4.

4 Denaturasi dan Pelipat Protein Semua protein memulai keberadaannya pada ribosom sebagai urutan linier residu asam amino
(Bab 27). Ini polipeptida harus dilipat selama dan mengikuti sintesis mengambil konformasi asli. Kita telah melihat bahwa
konformasi protein asli hanya sedikit stabil. Perubahan kecil dalam lingkungan protein dapat terjadi perubahan struktural yang dapat
memengaruhi fungsi. Kami sekarang mengeksplorasi transisi yang terjadi antara yang dilipat dan negara yang tidak dilipat.
Hilangnya Struktur Protein Menghasilkan Kehilangan Fungsi Struktur protein telah berevolusi untuk berfungsi dalam lingkungan
seluler tertentu. Kondisinya berbeda dari itu dalam sel dapat menyebabkan perubahan struktur protein, besar dan kecil. Hilangnya
struktur tiga dimensi yang cukup untuk menyebabkan hilangnya fungsi disebut denaturasi. Negara yang didenaturasi tidak harus
sama dengan lengkap membuka protein dan pengacakan konformasi. Dalam sebagian besar kondisi, protein terdenaturasi ada
dalam satu set keadaan terlipat sebagian kurang dipahami.

Sebagian besar protein dapat didenaturasi oleh panas, yang mempengaruhi interaksi lemah dalam protein (terutama ikatan hidrogen) dengan cara
yang kompleks. Jika suhunya
meningkat perlahan, konformasi protein pada umumnya
tetap utuh sampai hilangnya struktur secara mendadak (dan
fungsi) terjadi pada rentang suhu yang sempit (Gbr.
4–26). Tiba-tiba perubahan menunjukkan bahwa pembukaan adalah proses kooperatif: kehilangan struktur dalam satu
bagian dari protein merusak bagian lain. Efeknya
panas pada protein tidak mudah diprediksi. Sangat
memiliki protein tahan panas dari bakteri termofilik
berevolusi berfungsi pada suhu mata air panas
(~ 100 C). Namun struktur protein ini seringkali hanya berbeda sedikit dari protein homolog yang berasal dari bakteri seperti Escherichia coli.
Bagaimana ini
perbedaan kecil meningkatkan stabilitas struktural
suhu belum dipahami.
Protein dapat didenaturasi tidak hanya oleh panas tetapi oleh
pH ekstrem, oleh pelarut organik larut tertentu
seperti alkohol atau aseton, dengan zat terlarut tertentu seperti
urea dan guanidine hidroklorida, atau dengan deterjen.
Masing-masing agen denaturasi ini mewakili relatif
perawatan ringan dalam arti bahwa tidak ada ikatan kovalen di
rantai polipeptida rusak. Pelarut organik,
urea, dan deterjen bertindak terutama dengan mengganggu interaksi hidrofobik yang membentuk inti stabil
protein globular; pH ekstrem mengubah muatan bersih
pada protein, menyebabkan tolakan elektrostatik dan
gangguan beberapa ikatan hidrogen. Yang didenaturasi
negara yang diperoleh dengan berbagai perawatan ini tidak perlu
setara.

Urutan Asam Amino Menentukan Struktur Tersier Struktur tersier protein globular ditentukan oleh urutan asam amino-nya. Yang
paling penting bukti ini berasal dari percobaan yang menunjukkan bahwa denaturasi beberapa protein bersifat reversibel. Protein
globular tertentu didenaturasi oleh panas, pH ekstrem, atau reagen denaturasi akan mendapatkan kembali struktur asli dan aktivitas
biologis mereka jika dikembalikan ke kondisi di mana konformasi asli stabil. Proses ini disebut renaturasi.

