TUGAS GENETIKA

Kelas TBIO 4C

Nama Kelompok
1. Mivida Novi Soviona (12208183047)
2. Nurul Fadhilah (12208183118)

Karakterisasi Genom Dan Epidemiologi Baru dari Coronavirus

2019: Implikasi untuk Asal-Usul Virus dan Reseptor Mengikat

A. Pengantar
Virus dari keluarga Coronaviridae memiliki sebuah singlestrand.
Coronavirus telah diidentifikasi dalam beberapa host burung, 2,3
serta di berbagai mamalia, termasuk unta, kelelawar, musang
kelapa bertopeng, tikus, anjing, dan kucing. Novel coronavirus
mamalia sekarang secara teratur diidentifikasi. Sebagai contoh,
coronavirus asal
kelelawarbertanggungjawabuntuksindromdiareakutfatalpadababi
pada tahun
2018Diantarabeberapacoronavirusyangbersifatpatogenbagiman
usia,
sebagianbesarberhubungandengangejalaklinisringan,dengandu
a pengecualian: sindrom pernafasanakut parah (SARS)
coronavirus (SARS-CoV), sebuah betacoronavirus novel yang
muncul di Guangdong, Cina selatan, pada bulan November
2002, dan
mengakibatkanlebihdari8000infeksimanusiadan774kematiandi3
7 negaraselama2002-03
dansindrompernafasanTimurTengah(mer) coronavirus (Mers-
CoV), yang pertama kali terdeteksi di Arab Saudi pada 2012.
Untuk 2494 kasus yang dikonfirmasi laboratorium infeksi dan 858
korban jiwa sejak September 2012, termasuk 38 kematian berikut
pengenalan tunggal ke Korea Selatan. Pada akhir
Desember 2019, beberapa pasien dengan pneumonia virus yang
ditemukan epidemiologis yang terkait dengan pasar makanan laut
Huanan di Wuhan, di provinsi Hubei China, di mana sejumlah hewan
non-air seperti burung dan kelinci juga dijual sebelum Wabah. Sebuah
novel, coronavirus manusia menginfeksi bernama 2019 baru virus
corona (2019-nCoV), diidentifikasi dengan menggunakan generasi
sekuensing. Pada Jan 28 2020, China telah melaporkan lebih dari
5900 dikonfirmasi dan lebih dari 9000 kasus dugaan infeksi 2019-
nCoV di 33 provinsi atau kota Cina, dengan 106 kematian. Selain itu,
2019-nCoV kini telah dilaporkan di Thailand, Jepang, Korea Selatan,
Malaysia, Singapura, dan Amerika Serikat. Infeksi pada pekerja
medis dan kelompok keluarga juga dilaporkan dan penularan dari
manusia ke manusia telah dikonfirmasi. Sebagian besar pasien yang
terinfeksi mengalami demam tinggi dan beberapa memiliki
dyspnoea, dengan radiografi dada mengungkapkan lesi invasif di
kedua paru-paru.
Kami melaporkan data epidemiologi dari sembilan pasien
rawat inap, dari setidaknya tiga rumah sakit di Wuhan, yang
didiagnosis dengan pneumonia virus penyebab tak dikenal.
Menggunakan generasi sequencing sampel cairan bronchoalveolar
lavage dan isolat berbudaya dari pasien-pasien ini, 2019-nCoV
ditemukan. Kami menjelaskan karakterisasi genom dari genom
sepuluh virus novel ini, memberikan informasi penting tentang
asal-usul dan sel reseptor mengikat virus.

