LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULAR

PERCOBAAN III

ANALISIS DOMAIN PROTEIN FUNGSIONAL

Hari/Tanggal Praktikum : Rabu,16 April 2022

Dosen pengampu : Drs. Ibrahim Arifin, M.Sc., Apt.

Asisten Dosen : Erika Betiningtias

Disusun oleh :

Nama : Neni Yuli Sulistiani

NIM : 20105011066
Kelas : A2
GOL/ : III/A
KEL

LABORATORIUM KIMIA ANALISIS

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS WAHID HASYIM

SEMARANG
I. Tujuan Praktikum

Mencari identitas domain yang berperan dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase,
serta faktor transkripsi dengan menggunakan Gene Bank Database.

II. Dasar Teori

  Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling
utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen,
nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur
dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain
berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang
membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan
(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen
penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu
sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak
mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida,
lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain
itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia.
Protein ditemukan oleh Jons Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang
dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi
translasi yang dilakukan ribosom.[1] Sampai tahap ini, protein masih "mentah",
hanya tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi,
terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.
Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer
(tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat
empat):
Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan
yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein,
dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino
tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut
dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan asam amino menentukan fungsi protein,
pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi asam amino akan
mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.
 Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai
rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai
bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
 Alpha helix (α-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam
amino berbentuk seperti spiral;
 beta-sheet (β-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang
tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan
hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
 beta-turn, (β-turn, "lekukan-beta"); dan
 gamma-turn, (γ-turn, "lekukan-gamma").

Struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur
sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat
berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil
(misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener. Contoh
struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.

Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis
protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino
ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N
dengan menggunakan degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan
spektrometri massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular
dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari
puntiran-alfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-
beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi
struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum
FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari
lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari
spektrum inframerah.
Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara structural
yang memiliki karakteristik berupa protein globular kecil. Bentuk domain antara lain :
β / α barrel, forn helix bundle, β / α  saddle, β / α sandwich. Domain bertanggung
jawab terhadap aktivitas protein dan biasanya memiliki fungsi yang spesifik.
Pembagian domain menurut fungsinya: DNA binding domains, RNA binding
domains, ligand (regulatory) domains, oligomerization domains. Gen Bank Database
dapat dimanfaatkan untuk melacak keberadaan motif dan domain tersebut. Dari
database tersebut dapat diketahui protein yang berbeda yang memiliki motif dan
domain yang sama, dan mereka digolongkan dalam satu family.

III. Alat Dan Bahan

1. Alat
 Laptop + charger
Kuota internet
2. Bahan
Situs NCBI

IV. Cara Kerja

Buka situs NCBI

V. Data Pengamatan
Latihan
Kode gen : NM_000125.4
Kode protein : NP_000116
Nama protein : ESTEROGEN RESEPTOR
Jumlah domain : 4 buah
Deskripsi Domain:

Nama Domain Fungsi Struktur 3D

NR_LBD_ER Estrogen ini mengatur banyak
Ligand binding proses fisiologis termasuk
domain of Estrogen reproduksi, integritas tulang,
receptor, which are kesehatan jantung, dan perilaku.
activated by the Mekanisme kerja utama reseptor
hormone 17beta- estrogen adalah sebagai faktor
estradiol (estrogen) transkripsi dengan mengikat elemen
respon estrogen dari gen target pada
saat aktivasi oleh estrogen dan
kemudian merekrut protein
koaktivator yang bertanggung
jawab untuk transkripsi gen target.
Oest_recep - -
NR_DBD_ER Estrogen mengatur perkembangan,
DNA-binding reproduksi dan homeostasis.
domain of estrogen
receptors (ER) is
composed of two
C4-type zinc fingers

ESR1_C Fungsi sebenarnya dari wilayah ini -

Oestrogen-type tidak diketahui, tetapi domain tidak
nuclear receptor ada pada semua jenis reseptor
final C-terminal nuklir lainnya

Tugas
Kode gen : NM_032836
Kode protein : NP_ 116225
Nama protein : flt3-interacting zinc finger protein 1
Jumlah domain : 3 buah
Deskripsi Domain:
 No Nama Domain Fungsi Struktur 3D
1. zf-H2C2_2 - -
Zinc-finger
double domain

2. COG5048 - -
super family
FOG: Zn-finger
[General
function
prediction
only]
3. zf-C2H2 Mengoordinasikan
Zinc finger, ion seng
C2H2 type

