MAKALAH BIOKIMIA

“PROTEIN”

Ardi Kurniawan
(05091382227104)
Dosen Pengampu (Dr. Fikri Adriansyah, S. Si)

PROGRAM STUDI AGRONOMI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2023
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Protein adalah senywa organik yang molekulnya sangat besar dan susunannya sangat
kompleks serta merupakan polimer dari alfa asam-asam amino. Jadi, sebenarnya protein bukan
merupakan zat tunggal, serta molekulnya sederhana, tetapi masih merupakan asam amino. Oleh
karena protein tersusun atas asam-asam amino, maka susunan kimia mengandung unsur-unsur
seperti terdapat pada asam-asam amino penyusunnya yaitu C, H, O, N dan kadang-kadang
mengandung unsur-unsur lain, seperti misalnya S, P, Fe, atau Mg.
Dalam kehidupan protein memegang peranan yang penting pula. Proses kimia dalam tubuh
dapat berlangsung dengan baik karena adanya enzim, suatu protein yang berfungsi sebagai
biokatalis. Disamping itu hemoglobin dalam butir-butir darah merah atau eritrosit yang berfungsi
sebagai pengangkut oksigen dari paru-paru keseluruh bagian tubuh, adalah salah satu jenis
protein. Disamping digunakan untuk pembentukan sel-sel tubuh, protein juga dapat digunakan
sebagai sumber energi apabila tubuh kita kekurangan karbohidrat dan lemak. Protein mempunyai
molekul besar dengan bobot molekul bervariasi antara 5000 sampai jutaan. Ada 20 jenis asam
amino yang terdapat dalam molekul protein. Asam-asam amino ini terikat satu dengan yang lain
oleh ikatan peptide.protein mudah dipengaruhi oleh suhu tinggi, PH, dan pelarut organic.
Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya dalam makhluk hidup.
Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar, yaitu
sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular. Apabila tulang
dan kitin adalah beton, maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. Beberapa protein
struktural, fibrous protein, berfungsi sebagai pelindung, sebagai contoh  dan -keratin yang
terdapat pada kulit, rambut, dan kuku. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi
sebagai perekat, seperti kolagen.Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan structural
karena seperti halnya polimer lain, protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat
mengalami cross-linking dan lain-lain. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis
untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. Makromolekul ini mengendalikan jalur
dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma.
Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya
mengalami kerusakan.
B. Rumusan Masalah
1. Apa defenisi protein?
2. Apa ciri molekul protein?
3. Bagaimana struktur protein?
4. Apa saja fungsi protein
5. Ada berapa penggolongan protein?
6. Bagaimana sintesis protein?

C. Tujuan

Makalah ini bertujuan menjawab semua pertanyaan-pertanyaan pada rumusan masalah untuk
dipelajari dan dipahami, juga untuk memenuhi tugas matakuliah.
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Definisi Protein
Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti “yang paling utama”)
adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer
dari monomer- monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan
peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan
kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi
semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain
berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang
membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan
(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen
penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber
gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu
membentuk asam amino tersebut (heterotrof).

Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid,
dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu,
protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia.
Protein ditemukan oleh JÃ’ns Jakob Berzelius pada tahun 1838.

B. Ciri Molekul Protein

Protein adalah makromolekul polipeptida yang tersusundari sejumlah L-asam
amino yang dihubungkan oleh ikatan peptide, bobot molekul tinggi. Suatu molekul
protein disusun oleh sejumlah asam amino dengan susunan tertentu dan bersifat turunan.
Rantai polipeptida sebuah molekul protein mempunyai satu konformasi yang
sudah tertentu pada suhu dan pH normal. Konformasi ini disebut konformasi asli, sangat
stabil sehingga memungkinkan protein dapat diisolasi dalam keadaan konformasi aslinya
itu.
 Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain
berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk
batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai
antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam
biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan
sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino
tersebut (heterotrof).
Semua jenis protein terdiri dari rangkaian dan kombinasi dari 20 asam amino.
Setiap jenis protein mempunyai jumlah dan urutan asam amino yang khas. Di dalam sel,
protein terdapat baik pada membran plasma maupun membran internal yang menyusun
organel sel seperti mitokondria, retikulum endoplasma, nukleus dan badan golgi dengan
fungsi yang berbeda-beda tergantung pada tempatnya.

