BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Biokimia

Biokimia merupakan salah satu cabang sains yang menemuka dua bidang yang
sama penting yaitu biologi dan kimia. Biokimia menunjuk mengenai bahan kimia yang
dihasilkan oleh benda hidup, kesannya kegunaannya dan cara memanfaatkan bahan aktif
tersebut bagi meningkatkan taraf hidup manusia. Biokimia juga dapat diartikan sebagai
ilmu kimia kehidupan yaitu ilmu yang mempelajari tentang dasar kimia kehidupan (kata
Yunani, bios berarti “kehidupan”). Sel merupakan unit struktural dan fungsional dari
system hidup. Hal ini membawa kita kepada definisi fungsional biokimia sebagai ilmu
pengetahuan yang mempelajari unsure-unsur kimia pembentuk sel hidup dan dengan
reaksi serta proses yang dijalaninya.
Berdasarkan definisi ini, biokimia mencakup erbagai bidang pengetahuan biologi
sel, biologi molekuler, dan genetika molekurar yang luas. Jadi biokimia adalah meliputi
studi tentang susunan kimia sel, sifat senyawa serta reaksi yag terjadi didalam sel,
senyawa-senyawa yang menunjang aktivitas organism hidup serta energi yang diperlukan
untuk kehidupan.

2.2 Asal Mula Timbulnya Biokimia

Istilah biokimia telah dikemukakan oleh Karl Neuberg, seorang ahli kimia Jerman
pada tahun 1903, namun satu setengah abad sebelumnya, yaitu pada pertengahan abad
XVIII Karl Wilhelm Scheele seorang ahli kimia Swedia telah melakukan penelitian
mengenai susunan kimia jaringan pada tumbuhan dan hewan. Selain itu ia juga telah
dapat mengisolasi asal oksalat, asam laktat, asam sitrat serta beberapa ester dan kasein
dari bahan alam.
Biokimia memperoleh bentuk yang nyata sebagai suatu bidang studi pada awal
abad XIX, dengan dipelopori oleh penelitian yang dilakukan oleh Friedrich Wohler.
Sebelum itu orang percaya bahwa organism hidup itu terdiri dari zat-zat yang mempunyai
sifat yang sangat berbeda dengan zat yang terdapat pada benda-benda mati, misalnya
logam atau batu-batuan. Pada tahun 1828 Wohler menunjukan bahwa urea, suatu
senyawa yang terdapat dalam urine, ternate dapat dibuat dalam laboratorium dengan jalan
memanaskan alkali sianat dengan gram ammonium. Mula-mula ia memang
mengharapkan akan terjadi ammonium sianat, tetapi ia memperoleh urea.

1
 Meskipun telah dapat ditunjukan atau dibuktikan bahwa suatu senyawa yang
berasal dari dalam tubuh manusia atau organisme hidup dapat juga dibuat dalam
laboratorium dari zat-zat yang berasal dari benda mati, namun masih ada orang yang
percaya bahwa suatu senyawa dalam organisme hidup tentulah terbentuk dalam sel hidup
melalui suatu proses yang melibatkan “kekuatan hidup”. Pendapat ini dapat dihilangkan
oleh penemuan dua bersaudara Eduard dan Hans Buchner. Mereka menyatakan bahwa
ekstrak dari sel-sel ragi yang telah dirusak atau telah mati, tetap dapat menyebabkan
terjadinya proses peragian atau proses fermentasi gula menjadi alkohol. Penemuan
mereka merupakan pembuka kemungkinan dilakukannya analisis reaksi-reaksi biokimia
dan proses-proses biokimia dengan alat-alat laboratorium (in virto) dan bukan sel hidup
(in vivo). Selanjutnya metabolisme yang terjadi dalam sel dapat pula dilakukan dalam
laboratorium, termasuk reaksi-reaksi yang menggunakan enzim, yaitu biokatalis yang
mempercepat berlangsungnya reaksi biokimia tersebut.

