MAKASSAR
2019
I. TINGKATAN STRUKTUR PROTEIN DAN STRUKTUR TIGA
DIMENSI DARI PROTEIN
1. Struktur Primer
Penulisan residu asam amino pada struktur primer protein dapat menggunakan
simbol tiga huruf asam amino atau satu huruf. Struktur primer adalah struktur satu
dimensi yang merupakan langkah pertama untuk menentukan struktur tiga
dimensi dari suatu protein. (2)
Gly-Pro-Thr-Gly-Thr-Gly-Glu-Ser-Lys-Cys-Pro-Leu-Met-Val-Lys-Val-Leu-Asp-
Ala-Val-Arg-Gly-Ser-Pro-Ala atauGPTGTGGSLCPLMVLVLAAVAGSPA.(3)
Tabel 1. Notasi asam amino dalam kode tiga huruf dan kode huruf tunggal(4)
2. Struktur sekunder
Struktur sekunder protein mengacu kepenataan ruang dari residu asam amino
yang berdekatan di dalam bagian suatu polipeptida. Struktur sekunder protein
terbentuk akibat ikatan hidrogen antara hidrogen amida dan oksigen karbonil
sepanjang ikatan peptida dari protein tersebut. Bentuk struktur sekunder protein
adalah α-helix, β-sheet, loop (ikalan) dan turn (belokan). Struktur α-helix dan β-
sheet merupakan struktur yang berulang pada interval yang teratur. Struktur α-
helix seperti spiral dan hanya melibatkan satu polipeptida, sedangkan struktur β-
sheet seperti lembaran yang terlipat-lipat dan dapat melibatkan satu atau lebih
polipeptida.
Pada gambar sebelah kiri, terlihat bahwa struktur alfa-helix terbentuk oleh
‘backbone’ ikatan peptida yang membentuk spiral dimana jika dilihat tegak lurus
dari atas, arah putarannya adalah searah jarum jam. Struktur ini terbentuk karena
adanya ikatan hydrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H pada gugus
NH.(3)
3. Struktur tersier
- Ikatan hydrogen
Jika pada struktur sekunder ikatan hidrogen terjadi pada ‘backbone‘, maka
ikatan hidrogen yang terjadi antar gugus samping akan membentuk struktur
tersier. Karena pada gugus samping bisa banyak terdapat gugus seperti –OH, –
COOH, –CONH2 atau –NH2 yang bisa membentuk ikatan hidrogen.
- Ikatan Ionik
Terjadi antara gugus samping yang bermuatan positif (memiliki gugus –NH2
tambahan) dan gugus negatif (–COOH tambahan).
Beberapa asam amino memiliki gugus samping (R) dengan rantai karbon yang
cukup panjang. Nilai dipol yang berfluktuatif dari satu gugus samping dapat
membentuk ikatan dengan dipol berlawanan pada gugus samping lain.
4. Struktur Kuarterner
Beberapa protein mengandung dua atau lebih rantai polipeptida yang berbeda
atau sama. Rantai polipeptida pada protein ini dinamakan subunit. Masing-masing
subunit merupakan polipeptida yang terpisah. Proteinnya dinamakan dengan
protein multisubunit. Protein multisubunit dapat terdiri dari 2 subunit (dimer), 3
subunit (trimer), 4 subunit (tetramer), dan bahkan lebih dari 4 subunit.(2)
a. Penyebab Fisik
1. Panas
2. Tekanan
Denaturasi akibat tekanan terjadi pada suhu 25⁰C jika tekanan yang
diberikan cukup tinggi. Kebanyakan protein mengalami denaturasi pada
tekanan 1-12 kbar. Tekanan dapat menyebabkan denaturasi protein karena
protein bersifat fleksibel dan dapat dikompresi. Walaupun residu asam amino
tersusun rapat di bagian dalam protein globular, biasanya masih terdapat
rongga di dalam protein. Akibatnya, protein bersifat dapat dikompresi dan
terjadi penurunan volume protein. Penurunan volume tersebut disebabkan
rongga yang hilang dalam struktur protein dan hidrasi protein. Denaturasi
akibat tekanan bersifat reversibel.