a. Berat molekulnya besar, ribuan sampai jutaan, sehingga merupakan suatu

makromolekul.
b. Umumnya terdiri atas 20 macam asam amino. Asam amino berikatan (secara
kovalen) satu dengan yang lain dalam variasi urutan yang bermacam-macam,
membentuk suatu rantai polipeptida. Ikatan peptida merupakan ikatan antara
gugus α-karboksil dari asam amino yang satu dengan gugus α-amino dari asam
amino yang lainnya.Terdapatnya ikatan kimia lain, yang menyebabkan
terbentuknya lengkungan-lengkungan rantai polipeptida menjadi struktur tiga
dimensi protein. Sebagai contoh misalnya ikatan hidrogen, ikatan hidrofob (ikatan
apolar), ikatan ion atau elektrostatik dan ikatan Van Der Waals.

c. Strukturnya tidak stabil terhadap beberapa faktor seperti ph, radiasi, temperatur,
medium pelarut organik, dan deterjen.
d. Umumya reaktif dan sangat spesifik, disebabkan terdapatnya gugus samping yang
reaktif dan susunan khas struktur makromolekulnya.
C. Struktur
Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat
satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat). Struktur
primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan
melalui ikatan peptida (amida). Sementara itu, struktur sekunder protein adalah struktur
tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh
ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:

a. alpha helix (α-helix, “puntiran-alfa”), berupa pilinan rantai asam-asam

amino berbentuk seperti spiral;
b. beta-sheet (β-sheet, “lempeng-beta”), berupa lembaran-lembaran lebar
yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui
ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
c. beta-turn, (β-turn, “lekukan-beta”); dan
d. gamma-turn, (γ-turn, “lekukan-gamma”)
Gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder akan menghasilkan struktur
tiga dimensi yang dinamakan struktur tersier. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan.
Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk
oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur
kuartener. Contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode:

1. Hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 6N hcl) dan kemudian komposisi
asam amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer,
2. Analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan degradasi Edman,
3. Kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan
4. Penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
 Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism
(CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran-alfa menunjukkan
dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak negatif
sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari
spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan
dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa
diestimasi dari spektrum inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350
asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang lebih
kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang
berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen
penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis
masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur
domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya
berpisah, protein tersebut tidak fungsional.
Bila susunan ruang atau rantai polipeptida suatu molekul protein berubah, maka
dikatakan protein ini terdenaturasi. Sebagian besar protein globular mudah mengalami
denaturasi, jika ikatan-ikatan yang membentuk konfigurasi molekul tersebut rusak. Kadang-
kadang perubahan ini memang dikehendaki namun sering juga merugikan sehingga perlu
dicegah.
Ada dua macam denaturasi yaitu pengembangan rantai peptida dan pemcahan protein
menjadi unit yang lebih kecil tanpa disertai pengembangan molekul. Terjadinya kedua jenis
denaturasi ini tergantung pada keadaan molekul. Yang pertama terjadi pada rantai polipeptida,
dan yang kedua terjadi pada bagian molekul yang bergabung dalam ikatan sekunder.
Masalah utama terjadinya denaturasi meliputi : Panas dan Radiasi Sinar Ultraviolet,
Pelarut-pelarut Organik, Asam atau Basa, Ion Logam Berat, dan Pereaksi Alkaloid.

D. Fungsi Protein
a. Enzim
Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah protein yang
mempunyai aktivitas katalis, yakni enzim. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik
didalam sel dikatalis oleh enzim. Lebih dari 2000 jenis enzim , masing-masing dapat
mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda, telah ditemukan dalam berbagai bentuk kehidupan.

b. Protein Transport
Protein transport didalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari
satu organ ke organ lain. Hemoglobin pada sel darah merah mengikat oksigen ketika darah
melalui paru-paru, dan membawa oksigen ke jaringan periferi. Plasma darah mengandung lipo
protein. Yang membawa lipid dari hati ke organ lain. Protein transport lain terdapat didalam
membran sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa, asam amino
dan nutrien lain melalui membran menuju kedalam sel.

c. Protein Nutrien dan Penyimpan

Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio
tanaman, terutama protein biji dari gandum, jagung dan beras.

d. Protein Kontraktil atau Motil

Beberapa protein memberikan kemampuan kepada sel organisme untuk berkontraksi, mengubah
bentuk atau bergerak. Aktin dan miyosin adalah protein filamen yang berfungsi didalam sistem
kontraktil otot kerangka dan juga didalam banyak sel.

e. Protein Stuktur
Banyak protein yang berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran penyanggah untuk
memberikan struktur biologi, kekuatan atau proteksi. Komponen utama dari urat dan tulang
rawan adalah protein serabut kolagen yang mempunyai daya tegang yang amat tinggi. Hampir
semua komponen kulit adalah kolagen murni.

