4.

3 Analisis Kekerabatan Ikan Uji

Analisis tingkat kekerabatan genetik ikan uji merupakan tahapan lanjutan setelah
menyelesaikan analisis polimorfik berdasarkan pembacaan hasil visualisasi produk amplifikasi.
Fragmen DNA yang telah teramplifikasi dan terpresentasi melalui fragmen-fragmen yang
muncul pada gel agarose selanjutnya dikonversi menjadi matriks biner. Matriks biner berisi
interpretasi kehadiran dan ketidakhadiran pola fragmen-fragmen pada gel agarose. Fragmen yang
tervisualisasi diberi angka satu (1) dan tidak ada fragmen yang tervisualisasi diberi angka(0).
Proses ini dilakukan dengan bantuan beberapa software diantaranya adalah CorelDraw X7 untuk
mengetahui jarak migrasi DNA dan Microsoft Excel 2010 untuk menginput matriks biner dan
jarak migrasi DNA pada tabel berdasarkan interpretasi kemunculan fragmen pada agarose
sehingga dihasilkan grafik log panjang basa standar DNA terhadap jarak migrasi dan diketahui
persamaannya. Persamaan tersebut selanjutnya digunakan untuk menjadi acuan dasar
menentukan panjang fragmen DNA pada seyiap fragmen yang tervisualisasi.

Selanjutnya dilakukan perhitungan indeks koefisien kesamaan genetik (genetic similarity)

untuk dapat mengetahui jarak genetiknya sehingga diketahui kekerabatan dari ikan uji melalui
fenogram. Fenogram(pohon kekerabatan) dibuat berdasarkan metode UPGMA (Unweighted Pair
Group Method with Arithmetic Averages) pada program NTSYSpc 2.02 (Numerical Taxonomy
And Multivariatehic Analysis System).

Gambar . Fenogram Ikan Uji

Keterangan :

A= Koki Hitam
B= Koi
C= Barbir
D= Komet
E=Nila
F= Mas
G= Mas
H= Koki Oranye
I= Koki tidak berwarna
J= Nilem

Fenogram memperlihatkan hubungan kekerabatan antara ikan uji menggunakan primer

OPA-03 yang terdiri dari dua cluster (cluster I beranggotakan sampel A,F,H,I,E,G,D,B),
sedangkan cluster II beranggotakan sampel C dan J. Cluster merupakan metode yang membagi
sekumpulan data kedalam subkelas serupa dan memiliki makna dalam sebuah konstruksi pohon
filogenik(Mahaputro et al.2012, Adolfsson et al. 2018). Melalui bantuan analisis clustering,
hubungan genetic antar sampel dapat lebih mudah dipahami. Hasil analisis fenogram 10 isolat
DNA genom ikan uji terbagi atas dua cluster utama.
Cluster I beranggotakan koi hitam (A), ikan mas (F), koki oranye (H), koki tidak
berwarna (I),Nila (E),Ikan mas (G),Ikan komet (D), dan ikan koi(B). clister II terbagi menjadi
Barbir (C), dan Nilem (J). Berdasarkan fenogram, nilai kesamaan genetic subcluster I adalah
sebesar 45 %, atau jarak genetic diantara keduanya adalah 55%. Apabila dibandingkan dengan
subcluster I, nilai jarak diantara subcluster II dan subcluster III ini memiliki nilai yang kecil. Hal
ini mengindikasikan bahwa hubungan kekerabatan genetic diantara delapan ikan uji (sampel
A,F,H,I,E,G,D,B) semakin dekat. Apabila subcluster III dibandingkan dengan subcluster II
maka nilai jarak genetic masih lebih jauh, artinya masih terdapat variasi genetic diantara ikan
tersebut. Nilai kesamaan subcluster III pada kisaran 89-96%. Menurut Muharam dkk.(2012) nilai
indeks kesamaan yang mendekati 100% menunjukkan terdapat hubungan kekerabatan yang
dekat.
 Tingkat kemiripan genetic dari suatu populasi dapat digambarkan oleh jarak dan indeks
kesamaan genetic dari individu-individu anggota populasi (Arifin dkk. 2017, Muharam dkk.
2012). Sofro (1994) mengungkapkan bahwa semakin banyak persamaan karakteristik yang
dimiliki antar individu maka semakin dekat hubungan kekerabatannya, begitupula sebaliknya.
Semakin tinggi nilai indeks kesamaan genetic, maka semakin tinggi pula potensi perkawinan
sekerabat diantara sampel karena jarak genetik diantaranya semakin dekat. Pada cluster I dan
cluster II memiliki kekerabatan yang jauh. Sedangkan pada subcluster ke tiga memiliki
kekerabatan yang sangat dekat.