TUGAS PAPER

MATA KULIAH BIOKIMIA

PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT

Disusun Oleh :
Fani Pranidasari (6411420059)

UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG

SEMARANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN

a. Latar Belakang
Istilah protein berasal dari kata Yunani Proteos, yang berarti yang utama atau yang
didahulukan. Kata ini diperkenalkan oleh seorang ahli kimia Belanda, Gerardus Mulder
(1802-1880), karena ia berpendapat bahwa protein adalah zat yang paling penting dalam
setiap organisme.
Protein adalah bagian dari semua sel hidup dan merupakan bagian terbesar tubuh
sesudah air. Seperlima bagian tubuh adalah protein, separuhnya ada didalam
otot, seperlima didalam tulang dan tulang rawan, sepersepuluh didalam kulit, dan
selebihnya didalam jaringan lain dan cairan tubuh. Semua enzim, berbagai hormon,
pengangkut zat-zat gizi dan darah, matriks interseluler dan sebagainya protein. Protein
mempunyai fungsi khas yang tidak dapat digantikan oleh zat gizi lain, yaitu membangun
serta memelihara sel-sel dan jaringan tubuh. Disamping terdapat pula asam nukleat,
berperan penting untuk kehidupan.

b. Rumusan Masalah
1. Apa defenisi protein ?
2. Bgaimana penyusunan molekul protein ?
3. Bagaimana proses sintesis protein ?
4. Bagaimana penyusunan kode genetik ?
5. Bagimana upaya analisis dan eksresi protein ?
6. Jelaskan mengenai asam nukleat?

c. Tujuan
1. Dapat mengetahui defenisi protein.
2. Dapat mengetahui penyusunan molekul protein.
3. Dapat mengetahui proses sintesis protein.
4. Dapat mengetahui penyusunan kode genetik.
5. Dapat mengetahui upaya analisis dan ekspresi protein.
6. Dapat mengetahui tentang asam nukleat.

BAB II
 PEMBAHASAN

1. Definisi Protein
Penemuan bahwa informasi genetik dikode di sepanjang suatu molekul polimerik yang
hanya terdiri dari empat jenis unit monomerik merupakan salah satu keberhasilan ilmu
pengetahuan terpenting pada abad ke-20. Molekul polimerik ini, asam deoksiribonukleat
(DNA), merupakan dasar kimiawi hereditas dan disusun menjadi gen, unit dasar
informasi genetik. Jalur informasi dasar—yaitu DNA mengarahkan sintesis RNA, yang
selanjutnya mengarahkandan mengatur sintesis protein.
Protein adalah makromolekul yang kompleks secara fisik dan fungsional yang melakukan
peran sangat penting yang banyak. Misalnya, suatu jaringan protein internal, sitoskeleton
mempertahankan bentuk sel dan integritas fisik. Filamen aktin dan miosin pada mesin
kontraktil otot. Hemoglobin mengangkut oksigen, sedangkan antibodi dalam sirkulasi
melawan penyerang asing. Reaksi katalis enzim yang membangkitkan energi, mensintesis
dan menghancurkan biomolekul, memperbanyak dan mentranskrip gen, mengolah
mRNA, dll. Reseptor memampukan sel merasakan dan merespons terhadap hormon dan
isyarat lingkungan lainnya.
Protein adalah pokok pada perubahan fisik dan fungsional yang mencerminkan daur
kehidupan organisme tempat mereka berada. Suatu protein khas "dilahirkan" pada
translasi, matang melalui proses pascatranslasi seperti proteolisis selektif, bergantian di
antara keadaan bekerja dan istirahat melalui intervensi faktor pengatur, menua melalui
oksidasi, deamidasi, dll, dan "mati" saat dihancurkan menjadi komponen asam aminonya.

2. Penyusunan Protein
Untuk menentukan urutan lengkap suatu polipeptida yang panjangnya beberapa ratus
residu, pertama kali protein harus dipecahkan menjadi peptida-peptida yang lebih kecil,
dengan menggunakan protease atau reagen seperti sianogen bromida. Setelah permurnian
dengan kromatografi cair akselerasi tinggi (HPLC) fase terbalik, peptida-peptida ini
kemudian dianalisis dengan pengurutan Edman. Untuk menyusun urutan peptida pendek
untuk memecahkan urutan lengkap polipeptida utuh, perlu menganalisis peptida yang
urutannya tumpang tindih satu sama lain. Hal ini diIaksanakan dengan menciptakan
beberapa set peptida dengan menggunakan lebih dari satu metode pemecahan. Diperlukan
sejumlah besar protein murni untuk menguji sejumlah fragmentasi protein dan keadaan
pemumian peptida berperan pada kekurangan utama ke dua teknik pengurutan protein
kimia langsung.