f. Protein Pertahanan
Banyak protein yang mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain atau
melindungi organisme tersebut dari luka. Imunoklobulin atau antibodi pada vertebrata adalah
protein khusus yang dibuat oleh limposit yang dapat mengenali dan mengendapkan atau
menetralkan serangan bakteri, virus atau protein asing dari spesies lain. Fibrinogen dan trombin
merupakan protein penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jika sistem pembuluh
terluka, bisa ular, toksin bakteri, dan protein tumbuhan beracun seperti risin.
 g. Protein Pengatur
Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Diantara jenis ini terdapat
sejumlah hormon, seperti insulin, yang mengatur metabolisme gula dan kekurangannya,
menyebabkan penyakit diabetes, hormon pertumbuhan dari pituitary dan hormon paratiroid, yang
mengatur transport Ca++ dan fosfat juga. Represor mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri.
E. Penggolongan Protein
Ditinjau dari strukturnya protein dapat dibagi dalam dua golongan besar, yaitu golongan
protein sederhana dan protein gabungan. Yang dimaksud dengan protein sederhana ialah protein
yang hanya tediri atas molekul-molekul asam amino, sedangkan protein gabungan ialah protein
yang terdiri atas protein dan gugus bukan protein. Gugus ini disebut gugus prostetik dan terdiri
atas karbohidrat, lipid, atau asam nukleat.
Protein sederhana dapat dibagi dalam dua bagian menurut bentuk molekulnya, yaitu
protein fiber dan protein globular. Protein fiber mempunyai bentuk molekul panjang seperti serat
atau serabut. Molekul ini terdiri atas beberapa rantai polipeptida yang memanjang dan
dihubungkan satu dengan yang lain oleh beberapa ikatan silang hingga merupakan bentuk serat
atau serabut yang stabil. Sedangkan protein globular mempunyai bentuk molekul bulat atau elips
dan terdiri atas rantai polipeptida yang berlipat. Pada umumnya gugus R polar terletak disebelah
luar rantau polpeptida, sedangkan gugus R yang hidrofob terletak disebelah dalam molekul
protein.

a. Albumin
Larut di air, garam encer, terdapat pada putih telur (albumin telur), susu (laktalbumin), darah
(albumin darah)
b. Globulin
Larut dalam garam netral, tidak larut dalam air, terkoagulasi oleh panas, mengendap pada larutan
garam konsentrasi tinggi (salting out). Dalam tubuh terdapat sebagai zat antibodi dan fibrinogen.
1) Pada susu terdapat dalam bentuk laktoglobulin
2) Pada telur terdapat dalam bentuk ovoglobulin
3) Pada daging terdapat dalam bentuk miosin, aktin
c. Prolamin
Tidak larut dalam air, larut dalam etanol 50 -90%. Banyak mengandung prolin dan asam
glutamat, banyak terdapat pada serealia, misalnya : zein pada jagung, gliadin pada gandum dan
kordein pada barley
d. Glutelin
Protein yang larut dalam asam, basa encer, tidak larut dalam pelarut netral (mis : air, garam
encer, alkohol), misalnya : glutein pada gandum, oryzenin pada beras.

a. Berdasarkan bentuknya
a. Protein globular
Pada protein globular, rantai polipeptida melipat secara rapat dan biasanya larut dalam media
cair.
b. Protein serabut
Pada keratin, protein serabut dari rambut, rantai poli peptida disusun sepanjang satu sumbu dan
tidak larut didalam air.