Contoh klasik adalah denaturasi dan renaturasi ribonuklease. Ribonuclease murni dapat
sepenuhnya didenaturasi oleh paparan yang terkonsentrasi
solusi urea di hadapan agen pereduksi. Itu
agen pereduksi membelah empat ikatan disulfida untuk menghasilkan
delapan residu Cys, dan urea mengganggu interaksi hidrofob yang stabil, sehingga membebaskan keseluruhan
polipeptida dari konformasi yang terlipat. Denaturasi
ribonuclease disertai dengan hilangnya total
aktivitas katalitik. Ketika urea dan agen pereduksi
dihilangkan, ribonuklease yang digulung secara acak, didenaturasi, secara spontan kembali ke tersier yang benar
struktur, dengan pemulihan penuh aktivitas katalitiknya
(Gbr. 4–27). Pengisian ulang ribonuclease sangat akurat
bahwa empat ikatan disulfida intrachain dibentuk kembali
dalam posisi yang sama dalam molekul yang mengalami renaturasi seperti pada
ribonuclease asli. Seperti yang dihitung secara matematis,
delapan residu Cys dapat bergabung kembali secara acak
membentuk hingga empat ikatan disulfida dalam 105 cara berbeda.
Faktanya, sebaran disulfida yang pada dasarnya acak
Obligasi diperoleh ketika disulfida diizinkan untuk mereformasi di hadapan denaturant, menunjukkan bahwa lemah
interaksi ikatan diperlukan untuk posisi yang benar dari ikatan disulfida dan asumsi asli
konformasi.
Eksperimen klasik ini, dilakukan oleh Christian Anfinsen pada 1950-an, memberikan bukti pertama itu urutan asam amino dari rantai
polipeptida mengandung semua informasi yang diperlukan untuk melipat rantai ke asalnya, struktur tiga dimensi. Nantinya, hasil
serupa diperoleh menggunakan ribonuklease yang disintesis secara kimiawi, aktif secara katalis. Ini menghilangkan kemungkinan
bahwa beberapa kontaminan minor di Anfinsen dimurnikan persiapan ribonuklease mungkin berkontribusi renaturasi enzim,
sehingga menghilangkan keraguan yang tersisa bahwa enzim ini terlipat secara spontan

Polipeptida Lipat Cepat dengan Proses Stepwise Dalam sel hidup, protein disusun dari asam amino pada tingkat yang sangat
tinggi. Misalnya, sel E. coli dapat membuat molekul protein aktif biologis lengkap yang mengandung 100 residu asam amino dalam
waktu sekitar 5 detik 37 C. Bagaimana rantai polipeptida semacam itu sampai di sana konformasi asli? Mari kita anggap konservatif
itu masing-masing residu asam amino dapat mengambil 10 konformasi yang berbeda rata-rata, memberikan 10100 berbeda
konformasi untuk polipeptida. Mari kita asumsikan juga bahwa protein terlipat dengan sendirinya secara acak proses di mana ia
mencoba semua konformasi yang mungkin sekitar setiap ikatan di tulang punggungnya sampai ia menemukan bentuk aslinya, aktif
secara biologis. Jika setiap konformasi disampel dalam waktu sesingkat mungkin (~ 1013 detik, atau waktu yang diperlukan untuk
getaran molekuler tunggal), akan dibutuhkan sekitar 1077 tahun untuk sampel semua konformasi yang mungkin. Jadi lipatan protein
tidak bisa a benar-benar acak, proses coba-coba. Pasti ada menjadi jalan pintas. Masalah ini pertama kali ditunjukkan oleh Cyrus
Levinthal pada tahun 1968 dan kadang-kadang disebut Paradoks Levinthal.

5.3 Interaksi Protein Dimodulasi oleh Energi Kimia: Actin, Myosin, dan Motor Molekuler Organisme bergerak. Sel bergerak. Organel
dan makromolekul dalam sel bergerak. Sebagian besar gerakan ini muncul dari aktivitas kelas yang menarik dari motor molekuler
berbasis protein. Didorong oleh energi kimia, biasanya berasal dari ATP, agregat besar protein motorik mengalami perubahan
konformasi siklik yang terakumulasi menjadi kekuatan directional terpadu — kekuatan kecil yang memisahkan kromosom dalam sel
pembagi, dan kekuatan besar yang mengangkat seekor kucing hutan seperempat ton menerkam ke udara. Interaksi antara protein
motorik, seperti Anda mungkin memprediksi, fitur pengaturan tambahan ionik, ikatan hidrogen, hidrofobik, dan van der Menunggu
interaksi di situs pengikatan protein. Namun, pada protein motorik, interaksi ini mencapai hasil yang luar biasa organisasi spasial
dan temporal tingkat tinggi.

