Analisis struktur protein 3D

kenapa dan bagaimana

 Struktur 3D adalah sumber berharga
informasi
• Bentuk dan struktur domain
• Klasifikasi protein
• Prediksi fungsi protein yang tidak berkarakter

• Interaksi dengan makromolekul lain

• Interaksi dengan ligan kecil: ion logam,
nukleotida, substrat, kofaktor dan inhibitor

• Bukti untuk mekanisme enzim

• Pengembangan obat berbasis struktur
• Modifikasi posttranslational: disulfide
obligasi, N-glikosilasi,…
• Bukti eksperimental untuk domain transmembran
Struktur rantai polipeptida

Nyaman, tapi
molekul nyata terisi
ruang atas

Warna:
Karbon = abu-abu muda

Nitrogen = biru
Oksigen = merah

Belerang = kuning

1B6Q

Visualisasi dengan DeepView

Struktur rantai polipeptida

Lain
pemandangan dari

sama

1B6Q

Kartun JMOL
Struktur rantai polipeptida

Model pengisian ruang

sama

Warna:
Karbon = abu-abu muda
Nitrogen = biru
Oksigen = merah

Belerang = kuning

1B6Q

JMOL
Dasar-dasar struktur protein

Struktur primer

Struktur sekunder

Struktur tersier

Struktur kuarter

Nota bene: beberapa protein tidak

teratur secara inheren
 Struktur primer: urutan protein
20 asam amino dengan karakteristik berbeda: kecil,
besar, polar, lipofilik, bermuatan,…

• http://schoolworkhelper.net/amino-acids-categories-function/
 Struktur rantai polipeptida

Atom karbon alfa

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=bioinfo&part=A135#A146
Pola lipatan rantai polipeptida dapat dijelaskan
dalam bentuk sudut rotasi di sekitar ikatan
rantai utama

Phi dan psi menggambarkan konformasi rantai utama.

Omega sesuai dengan konformasi trans (omega = 180) atau cis (omega = 0). Kecuali
untuk Pro, trans adalah konformasi yang lebih stabil

http://swissmodel.expasy.org/course/
 Fakta utama tentang rantai polipeptida:

• Ikatan kimia memiliki panjang yang khas.

• Ikatan peptida memiliki karakter ikatan rangkap parsial, artinya lebih
pendek, dan kaku

• Ikatan lainnya adalah ikatan tunggal (tetapi: pembatasan rotasi karena halangan
sterik)
 Plot Ramachandran (1):
Setiap jenis struktur sekunder memiliki kombinasi
karakteristik sudut phi dan psi

http://swissmodel.expasy.org/course/text/chapter1.htm
 Plot Ramachandran (2):
Untuk setiap kemungkinan konformasi, struktur diperiksa untuk kontak dekat antar atom. Atom diperlakukan
sebagai bola keras dengan dimensi yang sesuai dengan jari-jari van der Waalsnya. Sudut, yang
menyebabkan bola bertabrakan sesuai dengan konformasi tulang punggung polipeptida yang tidak diizinkan
secara steril (zona putih).

Merah: tidak ada halangan sterik

Kuning: sedikit sterik

kendala
Putih: "zona terlarang"

Pengecualian: Gly tidak memiliki rantai

samping dan dapat ditemukan di daerah

putih

Saat menentukan struktur protein, hampir semua residu harus berada di zona yang
diizinkan (kecuali beberapa Gly)
 Struktur sekunder:
heliks, untaian, belokan, dan loop
Struktur sekunder:
Alfa-heliks
Karakteristik:
Residu heliks memiliki sudut phi dan psi negatif, nilai
tipikal adalah -60 derajat dan
- 50 derajat

Setiap rantai utama C = O dan gugus NH terikat hidrogen

dengan 4 residu ikatan peptida
pergi (yaitu O saya ke N i + 4). Ini memberikan pengaturan yang sangat
teratur dan stabil.

