STEP 5 learning objective

1. mahasiswa mampu menjelaskan struktur umum molekul protein

Struktur Protein
Struktur asam amino dapat dibagi menjadi beberapa bentuk yaitu
struktur primer, sekunder, tersier, dan kuartener.
1) Struktur Primer
Susunan linier asam amino dalam protein merupakan
struktur primer. Susunan tersebut merupakan suatu rangkain unik
dari asam amino yang menentukan sifat dasar dari berbagai
protein, dan secara umum menentukan bentuk struktur sekunder
dan tersier.
Bila protein mengandung banyak asam amino dan gugus
hidrofobik, daya kelarutannya dalam air kurang baik dibandingkan
dengan protein yang banyak mengandung asam amino dengan
gugus hidrofil.
2) Struktur Sekunder
Struktur sekunder adalah struktur protein yang merupakan
polipeptida terlipat-lipat, berbentuk tiga dimensi dengan cabang-
cabang rantai polipeptidanya tersusun saling berdekatan. Contoh
bahan yang mempunyai struktur ini ialah bentuk α-heliks pada wol,
bentuk lipatan-lipatan (wiru) pada molekul-molekul sutera, serta
bentuk heliks pada kolagen.
3) Struktur Tersier
Bentuk penyusunan bagian terbesar rantai cabang disebut struktur
tersier, yaitu susunan dari struktur sekunder yang satu dengan struktur sekunder bentuk lain.
Contohnya adalah beberapa protein
yang mempunyai bentuk α-heliks dan bagian yang tidak berbentuk
α-heliks. Biasanya bentuk-bentuk sekunder ini dihubungkan
dengan ikatan hidrogen, ikatan garam, interaksi hidrofobik, dan
ikatan disulfida.

Sumber: digili unimus hal 8-9

2. mahasiswa mampu menjelaskan 4 jenis protein structural dan protein dinamik

3. mahasiswa mampu menjelaskan protein sebagai polimer

Protein merupakan polimer yang tersusun dari asam amino sebagai monomernya.

Monomer-monomer ini tersambung dengan ikatan peptida, yang mengikat gugus karboksil milik
satu monomer dengan gugus amina milik monomer di sebelahnya.
 Reaksi penyambungan ini (disebut translasi) secara alami terjadi di sitoplasma dengan bantuan
ribosom dan tRNA. Pada polimerisasi asam amino, gugus -OH yang merupakan bagian gugus
karboksil satu asam amino dan gugus -H yang merupakan bagian gugus amina asam amino
lainnya akan terlepas dan membentuk air.

Oleh sebab itu, reaksi ini termasuk dalam reaksi dehidrasi. Molekul asam amino yang telah
melepaskan molekul air dikatakan disebut dalam bentuk residu asam amino.

Sumber: ppt repository dari dinus

4. mahasiswa mampu menjelaskan struktur asam amino

Asam amino adalah senyawa yang memiliki gugus

amino (-NH2) dan asam karboksilat (COOH) pada molekul
yang sama35. Tiap asam amino tersusun atas suatu atom karbon
yang mengikat atom hidrogen, gugus amino, dan gugus
karboksillat dan salah satu gugus R yang berbeda pada 20 asam
amino dan struktur gugus R menentukan identitas asam amino
dan sifat-sifat khasnya36. Rantai samping (gugus R) tergantung
pada gugus fungsionalnya dapat berupa alifatis, aromatis, asam,
basa, hidroksilik, mnegandung sulfur, atau amidic