Protein motorik mendasari kontraksi otot, migrasi organel sepanjang mikrotubulus, rotasi flagela bakteri, dan pergerakan beberapa
protein sepanjang DNA. Protein disebut kinesin dan dynein bergerak sepanjang mikrotubulus dalam sel, menarik bersama organel
atau mengatur ulang kromosom selama pembelahan sel. Interaksi dynein dengan mikrotubulus membawa pergerakan flagela dan
silia eukariotik. Gerakan flagellar pada bakteri melibatkan motor rotasi kompleks di dasar flagel (lihat Gambar. 19–35). Helikase,
polimerase, dan protein lainnya bergerak bersama DNA saat mereka menjalankan fungsinya Metabolisme DNA (Bab 25). Di sini,
kami fokus pada contoh protein kontraktil otot rangka vertebrata yang dipelajari dengan baik sebagai paradigma bagaimana protein
menerjemahkan energi kimia menjadi gerak.

Protein Utama Otot Adalah Myosin dan Aktin Kekuatan kontraktil otot dihasilkan oleh interaksi dua protein, myosin dan aktin.
Protein ini tersusun dalam filamen yang menjalani transien interaksi dan geser melewati satu sama lain untuk menghasilkan
kontraksi. Bersama-sama, aktin dan myosin membuat lebih banyak dari 80% dari massa protein otot. Myosin (Mr 540.000) memiliki
enam subunit: dua subunit berat rantai (masing-masing Mr 220.000) dan empat rantai ringan (masing-masing dari Mr 20.000). Akun
rantai berat banyak struktur keseluruhan. Di carboxyl termini mereka, mereka diatur sebagai heliks diperpanjang, melilit masing-
masing lainnya di koil berserat tangan kiri berserat mirip dengan itu -keratin (Gbr. 5–29a). Pada ujung amino masing-masing rantai
berat memiliki domain bundar besar yang mengandung a situs di mana ATP dihidrolisis. Rantai cahaya dikaitkan dengan domain
globular. Kapan myosin diobati secara singkat dengan protease trypsin, sebagian besar ekor berserat dibelah, membagi protein
menjadi komponen yang disebut meromyosin ringan dan berat (Gbr. 5–29b). Domain globular, yang disebut myosin subfragment 1,
atau S1, atau hanya myosin head group, dibebaskan dari meromyosin berat dengan pembelahan dengan papain. Fragmen S1 yang
dihasilkan oleh prosedur ini adalah domain motor yang memungkinkan kontraksi otot. S1 fragmen dapat dikristalisasi dan
strukturnya memiliki telah ditentukan. Keseluruhan struktur fragmen S1 seperti yang ditentukan oleh Ivan Rayment dan Hazel
Holden ditunjukkan pada Gambar 5–29c.

Dalam sel otot, molekul myosin bergabung menjadi

bentuk struktur yang disebut filamen tebal (Gbr. 5–30a).
Struktur seperti batang ini berfungsi sebagai inti dari Struktur dan Katalisis Bagian I yang berhubungan
8885d_c05_182 8/15/03 12:04 PM Halaman 182 mac78 mac78: 385_REB:
unit trile. Dalam filamen tebal, beberapa ratus
molekul myosin disusun dengan "ekor" berserat mereka
terkait untuk membentuk struktur bipolar yang panjang. Proyek domain globular dari kedua ujung struktur ini, di
array teratur ditumpuk.
Protein otot utama kedua, aktin, berlimpah di hampir semua sel eukariotik. Dalam otot, molekul
Bab 5 Fungsi Protein 183
GAMBAR 5–29 (di sebelah kiri) Myosin. (a) Myosin memiliki dua rantai berat (dalam
dua warna pink), karboksil termini membentuk gulungan panjang
koil (ekor) dan amino termini yang memiliki domain globular (kepala). Dua
rantai cahaya (biru) dikaitkan dengan masing-masing kepala myosin. (B) Pembelahan dengan trypsin dan papain memisahkan kepala myosin
(fragmen S1)
dari ekor. (c) Representasi pita dari fragmen S1 myosin.
Rantai berat berwarna abu-abu, dua rantai ringan dalam dua warna biru.
(Dari koordinat yang disediakan oleh Ivan Rayment.)
aktin monomerik, yang disebut G-aktin (globular actin; Mr
42.000), berasosiasi untuk membentuk polimer panjang yang disebut F-aktin
(Aktin berserabut). Filamen tipis (Gbr. 5–30b)
terdiri dari F-actin, bersama dengan protein troponin dan
tropomyosin. Bagian filamen dari filamen tipis berkumpul sebagai molekul aktin monomer berturut-turut ditambahkan
satu ujung. Selain itu, setiap monomer mengikat ATP, lalu
menghidrolisisnya menjadi ADP, sehingga setiap molekul aktin dalam filamen dikomplekskan menjadi ADP. Hidrolisis ATP ini oleh
fungsi aktin hanya dalam perakitan filamen; saya t
tidak berkontribusi langsung ke energi yang dikeluarkan
kontraksi otot. Setiap monomer aktin dalam filamen tipis dapat mengikat erat dan secara khusus untuk satu miosin
kelompok kepala (Gbr. 5–30c).

