2.

1 Protein

2.1.1 Protein

Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama")adalah
senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-
monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul
protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan beberapa sulfur serta fosfor.
Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.

Protein ditemukan oleh Jns Jakob Berzelius pada tahun1838. Biosintesis protein
alami sama dengan ekspresi genetik . Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsi menjadi
RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini,
protein masih mentah, hanya tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme
pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.Sumber
sumber protein berasal dari Daging, Ikan, Telur , Susu, dan produk sejenis Quark , Tumbuhan
berbji, Suku polong-polongan dan Kentang (Strayer, 1995).

2.1.2 Fungsi Protein

Menurut Martoharsono (1990) protein memiliki fungsi sebagai berikut :

Protein merupakan enzim atau subunit enzim, misal ribonuklease, tripsin

Protein berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, misal protein yang membentuk
batang dan sendi sitoskeleton
Protein juga terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, misal Trombin
Protein sebagai sistem pengendali dalam bentuk hormon, misal insulin, hormon
tumbuh (auksin),
Protein sebagai komponen penyimpanan/ nutrient, misal kasein (susu),ovalgumin
(telur),gliadin (gandum) dan transportasi hara di tumbuhan
Protein sebagai salah satu sumber gizi dan berperan sebagai sumber asam amino bagi
organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Pada organism lain, protein memiliki fungsi lain seperti Monelin, pada suatu tanaman
di Afrika yang mempunyai rasa yang amat manis ataupun protein anti beku pada ikan.
Klasifikasi Protein Berdasarkan Fungsi Biologisnya:

Enzim merupakan protein yang berfungsi sebagai kataisator brokimia. Hamper semua
reaksi organic dapat di katalisis oleh enzim. Aktivitas enzim bergantung pada
ketahanan struktur sekunder, tersier, dan kuarter. Suatu enzim merupakan protein elips
yang sisa asam amino polarnya ada bagian luar sehingga dapat dipastikan larutan
dalam cairan tubuh.
Protein transport merupakan protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau
sel darah merah mengikat oksigen di paru-paru dan mengedarkannya ke seluruh tubuh.
Protein natrium (penyimpan) adalah proteinyang berfungsi mengubah energi kimia
menjadi energi gerak. Misalnya, aktin dan myosin yang berperan dalam system
kontraksi otot rangka.
Protein struktur adalah protein yang berperan dalam kekuatan struktur biologi atau
perlindungan. Misalnya, kalagen (banyak terdapat pada rambut, kuku, bulu burung),
fibrion (komponen utama pada serat surat dan jarring laba-laba).
Protein pertahanan (antibody) adalah protein yang melindungi organisme terhadap
serangan organisme lain (penyakit). Misalnya, imunoglobin atau anti bodi dapat
menetralkan protein asing ilepaskan oleh bakteri dan virus.
Protein pengatur, yaitu protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi.
Contohnya: ialah hormone, seperti insulin yang mengatur metabolism gula darah.
Kekurangan insulin akan menyebabkan penyakit diabetes. Contoh lain adalah
hormone pertumbuhan dan hormone sex.
Protein kontraktil, yaitu protein yang memberikan kemampuan pada sel dan organisme
untuk mengubah bentuk atau bergerak. Contohnya ialah aktin dan myosin, yaitu
protein yang berperan dalam system kontraksi otot kerangka.

2.1.3 Struktur Protein

Menurut Winarno (2002) Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa
struktur primer (tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener
(tingkat empat):

struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sangermerupakan ilmuwan yang
berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan
penggunaan beberapa enzimprotease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu,
 menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan
kertas kromatografik. Urutan asam amino menentukan fungsi protein, pada tahun
1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi asam amino akan mengubah fungsi
protein, dan lebih lanjut memicumutasi genetik.
struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam
amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur
sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral;
beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun
dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau
ikatan tiol (S-H);
beta-turn, (-turn, "lekukan-beta"); dan
gamma-turn, (-turn, "lekukan-gamma").[4]
struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder.
Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi
secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer,
trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein
dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan
dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan
menggunakan degradasiEdman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri
massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.

Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular

dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR).[6]Spektrum CD dari puntiran-alfa
menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan
satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari
protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-
alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur
sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-
350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein
yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai
polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda
dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah,
maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah
yang membedakan strukturdomain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah
struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional.

