Protein

 protein berasal dari bahasa Yunani proteios yang berarti "barisan pertama"
 IKATAN PEPTIDA Ikatan antara gugus karboksil suatu asam amino dengan gugus amino dari asam amino
lain.
 Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-
monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein
mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan
penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
 Peran dan aktivitas protein diantaranya adalah sebagai katalisis enzimatik, transpor dan penyimpanan,
koordinasi gerak, penunjang mekanis, proteksi imun, membangkitkan dan menghantar impuls saraf, serta
pengaturan pertumbuhan dan diferensiasi

Struktur protein
 Struktur alternatif protein yang sama disebut sebagai konformasi.
 Asam amino merupakan unit dasar struktur protein. Suatu asam amino-α terdiri dari gugus amino, gugus
karboksil, atom H dan gugus R tertentu yang semuanya terikat pada atom karbon α .
 Atom karbon ini disebut α karena bersebelahan dengan gugus karboksil (asam). Gugus R menyatakan rantai
samping.

Asam amino paling sederhana

 asam amino paling sederhana adalah glisin (H2NCH2COOH).

Struktur protein primer, sekunder, tersier, quartener

 Struktur protein sekunder terjadi karena adanya interaksi antar molekul asam amino yang ada dalam struktur
tersebut. Interaksi tersebut bisa terjadi antara atom oksigen dengan atom hidrogen dari senyawa yang
berbeda. Hal ini menyebabkan suatu rantai protein bentuknya jadi melingkar dan disebut dengan nama α-
helix.
- Struktur sekunder berhubungan dengan pengaturan kedudukan ruang residu asam amino yang berdekatan
dalam urutan linier. Pengaturan sterik ini memberi struktur periodik. Heliks- dan untai- menunjukkan
struktur sekunder.
 Struktur protein tersier merupakan gabungan dari beberapa struktur sekunder. Pada contoh di atas, struktur
tersier tersebut merupakan gabungan dari struktur α-helix dan β-sheet.
- Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan dalam urutan linier
dan pola ikatan-ikatan sulfida.
 Di struktur kuartener protein, molekul protein itu ditunjukkan tidak dalam satu untaian melainkan beberapa
untaian. ada beberapa untaian yang terdiri dari struktur α-helix dan β-sheet. Interaksi ikatan hidrogen dan
sulfida bisa terjadi nggak hanya di dalam namun juga antar untaian. Struktur tersier dan kuartener berperan
dalam aktivitas biologis protein. Struktur ini bisa rusak atau berubah bentuknya akibat proses pemanasan
atau terpapar zat asam maupun basa. Fenomena ini disebut dengan denaturasi.
 Struktur primer merupakan urutan asam amino yang menyusun protein. Antara asam amino satu dengan
lainnya membentuk ikatan peptida melalui gugus karboksil dan gugus amina pada ujung-ujung asam amino.
- Struktur primer adalah urutan asam amino.
 Fungsi protein

Struktur asam nukleat

 Asam nukleat terdiri atas : Gula 5 karbon (pentosa), Deoksiribosa (DNA) atau ribosa (RNA), Basa nitrogen;
dan posfat

Nukleotida
 Nukleotida tersusun atas fosfat, gula, dan basa nitrogen. Sedangkan Nukleosida tersusun atas gula dan basa
nitrogen. Dengan kata lain, Nukleosida merupakan nukleotida yang kehilangan fosfat.
 Nukleotida adalah molekul yg tersusun dari gugus basa heterosiklik gula dan 1 lebih fosfat

Nukleosom
 Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin
RNA

Start stop kodon

 1 start kodon = Metionin (AUG)
 Terdapat beberapa protein yang disebut “Release Factors” yang akan mengenali kodon stop (UAA, UAG,
UGA), dan akan menambahkan air pada polipeptida, sehingga terjadi pelepasan polipeptida.