2.1.1 Protein
Protein secara kimia lebih kompleks lagi, tetapi seperti karohidrat dan lipid,
protein juga tersusun dari senyawa gabungan yang sederhana. Semua protein
mengandung atom karbon, oksigen, hidrogen, dan nitrogen serta protein-protein
yang mengandung sulfur dan fosfor.
1) Asam amino
Asam amino adalah unit molekular dasar yang membentuk polimer
protein panjang. Ada 20 jenis asam amino dalam protein yang menjadi dasar
struktur dan fungsi tubuh manusia.
a. Setiap asam amino mengandung sedikitnya satu gugus asam karboksil (-
COOH) dan sedikitnya satu gugus amino (-NH2). Kedua gugus tersebut
terikat pada atom karbon yang sama. Setiap asam amino mempunyai anak
rantai yang disebut sebagai satu gugus R.
 Asam-asam amino memiliki perbedaan dalam gugus R-nya, yang
memberi ciri khas dan mempengaruhi sifat protein tempat asam
amino tersebut bergabung.
 Gugus R nonpolar menyebabkan asam amino relatif tidak larut
dalam air. Gugus R yang polar atau bermuatan listrik
menyebabkan asam amino larut dalam air.

2
 b. Asam-asam amino bergabung untuk membentuk protein melalui reaksi
kondensasi (dehidrasi) antara gugus karboksil dari salah satu asam amino
dan gugus amino dari asam amino lain.
 Air yang terbentuk sebagai ikatan kovalen dihasilkan diantara
dua jenis asam amino.
 Ikatan itu disebut ikatan peptida dan senyawa yang
terbentuk disebut peptide.
 Dua asam amin yang bergabung dalam ikatan peptide disebut
dipeptida, tiga asam amino membentuk tripeptida, dan sepuluh
asam amino atau lebih membentuk polipeptida.
 Rantai panjang mengandung sampai 100 asam amino disebut
rantai polipeptida. Rantai polipeptida membentuk struktur
primer protein.
2) Struktur protein
a. Rantai polipeptida memilin, melipat, dan membungkus diri kedalam model
yang khas untuk membentuk protein dengan kesesuaian bentuk
(conformation) yang berbeda-beda.
 Protein struktural atau fibrosa disusun dari makromolekul linear
yang panjang. Contohnya meliputi kolagen, myosin (protein
otot), fibrin, dan keratin pada rambut, kuku, dan kulit.
 Protein globular adalah protein yang sangat terpilin dan terlipat
dalam bentuk yang hampir sferikal, atau mirip gulungan benang
kusut. Contohnya meliputi enzim, hormon, dan protein darah.
b. Ada empat tingkat organisasi struktur protein.
 Struktur primer adalah rantai polipeptida dan jumlah serta urutan
asam amino dalam setiap rantai.
 Struktur sekunder adalah lilitan rantai peptida yang menyerupai
spiral helix atau jenis kesesuaian bentuk lainnya.
 Alpha helix adalah lilitan geometris yang seragam dengan
3,6 asam amino menempati setiap lekuk heliks, terbentuk
saat terjadi ikatan higrogen antar asam amino pada
lekukan yang berurutan dari spiral. Bentuk tersebut

3
 merupakan bentuk dasar struktur protein pada rambut,
kulit, dan kuku.
 Struktur lembaran terlipat terbentuk dari ikatan hidrogen
untuk mempertahankan kedekatan rantai-rantai dalam
konfigurasi yang berbentuk zig-zag. Lembaran terlipat
seperti itu menjadi inti dari protein globular.
 Struktur tersier berada diatas struktur sekunder biasa
dengan sedikit mengubah, melipat dan mengusut rantai
peptida biasa untuk membentuk model tiga dimensi yang
kompleks.
 Struktur kuarter adalah susunan kompleks yang terdiri
dari dua rantai polipeptida atau lebih, yang setiap
rantainya bersama dengan struktur primer, skunder, dan
tersier membentuk satu molekul protein yang besar dan
aktif secara biologis.
3) Denaturasi protein
Protein dapat mempertahankan kesesuaian bentuknya asalkan
lingkungan fisik dan kimianya dipertahankan. Jika lingkungan berubah, maka
protein dapat terurai atau mengalami perubahan sifat (denaturasi); mereka dapat
kehilangan struktur sekunder, tersier, dan kuaternya sehingga aktivitas
biologisnya juga hilang.
a. Kesesuaian bentuk protein bergantung pada ikatan hidrogen, yang lemah
dan sangat sensitif terhadap perubahan pH dan suhu.
b. Paparan singkat pada suhu yang tinggi (diatas 60’C) atau paparan pada
asam atau basa kuat dalam periode waktu yang lama akan menyebabkan
denaturasi karena ikatan hidrogen rupture.
 Sebagian protein dapat dikembalikan kebentuk aslinya, jika
terdenaturasi tanpa harus menjadi insoluble (tidak dapat larut).
Contoh, setelah pemanasan ringan, protein dapat kembali
kebentuk aslinya jika kembali ke suhu normal.
 Perbedaan panas yang besar dpat menyababkan denaturasi yang
menetap. Putih telur (albumin) akan memadat dan menjadi
insoluble jika dipanaskan