2.1.4 Kekurangan Protein

Menurut Sherwood (2001) Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh
kita. Pada dasarnya protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh.
Setiap orang dewasa harus sedikitnya mengkonsumsi 1 g protein pro kg berat tubuhnya.
Kebutuhan akan protein bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.

Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:

Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)

Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan
protein. Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang
namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah
sehingga menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:
hipotonus
gangguan pertumbuhan
hati lemak
Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian.

2.1.5 Sintesis Protein

Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan diuraikan
menjadi peptid peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam amino. Hal ini
dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam amino. Artinya
kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh esensiil, sedangkan
sebagian asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil oleh tubuh. Keseluruhan
berjumlah 21 asam amino. Setelah penyerapan di usus maka akan diberikan ke darah. Darah
membawa asam amino itu ke setiap sel tubuh. Kode untuk asam amino tidak esensiil dapat
disintesa oleh DNA. Ini disebut dengan DNAtranskripsi. Kemudian karena hasil transkripsi
di proses lebih lanjut di ribosom atau retikulum endoplasma, disebut sebagai translasi.

2.1.6 Stabilitas Protein

Kestabilan struktur dari protein berkhasiat merupakan suatu unsur yang sangat
penting terhadap khasiat dari suatu obat dalam hubungannya dengan aktifitas fisiologi dan
farmakologinya. Tantangan terbesar seorang peneliti yang bekerja dengan produksi dan
formulasi protein adalah ketidakstabilan obat berbasis protein selama proses, penanganan,
penyimpanan dan penggunaannya.

Ketidakstabilan suatu protein dilihat dari segi kimiawinya meliputi modifikasi ikatan
kovalen pada amino acid sequence (struktur primer), misalnya pembentukan atau pemutusan
ikatan yang menghasilkan bentuk baru. Bila dilihat dari segi fisika, ketidakstabilan suatu
protein banyak dipengaruhi oleh perubahan bentuk lipatan yang tidak dipengaruhi oleh
ikatan, misalnya perubahan ruang, konformasi tiga dimensi (struktur sekunder, tersier atau
kuarterner) dari protein.

Proses yang mempengaruhi stabilitas fisik protein (sebagai obat) meliputi denaturasi,
agregasi, presipitasi dan adsorpsi ke permukaan.

1. Denaturasi adalah sebuah proses di mana protein atau asam nukleat kehilangan
struktur tersier dan struktur sekunder dengan penerapan beberapa tekanan eksternal
atau senyawa, seperti asam kuat atau basa, garam anorganik terkonsentrasi, sebuah
misalnya pelarut organik (cth, alkohol atau kloroform), atau panas.
2. Agregasi adalah terbentuknya protein-protein lain, yang bersatu menghasilkan agregat
yang terdapat di dalam larutan dan tidak tampak oleh kasat mata.
3. Presipitasi adalah suatu proses makroskopik yang menghasilkan perubahan yang
tampak pada larutan berisi protein menjadi berkabut atau bertambah viskositasnya.
Protein asal (native protein) dapat juga mengalami presipitasi melalui salting out dan
isoelectric precipitation.
(Aryulina, 2004)

2.1.7 Myoglobin

Mioglobin merupakan protein pengikat oksigen yang relatif sederhana, ditemukan

dalam konsentrasi yang besar pada tulang dan otot jantung, membuat jaringan ini berwarna
merah yang berfungsi sebagai penyimpan oksigen dan sebagai pembawa oksigen yang
meningkatkan laju transpor oksigen dalam sel otot. Mamalia yang menyelam seperti ikan
paus yang menyelam dalam waktu lama, memiliki mioglobin dalam konsentrasi tinggi dalam
ototnya. Protein seperti mioglobin juga banyak ditemukan pada organisme sel tunggal.
Mioglobin merupakan polipeptida tunggal dengan 153 residu asam amino dan satu molekul
heme. Komponen protein dari mioglobin yang disebut globin, merupakan rantai polipeptida
tunggal yang berisi delapan -heliks. Sekitar 78% residu asam amino dari protein ditemukan
dalam -heliks ini.
 Myoglobin mempunyai dua komponen molekuler, suatu rantai polipeptida tunggal
yang mengandung 153 residu asam amino (BM = 17.600) dan suatu gugusan hem, sutu
biomelekul yang mengandung zat besi (Gambar 1).

