BAB II

BIOENERGETIKA

A. Pendahuluan
Pada makhluk hidup, energi untuk melakukan kerja berasal dari adenosine trifosfat
(ATP) baik secara langsung maupun tidak langsung. Bioenergetika merupakan
cabang termodinamika yang mempelajari transformasi energi dalam makhluk
hidup. Bioenergetika dipengaruhi oleh tiga faktor, yaitu entalpi (kandungan panas
total), entropi (ketidakteraturan), dan energi bebas (hubungan entalpi dan entropi).
Termodinamika mencirikan energi yang berkaitan dengan kondisi kesetimbangan
dalam reaksi. Sedangkan, kinetika menggambarkan laju suatu reaksi bergerak
menuju kesetimbangan.

B. Bioenergi
Energi kesetimbangan disebut termodinamika.
Hukum termidinamika I: Energi dalam sistem terisolasi adalah konstan. Energi
tidak dapat diciptakan atau dimusnahakan, tetapi dapat diubah bentuknya.
Hukum termodinamika II: Entropi dalam sistem terisolasi menigkat. Semua reaksi
kimia dan fisika terjadi secara spontan hanya ketika ketidakteraturan dalam sistem
terisolasi meningkat.
Sistem terisolasi adalah tidak terjadinya pertukaran energi atau materi dengan
lingkungan. Sistem tertutup adalah jika terjadi pertukaran energi, tetapi tidak ada
pertukaran materi. Sistem terbuka adalah jika terjadi pertukaran energi dan materi.
Pada sistem terisolasi, energi dan materi tidak dapat keluar masuk. Suatu organisme
bukan merupakan sistem terisolasi, sehingga S (entropi) dapat turun pada
organisme.
Hukum I termodinamika menjelaskan perubahan energi yang terjadi selama
suatu proses, tetapi tidak dapat memperkirakan apa dan sejauh mana suatu proses
yang spesifik akan berlangsung.
Tingkat ketidakteraturan suatu sistem diukur oleh suatu fungsi keadaan yang
disebut engan entropi (S). Semakin tidak teratur suatu sistem, semakin besar nilai
entropinya. Contohnya adalah molekul makanan yang dikonsumsi manusia untuk
menghasilkan energi dan materi struktural yang diperlukan untuk menjaga
tubuhnya kemudian diubah menjadi buangan yang tidak teratur, untuk selanjutnya
dilepaskan ke lingkungan.
Properti termodinamika dapat dibedakan menjadi properti termodinamika
ekstensif, yaitu properti termodinamika yang berhubungan langsung dengan
jumlah dari bahan dan properti intensif, yaitu tidak berhubungan secara langsung
dengan massa. Properti E, H, S merupakan variabel statis. Komponen entropi
diantaranya adalah gerakan translasi, rotasi, vibrasi, dan elektronik.

5
C. Kajian terhadap entropi suatu larutan
Ketika molekul dilarutkan, entropinya meningkat karena molekul menjadi lebih
bebas dalam bergerak. Sebaliknya entropi solven biasanya turun karena molekul
solven menjadi lebih teratur mengitari solut.
Ketika molekul apolar diletakkan dalam lingkungan berair, maka molekul air
cenderung membentuk struktur teratur mengitari molekul apolar. Entropi turun
karena molekul air menjadi sangat teratur. Hal ini banyak terjadi dalam sistem
biologi, yaitu ikatan antara molekul kecil (ligan) dan protein dipermukaan sel
(reseptor). Molekul yang terikat turun entropinya karena tertangkap sedangkan
molekul solven digantikan oleh molekul yang tertangkap tersebut dan kemudian
terbebas dari permukaan protein.

D. Adenosin trifosfat (ATP) sebagai satuan energi dalam reaksi biokimia

ATP merupakan suatu nukleotida yang memiliki peran penting pada organisme.
Hidrolisis ATP akan secara cepat dan langsung menyediakan energi bebas untuk
menjalankan berbagai reaksi biokimia endergonik. ATP dibentuk dari ADP dan Pi,
dengan melepaskan energi dari pembongkaran molekul makanan dan reaksi cahaya
pada fotosintesis. ATP mendorong berbagai reaksi termasuk diantaranya adalah
biosintesis biomolekul, kerja mekanik, dll. ATP mudah ditemukan di dalam sel.
ATP terdiri atas 2 ikatan fosfat berenergi tinggi yang dapat dihidrolisis untuk
melepaskan energi.
ATP adalah nukleotida yang tersusun atas adenin, ribosa, dan trifosfat. Dua gugus
fosforil diujungnya terhubung oleh ikatan fosfoanhidrida. Meskipun anhidrida
mudah dihidrolisis, namun ikatan fosfoanhidrida ATP cukup stabil, sehingga
diperlukan enzim spesifik untuk memfasilitasi hidrolisis ATP. Kecendrungan ATP
untuk terhidrolisis disebut potensi transfer gugus fosforil. ATP memiliki potensial
yang sedang atau menengah, sehingga ATP mampu membawa gugus fosforil dari
senyawa berenergi tinggi ke rendah.

