
dimasukka ke ompok mikroba termofi  faku tatif. Bakteri yag hidup di da am ta
ah da air, umumya bersifat mesofi , tetapi ada juga yag dapat hidup diatas 50
0C (termoto era). Cotoh bakteri termoto era ada ah
80
Methy ococcus capsu atus. Cotoh bakteri termofi  ada ah Baci us, C ostridium,
Su fo obus, da bakteri pereduksi su fat/su fur. Bakteri yag hidup di aut (fot
otrof) da bakteri besi (Ga ioe a) termasuk bakteri psikrofi . b. Suhu tiggi
Apabi a mikroba dihadapka pada suhu tiggi diatas suhu maksimum, aka memberik
a beberapa macam reaksi. (1) Titik kematia therma , ada ah suhu yag dapat mem

etika spesies mikroba da am waktu 10 meit pada kodisi tertetu. (2) Waktu kem
atia therma , ada ah waktu yag diper uka utuk membuuh suatu spesies mikroba
pada suatu suhu yag tetap. Faktor-faktor yag mempegaruhi titik kematia ther
ma  ia ah waktu, suhu, ke embaba, spora, umur mikroba, pH da komposisi medium.
Cotoh waktu kematia therma  (TDT/ therma  death time) utuk beberapa jeis ba
kteri ada ah sebagai berikut : Nama mikrobia Escherichia co i Staphy ococcus aur
eus Spora Baci us subti is Spora C ostridium botu ium c. Suhu redah Waktu (me
it) 20-30 19 20-50 100-330 Suhu (0C) 57 60 100 100
Apabi a mikroba dihadapka pada suhu redah dapat meyebabka gaggua metabo is
me. Skibat-akibatya ada ah (1) Co d shock , ada ah peurua suhu yag tiba-tib
a meyebabka kematia bakteri, terutama pada bakteri muda atau pada fase ogari
tmik, (2) Pembekua (freezig), ada ah rusakya se  dega adaya krista  es di
da am air
itrase u er, (3) Lyofi isasi , ada ah proses pedigia dibawah titik beku da 
am keadaa vakum secara bertigkat. Proses ii dapat diguaka utuk megawetka
mikroba karea air protop asma agsug diuapka tapa me a ui fase cair (sub i
masi). 2. Kaduga air (pegeriga) Setiap mikroba memer uka kaduga air be
bas tertetu utuk hidupya, biasaya diukur dega parameter aw (water activity
) atau ke embaba re atif. Mikroba umumya dapat tumbuh pada aw 0,998-0,6. bakte
ri umumya memer uka aw 0,90-0,999. Mikroba yag osmoto era dapat hidup pada a
w teredah (0,6) misa ya khamir Saccharomyces rouxii. Aspergi us g aucus da j
amur beag ai dapat tumbuh pada aw 0,8. Bakteri umumya memer uka aw atau ke
embaba tiggi ebih dari 0,98, tetapi bakteri ha ofi  haya memer uka aw 0,75
. Mikroba yag taha kekeriga ada ah yag dapat
81
membetuk spora, koidia atau dapat membetuk kista. Tabe  berikut ii memuat da
ftar aw yag diper uka o eh beberapa jeis bakteri da jamur : Ni ai a 1,00 0,9
0 0,85 0,80 0,75 0,60 3. Tekaa osmose Bakteri Cau obacter Spiri um Lactobaci 
us Baci us Staphy ococcus Ha obacterium Jamur
Fusarium Mucor Debaromyces Peici ium Aspergi us Xeromyces
Tekaa osmose sebearya sagat erat hubugaya dega kaduga air. Apabi a
mikroba di etakka pada aruta hipertois, maka se ya aka mega ami p asmo is
is, yaitu terke upasya membra sitop asma dari didig se  akibat megkerutya
sitop asma. Apabi a
di etakka pada aruta hipotois, maka se  mikroba aka mega ami p asmoptisa,
yaitu pecahya se  karea caira masuk ke da am se , se  membegkak da akhirya
pecah. Berdasarka tekaa osmose yag diper uka dapat dike ompokka mejadi (
1) mikroba osmofi , ada ah mikroba yag dapat tumbuh pada kadar gu a tiggi, (2)
mikroba ha ofi , ada ah mikroba yag dapat tumbuh pada kadar garam ha oge yag
tiggi, (3) mikroba ha odurik, ada ah ke ompok mikroba yag dapat taha (tidak
mati) tetapi tidak dapat tumbuh pada kadar garam tiggi, kadar garamya dapat me
capai 30 %. Cotoh mikroba osmofi  ada ah beberapa jeis khamir. Khamir osmofi 
mampu tumbuh pada aruta gu a dega kosetrasi ebih dari 65 % wt/wt (aw = 0
,94). Cotoh mikroba ha ofi  ada ah bakteri yag termasuk Archaebacterium, misa 
ya Ha obacterium. Bakteri yag taha pada kadar garam tiggi, umumya mempuyai
kaduga KC  yag tiggi da am se ya. Se ai itu bakteri ii memer uka kose
trasi Ka ium yag tiggi utuk stabi itas ribosomya. Bakteri ha ofi  ada yag
mempuyai membra purp e bi ayer, didig se ya terdiri dari murei, sehigga t
aha terhadap io Natrium. 4. Io-io da istrik a. Kadar io hidroge (pH) Mik
roba umumya meyukai pH etra  (pH 7). Beberapa bakteri dapat hidup pada pH ti
ggi (medium a ka i). peggua urea. Cotohya ada ah bakteri itrat, rhizobia,
actiomycetes, da bakteri
Haya beberapa bakteri yag bersifat to era terhadap kemasama, misa ya Bakter
i yag bersifat asidofi  misa ya
Lactobaci i, Acetobacter, da Sarcia vetricu i.
82
Thiobaci us. Jamur umumya dapat hidup pada kisara pH redah. Apabi a mikroba
ditaam pada media dega pH 5 maka pertumbuha didomiasi o eh jamur, tetapi ap
abi a pH media 8 maka pertumbuha didomiasi o eh bakteri. Berdasarka pH-ya mi
kroba dapat dike ompokka mejadi 3 yaitu (a) mikroba asidofi , ada ah ke ompok
mikroba yag dapat hidup pada pH 2,0-5,0, (b) mikroba mesofi  (eutrofi ), ada a
h ke ompok mikroba yag dapat hidup pada pH 5,5-8,0, da (c) mikroba a ka ifi ,
ada ah ke ompok mikroba yag dapat hidup pada pH 8,4-9,5. Cotoh pH miimum, opt
imum, da maksimum utuk beberapa jeis bakteri ada ah sebagai berikut : Nama mi
kroba Escherichia co i Proteus vu garis Eterobacter aerogees Pseudomoas aerug
iosa C ostridium sporogees Nitrosomoas spp Nitrobacter spp Thiobaci us Thioo
xidas Lactobaci us acidophi us b. Buffer miimum 4,4 4,4 4,4 5,6 5,0-5,8 7,0-7
,6 6,6 1,0 4,0-4,6 pH optimum 6,0-7,0 6,0-7,0 6,0-7,0 6,6-7,0 6,0-7,6 8,0-8,8 7,
6-8,6 2,0-2,8 5,8-6,6 maksimum 9,0 8,4 9,0 8,0 8,5-9,0 9,4 10,0 4,0-6,0 6,8
Utuk meumbuhka mikroba pada media memer uka pH yag kosta, terutama pada m
ikroba yag dapat meghasi ka asam. Misa ya Eterobacteriaceae da beberapa Ps
eudomoadaceae. O eh kareaya ke da am medium diberi tambaha buffer utuk mej
aga agar pH ya kosta. Buffer merupaka campura garam moo da dibasik, maupu
 seyawaseyawa orgaik amfoter. Sebagai cotoh ada ah buffer fosfat aorgaik
dapat mempertahaka pH diatas 7,2. Cara kerja buffe ada ah garam dibasik aka m
egadsorbsi io H+ da garam moobasik aka bereaksi dega io OHc. Io-io ai
 Logam berat seperti Hg, Ag, Cu, Au, da Pb pada kadar redah dapat bersifat me
racu (toksis). Logam berat mempuyai daya o igodiamik, yaitu daya buuh ogam
berat pada kadar redah. Se ai ogam berat, ada io-io ai yag dapat mempeg
aruhi kegiata fisio ogi mikroba, yaitu io su fat, tartrat, k orida, itrat, da
 bezoat. Io-io tersebut dapat meguragi

83
pertumbuha mikroba tertetu. O eh karea itu serig diguaka utuk megawetka
suatu baha, misa ya diguaka da am pegaweta makaa. Ada seyawa ai yag
juga mempegaruhi fisio ogi mikroba, misa ya asam bezoat, asam asetat, da as
am sorbat. d. Listrik Listrik dapat megakibatka terjadiya e ektro isis baha
peyusu medium
pertumbuha. Se ai itu arus istrik dapat meghasi ka paas yag dapat mempeg
aruhi pertumbuha mikroba. Se  mikroba da am suspesi aka mega ami e ektrofore
sis apabi a di a ui arus istrik. Arus istrik tegaga tiggi yag me a ui suat
u caira aka meyebabka terjadiya shock karea tekaa hidro ik istrik. Kema
tia mikroba akibat shock terutama disebabka o eh oksidasi. Adaya radika  io
dari ioisasi radiasi da terbetukya io ogam dari e ektroda juga meyebabka
kematia mikroba. e. Radiasi Radiasi meyebabka ioisasi mo eku -mo eku  di da
am protop asma. Cahaya umumya dapat merusak mikroba yag tidak mempuyai pigme
 fotositesis. Cahaya mempuyai pegaruh germisida, terutama cahaya berge omba
g pedek da berge ombag pajag. Pegaruh germisida dari siar berge ombag pa
jag disebabka o eh paas yag ditimbu kaya, misa ya siar iframerah. Sia
r x (0,005-1,0 Ao), siar u tra vio et (4000-2950 Ao), da siar radiasi ai da
pat membuuh mikroba. Apabi a tigkat iradiasi yag diterima se  mikroba redah,
maka dapat meyebabka terjadiya mutasi pada mikroba. f. Tegaga muka Tegaga
 muka mempegaruhi caira sehigga permukaa caira tersebut meyerupai membra
yag e astis. Seperti te ah diketahui protop asma mikroba terdapat di da am se 
yag di idugi didig se , maka apabi aada perubaha tegaga muka didig se
 aka mempegaruhi pu a permukaa protop asma. Akibat se ajutya dapat mempeg
aruhi pertumbuha mikroba da betuk morfo ogiya. Zat-zat seperti sabu, deterj
e, da zat-zat pembasah (surfakta) seperti Twee80 da Trito A20 dapat megur
agi tegaga muka caira/ aruta. Umumya mikroba cocok pada tegaga muka yag
re atif tiggi. g. Tekaa hidrostatik Tekaa hidrostatik mempegaruhi metabo 
isme da pertumbuha mikroba. Umumya tekaa 1-400 atm tidak mempegaruhi atau
haya sedikit mempegaruhi metabo isme da pertumbuha mikroba. Tekaa hidrosta
tik yag ebih tiggi agi dapat meghambat atau meghetika pertumbuha, o eh
karea tekaa hidrostatik tiggi dapat meghambat sitesis
84
RNA, DNA, da protei, serta meggaggu fugsi trasport membra se  maupu meg
uragi aktivitas berbagai macam ezim.Tekaa diatas 100.000 poud/ichi2 meyeb
abka deaturasi protei. Aka tetapi ada mikroba yag taha hidup pada tekaa
tiggi (mikroba baroto era), da ada mikroba yag tumbuh optima  pada tekaa t
iggi sampai 16.000 poud/ichi2 (barofi ). Mikroba yag hidup di aut da am umu
mya ada ah barofi ik atau baroto era. Sebagai cotoh ada ah bakteri Spiri um.
