LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

PERCOBAAN III
ANALISIS DOMAIN PROTEIN FUNGSIONAL
I.

TUJUAN PERCOBAAN
Mencari identitas domain yang berperan dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase, serta
faktor transkripsi dengan menggunakan Gene Bank Database.

II. DASAR TEORI

Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah
senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomermonomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul
protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor.
Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan
dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan
sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem
kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam
transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam
amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid, dan
polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein
merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan
oleh Jns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa
DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang
dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam
amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki
fungsi penuh secara biologi

Protein merupakan komponen penting atau komponen utama sel hewan atau manusia.
Oleh karena sel itu merupakan pembentuk tubuh kita, maka protein yangterdapat dalam
makanan berfungsi sebagai zat utama dalam pembentukan dan pertumbuhan tubuh. Kita
memperoleh protein dari makanan yang berasal dari hewan atau tumbuhan.
Pengetahuan mengenai struktur biologi saat ini menjadi sangat penting, misalnya
pemahaman mengenai struktur protein. Karena dengan itu kita akan dapat mempelajari dan
memahami mekanisme kerja enzim, ikatan ligan yang mengatur suatu fungsi, serta desain
obat dan inhibitor obat baru.
Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian
asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur
sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral;
beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun
dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau
ikatan tiol (S-H);
beta-turn, (-turn, "lekukan-beta"); dan
gamma-turn, (-turn, "lekukan-gamma").
struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder.
Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi
secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer,
atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.

contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode:
(1) hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam
amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer,
(2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan degradasi Edman,
(3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan
(4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular
dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran-alfa
menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan
satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari

protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiranalfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur
sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari
40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein
yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai
polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda
dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah,
maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah
yang membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener,
setelah struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional
Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara structural yang
memiliki karakteristik berupa protein globular kecil. Bentuk domain antara lain : b/a barrel,
forn helix bundle, b/a saddle, b/b sandwich. Domain bertanggung jawab terhadap aktivitas
protein dan biasanya memiliki fungsi yang spesifik. Pembagian domain menurut fungsinya:
DNA binding domains, RNA binding domains, ligand (regulatory) domains, oligomerization
domains. Gen Bank Database dapat dimanfaatkan untuk melacak keberadaan motif dan
domain tersebut. Dari database tersebut dapat diketahui protein yang berbeda yang memiliki
motif dan domain yang sama, dan mereka digolongkan dalam satu family.
Pada dasarnya protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan
tubuh. Setiap orang dewasa harus sedikitnya mengonsumsi 1 g protein per kg berat tubuhnya.
Kebutuhan akan protein bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.
Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:

Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)

Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan protein
Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang namanya
busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah sehingga
menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:
o

hipotonus

gangguan pertumbuhan

hati lemak

Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian.

III. Alat dan Bahan

Alat : laptop
Situs NCBI

Bahan : Kode Gen NM_000125 (untuk latihan)

Kode Gen NM_001798 (untuk tugas)

IV. Cara kerja

1. Dibuka situs NCBI

2. Di ubah all database menjadi nucleotide

3. Diisi kotak search nucleotide for dengan nama gen (NM_000125.3) yang akan
dianalisis (diberi keterangan bahwa gen yang ingin diteliti adalah gen pada Homo
Sapiens).

4. Masuk ke halaman protein yang akan dianalisis conserved domainnya

5. Diklik conserved domain (Identiify Conserved Domain)

6. Akan muncul tampilan conserved domain berisi diagram yang menggambarkan

domain-domain yang ada dalam protein tersebut.

7. Masing-masing domain dapat diklik untuk dianalisis lebih lanjut, antara lain
mengenai fungsinya, sekuensnya, regionnya, conserved domain dengan organisme
lain, struktur 3D-nya, link dengan situs database protein yang lain.

a. Domain 1

b. Domain 2

c. Domain 3

d. Domain 4

8. Kumpulkan semua informasi mengenai struktur protein, domain, dan fungsinya.

Dengan cara mentranslate spesifikasi masing masing domain

V.