6
 BAB III
PROTEIN DAN ASAM AMINO

A. Pendahuluan
Protein merupakan salah satu makromolekul penting di dalam sel yang mempunyai
struktur berupa rangkaian asam amino. Protein melaksanakan sebagian besar fungsi
di dalam sel.
1. Golongan protein yang penting adalah enzim yang mampu mengatalisis suatu
reaksi kimia, yakni mengubah substrat menjadi produk
2. Protein juga berfungsi sebagai pertahanan
3. Beberapa hormon mempunyai struktur berupa protein, misalnya insulin
4. Protein mampu melakukan kontrol atau melakukan regulasi proses sintesis DNA
(replikasi) maupun sintesis RNA (transkripsi)
Protein merupakan rangkaian asam amino yang disebut polipeptida. Asam amino
penyusun protein terdiri atas 20 jenis asam amino. Suatu protein dapat tersusun dari
satu atau lebih polipeptida.
Protein berasal dari kata Yunani Proteios yang artinya pertama. Protein adalah
poliamida dan hidrolisis protein menghasilkan asam amino.

Asam amino menunjukkan bahwa senyawa ini mempunyai 2 gugus fungsi yaitu
gugus karboksil yang bersifat asam, dan gugus amino yang bersifat basa.
Asam amino yang terdapat dalam protein adalah asam α-aminokarboksilat.

7
 Asam amino tersederhana adalah glisina, tidak memiliki rantai samping sehingga
tidak mengadung satu karbon kiral. Asam amino lain memiliki rantai samping
sehingga karbon α nya bersifat kiral.
Asam amino yang berasal dari protein termasuk dalam deret –L, artinya gugus
diskeliling karbon α mempunyai konfigurasi yang sama seperti dalam L-
gliseraldehida.

B. Pengelompokkan asam amino

Pada dasarnya struktur asam amino terdiri atas gugus α-amino, α-karboksil, α-
karbon, dan gugus R, yaitu suatu rantai samping.

Terdapat 2 bentuk asam amino, yakni bentuk netral dengan gugus-NH2;-COOH dan
bentuk zwitterionic yang mempunyai muatan positif dan negative dalam satu
molekul (gugus –NH3 dan –COO).
Gugus karboksil sebagai asam, mempunyai sifat sebagai donor proton (donating a
proton) dalam larutan air. Harga pKa gugus karboksil berkisar antara 2 sampai 5,
sehingga pada pH asam tersebut akan terionisasi sebesar 50%.

8
Gugus amino sebagai basa akan menerima proton. Harga pKa gugus amino tersebut
berkisar antara 9 sampai 10 sehingga pada pKa tersebut maka 50% dari gugus
amino akan terionisasi.
Secara ringkas dapat dikatakan bahwa :
-
Pada pH rendah, konsentrasi proton (H+) akan tinggi. Oleh karena itu, kedua
gugus tersebut, amina dan asam karboksilat, akan mengalami protonasi (-NH3+
dan –COOH).
-
Pada pH tinggi, konsentrasi proton menjadi rendah sehingga gugus amina dan
asam karboksilat akan mengalami deprotonasi (-NH2 & -COO-).
-
Pada pH netral, gugus amina akan terprotonasi (-NH3+) dan asam karboksilat
akan mengalami de-protonasi (-COO-).

Gugus R menentukan karakter dari asam amino sehingga juga akan menentukan
karakter dari protein tersebut. Oleh adanya gugus R yang bermacam-macam, maka
ada 4 macam golongan protein, yaitu :
a. Asam amino hidrofobik dengan gugus R yang nonpolar. Terdapat Sembilan (9)
macam,
b. Asam amino polar, dengan gugus R yang netral, ada enam (6) macam
c. Asam amino bermuatan negatif, mempunyai gugus R bermuatan negatif pada
pH fisiologi, ada dua (2), dan
d. Asam amino bermuatan positif, mempunyai gugus R yang positif pada pH
fisiologi, ada tiga (3) macam.