Tahapan ranskripsi
 Adalah proses sintesis RNA dari sekuen DNA sebuah gen oleh ensim RNA polymerase

Tahapan Translasi
a. Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan ssRibosom dengan mRNA membentuk sebuah “inisiation complex”
- Proses ini dimulai dari AUG (met) sehingga kodon ini disebut “translation initiation codon”
b. Pemanjangan/elongation
- Dimulai dengan penggabungan lsRibosom pada inisiation complex
- Sehingga terbentuk 2 buah ruangan pada kompleks, dimana satu ruangan telah diisi oleh tRNA Met, dan
ruangan yang kedua diisi oleh tRNA yang ditentukan oleh kodon kedua dari mRNA.
- Kompleks ini kemudian akan bergeser kearah 3’ (downstream) sehingga ruangan pertama akan disi oleh
tRNA kedua, dan ruangan kedua akan diisi oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh kodon ketiga dst
c. Terminasi (termination)
- tRNA tidak akan mampu berikatan dengan termination codon
- Terdapat beberapa protein yang disebut “Release Factors” yang akan mengenali kodon stop (UAA, UAG,
UGA), dan akan menambahkan air pada polipeptida, sehingga terjadi pelepasan polipeptida.

Replikasi DNA semi konservatif

 Sepasang DNA turunan (anak) akan memiliki untai yang membawa penuh DNA induk, dan sepasang
- DNA turunan akan memperoleh sepasang untai baru. Masing-masing pita DNA (yg dalam rantai ganda)
menjadi cetakan (template) Nukleotida-nukleotida DNA akan tersusun secara komplementer terhadap
pasangan basa Nitrogennya
 Tahapan mekanisme replikasi DNA semikonservatif secara garis besar adalah :
1. pemisahan (denaturation, denaturasi) untaian DNA induk,
2. peng-“awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,
3. pemanjangan (elongation, elongasi) untaian DNA,
4. ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA, dan
5. peng-“akhir”-an (termination, terminasi) sintesis DNA

Enzim replikasi DNA

 Mutasi
 Mutasi : perubahan materi genetic yang dapat diwariskan dan memunculkan bentuk-bentuk alternatif
gen apapun
 Bentuk alternatif disebut alel
 Terdapat 2 macam mutasi : mutase yang mempengaruhi gen dan mutase yang mempengaruhi
keseluruhan kromosom (penyimpangan kromosom)
 Mutasi gen pada tingkat nukleotida disebut mutase titik
 Penyebab timbulnya mutasi : kesalahan selama replikasi gen di dalam molekul DNA baik berupa insersi,
delesi maupun substitusi
 Suatu sel mempunyai mekanisme untuk meningkatkan ketepatan replikasi DNA, tetapi bisa
menimbulkan kesalahan secara spontan yang menimbulkan perubahan sekuens DNA yang dapat
diwariskan
 Laju mutase dapat ditingkatkan dengan cara memaparkan agen kimiawi atau agen fisik yang disebut
mutagen kepada sel
 Mutasi dapat terjadi akibat tidak stabilnya basa nukleotida di dalam DNA
 Basa nukleotida dapat mengalami perubahan structural yang disebut pergeseran tautometrik
 Perubahan tersebut menyebabkan penyebaran ulang electron dan proton yang menyebabkan basa tidak
dapat berpasangan secara normal. G mungkin menjadi pasangan dengan T atau A dengan C, sehingga
perubahan sekuen nukleotida tersebut dapat diwariskan

Mutagen
 Mutagen kimiawi dan fisik dapat menyebabkan mutas melalui penggantin satu basa dengan basa lainnya
di dalam molekul DNA sehingga terjadi perubahan structural pada basa
 Perubahan tsb menyebabkan bisa menyebabkan bisa membentuk perpasangan secara salah yang
berakibat pada insersi atau delesi atau sangat rusak basa tersebut sehingga tidak dapat berpasangan
dengan basa normal lainnya

Poliploidi dan Aneuploidi

 Pada organisme diploid (2n), terdapat dua tipe utama penyimpangan kromosomal yang mempengaruhi
jumlah kromosom
 Poliploidi : suatu sel mempunyai satu atau lebih set kromosom melebihi jumlah set normal nya. Mislnya
triploid (3n) mempunyai kelebihan stu set kromosom. Organisme triploid bersifat steril karena tidak
dapat menghasilkan gamet yan seimbang pada saat meiosis.
 Aneuploidi : terjadi karena adanya perubahan jumlah individual pada kromosomkromosom homolog
dalam satu set kromosom, hal ini biasanya terjadi karena danya nondisjunction (gagal berpisah) selama
meiosis. Kondisi aneuploidi yang menyebabkan terjadinya tiga salinan dari satu kromosom tertentu
disebut trisomy (2n +1)