3. Sintesis Protein
Huruf A, G, T, dan C menyatakan nukleotida-nukleotida yang terdapat dalam DNA. Di
dalam gen penyandi-protein, nukleotida-nukleotida ini tersusun menjadi kode tiga-huruf
yang disebut kodon, dan kumpulan kodon ini akan membentuk kode genetik. Sintesis
protein atau mutasi sulit dipahami atau dijelaskan sebelum ditemukannya kode genetik.
Kode genetik menjadi dasar untuk menjelaskan bagaimana kelainan protein dapat
menimbulkan penyakit genetik serta untuk menegakkan diagnosis dan mungkin terapi
bagi penyakit-penyakit ini. Selain itu, banyak patofisiologi infeksi virus yang berkaitan
dengankemampuan virus untuk mengganggu sintesis protein sel pejamu. Banyak obat
antibakteri bekerja efektif karena obat ini secara selektif mengganggu sintesis protein sel
bakteri tetapi tidak berpengaruh terhadap sintesis protein sel eukariot. Di nukleus,
informasi genetik dalam sekuens nukleotidaDNA ditranskripsikan menjadi sekuens
nukleotida spesifik molekul RNA. Sekuens nukleotida di transkrip RNA bersifat
komplementer dengan sekuens nukleotida untai cetakan di gen-nya, mengikuti aturan
pembentukan pasangan basa. Beberapa kelas RNA bekerja bersama untuk mengarahkan
sintesis protein.
Pada prokariot, terdapat korespondensi linier antara gen, RNA pembawa (mRNA) yang
ditranskripsikan dari gen, danproduk polipeptidanya. Situasi ini lebih rumit pada sel
eukariot yang lebih tinggi karena transkrip primer berukuran jauh lebih besar daripada
mRNA matur. Prekursor mRNA yang besar mengandung regio-regio pengode/penyandi
(ekson) yang akan membentuk mRNA matur dan sekuenssekuen panjang sisipan (intron)
yang memisahkan ekson-ekson. mRNA diproses di dalam nukleus dan intron, yang
membentuk sebagian besar RNA, dikeluarkan. Ekson-ekson disatukan untuk membentuk
mRNA matur yang kemudian diangkut ke sitoplasma untuk ditranslasikan menjadi
protein.
Sel harus memiliki perangkat yang dibutuhkan untuk mentranslasikan informasi secara
akurat dan efisien dari sekuens nukleotida mRNA menjadi sekuens asam amino protein
tertentu. Kejelasan proses ini, yang disebut translasi, menunggu pemecahan kode genetik.
Telah disadari sejak lama bahwa molekul mRNA itu sendiri tidak memiliki afinitas
terhadap asam amino sehingga translasi informasi di sekuens nukleotida mRNA untuk
menjadi sekuens asam amino protein memerlukan suatu molekul adaptor perantara. Di
satu sisi, molekul adaptor ini harus mengenali sekuens nukleotida spesifik; di sisi lain,
molekul tersebut juga harus mengenali asam amino yang sesuai. Dengan molekul adaptor
ini, sel dapat mengarahkan asam amino spesifik ke posisi sekuens yang tepat di suatu
protein yang sedang disintesis sesuai dengan sekuens nukleotida mRNA tertentu. Pada
kenyataannya, gugus-gugus fungsional asam amino itu tidak benar-benar berkontak
dengan mRNA cetakannya.