h. Getara Getara mekaik dapat merusakka didig se  da membra se  mikroba
. O eh karea itu getara mekaik bayak dipakai utuk mempero eh ekstrak se  mi
kroba. Isi se  dapat dipero eh dega cara meggerus se -se  dega megguaka
abrasif atau dega cara pembekua kemudia dicairka beru ag ka i. Getara sua
ra 100-10.000 x/ detik juga dapat diguaka utuk memecah se . B. FAKTOR BIOTIK
Di a am jarag seka i ditemuka mikroba yag hidup sebagai biaka muri, tetapi
se a u berada da am asosiasi dega jasad-jasad ai. Atar jasad da am satu pop
u asi atau atar popu asi jasad yag satu dega yag ai sa ig beriteraksi.
1. Iteraksi da am satu popu asi mikroba Iteraksi atar jasad da am satu popu a
si yag sama ada dua macam, yaitu iteraksi positif maupu egatif. Iteraksi po
sitif meyebabka meigkatya kecepata pertumbuha sebagai efek sampigya. Me
igkatya kepadata popu asi, secara teoritis meigkatka kecepata pertumbuha
. Iteraksi positif disebut juga kooperasi. Sebagai cotoh ada ah pertumbuha s
atu se  mikroba mejadi ko oi atau pertumbuha pada fase ag (fase adaptasi). I
teraksi egatif meyebabka turuya kecepata pertumbuha dega meigkatya
kepadata popu asi. Misa ya popu asi mikroba yag ditumbuhka da am substrat te
rbatas, atau adaya produk metabo ik yag meracu. Iteraksi egatif disebut jug
a kompetisi. Sebagai cotoh jamur Fusarium da Vertici ium pada taah sawah, da
pat meghasi ka asam emak da H2S yag bersifat meracu.
2. Iteraksi atar berbagai macam popu asi mikroba Apabi a dua popu asi yag ber
beda berasosiasi, maka aka timbu  berbagai macam iteraksi. Iteraksi tersebut
meimbu ka pegaruh positif, egatif, ataupu tidak ada pegaruh
85
atar popu asi mikroba yag satu dega yag ai. Nama masig-masig iteraksi
ada ah sebagai berikut: Pegaruh iteraksi Popu asi A Popu asi B 0 Netra isme 0
+ Komesa isme 0 + Siergisme (protokooperasi) + + Mutua isme (simbiosis) + Komp
etisi + Amesa isme (atagoisme) + Predasi + Parasitisme Keteraga: 0: tidak b
erpegaruh, +: pegaruh positif, -: pegaruh egatif Nama Iteraksi a. Netra ism
e Netra isme ada ah hubuga atara dua popu asi yag tidak sa ig mempegaruhi.
Ha  ii dapat terjadi pada kepadata popu asi yag sagat redah atau secara fi
sik dipisahka da am mikrohabitat, serta popu asi yag ke uar dari habitat a ami
ahya. Sebagai cotoh iteraksi atara mikroba a octhoous (oidigeous) deg
a mikroba autochthoous (idigeous), da atar mikroba oidigeous di atmosf
er yag kepadata popu asiya sagat redah. Netra isme juga terjadi pada keadaa
 mikroba tidak aktif, misa  da am keadaa kerig beku, atau fase istirahat (spo
ra, kista). b. Komesa isme Hubuga komesa isme atara dua popu asi terjadi ap
abi a satu popu asi diutugka tetapi popu asi ai tidak terpegaruh. Cotohy
a ada ah: Bakteri F avobacterium brevis dapat meghasi ka ekskresi sistei. Sis
tei dapat diguaka o eh Legioe a peumophi a. Desu fovibrio mesup ai asetat
da H2 utuk respirasi aaerobik Methaobacterium. c. Siergisme Suatu betuk a
sosiasi yag meyebabka terjadiya suatu kemampua utuk dapat me akuka peruba
ha kimia tertetu di da am substrat. Apabi a asosiasi me ibatka 2 popu asi ata
u ebih da am keper ua utrisi bersama, maka disebut sitropisme. Sitropisme s
agat petig da am peruraia baha orgaik taah, atau proses pembersiha air s
ecara a ami. Cotoh siergisme: Streptococcus faeca is da Escherichia co i E. c
o i Argiie S. faeca is E. co i Agmatie
86
Orithie Cotoh sitropisme: Seyawa A Popu asi mikroba 1 Seyawa B Popu asi mi
kroba 2 Seyawa C Popu asi mikroba 3 Eergi da hasi  akhir d. Mutua isme (Simbi
osis)
Putrescie
Mutua isme ada ah asosiasi atara dua popu asi mikroba yag keduaya sa ig terg
atug da sama-sama medapat keutuga. Mutua isme serig disebut juga simbios
is. Simbiosis bersifat sagat spesifik (khusus) da sa ah satu popu asi aggota
simbiosis tidak dapat digatika tempatya o eh spesies ai yag mirip. Cotoh
ya ada ah Bakteri Rhizobium sp. yag hidup pada biti  akar taama kacag-kaca
ga. Cotoh ai ada ah Lichees (Liches), yag merupaka simbiosis atara a ga
e siaobakteria dega fugi. A gae (phycobiot) sebagai produser yag dapat me
gguaka eergi cahaya utuk meghasi ka seyawa orgaik. Seyawa orgaik dapat
diguaka o eh fugi (mycobiot), da fugi memberika betuk per iduga (se 
ubug) da trasport utrie / miera  serta membetuk faktor tumbuh utuk a gae
.
Lichees
87
e. Kompetisi Hubuga egatif atara 2 popu asi mikroba yag keduaya mega ami
kerugia. Peristiwa ii ditadai dega meuruya se  hidup da pertumbuhaya.
Kompetisi terjadi pada 2 popu asi mikroba yag megguaka utrie / makaa ya
g sama, atau da am keadaa utrie terbatas. Cotohya ada ah atara protozoa P
aramaecium caudatum dega Paramaecium aure ia. f. Amesa isme (Atagoisme) Sat
u betuk asosiasi atar spesies mikroba yag meyebabka sa ah satu pihak dirugi
ka, pihak ai diutugka atau tidak terpegaruh apapu. Umumya merupaka car
a utuk me idugi diri terhadap popu asi mikroba ai. Misa ya dega meghasi
ka seyawa asam, toksi, atau atibiotika. Cotohya ada ah bakteri Acetobacte
r yag megubah etao  mejadi asam asetat. Thiobaci us thiooxidas meghasi ka
 asam su fat. Asam-asam tersebut dapat meghambat pertumbuha bakteri ai. Bak
teri amoifikasi meghasi ka ammoium yag dapat meghambat popu asi Nitrobacte
r. g. Parasitisme Parasitisme terjadi atara dua popu asi, popu asi satu diutu
gka (parasit) da popu asi ai dirugika (host / iag). Umumya parasitisme t
erjadi karea keper ua utrisi da bersifat spesifik. Ukura parasit biasaya 
ebih keci  dari iagya. Terjadiya parasitisme memer uka kotak secara fisik
maupu metabo ik serta waktu kotak yag re atif ama. Cotohya ada ah bakteri
Bde ovibrio yag memparasit bakteri E. co i. Jamur Trichoderma sp. memparasit j
amur Agaricus sp. h. Predasi Hubuga predasi terjadi apabi a satu orgaisme pre
dator memagsa atau memaka da mecera orgaisme ai (prey). Umumya predator
berukura ebih besar dibadigka prey, da peristiwaya ber agsug cepat. Co
tohya ada ah Protozoa (predator) dega bakteri (prey). Protozoa Didiium asu
tum (predator) dega Paramaecium caudatum (prey).