Data pengamatan
1. Latihan
Kode gen : NM_000125
Nama gen : Homo Sapiens Estrogen Receptor 1 (ESR1)
Kode protein : NP_000116.2
Domain : 4 buah

Tabel

No

Nama Domain

Fungsi

Nr_Lbd_Er

Ligan mengikat domain (LBD) dari reseptor

estrogen (ER): reseptor estrogen, anggota dari

Ligand

Binding

Domain Of Estrogen
Receptor, Which Are
Activated By The
Hormone

superfamili reseptor nuklir, diaktifkan oleh hormon

estrogen.

Estrogen

mengatur

banyak

proses

fisiologis termasuk reproduksi, integritas tulang,

kesehatan jantung, dan perilaku. Mekanisme utama
aksi reseptor estrogen adalah sebagai faktor
transkripsi

dengan

mengikat

elemen

respon

estrogen gen target pada saat aktivasi oleh estrogen

dan kemudian merekrut protein koaktivator yang
bertanggung jawab untuk transkripsi gen target.

NR_DBD_ER

Domain DNA-pengikatan reseptor estrogen (ER)

terdiri dari dua C4-jenis jari seng. Setiap jari zinc

DNA-Binding

mengandung kelompok empat residu Cys yang

Domain Of Estrogen
Receptors (ER) Is
Composed Of Two
C4-Type

Zinc

Fingers.

mengkoordinasikan

seng

atom

tunggal.

ER

berinteraksi dengan situs DNA spesifik hulu dari

gen target dan

memodulasi tingkat inisiasi

transkripsi. Reseptor estrogen adalah regulator

transkripsi yang menengahi efek biologis hormon
estrogen

Pfam 02159
Oestrogen Receptor

Tidak diketahui

Pfam 12743

Tipe wilayah C-terminal sangat dari subfamili

reseptor nuklir yang meliputi reseptor estrogen dan

Oestrogen-Type
Nuclear

Receptor

Final C- Terminal :
This Is The Very CTerminal Region Of
A..

subfamili 3 anggota kelompok A lainnya. Fungsi

sebenarnya dari daerah ini tidak diketahui, tetapi
domain tidak hadir dari semua jenis reseptor nuklir.
Reseptor estrogen memodulasi transkripsi AP-1dependent melalui dua mekanisme yang berbeda:
melalui interaksi protein-protein pada DNA; dan
melalui tindakan non-genomik. Mekanisme yang
digunakan tergantung pada lokalisasi seluler

Gambar struktur 3D masing masing domain :

a. Domain NR_LBD_ER

b. Domain NR_DBD_ER

c. Domain pfam 02159 : tidak diketahui

Strukturnya

d. Domain pfam 12743

2. Tugas

Kode gen : NM_001798

Nama gen : Homo sapiens cyclin-dependent kinase 2 (CDK2)
Kode protein : NP_001789.2
Domain : 2 buah

No

Nama Domain

Fungsi

STKc_CDK2_3

STKS mengkatalisis transfer kelompok gammafosforil dari ATP ke serin / treonin residu pada

Catalytic Domain Of
The Serine / Threonine
Kinase,

Cyclin-

Dependent

Protein

Kinase 2 And 3...

substrat protein. Cdk2 diatur oleh cyclin E atau

cyclin A. Setelah aktivasi oleh cyclin E, itu
phosphorylates yang retinoblastoma (PRB)
protein yang mengaktifkan E2F dimediasi
transkripsi dan memungkinkan sel untuk pindah
ke fase S. Cdk2 The / cyclin A kompleks
berperan dalam mengatur replikasi DNA. Cdk2,
bersama-sama dengan Cdk4, juga mengatur
proliferasi sel embrio.