Metode
Pasien dan sampel
Sembilan pasien dengan radang paru-paru dan negatif untuk
patogen pernapasan umum, yang disajikan untuk setidaknya tiga
rumah sakit di Wuhan, dilibatkan dalam penelitian ini. Delapan
pasien telah mengunjungi pasar makanan laut Huanan sebelum
timbulnya penyakit, dan satu pasien (WH04) tidak mengunjungi
pasar tetapi tinggal di sebuah hotel dekatpasar antara 23
Desember dan 27 Desember 2019 (tabel). Lima pasien (WH19001,
WH19002, WH19004, WH19008, dan YS8011)memiliki sampel yang
dikumpulkan oleh Pusat Cina untuk Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit (CDC) yang diuji selama 18 virus dan empat bakteri
menggunakan RespiFinderSmart22 Kit (PathoFinder, Maastricht,
Belanda) pada sistem LightCycler 480 RealTime PCR (Roche,
Rotkreuz, Swiss). Kehadiran SARS-CoV danlima sampel CDC negatif
untuk semua patogen pernapasan umum diskrining untuk. Empat
pasien (WH01, WH02, WH03, dan WH04) telah sampel yang
dikumpulkan oleh BGI (Beijing, Cina), dan diuji selama lima virus
dan satu bakteri menggunakan RespiPathogen 6 Kit (Jiangsu Makro
& Mikro Test, Nantong, Cina) pada Applied Biosystems ABI 7500
real-Time sistem PCR (ThermoFisher Ilmiah, Foster City, CA, USA).
Semua empat sampel negatif untuk patogen pernapasan yang
ditargetkan.

Isolasi Virus
Khusus-bebas patogen epitel saluran napas manusia (HAE)
sel-sel yang digunakan untuk isolasi virus. Secara singkat, cairan
lavage bronchoalveolar atau swab tenggorokan dari pasien
diinokulasi ke dalam sel HAE melalui permukaan apikal. Sel-sel HAE
dipertahankan dalam antarmuka udara-cairan diinkubasi pada 37 °
C. Sel-sel dipantau setiap hari untuk efek sitopatik dengan
mikroskop cahaya dan supernatan sel dikumpulkan untuk
digunakan dalam tes RT-PCR kuantitatif. Setelah tiga bagian,
sampel apikal dikumpulkan untuk sequencing.

Strategi sequencing BGI

Semua sampel yang dikumpulkan dikirim ke BGI untuk
sequencing. 140 uL bronchoalveolar lavage sampel cairan (WH01
ke WH04) yang disediakan untuk ekstraksi RNA menggunakan
QIAamp Viral RNA Mini Kit (52.904; Qiagen, Heiden, Jerman), sesuai
dengan rekomendasi pabrikan. Sebuah teknik probe-ditangkap
digunakan untuk menghilangkan asam nukleat manusia. RNA yang
tersisa adalah