4
  Suhu tubuh yang sangat tinggi dapat menyebabkan
koagulasi protein selular.
 Jika suhu tubuh naik sampai diatas 41’C atau 42’C, maka
degenerasi sel, terutama otak, mulai terjadi akibat
denaturasi protein.

2.1.2 Lipid
Lipid adalah sekelompok molekul yang beragam; semuanya tidak dapat larut
dalam air, namun dapat larut dalam zat pelarut nonpolar seperti eter dan kloroform.
Lipid biologis yang penting meliputi lemak netral, zat lilin, fosfolipid dan steroid.
1) Minyak sayur dan lemak binatang termasuk lemak netral, atau disebut juga
trigliserida. Lemak netral dan zat lilin hanya mengandung karbon, hidrogen,
dan oksigen.
a. Lemak netral adalah persenyawaan asam lemak dengan gliserol. Tiga
molekul asam lemak (rantai panjang atom karbon dan hidrogen dengan
satu gugus karboksil disalah satu ujungnya) berikatan kovalen dengan satu
molekul gliserol (satu molekul terdiri dari tiga karbon dengan tiga sisi
gugus hidroksil)
 Lemak cenderung memadat pada suhu kamar. Molekul asam
lemak memiliki rantai panjang dengan atom-atom karbon
berikatan kovalen tunggal dan dengan atom hidrogen yang
menempati seluruh posisi ikatan yang ada pada atom karbon.
Lemak tersebut disebut lemak saturasi (jenuh) karena memiliki
atom hidrogen sebanyak yang dapat diikatnya.
 Minyak cenderung tetap berbentuk cair pada suhu kamar. Pada
minyak yang mengalami beragam derajat unsaturasi (ketak-
jenuhan) dan polisaturasi (ketakjenuhan ganda), sebagian ikatan
antar karbon merupakan ikatan kovalen ganda, dan akibatnya
jumlah atom hidrogen lebih kecil jika dibandingkan dengan
jumlah hidrogen pada lemak jenuh.
 Minyak dapat diubah ke bentuk lemak melalui proses
hidrogenasi; yaitu, dengan memecah ikatan ganda antar atom
karbon dan menggantinya dengan ikatan kovalen tunggal serta

5
 dengan menambah atom karbon kedalam posisi ikatan yang
tersisa. Contoh lemak dihidrogenasi (lemak padat) adalah lemak
sayur padat, selai kacang padat, dan margarine.
 Sebagian besar asam lemak yang termasuk lemak dan minyak
yang dapat dimakan memiliki rantai karbon utama yang panjang.
Asam lemak yang paling umum adalah asam stearat dan oleat,
yang masing-masing mengandung 18 atom karbon, dan asam
palmitat yang mengandung 16 atom karbon.
b. Zat lilin sama dengan lemak dan minyak, terkecuali bahwa asam lemak
yang ada dalam zat lilin mengikat rantai karbon alkohol, bukannya
gliserol.
 Fosfolopid adalah unsure pokok dari membrane sel.
c. Dari segi struktur, fosfolipid serupa dengan trigliserida, terkecuali bahwa
satu dari tiga molekul asam lemaknya diganti dengan gugus fosfat yang
memiliki gugus nitrogen yang pendek dan polar disalah satu ujungnya.
 Nitrogen yang berisi bagian kepala molekul, bersifat polar,
hidrofilik (menarik air), dan larut dalam air.
 Ujung lain molekul berisi dua bagian ekor asam lemak, jenuh dan
tak jenuh, yang hidrofobik (anti-air) dan tidak larut dalam air.
d. Secara fungsional, sifat ganda fosfolipid tersebut merupakan factor penting
dalam struktur membrane sel.
 Bagian kepala molekul fosfolipid bersentuhan dengan larutan
yang mengandung air pada permukaan membran sel.
 Ekor mengarah ke pusat membrane, dan interaksi hidrofobik
antar hidrokarbon membantu dalam mempertahankan
kebersamaan molekul membrane tersebut, yang membentuk
ikatan antar sel dan lingkungan eksternal.
 Steroid adalah molekul lipid yang besar, susunannya bukan
terdiri dari rantai hidrokarbon melainkan dari empat cincin yang
bergabung (inti steroid) yang mengikat beragam gugus
fungsional.
 Kolesterol, komponen umum dalam membran sel hewan
adalah suatu steroid yang penting; sebagian besar steroid
lainnya merupakan hasil sintetis kolesterol
6
  Contoh steroid dalam tubuh meliputi hormone pria dan
wanita (misalnya; testosterone, estrogen, dan progesterone),
hormone adrenal kortikoid dan garam empedu.