4. Kode genetik
Kode genetik menjadi dasar untuk
menjelaskan bagaimana kelainan protein
dapat menimbulkan penyakit genetik
serta untuk menegakkan diagnosis dan
mungkin terapi bagi penyakit-penyakit
ini. Untuk membentuk komplemen
selular protein diperlukan dua puluh
asam amino berbeda; jadi, setidaknya
harus terdapat 20 kodon yang berbeda
untuk dapat membentuk kode genetik.
Karena hanya terdapat empat nukleotida
yang berbeda dalam mRNA, setiap
kodon harus terdiri lebih dari satu
nukleotida purin atau pirimidin. Kodon
yang terdiri dari dua nukleotida hanya
akan menghasilkan 16 (42) kodon
spesifik, sedangkan kodon tiga
nukleotida dapat menghasilkan 64 (43)
kodon spesifik.
Kini diketahui bahwa setiap kodon
terdiri dari rangkaian tiga nukleotida; yaitu suatu kode triplet . Penguraian awal kode
genetik sangat bergantung pada sintesis in vitro polimer nukleotida, terutama triplet
dalam sekuens yang berulang. Ribonukleotida triplet sintetik ini digunakan sebagai
mRNA untuk memprogram sintesis protein dalam tabung reaksi sehingga para peneliti
dapat menemukan kode genetik.
Tiga dari 64 kodon ternyata tidak menyandi asam amino tertentu; ketiga jenis kodon
tersebut disebut kodon nonsense. Kodon-kodon nonsense ini digunakan dalam sel sebagai
sinyal terminasi; ketiganya menentukan tempat penghentian polimerisasi asam amino
menjadi protein. Sebanyak 61 kodon sisanya menyandi 20 asam amino yang terjadi
secara alami (Tabel 37-1). Oleh sebab itu, terdapat "degenerasi" dalam kode genetik—
yaitu, beberapa kodon menyandi asam amino yang sama. Beberapa asam amino dikode
oleh beberapa kodon; contohnya, terdapat enam kodon berbeda yang menyandi serin,
UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, dan AGC. Asam amino lain, misalnya metionin dan
triptofan, hanya disandi oleh satu jenis kodon. Secara umum, nukleotida ketiga dalam
suatu kodon bersifat kurang penting dibandingkan dengan dua kodon yang pertama dalam
menentukan asam amino spesifik yang akan digabungkan dan hal ini yang menjadi
penyebab utama degenerasi kode genetik. Namun, setiap kodon hanya menyandi satu
asam amino; dengan sangat sedikit pengecualian, kode genetik bersifat nonambigu—yaitu
kodon spesifik hanya akan membentuk satu asam amino tertentu. Perbedaan antara
ambiguitas dan degenerasi adalah suatu konsep yang penting.
Kode yang nonambigu tetapi degenerasi dapat dijelaskan secara molekular. Pengenalan
kodon spesifik di mRNA oleh molekul adaptor tRNA bergantung pada regio antikodon
tRNA dan hukum pembentukan pasangan basa spesifik. Setiap molekul tRNA
mengandung sekuens spesifik, komplementer dengan suatu kodon, yang disebut
antikodon.

5. Upaya Analisis dan Ekspresi Protein

Pengetahuan tentang urutan genom dari organisme tersebut sangat difasilitasi identifikasi
oleh menyediakan komprehensif dari urutan polipeptida DNA-dikodekan. Selain itu juga
disediakan data urutan nukleotida dari untuk yang membangun susunan gen, yang
kadang-kadang disebut chip DNA, berisi ratusan dari probe oligonukleotida yang
berbeda. Chip ini kemudian dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan dari mRNA
mengandung urutan nukleotida komplementer. Walaupun perubahan ekspresi mRNA
yang mengkode protein tidak selalu mencerminkan perubahan yang sebanding pada
tingkat protein yang bersesuaian, susunan gen kedua secara teknis kurang menuntut dan
lebih sensitif dibandingkan pendekatan proteomik generasi pertama, khususnya yang
berkaitan dengan protein kelimpahan rendah.
Pasangan proteomik generasi kedua baru dikembangkan teknik kromatografi skala nano
dengan spektrometri massa. Protein dalam sampel biologis pertama kali diperlakukan
dengan protease menghidrolisis menjadi peptida yang lebih kecil yang kemudian
dikenakan fase terbalik, pertukaran ion, atau ukuran kromatografi eksklusi untuk
membagi jumlah besar dari peptida menjadi subset yang lebih kecil lebih menerima untuk
analisis. Subset ini dianalisis dengan menyuntikkan kolom eluen langsung ke quadrupol
ganda atau massa waktu perjalanan spektrometer massa. Teknologi identifikasi protein
multidimensi (MudPIT = multidimensional protein identification technology)
menggunakan putaran kromatografi berturut-turut untuk memecahkan peptida yang
dihasilkan dari pencemaan sampel biologi kompleks menjadi beberapa fraksi yang lebih
sederhana yang dapat dianalisis secara terpisah menggunakan MS. Sekarang, suspensi
dari campuran peptida kompleks dalam spektrometer massa itu sendiri dan kemudian
mengekspor subset kecil untuk analisis akhir menggunakan perangkap ion sering
memungkinkan bahkan kompleks campuran untuk dianalisis langsung oleh MS tanpa
 fraksinasi kromatografi sebelumnya. Upaya juga terus untuk menyaring metode untuk
analisis dari mRNA dan ekspresi protein dalam sel-sel individual.