PLN00009
Cyclin-dependent

Tidak diketahui

kinase A ; provisional

Gambar struktur 3D masing masing domain :

a. Domain STKc_CDK2_3

b. PLN00009
Strukturnya belum diketahui

VI. Pembahasan

Protein merupakan komponen penting atau komponen utama sel hewan atau
manusia. Oleh karena sel itu merupakan pembentuk tubuh kita, maka protein
yangterdapat dalam makanan berfungsi sebagai zat utama dalam pembentukan
dan pertumbuhan tubuh. Kita memperoleh protein dari makanan yang berasal dari
hewan atau tumbuhan. Dalam praktikum ini dilakukan analisis domain protein
fungsional. Praktikum kali ini sangat memberikan banya manfaat dimana kit dapat
mempelajari dan memahami mekanisme kerja enzim, ikatan ligan yang mengatur suatu
fungsi, serta desain obat baru dan inhibitornya.
Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara struktural
yang memiliki karakteristik berupa protein globular kecil. Bentuk domain antara lain :
/ sandwic, / barrel, forn helix bundle, / saddle , / sandwich. Dalam
praktikum ini yang akan dianalisis adalah protein fungsional. Protein fungsional adalah
protein yang berfungsi sebagai enzim,antibodi atau hormone. Analisis domain protein ini
dilakukan dengan GEN BANK DATABASE yang dapat digunakan untuk melacak
keberadaan motif dan domain tersebut. Motif adalah kombinasi dari struktu sekunder
protein yaitu helix dan sheet. Dari data base tersebut dapat diketahui protein yang
berbeda yang memiliki motif dan domain yang sama dapat digolongkan menjadi satu
family.
Kode gen yang dianalisis domain proteinnya yaitu NM_000125 (untuk latihan)
merupakan gen homo sapiens estrogen reseptor 1 (ESR1). Setelah dilakukan analisis
domain pada gen tersebut dengan identify converse domain, diketahui bahwa homo
sapiens estrogen reseptor 1 (ESR1) memiliki 4 buah domain secara garis besar dan 79
domain secara rinci. Kode protein gen ini adalah NP_000116.2. Namun yang akan
domain yang akan dianalisis disini hanya secara garis besar. Kemudian masing masing
domain dianalisis fungsi dan struktur tiga dimensinya. Adapun fungsinya masing masing
yaitu
1. NR_LBD_ER ( Ligand Binding Domain Of Estrogen Receptor, Which Are
Activated By The Harmone ) bergfungsi Ligan mengikat domain (LBD) dari
reseptor estrogen (ER): reseptor estrogen, anggota dari superfamili reseptor nuklir,
diaktifkan oleh hormon estrogen. Estrogen mengatur banyak proses fisiologis
termasuk reproduksi, integritas tulang, kesehatan jantung, dan perilaku.
Mekanisme utama aksi reseptor estrogen adalah sebagai faktor transkripsi dengan

mengikat elemen respon estrogen gen target pada saat aktivasi oleh estrogen dan
kemudian merekrut protein koaktivator yang bertanggung jawab untuk transkripsi
gen target.
2. NR_DBD_ER ( DNA-Binding Domain Of Estrogen Receptor (ER) is Composed
Of Two C4-Type Zinc Fingers ) berfungsi Domain DNA-pengikatan reseptor
estrogen (ER) terdiri dari dua C4-jenis jari seng. Setiap jari zinc mengandung
kelompok empat residu Cys yang mengkoordinasikan seng atom tunggal. ER
berinteraksi dengan situs DNA spesifik hulu dari gen target dan memodulasi
tingkat inisiasi transkripsi. Reseptor estrogen adalah regulator transkripsi yang
menengahi efek biologis hormon estrogen
3. Pfam 02159 Oestrogen Receptor fungsi dan strukturnya belum dapat diketahui
4. Pfam 12743 Oestrogen-Type Nuclear Receptor Final C-Terminal ; This is The
Very C-Terminal Region of a.. berfungsi Tipe wilayah C-terminal sangat dari
subfamili reseptor nuklir yang meliputi reseptor estrogen dan subfamili 3 anggota
kelompok A lainnya. Fungsi sebenarnya dari daerah ini tidak diketahui, tetapi
domain tidak hadir dari semua jenis reseptor nuklir. Reseptor estrogen
memodulasi transkripsi AP-1-dependent melalui dua mekanisme yang berbeda:
melalui interaksi protein-protein pada DNA; dan melalui tindakan non-genomik.
Mekanisme yang digunakan tergantung pada lokalisasi seluler reseptor.