VI. Pembahasan
Pada praktikum ini dilakukan analisis domain dari suatu protein yang
mempunyai peran tertentu dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase, atau factor
transkripsi dengan menggunakan gene bank database. Protein yang membangun
tubuh disebut Protein Struktural sedangkan protein yang berfungsi sebagai
enzim,antibodi atau hormon dikenal sebagai Protein Fungsional.
Gene bank database dapat dimanfaatkan untuk melacak keberadaan motif dan
domain. Beberapa protein murni α-helix, dan beberapa protein lainya murni β-sheet.
Namun kebanyakan adalah kombinasi dari keduanya. Kombinasi tertentu dari α-helix
dan β-sheet disebut struktur super sekunder atau disebut MOTIF. Ada beberapa
macam motif, yaitu :
1. Fup motif (the most common)
2. β hairpin (anti parallel stronds connectedby reverse turn)
3. α- α motif (two successi vaenti-parallel a heliceswich are packed whit their
ues inclined)
4. β barrel (β sheet rolling up into barrels)
5. helix-loop-helix (helix turn helix)
6. leusin zipper motif (dimerization0trimerization motif)

Dalam praktikum, dilakukan analisis domain suatu protein. Domain

merupakan suatu unit dari protein yang independen secara struktural yang memiliki
karakteristik berupa protein globular kecil. Domain memiliki beberapa macam bentuk
antara lain : α /β barrel, forn helix bundle, α /β saddle , β / β sandwich. Protein yang
membangun tubuh disebut Protein Struktural sedangkan protein yang berfungsi
sebagai enzim,antibodi atau hormon dikenal sebagai Protein Fungsional.
Analisis domain dilakukan pada protein estrogen receptor isoform dan
catalse clade.. Dari analisis, didapatkan data sebagai beriktu :
 1. Terdapat 4 domain dari protein estrogen receptor isoform 1, yaitu :
 Ligan binding domain dari  reseptor estrogen, yang diaktifkan oleh
hormon 17beta- estradiol (estrogen). Mekanisme utama aksi dari reseptor
estrogen adalah sebagai faktor transkripsi dengan mengikat elemen respon
estrogen gen target pada saat aktivasi oleh estrogen, kemudian merekrut
protein coactivator yang bertanggung jawab untuk transkripsi gen target .
Selain itu beberapa ERs dapat berikatan dengan protein membran lain dan
dapat dengan cepat diaktifkan oleh paparan sel terhadap estrogen.
Berfungsi sebagai pengatur berbagai proses fisiologis, termasuk
reproduksi, integritas tulang, kesehatan jantung, dan perilaku.
 DNA-binding domain reseptor estrogen (ER) terdiri dari dua jenis tipe C4-
zinc finger yang berfungsi memicu dimerasi dan pengikatan dimer RE,
sehingga dapat mengatur perkembangan reproduksi dan homeostatis
mengatur perkembangan, reproduksi dan homeostasis.
 Estrogen reseptor (pfam02159) tidak diketahui fungsi domainnya, karena
tidak ada penjelasan lebih lanjut tentang domain tersebut
 Estrogen-jenis reseptor nuklir akhir C-terminal dimana fungsinya adalah
memodulasi transkripsi Ap-1 independent melalui dua mekanisme yang
berbeda yaitu melalui interaksi protein-protein pada DNA dan melalui
tindakan non-genom. Mekanisme yang digunakan tergantung pada
lokalisasi selular reseptor.
2. Analisis domain yang dilakukan pada protein Homosapien Catalase didapatkan 2
domain , yaitu :
 Catalase –clade 3 of the heme binding enzyme catalase.
Katalase merupakan enzim yang banyak ditemukan baik pada prokariota
dan eukariota yang terlibat dalam perlindungan sel terhadap efek racun
peroksida. Berfungsi dalam mengkatalisis konversi H2O2 menjadi H2O dan
O2 Membagi flip katalase dan mengikat heme tetapi tidak selalu memiliki
aktivitas katalase.
 Kate, catalase berfungsi sebagai transport ion anorganik dan metabolism.

VII. Kesimpulan

VIII. Daftar Pustaka

Brock TD, Madigan MT. Biology of Microorganisms. 5th ed. Prentice Hall. New
Jersey. 1988
Suharsono dan Widyastuti, Utut. 2006. Pelatihan Singkat Tekni Dasar Pengklonan
Gen. Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi-Lembaga
Penelitian dan Pemberdayaan Masyarakat IPB dengan DIKTI-DIKNAS.
Bogor.
Susanto, A.H (2002), Bahan Ajar Genetika Dasar, Fakultas Biologi UNSOED,
Purwokerto
Yuwono, T., 2008, Biologi Molekular, Erlangga, Jakarta