Bakteriofag
 Bakteriofage : virus yang menginfeksi bakteri ▪ Memiliki asam nukleat yang dibungkus denganselubung
protein yang disebut kapsid
 Bakteriofage membutuhkan inang bakteri hidup utnuk melakukan siklus reproduksi
 Siklus litik atau siklus kehidupan vgetatif berpncak pda pecahnya (lisis) sel inang dan terlepasny anakan
virus dalam jumlah banyak
 Virus bakteri yang hanya mempunyai siklus hidup litik dikatakan sebagai bakteriofage virulen karena
pada akhirnya menyebabkan kematian dan kehancuran bakteri inangnya
 Contoh : virus virulen pada fag T bernomor genap seprti T2, T4 dan T6

Restriksi endonukelase
 Enzim restriksi endonuclease : enzim-enzim bakteri yang dapat mengenali dan memotong sekuens
nukleotida tertentu di dalam molekul DNA beruntai ganda
 Enzim tersebut memotong DNA menjadi fragmen-fragmen dengan Panjang yang bervariasi bergantung
pada berapa banyak situs yang dikenali enzim tersebut berada di dalam molekul DNA
 Sebagian besar enzim restriksi endonuclease yang digunakan untuk pengklonan mampu mengenali
sekuens pasangan basa sepanjang 4-8 nukleotid dan melakukan pemotongan di dalam nukleotida
tersebut
 Banyak pula enzim restriksi yang dapat emngenali sekuensyang disebut pallindrom

Elektroforesis
 Elektroforesis : prinsip dasarnya ialah dari pergerakan molekul bermuatan atau ion mellaui medium
semisolid dibawah pengaruh suatu medan listrik
 Medium yang digunakan dalam elektroforesis DNA : gel agarose
 Gel agarose yang dicetak seperti lempengan pipih dengan sumur-sumur tempat sampel di salah satu
ujungnya, ditenggelamkan ke dalam larutan penyangga atau dapar (buffer)
 Sisi gel tempat terdapatnya sumur-sumur diletakkan menghadap ke kutub negative (katoda)
 Sampel dimasukkan ke dalam sumur-sumur kemudian arus listrik dari catu daya (power supply)
dialirkan ke system
 Karena pH asm nukleat negative pH 8,0 maka DNA akan bermigrasi di dalam matriks gel dari kutub
negative ke kutub positif (Anoda)
 Hibridisasi asam nukleat
 Hibridisasi DNA : merupakan metode yang berguna yang muncul dari perkembangan ilmu rekayasa
genetika dan biologi molekuler
 Teknik ini digunakan untuk mendeteksi kehadran DNA pathogen pada suatu specimen klinis dan untuk
mengetahui lokasi gen speseifik di dalam sel
 Hibridisasi DNA memanfaatkan kemampuan asam nukleat untuk membentuk molekul stabil berantai
ganda Ketika dua untai tugngal yang mempunyai basa komplementer disatukan pada kondisi-kondisi
yang mendukung
 Terdapat tiga format yang digunakan dalam pengujian hibridisasi fase solid : dot blot, southern blotting
dan hibridisasi in-situ
 Dot blot : sampel/specimen ditempatkan dalam membrane nitroselulosa dalam jumlah sedikit sehingga
hanya berupa satu titik
 Hibridisasi southern : melibatkan pemotongan dengan enzim restriksi dan elektroforesis gel agarose
pada DNA target sebelum dilakukan pengujian hibridisasi. Pita-pita yang dihasilkan dipindahkan dengan
mekanisme kapiler ke membrane nitroselulosa atau nilon dalam peralatan blotting.
 hibridisasi in-situ : sel utuh / jaringan yang diberi probe dittempelkan pada objek glass. Kelebihan dari
pengujian fase-padat ini bahwa kita tidak hanya mendeteksi keberadaan DNA target di dalam sel yang
utuh melainkan juga dapat menetukan lokasi DNA target di dalam jaringan
 Salah satu aplikasi penting hibridisasi in-situ iala deteksi keberadaan virus dan bakteri tip tertentu di
dalam sel-sel yang terinfeksi.

