Laboratory 1 2.

Jumlah muatan yang dibawa oleh

ion
Elektrophoresis 3. Koefisien friksional (gesekan)
• Pengertian 4. Viskositas larutan
Migrasi/pergerakan molekul yang 5. Ukuran
bermuatan dalam media cair/padat 6. Berat
pada medan listrik 7. Arus listrik
Elektro: Partikel bermuatan, Phoresis: • Faktor yang memengaruhi pemisahan
Pergerakan molekul
• Prinsip 1. Muatan à Partikel dengan muatan
Senyawa (partikel) bermuatan dalam lebih besar akan bergerak cepat
medan listrik yang bermuatan negative pada medan listrik
(-) bergerak ke anode (+), yang 2. Ukuran à Makin besar ukuran
bermuatan (+) akan bergerak ke katode maka makin besar friksi dan
(-) tahanan yang diberikan medium
• Molekul yang dapat dipisahkan à pergerakan akan makin lambat
1. Asam amino 3. Kontur atau bentuk yang bulat
2. Nucleotida akan menyebabkan gesekan yang
3. RNA lebih dengan medium
4. DNA dibandingkan kontur yang tajam
5. Protein (protein globular akan cepat
6. Lipoprotein bergerak dibandingkan protein
• Medium yang dapat digunakan fibrous)
1. Paper • Muatan protein ditentukan oleh buffer
2. Cellulose acetate strip pada pH rendah dan pH tinggi
3. Agar – gel a. Pada pH rendah (asam) à molekul
4. Starch – gel akan positif
5. Starch grain b. Pada pH tinggi (basa) à molekul
6. Polyacrylamide - gel akan negative
• Faktor yang memengaruhi kecepatan c. Netral à nol
gerak ion dan molekul • Bila kita menggunakan buffer 8,3
1. Besarnya tegangan medan listrik maka kita harus meletakan origin pada
kutub apa (anoda/katoda)?
 Buffer dengan pH 8,3 (basa) akan origin à gamma globulin (karena
bermuatan negatif maka origin akan berat molekulnya paling berat),
diletakan pada kutub negative kenapa albumin paling besar? Karena
(katoda), dan diberi aliran listrik konsentrasinya paling besar/banyak
sehingga protein akan bergerak ke
kutub positif (anoda)
• Apa yang terjadi bila kita
menggunakan buffer 5,7 dan kita
meletakan origin pada kutub negative
atau katoda?
Apabila origin pada buffer dengan pH
5,7 (asam) yang seharusnya memiliki
molekul dengan muatan positif
diletakkan pada kutub negative maka
aliran listrik tidak akan berpindah
karena muatan positif dengan negative
•
akan tarik menarik. Kenapa albumin paling luas? Karena
• Protein pada plasma konsentrasi paling banyak
1. Albumin
2. Alpha 1 globulin
3. Alpha 2 globulin
4. Beta 1 globulin
5. Beta 2 globulin
6. Gamma globulin