Gambar 1. a. Suatu gugusan hem yang mengandung protoporfirin IX

dan zat besi (Fe) dan b. Bidang hem Fe (Lehninger, 1991)

Bagian organik dari molekul hem mrupakan suatu forfirin, yang mengandung suatu
struktur tetrapirol (porifirin) yang dibentuk melalui sambungan jembatan-meten antara empat
cincin pirol. Terdapat berbagai tipe struktur porifirin dalam alam. Gugusan hem, atau
porifirin zat besi, dari myoglobin, hemoglobin, dan sebagian besar sitikrom disebut
protoporfirin IX zat besi dank has dengan adanya gugusan penggantinya (dua propionate, dua
vinil, dan empat metal) dan posisinya dalam struktur tetrapirol. (Kendrew 1983).

Kelat ion logam protoforpirin, contohnya zat besi, magnesium, dan tembaga, dan
yang digunakan oleh proses metabolism tertentu memerlukan suatu ion logam untuk
membentuk suatu kompleks kelasi yang secara biologi aktif (gambar 1). Kelat berasal dari
kata chele berarti cakar dari kepiting atau lobster. Suatu biomolekul chelating merupakan
salahsatu yang mengikat ion logam. (Kendrew 1983).

Hem dari myoglobin dikenal sebagai gugusan prostetik kareuna merupakan suatu
molekul organic nonprotein yang berkaitan erat dengan struktur polipeptida. Pengikatan dari
atom zat besi denan sutau hem melibatkan empat nitrogen dari cincin pirol (gambar 1). Zat
besi yang terikat dapat membentuk dua ikatan tambahan, satu pada masing-masing sisi dari
bidang hem, disebut posisi kordinasi kelima dan keenam; pada posisi koordinasi keenam dari
zat besi fero dalam myoglobin mengikat suatu molekul oksigen. (Kendrew 1983).
Gambar 2. Struktur tiga dimensi dari myoglobin (hanya diperlihatkan posisi karbon-).
Gugus hem ditunjukan dengan warna hitam. (Lehninger, 1991)

Dari model molekul myoglobin yang tersusun secara tepat berdasarkan data sinar X, dapat
ditarik kesimpulan penting liannya:

Molekul myoglobin demikian padat, sehingga pada bagian dalamnya terdapat ruangan
hanya untuk empat molekul air.
Semua kecuali dua gugus polar R dari rantai myoglobin terletak pada permukaan luar
molekul, dan semuanya terhidrasi.
Hampir semua gugus R hidrofobik berada di bagian dalam molekuyl myoglobin,
tersembunyi dari lingkungan air.
Pada masing-masing dari keempat residu prolin terdapat suatu belokan (gugus R dari
prolin yang kaku tidak cocok dengan suatu struktur -Heliks). Belokan atau putaran
yang lain mengandung residu serin, treonin, dan asparagin yang merupakan asam
amino yang cenderung tidak cocok dengan struktur -Heliks, jika asam-asam ini
berada pada posisi yang berurutan.
Semua ikatan peptide berada dalam konfigurasi trans pada bidang datar
Gugus heme yang datar berada didalam suatu celah atau kantung, dalam molekul
myoglobin. Atom besi pada pusat heme mempunyai dua ikatan kordinasi yang tegak
lurus pada bidang heme. Salah satu diantaranya berikatan dengan gugus R residu
histidin pada posisi 93, sedangkan ikatan koordinasi yang lain berada pada sisi tempat
pengikatan molekul O2. (Lehninger, 1991)
2.1.8 Hemoglobin

Hemoglobin adalah metaloprotein pengangkut oksigen yang mengandung besi dalam

sel merah dalam darah mamalia dan hewan lainnya. Hemoglobin adalah suatu protein dalam
sel darah merah yang mengantarkan oksigen dari paru-paru ke jaringan di seluruh tubuh dan
mengambil karbondioksida dari jaringan tersebut dibawa ke paru untuk dibuang ke udara
bebas.

Molekul hemoglobin terdiri dari globin, apoprotein, dan empat gugus heme, suatu
molekul organik dengan satu atom besi. Mutasi pada gen protein hemoglobin mengakibatkan
suatu golongan penyakit menurun yang disebut hemoglobinopati, di antaranya yang paling
sering ditemui adalah anemia sel sabit dan talasemia.