2.1.3 Purin dan Pirimidin

Purin dan Pirimidin merupakan komponen utama DNA, RNA, koenzim
(NAD, NADP, ATP, UDPG). Inti purindanpirimidinadalah inti dari senyawa
komponen molekul nukleotida asam nukleat RNA dan DNA. Contoh Pirimidin:
(sitosin, urasil, timin) → dimetabolisme jadi CO2 dan NH3. Sedangkan contoh
Purin adalah Adenin dan Guanin. Purin dan Pirimidin merupakan unsur yang
nonesensial secara dietetik artinya manusia dapat mensintesis nukleotida secara
denovo (dari senyawa intermediet anfibolik), meskipun tidak mengkonsumsi asam
nukleat.
1) Biosintesa Nukleotida Purin
Sintesis purin terjadi di hati. Sintesis dari nukleotida purin dimulai
dengan PRPP dan mengarah ke penuh pertama terbentuk nukleotida, inosine 5′-
monophosphate (IMP). jalur ini adalah diagram di bawah ini. Basis purin tanpa
terikat pada molekul ribosa terlampir adalah Hipoxantina. Basis purin dibangun
di atas ribosa dengan beberapa amidotransferase dan reaksi transformylation.
Sintesis IMP membutuhkan lima mol ATP, dua mol glutamin, satu mol glisin,
satu mol CO 2, satu mol aspartate dan dua mol formate. Para moieties formil
dilakukan pada tetrahydrofolate (THF) dalam bentuk N 5, N 10-methenyl-
THFdan N 10-formil-THF.
Sintesis AMP dan GMP dari IMP
Sintesis pertama terbentuk sepenuhnya nukleotida purin,
monophosphate inosine, IMP dimulai dengan 5-phospho-α-ribosyl-1-pirofosfat,
PRPP. Melalui serangkaian reaksi menggunakan ATP, tetrahydrofolate (THF)
derivatif, glutamin, glisin dan aspartate ini menghasilkan jalur IMP. Tingkat
membatasi reaksi ini dikatalisis oleh glutamin amidotransferase PRPP, enzim
ditunjukkan oleh 1 pada gambar tersebut. Struktur nucleobase dari IMP
(Hipoxantina) akan muncul.
IMP merupakan titik cabang untuk biosintesis purin, karena dapat
dikonversi menjadi baik AMP atau GMP melalui dua jalur reaksi yang berbeda.
jalur yang mengarah ke AMP memerlukan energi dalam bentuk GTP; yang
7
 mengarah ke GMP memerlukan energi dalam bentuk ATP. Pemanfaatan GTP
dalam jalur untuk sintesis AMP memungkinkan sel untuk mengontrol proporsi
AMP dan GMP untuk dekat kesetaraan. GTP akumulasi kelebihan akan
menyebabkan sintesis AMP dipercepat dari IMP sebaliknya, dengan
mengorbankan sintesis GMP. Sebaliknya, sejak konversi IMP untuk GMP
memerlukan ATP, akumulasi kelebihan ATP menyebabkan sintesis percepatan
GMP atas yang AMP.
2) Biosintesa Nukleotida Pirimidin
Sintesis dari pirimidin kurang kompleks dibandingkan dengan purin,
karena dasar jauh lebih sederhana. Basis menyelesaikan pertama adalah berasal
dari 1 mol glutamin, salah satu mol ATP dan satu mol CO 2 (yang merupakan
karbamoilfosfat) dan satu mol aspartate. Sebuah mol tambahan glutamin dan
ATP yang diperlukan dalam konversi UTP untuk CTP adalah. Jalur biosintesis
pirimidin yang digambarkan di bawah ini. Karbamoilfosfat digunakan untuk
sintesis nukleotida pirimidin berasal dari glutamin dan bikarbonat, dalam sitosol,
yang bertentangan dengan siklus karbamoil fosfat urea berasal dari amonia dan
bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi siklus urea dikatalisis oleh sintetase
karbamoilfosfat I (CPS-I) sedangkan prekursor nukleotida pirimidin disintesis
oleh CPS-II. karbamoilfosfat kemudian kental dengan aspartat dalam reaksi
dikatalisis oleh enzim yang membatasi laju biosintesis nukleotida pirimidin,
transcarbamoylase aspartate (ATCase).