88
XI. NUTRISI DAN MEDIUM MIKROBA Medium pertumbuha (disigkat medium) ada ah temp
at utuk meumbuhka mikroba. Mikroba memer uka utrisi utuk memeuhi kebutuha
 eergi da utuk baha pembagu se , utuk sitesa protop asma da bagia-bag
ia se  ai. Setiap mikroba mempuyai sifat fisio ogi tertetu, sehigga memer 
uka utrisi tertetu pu a. Susua kimia se  mikroba re atif tetap, baik usur
kimia maupu seyawa yag terkadug di da am se . Dari hasi  aa isis kimia dik
etahui bahwa peyusu utama se  ada ah usur kimia C, H, O, N, da P, yag jum a
hya + 95 % dari berat kerig se , sedagka sisaya tersusu dari usur-usur 
ai (Tabe  ). Apabi a di ihat susua seyawaya, maka air merupaka bagia terb
esar dari se , sebayak 80-90 %, da bagia ai sebayak 10-20 % terdiri dari p
rotop asma, didig se , ipida utuk cadaga makaa, po isakarida, po ifosfat
, da seyawa ai. Tabe  11.1. Susua usur-usur peyusu se  bakteri E. co i
Usur-usur kimia Carbo (C) Oksige (O) Nitroge (N) Hidroge (H) Fosfor (P) B
e erag (S) Ka ium (K) Natrium (Na) Ka sium (Ca) Magesium (Mg) K or (C ) Besi (
Fe) Lai- ai Persetase berat kerig 50 20 14 8 3 1 1 1 0,5 0,5 0,5 0,2 0,3
A. FUNGSI NUTRISI UNTUK MIKROBA Setiap usur utrisi mempuyai pera tersediri
da am fisio ogi se . Usur tersebut diberika ke da am medium sebagai katio gar
am aorgaik yag jum ahya berbeda-beda tergatug pada keper uaya. Beberapa
go oga mikroba misa ya diatomae da a ga tertetu memer uka si ika (Si) yag
biasaya diberika da am betuk si ikat utuk meyusu didig se . Fugsi da
kebutuha atrium (Na) utuk
89
beberapa jasad be um diketahui jum ahya. Natrium da am kadar yag agak tiggi d
iper uka o eh bakteri tertetu yag hidup di aut, a gae hijau biru, da bakter
i fotositetik. Natrium tersebut tidak dapat digatika o eh katio moova e ya
g ai. Jasad hidup dapat megguaka makaaya da am betuk padat maupu cair
( aruta). Jasad yag dapat megguaka makaa da am betuk padat tergo og ti
pe ho ozoik, sedagka yag megguaka makaa da am betuk cair tergo og tipe
ho ofitik. Jasad ho ofitik dapat pu a megguaka makaa da am betuk padat, t
etapi makaa tersebut harus diceraka ebih du u di uar se  dega perto oga
 ezim ekstrase u er. Peceraa di uar se  ii dikea  sebagai extracorporea 
digestio. Baha makaa yag diguaka o eh jasad hidup dapat berfugsi sebaga
i sumber eergi, baha pembagu se , da sebagai aseptor atau door e ektro. D
a am garis besarya baha makaa dibagi mejadi tujuh go oga yaitu air, sumbe
r eergi, sumber karbo, sumber aseptor e ektro, sumber miera , faktor tumbuh,
da sumber itroge. 1. Air Air merupaka kompoe utama se  mikroba da medium
. Fusi air ada ah sebagai sumber oksige utuk baha orgaik se  pada respirasi
. Se ai itu air berfugsi sebagai pe arut da a at pegagkut da am metabo isme
. 2. Sumber eergi Ada beberapa sumber eergi utuk mikroba yaitu seyawa orgai
k atau aorgaik yag dapat dioksidasi da cahaya terutama cahaya matahari. 3. S
umber karbo Sumber karbo utuk mikroba dapat berbetuk seyawa orgaik maupu
aorgaik. Seyawa orgaik me iputi karbohidrat, emak, protei, asam amio, asa
m orgaik, garam asam orgaik, po ia koho , da sebagaiya. Seyawa aorgaik mi
sa ya karboat da gas CO2 yag merupaka sumber karbo utama terutama utuk tu
mbuha tigkat tiggi. 4. Sumber aseptor e ektro Proses oksidasi bio ogi merupa
ka proses pegambi a da pemidaha e ektro dari substrat. Karea e ektro da
am se  tidak berada da am betuk bebas, maka harus ada suatu zat yag dapat me
agkap e ektro tersebut. Peagkap e ektro ii disebut aseptor e ektro. Asept
or e ektro ia ah agesia pegoksidasi. Pada
90
mikrobia yag dapat berfugsi sebagai aseptor e ektro ia ah O2, seyawa orgaik
, NO3, NO2-, N2O, SO4=, CO2, da Fe3+. 5. Sumber miera  Miera  merupaka bagia
 dari se . Usur peyusu utama se  ia ah C, O, N, H, da P. usur miera  ai
ya yag diper uka se  ia ah K, Ca, Mg, Na, S, C . Usur miera  yag diguaka
da am jum ah sagat sedikit ia ah Fe, M, Co, Cu, Bo, Z, Mo, A , Ni, Va, Sc, S
i, Tu, da sebagaiya yag tidak diper uka jasad. Usur yag diguaka da am ju
m ah besar disebut usur makro, da am jum ah sedag usur o igo, da da am jum a
h sagat sedikit usur mikro. Usur mikro serig terdapat sebagai ikuta (impuri
ties) pada garam usur makro, da dapat masuk ke da am medium ewat kotamiasi
ge as tempatya atau ewat partike  debu. Se ai berfugsi sebagai peyusu se ,
usur miera  juga berfugsi utuk megatur tekaa osmose, kadar io H+ (kemas
ama, pH), da potesia  oksidasireduksi (redox potetia ) medium. 6. Faktor tum
buh Faktor tumbuh ia ah seyawa orgaik yag sagat diper uka utuk pertumbuha
(sebagai prekursor, atau peyusu baha se ) da seyawa ii tidak dapat disit
esis dari sumber karbo yag sederhaa. Faktor tumbuh serig juga disebut zat tu
mbuh da haya diper uka da am jum ah sagat sedikit. Berdasarka struktur da
fugsiya da am metabo isme, faktor tumbuh digo ogka mejadi asam amio, sebag
ai peyusu protei; base puri da pirimidi, sebagai peyusu asam uk eat; da
 vitami sebagai gugus prostetis atau bagia aktif dari ezim. 7. Sumber itrog
e Mikroba dapat megguaka itroge da am betuk amoium, itrat, asam amio,
protei, da sebagaiya. Jeis seyawa itroge yag diguaka tergatug pada j
eis jasadya. Beberapa mikroba dapat megguaka itroge da am betuk gas N2 (
zat emas) udara. Mikroba ii disebut mikrobia peambat itroge. B. PENGGOLONGA
N MIKROBA BERDASARKAN NUTRISI DAN OKSIGEN
91
1. Berdasarka sumber karbo Berdasarka atas kebutuha karbo jasad dibedaka m
ejadi jasad ototrof da heterotrof. Jasad ototrof ia ah jasad yag memer uka s
umber karbo da am betuk aorgaik, misa ya CO2 da seyawa karboat. Jasad he
terotrof ia ah jasad yag memer uka sumber karbo da am betuk seyawa orgaik.
Jasad heterotrof dibedaka agi mejadi jasad saprofit da parasit. Jasad sapro
fit ia ah jasad yag dapat megguaka baha orgaik yag berasa  dari sisa jasa
d hidup atau sisa jasad yag te ah mati. Jasad parasit ia ah jasad yag hidup di
da am jasad hidup ai da megguaka baha dari jasad iag (hospes)-ya. Jas
ad parasit yag dapat meyebabka peyakit pada iagya disebut jasad patoge.
2. Berdasarka sumber eergi Berdasarka atas sumber eergi jasad dibedaka mej
adi jasad fototrof, jika megguaka eergi cahaya; da khemotrof, jika meggua
ka eergi dari reaksi kimia. Jika didasarka atas sumber eergi da karboya,
maka dikea  jasad fotoototrof, fotoheterotrof, khemoototrof da khemoheterotrof
. Perbedaa dari keempat jasad tersebut sbb: jasad Fotoototrof Fotoheterotrof Kh
emotrof khemoheterotrof Sumber karbo Zat aorgaik Zat orgaik Zat aorgaik Za
t orgaik Sumber eergi Cahaya matahari Cahaya matahari Oksidasi zat aorgaik O
ksidasi zat orgaik
3. Berdasarka sumber door e ektro Berdasarka atas sumber door e ektro jasa
d digo ogka majadi jasad itotrof da orgaotrof. Jasad itotrof ia ah jasad
yag dapat megguaka door e ektro da am betuk seyawa aorgaik seperti H2,
NH3, H2S, da S. jasad orgaotrof ia ah jasad yag megguaka door e ektro d
a am betuk seyawa orgaik. 4. Berdasarka sumber eergi da door e ektro Ber
dasarka atas sumber eergi da sumber door e ektro jasad dapat digo ogka ja
sad Foto itotrof Fotoorgaotrof mejadi jasad foto itotrof, fotoorgaotrof, khem
o itotrof, da khemoorgaotrof. Perbedaa keempat go oga jasad tersebut sbb: S
umber eergi Cahaya Cahaya Sumber door cotoh e ektro Zat aorgaik Tumbuha t
igkat tiggi, a ga Zat orgaik Bakteri be erag fotositetik
92
Khemo itotrof
Oksidasi zat aorgaik Khemoorgaotrof Oksidasi zat orgaik 5. Berdasarka kebut
uha oksige
Zat aorgaik Zat orgaik
Bakteri besi, bakteri hidroge, bakteri itrifikasi Jasad heterotrof
Berdasarka aka kebutuha oksige, jasad dapat digo ogka da am jasad aerob, a
aerob, mikroaerob, aaerob faku tatif, da kapofi . Jasad aerob ia ah jasad ya
g megguaka oksige bebas (O2) sebagai satusatuya aseptor hidroge yag tera
khir da am proses respirasiya. Jasa aaerob, serig disebut aaerob ob igat ata
u aaerob 100% ia ah jasad yag tidak dapat megguaka oksige bebas sebagai as
eptor hidroge terakhir da am proses respirasiya. Jasad mikroaerob ia ah jasad
yag haya memer uka oksige da am jum ah yag sagat sedikit. Jasad aerob faku
tatif ia ah jasad yag dapat hidup da am keadaa aaerob maupu aerob. Jasad i
i juga bersifat aaerob to era. Jasad kapofi  ia ah jasad yag memer uka kada
r oksige redah da kadar CO2 tiggi. C. INTERAKSI ANTAR JASAD DALAM MENGGUNAKA
N NUTRIEN Jika dua atau ebih jasad yag berbeda ditumbuhka bersama-sama da am
suatu medium, maka aktivitas metabo ismeya secara kua itatif maupu kuatitatif
aka berbeda jika dibadigka dega jum ah aktivitas masig-masig jasad yag
ditumbuhka da am medium yag sama tetapi terpisah. Feomea ii merupaka hasi
 iteraksi metabo isme atau iteraksi da am pegguaa utrisi yag dikea  seb
agai sitropik atau sitropisme atau siergitik. Sebagai cotoh ia ah bakteri pe
ghasi  meta yag aaerob ob igat tidak dapat megguaka g ukosa sebagai subst
rat, tetapi bakteri tersebut aka segera tumbuh o eh adaya hasi  metabo isme ba
kteri aaerob ai yag dapat megguaka g ukosa. Cotoh ai ia ah biaka camp
ura yag terdiri atas dua jeis mikroba atau ebih serig tidak memer uka fakt
or tumbuh utuk pertumbuhaya. Mikroba yag dapat mesitesis baha se ya dari
seyawa orgaik sederhaa da am medium, aka megekskresika berbagai vitami a
tau asam amio yag sagat petig utuk mikroba aiya. Adaya ekskresi terseb
ut memugkika tumbuhya mikroba ai. Keyataa ii dapat meimbu ka ko oi s
ate it yag dapat di ihat pada medium padat. Ko oi sate it
93
haya dapat tumbuh ka au ada ekskresi dari mikroba ai yag meghasi ka faktor
tumbuh esesii  bagi mikroba tersebut. Betuk iteraksi ai ada ah cross feedi
g yag merupaka betuk sederhaa dari simbiose mutua istik. Da am iteraksi i
i pertumbuha jasad yag satu tergatug pada pertumbuha jasad aiya, karea
kedua jasad tersebut sa ig memer uka faktor tumbuh esesii  yag diekskresika
o eh masig-masig jasad. D. MEDIUM PERTUMBUHAN MIKROBA Susua da kadar utri
si suatu medium utuk pertumbuha mikroba harus seimbag agar mikroba dapat tumb
uh optima . Ha  ii per u dikemukaka megigat bayak seyawa yag mejadi zat
peghambat atau racu bagi mikroba jika kadarya ter a u tiggi (misa ya garam
dari asam emak, gu a, da sebagaiya). Bayak a ga yag sagat peka terhadap fo
sfat aorgaik. Disampig itu da am medium yag ter a u pekat aktivitas metabo i
sme da pertumbuha mikroba dapat berubah. Perubaha faktor igkuga meyebabk
a aktivitas fisio ogi mikroba dapat tergaggu, bahka mikroba dapat mati. Mediu
m memer uka kemasama (pH) tertetu tergatug pada jeis jasad yag ditumbuhka
. Aktivitas metabo isme mikroba dapat megubah pH, sehigga utuk mempertahaka
 pH medium ditambahka baha buffer. Beberapa kompoe peyusu medium dapat ju
ga berfugsi sebagai buffer. E. MACAM MEDIUM PERTUMBUHAN 1. Medium dasar/ basa 
miera  Medium dasar ada ah medium yag megadug campura seyawa aorgaik. M
edium dasar ii se ajutya ditambah zat ai apabi a diper uka, misa ya sumbe
r karbo, sumber eergi, sumber itroge, faktor tumbuh, da faktor igkuga y
ag petig seperti pH da oksige serta tekaa osmosis. 2. Medium sitetik Med
ium sitetik ada ah medium yag se uruh susua kimia da kadarya te ah diketah
ui dega pasti. Sebagai cotoh ada ah medium dasar yag ditambah NH4C  (medium
1) dega sumber karbo berupa gas CO2, apabi a diikubasika da am keadaa ge a
p dapat diguaka utuk meumbuhka bakteri itrifikasi khemoototrof,
94
misa ya bakteri Nitrosomoas. Bakteri ii mempero eh eergi dari oksidasi amoi
um, se ai itu amoium juga berfugsi sebagai sumber itroge. Cotoh ai ada a
h medium dega susua sama dega medium 1 tetapi ditambah g ukosa (medium 2).