3,6 residu per giliran

5,4 Å ulangi sepanjang sumbu heliks
Setiap residu sesuai dengan kenaikan ca. 1,5 Å
 Struktur sekunder: untaian beta

Karakteristik:
Sudut psi positif, biasanya ca. 130
derajat, dan nilai phi negatif,
biasanya ca. -140 derajat

Tidak ada ikatan hidrogen di antara atom

tulang punggung dari untai yang sama!

http://swissmodel.expasy.org/course/text/chapter1.htm
 Untaian beta bisa terbentuk

beta-sheets paralel atau antiparalel

Karakteristik:
Stabil oleh ikatan hidrogen antara atom
tulang punggung dari rantai yang
berdekatan
Jarak aksial antara residu yang
berdekatan adalah 3,5 Å. Ada dua
residu per unit pengulangan yang
memberi untai beta pitch 7 Å
 Berputar dan berputar

Loop : nama umum untuk bagian bergerak dari polipeptida tanpa

struktur sekunder tetap Loop antara
Belok: beberapa jenis, struktur yang ditentukan, persyaratan untuk aa tertentu untai beta

pada posisi kunci, yang berarti mereka dapat diprediksi. Rantai polipeptida
“berputar balik” pada 2-5 residu.
 Struktur supersecondary:
Terdiri dari 2-3 elemen struktur sekunder

Contoh:

Motif heliks-putar-heliks, sering ditemukan pada

protein pengikat DNA

Kumparan melingkar, misalnya dari miosin

 Struktur tersier

Domain, berulang, jari seng ...

Domain: bagian protein yang terlipat secara independen. Ukuran rata-rata, sekitar 150 aa
Domain LRR
residu, batas bawah sekitar 50 residu
Berulang: beberapa tipe: LRR, ANK, HEAT…. Terdiri dari beberapa elemen
struktur sekunder. Stabil oleh interaksi antara pengulangan; dapat membentuk
struktur besar.
Jari seng: beberapa jenis; struktur distabilkan oleh ion seng terikat

Tangan EF: struktur distabilkan oleh kalsium terikat

 Struktur kuarter:
struktur subunit

Contoh:
- Homodimer
- Kompleks antara ligan dan reseptor, enzim dan
substrat

- Kompleks multisubunit

• Database STRING
• IntAct, DIP, MINT
 TALI
http://string-db.org/
 Melipat protein

Banyak protein dapat melipat dengan cepat dan spontan (kisaran msec)

Sifat fisikokimia dari rantai polipeptida (= urutan protein)

menentukan struktur protein

Satu urutan -> satu lipatan stabil

NB: beberapa protein atau bagian dari protein adalah secara intrinsik tidak teratur =
tidak terstruktur jika tidak ada yang spesifik
ligan ( misalnya domain pengikat ligan reseptor mineralokortikoid)

Lihat juga: http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_folding

 Struktur protein:
kebutuhan untuk klasifikasi

Seberapa mirip / berbeda protein ini?

Klasifikasi struktur protein:
kriteria kuantitatif

Struktur heliks alfa murni

Struktur untai beta murni,
Campuran

Topologi (= orientasi & konektivitas elemen

struktural)

Protein domain tunggal vs multidomain

Implikasi kesamaan struktural:

Evolusi
Prediksi fungsi
 Alasan kesamaan struktural

• Kemiripan muncul karena evolusi yang berbeda (homolog) dari nenek moyang yang sama
- struktur yang jauh lebih terkonservasi daripada urutan

• Kesamaan karena evolusi konvergen (analog)

- Kesamaan karena ada sejumlah cara pengemasan heliks dan untaian dalam ruang
3D

- tidak ada kemiripan urutan yang signifikan, tetapi protein dapat menggunakan lokasi struktural yang serupa
sebagai situs aktif

- NB: pada identitas urutan rendah, sulit untuk mengetahui apakah 2 urutan memiliki nenek moyang yang
sama, atau tidak

27
 Dogma saat ini

• Protein dengan urutan serupa memiliki struktur 3D yang serupa

• Protein dengan struktur 3D serupa cenderung memiliki fungsi serupa (umumnya

benar, tetapi ada pengecualian )

• Protein dengan fungsi serupa dapat memiliki urutan yang sama sekali berbeda (subtilisin vs
kimotripsin: geometri situs aktif yang sama, tidak ada kemiripan urutan yang dapat dideteksi)

