TUGAS PAPER I

BIOKIMIA TANAH
PROTEIN PADA TUMBUHAN

Disusun oleh
AZZAHRA QOLBI PRIMAWATI
1903016085

JURUSAN AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSISTAS MULAWARMAN
2020
A. PROTEIN DAN SIFAT UMUMNYA

Protein merupakan bagian utama dari struktur setiap enzim, dan banyak enzim yang mengandung
protein saja. (Terdapat paling tidak dua pengecualian yang baru saja ditemukan, yakni molekul RNA
mempunyai kemampuan katalisis, tapi sebaliknya beberapa ribu enzim yang telah dikenal adalah
protein). Tetapi, beberapa protein tidak mempunyai fungsi katalisis dan tidak digolongkan sebagai
enzim. Sebagai contoh, protein mikrotubul (tubulin) dan protein mikrofilamen (aktin), serta beberapa
protein di ribosom nampaknya mempunyai fungsi struktural, dan bukan fungsi katalisis. Protein lain,
misalnya sitokrom yang mengangkut elektron selama fotosintesis dan respirasi, bukanlah enzim
melainkan pembawa elektron. Selanjutnya protein termasuk bagian penting di dalam plasma suatu
sel: kecuali sebagai konstituen, protein juga tersedia sebagai cadangan makanan. Hal ini banyak
kedapatan di dalam biji-bijian. Protein terbentuk dari polimerisasi peptida-peptida. Peptida
merupakan polimerisasi dari asam amino-asam amino yang berbeda. Jadi, protein dapat
dikatakan sebagai suatu kopolimer.Molekul protein berukuran lebih besar dibanding karbohidrat
dan lipida. Molekul protein terdiri dari ribuan atom.
Unsur-unsur yang merupakan protein ialah C, H, O, N, S, P, dengan perincian sebagai berikut:
Karbon 40-50%, Oksigen 20-25%, Nitrogen 16-18%, Hidrogen 7%, Sulfur 2%, dan Pospor ada pada
beberapa protein.
Satuan dasar penyusun protein adalah asam amino. Setiap molekul asam amino paling tidak
mengandung karbon, hidrogen, oksigen, dan nitrogen, serta kadang juga mengandung sulfur dan
pospor (ada pada beberapa protein saja).
Kita dapati sedikit analogi antara susunan polisakarida dan susunan protein. Kalau satu molekul
sakarida itu terdiri atas monosakarida, maka satu molekul protein terdiri atas kesatuan-kesatuan kecil
yang kita sebut asam amino. Berat molekul protein ada ribuan; protein yang paling sederhana
mempunyai berat molekul sampai jutaan.
Baik molekul protein yang kecil maupun yang besar mempunyai suatu struktur yang tertentu, hal
mana dapat diketahui structural, dan bukan fungsi katalisis. Protein lain, misalnya sitokrom yang
mengangkut electron selama fotosintesis dan respirasi, bukanlah enzim melainkan pembawa elektron.
Selanjutnya beberapa protein cadangan dalam biji juga dikenal tidak mempunyai fungsi seperti
enzim. Peranan utama protein cadangan pada biji adalah cadangan asam amino untuk bibit setelah
berkecambah, tidak sebagai enzim Protein tumbuhan sangat bermanfaat untuk kebutuhan nilai gizi
manusia. Manusia dan hewan bergantung pada tumbuhan untuk memenuhi kebutuhan akan berbagai
asam amino, sehingga komposisi protein biji, daun, dan batang penting dalam menu makanan. Kita
dan hewan menggunakan asam amino tumbuhan untuk membuat protein sendiri dan sebagai sumber
 makanan (energi). Walaupun manusia dewasa dapat mensintesis sebagian besar asam amino yang
mereka perlukan dari karbohidrat dan berbagai senyawa nitrogen organik, delapan asam amino harus
disediakan dalam menu makanan. Asam amino tersebut adalah leusin, isoleusin, valin, lisin, metionin,
triptofan, fenilalanin, dan teronin. Lagi pula, sistein, yaitu asam amino yang mengandung sulfur
hanya dapat disintesis bila tersedia cukup metionin (asam amino –S lainnya), dan kita menggunakan
fenilialanin untuk mensintesis tirosin yang esensial.
Sebagian besar protein dalam menu makanan manusia berasal dari protein biji, khususnya dari
tanaman serealia seperti pagi, gandum, dan jagung. Sekitar dua pertiga penduduk dunia bergantung
pada gandum atau padi sebagai sumber utama kalori dan Protein, termasuk Indonesia yang makanan
pokonya adalah nasi. Sumbangan yang kecil, tetapi penting, juga diberikan oleh biji kacangan seperti
kacang buncis, kapri, dan kedelai. Kedelai mengandung protein yang tinggi dan seimbang; sekitar
40% dari bobot keringnya adalah protein dibandingkan dengan 12% pada sebagian bulir serelia.