Sumber: dikutip dari buku biokimia oleh dwi wahyujiati thn 2017 halaman 37

5. mahasiswa mampu menjelaskan ikatan peptida

Peptida merupakan molekul yang terbentuk dari dua atau lebih

asam amino.Jika jumlah asam amino masih di bawah 50 molekul disebut
peptida, namun jika lebih dari 50 molekul disebut dengan protein. Asam
amino saling berikatan dengan ikatan peptida. Ikatan peptida terjadi jika
atom nitrogen pada salah satu asam amino berikatan dengan gugus
karboksil dari asam amino lain. Peptida terdapat pada setiap makhluk hidup
dan berperan pada beberapa aktivitas biokimia. Peptida dapat berupa enzim,
hormon, antibiotik, dan reseptor. Suatu peptida ialah suatu amida yang
dibentuk dari dua asam amino atau lebih. Ikatan amida antra suatu gugus a-
amino dari suatu asam amino dan gugus karboksil dari asam amino lain
disebut ikatan peptida. Ikatan peptida adalah ikatan kovalen yang terbentuk antara dua
molekul asam amino ketika gugus karboksil asam amino bereaksi dengan
gugus amino dari asam amino yang lain dengan melepaskan molekul air.
Ikatan ini ada ketika gugus karboksil dari satu molekul asam amino
berekaksi dengan gugus amino dari molekul asam amino
lainnyamenyebabkan pelepasan molekul air (H2O). Dengan demikian reaksi
ini menghasilkan proses kondensasi. Pembentukan ikatan ini membutuhkan
energi yang berasal dari ATP (Adenosin Trifosfat). Peptida disintesis oleh
 enzim tertentu. Ikatan peptida terbentuk dari hasil reaksi kondensasi gugus
karboksil dari satu asam amino dengan gugus amina dari asam amino yang
lain dengan melepaskan satu molekul air (Moh Taufiq, 2013).

Sumber: repository unri oleh muh taufiq tahun 2013

6. mahasiswa mampu menjelaskan peran protein dalam tubuh manusia

dari kutipan santoso h 2008, Protein memegang peranan penting dalam berbagai proses biologi.
Peran-peran
tersebut antara lain:
1. Transportasi dan penyimpanan
Molekul kecil dan ion-ion ditansport oleh protein spesifik. Contohnya transportasi
oksigen di dalam eritrosit oleh hemoglobin dan transportasi oksigen di dalam otot
oleh mioglobin.
2. Proteksi imun
Antibodi merupakan protein yang sangat spesifik dan sensitif dapat mengenal
kemudian bergabung dengan benda asing seperti: virus, bakteri, dan sel dari
organisma lain.
3. Koordinasi gerak
Kontraksi otot dapat terjadi karena pergeseran dua filamen protein. misalnya
pergerakan kromosom saat proses mitosis dan pergerakan sperma oleh flagela.
4. Penunjang mekanis
Ketegangan dan kekerasan kulit dan tulang disebabkan oleh kolagen yang merupakan
protein fibrosa.
5. Katalisis enzimatik
Sebagaian besar reaksi kimia dalam sistem biologi, dikatalisis oleh enzim dan hampir
semua enzim yang berperan adalah protein.
6. Membangkitkan dan menghantarkan impuls saraf
Rangsang spesifik direspon oleh selespon sel saraf diperantarai oleh protein reseptor.
Contohnya rodopsin adalah protein yang sensitive terhadap cahaya ditemukan pada
sel batang retina. Contoh lainnya adalah protein reseptor pada sinapsis.
7. Pengendali pertumbuhan dan diferensiasi
Protein mengatur pertumbuhan dan diferensiasi organism tingkat tinggi. Misalnya
faktor pertumbuhan saraf mengendalikan pertumbuhan jaringan saraf. Selain itu,
banyak hormon merupakan protein
Sumber: Manfaat Protein untuk Mendukung Aktifitas Olahraga, Pertumbuhan, dan
Perkembangan Anak Usia Dini oleh nawan primasoni

7. mahasiswa mampu menjelaskan pembentukan mekanisme protein dari asam amino

Protein. Terdiri dari asam amino yang jumlahnya lebih dari 50. Biasanya protein terdiri
dari 100 – 10000 asam amino.
Untuk membentuk peptida dan protein, asam amino akan membentuk ikatan
peptida dengan molekul asam amino lainnya. Peptida terbentuk karena adanya ikatan
antara amida pada gugus amino dengan gugus hidroksil pada molekul lainnya melalui
proses kondensasi. Di lain pihak, pemecahan ikatan peptida dinamakan dengan hidrolisis. Pada
pembentukan protein ada asam amino yang berfungsi sebagai N-terminus dan
C-terminus. Asam amino yang masih memiliki gugus amino dalam rangkaian protein
dinamakan N-terminus sedangkan yang masih memiliki gugus karboksilat dinamakan C-
terminus. Berdasarkan konvensi, penggambaran peptida dan protein selalu dimulai
dengan N-terminus kemudian diakhiri dengan C-terminus.
Sumber: Modul Asam Amino, Peptida dan Protein Jilid 1 halaman 16-17