Da am keadaa aerob merupaka medium utuk perbayaka jamur da bakteri yag b
ersifat heterotrof. G ukosa berfugsi sebagai sumber karbo da sumber eergi. D
a am keadaa aaerob, medium ii dapat diguaka utuk meumbuhka bakteri faku 
tatif aaerob maupu aaerob ob igat. Eergi dipero eh dari hasi  fermetasi g u
kosa. Utuk meumbuhka mikroba yag memer uka faktor tumbuh dapat megguaka
medium yag komposisiya sama dega medium 2 tetapi ditambah asam ikotiat (vi
tami) sebagai faktor tumbuh (medium 3). 3. Medium komp eks Medium komp eks ada 
ah medium yag susua kimiaya be um diketahui dega pasti. Sebagai cotoh med
ium ii ada ah medium dasar yag ditambah g ukosa da ekstrak khamir (medium 4).
Susua kimia ekstrak khamir tidak diketahui secara pasti, tetapi megadug be
rbagai faktor tumbuh yag serig diper uka o eh mikroba. Medium ii dapat utuk
meumbuhka mikroba khemoheterotrof aerob maupu aaerob baik yag memer uka m
aupu yag tidak memer uka faktor tumbuh. Medium yag juga termasuk medium komp
eks ada ah yag megadug ekstrak taah. Tabe  11.2. Cotoh susua medium das
ar da medium sitetik Baha tambaha Medium dasar Medium 1 Medium 2 Medium 3 Me
dium 4 Air, 1 iter NH4C , 1 gram G ukosa, G ukosa, G ukosa, K2HPO4, 5 gram 5 gr
am 5 gram 1 gram NH4C , 1 gram NH4C , 1 gram Ekstrak khamir MgSO4.7H2O, 0,2 gram
Asam ikotiat, 0,1 gram FeSO4.7H2O, 0,01 gram CaC 2, 0,01 gram Usur mikro (ga
ram aorgaik
95
M,Mo, Cu, Co, Z), masigmasig 0,020,5 mg 4. Medium diperkaya Medium Medium di
perkaya ada ah medium yag ditambah zat tertetu yag merupaka utrisi spesifik
utuk jeis mikroba tertetu. Medium ii diguaka utuk membuat ku tur diperka
ya (erichmet cu ture) da utuk megiso asi mikroba spesifik, dega cara meg
atur faktor igkuga (suhu, pH, cahaya), kebutuha utrisi spesifik da sifat
fisio ogiya. Dega demikia dapat disusu medium diperkaya utuk bakteri yag
bersifat khemoheterotrof, khemoototrof, fotositetik, da utuk mikroba ai ya
g bersifat spesifik.
96
XII. PERANAN MIKROBA DI BIDANG KESUBURAN TANAH A. MIKROHABITAT DALAM TANAH 1. Mi
krohabitat da am struktur taah Di setiap tempat seperti da am taah, udara maup
u air se a u dijumpai mikroba. Umumya jum ah mikroba da am taah ebih bayak
daripada da am air ataupu udara. Umumya baha orgaik da seyawa aorgaik e
bih tiggi da am taah sehigga cocok utuk pertumbuha mikroba heterotrof maupu
 autotrof. Keberadaa mikroba di da am taah terutama dipegaruhi o eh sifat ki
mia da fisika taah. Kompoe peyusu taah yag terdiri atas pasir, debu, em
pug da baha orgaik maupu baha peyeme ai aka membetuk struktur taah.
Struktur taah aka meetuka keberadaa oksige da egas da am taah. Da am
ha  ii aka terbetuk igkuga mikro da am suatu struktur taah. Mikroba aka
 membetuk mikroko oi da am struktur taah tersebut, dega tempat pertumbuha
yag sesuai dega sifat mikroba da igkuga yag diper uka. Da am suatu st
ruktur taah dapat dijumpai berbagai mikroko oi seperti mikroba heterotrof peg
gua baha orgaik maupu bakteri autotrof,da bakteri aerob maupu aaerob. Ut
uk kehidupaya, setiap jeis mikroba mempuyai kemampua utuk merubah satu se
yawa mejadi seyawa ai da am ragka medapatka eergi da utrie. Dega de
mikia adaya mikroba da am taah meyebabka terjadiya daur usur-usur sepert
i karbo, itroge, fosfor da usur ai di a am.
97
2. Ligkuga rhizosfer Akar taama merupaka habitat yag baik bagi pertumbuha
 mikroba. Iteraksi atara bakteri da akar taama aka meigkatka ketersedi
aa utrie bagi keduaya. Permukaa akar taama disebut rhizop ae. Sedagka
rhizosfer ada ah se apis taah yag meye imuti permukaa akar taama yag masi
h dipegaruhi o eh aktivitas akar. Teba  tipisya apisa rhizosfer atar setiap
taama berbeda. Rhizosfer merupaka habitat yag sagat baik bagi pertumbuha
mikroba o eh karea akar taama meyediaka berbagai baha orgaik yag umumya
mestimu ir pertumbuha mikroba. Baha orgaik yag dike uarka o eh akar dapat
berupa: 1. Eksudat akar : baha yag dike uarka dari aktivitas se  akar hidup
seperti gu a, asam amio, asam orgaik, asam emak da stero , faktor tumbuh, u
k eotida, f avoo, ezim , da misce aeous. 2. Sekresi akar 3. Lisat akar 4.
Musige  : baha yag dipompaka secara aktif ke uar dari akar. : baha yag dike
uarka secara pasif saat auto isis se  akar. : baha sekresi akar, sisa se  epi
dermis, se  tudug akar yag bercampur dega sisa se  mikroba, produk metabo it
, ko oid orgaik da ko oid aorgaik Ezim utama yag dihasi ka o eh akar ada 
ah oksidoreduktase, hidro ase, iase, da trasferase. Sedag ezim yag dihasi 
ka o eh mikroba di rhizosfer ada ah se u ase, dehidrogease, urease, fosfatase
da su fatase. Dega adaya berbagai seyawa yag mestimu ir pertumbuha mikro
ba, meyebabka jum ah mikroba di igkuga rhizosfer sagat tiggi. Perbadig
a jum ah mikroba da am rhizosfer (R) dega taah buka rhizosfer (S) yag dise
but isbah R/S, serig diguaka sebagai ideks kesubura taah. Semaki subur t
aah, maka ideks R/S semaki keci , yag meadaka utrisi da am taah buka r
hizosfer juga tercukupi (subur). Seba ikya semaki tidak subur taah, maka ide
ks R/S semaki besar, yag meadaka utrisi cukup haya di igkuga rhizosfe
r yag berasa  dari baha orgaik yag dike uarka akar, sedag di taah o-rhi
zosfer utrisi tidak mecukupi (tidak subur). Ni ai R/S umumya berkisar atara
5-20. Mikroba rhizosfer dapat memberi keutuga bagi taama, o eh karea:
. Mikroba dapat me arutka da meyediaka miera  seperti N,P, Fe da usur ai
.