Hemoglobin tersusun dari empat molekul protein (globulin chain) yang terhubung
satu sama lain. Hemoglobin normal orang dewasa (HbA) terdiri dari 2 alpha-globulin chains
dan 2 beta-globulin chains, sedangkan pada bayi yang masih dalam kandungan atau yang
sudah lahir terdiri dari beberapa rantai beta dan molekul hemoglobinnya terbentuk dari 2
rantai alfa dan 2 rantai gama yang dinamakan sebagai HbF. Pada manusia dewasa,
hemoglobin berupa tetramer (mengandung 4 subunit protein), yang terdiri dari masing-
masing dua subunit alfa dan beta yang terikat secara nonkovalen. Subunit-subunitnya mirip
secara struktural dan berukuran hampir sama. Tiap subunit memiliki berat molekul kurang
lebih 16,000 Dalton, sehingga berat molekul total tetramernya menjadi sekitar 64,000 Dalton.

Pada pusat molekul terdapat cincin heterosiklik yang dikenal dengan porfirin yang
menahan satu atom besi; atom besi ini merupakan situs/loka ikatan oksigen. Porfirin yang
mengandung besi disebut heme Tiap subunit hemoglobin mengandung satu heme, sehingga
secara keseluruhan hemoglobin memiliki kapasitas empat molekul oksigen. Pada molekul
heme inilah zat besi melekat dan menghantarkan oksigen serta karbondioksida melalui darah,
zat ini pula yang menjadikan darah kita berwarna merah.

Hemoglobin juga berperan penting dalam mempertahankan bentuk sel darah yang bikonkaf,
jika terjadi gangguan pada bentuk sel darah ini, maka keluwesan sel darah merah dalam
melewati kapiler jadi kurang maksimal. Hal inilah yang menjadi alasan mengapa kekurangan
zat besi bisa mengakibatkan anemia. Nilai normal hemoglobin adalah sebagai berikut :

Anak-anak 11 13 gr/dl

Lelaki dewasa 14 18 gr/dl

Wanita dewasa 12 16 gr/dl

Jika nilainya kurang dari nilai diatas bisa dikatakan anemia, dan apabila nilainya kelebihan
akan mengakibatkan polinemis.

2.1.9 Kolagen

Kolagen adalah salah satu protein yang menyusun tubuh manusia. Keberadaannya
adalah kurang lebih mencapai 30% dari seluruh protein yang terdapat di tubuh. Dia adalah
struktur organik pembangun tulang, gigi, sendi, otot, dan kulit. Serat kolagen memiliki daya
tahan yang kuat terhadap tekanan. Kata kolagen sendiri berasal dari bahasa Yunani yang
artinya (bersifat lekat atau menghasilkan pelekat).

Yang menarik di sini adalah struktur primer kolagen Glicin-X-Hidroxiprolin atau

Glicin-Prolin-X. Rantai polipeptida-nya di sintesis di ribosom yang ada di sekitar retikulum
endoplasma. Sebagai struktur tertier-nya dia mempunyai struktur triple helix, disini tidak
boleh di salah tafsirkan dengan alfa helix. Triple helix artinya 3 rantai polipeptid spiral. Yang
menarik adalah struktur helix-nya juga left handed helix. Ketiga molekul helix-nya
dihubungkan satu sama lain dengan ikatan hidrogen seperti pada helix DNA.

Aryulina, Diah, dkk. 2004. BIOLOGI SMA dan MA untuk kelas XI. Jakarta: Esis.

Kendrew, J. C., 1963. Myoglobin and the Structure of Proteins. Science 139:1259
Lehninger, A.L, 1991, Dasar-dasar Biokimia, Terjemahan: Maggy Thenawidjaja.Penerbit
Erlangga, Jakarta

Martoharsono, Soeharsono. 1990. Biokimia . Yogyakarta : Gajah Mada University.

Winarno, F.G. 2002. Kimia Pangan dan Gizi. Penerbit Gramedia Pustaka Utama. Jakarta

Strayer, L.1995.Biochemistry.W.H freeman and Company: New York

Sherwood, L., 2001. Fisiologi manusia : dari Sel ke Sistem. Edisi ke 2. Jakarta: EGC.