Reverse-ditranskripsi menjadi cDNA, diikuti oleh sintesis

secondstrand. Menggunakan DNA untai ganda sintetis,
perpustakaan DNA dibangun melalui DNAfragmentation, akhir-
perbaikan, adaptor-ligasi, dan PCR amplifikasi. perpustakaan
dibangun memenuhi syarat dengan Invitrogen qubit 2,0
Fluorometer (ThermoFisher, Foster City, CA, USA), dan berkualitas
untai ganda perpustakaan DNA berubah menjadi perpustakaan
DNA melingkar untai tunggal melaluiDNA-denaturasi dan
circularisation. nanoballs DNA yang dihasilkan dari DNA melingkar
singlestranded dengan menggulung lingkaran amplifikasi, maka
berkualitas dengan qubit 2.0 dan dimuat ke aliran sel dan
sequencing dengan PE100 pada platform DNBSEQ-T7 (MGI,
Shenzhen, Cina).Setelah menghapus adaptor, berkualitas rendah,
danrendah-kompleksitas berbunyi, berkualitas tinggi Data
sekuensing genomyang dihasilkan. Urutan membaca pertama kali
disaring terhadap genomreferensi manusia (hg19) menggunakan
Burrows-Wheeler Penyelarasan. Datayang tersisa kemudian
disesuaikan dengan database nukleotida lokal(menggunakan
Burrows-Wheeler Penyelarasan) dan basis data proteinnon-
berlebihan (menggunakan RapSearch), download dari Pusat
Nasionaluntuk website Biotechnology Information, yang hanya
berisi coronavirusyang telah diterbitkan. Akhirnya, dipetakan
berbunyi berkumpul dengansekop untuk mendapatkan kualitas
tinggi urut coronavirus genom.
Primer dirancang dengan menggunakan oligo Primer
AnalisisSoftware versi 6.44 atas dasar genom parsial dirakit, dan
diverifikasioleh Primer-ledakan (untuk detail lebih lanjut tentang
sequencsprimer digunakan kontak silakan penulis yang sesuai).
PCRdidirikan sebagai berikut: 4 · 5 uL 10X penyangga, 4 uL dNTP
mix (2·5 umol / L), 1 uL masing-masing primer (10 umol / L), dan 0 ·
75unit HS Ex Taq (Takara Teknologi Biomedis, Beijing, Cina), dalam
volume total 30 uL. CDNA terbalik ditranskrip dari sampel
klinisdigunakan sebagai template, dan primer acak yang
digunakan.Program berikut dijalankan pada thermocycler yang:
95°C selama 5 menit; 40 siklus 95°C selama 30 s, 55°C selama 30
s, dan 72°C selama 1 menit seperti yang ditentukan oleh ukuran
produk; 72° C selama 7 menit; dan 4°C ditahan. Akhirnya, produk
PCR dipisahkan oleh agarose elektroforesis gel, dan produk dari
ukuran diharapkan disekuensing dari kedua ujungnya pada Applied
Biosystems 3730 Platform DNA Analyzer (Applied Biosystems, Life
Technologies, Foster City, CA, USA; untuk rincian lebih lanjut
tentang diharapkan ukuran silahkan hubungi penulis yang sesuai).

Cina Strategi Sequencing CDC

Urutan seluruh genom dari 2019-nCoV dari enam sampel
(WH19001,WH19005, WH19002, WH19004, WH19008, dan YS8011)
yangdihasilkan oleh kombinasi Sanger, Illumina, dan Oxford
nanoporesequencing. Pertama, RNA virus diekstraksi langsung dari
sampel klinisdengan QIAamp Viral RNA Mini Kit, dan kemudian
digunakan untukmensintesis cDNA dengan superscript III reverse
transcriptase(ThermoFisher, Waltham, MA, USA) dan N6 primer
acak, diikuti olehsintesis kedua untai dengan DNA Polymerase I,
Large (Klenow)Fragmen (ThermoFisher). Viral cDNA perpustakaan
siap denganpenggunaan NextEra XT Perpustakaan Prep Kit
(Illumina, San Diego,CA, USA), kemudian dimurnikan dengan
Agencourt AMPure XPmanik-manik (Beckman Coulter, Brea, CA,
USA), diikuti oleh kuantifikasidengan Invitrogen qubit 2.0
Fluorometer. Perpustakaan DNA yangdihasilkan disekuensing baik
pada MiSeq atau platform ISEQ (Illumina)menggunakan 300-siklus
reagen kit. Sekitar 1 · 2-5 GB data yang diperoleh untuk masing-
masing sampel. amplifikasi cepat cDNA ujung (RACE) dilakukan
untukmemperoleh urutan dari 5 ' dan 3 ' termini, menggunakan
Invitrogen 5 ' RACESistem dan 3 ' RACE System (Invitrogen,
Carlsbad, CA, USA), sesuaidengan instruksi produsen. primer gen
spesifik (lampiran p 1)selama 5 ' dan 3 ' RACE PCR amplifikasi
dirancang untukmendapatkan sebuah fragmen sekitar 400-500 bp
untuk duawilayah. produk dimurnikan PCR diklon ke dalam pMD18-
T SimpleVector (Takara, Takara Bioteknologi, Dalian, Cina) dan
kimia competent Escherichia coli(Sel DH5a; Takara), sesuai dengan
instruksi pabrik. produk PCRdisekuensing dengan menggunakan
M13 maju dan primer terbalik.

