BIOKIMIA FISIKA

ZUSFAHAIR

STRUKTUR PROTEIN
STRUKTUR PROTEIN
TUJUAN INSTRUKSIONAL KHUSUS:
MAHASISWA DAPAT MENJELASKAN TENTANG:
1. Peran protein
2. Ciri-ciri molekul protein
3. struktur protein
PERAN PROTEIN:
➢ KATALISIS ENZIMATIK
➢ TRANSPOR DAN PENYIMPANAN

contoh: tranpor oksigen dalam eritrosit oleh hemoglobin; transpor

oksigen dalam otot oleh mioglobin; tranpor besi dalam plasma darah
oleh transferin
➢ KOORDINASI GERAK

Protein ialah komponen khusus daging, Gerakan otot terjadi karena

adanya dua molekul protein yang berperan yaitu aktin dan myosin.
Pergerakan flagella sperma disebabkan oleh protein (flagelin)
PENUNJANG MEKANIS
Kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang disebabkan adanya
kolagen, suatu protein berbentuk bulat, Panjang dan mudah
membentuk serabut
➢ MEMBANGKITKAN DAN MENGHANTAR INPULS SARAF

respon sel saraf terhadap rangsang spesifik diperantarai oleh protein

reseptor. Contoh rodopsin suatu protein yang sensitif terhadap
cahaya ditemukan pada sel batang retina
➢ gugus hem yg ada pd mioglobin, hemoglobin dan byk
protein hem lain, terdiri dari struktur cincin organik yg
kompleks, protoforfirin, yg mengikat suatu atom besi
dalam bentuk Fe+2
➢ atom besi mempunyai enam ikatan koordinasi, empat
mengikat molekul porfirin yg datar dan dua lagi tegak
lurus pd bidang ini. Pd mioglobin dan hemoglobin
salah satu diisi atom nitrogen dr residu histidin. Ikatan
yg lain berfungsi sbg sisi pengikatan bagi molekul O2
STRUKTUR KUARTERNER HEMOGLOBIN

• kurang lebih 80% asam amino globin membentuk heliks-.

•Setiap sub unit membawa satu gugus hem
•Hem terikat pd rantai polipeptida melalui ikatan koordinasi atom besi pd gugus R
residu histidin
•O2 berikatan pada atom besi gugus hem yg bervalensi dua dan terletak di pusat
 Protein dibentuk dari 20 macam asam amino
❑ Gugus rantai cabang hidrofobik
contoh: Ala, Val, Leu, Isoleu, Phe, Pro, Trp, Met
❑ Gugus rantai cabang polar tak bermuatan
Contoh: Ser, Gly, Thr, Cys, Asn, Gln
❑ Gugus rantai cabang bermuatan negatif pda pH 7
Contoh: Asp, Glu
❑ Gugus rantai cabang bermuatan positif pada pH 7
Contoh : Arg, Lys, His

Asam amino
 ASAM AMINO SALING BERIKATAN MELALUI IKATAN
PEPTIDA UNTUK MEMBENTUK RANTAI POLIPEPTIDA
CIRI-CIRI MOLEKUL PROTEIN

❖ Berat molekulnya besar ribuan sampai jutaan, sehingga

merupakan suatu makromolekul
❖ Umumnya terdiri dari 20 asam amino.
❖ Asam amino berikatan secara kovalen satu dengan yang lain
dalam variasi urutan yang bermacam-macam membentuk
suatu rantai polipeptida. Ikatan peptida merupakan ikatan
antara gugus -karboksilat dari asam amino yang satu
dengan gugus -amino dari asam amino lainnya.
❖ Terdapatnya ikatan kimia lain yang menyebabkan
terbentuknya lengkungan-lengkungan rantai polipeptida
menjadi struktur tiga dimensi protein. Contoh ; ikatan hidrogen;
ikatan hidrofob, ikatan ion atau elektrostatik dan ikatan van der
waals.
❖ Strukturnya tidak stabil terhadap beberapa faktor seperti pH,
radiasi, temperatur, medium pelarut organik, dan detergen
❖ Umumnya reaktif dan sangat spesifik, disebabkan terdapatnya
gugus samping yang reaktif dan susunan khas struktur
makromolekulnya
Tingkat organisasi struktur protein
1. Struktur primer : Struktur primer adalah struktur rantai
polipeptida linear, yang terjadi karena ikatan peptida antara
residu asam amino dengan residu asam amino lainnya. Atau
urutan asam amino dalam suatu molekul protein. Struktur primer
suatu protein terjadi karena penggabungan ‘head to tail’ satu
residu asam amino dengan asam amino berikutnya, melalui
eliminasi molekul air dari gugus karboksilat residu asam amino
dan gugus -amino dari residu asam amino berikutnya
 Struktur primer
◆ sifat kovalen pada ikatan peptida
stabil, tidak dipengaruhi oleh : pH,
pelarut.
◆ Atom-atom C, H, N terletak pada
satu bidang datar
www
www
wwm
mmm
mmm
mmm
mmm
2. Struktur sekunder
Menggambarkan pola pelipatan (folding)
bagian-bagian polipeptida ke dalam struktur
yang teratur.Tipe lipatan yang paling umum
adalah α-heliks dan β-sheet.
Struktur sekunder suatu protein distabilkan
oleh ikatan hidrogen