F. Sintesis
Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan diuraikan
menjadi peptid peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam amino. Hal ini
dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam amino. Artinya
kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh esensiil, sedangkan sebagian
asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil oleh tubuh. Keseluruhan berjumlah 21
asam amino. Setelah penyerapan di usus maka akan diberikan ke darah. Darah membawa asam
amino itu ke setiap sel tubuh. Kode untuk asam amino tidak esensiil dapat disintesa oleh DNA.
Ini disebut dengan DNAtranskripsi. Kemudian karena hasil transkripsi di proses lebih lanjut di
ribosom atau retikulum endoplasma, disebut sebagai translasi.
Protein digabungkan dari asam amino menggunakan informasi dalam gen. Setiap protein
memiliki urutan asam amino unik yang ditetapkan oleh nukleotida. Dengan kode genetika maka
kumpulan tiga set nukleotida yang disebut kodon dan setiap kombinasi tiga nukleotida
membentuk asam amino, misalnya AUG (adenine – urasil – guanin) adalah kode untuk
methionine.
 Karena DNA berisi empat nukleotida, total jumlah kemungkinan kodon adalah 64. Oleh karena
itu, ada beberapa kelebihan dalam kode genetik, dan beberapa asam amino dapat ditentukan oleh lebih
dari satu codon. Kode gen DNA yang pertama di transkripsi menjadi pra – messenger RNA (mRNA)
oleh enzim seperti RNA polymerase. Sebagian besar organisme maka proses pra-mRNA (juga dikenal
sebagai dasar transkrip) menggunakan berbagai bentuk pasca transcriptional modifikasi untuk
membentuk mRNA matang, yang kemudian digunakan sebagai template untuk sintesis protein oleh
ribosome. Dalam prokariotik mRNA yang dibuat bisa digunakan segera, atau diikat oleh ribosome
setelah dipindahkan dari inti sel. Sebaliknya, eukariotik membuat mRNA di inti sel dan kemudian
memindahkan ke sitoplasma, dimana sintesis protein yang kemudian terjadi. Laju sintesis protein yang
lebih tinggi dapat terjadi di prokaryotes maupun eukariotik yang dapat mencapai hingga 20 asam amino
per detik.
Proses yang sintesis protein dari mRNA template dikenal sebagai translasi/terjemahan. mRNA
yang diambil ke ribosome kemudian membaca tiga nukleotida dan mencocokan kodon dengan pasangan
antikodonnya yang terletak pada RNA transfer yang membawa asam amino sesuai dengan kode kodon.
Enzim aminoacyl tRNA synthetase menyusun molekul tRNA dengan asam amino yang benar.
Polipeptida berkembang yang sering disebut rantai peptida. Protein selalu dibiosintesiskan dari N-
terminal ke C-terminal.
466 asam amino dan 53 kDa di massa. Protein terbesar adalah titins, komponen dari otot
sarkomer, dengan massa molekular hampir 3.000 kDa, dan total panjang hampir 27.000 asam amino.
G. Kekurangan Protein
Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya protein menunjang
keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang dewasa harus sedikitnya
mengonsumsi 1 g protein per kg berat tubuhnya. Kebutuhan akan protein bertambah pada perempuan
yang mengandung dan atlet-atlet.
Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:
a. Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)
Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan protein.
Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang namanya
busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah sehingga
menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:
a. Hipotonus
b. Gangguan pertumbuhan
c. Hati lemak
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
A. Protein memiliki adalah suatu polipeptida yang mempunyai bobot molekul yang
bervariasi, dari 5000 hingga lebih dari satu juta. Disamping berat molekul yang
berbeda- beda, protein mempunyai sifat yang berrbeda-beda pula. Struktur protein
dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu), sekunder
(tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat). Dan sintesis
protein digabungkan dari asam amino menggunakan informasi dalam gen. Setiap
protein memiliki urutan asam amino unik yang ditetapkan oleh nukleotida.
B. Protein merupakan makromolekul yang paling melimpah dalam sel.

C. Protein terdiri dari rantai polipeptida panjang, yang disusun oleh 100-1000 unit
asam amino yang disatukan oleh ikatan peptide.
D. Protein sederhana hanya menghasilkan asam amino dengan hidrolisis.

E. Sel mengandung ratusan atau ribuan jenis protein, fungsi atau aktivitas biologi
yang berbeda.
F. Deret asam amino pada rantai polipeptida dapat ditentukan dengan memecah
protein menjadi potongan kecil.
G. Struktur protein dibedakan menjadi 4, yaitu primer, sekunder, tertier dan kuartener.

H. Denaturasi dapat merubah sifat fisik protein.

 DAFTAR PUSTAKA
Parman, S. (2007). Kandungan protein dan abu tanaman alfalfa (medicago sativa l) setelah
pemupukan biorisa. Jurnal Bioma. 9(2):38-44.
Suharti, T., & Djam’an, D. F. (2019). Potensi Rip (Ribosome Inactivating Protein) Yang
Berasal Dari Tumbuhan Sebagai Biopestisida. Buletin Eboni, 1(1), 33-39.
Patong, A.R., dkk., 2012, Biokimia Dasar, Lembah Harapan Press, Makassar.

Samadi, 2012, Konsep Ideal Protein (Asam Amino) Fokus pada Ternak Ayam Pedaging
(online), (http://jurnal.unsyiah.ac.id/agripet/article/view/202), Jurnal Penelitian, Vol: 12
(2), Hal : 42-48, Universitas Syiah Kuala, Banda Aceh.

Sri, 2012, Praktikum Reaksi Uji Protein (online), (http://ruanglingkupgurukimia. blogspot.com),

diakses pada tanggal 21 Oktober 2013 pukul 20.21 WITA.