Virus Analisis Genom Dan Penjelasan

 Virus referensi genom diperoleh dari GenBank
menggunakanBLASTN dengan 2019-nCoV sebagai query. Frame
baca terbukadari urutan genom diverifikasi diprediksi
menggunakan Geneious(versi 11.1.5) dan dijelaskan menggunakan
Lindung DomainDatabase. Berpasangan urutan identitas juga
dihitungmenggunakan Geneious. rekombinasi genetik potensial
diselidikimenggunakan software Simplot (versi 3.5.1) 20 dan
analisis filogenetik.

Analisis Filogenetik
Urutan keselarasan 2019-nCoV dengan urutan referensi
dilakukandengan software Mafft (versi 7.450). analisis filogenetik
genom dan utama daerah coding lengkapdilakukan dengan
software RAxML (versi 8.2.9) dengan 1000ulangan bootstrap,
menggunakan waktu secara umum Modelsubstitusi reversibel
nukleotida.
Pengembangan diagnostik molekuler untuk 2019-nCoVAtas dasar
urutan genom yang diperoleh, real-time assay deteksi
PCRdikembangkan. primer PCR dan probe dirancang menggunakan
AppliedBiosystems Primer Ekspres Software (ThermoFisher Ilmiah,
Foster City,CA, USA) atas dasar genom virus sequencing kami.
Primer spesifik danpenyelidikan set (berlabel dengan reporter 6-
carboxyfluorescein [FAM]dan pemadam Black Hole Quencher 1
[BHQ1]) untuk orf1a adalahsebagai berikut: untuk bangsal primer
5'AGAAGATTGGTTAGATGATGATAGT-3';
primer 5'TTCCATCTCTAATTGAGGTTGAACC-3';dan penyelidikan5 '-
FAM-TCCTCACTGCCGTCTTGTTG ACCA-BHQ1-3 '.Manusia GAPDH
gen digunakan sebagai con trol internal yang (forward primer 5'-
TCAAGAAGGTGGTGAAGCAGG-3';sebaliknya primer 5'-
CAGCGTCAAAGGTGGAGGAGT-3'; menyelidiki 5'-VIC-CCTCAAGGG
CATCCTGGGCTACACTBHQ1-3 ').Primer dan probe disintesis oleh
BGI (Beijing,
Cina). RT-PCR dilakukan dengan Applied Biosystems 7300Real-Time
PCR System (ThermoScientific), dengan 30 volumereaksi uL terdiri
dari 14 uL RNA diencerkan, 15 uL 2X TaqManSatu-Langkah RT-PCR
Guru Mix Reagen (4.309.169; TerapanBiosystems,ThermoFisher), 0
· 5 uL 40X MultiScribe dan campuran inhibitor RNase,0 · 75 uL
primer forward (10 umol / L), 0 · 75 uL terbalik primer (10 umol/ L),
dan 0 · 375 uL Probe (10 umol / L). parameter siklus termal
berada30 menit pada 42 ° C, diikuti oleh 10 menit pada 95 ° C, dan
selanjutnya40 siklus amplifikasi (95 ° C selama 15 s dan 58 ° C
selama 45 s).Fluoresensi tercatat selama fase 58 ° C.

Peran Sumber Pendanaan

Penyandang dana penelitian tidak memiliki peran dalam
pengumpulan data,analisis data, interpretasi data, atau penulisan
laporan. GFG dan WS memilikiakses ke semua data dalam
penelitian ini, dan GFG, WS, WT, WC, dan GWbertanggung jawab
atas keputusan untuk mengirimkan untuk publikasi.