3. Pengadukan
b. PenyebabKimiawi
1. pH
2. PelarutOrganik
Pelarutorganik mempengaruhistabilitasinteraksihidrofobik protein, ikatan
hidrogen,daninteraksielektrostatik.Rantaisamping residuasamamino nonpolar
lebih larutpadapelarutorganik dibandingkan air. Hal tersebut mengakibatkan
interaksi hidrofobik menjadi melemah. Sebaliknya,
stabilitasdanpembentukanikatanhidrogenantarikatanpeptidameningkatpada
lingkungan dengan permisivitas rendah maka sejumlah pelarut organik
dapat meningkatkan atau memperkuat pembentukan ikatan
hidrogenantarikatanpeptida. Padakonsentrasirendah, sejumlahpelarut
organikdapat menstabilkanbeberapaenzimterhadapdenaturasi.Pada konsentrasi
tinggi, pelarut organik menyebabkan protein terdenaturasikarenaefek
pelarutan rantaisampingnonpolar.
3. Senyawa Organik
4. Deterjen
5. Garam
Protein struktural
Protein struktural merupakan salah satu jenis protein yang berperan dalam
membangun sturuktur biologi mahluk hidup, contohnya filamen, kolagen
(pengikat jaringan dan tulang), elastin, dan keratin (rambut, kulit). Banyak protein
yang berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran penyanggah untuk
memberikan struktur biologi kekuatan atau proteksi. Komponen utama dari urat
dan tulang rawan adalah protein serabut kolagen yang mempunyai daya tenggang
yang amat tinggi. Hamir semua komponen kuli adalah kolagen murni. Persendian
mengandung elastin, suatu protein struktural yang mampu merenggang kedua
dimensi. Rambut, kuku, dan bulu unggas terdiri terutama dari protein tidak larut,
yang liat, keratin. Komponen utama dari serat sutra dan jaring laba-laba adalah
protein fibroin.
Salah satu contoh protein struktural yang sangat penting bagi organisme
adalah kolagen.
KOLAGEN
1. PENGERTIAN
Kolagen merupakan material yang mempunyai kekuatan rentang dan struktur
yang berbentuk serat. Hampir sepertiga protein dalam tubuh vertebrata berada
sebagai kolagen. Kolagen juga merupakan komponen serat utama dalam tulang,
gigi, tulang rawan, lapisan kulit dalam (dermis), tendon ( urat daging) tulang
rawan, dan lensa mata.
2. SIFAT-SIFAT
a. SIFAT UMUM KOLAGEN
c. STRUKTUR
Protein plasma ialah protein total dalam plasma manusia yang memiliki
konsentrasi sekitar 7,0-7,5 gr/dl dan membentuk bagian terbesar dari bahan
padat plasma. Protein plasma sebenarnya campuran kompleks yang mencakup
tidak saja protein-protein sederhana tetapi juga protein terkonjugasi, misalnya
glikoprotein dan berbagai lipoprotein.
2. Albumin
Hemoglobin adalah protein yang kaya akan zat besi. Memiliki afinitas
(daya gabung) terhadap oksigen dan oksigen itu membentuk oxihemoglobin di
dalam sel darah merah. Dengan melalui fungsi ini maka oksigen dibawa dari
paru-paru ke jaringan-jaringan (Evelyn, 2009).
Struktur Hemoglobin :
1. Heme
Hemeterdiri atas bagian organik dan suatu atom besi. Bagian organik yaitu
porfirin,tersusun dari empat cincin pirol. Keempat pirol ini terikat satu sama
lain melalui jembatan metilen membentuk cincin tetrapirol. Porfirin pada
hemoglobin adalah protoporfirin IX yang mengandung empat rantai samping
metil, dua rantai samping vinil dan dua rantai samping propionil terikat ke
cincin tetrapirol tersebut.
Atom besi di dalam heme mengikat keempat atom nitrogen di pusat cincin
protoporfirin. Besi tersebut juga dapat membentuk dua ikatan tambahan,
masing-masing di satu sisi bidang dari heme. Kedua tempat pengikatan ini
dinamai posisi koordinasi kelima dan keenam. Atom besi dapat berbentuk fero
(2+) atau feri (3+) sehingga hemoglobin yang bersangkutan disebut
juga sebagai ferohemoglobin dan ferihemoglobin atau methemoglobin. Hanya
besi dalam bentuk 2+ (ferohemoglobin) yang dapat mengikat oksigen. Atom
besi dalam heme dapat membentuk enam ikatan Pada posisi koordinasi kelima
dari zat besi fero nitrogen cincin histidin proksimal sedangkan posisi
koordinasi keenam dari zat besi fero dalam globin mengikat suatu molekul
oksigen. Atom besi dari hem terikat langsung dengan histidin F8. Histidin ini
menduduki kedudukan koordinasi kelima, dinamakan histidin proximal yang
terikat dengan gugus hem secara permanen. Situs pengikatan oksigen terletak
di sisi lain dari bidang hem yaitu pada kedudukan koordinasi keenam. Suatu
residu histidin kedua (E7) disebut juga histidin distal, dekat dengan hem
namun tidak terikat sehingga ikatan tidak permanen.