Protein Tambahan Mengatur Yang Tipis dan Tebal Filamen menjadi Struktur yang Dipesan Otot rangka terdiri dari kumpulan otot
paralel serat, masing-masing serat tunggal, sangat besar, berinti banyak sel, berdiameter 20 hingga 100 m, terbentuk dari banyak
sel menyatu bersama dan seringkali merentang panjang otot. Setiap serat, pada gilirannya, mengandung sekitar 1.000 myofibrils,
berdiameter 2 m, masing-masing terdiri dari sejumlah besar filamen tebal dan tipis yang disusun secara teratur kompleks menjadi
protein lain (Gbr. 5–31). Suatu sistem vesikel membran datar yang disebut sarkoplasma retikulum mengelilingi setiap myofibril.
Diperiksa di bawah mikroskop elektron, serat otot mengungkapkan daerah bergantian dengan kerapatan elektron tinggi dan rendah,
yang disebut Pita A dan pita I (Gbr. 5–31b, c). Band A dan I muncul dari susunan filamen tebal dan tipis,
yang selaras dan sebagian tumpang tindih. Band I
adalah wilayah bundel yang akan melintang
hanya mengandung filamen tipis. Band A yang lebih gelap membentang
panjangnya filamen tebal dan termasuk wilayahnya
di mana filamen paralel tebal dan tipis tumpang tindih. Membelah dua pita I adalah struktur tipis yang disebut disk Z, tegak lurus terhadap
filamen tipis dan berfungsi sebagai jangkar di mana filamen tipis terpasang. Sebuah
band juga dibelah oleh garis tipis, garis M atau disk M,
wilayah dengan kerapatan elektron tinggi di tengah
filamen tebal. Seluruh unit kontraktil, terdiri
bundel filamen tebal disisipkan di kedua ujungnya
dengan bundel filamen tipis, disebut sarkomer.
Susunan bundel yang disisipkan memungkinkan tebal
dan filamen tipis saling meluncur melewati (dengan mekanisme yang dibahas di bawah), menyebabkan pemendekan progresif masing-masing
sarkomer (Gbr. 5–32).

.
Filamen aktin tipis terpasang di satu ujung ke
disk Z dalam pola biasa. Majelis termasuk
protein otot minor -aktinin, desmin, dan vimentin. Filamen tipis juga mengandung protein besar
disebut nebulin (~ 7.000 residu asam amino), diperkirakan
disusun sebagai heliks yang cukup panjang untuk span
panjang filamen. Garis M juga mengatur
filamen tebal. Ini mengandung protein paramyosin,
C-protein, dan M-protein. Kelas protein lain
disebut titin, rantai polipeptida tunggal terbesar yang ditemukan sejauh ini (titin dari otot jantung manusia memiliki
26.926 residu asam amino), hubungkan filamen tebal ke
disk Z, menyediakan organisasi tambahan untuk struktur keseluruhan. Di antara fungsi strukturalnya, protein nebulin dan titin diyakini bertindak
sebagai “molekuluar
morecularrulers, ”masing-masing mengatur panjang filamen tipis dan tebal. Titin memanjang dari Z disk ke
Garis M, mengatur panjang sarkomer itu sendiri dan
mencegah ketegangan otot yang berlebihan. Panjang sarkomer yang khas bervariasi dari satu jaringan otot
ke yang berikutnya dalam organisme vertebrata, sebuah temuan sebagian besar disebabkan oleh varian titin yang berbeda di
tisu.