98
2. Mikroba dapat meghasi ka vitami, asam amio, auxi da gibere i yag dapa
t mestimu ir pertumbuha taama. 3. Mikroba megutugka aka meghambat pert
umbuha bakteri ai yag patogeik dega meghasi ka atibiotik. yag dapat m
estimu ir pertumbuha taama. Cotoh spesies yag te ah bayak dite iti dapat
meragsag pertumbuha taama ada ah Pseudomoas f uoresces. C. MIKROBA DAN NU
TRISI TANAMAN Berbagai ke ompok mikroba di da am taah berperaa petig da am
peyediaa usur hara bagi taama. Da am ha  ii aka dibahas ebih ajut meu
rut usur hara yag disediaka utuk taama. 1. Trasformasi itroge (N) Usur
N ada ah kompoe utama protop asma, terdapat da am jum ah besar da am betuk t
eroksidasi. Baha yag megadug N dapat mega ami amoifikasi, itrifikasi, da
 deitrifikasi, tergatug betuk seyawa-N da igkugaya. Beberapa reaksi
redoks kuci da am daur N di a am semuaya di akuka o eh mikroba. Secara termod
iamik N2 gas ada ah betuk pa ig stabi  da seimbag. Jum ah N terbesar di uda
ra sebagai gas N2 yag merupaka sumber utama N. Utuk memecahka ikata ragkap
3 N=N diper uka eergi yag besar, berarti pegguaa N2 ada ah proses yag me
mer uka eergi besar. Haya sejum ah keci  jasad yag dapat megguaka N2 da a
m proses peambata (fiksasi) N2, yag meyebabka N ebih mudah diguaka yaitu
da am betuk amoia da itrat. O eh karea N2 gas merupaka sumber utama N mak
a peambata N2 secara eko ogis sagat petig. Da am daur N secara g oba  terja
di pemidaha dari atmosfer ke da am taah. Sebagia gas N berupa oksida (N2O),
da sebagia ai berbetuk gas NH3. Pemidaha atara taah da air terutama se
bagai N-orgaik, io ammoium, da io itrat. a. Peambata Nitroge (N2) o eh
Bakteri Taah Peambata N2 dapat terjadi secara simbiotik, osimbiotik, da ki
mia. Nitrogease ada ah esim utama da am peambata N2 udara secara bio ogis. E
sim ii

seudomoadaceae merupaka ke ompok bakteri rhizosfer (rhizobacteria) yag dapat


meghasi ka seyawa
99
mempuyai dua macam protei, yag satu megadug Mo da Fe da yag ai mega
dug Fe. Esim ii sagat sesitif terhadap O2 da aktivitasya memer uka teka
a O2 sagat redah. Se ai itu juga diper uka ATP, feredoksi, pereduksi da m
ugki sitokrom da koesim. Reaksiya ada ah sebagai berikut: N2 + 6 e2 NH3 (∆
G= 15 Kka ) Reaksi ii memer uka eergi karea G beri ai positif. Amoia yag
dibebaska diasimi asi mejadi asam amio yag se ajutya disusu mejadi prote
i. Da am igkuga taah, peambata N2 terbesar di akuka o eh bakteri Rhizob
ium (Bakteri yag bersimbiosis da am perakara egum). Jum ah N2 yag ditambat o
eh bakteri ii 2-3 ka i ebih besar daripada o eh jasad osimbiotik. Bakteri R
hizobium yag bersimbiosis dega akar taama kede ai atau a fa fa dapat meamb
at ebih dari 300 kg N/ha/th, sedag peambat N yag hidup bebas Azotobacter ha
ya mampu meambat 0.5-2.5 kg N/ha/th. Se ai Azotobacter, bakteri ai yag dapa
t meambat N2 udara ada ah spesies-spesies Beijerickia, Chromatium, Rhodopseudo
moas, Rhodospiri um, Rhodomicrobium, Ch orobium, Ch oropseudomoas, Desu fovib
rio, Desu fotomacu um, K ebsie a, Baci us, C ostridium, Azospiri um, Pseudomo
as, Vibrio, Thiobaci us, da Methaobaci us. Kecepata peambata N2 udara o 
eh jasad o-simbiotik keci , tetapi mikroba ii distribusiya da am taah terse
bar uas, sehigga peraaya petig. Kecepata peambata N2 udara o eh Azotob
acter da Azospiri um ebih tiggi di daerah rhizosfer daripada da am taah di
uar daerah perakara. Ha  ii disebabka karea adaya baha orgaik dari eksud
at akar. Pada igkuga taah tergeag, siaobakteria seperti Aabaea da Nos
toc merupaka jasad yag pa ig petig da am meambat N2 udara. Sebagia siaob
akteria membetuk heterosis yag memisahka itrogease yag sesitif terhadap O
2 dari ekosistem yag megguaka O2 ( igkuga aerobik). Siaobakteria pada ta
ah sawah yag ditaami padi, da am keadaa optimum dapat meambat 100150 kg N/h
a/tahu. Siaobakteria peambat itroge dapat hidup bersimbiosis dega jasad 
ai, seperti dega jamur pada umut kerak (Lichees), dega taama air Azo a
misa ya Aabaea azo ae.
100
b. Amoifikasi Berbagai taama, biatag, da mikroba dapat me akuka proses am
oifikasi. Amoifikasi ada ah proses yag megubah N-orgaik mejadi N-ammoia.
Betuk seyawa N da am jasad hidup da sisa-sisa orgaik sebagia besar terdapat
da am betuk amio peyusu protei. Seyawa N orgaik yag ai ada ah khiti,
peptidog ika, asam uk eat, se ai itu juga terdapat seyawa N-orgaik yag ba
yak dibuat da diguaka sebagai pupuk yaitu urea. Proses amoifikasi dari sey
awa N-orgaik pada prisipya merupaka reaksi peruraia protei o eh mikroba. S
ecara umum proses perombaka protei dimu ai dari pera esim protease yag diha
si ka mikroba sehigga dihasi ka asam amio. Se ajutya tergatug macam asam
amioya da jeis mikroba yag berpera maka asam-asam amio aka dapat terdea
miasi me a ui berbagai reaksi dega hasi  akhirya itroge dibebaska sebagai
ammoia. Reaksi umumya ada ah sebagai berikut:
protease
PROTEIN ASAM AMINO
deamiasi
NH3
Urea yag mega ami proses amoifikasi aka terhidro isis o eh adaya esim urea
se yag dihasi ka o eh mikroba taah. Urea yag dimasukka ke da am taah aka
mega ami proses amoifikasi sebagai berikut: CO(NH2)2 + H2O
urease
2 NH3 + CO2
Da am keadaa asam da etra  amoia berada sebagai io amoium. Sebagia amoia
hasi  amoifikasi dibebaska sebagai gas NH3 ke atmosfer, sehigga epas dari s
istem taah. Amoia da betuk itroge ai di eko-atmosfer dapat mega ami per
ubaha kimia da fotokimia, sehigga dapat kemba i ke itosfer da hidrosfer ber
sama-sama air huja. Io amoium dapat diasimi asi taama da mikroba, se ajut
ya diubah mejadi asam amio atau seyawa N ai. Di da am se , ammoia direaks
ika o eh g utamat atau g utami sitase atau mega ami proses amiasi agsug
dega asam-ketokarboksi at sehigga berubah mejadi asam amio.
101
c. Nitrifikasi Da am proses itrifikasi, ammoia (NH3) atau io NH4+ dioksidasi
mejadi itrit da itrat dega reaksi sebagai berikut: NH4+ + 1,5 H2O NO2- + 0
,5 O2 NO2- + 2 H+ + H2O (∆ G = -66 Kka ) NO3(∆ G = -17 Kka )
Proses ii di akuka o eh mikroba khemoototrof, yag megguaka eergiya utuk
asimi asi karbo da am betuk CO2. Kedua agkah reaksi yag meghasi ka eerg
i ii di akuka o eh jasad yag berbeda, tetapi reaksiya ber agsug bersamaa
sehigga jarag terjadi akumu asi NO2-. Da am reaksi tersebut dihasi ka io H+,
sehigga ada kemugkia dapat meuruka pH igkuga. Di da am taah, geus
utama pegoksidasi ammoia mejadi itrit ada ah Nitrosomoas da yag domia m
eghasi ka itrat ada ah Nitrobacter. Mikroba ai yag mampu megoksidasi ammo
ia mejadi itrit ada ah Nitrospira, Nitrosococcus, da Nitroso obus. Se ai Ni
trobacter, mikroba ai yag mampu megubah itrit mejadi itrat ada ah Nitrosp
ira, da Nitrococcus. Bakteri taah yag megoksidasi ammoium mejadi itrit da
 itrat umumya mempuyai sifat khemoautotrofik. Ke ompok bakteri ii mampu me
gguaka seyawa aorgaik sebagai satu-satuya sumber eergi da megguaka CO
2 sebagai sumber karbo. Se ai itu terdapat mikroba heterotrof baik bakteri mau
pu jamur juga berpera da am proses itrifikasi. d. Reduksi Nitrat (Deitrifika
si) Io itrat dapat diubah mejadi baha orgaik o eh mikroba me a ui proses as
imi asi reduksi itrat. Seke ompok mikroba heterotrof termasuk bakteri, jamur da
 a gae dapat mereduksi itrat. Proses ii megguaka sistem esim itrat da 
itrit reduktase, membetuk ammoia yag kemudia disitesis mejadi protei. Pad
a igkuga tapa oksige, io itrit dapat berfugsi sebagai aseptor e ektro
terakhir, yag dikea  sebagai proses respirasi itrat atau asimi asi itrat. Da
am proses desimi asi reduksi itrat, itrat diubah mejadi baha tereduksi seda
g seyawa orgaik dioksidasi. Pada keadaa aaerob, reaksi ii ebih bayak me
ghasi ka eergi dibadigka eergi yag dihasi ka o eh reaksi fermetasi. Ada
dua tipe desimi asi reduksi itrat. Seke ompok mikroba faku tatif aaerob seper
ti A ca igees, Escherichia, Aeromoas, Eterobacter, Baci us, F avobacterium,
Nocardia, Spiri um, Staphy ococcus, da Vibrio mampu mereduksi itrat mejadi 
itrit
102
da am keadaa aaerob. Nitrit yag dihasi ka diekskresika, sehigga mikroba da
pat mereduksiya me a ui hidroksi ami ke ammoium. Esim yag bekerja pada reak
si tersebut me ibatka sistem esim itrat reduktase da itrit reduktase. Mikro
ba pereduksi itrat seperti Paracoccus deitrificas, Thiobaci us deitrificas
da beberapa Pseudomoas mempuyai tahap reaksi reduksi yag ebih egkap seba
gai berikut: NO3NO2NO N2O N2 Reaksi deitrifikasi ii dapat terjadi da am keadaa
 igkuga aaerob pada tekaa oksige yag sagat redah (reduktif). Wa aupu
 demikia deitrifikasi juga dapat terjadi da am keadaa aerob apabi a terdapat
mikrohabitat aio. Mikroba deitrifikasi utama di da am taah ia ah geera Pse
udomoas da A ca igees. Mikroba ai yag juga mampu mereduksi itrat ada ah A
zospiri um, Rhizobium, Rhodopseudomoas, da Propioibacterium. 4. Trasformasi
fosfor o eh mikroba Mikroba taah dapat berpera da am proses peyediaa usur
hara utuk taama. Pada taah-taah kahat usur hara tertetu yag per u masuka
 tiggi utuk memaipu asi secara kimia agar ketersediaaya meigkat, maka pe
yediaa secara bio ogis dega megguaka mikroba mejadi sagat petig. Key
ataa di a am, pada rhizosfer (daerah sekitar perakara) setiap taama merupaka
 habitat yag sagat baik utuk pertumbuha mikroba. O eh kareaya pegguaa
mikroba yag hidup di rhizosfer yag dapat meigkatka serapa usur hara taam
a mejadi perhatia utama pada kajia ii. Mikroba yag berpera da am trasfor
masi P da am taah ada ah mikoriza yag bersimbiosis dega perakara taama da
 mikroba pe arut fosfat yag hidup bebas di daerah perakara. a. Vesiku ar Arbu
sku ar Mikoriza Pada keadaa taah yag kurag megutugka bagi pertumbuha ta
ama, te ah ditemuka adaya simbiosis taama dega sejeis jamur yag disebu
t mikoriza. Mikoriza terdiri atas beberapa macam spesies, simbio utuk taama
pertaia pada umumya ada ah edomikoriza yag dikea  sebagai vesiku ar arbusk
u ar mikoriza (VAM). Taama memer uka mikoriza utuk pegambi a usur hara te
rutama kemampuaya utuk meigkatka serapa P, sehigga dapat membatu pertum
buha taama terutama pada taah-taah kahat P.