B. STRUKTUR PROTEIN

Struktur protein digunakan pembagian empat tingkatan struktur. Struktur primer adalah
urutan asam amino. Struktur sekunder berhubungan dengan pengaturan kedudukan ruang residu
asam amino yang berdekatan dalam urutan linier. Pengaturan sterik ini memberi struktur
periodik. Heliks- dan untai- menunjukkan struktur sekunder. Struktur tersier menggambarkan
pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan dalam urutan linier dan pola ikatan-ikatan
sulfida. Perbedaan antara struktur sekunder dan struktur tersier tidaklah terlalu jelas.

 Struktur primer
Struktur primer merupakan ikatan-ikatan peptida dari asam amino-asam amino
pembentuk protein tersebut. Suatu molekul asam amino terdiri atas suatu gugusan karboksil
(-COOH) dan gugusan amino (-NH2). Asam amino yang paling sederhana ialah glisin; glisin
terdiri atas satu gugusan karboksil dan satu gugusan amin. Glisil dapat dianggap kejadiannya
dari asam asetat, dimana satu atom H dari gugusan metilnya diganti dengan amino.
Asam amino yang kedapatan di dalam tubuh tumbuhan ada kurang lebih 20 macam, yaitu
: Glisin, Alanin, Serin, Treonin, Valin, Leusin, Isoleusin, Norleusin, Asam aspartate, Asam
glutamate, Arginin, Lisin, Sistin, Sistein, Metionin, Fenilalanin, Tirosin, Histidin, Triptofan,
dan Prolin. Protein merupakan polimer asam-asam amino (polipeptida), tersusun atas satuan
yang berupa asam amino. Jumlah asam-asam amino yang umum terdapat pada jasad hidup
adalah 20 macam. Satu asam amino amino terdiri atas satu gugus amino, satu gugus
karboksil, satu atom hidrogen, dan satu rantai samping yang terikat pada atom karbon. .
Susunan tetrahedral keempat gugus tersebut menentukan aktivitas optik asam.
Pada protein, gugus karboksil- α asam amino terikat pada gugus amino-α asam amino
lain dengan ikatan peptida (disebut juga ikatan amida). Pada pembentukan suatu dipeptida
dari dua asam amino terjadi pengeluaran satu molekul .Keseimbangan reaksi ini adalah ke
arah hidrolisis tidak pada sintesis. Oleh sebab itu, biosintesis ikatan peptida memerlukan
energi bebas, sebaliknya hidrolisis ikatan peptida secara termodinamika bersifat eksergonik.

Ikatan pembentukan peptide.

 Struktur Sekunder
Struktur sekunder terbentuk dari ikatan hidrogen yang terjadi antara gugus-gugus
amina dengan atom hidrogen pada rantai samping asam amino, sehingga membentuk
lipatan-lipatan, misalnya membentuk α-heliks.
Heliks α merupakan struktur berbentuk batang. Rantai polipeptida utama yang
bergelung membentuk bagian dalam batang dan rantai samping mengarah ke luar dari
heliks. Pada heliks α asam amino yang berjarak tiga dan empat pada urutan linier akan
terletak berseberangan dalam heliks sehingga tidak saling berhubungan. Jarak antara dua
putaran heliks α adalah perkalian jarak translasi (1,5A ) dan jumlah residu pada setiap
putaran 3,6 yang sama dengan 5,4oA . Arah putaran heliks seperti pada skrup dapat
bersifat putar kanan (searah jarum jam) dan putar kiri (berlawanan arah jarum jam)
Heliks protein α bersifat putar kanan .Kandungan heliks α dalam protein bervariasi luas
mulai dari hampir tidak ada sampai 100%. Misalnya, enzim kimotripsin tidak
mengandung heliks α . Kebalikannya, 75% protein mioglobin dan hemoglobin berbentuk
heliks α . Panjang untai tunggal heliks α biasanya kurang dari 45◦ A . Tetapi dua atau
lebih heliks α dapat saling berpilin membentuk struktur yang stabil, dengan panjang dapat
mencapai 1000 A (100 nm atau 0,1 m ) atau lebih.
  Sturktur tersier
Struktur tersier. Interaksi struktur sekunder yang satu dengan struktur sekunder yang lain
melalui ikatan hidrogen, ikatan ion, atau ikatan disulfida (-S-S-),misalnya terbentuk rantai
dobell-heliks
Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan dalam
urutan linier dan pola ikatan-ikatan disulfida. Perbedaan antara struktur sekunder dan tersier
tidaklah terlalu jelas. Protein yang terdiri atas lebih dari satu rantai polipeptida mempunyai
tingkat organisasi struktural tambahan. Masing-masing rantai polipeptida disebut sub unit.
Struktur kuarterner menggambarkan pengaturan sub unit protein dalam ruang. Misalnya
hemoglobin, terdiri atas dua rantai α dan dua rantai β. Susunan sub unit hemoglobin pada
tetramer ini berperan pada komunikasi antartempat pengikatan O2, C O2, dan H+ yang
berjauhan.