Kemudian masing-masing praktikan diberikan kode gen untuk tugas. Kode gen
yang dianalisis untuk tugas adalah NM_001798 yang merupakan kode dari gen Homo
sapiens cyclin-dependent kinase 2 (CDK2). Setelah dilakukan analisis domain protein
fungsional maka dapat diketahui bahwa gen tersebut memiliki dua domain secara garis
besar dan 426. Kemudian kode protein gen ini yaitu NP_001789.2. Kemudian masingmasing domain dianalisis fungsi dan struktur tiga dimensinya. Maka didapat :
1. STKc_CDK2_3 Catalytic Domain Of The Serine / Threonine Kinase, CyclinDependent Protein Kinase 2 And 3... berfungsi STKS mengkatalisis transfer
kelompok gamma-fosforil dari ATP ke serin / treonin residu pada substrat protein.

Cdk2 diatur oleh cyclin E atau cyclin A. Setelah aktivasi oleh cyclin E, itu
phosphorylates yang retinoblastoma (PRB) protein yang mengaktifkan E2F
dimediasi transkripsi dan memungkinkan sel untuk pindah ke fase S. Cdk2 The /
cyclin A kompleks berperan dalam mengatur replikasi DNA. Cdk2, bersamasama dengan Cdk4, juga mengatur proliferasi sel embrio.
2. PLN00009 Cyclin-dependent kinase A ; provisional yang fungsi dan struktur tiga
dimensinya belum diketahui.

VII. Kesimpulan
1. Analisis domain dilakukan untuk mengetahui fungsi dan struktur tiga dimensi dari
masing-masing domain.
2. Gen Homo Sapiens Estrogen Receptor 1 (ESRI) memiliki empat domain secara
kesluruhan besar.
Diantaranya :
a. NR_LBD_ER ( Ligand Binding Domain Of Estrogen Receptor,
Which Are Activated By The Harmone )
b. NR_DBD_ER ( DNA-Binding Domain Of Estrogen Receptor
(ER) is Composed Of Two C4-Type Zinc Fingers )
c. Pfam 02159 Oestrogen Receptor
d. Pfam 12743 Oestrogen-Type Nuclear Receptor Final C-Terminal ;
This is The Very C-Terminal Region of a..

3. Gen Homo sapiens cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) memiliki dua domain secara
keseluruhan besar. Diantaranya :
a. STKc_CDK2_3 Catalytic Domain Of The Serine / Threonine
b.

Kinase, Cyclin-Dependent Protein Kinase 2 And 3...

PLN00009 Cyclin-dependent kinase A ; provisional

Daftar Pustaka
Brock TD, Madigan MT. Biology of Microorganisms. 5th ed. Prentice Hall. New Jersey.
1988
Suharsono dan Widyastuti, Utut. 2006. Pelatihan Singkat Tekni Dasar Pengklonan Gen.
Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi-Lembaga Penelitian dan
Pemberdayaan Masyarakat IPB dengan DIKTI-DIKNAS. Bogor.
Susanto, A.H (2002), Bahan Ajar Genetika Dasar, Fakultas Biologi UNSOED,
Purwokerto
Yuwono, T., 2008, Biologi Molekular, Erlangga, Jakarta
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
http://digilib.unsri.ac.id/download/apoptosis.pdf
http://id.wikipedia.org/wiki/Protein