Hasil
Dari sampel sembilan pasien dianalisis, delapan lengkap dan
duaurutan genom parsial dari 2019-nCoV diperoleh. Data ini
telahdisimpan di China National Mikrobiologi Data Center (nomor
aksesiNMDC10013002 dan aksesi genom nomor NMDC60013002-
01untuk NMDC60013002-10) dan data dari BGI telah disimpan
diChina National GeneBank (Acces sion nomor CNA0007332-
35).Berdasarkan genom ini, kami mengembangkan real-time
PCRassay dan diuji sampel klinis asli dari BGI (WH01, WH02,
WH03,dan WH04) lagi untuk menentukan siklus threshold (Ct) nilai-
nilaimereka (tabel). Sampel yang tersisa diuji oleh real-time PCR
assayyang berbeda dikembangkan oleh CDC Cina, dengan nilai Ct
mulaidari 22 · 85-32 · 41 (table). Hasil ini mengkonfirmasi
keberadaan2019-nCoV pada pasien. Bronchoalveolar lavage
sampel cairanatau virus berbudaya dari sembilan pasien digunakan
untukgenerasi sekuensing. Setelah menghapus host (manusia)
berbunyi,de novo perakitan dilakukan dan contigs diperoleh
digunakansebagai query untuk mencari database protein non-
redundant.Beberapa contigs diidentifikasi dalam semua sampel
terkait eratdengan kelelawar SARS seperti betacoronavirus bat-SL-
CoVZC45 betacoronavirus. Bat-SL-CoVZC45 kemudian digunakan
sebagaigenom referensi dan membaca dari setiap kolam dipetakan
untukitu, menghasilkan urutan konsensus yang sesuai dengan
semuaurutan konsensus kemudian digunakan sebagai genom
referensibaru. Delapan genom lengkap dan dua genom parsial (dari
sampelWH19002 dan WH02; tabel) diperoleh. The de novo
perakitanbersih membaca dari semua renang tidak
mengidentifikasi contigspanjang lainnya yang berhubungan dengan
virus lain di kelimpahanyang tinggi. Delapan genom lengkap
hampir identik di seluruhgenom, dengan urutan identitas di atas 99
· 98%, indikasi darimunculnya sangat baru ke dalam populasi
manusia (gambar 1A).Perbedaan nukleotida terbesar adalah empat
mutasi. Terutama,identitas urutan antara dua genom virus dari
pasien yang sama(WH19001, dari cairan lavage bronchoalveolar,
dan WH19005, darikultur sel) adalah lebih dari 99 · 99%,
Sebuah BLASTN pencarian dari genom lengkap 2019-nCoV mengungkapkan bahwa virus
paling erat terkait tersedia di GenBank yang kelelawar-SL-CoVZC45 (urutan identitas 87 ·
99%; permintaan cakupan 99%) dan lain SARS seperti betacoronavirus asal kelelawar, bat-
SL CoVZXC21 (aksesi nomor MG772934; 23 87 · 23%; cakupan permintaan 98%). Di lima
wilayah gen (E, M, 7, N, dan 14), urutan identitas yang lebih besar dari 90%, dengan tertinggi
menjadi 98 · 7% pada gen E . Gen S 2019-nCoV dipamerkan identitas urutan terendah
dengan kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-SL-CoVZXC21, di hanya sekitar 75%. Selain
itu, identitas urutan 1b (sekitar 86%) lebih rendah dibandingkan di 1a (sekitar 90%; angka
2A). Sebagian besar protein yang dikodekan dipamerkan identitas urut tinggi antara 2019-