Geser Filamen Tebal Myosin di sepanjang Aktin Filamen Tipis Interaksi antara aktin dan miosin, seperti halnya antara semua
protein dan ligan, melibatkan ikatan yang lemah. Ketika ATP tidak terikat dengan myosin, wajah di myosin kelompok kepala terikat
erat dengan aktin (Gbr. 5–33). Saat ATP mengikat myosin dan dihidrolisis menjadi ADP dan fosfat, serangkaian perubahan
konformasi yang terkoordinasi dan siklik terjadi di mana myosin melepaskan subunit F-actin dan mengikat subunit lain lebih jauh di
sepanjang filamen tipis. Siklus ini memiliki empat langkah utama (Gbr. 5–33). Sejalan 1, ATP berikatan dengan myosin dan celah
pada molekul myosin terbuka, mengganggu interaksi aktin-myosin sehingga bahwa aktin terikat dilepaskan. ATP kemudian
dihidrolisis pada langkah 2, menyebabkan perubahan konformasi dalam protein ke keadaan "energi tinggi" yang menggerakkan
kepala myosin dan mengubah orientasinya dalam kaitannya dengan aktin tipis filamen. Myosin kemudian berikatan dengan lemah
ke subunit F-actin lebih dekat ke disk Z daripada yang baru saja dirilis. Sebagai produk fosfat hidrolisis ATP dilepaskan dari myosin
pada langkah 3, perubahan konformasi lain terjadi di mana celah myosin menutup, memperkuat ikatan myosin-aktin. Ini diikuti
dengan langkah demi langkah 4, "power stroke" selama konformasi kepala myosin kembali ke keadaan istirahat semula, yaitu
orientasi relatif terhadap aktin terikat berubah sehingga tarik ekor myosin ke arah disk Z. ADP kemudian dirilis untuk menyelesaikan
siklus. Setiap siklus menghasilkan sekitar 3 hingga 4 pN (piconewtons) dari gaya dan memindahkan filamen tebal 5 hingga 10 nm
relatif terhadap filamen tipis.

Karena ada banyak kepala myosin dalam filamen tebal, pada saat tertentu beberapa (mungkin 1% hingga 3%) terikat pada filamen
tipis. Ini mencegah tebal filamen dari tergelincir ke belakang ketika seorang individu kepala myosin melepaskan subunit aktin yang
dulu terikat. Jadi, filamen tebal secara aktif meluncur ke depan melewati filamen tipis yang berdekatan. Proses ini, terkoordinasi di
antara banyak sarkoma dalam serat otot, menyebabkan kontraksi otot. Interaksi antara aktin dan miosin harus diatur sehingga
kontraksi hanya terjadi sebagai respons untuk sinyal yang sesuai dari sistem saraf. Itu regulasi dimediasi oleh kompleks dua
protein, tropomyosin dan troponin. Tropomyosin berikatan dengan filamen tipis, menghalangi situs lampiran untuk kelompok kepala
myosin. Troponin adalah protein yang mengikat Ca2
A nerve impulse causes release of Ca2 from the sarcoplasmic reticulum. The released Ca2 binds to troponin (another protein-ligand interaction)
and causes a conformational change in the tropomyosin-troponin complexes, exposing the myosin-binding sites on the thin filaments.
Contraction follows. Working skeletal muscle requires two types of molecular functions that are common in proteins—binding and catalysis.
The actin-myosin interaction, a proteinligand interaction like that of immunoglobulins with antigens, is reversible and leaves the participants
unchanged. When ATP binds myosin, however, it is hydrolyzed to ADP and Pi . Myosin is not only an actinbinding protein, it is also an ATPase—
an enzyme. The function of enzymes in catalyzing chemical transformations is the topic of the next chapter

Indonesia Indonesia