2. Globin
Setiap rantai globin terdiri atas delapan daerah helik dan terdapat daerah
nonhelik di antara daerah helik tersebut dan pada terminal-terminal karboksil
dan amino. Sekelompok heme letaknya tersisip ke dalam celah yang terdapat
pada permukaan dari tiap-tiap rantai globin. Tiap-tiap atom besi yang terdapat
pada heme dapat membentuk hingga enam ikatan dan empat ikatan di
antaranya terbentuk akibat ikatan antara atom besi tersebut dengan atom pirol
nitrogen.
Rantai yang sebelah tepi dari residu-residu histidin (asam amino E7 dan F8
di dalam rantai α dan β) terletak pada tiap tepi bidang datar dari kelompok
heme yang berinteraksi dengan atom besi.
I. Mioglobin
Mioglobin adalah molekul pembawa oksigen. Mioglobin terdapat dalam
otot, menyediakan cadangan oksigen, dan mempermudah pergerakan oksigen
di dalam otot. ( Stryer, 2000: 147).
Struktur Mioglobin :
1. Heme
Gugus heme pada myoglobin sama dengan heme yang menyusun
hemoglobin. Gugus Heme ini menyebabkan warna merah-coklat yang pekat
pada mioglobin dan hemoglobin. ( Lehninger, 1982 : 195-196 )
2. Globin
Mioglobin terdiri dari 153 residu asam amino dan mengandung satu porifin
besi ( gugus prostetik heme). Kira-kira 75 % dari rantai utama berada dalam
konformasi heliks α. Delapan penggal heliks utama semuanya berputar ke
kanan dan diberi nama A, B, C .... dan H. Residu pertama dari heliks α
dinamai A1, A2 dan seterusnya. Lima penggal bukan heliks yang terletak
diantara helis-heliks tersebut dinamai CD contohnya bila terletak di antara C
dan D. Mioglobin masih mempunyai dua daerah bukan heliks yang lain , dua
residu di ujung amino dinamai NA1 dan NA2 dan lima residu di ujung akhir
karboksil dinamai HC1 sampai HC 5. Empat dari heliks yang ada, berakhir
dengan satu residu prolin, yang cincin limanya tidak dapat menjaga
kesinambungan heliks α. Rantai ikatan peptida berada pada bidang datar,
sedangkan tiap gugus karbonil dari peptida tersebut berkedudukan trans
terhadap NH dari peptida yang sama. (Strayer, 2000 : 149-150 .
disekresi oleh sel B yang terfiksasi oleh antigen. Imunoglobulin (Ig) dibentuk oleh
sel plasma yang berasal dari proliferasi sel B yang terjadi setelah kontak dengan
antigen. Antibodi yang terbentuk secara spesifik akan mengikat antigen baru
lainnya yang sejenis. Bila serum protein tersebut dipisahkan dengan cara
elektroforesis, maka imunoglobulin terbanyak ditemukan dalam fraksi globulin
gamma, meskipun ada beberapa imunoglobulin yang juga ditemukan dalam fraksi
globulin alfa dan beta.
B. Struktur Immunoglobulin
Semua molekul imunoglobulin mempunyai 4 rantai polipeptida dasar yang
terdiri atas 2 rantai berat (heavy chain) dan 2 rantai ringan ( light chain) yang
identik serta dihubungkan satu sama lain oleh ikatan disulfida.
Molekulimunoglobulin mempunyai rumus bangun yang heterogen meskipun
hanya terdiri dari 4 polipeptida dasar.
Bagian bervariasi dekat ujung NH2 yang dibentuk oleh molekul kecil dan
bagian molekul besar,mengikat antigen. Ujung karboksil dapat bereaksi dengan
reseptor permukaan sel.
Rantai L
Pada setiap orang sehat dijumpai 2 macam rantai L, masing-masing
dinamakan sebagai rantai-k (rantai kappa) dan rantai-λ (rantai lambda)
dengan perbandingan rantai-k 65% dan rantai-λ (rantai lambda) 35% atau
dengan rasio k: λ adalah 2:1. Kedua rantai ini memilki BM sama yaitu
23000.