nCoV dan kelelawar yang diturunkan coronavirus terkait. Pengecualian adalah protein
lonjakan, dengan hanya sekitar 80% urut identitas, dan protein 13, dengan 73 · 2% urut
identitas. Terutama, 2019-nCoV strain kurang genetik mirip dengan SARS-CoV (sekitar
79%) dan mer-CoV (sekitar 50%).
Kesamaan antara 2019-nCoV dan virus terkait divisualisasikan menggunakan
software Simplot, dengan 2019-nCoV urutan konsensus dipekerjakan sebagai query .
Perbandingan daerah coding prediksi 2019-nCoV menunjukkan bahwa mereka memiliki
organisasi genom mirip dengan kelelawar-SL-CoVZC45, kelelawar-SL-CoVZXC21, dan
SARS-CoV (gambar 1B). Setidaknya 12 daerah coding diprediksi, termasuk 1AB, S, 3, E, M,
7, 8, 9, 10b, N, 13, dan 14 . Panjang dari sebagian besar protein yang dikodekan oleh 2019-
nCoV, kelelawar-SL-CoVZC45, dan kelelawar-SL-CoVZXC21 serupa, dengan hanya
beberapa sisipan kecil atau penghapusan. Sebuah perbedaan penting adalah protein lonjakan
lagi dikodekan pada 2019-nCoV dibandingkan dengan kelelawar SARS seperti coronavirus,
SARS-CoV, dan mer-CoV (gambar 1B). analisis filogenetik dari 2019 nCoV dan genom
referensi terkait erat, serta betacoronaviruses perwakilan, mengungkapkan bahwa lima
subgenera membentuk lima cabang didukung.
subgenus yang dapat diklasifikasikan menjadi tiga clades didukung: dua strain SARS-
CoV terkait dari Rhinolophus sp dari Bulgaria (nomor aksesi GU190215) dan Kenya
(KY352407) terbentuk clade 1; sepuluh 2019-nCoV dari Wuhan dan dua kelelawar yang
diturunkan SARS seperti strain dari Zhoushan di Cina timur (bat-SL-CoVZC45 dan
kelelawar-SL-CoVZXC21) terbentuk clade 2, yang terkenal karena cabang panjang yang
memisahkan manusia dan virus bat; dan SARS-CoV strain dari manusia dan banyak genetik
serupa SARS seperti korona virus dari kelelawar yang dikumpulkan dari Cina barat daya
terbentuk clade 3, dengan coronavirus kelelawar yang diturunkan juga jatuh dalam posisi
basal. Selain itu, 2019-nCoV adalah berbeda dari SARS-CoV dalam filogeni dari lengkap
RNA-dependent RNA polimerase ( RdRp) gen. Bukti ini menunjukkan bahwa 2019-nCoV
adalah coronavirus beta baru dari subgenus Sarbecovirus. Sebagai plot kesamaan urutan
mengungkapkan perubahan jarak genetik antara virus di seluruh genom 2019-nCoV, kami
melakukan
analisis filogenetik tambahan daerah pengkodean utama anggota perwakilan dari subgenus
yang Sarbecovirus. Konsisten dengan filogeni genom 2019-nCoV, kelelawar-SL-CoVZC45,
dan kelelawar-SL-CoVZXC21 berkumpul bersama-sama di pohon 1a dan lonjakan gen.
Sebaliknya, 2019-nCoV tidak mengelompok dengan kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-
SL-CoVZXC21 di pohon 1b, melainkan membentuk clade yang berbeda dengan SARS-CoV,
kelelawar-SL-CoVZC45, dan kelelawar-SL-CoVZXC21, menunjukkan potensi peristiwa
rekombinasi di 1b, meskipun ini mungkin terjadi di coronavirus kelelawar daripada 2019-