28
Analisis struktur protein 3D

metodologi
Inisiatif struktur protein: kemajuan teknis dan
otomatisasi
Sebagian besar struktur protein ditentukan

menggunakan kristalografi sinar-X

31
 Parameter yang mempengaruhi kristalisasi:

Fisiko-kimia: temukan kondisi yang tepat

Presipitasi: jenis dan konsentrasi pH

Pelarut, komposisi penyangga

Suhu, Tekanan
Waktu

Biologis Kristal lisozim tetragonal

Kemurnian protein, adanya ligan
Sumber biologis (ekspresi asli vs heterolog, PTM) Urutan heterogenitas
(mikro)
Heterogenitas konformasional (mikro)
Beberapa protein secara intrinsik tidak terstruktur

32
 Akuisisi data

Sinar sinar-X monokrom difokuskan pada kristal

Atom-atom di dalam kristal mendifraksi berkas; Setiap jenis kristal memberikan pola difraksi karakteristik yang
dapat direkam dan digunakan untuk menghitung struktur
Semakin kompleks sampelnya, semakin kompleks pola difraksinya (Masalah praktis karena titik
lemah dan / atau difus)
33
 Resolusi dan pengetahuan struktural
Resolusi tersebut mempengaruhi jumlah informasi yang dapat diperoleh
Resolusi tergantung pada kualitas kristal, seberapa mirip molekul protein dalam
kristal satu sama lain, dan seberapa baik susunannya di seluruh kristal.

Res (A) Informasi struktural Sinar-X

4.0 Lipatan global, beberapa indikasi struktur sekunder Berguna

3.5 Struktur sekunder

3.0 Sebagian besar rantai samping diposisikan

2.5 Semua rantai samping, sudut phi-psi dibatasi, perairan Khas

berada

1.5 sudut phi-psi terdefinisi dengan baik, atom hidrogen Baik sekali
mulai muncul

1.0 Hidrogen terlihat Bisa jadi

34
 Resonansi magnetik nuklir (NMR)

• Mengukur tingkat energi atom magnet, yaitu atom dengan bilangan

elektron ganjil: 1 H, 13 C, 15 N, 19 F, 31 P.
• Tingkat energi suatu atom dipengaruhi oleh lingkungan setempat
(pergeseran kimiawi)
• Melalui ikatan kovalen
• Melalui ruang, maks. Terpisah 5A: Nuclear Overhauser Effect (NOE)

• NMR dapat mengidentifikasi atom-atom yang berdekatan, juga atom-atom yang

berdekatan di ruang angkasa tetapi tidak terhubung oleh ikatan kovalen langsung

• Pergeseran kimiawi dapat menentukan struktur sekunder

• Spektrum NMR menghasilkan sekumpulan puncak yang sesuai dengan

interaksi antara pasangan atom
• Dari sini, seseorang dapat menghitung struktur proteinnya

35
 Resonansi magnetik nuklir (NMR)

• Keuntungan: dilakukan dengan protein dalam larutan Tetapi: masih

• membutuhkan konsentrasi protein yang tinggi

• Keuntungan / Kerugian: heterogenitas konformasi - protein bergerak

• Hasil NMR biasanya menghasilkan sekitar 20 struktur yang mirip tetapi tidak
identik
• Kerugian: tidak dapat menentukan struktur protein besar (ok
hingga 30 kDa, layak hingga 60 kDa)
• Spektrum NMR digunakan untuk mempelajari protein kecil atau domain terisolasi

36
Keluaran NMR

Sebuah ensambel dari 15-20 struktur yang

sangat mirip

Aspek dinamis dari struktur

Kurang "presisi" dibandingkan struktur sinar-X

yang kaku

37
 X-ray vs NMR: prinsip

X- NM
sinar R

RF
Difraksi
Resonansi
sinar X Pola RF

H
0
Deteksi langsung Deteksi tidak langsung
posisi atom Jarak HH
Kristal Dalam larutan

38
Mikroskop elektron

Dikembangkan pada tahun 1930 untuk mengatasi

keterbatasan Mikroskop Cahaya

Berdasarkan prinsip Mikroskop

Transmisi Cahaya

Resolusi potensial 1Å dimungkinkan

Memungkinkan untuk merekonstruksi struktur 3D

dari proyeksi 2D

39
 Mikroskop Elektron Transmisi

Gambar cryo-EM dari kompleks pendamping GroEL, yang menunjukkan

tampilan akhir (cincin) dan tampilan samping (garis-garis).