Rantai H
Rantai H ini menyebabkan perbedaan diantara kelima khas imunoglobulin,
walaupun sama-sama memilki rantai-k dan rantai-λ
Rantai H dari IgA dinamakan rantai-α (alpha)
Rantai H dari IgM dinamakan rantai-µ (MU)
Rantai H dari IgD dinamakan rantai-δ (delta)
Rantai H dari IgE dinamakan rantai-ε (etta)
Rantai H dari IgG dinamakan rantai-γ (gamma)
C. Sifat Immunoglobulin
1. Diproduksi di Reticuloendrothelial System (RES) seperti sumsum tulang,
kelenjar limfe, hati dan tempat pembentukan sel darah putih lainnya
2. Tidak tahan matahari (thermolabil)
3. Dapat direaksikan dengan antigen secara khusus ibarat kundi dan
gembok
4. Dapat larut dalam darah (sel plasma)
D. Fungsi Immunoglobulin
1. Prespirin
Prespirin adalah antibodi yang bersifat mengendapkan antigen atau
kuman
2. Lisin
Lisin adalah antibodi yang bersifat menghancurkan antigen atau kuman
3. Opsonisasi
Opsonisasi adalah antibodi yang bersifat merangsang serangan leukosit
terhadap antigen/kuman
4. Aglutinin
Aglutinin adalah antibodi yang bersifat menggumpalkan antigen .
aglutinogen atau kuman
E. Sintesis dan Sekresi Immunoglobulin
Jika antigen secara langsung memasuki aliran darah, maka limpa adalah
tempat utama pembentukan antibodi. Bila antigen pertama kali masuk ke dalam
tubuh, terjadilah respon imun primer yang ditandai dengan munculnya IgM
beberapa hari setelah pemaparan. Saat antara pemaparan antigen dan munculnya
IgM disebut lag phase. Kadar IgM mencapai puncaknya setelah kira-kira 7 hari.
Enam sampai tujuh hari setelah pemaparan, dalam serum mulai dapat terdeteksi
IgG, sedangkan IgM mulaiberkurang sebelum kadar IgG mencapai puncaknya
yaitu 10-14 hari setelah pemaparan antigen. Kadar antibodi kemudian berkurang
dan umumnya hanya sedikit yang dapat dideteksi 4-5 minggu setelah pemaparan.
Bila pemaparan antigen terjadi kedua kali, terjadi respon imun sekunder ysng
sering juga disebut respon anamnestiik atau booster. Sifat pengikatan antigen-
antibodi juga berubah dengan waktu yaitu afinitas antibodi terhadap antigen
makin lama makin besar dan kompleks antigen-antibodi yang terjadi juga makin
stabil. Akan tetapi antibodi yang terbentuk juga maki lama makin poliklonal
sehingga makin kurang spesifik, yang berarti makin besar kemungkinan terjadi
reaksi silang.
F. Jenis-jenis Immunoglobulin
1. Imunoglobulin G (IgG)
IgG dikenal 4 macam subklas yaitu IgG1, IgG2, IgG3 dan IgG4 dan
perbedaan dari keempatnya adalah terletak pada rantai H yang masing-masing
dikenal 1, 2,3,4 dan perbedaan ini berkaitan dengan beberapa fungsi biologis.
2. Imunoglobulin A (IgA)
IgA dengan berat molekul 165.000 dalton ditemukan dalam serum dengan
jumlah sedikit, tetapi kadarnya dalam cairan sekresi saluran napas, saluran
cerna, saluran kemih, air mata, keringat, ludah dan ASI lebih tinggi dalam
bentuk IgA sekretori. (Karnen Garna, 2004) Waktu paruh IgA adalah 6 hari
dan yang aktif adalah bentuk dimer (yy), sedangkan yang monomer (y) tidak
aktif. Jaringan-jaringan yang mensekresi bentuk-bentuk dimer adalah sel epitel
yang bertindak sebagai reseptor IgA, yang kemudian sel tersebut bersama IgA
masuk ke dalam lumen.
3. Imunoglobulin M (IgM)
IgM ditemukan pada permukaan sel B yang matang dan mempunyai waktu
paruh biologi 10 hari. Imunoglobulin ini hanya dibentuk oleh fetus.
Peningkatan jumlah IgM mencerminkan adanya infeksi baru atau adanya
antigen (imunisasi/vaksinasi). IgM merupakan aglutinin yang efisien dan
merupakan isohemaglutinin alamiah. IgM sangat efisien dalam mengaktifkan
komplemen.
4. Imunoglobulin D (IgD)
Dalam serum IgD ditemukan dalam kadar yang sangat rendah. Hal ini
mungkin disebabkan oleh karena IgD tidak dilepas plasma dan rentan terhadap
degradasi oleh proses proteolitik. IgD merupakan komponen permukaan
utama sel B dan petanda dari diferensiasi sel B yang matang. IgD merupakan
1% dari total imunoglobulin dan ditemukan banyak pada membran sel B
berasa IgD yang dapat berfungsi sebagai reseptor antigen pada aktifasi sel.