nCoV. analisis filogenetik dari 2019-nCoV genom tidak termasuk 1b mengungkapkan
hubungan evolusi yang sama seperti genom virus full-length.
Amplop lonjakan (S) menengahi protein reseptor mengikat dan fusi membran 24 dan sangat
penting untuk menentukan tropisme host dan kapasitas transmisi. 25,26 Umumnya, protein
lonjakan dari coronavirus secara fungsional dibagi ke dalam domain S1 (terutama posisi 318-
510 dari SARS-CoV), bertanggung jawab untuk reseptor mengikat, dan S2 domain,
bertanggung jawab untuk fusi membran sel. 27 2019-nCoV S2 protein menunjukkan sekitar
93% urut identitas dengan kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-SL-CoVZXC21-jauh lebih
tinggi dibandingkan dengan domain S1, yang hanya sekitar 68% identitas dengan virus
kelelawar yang diturunkan tersebut.
Kedua domain N-terminal dan domain C-terminal domain S1 dapat mengikat reseptor
tuan rumah. 28 Kami diperiksa amino variasi asam dalam protein lonjakan antara coronavirus
Sarbecovirus. Meskipun 2019-nCoV dan SARS-CoV jatuh dalam clades yang berbeda,
mereka masih memiliki sekitar 50 dilestarikan asam amino di S1, sedangkan sebagian besar
virus kelelawar yang diturunkan ditampilkan perbedaan mutasi. Sebagian besar posisi ini
dalam domain C-terminal. Selain itu, sejumlah acara penghapusan, termasuk posisi 455-457,
463-464, dan 485-497, ditemukan di strain kelelawar yang diturunkan (gambar 4). Domain
reseptor-mengikat betacoronaviruses, yang secara langsung terlibat reseptor, umumnya
terletak di domain C-terminal S1, seperti pada SARS-CoV 29 untuk garis keturunan B, dan
mer-CoV 30,31 dan BatCoV HKU4, 32 untuk garis keturunan C.
Melalui analisis filogenetik dari domain reseptor-mengikat empat garis keturunan
yang berbeda dari betacoronaviruses, kami menemukan bahwa, meskipun 2019-nCoV lebih
dekat untuk kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-SL-CoVZXC21 di tingkat seluruh
genom, domain reseptor-mengikat 2019-nCoV jatuh dalam garis keturunan B dan lebih dekat
dengan yang SARS-CoV. Struktur tiga dimensi dari 2019-nCoV domain receptorbinding
dimodelkan menggunakan program Swiss-Model 33 dengan struktur domain SARS-CoV
reseptor mengikat (Protein Data Bank ID 2DD8) 34 sebagai template. Analisis ini
menunjukkan bahwa, seperti betacoro- lainnya naviruses, domain reseptor-mengikat terdiri
dari inti dan subdomain eksternal. Terutama, subdomain eksternal dari domain reseptor-
mengikat 2019-nCoV lebih mirip dengan SARS-CoV. Hasil ini menunjukkan bahwa 2019-
nCoV mungkin juga menggunakan enzim angiotensin-converting 2 (ACE2) sebagai reseptor
sel. Namun, kami juga mengamati bahwa beberapa residu kunci yang bertanggung jawab
untuk mengikat dari SARS-CoV domain reseptor-mengikat reseptor ACE2 yang variabel
dalam domain reseptor-mengikat 2019-nCoV (termasuk Asn439, Asn501, Gln493, Gly485
dan Phe486; 2019 –nCoV penomoran).