PCR
 Replikasi materi genetic dilakukan oleh enzim DNA polymerase
 Enzim tersebut menginisiasi sintesis DNA dengan berawal dari primer yang berikatan dngan cetakan
 Primer umumnya mempunyai Panjang 9 sampai 25 basa dan menentukan situs dimulainya replikasi
DNA.
 Dengan adanya Teknik PCR setiap materi genetic dapat ditentukan dengan tepat dan direplikasi dalam
jumlah banyak dengan cara menentukan sepasang primer ayng mengapit sekuen DNA yang dikehendaki

Sequensing asam nukleat

 Pengurutan (Sequencing) Asam Nukleat : memungkinkan kita untuk mengetahui kode-kode genetic dari
molekul DNA
 Sequencing dapat dilakukan dengan menggunakan satu dari dua metode yang ada
 Kedua metode tersebut menghasilkan fragmen DNA dengan Panjang bervarasi, yang satu sama lain
berbeda sebanyak satu basa tunggal
 Dari fragmen tersebut bisa ditarik kesimpulan mengenai sekuen asam nukleat molekul DNA yang
diperiksa
 Teknik yang digunakan adalah gel-gel poliakrilamid pendenaturasi
 Metode Maxam-Gilbert (kimiawi) : metode didasarkan pada pemotongan DNA di daerah spesifik oleh
zat kimiawi selain enzim, tetapi metode ini jarang digunakan, metode Sanger lebih disukai
 Metode Sanger (enzimatik) : sintesis DNA secara enzimatik terjai melalui pembentukan secara berturut-
turutikatan fosfodiester antara gugus fosfat ujung 5’ bebas dari nukleotida baru dengan gugus OH dari
ujung 3’ rantai yang sedang memanjang. Proses ini berlangsung di sepanjang molekul DNA.
 Modifikasi dari metode Sanger disebut dideoxy termination sequencing
 Bioteknologi
 Bioteknologi merupakan penerapan sistem biologi, organisme hidup, atau turunannya dalam
memodifikasi suatu produk atau proses untuk tujuan khusus.
 Farmasi menggunakan teknik bioteknologi untuk pembuatan obat, terapi gen, pengujian genetik, dan
pharmacogenomics

Biofarmasetika
 Biofarmasetika akan merekayasa genetika suatu organisme untuk terapi dengan teknologi DNA
rekombinan
 Produk – produk biofarmasetika untuk pengobatan dan pencegahan berbagai penyakit
 Contoh : Vaksin, antibiotik, cloning gen, hormone imunoterapi

Prinsip bioteknologi
1. Menggunakan/melibatkan mahluk hidup.
2. Memanipulasi DNA mahluk hidup
3. Menghasilkan produk yg termodifikasi/produk baru
4. Melibatkan banyak disiplin ilmu
 Teknik utama Bioteknoligi :
1) Optimasi proses fermentasi
2) Rekayasa genetik : teknik yang memungkinkan peneliti untuk mengisolasi, mengidentifikasi,
dan melipatgandakan suatu fragmen DNA dalam bentuk murninya
3) Kultur Jaringan
4) Teknologi Hibridoma : Penggabungan sel dengan suatu sifat tertentu yang menguntungkan
dengan sel kanker (sel oma), untuk menghasilkan produk menguntungkan dalam jumlah
banyak. Contoh : Antibodi monoklona

Rekayasa genetika
 Sekumpulan teknik yang memungkinkan peneliti untuk mengisolasi, mengidentifikasi, dan
melipatgandakan suatu fragmen DNA dalam bentuk murninya.

Antibodi monoclonal
 Antibodi monoklonal adalah antibodi yang diperoleh dari suatu sumber tunggal atau sel klona yang
hanya mengenal satu jenis antigen
 Antibodi monoklonal dihasilkan dari teknik hibridoma dengan menggunakan kelinci atau tikus,
penggabungan dua sel dari organisme yang sama maupun berbeda sehingga menghasilkan sel tunggal
berupa sel hibrid (hibridoma) yang memiliki kombinasi dari sifat kedua sel tersebut
 pengobatan kanker, antibodi monoklonal hanya menyerang protein dan menyerang sel-sel tanpa
mempengaruhi sel-sel yang sehat
 Mendeteksi kandungan hormon korionik gonadotropin ( HCG ) dalam urin wanita hamil.
 Mengikat racun dan menonaktifkannya, contohnya racun tetanus dan kelebihan obat digoxin dapat
dinonaktifkan oleh antibodi ini.
 Mencegah penolakan jaringan terhadap sel hasil transplantasi jaringan lain