IgD tidak mengikat komplemen, mempunyai aktifitas antibodi terhadap
antigen berbagai makanan dan autoantigen seperti komponen nukleus. IgD
juga diduga dapat mencegah terjadinya toleransi imun bila sel dihadapkan
pada antigen, tetapi belum jelas mekanismenya.
5. Imunoglobulin E (IgE)
Dalam serum IgE ditemukan dalam kadar rendah yang meningkat pada
penyakit alergi seperti asma, rinitis alergi, dan dermatitis atopi.
IgEmempunyaI berat molekul 200.000 dalton. Sampai sekarang belum
ditemukan subkelas IgE. IgE disebut pula reagin dan merupakan Ig dengan
jumlah paling sedikit dalam serum tetapi efeknya sangat efisien. Kadar IgE
tinggi pada reaksi alergi, infeksi cacing, skistosomiasis, dandiduga berperan
pada imunitas parasit.
VII. PROTEIN KONTRAKTIL
Contoh : protein miosin dan aktin, bersama-sama menghasilkan kontraksi otot dan
relaksasi.
1.)insulin
Adalah salah satu contoh hormon yang paling dikenal .insulin membantu mengatur
jumlah glukosa dalam sel dan darah Insulin sebenarnya adalah hormon alami dalam tubuh
yang dibuat di pankreas. Hormon insulin ini berfungsi untuk mengatur penggunaan
glukosa sehingga glukosa dapat diubah menjadi energi. Selain itu, hormon ini juga
berperan untuk membantu mengontrol kadar gula darah (glukosa) dalam tubuh.
Dikeluarkan
RETIKULUM VESIKEL
HORMON
ENDOPLASMA SEKRETORIK
PEPTIDA
DAN
APARATUS
GOLGI
Ini dapat dipastikan bahwa banyak insulin dapat dilepaskan dalam waktu
singkat ketika dibutuhkan
RIBOSOM
MEMBACA RNA PEMBAWA
PERAN DAN
DAN MENGUBAH PESAN MENJADI
ASAM AMINO
HORMON
DNA POLIPEPTID
A
Ketika hormon dihasilkan ,hormon tersebut bersamaan dirilis tanpa disimpan
terlebih dahulu. Saat sinyal berahir ,DNA kembali dilindungi, dan organisme
berhenti memprodukasi hormon polipeptida
Sifat Pepetida
Kelarutan Hidrofilik
Struktur Rantai asam-asam amino spesifik
Sintesis Di retikulum endoplasma kasar ,dikemas
dalam kompleks golgi
Penyimpanan Banyak di granula sekretorik
Sekresi Eksositosis granula
Transpor dalam darah Dalam bentuk hormon bebas
Tempat reseptor Permukaan sel sasaran
Mekanisme kerja Aktivitas jarak perantara kedua untuk
mengubah aktivitas protein yang sudah ada
yang menghasilkan efek
Daftar Pustaka
1----
(1)https://portalsit.unsrat.ac.id/uploads/daring/berkas/2019-03
11berkas1961010919860220016.pdf
(2)http://repository.unp.ac.id/454/1/Minda%20Azhar-eBuku%20Biomolekul
%20sel-2016.pdf
(3) https://www.academia.edu/17263196/Biokimia_-_Asam_Amino_dan_Protein
(4)https://www.academia.edu/35832901/STRUKTUR_DAN_FUNGSI_MOLEK
UL_PROTEIN.docx
(5) https://www.academia.edu/15177234/Protein_biokimia
2-----
http://repository.unimus.ac.id
3------
Latifah, Eva dkk.2019. Uji Kesesuaian Kadar Protein Total Serum Lipemik Yang
Diolah Dengan Flokulan Alfa Siklodekstrin Dan High Speed Sentrifugasi.
http://eprints.poltekkesjogja.ac.id/1066/
Adriani, Ni Wayan Nik.2018. Gambaran Kadar Ureum, Albumin Dan Status Gizi
Pasien Gagal Ginjal Kronis Dengan Hemodialisa Di Rsup Sanglah Denpasar.
http://repository.poltekkes-denpasar.ac.id/854/
http://repository.unimus.ac.id/347/3/BAB%20II.pdf
4-------
Referensi : Wulandari, N dkk. 2014. Makalah Biologi Sel dan Molekuler Struktur
dan Fungsi Hemoglobin dan Mioglobin. Universitar Negeri Yogyakarta
5----- imonuglobin
http://ejurnal.ung.ac.id/index.php/JPI/article/viewFile/587/538
http://staffnew.uny.ac.id/upload/132058092/pendidikan/modul-2-struktur-dan-
fungsi-protein.pdf