Kesimpulan
Dari pengawasan genom sampel klinis dari pasien dengan radang paru-paru di Wuhan, Cina,
coronavirus baru (disebut 2019-nCoV) telah diidentifikasi. 10,11 analisis filogenetik kami
2019-nCoV, diurutkan dari sampel sembilan pasien, menunjukkan bahwa virus milik
subgenus Sarbecovirus. 2019-nCoV lebih mirip dengan dua strain coronavirus kelelawar
yang diturunkan, kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-SL-CoVZXC21, daripada
coronavirus manusia menginfeksi diketahui, termasuk virus yang menyebabkan wabah SARS
tahun 2003.
coronavirus kira-kira 10 - substit pergantian nukleotida per situs per tahun, 1
dengan mutasi yang muncul selama setiap siklus replikasi. Ini, Oleh karena itu, mencolok
bahwa urutan 2019-nCoV dari berbeda pasien yang dijelaskan di sini hampir identik, dengan
lebih dari 99 · 9% identitas urutan. Temuan ini menunjukkan bahwa 2019-nCoV berasal dari
satu sumber dalam waktu yang sangat singkat dan dulu terdeteksi relatif cepat. Namun,
karena virus mentransmisikan lebih banyak individu, pengawasan mutasi yang konstan
diperlukan. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa coronavirus yang diturunkan kelelawar
jatuh dalam semua lima subgenera dari genus Betacoronavirus.
Bahkan, coronavirus yang diturunkan kelelawar jatuh pada posisi basal dalam
subgenus Sarbecovirus, dengan 2019-nCoV paling dekat hubungannya dengan bat-SL-
CoVZC45 dan bat-SL-CoVZXC21, yang juga dijadikan sampel dari kelelawar. 23 Data ini
konsisten dengan reservoir kelelawar untuk coronavirus pada umumnya dan untuk 2019-
nCoV pada khususnya. Namun, Terlepas dari pentingnya kelelawar, beberapa fakta
menunjukkan hal lain hewan bertindak sebagai inang perantara antara kelelawar dan manusia.
Pertama, wabah pertama kali dilaporkan pada akhir Desember 2019, ketika sebagian besar
spesies kelelawar di Wuhan berhibernasi. Kedua, tidak ada kelelawar dijual atau ditemukan
di pasar makanan laut Huanan, sedangkan beragam tersedia hewan non-akuatik (termasuk
mamalia) membeli. Ketiga, identitas urutan antara 2019-nCoV dan identitasnya kerabat dekat
kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-SL-CoVZXC21 kurang dari 90%, yang tercermin
dalam cabang yang relatif panjang antara mereka. Karenanya, bat-SL-CoVZC45 dan bat-SL-
CoVZXC21 tidak leluhur langsung dari 2019-nCoV. Keempat, di kedua SARS-CoV dan
MERS-CoV, kelelawar bertindak sebagai reservoir alami, dengan hewan lain (Musang kelapa
bertopeng untuk SARS-CoV dan unta dromedaris untuk MERS-CoV) 36 bertindak sebagai
perantara host, dengan manusia sebagai host terminal.
Oleh karena itu, atas dasar data saat ini, sepertinya 2019-nCoV menyebabkan
Wuhan wabah mungkin juga pada awalnya di-host oleh kelelawar, dan mungkin telah
ditransmisikan ke manusia melalui hewan liar yang tidak dikenal yang dijual di pasar
makanan laut Huanan. Studi sebelumnya telah terungkap beberapa reseptor yang diikat oleh
virus korona berbeda, seperti ACE2 untuk SARS-CoV 29 dan CD26 untuk MERS-CoV. 30
Pemodelan molekuler kami menunjukkan kesamaan struktural antara domain pengikat
reseptor SARS-CoV dan 2019-nCoV. Karena itu, kami menyarankan agar 2019-nCoV
mungkin menggunakan ACE2 sebagai reseptor, meskipun ada asam amino mutasi dalam
domain pengikatan reseptor 2019-nCoV. Meskipun Penelitian sebelumnya menggunakan sel
HeLa yang mengekspresikan protein ACE2 menunjukkan bahwa 2019-nCoV dapat
menggunakan reseptor ACE2, 37 apakah ini mutasi mempengaruhi pengikatan ACE2 atau
mengubah tropisme reseptor yang dibutuhkan pelajaran lanjutan. Rekombinasi telah sering
terlihat di virus korona. 1 Seperti yang diharapkan, kami mendeteksi rekombinasi di
Sarbecovirus dianalisis di sini. Hasil kami menyarankan itu
peristiwa rekombinasi kompleks dan lebih mungkin terjadi di virus korona
kelelawar dibandingkan pada 2019-nCoV. Oleh karena itu, meskipun terjadi, rekombinasi
mungkin bukan alasan munculnya virus ini, meskipun kesimpulan ini mungkin berubah jika
hewan lebih dekat terkait virus diidentifikasi.