•
Chylomicron paling ringan kenapa
dekat dengan origin? Karena
ukurannya paling besar, HDL
• ukurannya kecil namun paling berat
Paling jauh à albumin (berat molekul
paling ringan), yang paling dekat
Pemeriksaan Protein Urin 2 rantai polipeptida yang
• Prinsip dihubungkan oleh ikatan
Protein yang terdapat pada urine akan hydrogen sehingga
terdenaturasi bila dipanaskan, dan membentuk lembaran
kelarutannya akan berkurang à • Tersier
mengendap Struktur 3D
• Pada keadaan pasien yang bagaimana Gabungan dari struktur sekunder
kita melakukan pemeriksaan protein yang mengalami folding
urin? Kestabilannya dipengaruhi oleh :
Pada pasien yang mengalami o Ikatan disulfide
kerusakan ginjal sehingga terdapat o Interaksi hidrofobik
protein pada urinnya o Ikatan hydrogen
• Klasifikasi protein o Ikatan ion
Berdasarkan Struktur : ex. Enzim, hormone
• Primer • Quartener
Rangkaian asam amino yang Gabungan protein-protein yang
dihubungkan melalui ikatan membentuk protein fungsional
peptida ex. Hemoglobin
• Sekunder Berdasarkan Kelarutannya:
Struktur primer yang mengalami • Globular (Larut dalam air)
perubahan bentuk karena adanya - Kelompok protein berbentuk
ikatan hydrogen bulat
Ikatan hydrogen - Sangat beragam dan banyak
o Interchain: antara 2 rantai ditemukan dalam tubuh terdiri
polipeptida dari alpha helix dan beta sheets
Intrachain: antara 1 rantai Ex. Albumin, protamine, histon
polipeptida • Fibrous (Tidak larut dalam air)
Jenis - Strukturnya berupa garis
o Alfa helix panjang teratur
1 rantai polipeptida berbentuk - Bentuknya sederhana dan
spiral (ex. Keratin) statis (berperan dalam
o Beta sheets pembentukan struktur tubuh)
Ex. Globulin, keratin, kolagen
• Denaturasi Asam urat adalah produk hasil
Denaturasi adalah rusak atau katabolisme/degradasi purin
berubahnya organisasi atau struktur • Purin
keseluruhan bentuk molekul protein Purin adalah senyawa yang merupakan
• Penyebab denaturasi komponen penyusun basa nitrogen
1. Panas pada nukleotida yang berfungsi
2. Radiasi UV sebagai prekursor asam nukleat
3. Keasaman • Fungsi nukleotida dalam tubuh
4. Logam berat 1. Prekursor asam nukleat
5. Pengocokan 2. Pembawa materi genetic
6. Etanol 3. Komponen struktur untuk sejumlah
7. Basa kuat koenzim
• Fungsi pemanasan 4. Second messenger (cAMP, cGMP)
Untuk mengendapkan protein pada proses neurotransmisi
• Apa yang menyebabkan urin keruh dan 5. Aplikasi medis (obat kanker, terapi
ada endapan putih setelah dipanaskan? hyperuricemia)
Urin yang mengandung protein • Proses pembentukan purin dalam
dipanaskan à akan menyebabkan tubuh
terdenaturasi à kelarutannya De Novo dan Salvage Pathway
berkurang à terbentuk endapan putih De Novo Pathway
- Organ
Sitosol pada liver, small intestine,
dan thymus
- Enzim
1. PRPP Synthase
• Fungsi pemberian asam asetat
2. PRPP Amidotransferase
Untuk bisa menentukkan apakah
endapan yang terbentuk adalah protein
atau fosfat/karbonat.
Protein à tetap mengendap
2

Fosfat/karbonat à larut (hilang)

1 3

4
Pemeriksaan Asam Urat pada Darah
• Asam urat
 1. Ribose-5-phosphate • Proses degradasi purin
2. GTP
3. IMP
4. ADP

Salvage Pathway
- Organ
Brain (otak) dan bone marrow
(sumsum tulang)
- Enzim
- APRT (Adenine
Phosphoribosyl Transferase )
- HGPRT (Hypoxanthine
Guanine Phosphoribosyl
Transferase)
1

• Mengapa pada penderita Lesch-Nyhan

Syndrome kadar purin dalam darahnya
dapat meningkat hampir 200 kali lipat?
Karena pada penderita Lesch-Nyhan
Syndrome, terjadi defect/kekurangan
enzim HGPRT yang bisa disebabkan
karena mutasi dan menyebabkan
peningkatan jumlah PRPP yang
menstimulasi sintesis purin secara de
novo sehingga terjadi produksi purin
yang berlebihan.
 Laboratory 2

• Karbohidrat
• Protein
• Lipid
• Interrelasi
• Prosedur Rothera dan Gerhardt’s
Rothera
Sodium mengoksidasi keton dalam
keadaan basa terbentuk cincin ungu
Gerhardt’s
Ferric chloride à merah bata à
disaring à dipanaskan à
- Coklat (positif palsu)
- Coklat hilang (badan keton)
Gerhardt’s kurang akurat karena ada
positif palsu terhadap asam salisilat
dan salisilat
• Pengertian BUN dan rumusnya
BUN à Kadar urea dalam darah yang
diukur dengan jumlah nitrogen pada
pasien gagal ginjal
Rumus menghitung BUN
Kadar urea =
!"#$%"&' #&)*+, – !"#$%"&' ",&'.$
𝑥 𝑘𝑜𝑛𝑠𝑒𝑛𝑡𝑟𝑎𝑠𝑖 𝑠𝑡𝑎𝑛𝑑𝑎𝑟
!"#$%"&' #/&'0&%1!"#$%"&' ",&'.$

BUN = Kadar urea x Faktor koreksi

 Laboratory 3
Isolasi DNA
• Pengertian DNA à DNA adalah asam
nukleat yang membawa materi genetik
tersusun dari 2 rantai polinukleotida
Leukosit karena leukosit bersifat
diploid (6 pg) sedangkan sperm
bersifat haploid (3 pg)
• Komponen penting ekstraksi DNA
1. Memaksimalkan hasil isolasi DNA
2. Remove inhibitor (memisahkan
DNA dengan komponen lain)