A. Struktur  helix
Struktur sekunder 3,6 helix terjadi karena adanya
ikatan hidrogen antara atom O dari gugus karbonil
(C=O) residu pertama dengan atom H dari gugus amino
(N-H) residu asam amino keempat.

.
 Kendala bagi konformasi ruang rantai
polipeptida
❖ Gaya tolak menolak (atau tarik menarik) elektrostatik
antara residu asam amino dengan gugus R
bermuatan → gaya ini mengatasi pengaruh stabilitas
ikatan hidrogen pada alfa heliks
❖ Adanya residu Prolin (atom nitrogen merupakan
bagian rantai yg kaku, dan cincin N-C yg tak pernah
mungkin berotasi). Dan tdk terdapat ikatan Hidrogen
antar rantai → jd dg adanya residu prolin pada rantai
polipeptida menyebabkan suatu putaran atau
belokan
❖ Besarnya gugus R yang berdekatan: asn, ser, leu, Thr
 Asam asam amino pembentuk alfa
heliks yg stabil
◼ Ala
◼ Cys
◼ Gln
◼ His
◼ Leu
◼ Met
◼ Phe
◼ Trp
◼ Tyr
◼ Val
Rambut, bulu, kuku, cakar dan paha dari binatang yang hidup di
darat sebagian besar mengandung keratin. Satu persatu heliks
keratin terjalin membentuk anyaman dengan bantuan jembatan
disulfida yg cukup banyak → stabil
 B. - sheet

Rantai polipeptida dengan konformasi- ini dihubung silangkan

(cross-linked) oleh ikatan hidrogen sehingga membentuk suatu
struktur yang disebut lembaran berlipat-lipat (pleated sheets)

Struktur
protein
Anti paralel paralel
Protein utama sutera yaitu fibroin

❑ Lapisan-lapisan dr lembaran struktur sutera terikat bersama2 oleh

gaya non kovalen relatif lemah yang melibatkan gugus-gugus rantai
samping. Hal ini memberikan kepada serat sutera fleksibiltas yang besar
❑ struktur β-conformation pada serat sutera memberikan kepada serat
ketahanan yang besar terhadap regangan
Struktur lembaran

Mikro fibril

Fibroin

Untaian Fibroin

Serisin

Serat sutera mentah

3. Struktur Tersier
➢ Menggambarkan pelipatan bagian-bagian antara α-
heliks dan β-sheet serta semua interaksi non kovalen
yang menyebabkan terjadinya pelipatan yang sesuai
pada suatu rantai polipeptida.
➢ Interaksi nonkovalen tersebut antara lain ikatan
hidrogen, ikatan hidrofobik, dan interaksi van der
Waals.
➢ Dibentuk oleh interaksi antara gugus samping (R) dari
asam – asam amino.
➢ Hasil interaksi : pelipatan α – helix, struktur globular,
gugus R yang hidrofobik disembunyikan di dalam
lipatan protein menjadi sangat larut dlm air.
Contoh : insulin, hemoglobin dan albumin telur.
Jenis ikatan pada struktur tersier
4. Struktur kuaterner
❑ Protein yang terdiri atas lebih dari satu
rantai polipeptida mempunyai tingkat
organisasi struktural tambahan. Masing-
masing rantai polipeptida disebut sub
unit.

❑ Menunjukkan interaksi nonkovalen

yang mengikat beberapa rantai
polipeptida ke dalam satu molekul
tunggal protein. Struktur protein
Struktur hemoglobin
DENATURASI PROTEIN
Adalah perubahan struktur sekunder, tersier dan
kuartener tanpa mengubah struktur primernya
(tanpa memotong ikatan peptida)
Denaturasi memipunyai sisi negatif dan positif
Sisi negatif denaturasi:
➢ Protein kehilangan aktivitas biologi
➢ Pengendapan protein
➢ Protein kehilangan beberapa sifat
fungsional
Sisi positif denaturasi:
▪ Denaturasi panas pada inhibitor tripsin
dalam legum dapat meningkatkan tingkat
ketercernaan dan ketersediaan biologis
protein legum.
▪ Protein yang terdenaturasi sebagian lebih
mudah dicerna, sifat pembentuk buih dan
emulsi lebih baik daripada protein asli.
▪ Denaturasi oleh panas merupakan
prasyarat pembuatan gel protein yang
dipicu panas.
Denaturasi Protein

➢ Dengan cara fisik

➢ Dengan cara kimia

Cara Fisik
➢ Suhu
➢ Tekanan hidrostatis
➢ Gaya mekanik
A. Suhu

Denaturasi karena panas biasanya terjadi pada suhu 40–80oC.