Sifat asam amino:

a. Larut dalam air dan pelarut polar lain tetapi tidak larut dalam pelarut nonpolar
seperti dietil eter dan benzena.
b. Momen dipol yang besar
c. Kurang bersifat asam dibandingkan sebagian besar asam karboksilat.
d. Kurang basa dibandingkan sebagian besar amina

9
Sifat asam dan basa dari asam amino:

C. Struktur Protein
Ada berbagai macam struktur protein, yaitu : protein dengan struktur primer,
sekunder, tersier, dan kuartener.
a. Struktur primer merupakan struktur protein dengan rangkaian asam amino yang
linier dan dihubungkan oleh ikatan kovalen. Sebagai contoh adalah struktur
linier dari lisosim yang terdiri dari atas 129 asam amino.
b. Struktur sekunder merupakan struktur protein dengan pola struktur regular atau
mengalami pelipatan (folded pattern), yang merupakan short-range non-covalent
interaction. Umumnya adalah struktur a-helix dan b-sheet. Kedua struktur
tersebut distabilkan oleh adanya ikatan hydrogen.
c. Struktur tersier merupakan struktur protein dengan struktur tiga dimensi, long-
range noncovalent interactions. Dalam protein tersier tersebut memungkinkan
adanya dua struktur sekunder secara bersamaan. Sebagai contoh adalah struktur
lisosim.
d. Struktur kuartener merupakan struktur protein yang terdiri atas lebih dari satu
polipeptida (lebih dari satu subunit). Sebagai contoh adalah collagen triple unit
dan hemoglobin yang terdiri atas a dan b chains dengan heme. Sebagai contoh
dari protein struktur teriser dan kuartener berturut-turut adalah kolagen dan
hemoglobin.

10
 Struktur primer protein mampu secara spontan mengalami folding (pelipatan) ke
bentuk sekunder maupun tersier, tanpa diketahui secara pasti mekanisme folding
dari protein tersebut.
a. Folding dari protein tersebut diketahui dapat diiniasi oleh adanya interaksi
nonkovalen antara rantai samping dari polipeptida tersebut, yang disebut sebagai
inisiation site.
b. Protein yang baru saja disintesis akan mengalami folding yang terkadang
dalamnya proses memerlukan protein chaperone atau chaperonins, yaitu suatu
protein yang diketemukan sebagai heat shock proteins (HSPs).
c. Chaperone diperlukan untuk re-folding dari suatu protein setelah melewati
membran

D. Ikatan yang Menstabilkan Protein

Konformasi protein distabilkan oleh beberapa ikatan kimia dan interaksi yang
nonkovalen. Beberapa ikatan/interaksi di antaranya adalah :
- Ikatan Hidrofobik
- Ikatan Hidrogen
- Ikatan Elektrostatik
- Ikatan Van Der Waals

11
 Beberapa tipe ikatan kimia yang terbentuk untuk masing-masing level struktur
protein
Struktur Primer : ikatan kovalen
Struktur Sekunder : ikatan hydrogen
Struktur Tersier : yang paling penting ikatan hidrofobik + ikatan lain
Struktur Kuartener : yang paling penting ikatan hidrofobik + ikatan lain

Fungsi Protein pada dasarnya ditentukan oleh struktur :

a. Protein globular, merupakan hydrophobic core yang kompak & hydrophilic
surface.
b. Protein membrane : special hydrophobic surface.
c. Protein yang mengalami folding : hanya marginally stable.
d. Beberapa protein umumnya tidak berada dalam bentuk folding yang stabil
sampai melakukan binding

Penentuan struktur kimia 3D dapat ditentukan dengan beberapa metode :

a. X-Ray Crystallography of Protein Crystals
b. NMR – Nuclear Magnetic Resonance
c. Metode Komputasi (Computer Predictions Based on Amino Acid Sequence)

Antibodi merupakan protein yang berfungsi untuk pertahanan tubuh.

Terdapat beberapa macam antibodi dengan fungsi yang spesifik :
a. Imunoglobulin A (IgA) merupakan immunoglobulin yang utamanya terdapat
pada molekul yang disekresi suatu mukosa, misalnya colostrum.
b. Imunoglobulin M (IgM) utamanya terdapat dalam plasma. IgM merupakan
antibody pertama yang diekspresikan dalam jumlah besar saat terjadi infeksi.
Antibodi IgM mampu meningkatkan aktifitas fagositosis makrofag.
c. Imunoglobulin G (IgG) terdapat dalam plasma. Respon IgG terhadap antigen
asing memerlukan waktu lebih lama dibandingkan dengan IgM. Antibodi IgG
mampu meningkatkan aktifitas fagositosis makrofag.

12
Pada keadaan kekurangan immunoglobulin dapat berakibat pada mudahnya seorang
terkena infeksi. Sebagai contoh, adanya kekurangan IgA akan sering terkena infeksi
sinus dan saluran pernapasan.

Hemoglobin seperti kita ketahui merupakan protein yang berfungsi sebagai transport
oksigen. Mutasi tersebut menyebabkan terjadinya perubahan konformasi dari protein
tersebut. Sebagai contoh, adanya mutasi satu basa pada gena penyandi protein β-globin,
yang merupakan penyusun hemoglobin, yang berakibat pada berubahnya suatu asam
amino yaitu asam glutamate menjadi valin. Perubahan satu asam amino tersebut dapat
mengubah konformasi hemoglobin menjadi bulan sabit sehingga hemoglobin tersebut
tidak bisa melakukan proses transport lagi.

13