C. PENYUSUNAN PROTEIN
molekul protein itu terdiri atas kesatuan-kesatuan kecil yang disebut asam amino. Emil
Fisher pertama kali berhasil menyusun molekul protein dengan menggandeng-gandengkan
15 molekul glisin dengan 3 molekul leusin, sehingga diperolehnyalah suatu polipeptida.
Asam amino yang satu dengan asam amino yang lain diperhubungkan dengan suatu ikatan
yang disebut ikatan peptida. Ikatan peptida ini terwujud, jika gugusan karboksil dari asam
amino yang satu bergabung dengan gugusan amino dari asam amino yang lain. Di dalam
penggabungan kedua molekul asam amino itu terlepaslah 1 molekul air.
Selanjutnya, rangkaian ini dapat diperpanjang baik ke kiri maupun ke kanan, menurut
kehendak. Ke kiri harus menyambungkan gugusan COOH, sedangkan ke kanan harus
menyambungkan gugusan NH2, dengan demikian akan diperolehlah molekul protein yang
berat molekulnya sampai jutaan.
Penyusunan protein yang merupakan konstituen dari protoplasma itu dilangsungkan di
dalam ribosom; agaknya protein-protein yang lain pun disusun di dalam ribosom juga.
Protein yang merupakan bagian dari protoplasma berbentuk suatu rantai panjang, sedang
molekul protein-protein yang lain mirip suatu bola, hal mana disebabkan karena banyaknya
lekukan-lekukan pada rantai tersebut.
 Pembongkaran protein menjadi asam amino memerlukan pertolongan enzim-enzim
protease serta air untuk mengadakan hidrolisis pada ikatan-ikatan peptide. Hidrolilis ini juga
dapat terjadi jika protein dipanasi, diberi basa atau diberi asam. Dengan jalan demikian, kita
dapat mengenal macam-macamnya asam amino yang tersusun di dalam suatu protein. Hanya,
kita tidak dapat mengetahui urutan-urutan susunanya ketika masih merupakan molekul
protein yang utuh.
Protein yang sederhana terdiri dari 1 rantai polipeptida. Rantai polipeptida ini
tidak terentang lurus, tetapi membentuk lipatan-lipatan sehingga molekul protein ini terlihat
seperti gumpalan. Pada sitoplasma, asam-asam amino hidrofobik akan mengumpul di bagian
tengah gumpalan molekul protein; sedangkan asam-asam amino yang bersifat hidrofilik akan
membungkus diluar. Protein sangat penting artinya bagi makhluk hidup, karena semua enzim
yang terlibat dalam reaksi-reaksi metabolisme adalah protein. Tetapi tidak berarti semua
protein adalah enzim (ada enzim yang dari vitamin, yaitu koenzim)