• Fungsi DNA à membawa materi 3. Memaksimalkan kualitas DNA

genetik, blueprint sintesis protein, • Tahapan penting isolasi DNA

untuk struktural dari gen 1. Tentukan sel target (apabila yang

• Central dogma à replikasi digunakan adalah whole blood

(penggandaan DNA), transkripsi maka sel targetnya adalah leukosit)

(mengubah DNA menjadi mRNA), 2. Memecah membran sel dan

tranlasi (mengubah RNA menjadi membran inti

protein) 3. Memisahkan komponen protein

• Tempat pengambilan DNA à Nukleus dari DNA yang dihasilkan

dan mitokondria 4. Memisahkan DNA dari komponen

• Jaringan/sampel yang dapat digunakan lain seperti lemak, karbohdrat,

untuk isolasi DNA RNA, dll.

1. Darah (leukosit) • Fungsi RBC Lysis à untuk memecah

2. Semen eritrosit dengan menggunakan prinsip

3. Saliva (epitel yang ada di mulut) osmotic fragility test (ketika

4. Urine konsentrasi air di luar lebih

5. Rambut tinggi/hipotonis maka air akan masuk

6. Gigi ke dalam sel menyebabkan sel eritrosit

7. Tulang mengalami lisis)

8. Jaringan • Fungsi pemberian cell lysis buffer

9. Kuku (SDS/Sodium Dodecyl Sulfate) à

10. Feses untuk melisiskan membran sel dan

• Lebih banyak DNA pada leukosit atau membran inti leukosit

sperma?
•
? à Supernatant (red blood cells)
bawah à Endapan (leukosit) • Fungsi isopropanol à untuk
melarutkan lemak dan komponen-
komponen lain selain DNA sehingga
nanti akan tampak benang-benang
DNA
•
Supernatant à DNA, RNA, protein, PCR (Polymerase Chain Reaction)
organel, lipid • Pengertian PCR
RNAse à untuk memecah RNA PCR adalah proses
perbanyakan/sintesis DNA secara in
vitro dan eksponensial/cepat
• Enzim PCR à DNA Polymerase
• Komponen PCR
1. DNA target
•
2. Primer
Amonium acetate à untuk
3. dNTPs
mengendapkan protein
(deoxynucleotidetriphosphates :
Alasan: karena kelarutan amonium
DNA building blocks)
acetate rendah maka ia akan menyerap
4. Thermostable DNA Polymerase
air dari protein sehingga protein
5. Ion Mg2+
mengendap
6. Buffer (menjaga pH dan ion supaya
sesuai dengan yang dibutuhkan
oleh enzim)
• Fungsi Mg2+ à Kofaktor enzim DNA
polymerase
• Mengapa pada saat denaturasi DNA
•
Polymerase tidak rusak?
Protein terletak di endapan
 Karena DNA Polymerase yang 7. Genomic cloning
digunakan adalah DNA taq polymerase Applied Research
yang thermostable dan diambil dari 1. Genetic matching
bakteri yang hidup di suhu 2. DNA fingerprint
ekstrem/panas 3. Terapi gen
• Step PCR 4. Deteksi patogen
1. Denaturasi 5. Diagnosis pre-natal
adalah proses pemisahan rantai • Macam-macam Hemoglobin (Hb)
double helix DNA Normal Adult
suhu: 94-96oC a. Hb A à 2 alpha 2 beta (97%)
2. Annealing b. Hb A2 à 2 alpha 2 delta (1-2%)
Proses menempelnya primer c. Hb F à 2 alpha 2 gamma (0,5-1%)
dengan menurunkan suhu supaya • Enzim yang dibutuhkan untuk replikasi
primer dapat menempel 1. DNA Polymerase : mengkatalis
suhu: 40-60oC pembentukan DNA
3. Extension 2. Helicase : membuka rantai DNA
Proses DNA polymerase 3. Topoisomerase : memotong ujung
menambahkan DNA pada ujung 3’ DNA yang memadat/supercoil
OH 4. DNA Primase : mencetak primer
suhu: 72oC pada tahap awal replikasi
• Berapa copy DNA yang dihasilkan 5. Single Strand Binding Protein
pada 10 kali siklus PCR (Exponential (SSBP) : menjaga double helix
Amplification) agar tidak menempel kembali
siklus 10
2 = 2 = 1024 copy 6. DNA Ligase : menempelkan DNA
• Aplikasi/penerapan PCR
Basic Research
1. Screening mutasi
2. Penemuan obat
3. Klasifikasi organisme
4. Genotyping
5. Molecular archaeology,
epidemiology, and ecology
6. Bioinformatika
 Laboratory 4

• Golongan darah, antigen, antibody dan

genotype
• Kariotype
• Pedigree
• Populasi genetika à Hukum hardy
weinberg