6. Asam Nukleat
Asam nukleat dicerna menjadi purin dan pirimidin. Purin dan pirimidin baru terbentuk
dari zat-zat antara amfibolis sehingga keduanya bersifat nonesensial secara dietetik.
Beberapa reaksi dalam biosintesis IMP membutuhkan turunan folat dan glutamin. Oleh
sebab itu, obat antifolat dan analog glutamin menginhibisi biosintesis purin. IMP adalah
kedua prekursor dari AMP dan dari GMP. Glutamin menyediakan gugus 2-amino dari
GMP, dan aspartat gugus 6-amino dari AMP. Transfer fosforildari ATP mengkonversi
AMP dan GMP untuk ADP serta GDP. Transfer fosforil berikutnya dari ATP ke GDP
membentuk GTP. ADP diubah menjadi ATP oleh fosforilasi oksidatif.
Biosintesis nukleotida purin di hepar diatur secara ketat oleh kompartementasi PRPP dan
oleh inhibisi umpan-balik AMP dan GMP terhadap PRPP-glutamil amidotransferase.
Regulasi terpadu biosintesis nukleotida purin dan pirimidin menjamin jumlah purin dan
pirimidin sesuai dengan kebutuhan biosintesis asam nukleat dan kebutuhan metabolik
lain.Manusia mengatabolisme purin menjadi asam urat (pKa 5,8), yang terdapat sebagai
asam yang relatif tak-larut pada pH asam atau sebagai garam natrium urat yang lebih larut
pada pH mendekati netral. Kristal urat adalah gambaran diagnostik gout. Penyakit
katabolisme purin yang lain adalah sindrom Lesch- Nyhan, penyakit von Gierke, dan
hipourisemia. Karena katabolit pirimidin larut dalam air, produksi berlebihan katabolit-
katabolit ini tidak akan menyebabkan kelainan klinis. Namun, ekskresi prekursor
pirimidin dapat terjadi karena defisiensi omitin transkarbamoilase akibatkarbamoil fosfat
yang berlebihan yang digunakan untuk biosintesis pirimidin.

BAB III

PENUTUP

Kesimpulan
 Protein adalah salah satu makromolekul pokok pada perubahan fisik dan fungsional yang
mencerminkan daur kehidupan organisme tempat mereka berada. Protein harus
dipecahkan menjadi peptida-peptida yang lebih kecil, dengan menggunakan protease
untuk menentukan urutan lengkapnya. Proses sintesis protein di nukleus, informasi
genetik dalam sekuens nukleotida DNA ditranskripsikan menjadi sekuens nukleotida
spesifik molekul RNA. Sekuens nukleotida di transkrip RNA bersifat komplementer
dengan sekuens nukleotida untai cetakan di gen-nya, mengikuti aturan pembentukan
pasangan basa. Beberapa kelas RNA bekerja bersama untuk mengarahkan sintesis
protein. Sel harus memiliki perangkat yang dibutuhkan untuk mentranslasikan informasi
secara akurat dan efisien dari sekuens nukleotida mRNA menjadi sekuens asam amino
protein tertentu. Kejelasan proses ini, yang disebut translasi, menunggu pemecahan kode
genetik. Dengan molekul adaptor ini, sel dapat mengarahkan asam amino spesifik ke
posisi sekuens yang tepat di suatu protein yang sedang disintesis sesuai dengan sekuens
nukleotida mRNA tertentu. Terdapat empat nukleotida yang berbeda dalam mRNA,
setiap kodon harus terdiri lebih dari satu nukleotida purin atau pirimidin untuk menyusun
kode genetik.
Protein dalam sampel biologis pertama kali diperlakukan dengan protease menghidrolisis
menjadi peptida yang lebih kecil.Teknologi identifikasi protein multidimensi (MudPIT =
multidimensional protein identification technology) menggunakan putaran kromatografi
berturut-turut untuk memecahkan peptida yang dihasilkan dari pencemaan sampel biologi
kompleks menjadi beberapa fraksi yang lebih sederhana yang dapat dianalisis secara
terpisah menggunakan MS. Sekarang, suspensi dari campuran peptida kompleks dalam
spektrometer massa itu sendiri dan kemudian mengekspor subset kecil untuk analisis
akhir menggunakan perangkap ion sering memungkinkan bahkan kompleks campuran
untuk dianalisis langsung oleh MS tanpa fraksinasi kromatografi sebelumnya.
Asam nukleat dicerna menjadi purin dan pirimidin. Purin dan pirimidin baru terbentuk
dari zat-zat antara amfibolis sehingga keduanya bersifat nonesensial secara dietetik.
Beberapa reaksi dalam biosintesis IMP membutuhkan turunan folat dan glutamin. Oleh
sebab itu, obat antifolat dan analog glutamin menginhibisi biosintesis purin.

DAFTAR PUSTAKA

Victor W. Rodwell, P. P. (1976). Harper's Illustrated Biochemistry. Chicago: MC Graw Hill Education
LANGE.