103
Vesiku ar Arbusku ar Mikoriza
Ektomikoriza
Perakara taama yag terifeksi mikoriza mempuyai daya serap yag ebih besar
terhadap air da usur hara, khususya P, apabi a dibadigka dega taama t
a pa mikoriza. Ha  ii disebabka adaya mise ium jamur mikoriza yag tumbuh ke 

uar dari akar sehigga daya jagkau da uas permukaa perakara meigkat, akib
atya dapat memperbesar daya serap akar. Diduga bahwa hifa ekstera  mikoriza me
yerap io secara itersepsi da me a ui pertukara kotak agsug, sehigga pe
yerapa io o eh taama dega cara tersebut mejadi ebih besar, sedagka pe
yerapa secara difusi da a ira massa tetap ber agsug. Dega demikia pada
ketersediaa P yag sama, maka taama bermikoriza dapat meyerap P yag ebih b
esar apabi a dibadigka dega taama tapa mikoriza. Taama bermikoriza mem
puyai daya serap akar yag ebih besar sehigga megakibatka usur hara yag d
apat diserap o eh taama juga meigkat. O eh karea sifat da cara peyerapa
usur hara yag berbeda satu sama ai, maka jum ah usur hara yag dapat disera
p o eh adaya mise ium jamur mikoriza ii kemugkia juga berbeda, da ha  ii
dapat meyebabka respo mikoriza pada serapa usur hara tertetu sagat besar
tetapi utuk usur hara yag ai tidak sama. Peyerapa usur hara o eh taama
dapat secara pasif da aktif, ada yag
104
berpedapat bahwa pegaruh mikoriza ebih yata pada usur hara yag terutama di
serap taama secara pasif da sifat ioya tidak icah, seperti fosfor yag te
rutama diserap o eh akar secara difusi. Fosfor merupaka usur petig peyusu
ATP, da ATP merupaka betuk eergi tiggi yag sagat berperaa da am peyera
pa usur hara secara aktif, sehigga peigkata serapa fosfor memugkika pe
igkata serapa usur hara ai yag diserap secara aktif o eh perakara taam
a. Mikoriza ada ah suatu betuk hubuga simbiosis mutua istik atara jamur (my
kus) taah ke ompok tertetu da perakara (rhiza) tumbuha tigkat tiggi. Berd
asarka struktur tubuhya da cara ifeksi terhadap taama iag, mikoriza dapa
t dike ompokka ke da am 3 go oga besar yaitu Edomikoriza, Ektomikoriza, da
Ektedomikoriza. Edomikoriza ebih dikea  dega Vesiku ar Arbusku ar Mikoriza
atau disigkat VAM, karea pada simbiosis dega perakara dapat membetuk arbu
sku  da vesiku a di da am akar taama. Berdasarka struktur arbusku  atau vesi
ku a yag dibetuk, maka VAM dapat digo ogka ke da am 2 sub ordo, yaitu Gigasp
oiae da G omiae. Sub ordo Gigaspoiae terdiri atas satu fami i Gigaspoceae ya
g beraggotaka 2 geus yaitu Gigaspora sp. da Scute ospora sp. Kedua geus i
i tidak membetuk struktur vesiku a tetapi haya membetuk arbusku  apabi a ber
asosiasi dega akar tumbuha. Sa ah satu aggota sub ordo G omiae ada ah G omu
s sp. Vesiku ar Arbusku ar Mikoriza merupaka simbiosa atara jamur taah yag t
ermasuk ke ompok Edogoa es dega semua taama yag termasuk da am Bryophyta,
Pteridophyta, Gymospermae da Agiospermae, kecua i pada fami i Cruciferae, Ch
e opodiaceae da Cyperaceae yag be um diketahui adaya simbiosis dega jamur t

ersebut. Simbiosis atara taama dega mikoriza terjadi dega adaya pemberia
 karbohidrat dari taama kepada jamur da pemberia usur hara terutama P dari
jamur kepada taama. O eh karea itu perkembaga mikoriza pada akar sagat te
rgatug pada tigkat fotositesis taama iag. Jamur membutuhka seyawa carb
o yag dihasi ka o eh taama iag, sehigga kemampua taama utuk mesup a
i seyawa carbo dari hasi  fotositesis meetuka keberhasi a taama bersimb
iosis dega jamur. Akar taama dapat meghasi ka seyawa yag dapat meragsa
g pertumbuha jamur VAM. Seyawa tersebut berupa f avooid yag disebut eupa iti
 (3,5-dihidroksi-6,7-dimetoksi-4-hidroksi f avo) yag dapat meragsag

105
pertumbuha hifa VAM, se ai itu ada seyawa ai yag be um teridetifikasi ya
g dapat berfugsi sebagai mo eku  siya  utuk terjadiya simbiosis taama-VAM.
Bagia petig dari VAM ada ah adaya hifa ekstera  yag dibetuk di uar akar
taama. Hifa ii membatu memper uas daerah peyerapa akar taama. Jum ah mis
e ium ekstera  dapat mecapai 80 cm per cm pajag akar, yag perkembagaya d
ipegaruhi o eh keadaa taah terutama aerasi. Dega semaki uasya daerah pe
yerapa akar maka semaki besar pu a daya serap akarya, sehigga adaya mikoriz
a pada perakara taama aka dapat meigkatka peyerapa usur hara. Peyerap
a air o eh akar juga mejadi ebih besar, sehigga taama ebih taha terhadap
kekeriga. Mafaat ai adaya mikoriza ada ah dapat meigkatka ketahaa te
rhadap seraga patoge akar, da dapat memproduksi hormo da zat pegatur tumb
uh yag megutugka bagi pertumbuha taama. Vesiku ar Arbusku ar Mikoriza me
mpuyai struktur hifa ekstera  da hifa itera , hifa gu ug, arbusku  da ves
iku a. Hifa jamur mikoriza tidak bersekat, tumbuh diatara se -se  korteks da b
ercabag-cabag di da am se  tersebut. Di da am jariga yag diifeksi dibetuk
hifa yag berge ug-ge ug atau bercabag-cabag yag serig disebut arbusku .
Arbusku  merupaka cabag-cabag hifa dikotom, struktur ii aka tampak sebagai
massa protop asma yag berbutir-butir da bercampur baur dega protop asma se 
taama. Arbusku  mempuyai hifa bercabag ha us yag dapat meigkatka 2-3 ka 
i uas permukaa p asmo ema akar, da diduga berpera sebagai pemidah usur har
a atara jamur da taama iag. Arbusku  dapat dibetuk dua sampai tiga hari s
ete ah ifeksi jamur terjadi pada perakara. Vesiku a megadug ipida, terutam
a berfugsi sebagai orga peyimpa. Apabi a se  kortek rusak, vesiku a dapat di
bebaska ke da am taah, da se ajutya dapat berkecambah da merupaka propagu
 ifektif. Perakara yag terifeksi VAM tidak terjadi perubaha yata secara f
isik, sehigga haya dapat dideteksi dega tekik pewaraa da diamati dega
mikroskop. Di da am taah, mikoriza dapat membetuk spora yag tumbuh satu-satu
atau berke ompok yag disebut sporokarp. Berdasarka tipe sporaya, dibedaka ya
g dapat membetuk k amidospora, yaitu geera G omus, Sc erocystis, da Comp exi
pes. Sedagka yag membetuk asigospora ada ah geera Gigaspora, Acau ospora da
 Etrophospora.

106
Pegaruh yag megutugka dari mikoriza utuk pertumbuha taama, yag meuj
ukka bahwa taama yag bermikoriza mempuyai berat kerig yag ebih besar dar
i taama yag tidak bermikoriza. Taama yag bermikoriza tumbuh orma  sedagk
a taama tapa mikoriza meujukka geja a defisiesi P. Mikoriza memperbaiki
pertumbuha taama dega ja a meigkatka peyerapa usurusur hara dari da
am taah, terutama usur P. O eh karea P merupaka hara utama utuk pertumbuha
 taama, maka pegaruh ifeksi mikoriza sagat yata. Dega demikia respo p
ertumbuha taama merupaka akibat agsug ataupu tidak agsug dari perbaik
a peyerapa P. Se ai itu juga didukug o eh peigkata serapa usur-usur 
ai, seperti N, S, Z da Cu. b. Mikroba Pe arut Fosfat Bakteri yag diketahui d
apat me arutka fosfat ada ah bermacam-macam spesies dari geera Baci us, Pseud
omoas, Arthrobacter, Micrococcus, Streptomyces, da F avobacterium. Spesies-spe
sies bakteri yag mempuyai daya tiggi utuk me arutka fosfat ada ah Pseudomo
as striata, P. rathois, Baci us po ymyxa, da Baci us megaterium. Semua bakte
ri tersebut mempuyai kemampua yag stabi  da am me arutka P tidak tersedia da
am taah da batu fosfat. Kebayaka bakteri yag dapat me arutka fosfat ada a
h bakteri pembetuk spora. Se ai bakteri, berbagai jamur yag diketahui dapat m
e arutka fosfat ada ah bermacam-macam spesies dari geera Aspergi us, Peici 
ium da khamir. Beberapa varitas dari spesies jamur Aspergi us iger mempuyai
daya tiggi utuk me arutka fosfat. Mikroba pe arut fosfat heterotrof dapat me
ghasi ka asam-asam orgaik. Berbagai asam orgaik tersebut terutama asam-asam h
idroksi dapat megikat secara khe at da membetuk komp eks yag re atif stabi 
dega katio-katio Ca2+, Mg2+, Fe3+, da A 3+, sehigga fosfat yag semu a ter
ikat o eh katio-katio tersebut mejadi ter arut. Beberapa bakteri disampig me
ghasi ka asam orgaik o-vo ati  juga dapat membetuk asam vo ati . Asam orga
ik yag dihasi ka o eh satu jeis bakteri dapat bermacam- macam, seperti asam
g ukoat. Pembetuka asam orgaik seperti asam-asam karboksi at yag terjadi se
ama perombaka baha orgaik o eh jamur dapat meyebabka arutya batu fosfat.