Stabilitas protein terhadap panas tergantung dari:
- Komposisi asam amino
Protein dengan residu asam amino hidrofobik lebih stabil
dari pada protein hidrofilik.
- Ikatan disulfida
Adanya ikatan disulfida menyebabkan protein tahan terhadap
denaturasi pada suhu tinggi.
- Jembatan garam (kombinasi dari dua interaksi non kovalen
: ikatan hidrogen dan ikatan ion)
Adanya jembatan garam menyebabkan protein tahan
terhadap denaturasi pada suhu tinggi.
- Waktu pemanasan
Waktu pemanasan pendek mengakibatkan denaturasi
reversibel, sedang waktu pemanasan panjang mengakibatkan
denaturasi irreversibel.
- Kadar air
Semakin tinggi kadar air maka protein menjadi semakin
tidak stabil
- Bahan tambahan Penambahan gula akan menstabilkan
protein. Gula menyebabkan protein lebih sukar
terdenaturasi karena interaksi hidrofobik lebih kuat
B. Tekanan hidrostatis
Denaturasi karena protein dapat terjadi pada suhu 25oC apabila
tekanan cukup besar. Protein yang terdenaturasi karena tekanan
(< 2 kbar) umumnya bersifat reversibel setelah beberapa jam.
Tekanan hidrostatis yang tinggi digunakan untuk:
- Inaktivasi mikroba
Tekanan 2 – 10 kbar menyebabkan:
􀂙 Membran sel rusak irreversibel
􀂙 Organel lepas dari mikroorganisme
􀂙 Mikroorganisme vegetatif tidak aktif
- Pembentukan gel.
Pembentukan gel pada putih telur, larutan kedelai 16% dan
larutan aktomiosin 3% dilakukanpada tekanan 1–7 kbar, suhu
25oC selama 30 menit. Gel yang terjadi karena tekanan
umumnya lebih lunak daripada gel yang terjadi karena panas.
- Pelunak daging
Apabila daging sapi diberi tekanan 1–3 kbar maka miofibril
sebagian akan lepas sehingga daging menjadi lunak.
Kelebihan proses dengan tekanan dibanding dengan panas:
- tidak merusak asam amino esensial
- tidak merusak warna dan flavor alami
- tidak menimbulkan komponen beracun
Kekurangan proses dengan tekanan:
- harganya mahal.

C. Gaya mekanik
Gaya mekanik (seperti pengocokan) menyebabkan denaturasi
protein. Hal ini disebabkan oleh pengikatan gelembung udara
dan adsorpsi molekul protein pada perbatasan (interface) udara
cairan. Contohnya adalah pada putih telur kocok.
CARA KIMIA

➢ pH
Denaturasi karena pH bersifat reversibel, kecuali
terjadi:
• hidrolisis sebagian pada ikatan peptida
• rusaknya gugus sulfhidril
• agregasi
Pada titik isoelektrik (pI) kelarutan protein akan
berkurang sehingga protein akan menggumpal dan
mengendap.
➢ Pelarut organik
Pada konsentrasi rendah, pelarut organik akan
menstabilkan protein, sedang pada konsentrasi tinggi,
pelarut organik akan mendenaturasi protein

➢ Zat terlarut (solut) organik

Solut organik dapat memecah ikatan hidrogen yang
akhirnya menyebabkan denaturasi protein. Contoh
solut organik adalah urea dan guanidin HCl
➢ Deterjen
Deterjen akan membentuk jembatan antara gugus
hidrofobik dengan hidrofilik yang menyebabkan
denaturasi protein. Denaturasi ini bersifat irreversibel.
Contoh deterjen adalah sodium dodecyl sulfate (SDS)

➢ Garam
Pada konsentrasi rendah, garam akan menstabilkan
protein, sedang pada konsentrasi tinggi, garam akan
mendenaturasi protein
PROTEIN MEMPUNYAI URUTAN ASAM AMINO
KHUSUS YG DITENTUKAN OLEH GEN