40
 Metode untuk menentukan struktur 3D
Keuntungan Kekurangan

Sinar-X Resolusi tinggi Kristal dibutuhkan

Crystallo- (hingga 0,5Å) Artefak akibat kristalisasi (Enzim

graphy Tidak ada batasan massa protein dalam konformasi terbuka vs tertutup)

Struktur adalah rata-rata statis

Tidak perlu kristal Larutan yang sangat pekat

NMR Konformasi protein (Setidaknya 1mM)
dalam larutan Substitusi isotop ( 13 C, 15 N) Berat
Aspek dinamis maksimum terbatas
(tampilan ensemble konformasi) (sekitar 60 kD)

Elektron Tidak perlu kristal 3D Kerusakan radiasi besar

Mikroskopi Gambar langsung Butuh kristal 2D atau Artefak kompleks besar

41
Bekerja dengan struktur protein
Basis data dan alat
Satu arsip pusat untuk struktur 3D
data: wwPDB ( www.wwpdb.org)

• Apa yang bisa kamu temukan di sana?

• Bagaimana menemukan struktur untuk protein x?
• Bagaimana menemukan struktur dengan terikat z?
 Bagaimana jika ?

• Jika strukturnya belum ditentukan, apakah ada struktur

untuk protein yang serupa?
• Bisakah kita memprediksi struktur protein? Bagaimana?
 PDB seluruh dunia (wwPDB)

Empat situs anggota:

data yang sama, tetapi presentasi dan alat yang berbeda

• RCSB PDB ( www.rcsb.org/pdb/home/home.do)

• PDBe ( http://www.ebi.ac.uk/pdbe/)
• PDBj ( www.pdbj.org/)
• BMRB ( Bank Data Resonansi Magnetik Biologis,
www.bmrb.wisc.edu)
Informasi dan alat yang dapat Anda temukan di

RCSB PDB

File PDB dan penampil Struktur

dokumen Header
Tautan

Dokumentasi dan bantuan yang baik:

http://www.rcsb.org/robohelp_f/#search_database/how_to_search.htm
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/#m=2&h=0&e=1&r=0&l=0&a=0&w=1-3 -2
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/#m=2&h=0&e=0&r=0&l=0&a=0&w=0
Menemukan struktur protein di RCSB PDB

Melalui jendela kueri utama: ID PDB, atau teks

Pencarian lanjutan: kueri dengan
UniProt AC
Pencarian lanjutan: kueri melalui BLAST
Menemukan struktur protein di RCSB PDB
Informasi dari struktur 3D protein tentang dioksigenase perbaikan DNA
E.coli alkB
File PDB
 Header: Koordinat atom
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/Looking-at-Structures/coordinates.html
X, Y, Z, faktor hunian dan suhu
Header: urutan protein dan ligan
informasi

HET: Heteroatom = non-protein

atom: molekul kecil dan ion, masing-masing dengan
singkatan yang unik
Informasi dari struktur 3D protein tentang dioksigenase perbaikan DNA
E.coli alkB
Melihat struktur (JMOL):
Klik kanan di jendela untuk mengubah parameter
Akses ke penjelajah Ligand

Lebih jauh ke bawah pada halaman yang sama ..

Interaksi ligan
 Sangat mudah digunakan, alat dan tautan luar biasa:

PDB jumlah

www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/
Interaksi ligan
 Menemukan struktur dengan ligan: substrat,
inhibitor, obat-obatan…

Seringkali, orang menggunakan analog substrat yang tidak dapat dihidrolisis

dalam strukturnya, misalnya analog ATP. Ada banyak analog ATP yang

berbeda!

Dalam PDB, setiap senyawa kimia memiliki singkatannya

masing-masing

Jika Anda ingin mempelajari protein dengan analog ATP atau ATP terikat, Anda

harus menggunakan alat yang memadai

 Menemukan struktur dengan ligan
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=help/advancedSearch/index.html
Memberi nama & menemukan entitas kimia
E. coli alkB DNA repair dioxygenase: menemukan
protein / struktur yang serupa
Kesamaan Struktural untuk PDB 3I3Q
Kemiripan struktural berikut telah ditemukan menggunakan algoritma jFATCAT-rigid. Untuk
mengurangi jumlah klik, pengelompokan identitas urutan 40% telah diterapkan dan rantai
perwakilan diambil dari setiap cluster.
Deviasi kuadrat rata-rata akar
 Root Mean Square Deviation (rmsd):
menjelaskan seberapa baik atom alfa-karbon dari 2 protein
melapiskan
.