Terapi gen
 Terapi gen adalah Terapi gen teknik untuk mengoreksi gen yang bermutasi penyebab penyakit
 terapi gen sudah dimulai sejak tahun 1990.
 Dengan bioinformatika, sudah dapat menentukan gen yang dapat menimbulkan penyakit/kelainan serta
dapat dianalisa cara memperbaiki atau mengganti gen tersebut, dengan menggunakan bakteri, virus yang
sudah dimodifikasi secara genetic dan dipakai sebagai obat bahkan dapat menggantikan organ tubuh.
 Kegunaan terapi Gen :
1. Terapi gen untuk hemofilia dengan menyuntikkan gen faktor pembekuan yang hilang sehingga dapat
memenuhi jebutuhan pasien akan protein pembeku darah
2. Gen Terapi untuk Kanker
3. Terapi gen untuk Muscular Dystrophy adalah kelainan genetik yang ditandai oleh kelemahan otot
4. Uji coba Terapi AIDS dengan Rekayasa Genetika Tahap uji coba pengobatan HIV-AIDS
menggunakan terapi rekayasa genetika

Antibiotik
 Merupakan senyawa kimia yang dihasilkan oleh mikroorganisme dan senyawa ini mampu membunuh atau
menghambat pertumbuhan mikroorganisme lain
 Empat kelas utama, yaitu tetrasiklin, eritromisin, penisilin, dan sefalosporin
 Penisilin dapat menghentikan infeksi dari bakteri – bakteri yang berbahaya
 Sefalosporin merupakan senyawa lain yang dapat membunuh bakteri yang tahan terhadap penisilin

Arah sintetis DNA

 Sintesis DNA terjadi pada orientasi 5’ --> 3’
- Nukleotida disambungkan pada gugus OH pada atom C 3

Kloning
 Suatu rekayasa genetika yang mampu menghasilkan suatu DNA baru biasanya dengan cara
menyambung-nyambungkan DNA dari organisme-organisme yang berbeda dengan cara-cara artifisial
yang menggunakan enzim yang disebut enzim restriksi
 Pengklonan (cloning) : perbanyakan Salinan DNA yang telah direkayasa. Perbanyakan suatu gen hasil
klon atau gen yang spesifik disertai peningkatan tajam produksi produk proteinnya, memudahkan
ekstraksi dan pemurnian protein
 Teknik pengklonan yang umum menggunakan plasmid (vector) yang dipilih untuk menjadi penerima
sisipan gen yang diinginkan (DNA donor). DNA donor dan vector akan dipotong dengan enzim restriksi
yang sama dan kemudian diinkubasi Bersama dengan ligase untuk menyambungkan fragmen DNA
donor dengan plasmid. Hasilnya adalah plasmid rekombinan mengandung fragmen DNA yang
diinginkan
 Tujuan : mengisolasi gen atau segmen DNA yang diinginkan dari suatu organisme dan
mengintroduksinya ke dalam sel inang yang sesuai sehingga diperoleh gen atau fragmen DNA yang
diinginkan dalam jumlah banyak

Puri pirimidin
 Purin dan pirimidin adalah basa nitrogen bagian dalam DNA dan RNA yang mencetak dua rupa
pokok nukleotida. Keduanya eksentrik esa arah-arah lain, friksi purin dan pirimidin cukup berlebihan
walaupun mencari jalan saling berencetan esa arah-arah lainnya.
 Adenin dan guanin merupakan basa nitrogen jenis purin sedangkan sitosin, timin dan urasil adalah
derivat pirimidin. Gula pentosa penyusun nukleotida memiliki bentuk furanosa.
 Jumlah purin sama dengan pirimidin. Banyaknya adenin sama dengan timin,
juga jumlah glisin sama dengan sitosin
Mekanisme kerja antibiotik

Penerapan bioteknologi

Bahan genetik
Kromosom bakteri

Kelainan kromosom

Template nontemplate

Inisiasi elongasi terminasi