Frederick Sanger (1953) menentukan urutan asam

amino insulin → protein mempunyai urutan
asam amino khas dan urutan yang sangat tepat.
DNA → RNA → Protein
Tiap rangkaian 20 asam amino disandi oleh satu
atau lebih urutan tiga nukleotida tertentu
URUTAN ASAM AMINO DLAM SUATU PROTEIN ADALAH
PENTING
◼ Urutan asam amino merupakan mata rantai hubungan antara pesan
genetik dl DNA dan struktur tiga dimensi protein yang menentukan
fungsi biologis protein tersebut
◼ Dalam bidang kedokteran penentuan urutan asam amino
merupakan bagian dari patologi molekular yang sedang berkembang
dg cepat. Perubahan urutan asam amino dapat mengakibatkan
gangguan fungsi protein dan menimbulkan penyakit
◼ Urutan asam amino dalam protein banyak mengungkapkan sejarah
proses evolusi. Proteinprotein dengan urutan asam amino yg mirip
berasal satu keturunan
 Urutan asam amino merupakan mata rantai hubungan
antara pesan genetik dl DNA dan struktur tiga dimensi
protein yang menentukan fungsi biologis protein tersebut
Penelitian Christian Anfinsen terhadap ribonuklease
 Perubahan urutan asam amino dapat mengakibatkan gangguan fungsi
protein dan menimbulkan penyakit
Hemoglobin A (normal) Val-His-Leu-Thr-Pro-Glu-Glu-Lys
Hemoglobin S (sel sabit) Val-His-Leu-Thr-Pro-val-Glu-Lys
1 2 3 4 5 6 7 8
Subtitusi dl hemoglobin S menggantikan residu polar glutamat dengan residu
non polar menghasilkan sticky patch pada permukaan rantai .
Pada permukaaan deoksihemoglobin terdapat komplemen terhadap sticky
patch , tetapi pd oksihemohlobin, tempat komplementer ini terselubung.
Polimerisasi deoksihemoglobin S mengakibatkan terbentuknya endapan fibrosa
panjang, yg menimbulkan distorsi mekanis sel darah merah dengan akibat
terjadinya lisis

Perubahan ini akan

mengurangi kelarutan
deoksihemoglobin,
sedangkan kelarutan
oksihemoglobin tidak
berubah
Urutan asam amino dalam protein banyak mengungkapkan sejarah
proses evolusi.
◼ Protein protein dengan urutan asam amino yg mirip berasal satu
keturunan
◼ Protein homolog adalah protein yang menjalankan fungsi yang
sama pada berbagai spesies
◼ Sitokhrom C, suatu protein mitokondria yang mengandung besi,
membawa elektron selama oksidasi biologi di dalam sel eukariot
◼ Deret asam amino → 60 spesies → 25 posisi di dl rantai residu
asam amino ternyata identik pd semua spesies yang diuji
Perbedaan komparatif dl urutan asam amino pada
kedudukan2 dl struktur primer dr sitokhrom C yg
diisolasi dari bermacam-macam spesies
Perbedaan spesies Perbeadaan dl struktur primer

Manusia kera 1 kedududkan berbeda

Manusia kuda 12 kedududkan berbeda
Manusia ular berbisa 14 kedududkan berbeda
Manusia ayam 10 – 15 kedududkan berbeda
 Analisis Kualitatif
Reaksi Warna Untuk Protein

a. Uji Biuret
CuSO4 dalam suasana basa bereaksi dengan senyawa yang
mengandung dua atau tiga ikatan peptida membentuk
kompleks berwarna violet.

Reaksi ini bersifat tidak mutlak spesifik untuk ikatan peptida;

juga diberikan oleh semua senyawa yang mempunyai dua
atau lebih ikatan peptida.

Asam amino → negatif : tidak mempunyai ikatan peptida

Dipeptida → negatif : hanya mempunyai satu ikatan peptida
Warna yang dihasilkan → karena terbentuknya kompleks
koordinasi antara Cu2+, gugus karbonil dan gugus –NH- yang
terdapat pada ikatan peptida
Ikatan peptida pada protein akan membentuk kompleks
dengan tembaga (II) menghasilkan kompleks berwarna
ungu
Reagen Millon + larutan protein → pertama-tama protein
diendapkan sebagai garam-merkuri (endapanberwarna putih).
Pada pemanasan dengan nyala api kecil→ endapan berubah
seperti warna merah-daging (+)

Hanya protein yang mengandung tirosin yang mengalami

hidrolisis yang memberikan reaksi positif.

Gugus hidroksifenil (-C6H4OH) pada tirosin merupakangugus

yang merespon uji ini. Karenanya uji Millonditujukan untuk
tirosin yang terdapat pada protein.
 c. Uji Hopkins-Cole

Gugus indol pada triptofan merupakan gugus yang

merespon uji ini. Gugus aldehid pada asam glioksilik
membantu merubah gugus indol menjadi senyawa
berwarna violet.
Uji Hopkins-Cole ini selanjutnya dijadikan uji terhadap
triptofan.
Analisis kuantitatif protein