D. MACAM- MACAM PROTEIN

Ada dua macam protein yang digolongkan berrdasarkan fungsinya :
1)Protein fungsional, yaitu protein yang bertugas sebagai enzim
2) Protein cadangan, yaitu golongan protein yang hanya disimpan, dan bila perlu
dibongkar serta diangkut ke tempat-tempat yang membutuhkannya seperti sel-sel
meristem, dimana pembentukan sel-sel baru memerlukan asam amino.
Protein juga dapat dibagi-bagi berdasarkan sifat-sifat daya larutnya di dalam beberapa zat
pelarut. Protein-protein tersebut adalah sebagai berikut:
a)Albumin, kedapatan pada banyak biji padi-padian dan kecuali itu juga merupakan
enzim pada daun dan alat-alat lain. Albumin larut dalam air dan larutan encer garam
mineral.
b)Globulin, mirip dengan albumin, kebanyakan terdapat di dalam biji-bijian dan lain
bagian dari tanaman. Globulin tak larut dalam air, tetapi larut dalam larutan garam netral
seperti NaCl atau KCl.
c)Glutelin, banyak kedapatan teristimewa pada biji padi-padian; protein ini larut dalam
alkohol atau dalam basa dan asam yang encer.
 Adapula protein yang bergabung dengan lemak atau dengan gula; yang bergabung dengan
lemak disebut lipoprotein, dan yang bergabung dengan gula disebut glikoprotein. Dan berikut
macam protein yang berada pada bagian tubuh tumbuhan :
a) Protein di dalam biji padi-padian
Di dalam biji kita kenal protein (enzim) yang fungsional, terutama terkandung di
dalam embrio berupa albumin dan globulin. Endosperm mengandung protein cadangan
dan tentulah ada pula protein (enzim)-nya. Protein cadangan kedapatan itu berupa
albumin, globulin, glutenin (suatu glutelin), dan gliadin (suatu prolamin). Glutelin dan
gliadin merupakan kira-kira 8% dari berat kering biji.
b)Protein di dalam daun
Jika kita meneropong suatu sel dari jaringan tiang, maka segera dapatlah kita
mengadakan penggolongan protein-protein menurut tempatnya. Pertama kita bersua
dengan protein yang ada di dan menjadi satu dengan sitoplasma. Jumlah protein ini
banyak benar, yaitu kira-kira setengah sampai sepertiga jumlah protein seluruhnya.
Kedua kita jumpai protein yang kedapatan di dalam kloroplas yang jumlahnya kira-kira
sepertiga sampai setengah dari seluruh jumlah protein. Ketiga kita kenal protein yang
merupakan bagian besar dari inti sel; protein ini terkenal nukleoprotein.
c)Protein di dalam inti
Nukleoprotein itu sebenarnya bukan monopoli nukleus saja. Di dalam sitoplasma pun
kedapatan nukleoprotein, meskipun di dalam jumlah yang sangat kecil. Nukleoprotein
yang kedapatan di dalam inti dan nukleprotein yang kedapatan di dalam sitoplasma itu
keduanya sama-sama terdiri atas protein yang bergabung dengan suatu asam nukleat.
Hanya jenis asam nukleatnya berlainan bagi ke nucleoprotein itu.
E. FUNGSI PROTEIN
Protein merupakan polimer asam-asam amino (polipeptida) yang mempunyai bermacam-
macam fungsi, antara lain :
1. Sebagai katalisator reaksi-reaksi biokimia dalam sel
2. Protein sebagai pengangkut molekul-molekul kecil dan ion
3. Protein juga berperan di dalam sistem pergerakan yang terkoordinasi
4. Protein sebagai komponen sistem kekebalan tubuh
5. Protein sebagai pheromone
 6. Protein sebagai pengatur ekspresi genetik
7. Protein sebagai penerus impuls syaraf
8. Protein sebagai komponen pendukung kekuatan-regang
Protein sangat penting artinya bagi makhluk hidup, karena semua enzim yang terlibat
dalam reaksi-reaksi metabolisme adalah protein. Tetapi tidak berarti semua protein adalah
enzim (ada enzim yang dari vitamin, yaitu koenzim).
Sebagian besar protein dalam menu makanan manusia berasal dari protein biji, khususnya dari
tanaman serealia seperti pagi, gandum, dan jagung. Sekitar dua pertiga penduduk dunia
bergantung pada gandum atau padi sebagai sumber utama kalori dan Protein, termasuk Indonesia
yang makanan pokonya adalah nasi. Sumbangan yang kecil, tetapi penting, juga diberikan oleh
biji kacangan seperti kacang buncis, kapri, dan kedelai. Kedelai mengandung protein yang tinggi
dan seimbang; sekitar 40% dari bobot keringnya adalah protein dibandingkan dengan 12% pada
sebagian bulir serelia.