www.lce.hut.fi/teaching/S-114.500/Protein_Structure1.pdf
Klasifikasi dan penyelarasan struktur 3D

Deskripsi struktur 1 Deskripsi struktur 2

Algoritma perbandingan

Skor

Kesamaan
Klasifikasi struktur protein:
kriteria kuantitatif

Struktur heliks alfa murni

Struktur untai beta murni,
Campuran

Topologi

Protein domain tunggal vs multidomain

 Database Klasifikasi Struktur

• RUANG LINGKUP (MRC Cambridge)

- Klasifikasi Struktural Protein
- Murzin dkk. 1995
- Sebagian besar manual (inspeksi visual), pembaruan terakhir Juni 2009

• CATH (Universitas College, London)

- Kelas, Arsitektur, Topologi dan superfamili Homolog
- Orengo dkk. 1993, 1997
- Metode manual dan otomatis, terakhir diperbarui Sept 2011

• DALI / FSSP (EBI, Cambridge)

- Klasifikasi lipat berdasarkan keselarasan Struktur-Struktur Protein

- Holm dan Sander, 1993

- Sepenuhnya otomatis, diperbarui setiap 6 bulan (terakhir tahun 2011)

73
 Database SCOP
• Kelas
• Semua protein alfa

• Semua protein beta

• Protein alfa dan beta (a / b) - Terutama lembaran beta paralel

• Protein alfa dan beta (a + b) - Terutama lembaran beta antiparalel ( wilayah alfa dan beta terpisah)

• Protein multi-domain (alfa dan beta) - Lipatan yang terdiri dari dua atau lebih domain milik kelas yang
berbeda

• Membran dan protein permukaan sel Protein

• kecil

http://scop.berkeley.edu/

74
 CATH - Klasifikasi Struktur Protein

• Klasifikasi hierarki struktur domain protein pada PDB. Klasifikasi sebagian

• besar otomatis
• Domain dikelompokkan di empat level utama:

C gadis

SEBUAH arsitektur

T opologi

H superfamili omologous

Keluarga urutan

www.cathdb.info/

http://nar.oxfordjournals.org/content/27/1/275.full
75
Menemukan struktur protein serupa melalui
Database DALI
Menemukan struktur protein serupa melalui
Server DALI
Pilih tetangga (kotak centang) untuk dilihat sebagai beberapa perataan struktural atau
superimposisi 3D. Daftar tetangga diurutkan berdasarkan skor-Z (Ukuran signifikansi statistik
hasil relatif terhadap penyelarasan struktur acak).
Kemiripan dengan skor Z lebih rendah dari 2 adalah palsu.
Penjajaran dan superposisi 3D dari 3i49A dan 2iuwA
(anggota keluarga lain: identitas seq 18%, skor-z 17,7 dan 2,8 A rmsd)
Penjajaran dan superposisi 3D dari 3i49A dan 2iuwA
(anggota keluarga lain: identitas seq 18%, skor-z 17,7 dan 2,8 A rmsd)
Konservasi struktur sekunder
Penyelarasan urutan: residu penting untuk katalisis dikonservasi
Prediksi struktur protein

• Ab initio: hanya berarti untuk protein kecil (hingga kira-kira 120

residu)
• Pemodelan homologi: dapat memberikan hasil yang sangat berharga

• Semakin tinggi kesamaan urutan, semakin tinggi kemungkinan

protein memiliki struktur yang serupa
• Protein dengan struktur serupa seringkali (tetapi tidak selalu !!)
memiliki fungsi yang serupa
• Untuk prediksi fungsi, Anda memerlukan dasar: protein
berkarakteristik
 Portal Model Protein: akses ke semua dapat diakses publik
model protein dan struktur 3D
Dari 538.000 entri UniProtKB / Swiss-Prot, 429.000 memiliki tautan ke Portal Model Protein

http://www.proteinmodelportal.org/?
Contoh: alkB fromC.crescentus
http://www.proteinmodelportal.org/?pid=documentation#modelquality
Ab initio dan protein komparatif
prediksi struktur
http://robetta.bakerlab.org/
Analisis struktur protein 3D

dan sekarang terserah Anda:

Praktis