Pe aruta batu fosfat dapat diketahui dega meigkatya Ca yag ter epas dari
batu fosfat. Dari metode tersebut diketahui bahwa pe aruta batu fosfat meigk
at terus
107
sampai hari ke 90. Peigkata jum ah asam karboksi at da tota  keasama orgai
k sebadig dega peigkata pe aruta batu fosfat. Beberapa mikroba yag bers
ifat khemo itotrofik juga berpera da am prose pe aruta fosfat tidak tersedia d
a am taah. Bakteri ke ompok Nitrosomoas da Thiobaci us berturut-turut dapat
meghasi ka asam itrat da asam su fat. Asam-asam tersebut merupaka asam kuat
yag mampu me arutka fosfat yag berbetuk tidak arut. D. DEKOMPOSISI BAHAN O
RGANIK DAN PROSES PENGOMPOSAN 1. Dekomposisi baha orgaik Karbo didaur secara
aktif atara CO2 aorgaik da macam-macam baha orgaik peyusu se  hidup. Met
abo isme ototrof jasad fotositetik da khemo itotrof meghasi ka produksi prim
er dari perubaha CO2 aorgaik mejadi C-orgaik. Metabo isme respirasi da fer
metasi mikroba heterotrof megemba ika CO2 aorgaik ke atmosfer. Proses perub
aha dari C-orgaik mejadi aorgaik pada dasarya ada ah upaya mikroba da jas
ad ai utuk mempero eh eergi. Pada proses peruraia baha orgaik da am taah
ditemuka beberapa tahap proses. Hewa-hewa taah termasuk cacig taah memega
g peraa petig pada peghacura baha orgaik pada tahap awa  proses. Baha
orgaik yag masih segar aka dihacurka secara fisik atau dipotog-potog seh
i gga ukuraya mejadi ebih keci . Perubaha se ajutya dikerjaka o eh mikro

ba. Esim-esim yag dihasi ka o eh mikroba merubah seyawa orgaik secara kimi
a, ha  ii ditadai pada baha orgaik yag sedag mega ami proses peruraia ma
ka kaduga zat orgaik yag mudah terurai aka meuru dega cepat. Usur kar
bo meyusu kurag ebih 45-50 perse dari bobot kerig taama da biatag. A
pabi a baha tersebut dirombak o eh mikroba, O2 aka diguaka utuk megoksidas
i seyawa orgaik da aka dibebaska CO2. Se ama proses peruraia, mikroba aka
megasimi asi sebagia C, N, P, S, da usur ai utuk sitesis se , jum ahya
berkisar atara 10-70 % tergatug kepada sifat-sifat taah da jeis-jeis mik
roba yag aktif. Setiap 10 bagia C diper uka 1 bagia N (isbah C/N=10) utuk
membetuk p asma se . Dega demikia C-orgaik yag dibebaska da am betuk CO2
da am keadaa aerobik haya 60-80 % dari se uruh kaduga karbo yag ada. Has
i  perombaka mikroba proses aerobik me iputi CO2,
108
NH4, NO3, SO4, H2PO4. Pada proses aaerobik dihasi ka asam-asam orgaik, CH4, C
O2, NH3, H2S, da zat-zat ai yag berupa seyawa tidak teroksidasi sempura, s
erta aka terbetuk biomassa taah yag baru maupu humus sebagai hasi  dekompos
isi yag re atif stabi . Secara tota , reaksi yag terjadi ada ah sebagai beriku
t: + O2 (CH2O)x Baha orgaik 2. Proses pegomposa Kompos ada ah baha orgaik
hasi  proses dekomposisi da mempuyai susua yag re atif stabi . Kompos baya
k diguaka utuk memperbaiki sifat fisik da kimia taah. Secara a ami kompos d
apat terjadi dari peruraia sisa-sisa tumbuha da hewa. Pegomposa secara a a
mi ber agsug dega ambat, tetapi dega berkembagya bioteko ogi maka pros
es pegomposa dapat dipercepat. Pada proses pegomposa terjadi proses biokove
rsi baha orgaik o eh berbagai ke ompok mikroba heterotrof. Mikroba yag berper
a da am proses tersebut mu ai dari bakteri, jamur aktiomisetes da protozoa. P
eraa mikroba yag bersifat se u o itik da igio itik sagat besar pada pros
es dekomposisi sisa taama yag bayak megadug igose u osa. Se ama pegomp
osa terjadi proses oksidasi C-orgaik mejadi CO2 yag dapat membebaska eergi
da am betuk paas. Da am pegomposa tertutup, suhuya dapat mecapai 65-75oC.
Pada suhu tersebut aktivitas mikroba pada umumya turu, da proses perombaka
ya di ajutka o eh mikroba termofi  yag mu ai berkembag apabi a suhu meigka
t sampai 50oC. Sete ah suhu turu kemba i aka ditumbuhi agi o eh mikroba mesof
i , da merupaka pertada bahwa kompos sudah mu ai matag. Dari uraia diatas m
aka bayak faktor yag mempegaruhi prose pegomposa, seperti isbah C/N baha
yag aka dikomposka, ukura baha, ke embaba da aerasi, suhu, kemasama, ada
ya mikroba, da ai sebagaiya. Nisbah C/N yag idea  utuk pegomposa ada ah
30-40, apabi a isbah ter a u redah bayak itroge yag hi ag (tidak efisie
) da apabi a ter a u tiggi proses pegomposa ambat. Ukura baha yag ebih
keci  aka memperbesar uas permukaa, sehigga memperbesar kotak dega mikrob
a. Ukura yag ter a u ha us da kaduga egasya ter a u tiggi meyebabka
keadaa aaerob, sehigga CO2 + H2O + hasi  atara + utrie+ humus +se  + eerg
i
109
sebaikya dicampur dega baha kasar utuk meciptaka keadaa yag aerob. Ke e
mbaba optimum yag baik atara 50-60 %. Pegomposa aka berja a baik jika pH
awa  sedikit asam (pH 6), da se ama pegomposa pada keadaa etra , sete ah pH
meigkat pH sedikit a ka is (pH 7,5-8,5). Pegomposa dapat dipercepat dega
i oku asi mikroba seperti mikroba termofi , se u o itik, igio itik, da sebag

aiya. Tada-tada kompos yag te ah matag ada ah berwara cok at sampai kehita
ma, tidak arut da am air da sebagia dapat tersuspesi ko oida , ekstrak da a
m aruta basa berwara ge ap (megadug asam humat, fu vat, da humi), isbah
C/N atara 15-20, KPK da kapasitas adsorpsi air besar.
110
XIII. PERANAN MIKROBA DI BIDANG LINGKUNGAN Akhir-akhir ii mikroba bayak dimaf
aatka di bidag igkuga, terutama utuk megatasi masa ah pecemara igku
ga, baik di igkuga taah maupu peraira. Baha pecemar dapat bermacam-mac
am mu ai dari baha yag berasa  dari sumber-sumber a ami sampai baha sitetik,
dega sifat yag mudah dirombak (biodegradab e) sampai sagat su it bahka tid
ak bisa dirombak (reka sitra/ obiodegradab e) maupu bersifat meracu bagi ja
sad hidup dega baha aktif tidak rusak da am waktu ama (persiste). Da am ha 
ii aka dibahas beberapa pemafaata mikroba da am proses peruraia baha pec
emar da pera aiya utuk megatasi baha pecemar. A. PERURAIAN/BIODEGRADASI
BAHAN PENCEMAR (POLUTAN) 1. Mikroba da am pembersiha air Bayak mikroba yag t
erdapat da am air imbah me iputi mikroba aerob, aaerob, da faku tatif aaerob
yag umumya bersifat heterotrof. Mikroba tersebut kebayaka berasa  dari taa
h da sa ura peceraa. Bakteri co o (co iforms) terutama Escherichia co i se
rig diguaka sebagai ideks pecemara air. Bakteri tersebut berasa  dari sa u
ra peceraa mausia da hewa yag dapat hidup ama da am air, sehigga air y
ag bayak megadug bakteri tersebut diaggap tercemar. Utuk meguragi mikro
ba pecemar dapat diguaka sariga pasir atau trick ig fi ter yag segera mem
betuk edir di permukaa baha peyarig, sehigga dapat meyarig bakteri mau
pu baha ai utuk peguraia. Pegguaa umpur aktif juga dapat mempercepat
perombaka baha orgaik yag tersuspesi da am air. Secara kimia diguaka ide
ks BOD (bio ogica  oxyge demad) da COD (chemica  oxyge demad). Prisip pero
mbaka baha da am imbah ada ah oksidasi, baik oksidasi bio ogis maupu oksidas
i kimia. Semaki tiggi baha orgaik da am air meyebabka kaduga oksige te
r arut semaki keci , karea oksige diguaka o eh mikroba utuk megoksidasi b
aha orgaik. Adaya baha orgaik tiggi da am air meyebabka kebutuha mikrob
a aka oksige meigkat, yag diukur dari i ai BOD yag meigkat. Utuk mempe
rcepat perombaka umumya diberi aerasi utuk meigkatka oksige ter arut, mis
a ya dega aerator yag disertai pegaduka.
111
Sete ah terjadi perombaka baha orgaik maka i ai BOD meuru sampai i ai ter
tetu yag meadaka bahwa air sudah bersih. Da am suasaa aerob baha-baha da
pat dirubah mejadi su fat, fosfat, ammoium, itrat, da gas CO2 yag meguap.