2.3 Contoh Penyakit :

1) Asam Urat
 Asam urat dibentuk dari metabolisme purin
 Asam urat diekskresi melalui ginjal
 Jika produksi purin meningkat atau ekskresi menurun → penumpukan
asam urat dalam darah → penyakit Gout
Peningkatan asam urat disebabkan :
 Produksi meningkat (leukemia, pneumonia)
 Ekskresi menurun (gangguan ginjal)
Terapi :
 Mengurangi produksi (kolkisin, alopurinol)

8
2) Penyakit Gout
 Gout adalah penyakit artritis berulang pada sendi articulatio matatarso
falangealis akibat peningkatan kadar asam urat
 Gout adalah penyakit di mana terjadi penumpukan asam urat dalam tubuh
secara berlebihan, baik akibat produksi yang meningkat, atau pembuangan
melalui ginjal yang menurun, atau akibat peningkatan asupan makanan
kaya purin. Gout terjadi ketika cairan tubuh sangat jenuh akan asam urat
karena kadarnya yang tinggi.
Gout ditandai dengan :
 Serangan berulang dari arthritis (peradangan sendi) yang akut
 Kadang-kadang disertai pembentukan kristal natrium urat besar yang
dinamakan tophus
 Deformitas (kerusakan) sendi secara kronis, dan
 Cedera pada ginjal.
 Hiperuricemia (kadar asam urat dalam darah lebih dari 7,5 mg/dL)
Pengobatan Gout :
 Ketika terjadi serangan arthritis akut, penderita diberikan terapi untuk
mengurangi peradangannya.
 Hal ini dapat dilakukan dengan memberikan obat analgesik/NSAID,
kortikosteroid, tirah baring, atau dengan pemberian kolkisin.
 Setelah serangan akut berakhir, terapi ditujukan untuk menurunkan kadar
asam urat dalam tubuh.
 Hal ini dapat dilakukan dengan memberikan kolkisin atau obat yang
memacu pembuangan asam urat lewat ginjal (misal probenesid) atau obat
yang menghambat pembentukan asam urat (misal allopurinol).
Pencegahan Gout :
 Pasien gout juga harus menghindari penggunaan obat yang dapat
menaikkan kadar asam urat dalam darah.
 Contoh dari obat tersebut adalah diuretik, aspirin, dan niasin.
 Alkohol merupakan sumber purin dan juga dapat menghambat
pembuangan purin melalui ginjal sehingga disarankan tidak sering
mengonsumsi alkohol.

9
 Pasien juga disarankan untuk meminum cairan dalam jumlah banyak
karena jumlah air kemih sebanyak 2 liter atau lebih setiap harinya akan
membantu pembuangan urat dan meminimalkan pengendapan urat dalam
saluran kemih
 Ada beberapa jenis makanan yang diketahui kaya purin, antara lain
daging, baik daging sapi, babi, kambing, jerohan, bebek, angsa, merpati,
ayam, sapi atau makanan dari laut (seafood), kacang-kacangan, bayam,
jamur, dan kembang kol.

10