Utuk meghi agka su fat, ammoium da itrat dari air dapat megguaka berba
gai cara. Dega diberika suasaa yag aaerob maka su fat direduksi mejadi ga
s H2S, ammoium da itrat dirubah mejadi gas N2O atau N2. 2. A ki  Bezi  Su f
oat (ABS) A ki  bezi  su foat (ABS) ada ah kompoe deterge, yag merupaka
zat aktif yag dapat meuruka tegaga muka sehigga dapat diguaka sebagai p
embersih. ABS mempuyai Na-su foat po ar da ujug a ki  o-po ar. Pada proses
pecucia, ujug po ar ii meghadap ke kotora ( emak) da ujug po arya meg
hadap ke uar (ke-air). Bagia a ki  dari ABS ada yag iier da o- iier (ber
cabag). Bagia yag bercabag ABS-ya ebih kuat da berbusa, tetapi ebih suka
r terurai sehigga meyebabka bada air berbuih. Su itya peruraia ii disebab
ka karea atom C tersier memb okir beta-oksidasi pada a ki . Ha  ii dapat dihi
dari apabi a ABS mempuyai a ki  yag iier. 2. P astik P astik bayak keguaa
ya tetapi po imer sitetik p astik sagat su it dirombak secara a amiah. Ha  i
i megakibatka imbah yag p astik semaki meumpuk da dapat mecemari igku
ga. Akhir-akhir ii sudah mu ai diproduksi p astik yag mudah terurai. P astik
terdiri atas berbagai seyawa yag terdiri po ieti e, po istire, da po ivii
 k orida. Baha-baha tersebut bersifat iert da reka sitra. Seyawa ai pe
yusu p astik yag disebut p asticizers terdiri: (a) ester asam emak (o eat, ri
sio eat, adipat, aze at, da sebakat serta turua miyak tumbuha, (b) ester a
sam phtha at, ma eat, da fosforat. Baha tambaha utuk pembuata p astik seper
ti Phtha ic Acid Esters (PAEs) da Po ych oriated Biphey s (PCBs) sudah diketa
hui sebagai karsioge yag berbahaya bagi igkuga wa aupu da am kosetrasi
redah. Dari a am te ah ditemuka mikroba yag dapat merombak p astik, yaitu te
rdiri bakteri, aktiomycetes, jamur da khamir yag umumya dapat megguaka p 
asticizers sebagai sumber C, tetapi haya sedikit mikroba yag te ah ditemuka
112
mampu merombak po imer p astikya yaitu jamur Aspergi us fischeri da Paeci omy
ces sp. Sedagka mikroba yag mampu merombak da megguaka sumber C dari p st
icizers yaitu jamur Aspergi us iger, A. Versico or, C adosporium sp.,Fusarium
sp., Peici ium sp.,Trichoderma sp., Vertici ium sp., da khamir Zygosaccharom
yces drosophi ae, Saccharomyces cerevisiae, serta bakteri Pseudomoas aerugiosa
, Brevibacterium sp. da aktiomisetes Streptomyces rubrireticu i. Utuk dapat m
erombak p astik, mikroba harus dapat megkotamiasi apisa p astik me a ui mua
ta e ektrostatik da mikroba harus mampu megguaka kompoe di da am atau pad
a apisa p astik sebagai utrie. P asticizers yag membuat p astik bersifat f 
eksibe  seperti adipat, o eat, risio eat, sebakat, da turua asam emak ai
cederug mudah diguaka, tetapi turua asam phtha at da fosforat su it digu
aka utuk utrisi. Hi agya p asticizers meyebabka apisa p astik mejadi r
apuh, daya retag meigkat da daya u ur berkurag. 3. Miyak Bumi Miyak bumi
tersusu dari berbagai macam mo eku  hidrokarbo a ifatik, a isik ik, da aroma
tik. Mikroba berperaa petig da am meguraika miyak bumi ii. Ketahaa mi
yak bumi terhadap peruraia o eh mikroba tergatug pada struktur da berat mo e
ku ya. Fraksi a kaa ratai C pedek, dega atom C kurag dari 9 bersifat mera
cu terhadap mikroba da mudah meguap mejadi gas. Fraksi -a kaa ratai C sed
ag dega atom C 10-24 pa ig cepat terurai. Semaki pajag rataia karbo a 
kaa meyebabka maki su it terurai. Adaya rataia C bercabag pada a kaa ak
a meguragi kecepata peruraia, karea atom C tersier atau kuarter meggaggu
mekaisme biodegradasi. Apabi a dibadigka maka seyawa aromatik aka ebih 
ambat terurai daripada a kaa iier. Sedag seyawa a isik ik serig tidak dapa
t diguaka sebagai sumber C utuk mikroba, kecua i mempuyai ratai sampig a i
fatik yag cukup pajag. Seyawa ii dapat terurai karea kometabo isme beberap
a strai mikroba dega metabo isme sa ig me egkapi. Jadi wa aupu seyawa hid
rokarbo dapat diuraika o eh mikroba, tetapi be um ditemuka mikroba yag berke
mampua ezimatik egkap utuk peguraia hidrokarbo secara sempura.
113
4. Pestisida / Herbisida Macam pestisida kimia sitetik yag te ah diguaka sam
pai sekarag jum ahya mecapai ribua. Pestisida yag diguaka utuk memberat
as hama maupu herbisida yag diguaka utuk membersihka gu ma, sekarag sudah
megakibatka bayak pecemara. Ha  ii disebabka sifat pestisida yag sagat
taha terhadap peruraia secara a ami (persiste). Cotoh pestisida yag persis
tesiya sagat ama ada ah DDT, Die dri, BHC, da ai- ai. Wa aupu sekarag
te ah bayak dikembagka pestisida yag mudah terurai (biodegradab e), tetapi
keyataaya masih bayak diguaka pestisida yag bersifat reka sitra. Wa aupu
 da am dosis redah, tetapi dega terjadiya biomagifikasi maka kaduga pes
tisida di igkuga yag sagat redah aka dapat terakumu asi me a ui ratai m
akaa, sehigga dapat membahayaka kehidupa makh uk hidup termasuk mausia. U
tuk megatasi pecemara tersebut, sekarag bayak dipe ajari biodegradasi pesti
sida/ herbisida. Proses biodegradasi pestisida dipegaruhi o eh struktur kimia p
estisida, sebagai berikut: a. Semaki pajag ratai karbo a ifatik, semaki mu
dah mega ami degradasi. b. Ketidak jeuha da percabaga ratai hidrokarbo a
ka mempermudah degradasi. c. Jum ah da keduduka atom-atom C1 pada cicia ar
omatik sagat mempegaruhi degradasi. Misa  2,4 D (2,4-dik orofeo  asam asetat)
ebih mudah dirombak di da am taah dibadigka dega 2,4,5-T (2,4,5trik orof
e oksi asam asetat) d. Posisi terikatya ratai sampig sagat meetuka kemuda

ha degradasi pestisida. B. PERAN LAIN MIKROBA UNTUK MENGATASI MASALAH PENCEMARA
N 1. Biopestisida Pestisida mikroba termasuk biopestisida yag te ah bayak digu
aka utuk meggatika pestisida kimia sitetik yag bayak mecemari igkug
a. Pegguaa pestisida mikroba merupaka bagia dari pegeda ia hama secara
hayati
114
megguaka parasit, hiperparasit, da predator. Sa ah satu keutuga pestisida
yag dikembagka dari mikroba ada ah (a) dapat berkembag biak secara cepat da
am jasad iagya (hospes), (b) dapat bertaha hidup di uar hospes, (c) sagat
mudah tersebar di a am. Namu mempuyai ke emaha tidak secara aktif mecari ho
spes atau hama sasaraya. Mikroba yag te ah dikembagka utuk biopestisida ad
a ah berbagai macam mikroba sebagai berikut: a. Virus peyebab peyakit hama, se
perti NPV (uc ear po yhidrosis virus), CPV (cytop asmic po yhidrosis virus), da
 GV (grau osis virus) utuk megeda ika Lepidoptera. Bacu ovirus utuk mege
da ika Lepidoptera, Hymeoptera, da diptera. b. Bakteri yag dapat mematika
seragga hama, yag terkea  ada ah Baci us thurigiesis (Bt). Bakteri ii dap
at diguaka utuk megeda ika Lepidoptera, Hymeoptera, diptera, da co eopte
ra. Bakteri ii dapat meghasi ka krista  protei toksi yag dapat mematika s
eragga hama. Se ai itu ada bakteri ai seperti Pseudomoas aerugiosa da Pro
teus vu garis utuk megeda ika be a ag, Pseudomoas septica da Baci us ar
vae utuk hama kumbag, Baci us sphaericus utuk megeda ika yamuk, da B. M
oritai utuk megeda ika a at. c. Jamur yag termasuk etomophagus dapat digu
aka utuk megeda ika hama. Sebagai cotoh Metarhizium aisop iae dapat digu
aka utuk megeda ika kumbag Rhioceros i acius da da be a ag coke at.
Beauveria dapat bassiaa diguaka utuk utuk megeda ika kumbag ketag, N
omurea ri evi utuk megeda ika epidoptera, Paecy omyces 2. Logam Berat Limba
h peambaga emas da tembaga (tai ig) yag bayak megadug ogam berat teru
tama air raksa (Hg), idustri ogam da peyamaka ku it bayak meghasi ka im
bah ogam berat terutama cadmium (Cd), serta pegguaa pupuk (misa ya pupuk fo
sfat) yag megadug ogam berat seperti Hg, Pb, da Cd, sekarag bayak meimb
u ka masa ah pecemara ogam berat. Logam berat da am kosetrasi redah dapat
membahayaka kehidupa karea afiitasya yag tiggi G ioc adium roseum mege
da ika ematoda.
115
dega sistem ezim da am se , sehigga meyebabka iaktivasi ezim da berbaga
i gaggua fisio ogi se . Bakteria dapat meghasi ka seyawa pegkhe at ogam y
ag berupa iga berberat mo eku  redah yag disebut siderofor. Siderofor dapat
membetuk komp eks dega ogam- ogam termasuk ogam berat. Umumya pegkhe ata
 ogam berat o eh bakteri ada ah sebagai mekaisme bakteri utuk mempertahaka
diri terhadap toksisitas ogam. Bakteri yag taha terhadap toksisitas ogam be
rat mega ami perubaha sistem trasport di membra se ya, sehigga terjadi pe
o aka atau peguraga ogam yag masuk ke da am sitop asma. Dega demikia o
gam yag tidak dapat me ewati membra se  aka terakumu asi da diedapka atau
dijerap di permukaa se . Utuk megambi  ogam berat yag sudah terakumu asi o 
eh bakteri, dapat di akuka beberapa cara. Logam dari imbah cair dapat dipisahk
a dega memae mikroba. Logam yag berada da am taah ebih su it utuk dipis
ahka, tetapi ada cara pegambi a ogam megguaka taama pegakumu asi ogam
berat. Taama yag termasuk sawi-sawia (misa  Brassica jucea) dapat diguaka
 bersama-sama dega rhizobacteria pegakumu asi ogam (misa  Pseudomoas f uor
esces) utuk megambi  ogam berat yag mecemari taah. Se ajutya ogam yag
te ah terserap taama dapat dipae da dibakar utuk memisahka ogam beraty
a. DAFTAR PUSTAKA 1. Madiga et a ., 1995. Bio ogy of microorgaisms, Pretice H
a , Ic., New Jersey. 2. Sch ege , H.G., 1986. Geera  microbio ogy, Cambridge
Uiversity Press, Cambridge. 3. Staier, R.Y., E.A. Ade berg, JL.Igraham, 1980.
The Microbia  Word, Pretice Ha , Ic., New Jersey. 4. Mettig, F.B. (1993). S
oi  Microbia  Eco ogy.App icatios i Agricu ture ad Eviromet Maagemet.Mar
ce  Dekker. Ic. NY
116